Prevalensi Dan Karakterisasi Molekuler Infectious Myonecrosis Virus (Imnv) Di Sentra Budidaya Udang Vaname (Litopenaeus Vannamei) Di Propinsi Banten
HARAP DIPERBAIKI SESUAN!!
PREVALENSI DAN KARAKTERISASI MOLEKULER
INFECTIOUS MYONECROSIS VIRUS (IMNV) DI SENTRA
BUDIDAYA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) DI
PROPINSI BANTEN
RONA CHOIRUZ ZAUJAT
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Prevalensi dan
Karakterisasi Molekuler Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) di Sentra
Budidaya Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) di Propinsi Banten adalah
benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan
dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Oktober 2016
Rona Choiruz Zaujat
NIM B253130171
RINGKASAN
RONA CHOIRUZ ZAUJAT. Prevalensi dan Karakterisasi Molekuler Infectious
Myonecrosis Virus (IMNV) di Sentra Budidaya Udang Vaname (Litopenaeus
vannamei) di Propinsi Banten. Dibimbing oleh SURACHMI SETIYANINGSIH
dan ANGELA MARIANA LUSIASTUTI.
Udang vaname Pasifik (Litopenaeus vannamei) merupakan udang hasil
introduksi yang berkembang baik dan memasyarakat di Indonesia sebagai spesies
udang budidaya alternatif selain spesies udang lokal, udang windu (Penaeus
monodon) dan udang jerbung (P. merguensis). Saat ini udang vaname telah
dibudidayakan secara komersil hampir di seluruh propinsi di Indonesia.
Penyakit myonecrosis menjadi satu di antara empat penyakit virus signifikan
yang menyerang industri budidaya udang vaname di Indonesia: taura syndrome
virus (TSV), white spot syndrome virus (WSSV), infectious myonecrosis virus
(IMNV), dan infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV).
Wabah myonecrosis pada udang vaname berkontribusi pada turunnya produksi
udang di Indonesia dan dunia. Myonecrosis disebabkan oleh infectious
myonecrosis virus yang termasuk ke dalam famili Totiviridae, berbentuk
icosahedral, diameter 40 nm, merupakan virus dsRNA dengan panjang 8223 –
8230 bp. Pola infeksi IMNV bersifat persisten, kronis dan progresif. Deteksi
IMNV dini secara molekuler diperlukan untuk penanganan lebih lanjut untuk
mencegah kerugian dan penyebaran penyakit yang lebih luas.
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi secara dini menggunakan metode
real time PCR (qRT-PCR) dan menduga prevalensi IMNV di Banten serta
karakterisasi molekuler isolat IMNV lapang Banten. Penelitian dilakukan pada
bulan Maret – Juni 2015. Pengambilan sampel dilakukan di 24 tambak aktif di
empat sentra budidaya udang vaname di Propinsi Banten.
Deteksi IMNV pada sampel subklinis menunjukkan metode qRT-PCR
mampu mendeteksi secara dini infeksi myonecrosis pada udang vaname. Delapan
sampel menunjukkan hasil positif IMNV dengan jumlah salinan 3.44 – 24.72
salinan IMNV/µl. Limit deteksi qRT-PCR hingga
PREVALENSI DAN KARAKTERISASI MOLEKULER
INFECTIOUS MYONECROSIS VIRUS (IMNV) DI SENTRA
BUDIDAYA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) DI
PROPINSI BANTEN
RONA CHOIRUZ ZAUJAT
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Prevalensi dan
Karakterisasi Molekuler Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) di Sentra
Budidaya Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) di Propinsi Banten adalah
benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan
dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Oktober 2016
Rona Choiruz Zaujat
NIM B253130171
RINGKASAN
RONA CHOIRUZ ZAUJAT. Prevalensi dan Karakterisasi Molekuler Infectious
Myonecrosis Virus (IMNV) di Sentra Budidaya Udang Vaname (Litopenaeus
vannamei) di Propinsi Banten. Dibimbing oleh SURACHMI SETIYANINGSIH
dan ANGELA MARIANA LUSIASTUTI.
Udang vaname Pasifik (Litopenaeus vannamei) merupakan udang hasil
introduksi yang berkembang baik dan memasyarakat di Indonesia sebagai spesies
udang budidaya alternatif selain spesies udang lokal, udang windu (Penaeus
monodon) dan udang jerbung (P. merguensis). Saat ini udang vaname telah
dibudidayakan secara komersil hampir di seluruh propinsi di Indonesia.
Penyakit myonecrosis menjadi satu di antara empat penyakit virus signifikan
yang menyerang industri budidaya udang vaname di Indonesia: taura syndrome
virus (TSV), white spot syndrome virus (WSSV), infectious myonecrosis virus
(IMNV), dan infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV).
Wabah myonecrosis pada udang vaname berkontribusi pada turunnya produksi
udang di Indonesia dan dunia. Myonecrosis disebabkan oleh infectious
myonecrosis virus yang termasuk ke dalam famili Totiviridae, berbentuk
icosahedral, diameter 40 nm, merupakan virus dsRNA dengan panjang 8223 –
8230 bp. Pola infeksi IMNV bersifat persisten, kronis dan progresif. Deteksi
IMNV dini secara molekuler diperlukan untuk penanganan lebih lanjut untuk
mencegah kerugian dan penyebaran penyakit yang lebih luas.
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi secara dini menggunakan metode
real time PCR (qRT-PCR) dan menduga prevalensi IMNV di Banten serta
karakterisasi molekuler isolat IMNV lapang Banten. Penelitian dilakukan pada
bulan Maret – Juni 2015. Pengambilan sampel dilakukan di 24 tambak aktif di
empat sentra budidaya udang vaname di Propinsi Banten.
Deteksi IMNV pada sampel subklinis menunjukkan metode qRT-PCR
mampu mendeteksi secara dini infeksi myonecrosis pada udang vaname. Delapan
sampel menunjukkan hasil positif IMNV dengan jumlah salinan 3.44 – 24.72
salinan IMNV/µl. Limit deteksi qRT-PCR hingga