B1J009090 8.
RINGKASAN
Jabon (Neolamarckia sp.) terdiri atas dua spesies, yaitu Jabon Putih
(Neolamarckia cadamba (Roxb.) Bosser dan Jabon Merah (Neolamarckia
macrophylla (Roxb.) Bosser. Jabon merupakan komoditi yang baru berkembang.
Penelitian aspek molekuler Jabon masih sangat terbatas sehingga data molekuler
Jabon pun belum tersedia. Data yang tersedia mengenai Jabon sejauh ini hanya
terbatas pada data morfologi (akar, batang, daun, buah, dan bunga). Dengan
demikian upaya awal yang harus dilakukan adalah identifikasi Jabon secara
molekuler.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui primer yang dapat digunakan
dalam analisis keragaman genetik Jabon menggunakan penanda RAPD (Random
Amplified polymorphic DNA), menemukan alel spesifik Jabon, mengetahui
keragaman genetik dalam dan antar serta jarak genetik populasi Jabon Putih dan
Jabon Merah.
Sampel daun berasal dari populasi Jabon Merah (Sulawesi Utara) dan populasi
Jabon Putih (Sumatera Selatan). Analisis keragaman genetik menggunakan 8 primer
terpilih yaitu OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15, dan
OPQ 16. Variabel yang diamati adalah pola dan jumlah fragmen DNA hasil
amplifikasi PCR. Pemilihan primer dilakukan berdasarkan ada tidaknya pita
polimorfik. Data dianalisis menggunakan program POPGENE 1.32 untuk
mengetahui keragaman genetik dan menghitung jarak genetik berdasarkan Ne’I Gene
Diversity (1978) dan Ne’i Original Measures of Genetics Distance (1978).
Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 8 primer yang digunakan diperoleh
tiga alel spesifik pada Jabon Putih dan tujuh alel spesifik pada Jabon Merah. Nilai
keragaman genetik populasi Jabon Putih sebesar 0,21, sedangkan Jabon Merah
sebesar 0,15. Nilai jarak genetik antar populasi Jabon Putih dan Jabon Merah adalah
0,49.
Kata kunci : Neolamarckia, alel spesifik, keragaman genetik, penanda RAPD,
polimorfik.
bio.unsoed.ac.id
x
SUMMARY
Jabon (Neolamarckia sp.) consists of two species, namely White Jabon
(Neolamarckia cadamba (Roxb.) Bosser and Red Jabon (Neolamarckia macrophylla
(Roxb.). Bosser. Jabon is an important emerging comodity. Research on molecular
aspect of jabon is still limited. The data available on jabon is limited to
morphological characteristics (root, stem, leaf, fruit, and flower). Therefore
molecular identification of jabon is needed.
The purpose of this study was to determine primers that could be used in the
analysis of jabon genetic diversity using RAPD (Random Amplified Polymorphic
DNA), find jabon specific allele, determine the genetic diversity within and between
Red and White Jabon populations
Leaf samples were taken from population of Red Jabon (North Sulawesi) and
population of White Jabon (South Sumatra). Analysis of genetic diversity used 8
primers OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15 , and OPQ 16.
Observed variables were the pattern and number of specific DNA fragments resulted
from PCR amplification. Determination of selected primers was conducted
descriptively based on the presence or absence of DNA bands in the agarose gel. The
POPGENE 1.32 program was used to determine the genetic diversity and calculating
the genetic distance based on Ne'I Gene Diversity (1978) and Ne'i Genetics Original
Measures of Distance (1978).
The results showed that of the 8 primers used to generate the RAPD profiles,
there were three specific alleles in White Jabon and seven in Red Jabon. Population
genetic diversity value of White Jabon was 0,21 and that of Red Jabon was 0,15.
Genetic distance between White and Red Jabon was 0,49.
Keywords: Neolamarckia sp., specific allel, genetic diversity, RAPD markers,
polymorphic.
bio.unsoed.ac.id
xi
Jabon (Neolamarckia sp.) terdiri atas dua spesies, yaitu Jabon Putih
(Neolamarckia cadamba (Roxb.) Bosser dan Jabon Merah (Neolamarckia
macrophylla (Roxb.) Bosser. Jabon merupakan komoditi yang baru berkembang.
Penelitian aspek molekuler Jabon masih sangat terbatas sehingga data molekuler
Jabon pun belum tersedia. Data yang tersedia mengenai Jabon sejauh ini hanya
terbatas pada data morfologi (akar, batang, daun, buah, dan bunga). Dengan
demikian upaya awal yang harus dilakukan adalah identifikasi Jabon secara
molekuler.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui primer yang dapat digunakan
dalam analisis keragaman genetik Jabon menggunakan penanda RAPD (Random
Amplified polymorphic DNA), menemukan alel spesifik Jabon, mengetahui
keragaman genetik dalam dan antar serta jarak genetik populasi Jabon Putih dan
Jabon Merah.
Sampel daun berasal dari populasi Jabon Merah (Sulawesi Utara) dan populasi
Jabon Putih (Sumatera Selatan). Analisis keragaman genetik menggunakan 8 primer
terpilih yaitu OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15, dan
OPQ 16. Variabel yang diamati adalah pola dan jumlah fragmen DNA hasil
amplifikasi PCR. Pemilihan primer dilakukan berdasarkan ada tidaknya pita
polimorfik. Data dianalisis menggunakan program POPGENE 1.32 untuk
mengetahui keragaman genetik dan menghitung jarak genetik berdasarkan Ne’I Gene
Diversity (1978) dan Ne’i Original Measures of Genetics Distance (1978).
Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 8 primer yang digunakan diperoleh
tiga alel spesifik pada Jabon Putih dan tujuh alel spesifik pada Jabon Merah. Nilai
keragaman genetik populasi Jabon Putih sebesar 0,21, sedangkan Jabon Merah
sebesar 0,15. Nilai jarak genetik antar populasi Jabon Putih dan Jabon Merah adalah
0,49.
Kata kunci : Neolamarckia, alel spesifik, keragaman genetik, penanda RAPD,
polimorfik.
bio.unsoed.ac.id
x
SUMMARY
Jabon (Neolamarckia sp.) consists of two species, namely White Jabon
(Neolamarckia cadamba (Roxb.) Bosser and Red Jabon (Neolamarckia macrophylla
(Roxb.). Bosser. Jabon is an important emerging comodity. Research on molecular
aspect of jabon is still limited. The data available on jabon is limited to
morphological characteristics (root, stem, leaf, fruit, and flower). Therefore
molecular identification of jabon is needed.
The purpose of this study was to determine primers that could be used in the
analysis of jabon genetic diversity using RAPD (Random Amplified Polymorphic
DNA), find jabon specific allele, determine the genetic diversity within and between
Red and White Jabon populations
Leaf samples were taken from population of Red Jabon (North Sulawesi) and
population of White Jabon (South Sumatra). Analysis of genetic diversity used 8
primers OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15 , and OPQ 16.
Observed variables were the pattern and number of specific DNA fragments resulted
from PCR amplification. Determination of selected primers was conducted
descriptively based on the presence or absence of DNA bands in the agarose gel. The
POPGENE 1.32 program was used to determine the genetic diversity and calculating
the genetic distance based on Ne'I Gene Diversity (1978) and Ne'i Genetics Original
Measures of Distance (1978).
The results showed that of the 8 primers used to generate the RAPD profiles,
there were three specific alleles in White Jabon and seven in Red Jabon. Population
genetic diversity value of White Jabon was 0,21 and that of Red Jabon was 0,15.
Genetic distance between White and Red Jabon was 0,49.
Keywords: Neolamarckia sp., specific allel, genetic diversity, RAPD markers,
polymorphic.
bio.unsoed.ac.id
xi