kornet, yaitu dengan pencucian menggunakan air gambar 8. Dari gambar 12 terlihat pada sampel nomor 4 pita genom sangat tebal
dibandingkan pita genom yang lainnya. Jumlah sampel sebanyak 2 gram 2 kali dari jumlah sampel yang lain dan perendaman dengan
menggunakan air selama lebih dari 2 hari menjadikan senyawa- senyawa additive yang bersifat polar yang terdapat di dalam sampel
dapat ditarik oleh air, sehingga tidak mengganggu proses isolasi.
5.2.2 Polymerase Chain Reaction PCR
DNA mitokondria diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk spesies sapi Ilhak, 2006 dan primer spesifik untuk
spesies babi Kesmen et al., 2009. Primer diuji spesifikasinya yaitu dengan cara kedua primer digunakan untuk mengamplifikasi daging
sapi segar dan daging babi segar. Gambar 7 menunjukan hasil uji spesifik primer yang digunakan. Dari gambar 7 dapat terlihat bahwa
primer spesifik untuk sapi hanya dapat mengamplifikasi sekuen DNA pada spesies sapi, sedangkan tidak dapat mengamplifikasi sekuen
DNA pada spesies babi, begitu juga sebaliknya, primer yang spesifik untuk babi hanya dapat mengamplifikasi sekuen DNA pada spesies
babi dan tidak dapat mengamplifikasi sekuen DNA spesies sapi. Reaksi PCR yang dilakukan menggunakan genom dengan
konsentrasi 100 ngµl. Konsentrasi ini optimal untuk mendapatkan amplikon yang tebal pada 30 siklus untuk daging segar, akan tetapi
untuk sampel daging kornet dibutuhkan 35 siklus. Amplifikasi menggunakan fastar taq DNA polymerase dengan suhu annealing 61
C untuk kedua primer. Komponen yang penting dalam proses amplifikasi PCR adalah Mg
2 +
yang berfungsi sebagai penstabil enzim, disamping itu, konsentrasi Mg
2 +
mempengaruhi penempelan primer Khosravinia Ramesha, 2007. Konsentrasi MgCl
2
Gambar 11 menunjukan sensitifitas primer yang digunakan terhadap campuran daging babi terhadap daging sapi pada 30 siklus.
Seperti yang dilakukan Kesmen et al. 2009, primer ini dapat mengamplifikasi sekuen DNA hingga 0,1, meskipun pada
konsentrasi 0,1 daging babi terhadap campuran daging babi dan daging sapi menghasilkan pita yang sangat tipis.
yang digunakan dalam campuran reaksi adalah 5 mM Ilhak, 2006 dan campuran
lainnya mengikuti standar yang direkomendasikan lampiran 4.
Gambar 9 merupakan hasil elektroforesis produk PCR dari genom yang mengalami perlakuan yang berbeda-beda. Primer yang
digunakan adalah primer yang spesifik untuk spesies sapi. Terlihat bahwa dengan dilakukan pencucian menggunakan air pada sampel
daging kornet, menunjukan adanya bagian dari genom yang teramplifikasi nomor 4 gambar 9.
Proses amplifikasi untuk spesies sapi terletak pada daerah lokus tRNA lysine pada sekuen DNA mitokondria dengan panjang produk
271 pasang basa, sedangkan untuk spesies babi pada lokus ND5 CDS pada sekuen DNA mitokondria dengan panjang produk 227 pasang
basa. Amplifikasi sekuen DNA mitokondria pada sampel kornet dihasilkan dengan jumlah 35 siklus gambar 13, berbeda dengan
amplifikasi pada daging segar yang berhasil dengan 30 siklus gambar 10. Peningkatan jumlah siklus pada daging kornet disebabkan jumlah
DNA yang terisolasi sedikit dan mengalami kerusakan akibat pengolahan.
Semua sampel kornet dapat teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi gambar 13. Dengan menggunakan daging
sapi dan daging babi sebagai pembanding, terlihat bahwa adanya perbedaan ukuran yang dihasilkan oleh produk PCR dari sampel kornet
dan daging sapi dibandingkan dengan produk PCR dari daging babi. Pada gambar 14 terlihat adanya pita hasil elektroforesis produk
PCR dari sampel kornet dengan menggunakan primer spesifik DNA babi. Satu merek kornet dapat teramplifikasi dengan menggunakan
primer spesifik DNA babi. Sampel kornet nomor 6 menunjukan adanya sekuen yang teramplifikasi dan memiliki ukuran yang sama
dengan pita yang dihasilkan dari kontrol positif. Hal ini mengindikasikan adanya DNA babi pada sampel kornet tersebut, yang
menunjukan terdapat cemaran daging babi pada kornet sapi.
48
BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN
6.1. Kesimpulan 1. Hasil terbaik yang didapatkan dari hasil optimasi isolasi DNA pada daging
kornet yang dilakukan yaitu dengan pencucian menggunakan air. Hal ini dapat dilihat dari hasil amplifikasi PCR fragmen DNA pada genom hasil
isolasi dengan pencucian menggunakan air dapat teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik.
2. Reaksi amplifikasi dengan menggunakan pasangan primer spesifik DNA babi CAT TCG CCT CAC TCA CAT TAA CC dan AAG AGA GAG
TTC TAC GGT CTG TAG dan pasangan primer spesifik DNA sapi GCC ATA TAC TCT CCT TGG TGA CA dan GTA GGC TTG GGA
ATA GTA CGA memiliki kondisi yang sama yaitu denaturasi awal pada suhu 94
C selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 C selama 45 detik,
annealing pada suhu 61 C selama 45 detik, elongasi pada suhu 72
C selama 90 detik dan elongasi akhir pada suhu 72
3. DNA babi dapat teramplifikasi hingga kandungan 0,1 daging babi pada campuran daging babi dan daging sapi.
C selama 5 menit dengan menggunakan 30 siklus untuk daging segar dan 35 siklus untuk sampel
kornet.
4. Dari enam sampel kornet sapi yang berbeda, DNAnya teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi, sedangkan hanya satu
sampel DNAnya teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA babi.
6.2. Saran 1. Perlu adanya kombinasi metode guna verifikasi lebih lanjut mengenai
analisis cemaran daging babi dengan menggunakan metode PCR, misalnya dengan menggunakan sequencing dan Polymerase Chain Reaction-
Restriction Fragment Length Polymorphism PCR-RFLP. 2. Perlu dilakukan inovasi pengembangan metode PCR dalam analisis DNA
babi pada sampel makanan, seperti pembuatan kit spesifik untuk mendeteksi daging babi, sehingga proses analisis dapat lebih cepat.
50
DAFTAR PUSTAKA
Abdullah, Ibrahim A., 2008. Improved DNA Extraction Method for Porcine
Contaminants Detection in Imported Meat to The Saudi Market, Saudi Journal of Biological Sciences 15 2: 225-229.
Ageno, M., E. Dore, C. Frontali, 1969. Alkaline Denaturation Of DNA, Biophysical Journal 9: 1281-1311.
Aljanabi, S.M., L Forget A. Dookun, 1999. An Improoved and Rapid Protocol for Isolation of Polysaccharide- and Polyphenol-Free Sugarcane DNA. Plant
Molecular Biology Reporter 17: 1–8.
Brown, D. M., A.R. Todd, 1952. Nucleoides, Part X Some Observations on Structure and Chemical Behavior of The Nucleic Acids, J. chem. Soc., pt.1:
52-58. Burden, D. W., Whitney, D. B., 1995. Biotechnology: Protein to PCR a Course
in Strategies and Lab Techniques, Boston: Birkhauser Boston. Calvo J. H., Zaragoza P., Osta R., 2001, Technical Note: A Quick and More
Sensitive Method to Identify Pork in Processed and Unprocessed Food by PCR Amplification of A New Specific DNA Fragment, J Anim Sci. 79:
2108-2112.
Carson, Susan, 2006. Manipulation and Expression of Recombinant DNA A Laboratory Manual Second Edition, Elsevier Academic Press, Burlington
USA. Chargaff, 1951. Structure and Function of Nucleic Acids As Cell Constituent.
Fed.proc., 10: 654-659. Chen, B.Y., Janes, H. W., Chen, S., 2002. PCR Cloning Protocols Second
Edition, Totowa, New Jersey : Humana Press Inc. Coen, D. M. 2001, Current Protocols In Molecular Biology, England : John Wiley
Sons, Inc. Committee on DNA Technology in Forensic Science, 1992. DNA Technology in
Forensic Science, Washington, D.C.: NATIONAL ACADEMY PRESS. Crocker, J., Murray, P. G., 2003. Molecular Biology in Cellular Pathology,
England: Wiley.
Dale, Jeremy W. Malcom von Schantz, 2002. From Genes to Genomes: Concepts and Applications of DNA Technology. John Wiley Sons, Ltd.
Ebeling, W., Hennrich N., Klockow M., Metz H., Orth H.D., lang H., 1974. Proteinase K from Tritirachium album Limber, Eur. J. Biochem., 47 91-97.
Elrod, S. L., Stansfield, W. D., 2002. Schaum’s Outlines of Theory and Problem of Genetics, fourth edition, alih bahasa Damaring Tyas W., Jakarta:
penerbit Erlangga. Harahap, Rizkina, 2008. Analisa Komposisi Asam Lemak dan Sifat Farmakokimia
pada Lemak Hewani Ayam, Sapi, Babi, Program Studi Kimia Fakultas Sains dan Teknologi UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta.
Harisha, S., 2007. Biotechnology Procedures and Experiments Handbook, New Delhi, India: Infinity Science Press LLC.
Holme, David. J. Hazel Peck, 1998. Analytical Biochemistry, third edtion, London: Pearson Education.
Ilhak, O. I., Arslan A., 2007, Identification Of Meat Species By Polymerase
Chain Reaction PCR Technique, turk. J. Vet. Anim. Sci. 313: 159-163.
Jain, Shally. 2004, Use Of Cytochrome B Gene Variability In Detecting Meat Species By Multiplex Pcr Assay, Department Of Veterinary Public Health,
College Of Veterinary Science Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand.
Irawati, Dahlia, 2009. Dendeng Sapi Dicampur Daging Babi di Malang,
http:regional.kompas.comread200904061722499Dendeng.Sapi.Dicamp ur.Daging.Babi.di.Malang, diakses tanggal 1 juni 2010, pukul 13.03.
Kesmen, Z. , Yeti
m, H., Şahin, F. 2009, Identification Of Different Meat
