Developmentof Real Time Rt-Pcr And Molecular Characterization For Detection of Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) on Whiteleg Shrimp (Litopenaeus vannamei)
PENGEMBANGAN REAL TIME RT-PCR DAN KARAKTERISASI
MOLEKULER UNTUK DETEKSI INFECTIOUS MYONECROSIS
VIRUS (IMNV) PADA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei)
ZAKIYAH WIDOWATI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Pengembangan Teknik
real time RT-PCR dan Karakterisasi Molekuler untuk Deteksi Infectious
Myonecrosis Virus (IMNV) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei)
adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum
diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Januari 2013
Zakiyah Widowati
NRP. B253100061
RINGKASAN
ZAKIYAH WIDOWATI. Pengembangan Teknik real time RT-PCR Dan
Karakterisasi Molekuler Untuk Deteksi Infectious Myonecrosis Virus (IMNV)
pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Dibimbing oleh SURACHMI
SETIYANINGSIH dan FACHRIYAN H PASARIBU.
Infeksi myonecrosis pada udang vaname (Litopenaeus vannamei) oleh virus
IMN berkontribusi pada penurunan total produksi udang di Indonesia pada kurun
waktu enam tahun terakhir ini. Infeksi myonekrosis disebabkan oleh virus dari
famili Totiviradae, berukuran 40 nm, merupakan virus dsRNA, memiliki 7560
nukleotida dengan pola infeksi bersifat kronis, persisten dan progresif. Deteksi
dini IMNV pada budidaya udang vaname diperlukan untuk penanganan
selanjutnya. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi dan karakterisasi molekuler
IMNV, dan deteksi IMNV pada udang dengan gejala klinis dan sub-klinis infeksi
IMNV dengan real time RT-PCR. Sampel udang vaname diperoleh dari tambak di
Situbondo dan Lampung selama bulan April - Oktober 2012. Gejala klinis infeksi
myonecrosis pada sampel udang vaname berupa hilangnya transparansi pada
jaringan otot dan nekrosis pada ruas abdomen ke-6. Gejala klinis tersebut
mengindikasikan status klinis udang vaname pada tahap infeksi awal IMNV.
Karakteristik molekuler basa nukleotida fragmen gen ORF1 IMNV
(fragmen 218-682) isolat lapang Situbondo dan isolat lapang Lampung
menunjukkkan kemiripan 99% dengan genom IMNV isolat Indonesia (GenBank
aksesi no EF061744) maupun IMNV isolat Brasil (GenBank aksesi
no.AY570982). Limit deteksi qRT-PCR IQ Real hingga
MOLEKULER UNTUK DETEKSI INFECTIOUS MYONECROSIS
VIRUS (IMNV) PADA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei)
ZAKIYAH WIDOWATI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Pengembangan Teknik
real time RT-PCR dan Karakterisasi Molekuler untuk Deteksi Infectious
Myonecrosis Virus (IMNV) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei)
adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum
diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Januari 2013
Zakiyah Widowati
NRP. B253100061
RINGKASAN
ZAKIYAH WIDOWATI. Pengembangan Teknik real time RT-PCR Dan
Karakterisasi Molekuler Untuk Deteksi Infectious Myonecrosis Virus (IMNV)
pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Dibimbing oleh SURACHMI
SETIYANINGSIH dan FACHRIYAN H PASARIBU.
Infeksi myonecrosis pada udang vaname (Litopenaeus vannamei) oleh virus
IMN berkontribusi pada penurunan total produksi udang di Indonesia pada kurun
waktu enam tahun terakhir ini. Infeksi myonekrosis disebabkan oleh virus dari
famili Totiviradae, berukuran 40 nm, merupakan virus dsRNA, memiliki 7560
nukleotida dengan pola infeksi bersifat kronis, persisten dan progresif. Deteksi
dini IMNV pada budidaya udang vaname diperlukan untuk penanganan
selanjutnya. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi dan karakterisasi molekuler
IMNV, dan deteksi IMNV pada udang dengan gejala klinis dan sub-klinis infeksi
IMNV dengan real time RT-PCR. Sampel udang vaname diperoleh dari tambak di
Situbondo dan Lampung selama bulan April - Oktober 2012. Gejala klinis infeksi
myonecrosis pada sampel udang vaname berupa hilangnya transparansi pada
jaringan otot dan nekrosis pada ruas abdomen ke-6. Gejala klinis tersebut
mengindikasikan status klinis udang vaname pada tahap infeksi awal IMNV.
Karakteristik molekuler basa nukleotida fragmen gen ORF1 IMNV
(fragmen 218-682) isolat lapang Situbondo dan isolat lapang Lampung
menunjukkkan kemiripan 99% dengan genom IMNV isolat Indonesia (GenBank
aksesi no EF061744) maupun IMNV isolat Brasil (GenBank aksesi
no.AY570982). Limit deteksi qRT-PCR IQ Real hingga