IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
SKRIPSI
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS JEMBER
2010
IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
SKRIPSI
diajukan guna melengkapi tugas akhir dan memenuhi salah satu syarat
untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Gigi pada
Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS JEMBER
2010
PERSEMBAHAN
Karya ini sebagai ungkapan terimakasih kepada :
Papa yang sudah tenang menghadap Sang Khalik yang telah membuatku tegar dan kuat juga
memotivasiku untuk menjadi sosok anak yang bisa dibanggakan dan diandalkan,
Mama yang selalu mendampingi langkahku dengan do’a dan kasih sayangnya yang tiada
batas,
Kakakku (Yan Like Jauhara) yang selalu memberiku nasehat juga motivasi
untuk terus berjuang,
Adik-adikku (Rianti Aurora Marvella, Shelly Nova Sonia, dan
Salma Fikri Yafullah) yang selalu menjadi penyemangat
dalam hidupku.
MOTTO
Sesungguhnya Allah tidak akan mengubah keadaan suatu kaum sebelum mereka
mengubah keadaan diri mereka sendiri. (Q. S. Ar-Rad : 13)
Dan bahwa manusia hanya memperoleh apa yang telah diusahakannya.
(Q. S. An-Najm : 40 – 41 )
Ketika waktu pagi tiba, jangan menunggu sampai sore. Hiduplah dalam batasan hari
ini. Kerahkan seluruh semangat yang ada untuk menjadi lebih baik
di hari ini. (La Tahzan)
PERNYATAAN
Saya yang bertanda tangan di bawah ini:
Nama : Anis Ade Alinis
NIM
: 061610101067
menyatakan dengan sesungguhnya bahwa karya ilmiah yang berjudul “Identifikasi
Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan Analisis SDS – PAGE”
adalah benar – benar hasil karya sendiri, kecuali kutipan yang sudah saya sebutkan
sumbernya, belum pernah diajukan pada institusi manapun, dan bukan hasil karya
jiplakan. Saya bertanggung jawab atas keabsahan dan kebenaran isinya sesuai dengan
sikap ilmiah yang harus dijunjung tinggi.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya, tanpa adanya tekanan
dan paksaan dari pihak manapun serta bersedia mendapat sanksi akademik jika
ternyata dikemudian hari pernyataan ini tidak benar.
Jember, 16 Desember 2010
Yang menyatakan,
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
SKRIPSI
IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
Pembimbing:
Dosen Pembimbing Utama
: Dr. I. D. A. Ratna Dewanti, drg., M. Si.
Dosen Pembimbing Anggota : drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes.
PENGESAHAN
Skripsi berjudul “Identifikasi Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss)
dengan Analisis SDS – PAGE” telah diuji dan disahkan oleh Fakultas Kedokteran
Gigi Universitas Jember pada :
hari, tanggal : Kamis, 16 Desember 2010
tempat
: Ruang sidang Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember
Tim Penguji
Ketua
Dr. I Dewa Ayu Ratna Dewanti, drg., M. Si.
NIP 196705021997022001
Anggota I,
Anggota II,
drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes.
NIP 197512022003122001
Dr. I Dewa Ayu. Susilawati, drg., M. Kes.
NIP 196109031986022001
Mengesahkan,
Dekan Fakultas Kedokteran Gigi
Universitas Jember
drg. Hj. Herniyati, M. Kes.
NIP 195909061985032001
RINGKASAN
Identifikasi Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan
Analisis SDS – PAGE; Anis Ade Alinis, 061010101067; 2010; 62 halaman; Fakultas
Kedokteran Gigi Universitas Jember.
Masyarakat Indonesia saat ini pada umumnya lebih menyukai menggunakan
bahan alam sebagai obat. Hal ini dinyatakan oleh Pramono (2002), Obat tradisional
dan tanaman obat banyak digunakan masyarakat menengah ke bawah terutama dalam
upaya preventif, promotif dan rehabilitatif. Adanya krisis berkepanjangan merupakan
faktor penyebabnya sehingga daya beli masyarakat menurun. Masyarakat juga
banyak beranggapan bahwa penggunaan tanaman obat atau obat tradisonal relatif
lebih aman dibandingkan obat sintetis. Walaupun demikian bukan berarti obat
tradisional tidak mengakibatkan efek samping. Agar penggunaannya optimal, perlu
diketahui informasi yang memadai tentang kelebihan dan kelemahan serta
kemungkinan penyalahgunaan obat tradisonal dan tanaman obat. Dengan informasi
yang cukup, diharapkan masyarakat lebih cermat untuk memilih suatu produk obat
tradisonal atau tumbuhan obat dalam upaya kesehatan (Pramono, 2002). Salah satu
tanaman obat tradisional yang banyak dijumpai di Kabupaten Jember dan telah
dikenal masyarakat adalah tanaman mimba.
Pada penelitian – penelitian sebelumnya telah dibuktikan bahwa pada tanaman
mimba memiliki aktivitas farmakologi sebagai antijamur, antibakteri, antivirus, obat
cacing, antialergi, dan anti kanker baik in vitro maupun in vivo (Arivazaghan et al.,
2000: Fatima et al., 2005). Untuk mengetahui berbagai manfaat tanaman mimba
tersebut, maka perlu dilakukan identifikasi profil protein tanaman mimba. Hal
tersebut dikarenakan protein merupakan salah satu makromolekul yang penting
peranannya dalam makhluk hidup dan juga karena belum banyaknya penelitian
tentang protein tanaman mimba, khususnya daun mimba.
Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Fakultas Pertanian. Sampel
daun mimba diambil pagi hari dan dimasukkan ke dalam nitrogen cair secepat
mungkin ± 1 menit terhitung sejak daun terpetik. Lalu daun diekstraksi dengan
menggunakan nitrogen cair, buffer ekstrak tris, β-mercaptoetanol, polivinilpirolidon
(PVP), dan triton. Dilakukan sentrifuse dan supernatannya diberi SDS sebelum
dipanaskan. Sebanyak 15 µl sampel yang dimasukkan ke dalam sumur gel untuk
dilakukan elektroforesis.
Gambar hasil elektroforesis dianalisis dengan menggunakan kertas Semi Log.
Dari hasil analisis didapatkan hasil 8 pita (bands), yang berkisar antara 25,2 kDa
sampai 77,8 kDa dengan rincian sebagai berikut : 25,2 kDa, 27,2 kDa, 33 kDa, 36
kDa, 41,6 kDa, 45,6 kDa, 54,2 kDa dan 77,8 kDa. Pita paling atas yaitu pada 77,8
kDa adalah protein dengan berat molekul tinggi, sedangkan pita paling bawah yaitu
pada 25,2 kDa adalah protein dengan berat molekul rendah. Hal ini karena molekul
yang lebih kecil dibanding pori gel dapat bergerak dengan mudah di dalam gel,
sedangkan molekul yang lebih besar hampir tidak bergerak. Pada hasil terlihat pula
pita yang tercat lebih tebal dari pita-pita lainnya yaitu pita dengan berat molekul 54,2
kDa yang menunjukkan bahwa pita tersebut merupakan protein mayor daun mimba.
Sedangkan untuk sifat protein tanaman berdasarkan berat molekulnya menunjukkan
bahwa protein daun mimba tidak ada yang berpotensi menimbulkan alergi, namun
ada beberapa protein yang berpotensi memiliki daya racun.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa profil
protein ekstrak cair daun mimba (azadirachta Indica Juss) telah teridentifikasi
sebanyak 8 pita (band) protein, yang berkisar antara 25,2 kDa sampai 77,8 kDa
dengan rincian sebagai berikut : 25,2 kDa, 27,2 kDa, 33 kDa, 36 kDa, 41,6 kDa, 45,6
kDa, 54,2 kDa dan 77,8 kDa. Diantaranya terdapat pita protein yang tercat lebih tebal
yaitu pita dengan berat molekul 54,2 kDa yang merupakan protein mayor daun
mimba.
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat dan hidayah-Nya
sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Profil
Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan Analisis SDS – PAGE”.
Skripsi ini disusun untuk memenuhi salah satu syarat dalam menyelesaikan
pendidikan strata satu (S1) pada Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember.
Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, oleh karena itu
penulis ingin mengucapkan terimakasih kepada:
1.
drg. Hj. Herniyati, M. Kes., selaku Dekan Fakultas Kedokteran Gigi Universitas
Jember.
2.
Dr. I. D. A. Ratna Dewanti, drg., M. Si., selaku Dosen Pembimbing Utama, dan
drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes., selaku Dosen Pembimbing Anggota yang
telah memberikan bimbingan dan saran dengan penuh kesabaran sehingga skripsi
ini dapat terselesaikan.
3.
Dr. I. D. A. Susilawati, drg., M. Kes. selaku Sekretaris Penguji yang telah
memberikan saran demi kesempurnaan skripsi ini.
4.
drg. Hestiyonini, M. Kes., selaku Dosen Pembimbing Akademik yang telah
memberi motivasi, saran dan nasehat selama ini.
5.
Tri Handoyo, S. P., Ph.d. (Pak Tri), sebagai pembimbing selama penelitian di
Laboratorium Genetika Fakultas Pertanian Universitas Jember, terimakasih atas
kesabarannya dalam membantu terselesaikannya penelitian ini.
6.
Mama tercinta Ni Wayan Sri Adnyani, terimakasih banyak atas do’a yang selalu
tercurah selama ini, kasih sayang, motivasi dan pengorbanan yang selalu
mengalir tiada batas. Kau adalah anugerah terindah dalam hidupku.
7.
Kakakku tersayang Yan Like Jauhara, terimakasih buat nasehat – nasehatnya,
juga semua pengertiannya selama ini.
8.
Adik-adikku tersayang (Rianti Aurora Marvella, Shelly Nova Sonia, Salma Fikri
Yafullah), kalian yang menjadi penyemangatku untuk terus menjadi sosok kakak
dan panutan yang baik bagi kalian.
9.
Special thanks for Ita arafatis Syarifah, Pramuditho Putra, dan Rina Puspitasari,
sebagai sahabat sekaligus patner penelitianku, terimakasih atas bantuan,
semangat dan inspirasinya.
10. The Last Genkz tercinta, Aa’ irfan, Onya, Dina, Ita, Pipin, yang selalu berbagi
cerita, suka dan duka bersama, terimakasih atas semangat, do’a, dan
kebersamaannya selama ini.
11. Teman-teman seperjuangan Vivi ndut, Fe, Arin, Ika, Nia, Sofie, Ratih,
Su’udiyah, Pimpim, Eka, Fitri (Bunda), Diar, terimakasih atas segala dukungan,
semangat, juga masukan – masukannya.
12. Keluarga besar Batu Raden 65, mba’ Nthonk, mba’ Pico, mba’ Pitti, mba’ Ocha
dan si Kurus (Rini), makasih buat do’a dan semangatnya.
13. Mba’ Lilis, mba’ kos ku yang sekarang sudah jauh disana, terimakasih buat
semua cerita-ceritanya, do’a, semangat, juga buat hari-hari yang telah kita lewati,
dari tawa hingga airmata. I miss it.
14. Teman – teman SMA ku, Uni, Diah, Vina, Cindy, Dian, Desty, Hesti, Trio,
Andi, Zainuri, Dadan, Rohim, Prima, Fitri, Zulihana, Yunisa, Candra, Dimas,
Arisman, Dani, Melia, Eka, dan masih banyak lagi, yang menjadi inspirasiku
untuk terus belajar dan terus berjuang.
15. Bayu Usman Hakim, yang telah menyayangi dan menemaniku selama ini,
terimakasih atas hari – harinya, atas suka dan duka, semangat, dukungan, do’a,
juga kesabaran yang tercurah buatku. Terimakasih telah menjadi bagian dari
hidupku.
16. Para guru yang telah membagi ilmunya kepadaku, setiap pertemuanku dengan
kalian adalah limpahan rahmat dari – Nya.
17. Teman-teman FKG 2006 dan juga semua yang telah membantu kelancaran
penyusunan skripsi ini, yang tidak bisa saya sebutkan satu persatu. Terima kasih.
Penulis sadar masih banyak ketidaksempurnaan dan kekurangan dalam penulisan
Karya Tulis Ilmiah ini. Untuk itu, kritik dan saran yang membangun sangat
diharapkan demi kesempurnaan penulisan selanjutnya. Penulis berharap Karya Tulis
Ilmiah ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua. Amin.
Jember, Januari 2010
Penulis
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...........................................................................................
i
HALAMAN PERSEMBAHAN .........................................................................
ii
HALAMAN MOTTO .........................................................................................
iii
HALAMAN PERNYATAAN .............................................................................
iv
HALAMAN PEMBIMBINGAN ........................................................................
v
HALAMAN PENGESAHAN .............................................................................
vi
RINGKASAN ...................................................................................................... vii
PRAKATA ...........................................................................................................
ix
DAFTAR ISI ........................................................................................................ xii
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................... xiv
BAB 1. PENDAHULUAN ..................................................................................
1
1.1 Latar Belakang ................................................................................
1
1.2 Rumusan Masalah ..........................................................................
3
1.3 Tujuan Penelitian ............................................................................
3
1.4 Manfaat Penelitian ..........................................................................
3
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA .........................................................................
4
2.1 Mimba ............................................................................................
4
2.1.1 Tata Nama (Taksonomi) Mimba.............................................
4
2.1.2 Morfologi Mimba ...................................................................
5
2.1.3 Senyawa Aktif Mimba ............................................................
9
2.1.4 Manfaat Daun Mimba ............................................................. 17
2.2 Protein .............................................................................................. 18
2.2.1 Asam Amino Pembentuk Molekul Protein ............................. 19
2.2.2 Penggolongan Protein ............................................................. 20
2.3 Elektroforesis................................................................................... 23
2.3.1 Pengertian Elektroforesis ........................................................ 23
2.3.2 Prosedur Elektroforesis Protein .............................................. 26
2.5 Kerangka Konseptual .................................................................... 31
2.6 Hipotesis .......................................................................................... 32
BAB 3. METODE PENELITIAN ...................................................................... 33
3.1 Jenis Penelitian ................................................................................ 33
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ....................................................... 33
3.3 Variabel Penelitian.......................................................................... 33
3.4 Definisi Operasional........................................................................ 34
3.5 Sampel Penelitian ........................................................................... 34
3.6 Alat dan Bahan Penelitian .............................................................. 35
3.7 Prosedur Penelitian ......................................................................... 36
3.7.1 Pembuatan Ekstrak Daun Mimba ........................................... 36
3.7.2 Cara Kerja SDS – PAGE ........................................................ 36
3.8 Analisa Data .................................................................................... 38
3.9 Alur Penelitian ................................................................................ 38
BAB 4. HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................. 39
4.1 Hasil Penelitian................................................................................ 39
4.2 Pembahasan ..................................................................................... 40
BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................. 42
5.1 Kesimpulan ...................................................................................... 42
5.2 Saran ................................................................................................ 42
DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 43
LAMPIRAN ......................................................................................................... 44
DAFTAR GAMBAR
2.1
2.2
2.3
2.4
2.5
2.6
2.7
2.8
2.9
2.10
2.11
2.12
2.13
2.14
2.15
2.16
2.17
2.18
2.19
2.20
2.21
2.22
4.1
Halaman
Tanaman Mimba .......................................................................................... 4
Kayu Mimba ................................................................................................ 5
Daun Mimba ................................................................................................ 6
Bunga Mimba .............................................................................................. 7
Buah Mimba ................................................................................................ 8
Biji Mimba ................................................................................................... 9
Struktur Kimia Azadirachtin dan Salanin .................................................... 10
Struktur Kimia Meliantriol, Nimbin, dan Nimbidin .................................... 11
Struktur Kimia Nimbolide ........................................................................... 12
Struktur Kimia Gedunin .............................................................................. 12
Struktur Kimia Mahmoodin......................................................................... 13
Struktur Kimia Gallic Acid, Epicatechin, dan Catechin .............................. 14
Struktur Kimia Margolone, Margolonone, dan Isomargolonone ................ 14
Struktur Kimia Cyclic Trisulphida dan Cyclic Tetrasulphida ..................... 15
Struktur Kimia GIIa ..................................................................................... 15
Ikatan Peptida .............................................................................................. 20
Struktur Primer Protein ................................................................................ 20
Struktur Sekunder Protein............................................................................ 21
Struktur Tersier Protein ............................................................................... 21
Struktur Kuartener Protein ........................................................................... 22
Struktur Protein sebelum dan sesudah penambahan SDS ........................... 30
Elektroforesis ............................................................................................... 31
Hasil Elektroforesis Daun Mimba ............................................................... 39
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
SKRIPSI
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS JEMBER
2010
IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
SKRIPSI
diajukan guna melengkapi tugas akhir dan memenuhi salah satu syarat
untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Gigi pada
Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS JEMBER
2010
PERSEMBAHAN
Karya ini sebagai ungkapan terimakasih kepada :
Papa yang sudah tenang menghadap Sang Khalik yang telah membuatku tegar dan kuat juga
memotivasiku untuk menjadi sosok anak yang bisa dibanggakan dan diandalkan,
Mama yang selalu mendampingi langkahku dengan do’a dan kasih sayangnya yang tiada
batas,
Kakakku (Yan Like Jauhara) yang selalu memberiku nasehat juga motivasi
untuk terus berjuang,
Adik-adikku (Rianti Aurora Marvella, Shelly Nova Sonia, dan
Salma Fikri Yafullah) yang selalu menjadi penyemangat
dalam hidupku.
MOTTO
Sesungguhnya Allah tidak akan mengubah keadaan suatu kaum sebelum mereka
mengubah keadaan diri mereka sendiri. (Q. S. Ar-Rad : 13)
Dan bahwa manusia hanya memperoleh apa yang telah diusahakannya.
(Q. S. An-Najm : 40 – 41 )
Ketika waktu pagi tiba, jangan menunggu sampai sore. Hiduplah dalam batasan hari
ini. Kerahkan seluruh semangat yang ada untuk menjadi lebih baik
di hari ini. (La Tahzan)
PERNYATAAN
Saya yang bertanda tangan di bawah ini:
Nama : Anis Ade Alinis
NIM
: 061610101067
menyatakan dengan sesungguhnya bahwa karya ilmiah yang berjudul “Identifikasi
Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan Analisis SDS – PAGE”
adalah benar – benar hasil karya sendiri, kecuali kutipan yang sudah saya sebutkan
sumbernya, belum pernah diajukan pada institusi manapun, dan bukan hasil karya
jiplakan. Saya bertanggung jawab atas keabsahan dan kebenaran isinya sesuai dengan
sikap ilmiah yang harus dijunjung tinggi.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya, tanpa adanya tekanan
dan paksaan dari pihak manapun serta bersedia mendapat sanksi akademik jika
ternyata dikemudian hari pernyataan ini tidak benar.
Jember, 16 Desember 2010
Yang menyatakan,
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
SKRIPSI
IDENTIFIKASI PROFIL PROTEIN DAUN MIMBA (Azadirachta
Indica Juss) DENGAN ANALISIS SDS – PAGE
Oleh
Anis Ade Alinis
NIM 061610101067
Pembimbing:
Dosen Pembimbing Utama
: Dr. I. D. A. Ratna Dewanti, drg., M. Si.
Dosen Pembimbing Anggota : drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes.
PENGESAHAN
Skripsi berjudul “Identifikasi Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss)
dengan Analisis SDS – PAGE” telah diuji dan disahkan oleh Fakultas Kedokteran
Gigi Universitas Jember pada :
hari, tanggal : Kamis, 16 Desember 2010
tempat
: Ruang sidang Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember
Tim Penguji
Ketua
Dr. I Dewa Ayu Ratna Dewanti, drg., M. Si.
NIP 196705021997022001
Anggota I,
Anggota II,
drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes.
NIP 197512022003122001
Dr. I Dewa Ayu. Susilawati, drg., M. Kes.
NIP 196109031986022001
Mengesahkan,
Dekan Fakultas Kedokteran Gigi
Universitas Jember
drg. Hj. Herniyati, M. Kes.
NIP 195909061985032001
RINGKASAN
Identifikasi Profil Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan
Analisis SDS – PAGE; Anis Ade Alinis, 061010101067; 2010; 62 halaman; Fakultas
Kedokteran Gigi Universitas Jember.
Masyarakat Indonesia saat ini pada umumnya lebih menyukai menggunakan
bahan alam sebagai obat. Hal ini dinyatakan oleh Pramono (2002), Obat tradisional
dan tanaman obat banyak digunakan masyarakat menengah ke bawah terutama dalam
upaya preventif, promotif dan rehabilitatif. Adanya krisis berkepanjangan merupakan
faktor penyebabnya sehingga daya beli masyarakat menurun. Masyarakat juga
banyak beranggapan bahwa penggunaan tanaman obat atau obat tradisonal relatif
lebih aman dibandingkan obat sintetis. Walaupun demikian bukan berarti obat
tradisional tidak mengakibatkan efek samping. Agar penggunaannya optimal, perlu
diketahui informasi yang memadai tentang kelebihan dan kelemahan serta
kemungkinan penyalahgunaan obat tradisonal dan tanaman obat. Dengan informasi
yang cukup, diharapkan masyarakat lebih cermat untuk memilih suatu produk obat
tradisonal atau tumbuhan obat dalam upaya kesehatan (Pramono, 2002). Salah satu
tanaman obat tradisional yang banyak dijumpai di Kabupaten Jember dan telah
dikenal masyarakat adalah tanaman mimba.
Pada penelitian – penelitian sebelumnya telah dibuktikan bahwa pada tanaman
mimba memiliki aktivitas farmakologi sebagai antijamur, antibakteri, antivirus, obat
cacing, antialergi, dan anti kanker baik in vitro maupun in vivo (Arivazaghan et al.,
2000: Fatima et al., 2005). Untuk mengetahui berbagai manfaat tanaman mimba
tersebut, maka perlu dilakukan identifikasi profil protein tanaman mimba. Hal
tersebut dikarenakan protein merupakan salah satu makromolekul yang penting
peranannya dalam makhluk hidup dan juga karena belum banyaknya penelitian
tentang protein tanaman mimba, khususnya daun mimba.
Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Fakultas Pertanian. Sampel
daun mimba diambil pagi hari dan dimasukkan ke dalam nitrogen cair secepat
mungkin ± 1 menit terhitung sejak daun terpetik. Lalu daun diekstraksi dengan
menggunakan nitrogen cair, buffer ekstrak tris, β-mercaptoetanol, polivinilpirolidon
(PVP), dan triton. Dilakukan sentrifuse dan supernatannya diberi SDS sebelum
dipanaskan. Sebanyak 15 µl sampel yang dimasukkan ke dalam sumur gel untuk
dilakukan elektroforesis.
Gambar hasil elektroforesis dianalisis dengan menggunakan kertas Semi Log.
Dari hasil analisis didapatkan hasil 8 pita (bands), yang berkisar antara 25,2 kDa
sampai 77,8 kDa dengan rincian sebagai berikut : 25,2 kDa, 27,2 kDa, 33 kDa, 36
kDa, 41,6 kDa, 45,6 kDa, 54,2 kDa dan 77,8 kDa. Pita paling atas yaitu pada 77,8
kDa adalah protein dengan berat molekul tinggi, sedangkan pita paling bawah yaitu
pada 25,2 kDa adalah protein dengan berat molekul rendah. Hal ini karena molekul
yang lebih kecil dibanding pori gel dapat bergerak dengan mudah di dalam gel,
sedangkan molekul yang lebih besar hampir tidak bergerak. Pada hasil terlihat pula
pita yang tercat lebih tebal dari pita-pita lainnya yaitu pita dengan berat molekul 54,2
kDa yang menunjukkan bahwa pita tersebut merupakan protein mayor daun mimba.
Sedangkan untuk sifat protein tanaman berdasarkan berat molekulnya menunjukkan
bahwa protein daun mimba tidak ada yang berpotensi menimbulkan alergi, namun
ada beberapa protein yang berpotensi memiliki daya racun.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa profil
protein ekstrak cair daun mimba (azadirachta Indica Juss) telah teridentifikasi
sebanyak 8 pita (band) protein, yang berkisar antara 25,2 kDa sampai 77,8 kDa
dengan rincian sebagai berikut : 25,2 kDa, 27,2 kDa, 33 kDa, 36 kDa, 41,6 kDa, 45,6
kDa, 54,2 kDa dan 77,8 kDa. Diantaranya terdapat pita protein yang tercat lebih tebal
yaitu pita dengan berat molekul 54,2 kDa yang merupakan protein mayor daun
mimba.
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat dan hidayah-Nya
sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Profil
Protein Daun Mimba (Azadirachta Indica Juss) dengan Analisis SDS – PAGE”.
Skripsi ini disusun untuk memenuhi salah satu syarat dalam menyelesaikan
pendidikan strata satu (S1) pada Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Jember.
Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, oleh karena itu
penulis ingin mengucapkan terimakasih kepada:
1.
drg. Hj. Herniyati, M. Kes., selaku Dekan Fakultas Kedokteran Gigi Universitas
Jember.
2.
Dr. I. D. A. Ratna Dewanti, drg., M. Si., selaku Dosen Pembimbing Utama, dan
drg. Iin Eliana Triwahyuni, M. Kes., selaku Dosen Pembimbing Anggota yang
telah memberikan bimbingan dan saran dengan penuh kesabaran sehingga skripsi
ini dapat terselesaikan.
3.
Dr. I. D. A. Susilawati, drg., M. Kes. selaku Sekretaris Penguji yang telah
memberikan saran demi kesempurnaan skripsi ini.
4.
drg. Hestiyonini, M. Kes., selaku Dosen Pembimbing Akademik yang telah
memberi motivasi, saran dan nasehat selama ini.
5.
Tri Handoyo, S. P., Ph.d. (Pak Tri), sebagai pembimbing selama penelitian di
Laboratorium Genetika Fakultas Pertanian Universitas Jember, terimakasih atas
kesabarannya dalam membantu terselesaikannya penelitian ini.
6.
Mama tercinta Ni Wayan Sri Adnyani, terimakasih banyak atas do’a yang selalu
tercurah selama ini, kasih sayang, motivasi dan pengorbanan yang selalu
mengalir tiada batas. Kau adalah anugerah terindah dalam hidupku.
7.
Kakakku tersayang Yan Like Jauhara, terimakasih buat nasehat – nasehatnya,
juga semua pengertiannya selama ini.
8.
Adik-adikku tersayang (Rianti Aurora Marvella, Shelly Nova Sonia, Salma Fikri
Yafullah), kalian yang menjadi penyemangatku untuk terus menjadi sosok kakak
dan panutan yang baik bagi kalian.
9.
Special thanks for Ita arafatis Syarifah, Pramuditho Putra, dan Rina Puspitasari,
sebagai sahabat sekaligus patner penelitianku, terimakasih atas bantuan,
semangat dan inspirasinya.
10. The Last Genkz tercinta, Aa’ irfan, Onya, Dina, Ita, Pipin, yang selalu berbagi
cerita, suka dan duka bersama, terimakasih atas semangat, do’a, dan
kebersamaannya selama ini.
11. Teman-teman seperjuangan Vivi ndut, Fe, Arin, Ika, Nia, Sofie, Ratih,
Su’udiyah, Pimpim, Eka, Fitri (Bunda), Diar, terimakasih atas segala dukungan,
semangat, juga masukan – masukannya.
12. Keluarga besar Batu Raden 65, mba’ Nthonk, mba’ Pico, mba’ Pitti, mba’ Ocha
dan si Kurus (Rini), makasih buat do’a dan semangatnya.
13. Mba’ Lilis, mba’ kos ku yang sekarang sudah jauh disana, terimakasih buat
semua cerita-ceritanya, do’a, semangat, juga buat hari-hari yang telah kita lewati,
dari tawa hingga airmata. I miss it.
14. Teman – teman SMA ku, Uni, Diah, Vina, Cindy, Dian, Desty, Hesti, Trio,
Andi, Zainuri, Dadan, Rohim, Prima, Fitri, Zulihana, Yunisa, Candra, Dimas,
Arisman, Dani, Melia, Eka, dan masih banyak lagi, yang menjadi inspirasiku
untuk terus belajar dan terus berjuang.
15. Bayu Usman Hakim, yang telah menyayangi dan menemaniku selama ini,
terimakasih atas hari – harinya, atas suka dan duka, semangat, dukungan, do’a,
juga kesabaran yang tercurah buatku. Terimakasih telah menjadi bagian dari
hidupku.
16. Para guru yang telah membagi ilmunya kepadaku, setiap pertemuanku dengan
kalian adalah limpahan rahmat dari – Nya.
17. Teman-teman FKG 2006 dan juga semua yang telah membantu kelancaran
penyusunan skripsi ini, yang tidak bisa saya sebutkan satu persatu. Terima kasih.
Penulis sadar masih banyak ketidaksempurnaan dan kekurangan dalam penulisan
Karya Tulis Ilmiah ini. Untuk itu, kritik dan saran yang membangun sangat
diharapkan demi kesempurnaan penulisan selanjutnya. Penulis berharap Karya Tulis
Ilmiah ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua. Amin.
Jember, Januari 2010
Penulis
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...........................................................................................
i
HALAMAN PERSEMBAHAN .........................................................................
ii
HALAMAN MOTTO .........................................................................................
iii
HALAMAN PERNYATAAN .............................................................................
iv
HALAMAN PEMBIMBINGAN ........................................................................
v
HALAMAN PENGESAHAN .............................................................................
vi
RINGKASAN ...................................................................................................... vii
PRAKATA ...........................................................................................................
ix
DAFTAR ISI ........................................................................................................ xii
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................... xiv
BAB 1. PENDAHULUAN ..................................................................................
1
1.1 Latar Belakang ................................................................................
1
1.2 Rumusan Masalah ..........................................................................
3
1.3 Tujuan Penelitian ............................................................................
3
1.4 Manfaat Penelitian ..........................................................................
3
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA .........................................................................
4
2.1 Mimba ............................................................................................
4
2.1.1 Tata Nama (Taksonomi) Mimba.............................................
4
2.1.2 Morfologi Mimba ...................................................................
5
2.1.3 Senyawa Aktif Mimba ............................................................
9
2.1.4 Manfaat Daun Mimba ............................................................. 17
2.2 Protein .............................................................................................. 18
2.2.1 Asam Amino Pembentuk Molekul Protein ............................. 19
2.2.2 Penggolongan Protein ............................................................. 20
2.3 Elektroforesis................................................................................... 23
2.3.1 Pengertian Elektroforesis ........................................................ 23
2.3.2 Prosedur Elektroforesis Protein .............................................. 26
2.5 Kerangka Konseptual .................................................................... 31
2.6 Hipotesis .......................................................................................... 32
BAB 3. METODE PENELITIAN ...................................................................... 33
3.1 Jenis Penelitian ................................................................................ 33
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ....................................................... 33
3.3 Variabel Penelitian.......................................................................... 33
3.4 Definisi Operasional........................................................................ 34
3.5 Sampel Penelitian ........................................................................... 34
3.6 Alat dan Bahan Penelitian .............................................................. 35
3.7 Prosedur Penelitian ......................................................................... 36
3.7.1 Pembuatan Ekstrak Daun Mimba ........................................... 36
3.7.2 Cara Kerja SDS – PAGE ........................................................ 36
3.8 Analisa Data .................................................................................... 38
3.9 Alur Penelitian ................................................................................ 38
BAB 4. HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................. 39
4.1 Hasil Penelitian................................................................................ 39
4.2 Pembahasan ..................................................................................... 40
BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................. 42
5.1 Kesimpulan ...................................................................................... 42
5.2 Saran ................................................................................................ 42
DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 43
LAMPIRAN ......................................................................................................... 44
DAFTAR GAMBAR
2.1
2.2
2.3
2.4
2.5
2.6
2.7
2.8
2.9
2.10
2.11
2.12
2.13
2.14
2.15
2.16
2.17
2.18
2.19
2.20
2.21
2.22
4.1
Halaman
Tanaman Mimba .......................................................................................... 4
Kayu Mimba ................................................................................................ 5
Daun Mimba ................................................................................................ 6
Bunga Mimba .............................................................................................. 7
Buah Mimba ................................................................................................ 8
Biji Mimba ................................................................................................... 9
Struktur Kimia Azadirachtin dan Salanin .................................................... 10
Struktur Kimia Meliantriol, Nimbin, dan Nimbidin .................................... 11
Struktur Kimia Nimbolide ........................................................................... 12
Struktur Kimia Gedunin .............................................................................. 12
Struktur Kimia Mahmoodin......................................................................... 13
Struktur Kimia Gallic Acid, Epicatechin, dan Catechin .............................. 14
Struktur Kimia Margolone, Margolonone, dan Isomargolonone ................ 14
Struktur Kimia Cyclic Trisulphida dan Cyclic Tetrasulphida ..................... 15
Struktur Kimia GIIa ..................................................................................... 15
Ikatan Peptida .............................................................................................. 20
Struktur Primer Protein ................................................................................ 20
Struktur Sekunder Protein............................................................................ 21
Struktur Tersier Protein ............................................................................... 21
Struktur Kuartener Protein ........................................................................... 22
Struktur Protein sebelum dan sesudah penambahan SDS ........................... 30
Elektroforesis ............................................................................................... 31
Hasil Elektroforesis Daun Mimba ............................................................... 39