Keragaman Genetik Menggunakan Marka Molekuler Random Amplified Polymorphic Dna (Rapd) Dan Aktivitas Antioksidan Sirsak (Annona Muricata L.) Di Jawa Barat.

KERAGAMAN GENETIK MENGGUNAKAN MARKA
MOLEKULER RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA
(RAPD) DAN AKTIVITAS ANTIOKSIDAN SIRSAK (Annona
muricata L.) DI JAWA BARAT

PRIATNO KHANNA

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Keragaman Genetik
menggunakan Marka Molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
dan Aktivitas Antioksidan Sirsak (Annona muricata L.) Di Jawa Barat adalah
benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan
dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di

bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Agustus 2015
Priatno Khanna
NIM G851130211

RINGKASAN
PRIATNO KHANNA. Keragaman Genetik Menggunakan Marka molekuler
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Aktivitas Antioksidan Sirsak
(Annona muricata L.) di Jawa Barat. Dibimbing oleh AKHMAD ENDANG
ZAINAL HASAN dan I MADE ARTIKA.
Sirsak (Annona muricata L.) merupakan salah satu jenis tanaman obat yang
saat ini sedang dikembangkan. Berdasarkan data yang diperoleh dari data Dinas
Pertanian Tanaman Pangan Provinsi Jawa Barat 2014, diketahui sentra produksi
komoditas unggulan Jawa Barat untuk tanaman sirsak berada di daerah Sukabumi,
Cianjur, dan Garut. Adanya polimorfisme DNA pada tanaman sirsak di Jawa
Barat khususnya pada daerah produksi komoditas utama sirsak belum
diidentifikasi. Oleh karena itu, penelitian perlu dilakukan untuk mengetahui pola
genetik dari tanaman sirsak di Jawa Barat. Selain keragaman genetik dari tanaman

sirsak, uji aktivitas antioksidan sirsak di daerah komoditas unggulan di Jawa Barat
juga belum dilakukan, untuk itu perlu dilakukan uji aktivitas antioksidan di 3
daerah unggulan Jawa Barat untuk meningkatkan potensi dari sirsak dari tiap
daerah.
Keragaman genetik dilakukan terhadap 3 sampel pada masing-masing
kabupaten dengan menggunakan marka molekuler Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD). Pengujian aktivitas antioksidan dilakukan dengan
menggunakan metode DPPH (2,2-difenil-1-pikrilhidrazil) yang diawali dengan
ekstraksi daun sirsak menggunakan pelarut etanol.
Hasil penelitian menunjukkan keragaman genetik menggunakan marka
molekuler RAPD pada populasi tanaman sirsak di Jawa Barat pada daerah Garut,
Cianjur, dan Sukabumi dengan menggunakan 5 jenis primer (E3, E14, H5, H9,
H13) menghasilkan 30 pita DNA polimorfik. Dendogram hubungan kekerabatan
dalam satu kabupaten berdasarkan penanda RAPD menunjukkan hubungan
kekerabatan terjauh diperoleh antara Sukabumi1 dan Sukabumi2 sebesar 0.39
sedangkan keragaman genetik terendah pada sampel Cianjur2 dengan Cianjur3
sebesar 0.94. Hasil uji aktivitas antioksidan terkuat adalah daerah Sukabumi2
dengan nilai IC50 (Inhibition Concentration 50%) sebesar 23.25 μg ml-1
sedangkan aktivitas antioksidan terendah adalah Cianjur3 sebesar 56.34 μg ml-1.
Semakin rendah nilai IC50 maka aktivitas antioksidan sampel semakin kuat.

Kata kunci: Keragaman genetik, random amplified polymorphic DNA, aktivitas
antioksidan

SUMMARY
PRIATNO KHANNA. Genetic Diversity Using Random Amplified Polymorphic
DNA (RAPD) Markers and Antioxidant Activity of Soursop (Annona muricata
L.) in West Java. Supervised by AKHMAD ENDANG ZAINAL HASAN and I
MADE ARTIKA.
Soursop (Annona muricata L.) is one species of medicinal plants that are
currently being developed. Based on data obtained from the Department of Food
Crops of West Java Province in 2014, known as the production centers in West
Java leading commodity soursop plants were in Sukabumi, Cianjur and Garut.
The presence of DNA polymorphism in soursop plant in West Java, especially in
the area of production of major commodities soursop has not been identified.
Therefore, the research needs to be conducted to determine the genetic pattern of
the soursop plant in West Java. In addition to the genetic diversity of soursop,
soursop antioxidant activity in the area of leading commodity in West Java has
not been done, therefore it is necessary to test the antioxidant activity in the 3 seed
area of West Java to increase the potential of soursop of each region.
Genetic diversity analysis conducted on three samples at each district using

molecular Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers. Analysis of
antioxidant activity using DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) initiated by
soursop leaf extraction using ethanol.
The results showed that the genetic diversity using RAPD markers,
populations soursop plant in West Java in Garut, Cianjur and Sukabumi using 5
types of primary (E3, E14, H5, H9, H13) resulted in 30 polymorphic DNA bands.
Dendogram correlation within a district based on RAPD markers obtained
indicate the highest correlation between Sukabumi1 and Sukabumi2 of 0,39 while
the lowest genetic diversity in the samples Cianjur2 with Cianjur3 from of 0.94.
The strongest antioxidant activity is Sukabumi2 with IC50 (Inhibition
Concentration 50%) of 23.25 μg ml-1 while the lowest antioxidant activity is
Cianjur3 of 56.34 μg ml-1. If IC50 value is lower, the antioxidant activity will be
stronger.
Keywords: Genetic diversity, random amplified polymorphic DNA, antioxidant
activity

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,

penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

KERAGAMAN GENETIK MENGGUNAKAN MARKA
MOLEKULER RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA
(RAPD) DAN AKTIVITAS ANTIOKSIDAN SIRSAK (Annona
muricata L.) DI JAWA BARAT

PRIATNO KHANNA

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biokimia

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr. Suryani, M.Sc

Judul Tesis : Keragaman Genetik Menggunakan Marka molekuler Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Aktivitas Antioksidan
Sirsak (Annona muricata L.) di Jawa Barat
Nama
: Priatno Khanna
NIM
: G851130211

Disetujui oleh
Komisi Pembimbing

Dr Ir Akhmad Endang Zainal Hasan, MSi
Ketua

Dr Ir I Made Artika, M App Sc
Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi
Biokimia

Dekan Sekolah Pascasarjana

Prof Dr drh Maria Bintang, MS

Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian: 31 Agustus 2015

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Penulis memanjatkan puji syukur kepada Allah SWT yang telah

melimpahkan rahmat-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan karya tulis ini.
Karya tulis ini merupakan hasil penelitian tesis dengan judul “Keragaman Genetik
menggunakan Marka molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
dan Aktivitas Antioksidan Sirsak (Annona muricata L.) Di Jawa Barat”.
Melalui karya tulis ini penulis menyampaikan terima kasih kepada Dr Ir
Akhmad Endang Zainal Hasan, MSi dan Dr Ir I Made Artika, M App Sc selaku
Dosen Pembimbing atas saran dan arahannya dalam penyusunan tulisan ini.
Terima kasih penulis sampaikan untuk teman-teman program studi Biokimia 2013
atas semangat dan bantuan yang diberikan. Penulis juga ingin mengucapkan
terima kasih kepada Bapak Yudi atas bantuan teknis di laboratorium. Usep dan
Livia yang telah membantu dalam penyelesaian tesis. Tak lupa untuk keluargaku
tercinta (Ibu, Ayah, Pita, Bowo) yang selalu memberikan doa, semangat dan
motivasi yang tiada putus-putusnya. Serta, pihak-pihak lain yang ikut membantu.
Semoga hasil penelitian ini dapat memberi manfaat, terutama untuk
pengembangan ilmu Biokimia.
Bogor, Agustus 2015
Priatno Khanna
.

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian
Ruang Lingkup Penelitian

1

1
2
2
2
2

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Bahan
Alat
Ekstraksi DNA
Uji Kualitas dan Kuantitas DNA
Amplifikasi DNA Genom
Seleksi Primer untuk Amplifikasi DNA
Gel Elektroforesis
Analisis Polimorfisme
Ekstraksi Daun Sirsak
Uji Aktivitas Antioksidan

3

3
3
3
3
4
4
5
5
5
5
5

3 HASIL
Kualitas dan Kuantitas DNA
Primer dan Amplifikasi DNA Terseleksi
Dendogram Kemiripan Genetik menggunakan Program NTSYS 2.02
Aktivitas Antioksidan Annona muricata L. dengan Metode
2,2-difenil-1-dipikrilhidrazin (DPPH)

6
6
7
9
10

4 PEMBAHASAN
Keragaman Genetik Sirsak dari Sembilan Sampel Sirsak
Aktivitas Antioksidan Annona muricata L. dengan Metode
2,2-difenil-1-dipikrilhidrazin (DPPH)
Hubungan Antara Keragaman Genetik dan Aktivitas Antioksidan Sirsak

11
11

5 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran

15
15
15

12
14

DAFTAR PUSTAKA

15

LAMPIRAN

18

RIWAYAT HIDUP

21

DAFTAR TABEL
1. Jumlah fragment DNA pada 5 primer
2. Matriks similiaritas genetik sembilan sampel
Annona muricata L. dengan penanda

7
10

DAFTAR GAMBAR
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

Hasil ekstraksi DNA genom
Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPE-4
Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPE-7
Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-5
Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-13
Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-19
Dendogram kemiripan genetik dari 9 sampel berdasarkan metode
UPGMA menggunakan lima primer
8. Nilai rata-rata IC50 ekstrak 9 sampel sirsak

6
7
8
8
9
9
10
11

DAFTAR LAMPIRAN
1. Diagram alir penelitian
2. Urutan nukleotida primer acak (GC > 70%)
3. Absorbansi ekstrak daun sirsak pada panjang gelombang 517 nm
4. Persen inhibisi ekstrak daun sirsak
5. IC50 ekstrak daun sirsak

16
18
19
19
19

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Pengembangan tanaman yang berpotensi menjadi tanaman obat terus
dilakukan. Pemanfaatan kekayaan sumber daya hayati Indonesia dan kesehatan
tradisional agar dapat terintegrasi dalam sistem pelayanan formal mulai
diupayakan oleh pemerintah dengan diterbitkannya peraturan Menteri Kesehatan
Republik Indonesia nomor 88 tahun 2013 tentang rencana induk pengembangan
bahan baku obat tradisional. Salah satu tanaman obat yang saat ini sedang
dikembangkan adalah Sirsak (Annona muricata L.). Daun sirsak banyak
digunakan sebagai obat herbal untuk mengobati berbagai penyakit, antara lain :
penyakit asma di Andes Peru, diabetes dan kejang di Amozania Peru (Zuhud
2011). Senyawa flavonoid berfungsi sebagai antioksidan untuk penyakit kanker,
antimikroba, antivirus, pengatur fotosintetis, dan pengatur tumbuh (Robinson
1995). Berdasarkan data yang diperoleh dari data Dinas Pertanian Tanaman
Pangan Provinsi Jawa Barat 2014, sentra produksi komoditas unggulan Jawa
Barat untuk tanaman sirsak berada di daerah Sukabumi, Cianjur, dan Garut.
Pengetahuan tentang variasi genetik sangat penting bagi program pemuliaan
karena memberikan informasi mengenai struktur molekul genetik tanaman,
sehingga dapat digunakan sebagai dasar untuk seleksi tanaman yang akan
dibudidayakan. Variasi genetik dapat digunakan sebagai bahan seleksi genotip
yang dikehendaki. Pengembangan bidang molekular dengan analisis DNA akhirakhir ini sering digunakan untuk mengkarakterisasi variasi genetik dan
kekerabatan dalam suatu genus, spesies, kultivar atau aksesi. Informasi tentang
keragaman genetik merupakan modal dasar bagi para ahli pemuliaan dan genetika
populasi dalam pengembangan dan perbaikan tanaman, terutama sebagai langkah
awal dalam seleksi tanaman. Langkah ini penting terutama untuk membedakan
individu dalam spesies serta untuk identifikasi genotip secara tepat.
Analisis RAPD merupakan salah satu metode analisis molekul yang
digunakan untuk mengevaluasi hubungan genetik populasi organisme. Dasar
analisis RAPD adalah penggunaan mesin PCR yang mampu mengamplifikasi
sekuen DNA secara in vitro. Teknik PCR melibatkan temperatur, denaturasi DNA,
penempelan primer pada DNA, dan perpanjangan primer oleh enzim DNA
polimerase menjadi suatu fragmen DNA dengan berbagai ukuran (Weising et al.
1995). Penggunaan penanda RAPD relatif lebih murah, mudah, cepat memberikan
hasil, tidak memerlukan pengetahuan tentang latar belakang dari genom yang
dianalisis dan mudah memperoleh primer acak yang diperlukan untuk
menganalisis genom (Tingey et al. 1992). Penanda RAPD telah banyak digunakan
untuk berbagai keperluan seperti mempelajari keragaman genetik pada kunyit dan
temulawak (Utami 2012), Ganoderma spp. (Palupi 2010), kurma (Hussam et al.
2014), ara tunisia barbari (Bendhifi et al. 2013), dan kacang almond (Sharma et al.
2012).
Perbedaan wilayah menyebabkan adanya polimorfisme DNA atau
keragaman genetik pada tanaman tersebut (Hutter et al. 2006). Adanya
polimorfisme DNA pada tanaman sirsak di Jawa Barat khususnya pada daerah

2
produksi komoditas utama sirsak belum diidentifikasi. Oleh karena itu, penelitian
perlu dilakukan untuk mengetahui pola genetik dari tanaman sirsak di Jawa Barat.
Penelitian tentang manfaat sirsak terutama sebagai antioksidan telah
dibanyak dilakukan, seperti penelitian Handayani et al. (2015), Rivai et al. (2013),
Latifah (2013), Adri dan Hersoelistyorini (2013), Putri (2012), namun untuk
aktivitas antioksidan sirsak di daerah penghasil komoditas unggulan di Jawa Barat
belum dilakukan, untuk itu perlu dilakukan uji aktivitas antioksidan di tiga daerah
unggulan Jawa Barat untuk meningkatkan potensi dari sirsak dari tiap daerah.

Perumusan Masalah
Aktivitas antioksidan dan analisis keragaman genetik dengan menggunakan
penanda molekuler perlu dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik sirsak
yang berasal dari daerah penghasil komoditas utama sirsak di wilayah di Jawa
Barat. Penelitian terkait aktivitas antioksidan dan RAPD telah banyak dilakukan,
namun penelitian tentang aktivitas antioksidan pada sirsak khususnya daerah
penghasil komoditas utama di Jawa Barat sejauh ini belum dilaporkan.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik sirsak
(Annona Muricata L.) yang berasal dari berbagai wilayah di Jawa Barat
berdasarkan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan menguji
aktivitas antioksidan dari ekstrak daun sirsak di berbagai wilayah di Jawa Barat.

Manfaat Penelitian
Beberapa manfaat yang dapat diambil dari penelitian ini adalah sebagai
informasi ilmiah mengenai keragaman genetik dan aktivitas antioksidan sirsak
(Annona Muricata L.) dari berbagai daerah di Jawa Barat. Hasil yang diperoleh
diharapkan menjadi landasan awal dalam seleksi pembudidayaan sirsak dan untuk
pengembangan potensi daerah penghasil sirsak di Jawa Barat.

Ruang Lingkup Penelitian
Lingkup kegiatan penelitian meliputi ektraksi DNA genom dari sirsak
dengan metode Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB)
dilanjutkan dengan amplifikasi dengan alat PCR menggunakan primer terpilih.
Hasil PCR dielektroforesis dan data yang diperoleh diolah menggunakan program
NTSYS 2.02 untuk melihat keragaman genetik sirsak. Ekstraksi daun sirsak
menggunakan pelarut etanol 70%. Ekstrak etanol daun sirsak digunakan untuk
menguji aktivitas antioksdian dengan menggunakan metode DPPH.

3

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2014 sampai Maret 2015.
Analisis keragaman genetik dikerjakan di Laboratorium Biologi Molekuler
Tumbuhan II, Agronomi dan Hortikulutura Fakultas Pertanian IPB. Pengujian
aktivitas antioksidan dikerjakan di Laboratorium Biokimia dan Laboratorium
Pusat Studi Biofarmaka (PSB).
Bahan
Bahan-bahan yang digunakan adalah daun sirsak dari 3 kabupaten (Garut:
Lewigoong= GRT1, Cangkuang= GRT2, Kadungora= GRT3; Cianjur: Sukasirna=
CJR1, Sukasarana= CJR2, Ciherang= CJR3; Sukabumi: Karangpapak ratu=
SKB1, Karangpapak asam= SKB2, Sukasari= SKB3) di 9 lokasi diwilayah Jawa
Barat, microplate antioksidan, Elisa reader, Larutan CTAB 10%, EDTA 0.5 M
pH 8.0, Tris-HCl 1 M pH 8.0, NaCl 5 M, akuades steril, polivinilpolipirolidin
(PVPP), larutan kloroform: isoamilalkohol (24:1), EtOH 100%, bufer Tris-HCl –
EDTA (TE), alkohol absolut, etanol 70%, bubuk agarosa, bufer Tris-HCl – boric
acid – EDTA (TBE) 0.5x, etidium bromida (EtBr), loading dye , marker 100bp
dan marker 1 kb plus DNA ladder. Bahan PCR-RAPD, yaitu KAPA2GTM Fast
PCR kit (5x KAPA2G Buffer A, MgCl2, dNTP mix, KAPA2G fast DNA
Polymerase), dan 15 primer yaitu OPE1, OPE3, OPE7, OPE4, OPE10, OPE18,
OPE19, OPH5, OPH16, OPH19, OPM6, OPH13, OPM18, OPM20, OPM24
(urutan nukleotida pada Lampiran 3.
Alat
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah timbangan analitik,
mesin PCR (Esco), perangkat elektroforesis (Bio-Rad), gel documentation (Alpha
Innotech), spektrofotometer, waterbath, hot plate, sentrifus, lemari es dan freezer,
vortex mixer, desikator vacuum pump, gelas ukur 100 ml, erlenmeyer 100 ml,
mortar dan pestel, spatula, gunting, pipet mikro, tip mikro, tabung mikrosentrifus,
dan sarung tangan karet, mesh screen berukuran 40-60 mesh, penguap putar, alat
soklet, corong, kertas saring, alumunium foil, dan oven.
Prosedur Penelitian
Ekstraksi DNA
Protokol yang digunakan untuk ekstraksi DNA adalah prosedur ekstraksi
yang dikembangkan oleh Doyle & Doyle (1987) berbasis CTAB dengan
modifikasi penambahan 2 % Polivinilpolipirolidon (PVPP). Sampel daun muda
segar dari daun sirsak ditimbang sebanyak 0,5 g, lalu diletakkan dalam cawan
porselein steril dan ditambahkan 700 μl buffer ekstraksi CTAB kemudian digerus
dengan mortar steril sampai daun lumat. Daun sampel yang telah lumat
dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 2 ml.

4
Tahapan selanjutnya dilakukan inkubasi sampel dalam water bath bersuhu
65°C selama 15 menit sambil tabung dibolak-balik setiap 5 menit. Tahapan ini
dilakukan untuk mengoptimalkan kerja buffer ekstrak yang ditambahkan ke dalam
sampel. Sampel kemudian ditambahkan dengan 700 μl larutan Khloroform:
Isoamil alkohol (dengan perbandingan 24:1). Penambahan ini dilakukan untuk
mengekstraksi DNA dari kontaminan. Khloroform merupakan pelarut organik
yang dapat melarutkan protein, lipid, dan molekul lain seperti polisakarida.
Sampel kemudian divortex selama 2-3 menit, selanjutnya dilakukan sentrifugasi
sampel dengan kecepatan 11.000 rpm selama 5 menit. Tujuannya untuk
memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi penyebab kontaminasi
dengan DNA.
Supernatan yang telah diperoleh kemudian diambil dan ditambahkan lagi
dengan 700 μl larutan Khloroform: Isoamil-alkohol (24:1). Penambahan ini
dilakukan untuk memperoleh supernatan berisi DNA yang bebas kontaminan.
Suspensi kemudian divortex sampai rata untuk optimalisasi homogenasi.
Selanjutnya suspensi disentrifugasi pada kecepatan 11.000 rpm pada suhu 25°C
selama 5 menit, sehingga diperoleh suspensi dengan lapisan; lapisan atas berupa
supernatan, dan lapisan bawah berupa pelet. Supernatan pada lapisan paling atas
diambil dan ditambahkan dengan 2/3 x volume larutan etanol absolut untuk
presipitasi DNA. Supernatan yang telah ditambahkan etanol absolut kemudian
digoyang perlahan-lahan dengan cara membolak-balikkan tabung. Untuk
mengendapkan DNA (pelet DNA), larutan disentrifugasi kembali pada kecepatan
9.000 rpm pada suhu 4°C selama 5 menit, kemudian cairan etanol dibuang dan
pelet DNA dikeringkan dengan alat desikator, lalu dilarutkan dalam 100 μL
akuabides. DNA disimpan dalam refrigerator sampai siap digunakan.
Uji Kualitas dan Kuantitas DNA (Sambrook et al. 1989)
Pengujian integritas DNA secara kualitatif dilakukan dengan elektroforesis
gel agarosa 1%. Sebanyak 0.4 gram bubuk agarosa ditimbang dan dilarutkan ke
dalam 40 mL bufer TBE 0.5x dengan menggunakan hot plate, kemudian dituang
ke dalam cetakan bersisir dan didinginkan hingga beku. Gel agarosa beku
dimasukkan ke dalam bak elektroforesis berisi bufer TBE 0.5x, selanjutnya
sebanyak 1 μL loading dye dan 5 μL sampel DNA diinjeksikan ke dalam sumur.
Perangkat elektroforesis dihubungkan pada arus listrik dan dijalankan pada
tegangan 90 volt selama 85 menit.
Pengukuran kuantitas DNA dilakukan dengan metode spektrofotometri
menggunakan spektrofotometer. Sampel DNA diencerkan sebanyak 140x dengan
menambahkan 695 μL ke dalam 5 μL sampel DNA, selanjutnya diukur
absorbansinya pada panjang gelombang 260 dan 280 nm. Tingkat kemurnian
sampel diperkirakan berdasarkan nilai rasio serapan pada panjang gelombang 260
dan 280 nm, sedangkan konsentrasi sampel diperoleh dari hasil perkalian nilai
serapan pada panjang gelombang 260 nm dengan faktor konversi dan faktor
pengenceran.
Amplifikasi DNA Genom
Tabung PCR berisi 5 μl Taq DNA polymerase, 5 μl RAPD primer dan 2.5μl
DNA sampel sehingga total larutan untuk tiap reaksi menjadi 10 μl. Reaksi
amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Mesin PCR (Esco), dengan kondisi

5
PCR sebagai berikut: satu siklus 5 menit pada suhu 94°C, dan diikuti dengan 44
siklus selama 1 menit pada suhu 94°C (denaturasi), 1 menit pada suhu 33.2°C
(bergantung pada jenis primer) (annealing), 1 menit pada suhu 72°C (ekstensi).
Seluruh produk amplifikasi DNA dilengkapi dengan ekstensi selama 10 menit
pada suhu 72°C.
Seleksi Primer untuk Amplifikasi DNA
Sebanyak 15 primer oligonukleotida acak yaitu OPE1, OPE3, OPE7, OPE4,
OPE10, OPE18, OPE19, OPH5, OPH16, OPH19, OPM6, OPH13, OPM18,
OPM20, OPM24 digunakan untuk mengamplifikasi dua sampel DNA dengan
program RAPD. Produk PCR diuji dengan elektroforesis gel agarosa untuk
melihat pita-pita yang terbentuk. Dari pita-pita yang dihasilkan, dipilih 5 primer
yang dapat menghasilkan pita dengan intensitas tegas dan banyak polimorfik.
Primer-primer terpilih digunakan untuk mengamplifikasi seluruh sampel.

Gel Elektroforesis
Setelah proses PCR, 2,5 μl campuran sampel ditambahkan 2,5 μl loading
dye kemudian dimasukkan dalam sumuran gel 1% dalam perangkat elektroforesis
yang sudah diisi bufer TBE 0,5x, diisikan satu sumuran terakhir dengan 1 Kb
DNA marker. Setelah itu elektroforesis dijalankan dengan daya 90 volts sampai
45 menit. Gel kemudian direndam dalam larutan etidium bromida selama 30 detik.
Selanjutnya gel diamati di bawah lampu UV menggunakan Gel documentation
system.
Analisis Polimorfisme
Data yang diperoleh dari pemotretan gel hasil RAPD berupa pita-pita DNA
diurutkan dari batas bawah sumur sampai batas bawah pita yang masih tampak.
Analisis data didasarkan pada ada atau tidaknya pita. Profil pita diterjemahkan ke
dalam bentuk biner dengan ketentuan nilai 0 untuk tidak ada pita dan 1 untuk ada
pita pada satu posisi yang sama dari nomor-nomor sampel yang dibandingkan.
Pembuatan dendogram dilakukan dengan metode Unweighted Pair-Group
Method Arithmetic (UPGMA) menggunakan program Numerical Taxonomy and
Multivariate System (NTSYS) versi 2.02 (Rohlf 1998).
Ekstraksi Daun Sirsak
Daun sirsak diekstraksi menggunakan metoda Hasan et al. (2013), Jang et al.
(2006) dan Zhang et al.(2011) yang dimodifikasi. Sebanyak 200 g simplisia daun
sirsak direndam dengan etanol 70 % selama 18 jam kemudian dipanaskan dengan
pemanas gelombang mikro selama 20 menit. Hasilnya disaring lalu dikentalkan
dan dikeringkan dengan evaporator vakum. Hasil yang diperoleh merupakan
ekstrak daun sirsak.
Uji Aktivitas Antioksidan
Aktivitas antioksidan ekstrak daun sirsak diuji dengan metoda Cottica et al.
(2011) yang dimodifikasi untuk melihat penghambatan oksidasi radikal bebas
DPPH. Contoh ekstrak daun sirsak dilarutkan dalam etanol 70% dan dibuat
dalam berbagai konsentrasi (500, 250, 125, 62.5, 31.25, 15.5 dan 7.75 mg ml-1).

6
Setelah itu dikocok dengan vorteks. Kemudian diambil 100 µl ekstrak dan
direaksikan dengan 100 µl DPPH 125 µmol. Kemudian diinkubasi selama 30
menit. Setelah itu diukur absorbansinya dengan menggunakan ELISA reader pada
panjang gelombang 515 nm. Persentase penangkapan radikal bebas DPPH diukur
menggunakan persamaan :
% Penangkapan radikal =
x 100%
Keterangan : A : serapan kontrol negatif (DPPH + etanol)
B : serapan ekstrak uji (DPPH +etanol+ ekstrak uji).
Setelah diketahui persentase penangkapan radikal bebas DPPH, dibuat
kurva dan persamaan antara konsentrasi ekstrak daun sirsak (sumbu X) dan nilai
persentase penangkapan radikal bebas DPPH (sumbu Y) diperoleh persamaan
Y=a.ln(X)-b. Untuk menghitung konsentrasi yang menghasilkan penangkapan
radikal bebas sebanyak 50% adalah dengan cara memasukkan angka 50 pada
sumbu Y kemudian diperoleh nilai konsentrasi ekstrak daun sirsak pada sumbu X
dari kurva antara konsentrasi ekstrak daun sirsak dan nilai persentase
penangkapan radikal bebas DPPH. Nilai konsentrasi ekstrak daun sirsak yang
diperoleh merupakan nilai IC50 aktivitas antioksidan.
3 HASIL
Kualitas dan Kuantitas DNA
DNA hasil isolasi Annona muricata L. yang diperoleh memiliki jumlah
yang cukup dan kualitas cukup baik, hal ini terlihat dari elektroforegram hasil
pengujian DNA dengan elektroforesis gel agarosa (Gambar 1). Konsentrasi
dihitung berdasarkan nilai absorbansi pada panjang gelombang 260 nm yang
dikalikan dengan faktor pengenceran dan faktor konversi.

7
Gambar 1 Hasil ekstraksi DNA genom: dari kiri kekanan GRT1, GRT2, GRT3,
CJR1, CJR2, CJR3, SKB1, SKB2, dan SKB3, Marker 1 kb DNA
Ladder.
Primer dan Amplifikasi DNA Terseleksi
15 primer oligonukleotida acak yaitu OPE1, OPE3, OPE7, OPE4, OPE10,
OPE18, OPE19, OPH5, OPH16, OPH19, OPM6, OPH13, OPM18, OPM20,
OPM24 diseleksi dengan mengamplifikasi dua sampel DNA. Hasil seleksi dari 15
primer terpilih 5 primer yang menunjukkan tingkat kualitas amplifikasi yang baik
pada 2 sampel. Primer yang digunakan yaitu OPE-4, OPE-7, OPH-5, OPH-13,
OPH-19. Lima primer terpilih digunakan untuk mengamplifikasi 9 sampel.
Jumlah lokus yang diperoleh setelah proses RAPD-PCR pada semua sampel
sebanyak 57 fragment (Gambar 2-6).
Tabel 1. Jumlah fragment DNA pada 5 primer
No
1
2
3
4
5

Nama
primer
OPE4
OPE7
OPH5
OPH13
OPH19

Sekuen (5’-3’)
GTGACATGCC
AGATGCAGCC
AGTCGTCCCC
TGTAGCTGGG
GTGACCAGCC
Total

Total
pita
15
11
11
9
11
57

Pita
Pita
Persentase
polimorfik monomorfik polimorfik
6
9
40.00
6
5
54.55
5
6
45.45
4
5
44.44
9
2
81.82
30
28
52.63

OPE-4
Gambar 2 Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPE-4.
1=GRT1, 2=GRT2, 3=GRT3, 4=CJR1, 5=CJR2, 6=CJR3, 7=SKB1,
8=SKB2, 9=SKB3

8

OPE-7
Gambar 3 Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPE-7.
1=GRT1, 2=GRT2, 3=GRT3, 4=CJR1, 5=CJR2, 6=CJR3, 7=SKB1,
8=SKB2, 9=SKB3

OPH-5
Gambar 4 Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-5.
1=GRT1, 2=GRT2, 3=GRT3, 4=CJR1, 5=CJR2, 6=CJR3, 7=SKB1,
8=SKB2, 9=SKB3

9

OPH-13
Gambar 5 Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-13.
1=GRT1, 2=GRT2, 3=GRT3, 4=CJR1, 5=CJR2, 6=CJR3, 7=SKB1,
8=SKB2, 9=SKB3

OPH-19
Gambar 6 Elektroforegram 9 sampel DNA sirsak menggunakan primer OPH-19.
1=GRT1, 2=GRT2, 3=GRT3, 4=CJR1, 5=CJR2, 6=CJR3, 7=SKB1,
8=SKB2, 9=SKB3
Dendogram Kemiripan Genetik menggunakan Program NTSYS 2.02
Analisis Clustering dari seluruh data membentuk dendogram (Gambar 7).
Hubungan kekerabatan makin dekat bila nilai similaritas makin dekat dengan 1.
Nilai indeks similaritas atau indeks kesamaan digunakan untuk membandingkan
kesamaan yang ditemukan antara satu sampel dengan sampel lainnya. Jika nilai

10
mendekati 0% maka tingkat kemiripan rendah dan jika nilai mendekati 100%
maka kesamaan komunitas antar sampel tergolong tinggi.
GRT1
CJR1
SKB1
GRT2
GRT3
CJR2
CJR3
SKB3
SKB2
0.43

0.49

0.54

0.60

0.66

0.71

0.77

0.83

0.88

0.94

Coefficient

Gambar 7 Dendogram kemiripan genetik dari 9 sampel berdasarkan metode
UPGMA menggunakan lima primer
Data elektroforegram hasil amplifikasi DNA dari Sembilan sampel
menggunakan lima primer diubah ke dalam data biner dan dibuat matriks
similiaritas (similarity matrix) berdasarkan metode Unweighted Pair-Group
Method Arithmetic (UPGMA) menggunakan program numerical taxonomy and
multivariate analysis system (NTSYS) 2.02.
Tabel 2 Matriks similiaritas genetik sembilan sampel Annona muricata L. dengan
penanda RAPD
Sampel GRT1 GRT2 GRT3 CJR1 CJR2 CJR3 SKB1 SKB2 SKB3
GRT1
1.00
GRT2
0.61
1.00
GRT3
0.39
0.58
1.00
CJR1
0.76
0.61
0.58
1.00
CJR2
0.36
0.55
0.85
0.58
1.00
CJR3
0.36
0.55
0.85
0.58
0.94
1.00
SKB1
0.73
0.52
0.36
0.70
0.45
0.52
1.00
SKB2
0.18
0.48
0.73
0.39
0.70
0.67
0.18
1.00
SKB3
0.30
0.42
0.85
0.52
0.82
0.79
0.30
0.82
1.00
Aktivitas Antioksidan Annona muricata L. dengan Metode 2,2-difenil-1dipikrilhidrazil (DPPH)
Aktivitas antioksidan dinyatakan dengan persentase penghambatan
(inhibisi) yang diperoleh dari nilai absorbansi blanko dikurangi absorbansi sampel
(Zhang et al. 2011). Hasil dari metode DPPH diinterpretasikan dalam parameter
IC50 (Inhibition Concentration 50). Nilai rata-rata IC50 ekstrak Annona muricata L.
dari pelarut etanol dapat dilihat pada Gambar 8.

11

Rata-rata IC50 (μg ml-1)

60
50
40
30
20
10
0
GRT1

GRT2

GRT3

CJR1

CJR2

CJR3

SKB1

SKB2

SKB3

Lokasi sampel
Gambar 8 Nilai rata-rata IC50 ekstrak 9 sampel sirsak
Suatu senyawa dikatakan sebagai antioksidan sangat kuat apabila memiliki
nilai IC50 kurang dari 50 μg ml-1, kuat apabila nilai IC50 antara 50-100 μg ml-1,
sedang apabila nilai IC50 berkisar antara 101-150 μg ml-1, dan lemah apabila nilai
IC50 berkisar antara 150-200 μg ml-1 (Molyneux 2004). Berdasarkan data yang
diperoleh, daerah Sukabumi memiliki aktivitas antioksidan terkuat.

4 PEMBAHASAN
Keragaman Genetik Sirsak dari Sembilan Sampel Sirsak
Penanda molekuler merupakan suatu penanda yang mampu membedakan
setiap spesies tanaman atau genotip tanaman tanpa dipengaruhi oleh lingkungan.
Penggunaan penanda molekuler sangat bermanfaat untuk membandingkan
berbagai klasifikasi baik berdasarkan analisis RAPD maupun dengan analisis
berdasarkan pada penanda lainnya seperti RFLP, AFLP, SSR sehingga hasil
klasifikasi akan lebih akurat (Weising et al. 1995).
PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul
DNA dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang berkomplemen dengan
molekul DNA cetakan dengan bantuan enzim DNA Polymerase dan primer dalam
suatu thermocyler. Ada empat komponen utama yang dibutuhkan untuk
melakukan proses PCR yaitu DNA template (cetakan), primer, DNA polymerase
dan dNTPs. Proses PCR memiliki tiga tahapan utama, yaitu denaturasi,
penempelan primer (annealing), dan pemanjangan sekuen (extension) (Zulfahmi
2013).
Penanda RAPD dihasilkan melalui amplifikasi DNA in vitro dengan
menggunakan teknik PCR yaitu dengan menggunakan sekuen acak primer
oligonukleotida. Penanda RAPD memiliki banyak kelebihan dibandingkan dengan
penanda DNA lainnya yaitu antara lain penanda RAPD lebih murah, regenerasi

12
cepat, membutuhkan DNA lebih sedikit, tidak menggunakan radio isotop dan
untuk analisis tidak perlu keahlian yang khusus. Selain itu, penanda RAPD dapat
dihasilkan tanpa perlu diketahui latar belakang genomnya. Disamping itu, pada
analisis RAPD dapat diperoleh hasil dengan cepat, hasil estimasi yang lebih tinggi
untuk kesamaan interspesifik, tidak memerlukan banyak tahapan, tidak
membutuhkan informasi urutan primer serta primer acak yang dipakai dapat dibeli
dan dapat digunakan untuk analisis genom semua jenis organisme (William et al.
1991).
Sembilan sampel diperoleh dari Jawa Barat yang diamplifikasi dengan
menggunakan lima primer acak. Produk amplifikasi sembilan sampel
menghasilkan 57 pita dan menghasilkan 30 pita polimorfik. Ukuran hasil
amplifikasi pita monomorfik dan polimorfik berada pada 150bp sampai 1800bp.
Pita terbanyak diperoleh dari primer OPE-4 yaitu 15 pita, sedangkan pita terendah
dari primer OPH-13 yaitu 9 pita. Persentase polimorfisme dari 40 sampai 81.82%.
Primer OPE-19 menghasilkan polimorfisme tertinggi yaitu 81.82%, sedangkan
primer OPE-4 menghasilkan polimorfisme terendah yaitu 40%.
Berdasarkan dendogram hasil analisis UPGMA (Gambar 7), sembilan
sampel sirsak dikelompokkan menjadi dua kelompok utama (A dan B) dengan
koefisien similaritas dari 0.43 sampai 0.94. Kluster A terdiri atas empat sampel
dan kelas B terdiri dari lima sampel. Kluster A terbagi menjadi dua subkluster (A1
dan A2). Subkluster A1 memiliki terdiri atas GRT1 dan CJR1 dengan jarak
genetik 0.7 dan SKB1 dengan jarak 0.71, sedangkan subkluster A2 hanya terdiri
dari GRT2 yang memiliki jarak genetik dengan subkluster A1 sebesar 0.57.
Kluster B terbagi menjadi dua subkluster (B1 dan B2). Subkluster B2 hanya
terdiri dari SKB2 dengan jarak genetik 0.72 sedangkan subkluster B1 terdiri atas
GRT3, CJR2, CJR3, dan SKB3 dimana CJR2 dan CJR3 memiliki kekerabatan
yang paling dekat yaitu 0.94. Keragaman genetik antara kelompok I dan II berada
pada jarak 0.43 yang menandakan tingginya keragaman genetik antar kelompok
kluster.
Ditinjau dari sebaran pengelompokan terlihat bahwa ada sekelompok
sampel sirsak yang berada pada satu kluster yang berasal dari kabupaten yang
sama, yaitu GRT1 dengan GRT2 dengan jarak genetik 0.56 pada kluster A yang
berasal dari kabupaten Cianjur, dan pada kluster B terdapat SKB2 dan SKB3
dengan jarak genetik 0.72 yang berasal dari kabupaten Sukabumi, juga CJR2 dan
CJR3 dengan jarak genetik 0.94 yang berasal dari kabupaten Cianjur. Adanya
keragaman genetik yang tinggi dalam suatu wilayah menandakan bahwa
keragaman tersebut tidak disebabkan karena perbedaan tempat. Keragaman ini
bisa disebabkan karena perbedaan sumber bibit atau varietas. Keragaman genetik
juga bisa disebabkan karena mutasi alami dan persilangan.
Aktivitas Antioksidan Sirsak dengan Metode 2,2-difenil-1-dipikrilhidrazil
(DPPH)
Antioksidan adalah senyawa-senyawa yang mampu menghilangkan,
membersihkan, menahan pembentukan ataupun memadukan efek spesies oksigen
reaktif (Muchtadi 2001). Senyawa ini memiliki berat molekul kecil, tetapi mampu
menginaktivasi berkembangnya reaksi oksidasi, dengan cara mencegah
terbentuknya radikal bebas. Antioksidan juga merupakan senyawa yang dapat
menghambat reaksi oksidasi, dengan mengikat radikal bebas, dan molekul yang

13
sangat reaktif sehingga kerusakan sel akan dihambat (Winarsi 2007). Salah satu
uji untuk menentukan aktivitas antioksidan penangkap radikal adalah metode 2,2difenil-1-dipikrilhidrazil (DPPH). Metode ini memberikan informasi reaktivitas
senyawa yang diuji dengan suatu radikal stabil. DPPH memberikan serapan kuat
pada panjang gelombang 517 nm dengan warna violet gelap. Penangkapan radikal
bebas menyebabkan elektron menjadi berpasangan yang kemudian menyebabkan
penghilangan warna yang sebanding dengan jumlah elektron yang diambil
(Kuncahyo dan Sunardi 2007).
Aktivitas antioksidan yang terdapat pada sampel dinyatakan dalam
persentase inhibisinya terhadap radikal DPPH. Persentase inihibisi ini didapatkan
dari serapan antara absorban DPPH dengan absorban sampel yang diukur dengan
spektrofotometer UV-Vis. Besarnya aktivitas antioksidan ditandai dengan nilai
IC50 (inhibition concentration 50%), yaitu konsentrasi larutan sampel yang
dibutuhkan untuk menghambat 50% radikal bebas DPPH (Andayani et al. 2008).
Makin kecil nilai IC50 berarti makin tinggi aktivitas antioksidan.
Secara spesifik suatu senyawa dikatakan sebagai antioksidan sangat kuat
jika nilai IC50 kurang dari 50 μg ml-1, kuat apabila nilai IC50 antara 50-100 μg ml-1,
sedang apabila nilai IC50 berkisar antara 101-150 μg ml-1, dan lemah apabila nilai
IC50 berkisar antara 150-200 μg ml-1 (Molyneux 2004). Menurut klasifikasi ini,
semua ekstrak daun sirsak yang diuji memiliki aktivitas antioksidan yang kuat.
Hal tersebut dapat dilihat dari nilai IC50 pada ekstrak sirsak memiliki nilai IC50
berkisar 23.25 μg ml-1 sampai 56.34 μg ml-1. Aktivitas antioksidan terkuat
berdasarkan nilai IC50 terendah yaitu pada sampel SKB2 sebesar 23.25 μg ml-1.
Aktivitas antioksidan terendah berada pada sampel CJR3 dengan IC50 sebesar
56.34 μg ml-1 . Berdasarkan wilayahnya, tiga sampel dari Sukabumi memiliki
aktivitas antioksidan tertinggi dibanding sampel dari wilayah lainnya.
Metabolit sekunder merupakan senyawa yang tidak memiliki peranan
penting dalam proses pertumbuhan tanaman, tapi sangat penting dalam interaksi
dengan lingkungan untuk adaptasi dan pertahanan mengatasi kondisi stres. Ketika
tumbuhan mengalami stres karena pengaruh lingkungan, produksi metabolit
sekunder meningkat karena faktor pertumbuhan terhambat sehingga fiksasi
karbon dialokasikan pada pembentukan metabolit sekunder. Secara umum, faktor
yang mempengaruhi pembentukan metabolit sekunder menurut Ramakrishna
(2011) yaitu: suhu, kelembaban, intensias cahaya, ketersediaan air, salinitas,
kandungan air dan CO2. Daun sirsak mengandung senyawa flavonoid dan
polifenol yang dapat berperan sebagai antioksidan. Senyawa polifenol merupakan
senyawa kimia yang memiliki leibh dari 1 cincin aromatik (C6) yang menyangga
1 atau lebih gugus hidroksil, sedangkan senyawa flavonoid merupakan senyawa
yang memiliki kerangkan karbon C6-C3-C6 yang disintesis dari fenilalanin
melalui lintasan shikimat, lintasan fenilpropanoid umum dan spesifik.
Aktivitas antioksidan tetinggi berada pada daerah Sukabumi. Daerah
Sukabumi berada pada daerah pesisir pantai yang menyebabkan wilayah tersebut
kekurangan air dan memiliki lingkungan yang lebih panas dibanding daerah
lainnya. Lingkungan yang ekstrim akan memicu tumbuhan untuk menghasilkan
metabolit sekunder sebagai mekanisme pertahanan. Faktor kekeringan atau
kekurangan air menyebabkan stres oksidatif pada tanaman dan meningkatkan
flavonoid dan asam fenolat pada daun. Flavonoid yang dihasilkan berfungsi

14
sebagai perlindungan selama pertumbuhan tanaman. Selain kekeringan, paparan
UV-B pada tanaman juga dapat meningkatkan produksi flovanoid.
Pada sirsak ditemukan senyawa Acetogenin yang efektif melawan kanker.
Kemampuan melawan kanker dapat menjadi interaksi yang efektif dengan
kandungan senyawa antioksidan. Senyawa antioksidan tidak hanya digunakan
sebagai langkah awal pencegahan berbagai penyakit degeneratif, namun dapat
digunakan dalam proses pengobatan penyakit, dimana pada saat senyawa
acetogenin perperan dalam proses penghancuran sel kanker, senyawa antioksidan
mencegah pembentukan kembali sel kanker.
Hubungan Antara Keragaman Genetik dan Aktivitas Antioksidan Sirsak
Berdasarkan wilayahnya, tiga lokasi sampel di Garut menghasilkan nilai
aktivitas antioksidan kuat, nilai aktivitas antioksidan untuk sampel GRT1, GRT2,
GRT3 hampir sama, masing-masing 53.17, 33.20, dan 35.30 μg ml-1. Keragaman
genetik dari 3 sampel tersebut cukup besar berkisar antara 0,39-0,61 . Keragaman
antara GRT1 dan GRT2 sebesar 0.693; GRT1 dan GRT2 sebesar 0.61; dan GRT2
dan GRT3 sebesar 0.61.
Daerah Cianjur menghasilkan aktivitas antioksidan terendah dibandingkan 2
daerah lainnya. Nilai IC50 pada CJR1, CJR2, dan CJR3 masing-masing 42.73,
43.11, dan 56.34 μg ml-1. Keragaman genetik dari 3 sampel tersebut berkisar
antara 0,58-0,94. Keragaman terdekat ada antara CJR2-CJR3 sebesar 0.94.
sedangkan keragaman terjauh antara CJR1-CJR2 sebesar 0.58; dan CJR1-CJR3
sebesar 0.58.
Daerah Sukabumi menghasilkan nilai aktivitas terkuat. Nilai IC50 SKB1,
SKB2, dan SKB3 masing-masing 25.67, 23.25, dan 25.89 μg ml-1. Keragaman
genetik dari 3 sampel tersebut berkisar antara 0,18-0,82. Keragaman terdekat ada
antara SKB2-SKB3 sebesar 0.82. sedangkan keragaman terjauh antara SKB1SKB2 sebesar 0.18; dan SKB1-SKB3 sebesar 0.30.
Untuk perbandingan dalam sembilan lokasi, nilai IC50 terbaik dihasilkan dari
sampel Sukabumi (SKB2) sebesar 23.25 μg ml-1. Sampel GRT1 memiliki
keragaman genetik terdekat dengan sampel CJR1, SKB1 dan GRT1 dengan nilai
similiaritas antara 0.61-0.76. nilai aktivitas antioksidan untuk GRT1 hampir sama
dengan GRT 2 yaitu 52 μg ml-1, sedangkan CJR1 dan SKB1 hampir sama masingmasing 75 dan 74 μg ml-1.
Berdasarkan perbandingan data keragaman genetik dan data IC50 dari 9
sampel, dapat disimpulkan bahwa meskipun nilai keragaman genetiknya berbeda
jauh, aktivitas antioksidannya hampir sama, seperti antara SKB1-SKB2 yang
memiliki keragaman genetik 0.18, namun memiliki nilai aktivitas antioksidan
yang hampir sama masing-masing 25,67 μg ml-1 dan 23,25 μg ml-1. Sebaliknya,
meskipun nilai keragaman genetiknya hampir mirip, nilai aktivitas antioksidannya
berbeda jauh, seperti antara CJR2-SKB3 yang memiliki nilai keragaman genetik
0.82, namun nilai aktivitas antioksidan masing-masing 43.11 μg ml-1 dan 23.25 μg
ml-1. Sehingga terlihat bahwa keragaman genetik tidak terlalu berpengaruh
terhadap aktivitas antioksidan, begitupun sebaliknya.
Dilihat dari keragaman genetiknya diketahui bahwa beberapa sampel yang
berbeda kabupaten memiliki kesamaan yang besar seperti antara GRT3-CJR2 dan
CJR3 yang memiliki kekerabatan sangat dekat yaitu 0.85, juga antara GRT1-CJR1

15
yaitu 0.76. Nilai aktivitas antioksidan hampir sama berdasarkan wilayahnya
masing-masing.
5 SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan
Lima primer terpilih untuk mengamplifikasi DNA sirsak menghasilkan 2
kelompok utama. Kelompok 1 beranggotakan 4 sampel (Garut1, Cianjur1,
Sukabumi1, Garut2) dan kelompok 2 beranggotakan 5 sampel (Garut3, Cianjur2,
Cianjur3, Sukabumi2, Sukabumi3). Aktivitas antioksidan terkuat berdasarkan
IC50 dihasilkan oleh sampel dari Sukabumi2 sebesar 23.25 μg ml-1. Tiga sampel
dari Sukabumi memiliki aktivitas antioksidan tertinggi dibanding sampel dari
wilayah lainnya. Namun, secara umum 9 sampel sirsak memiliki aktivitas
antioksidan dari kuat sampai sangat kuat.

Saran
Perlu dilakukan teknik lain selain DPPH untuk mengetahui aktivitas
antioksidan. Selain itu, perlu dilakukan teknik analisis keragaman genetik lebih
lanjut untuk mengetahui dengan lebih jelas perbedaan setiap sampel. Dan juga
mencari hubungan antara keragaman genetik dan aktivitas antioksidan yang lebih
spesifik pada sirsak.
DAFTAR PUSTAKA
Adri D, Hersoelistyorini W. 2013. Aktivitas antioksidan dan sifat organoleptik teh
daun sirsak (Annona muricata Linn.) berdasarkan variasi lama
pengeringan. JPDG. 4(7) :1-12
Andayani R, Lisawati Y, Maimunah. 2008. Penentuan aktivitas antioksidan, kadar
fenolat total dan likopen pada buah tomat (Solanum lycopersicum L). JSTF.
13(1): 1-9.
Bendhifi M, Ghada B, Lazhar Z. 2013. Asessment of genetic diversity of Tunisian
Barbary fig (Opuntia ficus indica) cultivars by RAPD markers and
morphological traits. Sci Hort. 158(2013):1-7.
Cottica SM, Sawaya ACHF, Eberlin MN, Franco SL, Zeoula LM, Visentainer JV.
2011. Antioxidant activity and composition of propolis obtained by
different methods of extraction. J Braz Chem Soc. 22 (5) : 929-935.
Doyle JJ, Doyle JL. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities
of fresh leaf tissue. Phytochem Bull. 19: 11-15.
Handayani H, Feronika HS, Yunianta. 2015. Ektraksi antioksidan daun sirsak
metode ultrasonic bath. JPA. 4(1):262-272.
Hasan AEZ, Djumali M, Titi CS, Ono S, Agus S. 2013. Optimasi ektraksi
propolis menggunakan cara maserasi dengan pelarut etanol 70% dan
pemanasan gelombang mikro serta karakterisasinya sebagai bahan
antikanker payudara. JTIP. 23(1):13-21.

16
Hussam SMK, Sarah KIA, Haider IM. 2014. Molecular characterization of some
Iraqi date palm cultivars using RAPD and ISSR markers. JASR. 4(9):490503.
Hutter S, Viella AJ, Rozas J. 2006. Genome-wide DNA polymorphism analyses
using VariScan. BMC Bioinformatics. 7: 1-10.
Jang HD, Chang KS, Huang YS, Hsu CL, Lee SH, Su MS. 2006. Principal
phenolic phytochemicals and antioxidant activities of three Chinese
medicinal
plants.
JFChem.
103(3):749756.doi10.1016/j.foodchem .2006.09.026.
[KEMENKES RI] Kementrian Kesehatan RI. 2013. Peraturan Menteri Kesehatan
Republik Indonesia Nomor 88 Tahun 2013 tentang Rencana Induk
Pengembangan Bahan Baku Obat Tradisional. Jakarta (ID).
Kuncahyo I, Sunardi. 2007. Uji aktivitas antioksidan ekstrak belimbing wuluh
(Averrhoa bilimbi, L.) terhadap 1,1 diphenyl-2- pycrylhidrazyl (DPPH)
[prosiding]. Di dalam: SNT 2007. Yogyakarta: Perhimpunan Teknik
Indonesia. hlm 1-9.
Latifah W. 2013. Uji aktivitas antioksidan ekstrak etanol daun sirsak (Annona
muricata L.) gugur [skripsi]. Yogyakarta (ID): Universitas Gadjah Mada.
Molyneux P. 2004. The Use of the stable free radical Diphenylpicryl-hydrazil
(DPPH) for estimating antioxidant activity. JST. 26 (2):211-219.
Muchtadi D. 2001. Kajian terhadap serat makanan dan antioksidan dalam
berbagai jenis sayuran untuk pencegahan penyakit degeneratif [Laporan
penelitian]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Palupi DLN. 2010. Analisis keragaman genetik Ganoderma spp. menggunakan
penanda molekuler random amplified polymorphic DNA (RAPD) [skripsi].
Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Putri RNA. 2012. Uji aktivitas antioksdian ekstrak daun sirsak (Annona muricata
L.) dengan metode DPPH (1,1-diphenhyl-2-picrylhydrazil) [skripsi].
Jakarta (ID): Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah.
Ramakrishna Akula, Ravishankar GA. 2011. Influence of abiotic stress signal on
secondary metabolites in plants. PSB. 6(11):1720-1731.
Rivai H, Ernita W, Rusdi. Pengaruh perbandingan pelarut etanol-air terhadap
kadar senyawa fenolat total dan daya antioksidan dari ekstrak daun sirsak
(Annona muricata L.) JPST. 18(1): 35-42.
Robinson T. 1995. Kandungan Organik Tumbuhan Tinggi Edisi VI. Bandung
(ID): ITB Pr.
Rohlf FJ. 1998. NTSYSpc:Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis
System Version 2.0 User Guide. Applied Biostatistics Inc.
Sambrook J, Russel DW. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third
Edition. New York: Cold-Spring Harbor Laboratory Pr.
Sharma D, Rajinder K, Krishan K, Satyavrat B. 2012. Genetic diversity among
selected genotypes of almond Prunus dulcis Miller D.A. Webb assessed by
random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. AJB. 11(88):
14877-14883.doi:10.5897/ajb12.2162.
Tingey SV, Rafalski JA, Williams JGK. 1992. Genetic analysis with RAPD
markers. Application of RAPD technology to plant breeding. Joint Plant
Breeding Symposia Series; 1992 Nov 1; Minneapolis, Minnesota.
Minneapolis (MN): American Genetic Association.

17
Utami A. 2012. Analisis polimorfisme DNA tanaman kunyit (Curcuma longa L.)
dan temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb) lokal menggunakan marka
RAPD [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Weising K, Nybom H, Wolff K, Meyer W. 1995. DNA Fingerprinting in Plants
and Fungi. Boca Raton: CRC Press.
Winarsi H. 2007. Antioksidan Alami dan Radikal Bebas. Yogyakarta: Kanisius.
Zhang HF, Yang XH, Wang Y. 2011. Mircowave assisted extraction of secondary
metabolites from plants: Current status and future directions. Trends Food
Sci Technol. 12(22):672-688.
Zuhud E. 2011. Bukti Kedahsyatan Sirsak Menumpas Kanker. Jakarta (ID):
Agromedia Pustaka.
Zulfahmi. 2013. Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman. J Agrotek.
3(2):41-52.

18
Lampiran 1. Diagram Alir Penelitian
Daun Sirsak

Isolasi DNA

Uji kualitas dan
kuantitas DNA

Ektraksi
(pelarut etanol)

Uji Aktivitas antioksidan
(metode DPPH)

Seleksi primer

Amplifikasi
dengan PCR

Elektroforesis

Analisis data
dengan
NTYSYS 2.02

Inhibition Concentration 50
(IC50)

19
Lampiran 2 Urutan nukleotida primer acak (GC > 50%)
NO.

Nama Primer

Urutan nukleotida

Suhu titik
leleh (oC)

1

OPE1

CCCAAGGTCC

37,3

2

OPE3

CCAGATGCAC

29,2

3

OPE4

GTGACATGCC

28,4

4

OPE7

AGATGCAGCC

33,6

5

OPE10

CACCAGGTGA

29,1

6

OPE18

GGACTGCAGA

28,3

7

OPE19

ACGGCGTATG

36,2

8

OPH5

AGTCGTCCCC

36,2

9

OPH13

TGTAGCTGGG

34,6

10

OPH16

TCTCAGCTGG

29,1

11

OPH19

GTGACCAGCC

33,6

12

OPM6

CTGGGCAACT

33,8

13

OPM18

CACCATCCGT

33,9

14

OPM20

AGGTCTTGGG

31,8

15

OPM24

GGCGGTTGTC

39,2

20
Lampiran 3 Absorbansi ekstrak daun sirsak pada panjang gelombang 517 nm
Konsentrasi
125
62.5
31.25
15.625
7.8125
3.90625

GRT1
0.427
0.689
0.977
1.105
1.184
1.309

GRT2
0.178
0.591
0.872
1.006
1.207
1.286

GRT3
0.179
0.67
0.842
1.021
1.213
1.34

CJR1
0.249
0.616
0.966
1.204
1.2
1.461

Sampel
CJR2
0.21
0.723
0.909
1.19
1.231
1.411

CJR3
0.355
0.766
1.019
1.181
1.267
1.465

SKB1
0.192
0.259
0.659
0.963
1.229
1.429

SKB2
0.233
0.193
0.568
0.874
1.208
1.424

SKB3
0.187
0.287
0.721
1.001
1.193
1.337

Lampiran 4 Daya inhibisi ekstrak daun sirsak
Konsentrasi

Sampel
GRT1 GRT2 GRT3 CJR1 CJR2 CJR3 SKB1 SKB2 SKB3

125
62.5
31.25
15.625
7.8125
3.90625

70.77
52.84
33.13
24.37
18.96
10.4

87.82
59.55
40.31
31.14
17.39
11.98

87.75
54.14
42.37
30.12
16.97
8.282

Lampiran 5 IC50 ekstrak daun sirsak
Lokasi
Sampel
GRT1
GRT2
GRT3
CJR1
CJR2
CJR3
SKB1
SKB2
SKB3

IC50
53.17
33.20
35.30
42.73
43.11
56.34
25.67
23.25
25.89

82.96
57.84
33.88
17.59
17.86
0

85.63
50.51
37.78
18.55
15.74
3.422

75.7
47.57
30.25
19.16
13.28
0.274

86.86
82.27
54.89
34.09
15.88
2.19

84.05
86.79
61.12
40.18
17.32
2.533

87.2
80.36
50.65
31.49
18.34
8.487

21
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Sungguminasa Kabupaten Gowa, Sulawesi Selatan,
29 April 1991 dari ayah Syahrir Khanna dan Ibu Karmawati. Penulis merupakan
putra pertama dari tiga bersaudara. Penulis menyelesaikan pendidikan menengah
atas di SMAN 1 Parangloe Kabupaten Gowa, Sulawesi Selatan tahun 2008.
Penulis meneruskan pendidikan di Departemen Pendidikan Kimia Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Makassar di tahun
yang sama dan lulus pada tahun 2013. Selanjutnya, diterima di Program Studi
Biokimia Departemen Biokimia pada Program Pascasarjana Institut Pertanian
Bogor (IPB) dengan beasiswa Program Pascasarjana Dalam Negeri (BPPDN)
DIKTI 2013.
Saat menempuh kuliah di sekolah pascasarjana, penulis aktif pada
organisasi kemahasiswaan Himpunan Mahasiswa Muslim Pascasarjana
(HIMMPAS) dan Himpunan Mahasiswa Wirausaha Pascasarjana (HIMAWIPA).
Penulis juga memperoleh beasiswa untuk program TWINCLE ke Jepang pada
tahun 2015. Penulis telah mempublikasikan karya tulis ke Emirate Journal of
Food and Agriculture (EJFA).