Laporan Tugas Mandiri Judul Bioinformati
Laporan Tugas Mandiri
Judul
Anggota Kelompok
Data Publikasi :
: Bioinformatika dalam Keanekaragaman Hayati
: - Irene Agustin ( 1306411745 )
- Nirwana Sari ( 1306365833 )
- Rendy Pramuda ( 1306411764 )
- Sidik Pamungkas ( 1306366016 )
- Tiara Nur Annisa ( 1306365972 )
- Yanah Nur Jannah (1306366110 )
:
www.ncbi.nlm.nih.gov
N.M. Luscombe, D. Greenbaum, M. Gerstein. 2001, Review: What is bioinformatics? An
introduction and overview, Department of Molecular Biophysics and Biochemistry Yale
University, New Haven, USA. Yearbook of Medical Informatics.
http://bioarli.page.tl/Melindungi-Lingkungan-dengan-Bioinformatika-.htm
http://rumahfahima.org/en/artikel/teknologi/702-apa-itu-bioinformatics.html
http://www.csbioinformatika.us/2013/05/pengertian-bioinformatika.html
http://bioarli.page.tl/Melindungi-Lingkungan-dengan-Bioinformatika-.htm
http://rumahfahima.org/en/artikel/teknologi/702-apa-itu-bioinformatics.html
http://lib.ugm.ac.id/digitasi/upload/3307_MU.201306020.pdf
PETA KONSEP :
URAIAN SINGKAT :
Secara terminologi bahasa, bioinformatics terdiri dari dua kata "Bio" = biologi dan
"Informatics" = informatika/informasi. Jadi, bioinformatics ini berkaitan dengan konsep biologi,
ilmu komputer, dan teknologi informasi yang kesemuanya digunakan untuk mencari, menganalisis
data, serta memperoleh informasi biologis. istilah lain yang maknanya sama dengan
bioinformatics seperti biocomputing, biological computing, computational biology, dan
computational genomics. Bioinformatika berupa sistem manajemen informasi yang meliputi
database biologi molekul dan software sebagai tools untuk mengelola dan menganalisis data
biologis Munculnya bioinformatics diharapkan dapat mengorganisasi penyimpanan data biologi
sehingga memudahkan ilmuwan mengkases data di dalam database dan mengunggah data terbaru
ke dalam database. Contoh database genom yaitu GenBank/NCBI (National Centre of
Biotechnology Information, Amerika Serikat), EMBL (European Molecular Biologi Laboratory,
Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan). Sejarah bioinformatika pada tahun 1960 dimulai
dengan penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan
pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi. Kemudian pada tahun 1970 pangkalan
data sekuens DNA dikembangkan di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi
Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory). Pada tahun 1980an Bioinformatika
pertamakali dikemukakan untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi.
Tepatnya, istilah Bioinformatika pertama kali diperkenalkan pada 1979 oleh Paulien Hogeweg.
Keanekaragaman hayati (biodiversity atau biological diversity) merupakan istilah
yang digunakan untuk menggambarkan kekayaan berbagai bentuk kehidupan di bumi ini
mulai dari organisme bersel tunggal sampai organisme tingkat tinggi. Keanekaragaman
hayati
memiliki
3
tingkatan
yaitu
tingkat
gen,tingkat
spesies
dan
tingkat
ekosistem.Keanekaragaman hayati sangat berhubungan dengan bioinformatika karena bidang
bioinformatik tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya
peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini didukung oleh
teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan software. Salah satu contohnya
dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang
melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan
teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat.
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya
bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam
rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari
bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan
kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan
manipulasi DNA. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet
memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data
tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Perangkat bioinformatika
yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic
Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data
sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein
yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil
sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari
kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
Judul
Anggota Kelompok
Data Publikasi :
: Bioinformatika dalam Keanekaragaman Hayati
: - Irene Agustin ( 1306411745 )
- Nirwana Sari ( 1306365833 )
- Rendy Pramuda ( 1306411764 )
- Sidik Pamungkas ( 1306366016 )
- Tiara Nur Annisa ( 1306365972 )
- Yanah Nur Jannah (1306366110 )
:
www.ncbi.nlm.nih.gov
N.M. Luscombe, D. Greenbaum, M. Gerstein. 2001, Review: What is bioinformatics? An
introduction and overview, Department of Molecular Biophysics and Biochemistry Yale
University, New Haven, USA. Yearbook of Medical Informatics.
http://bioarli.page.tl/Melindungi-Lingkungan-dengan-Bioinformatika-.htm
http://rumahfahima.org/en/artikel/teknologi/702-apa-itu-bioinformatics.html
http://www.csbioinformatika.us/2013/05/pengertian-bioinformatika.html
http://bioarli.page.tl/Melindungi-Lingkungan-dengan-Bioinformatika-.htm
http://rumahfahima.org/en/artikel/teknologi/702-apa-itu-bioinformatics.html
http://lib.ugm.ac.id/digitasi/upload/3307_MU.201306020.pdf
PETA KONSEP :
URAIAN SINGKAT :
Secara terminologi bahasa, bioinformatics terdiri dari dua kata "Bio" = biologi dan
"Informatics" = informatika/informasi. Jadi, bioinformatics ini berkaitan dengan konsep biologi,
ilmu komputer, dan teknologi informasi yang kesemuanya digunakan untuk mencari, menganalisis
data, serta memperoleh informasi biologis. istilah lain yang maknanya sama dengan
bioinformatics seperti biocomputing, biological computing, computational biology, dan
computational genomics. Bioinformatika berupa sistem manajemen informasi yang meliputi
database biologi molekul dan software sebagai tools untuk mengelola dan menganalisis data
biologis Munculnya bioinformatics diharapkan dapat mengorganisasi penyimpanan data biologi
sehingga memudahkan ilmuwan mengkases data di dalam database dan mengunggah data terbaru
ke dalam database. Contoh database genom yaitu GenBank/NCBI (National Centre of
Biotechnology Information, Amerika Serikat), EMBL (European Molecular Biologi Laboratory,
Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan). Sejarah bioinformatika pada tahun 1960 dimulai
dengan penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan
pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi. Kemudian pada tahun 1970 pangkalan
data sekuens DNA dikembangkan di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi
Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory). Pada tahun 1980an Bioinformatika
pertamakali dikemukakan untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi.
Tepatnya, istilah Bioinformatika pertama kali diperkenalkan pada 1979 oleh Paulien Hogeweg.
Keanekaragaman hayati (biodiversity atau biological diversity) merupakan istilah
yang digunakan untuk menggambarkan kekayaan berbagai bentuk kehidupan di bumi ini
mulai dari organisme bersel tunggal sampai organisme tingkat tinggi. Keanekaragaman
hayati
memiliki
3
tingkatan
yaitu
tingkat
gen,tingkat
spesies
dan
tingkat
ekosistem.Keanekaragaman hayati sangat berhubungan dengan bioinformatika karena bidang
bioinformatik tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya
peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini didukung oleh
teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan software. Salah satu contohnya
dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang
melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan
teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat.
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya
bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam
rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari
bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan
kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan
manipulasi DNA. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet
memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data
tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Perangkat bioinformatika
yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic
Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data
sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein
yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil
sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari
kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.