ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN PADA BIJI TANAMAN MELINJO (Gnetum gnemon)
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN
PADA BIJI TANAMAN MELINJO (Gnetum gnemon)
isolation of genes encoding antioxidant proteins
in melinjo seeds (Gnetum gnemon)
SKRIPSI
Diajukan guna melengkapi dan memenuhi salah satu syarat untuk menyelesaikan
Program Sarjana (S1) pada Program Studi Agroteknologi
Fakultas Pertanian Universitas Jember
Oleh:
Arya Bagus Boedi Iswanto
NIM. 081510501157
.u
gilib
i
d
/
/
:
PROGRAM
STUDI AGROTEKNOLOGI
.u
lib.u
lib.u
i
i
g
g
i
i
/d
/d
FAKULTAS
ttp:/
ttp:/ PERTANIAN
h
h
UNIVERSITAS JEMBER
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
i
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
.u
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
igilib
OKTOBER, 2012
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.une
b
i
l
i
Nama
g
://di
u
.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
://d
http
: 081510501157
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ilib Iswanto
: Arya BagusigBoedi
NIM
.id/
ac
nej.
http
d/
.i
Saya yang bertanda
j.ac tangan di bawah ini :
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
PERNYATAAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
bahwa karya ilmiah yang
/
/ berjudul : Isolasi
/
.id/ Menyatakan dengan sesungguhnya
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne Antioksidan Padab.Biji
Gen Pengkodeb.u
Protein
uneTanaman Melinjo(Gnetum
.une
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
ig benar-benar hasil karya
dig
gnemon)
://di
://pengutipan
://di sendiri, kecuali jika dalam
://dadalah
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
substansi disebutkan sumbernya, dan belum pernah diajukan pada institusi
/
/
/
/
c.id atas keabsahan dan j.ac.id
c.idjiplakan. Saya bertanggung
c.id manapun, serta bukan jkarya
jawab
a
a
a
.
.
.
j
j
ne
une
.une
.uharus
.sesuai
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
kebenaran
isinya
dengan
sikap
ilmiah
yang
dijunjung
tinggi.
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h tanpa adanya
h Demikian peryataan ini hsaya buat dengan sebenarnya,
h
/
/ mendapat sanksi
/pihak manapun serta bersedia
.id/ tekanan dan paksaan .adari
c.id
c.id
c.id
a
a
.
.
j
j
j
akademik jika ternyata
.une
.uneini tidak benar.
.une di kemudian hari pernyataan
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
ii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
NIM. 081510501157
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
lib.u
i
g
i
://d Iswanto
Arya Bagus
Boedi
http
http
http
http
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
.u
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/ 29 Oktober 2012 .ac.id/
cJember,
a
.
j
nej
ne
u
u
.
.
b
b
li
li
Yang menyatakan,
g
digi
digi
/
/
/
/
://di
:
:
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
http
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
lib Anggota
Dosen Pembimbing
digi
/
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
ac
nej.
.u
igilib
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
iii
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
.u
.id/
.u
.u
.id/
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
igilib
.u
.id/
ac
nej.
: Dr.
Didik Pudji Restanto, MS.
gilib
gIr.ilib
i
i
d
d
/
/
/
/
:
:
http
http NIP. 196504261994031001
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
a
nej.
ac
nej.
/dig
:/
http
: Tri Agus Siswoyo, SP., M.Agr., Ph.D
/
NIP. 197008101998031001
c.id
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
Dosen Pembimbing Utama
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
http
Pembimbing
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
.id/
.u
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
://di
://di
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
j.ac
j.ac BAGUS BOEDI ISWANTO
ARYA
e
e
n
n
u
u
.
.
NIM. 081510501157
gilib
gilib
ac
nej.
/dig
:/
http
http
g
://di
http
.id/
gilib
i
d
/
/
:
Oleh :ilib.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.u
http
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
.id/
.
.
.u
/dig
:/
http
http
ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN PADA BIJI
TANAMAN
id/
id/ MELINJO (Gnetum gnemon)
http
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
ac
nej.
.u
.u
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
http
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
SKRIPSI
://d
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
lib.u
i
g
i
://d
PENGESAHAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
/
/
/
.id/ Skripsi berjudul Isolasi.aGen
c.id Pada Biji Tanaman j.ac.id
c.idPengkode Protein Antioksidan
a
.
j
j
e
.une
.une oleh Fakultas Pertanian
.ungnemon)
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
Melinjo (Gnetum
telah
diuji
dan
disahkan
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Universitas
Jember pada :
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/ Hari
ac
nej.
Tanggal
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/d
.id/
ac
nej.
.u
http
.u
/dig
:/
http
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
/dig
:/
http
http
c
Penguji
II,ej.a
n
u
ilib.
//dig
.u
.id/
/
c.id
a
.
j
nePenguji III,
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une Ph.D
.uneTri Agus Siswoyo, SP.,ilibM.Agr.,
b
b
i
i
l
l
i
i
g
g
g
g
NIP. 197008101998031001
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
Tim Penguji
Penguji
igiI,lib
http
http
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
lib.u
i
g
g
i
i
Tempat
Jember
://d
://d : Fakultas PertaniantUniversitas
h tp
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
/
c.id
a
.
j
e
: 22un
Oktober
2012
ilib.
: Senin
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
Prof. Dr. Ir. Wiwiek
/
/ Sri Wahyuni, MS.
/ MS.
.id/ Dr. Ir. Didik Pudji Restanto,
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
NIP. 196504261994031001
NIP.
195901021988031002
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
iv
.id/
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
igilib
/dig
:/
http
http
.u
.u
.u
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
http
ac
nej.
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
Dr. Ir. Jani Januar,.uMT.
ne
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
NIP. 195212171980032001
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
Mengesahkan unej.
.
gilib
Dekan,
i
d
/
/
:
http
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d Pengkode Protein tAntioksidan
://d Melinjo
://d
:/Gen
Isolasi
Pada Biji Tanman
http
ht p
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
/dig
:/
http
(Gnetum gnemon). ARYA BAGUS BOEDI ISWANTO. 081510501157. 2012,
/
/
/
/
c.idPertanian, Universitas j.ac.id
c.id Minat Agronomi, Fakultas
c.id Program Studi Agroteknologi
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
Jember.
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
RINGKASAN
Isolasi dan karakterisasi protein antioksidan pada biji melinjo Gnetum
gnemon menunjukkan adanya dua fraksi protein antioksidan dengan berat molekul
untuk fraksi protein utamanya sebesar 30 kilo Dalton dan fraksi protein keduanya
memiliki berat molekul sebesar 12 kilo Dalton. Protein antioksidan berperan
sebagai penangkal radikal bebas, pencegah terjadinya stres oksidatif, menghambat
spesies oksigen reaktif (ROS) yang dapat mempengaruhi sistem metabolisme
serta dapat meyebabkan kerukasan struktur dan fungsi sel. Penelitian ini bertujuan
untuk mengisolasi dan mengidentifikasi gen pengkode protein antioksidan pada
biji melinjo.
Metode RLM-RACE (RNA Ligase Mediated Rapid Amplification Of
cDNA Ends) digunakan untuk mengisolasi fragmen cDNA Gg-AOP ujung 5’ dan
ujung 3’. Primer di desain berdasarkan urutan asam amino dari fraksi protein
terisolasi. Pada ujung 5’ desain primer yang digunakan adalah primer spesifik
(AP1)R 5’-TGN CCR TAY TGN ACY TTY TGY TTN AC-3’, (AP2)R 5’ ATN
GCN CAN GTN GCY TTN CCR TTN CC-3’, sedangkan pada ujung 3’ adalah
(SP1)R 5’- GGN AAY GGN AAR GCN ACN GTN GCN AT-3’, (SP2)R 5’GTN AAR CAR AAR GTN CAR TAY GGN CA-3’. Hasil PCR di kloning ke
dalam plasmid pGEM-T Easy vector dan ditransformasi ke dalam bakteri E.coli
strain DH5 dan ditumbuhkan pada media LB padat. Koloni bakteri berwarna
putih ditumbuhkan pada media LB cair selama semalam dan dilakukan isolasi
plasmid. Plasmid DNA target yang diperoleh kemudian dipotong menggunakan
enzim retriksi EcoRI dan disekuensi untuk mengetahui urutan nukleotida dari
fragmen cDNA Gg-AOP yang diperoleh.
v
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
Hasil isolasi
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
RACE ujung 3’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP
sebesar 300 bp. Isolasi RACE ujung 5’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP
berukuran 178 bp. Homologi cDNA Gg-AOP ujung 5’ dengan sekuen nukleotida
protein antioksidan terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 34,2%.
Homologi cDNA Gg-AOP ujung 3’ dengan sekuen nukleotida protein antioksidan
terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 31,4%. Perlu dilakukan penelitian
lebih lanjut untuk mendapatkan full length fragmen cDNA Gg-AOP.
Kata Kunci : cDNA, RLM-RACE, Protein Antioksidan (AOP), Melinjo.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
vi
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
://d(Gnetum
://d Proteins in Melinjo tSeeds
://dof Genes Encoding Antioxidant
Isolation
h tp
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
/dig
:/
http
gnemon). ARYA BAGUS BOEDI ISWANTO. 081510501157. 2012, Program
/
/
/
id/Jember.
c.id
c.of
c.id of Agriculture, University
c.id Study Agrotechnology,j.Faculty
a
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hSUMMARY
h
h
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne characterization antioxidant
Isolation .uand
.une
.une protein in melinjo iliseeds
b
b
b
i
i
l
l
i
i
g
g
ig
/dig two fractions of antioxidant
(Gnetum
showed that there
://di
://di protein.
:/were
://dgnemon)
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
The first fraction was 30 kilo Dalton and the second fraction was 12 kilo Dalton.
/
/
/
d/
c.id
c.id is a free radical blocker,
c.id The role of antioxidantj.protein
oxidative
stress preventer, j.ac.i
a
a
a
.
.
j
j
ne
ne
.une
.ucould
.uOxygen
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
pursuing
Reactive
Species
(ROS).
ROS
influences
the
metabolism
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h and causes cell functionhand structure damage. This research
h
system
aimed to
/
/ seeds.
/ antioxidant protein in melinjo
.id/ isolate and identify gene.aencoding
c.id
c.id
c.id
a
a
.
.
j
j
j
e
e RLM-RACE (RNA Ligase
The method
Rapid Amplification
.une
.unMediated
.unof
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
/dig Gg-AOP fragment terminal
://di
://di 5’ and
:/cDNA
://diEnds) was used to isolate
Of cDNA
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
cDNA Gg-AOP fragment terminal 3’. Primer was designed based on the amino
/
/
/
/
c.id fraction. (AP1)R 5’- j.ac.id
c.id of 12 kilo Dalton protein
c.id acid sequence from the
isolated
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne
.une
.une and (AP2)R 5’ ATNiliGCN
.uTGN
.une
b
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
TGN
CCR
TAY
ACY
TTY
TGY
TTN
AC-3’
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h GTN GCY TTN CCR TTNhCC-3’, was used to find out theh cDNA Gg-AOP
h
CAN
/
/ ACN GTN GCN
/5’- GGN AAY GGN AAR.iGCN
.id/ fragment terminal 5’. (SP1)R
c.id
c d
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e GTN AAR CAR AAR GTN
AT-3’ and (SP2)R
was
.une
.uneCAR TAY GGN CA-3’
.un5’b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
/digout cDNA Gg-AOP fragment
://di
://di 3’ and
://diterminal 3’. The RACEttterminal
:/find
usedttto
p
p
p
p
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
terminal 5’ was each cloned to pGEM-T Easy vector and transform to E.coli strain
/
/
/
id/
c.idgrown on LB liquid j.ac.id
c.selected
c.id DH5 on LB plate. jThe
of white colonyj.a
was
a
a
.
.
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
overnight
then
the
plasmid
was
isolated.
The
plasmid
of
DNA
target
was
cut
with
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h retriction enzyme then wash sequenced to find out the nucleotide
h
EcoRI
sequence
/
/
/
.id/ of cDNA Gg-AOP fragment.
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
The sizeb.of
Gg-AOP fragmentb.terminal
une
une 3’ was 300 bp and
uncDNA
.the
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
dig 178 bp. Homology cDNA
//dig fragment terminalttp5’://was
://di
://diGg-AOP
:Gg-AOP
cDNA
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
terminal 5’ with isolated nucleotide antioxidant protein sequence showed
/
d/
.id/ 3’ with isolated .ac.id/
cterminal
c.iHomology
c.id homology value of 34.2%.
cDNA Gg-AOP
a
a
a
.
.
.
j
j
j
nej
ne
ne
ne
u
u
u
u
.
.
.
.
b
b
b
b
li
li
li
li
g
digi
digi
digi
digi
/
/
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
:
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
vii
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/d
/d
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
viii
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
http
.id/
.u
.id/
ac
nej.
http
.id/
/dig
:/
http
http
.u
.u
ac
nej.
.u
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
.u
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.id/
http
/dig
:/
http
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
needed to conduct a further research to gain full length cDNA Gg-AOP.
:/
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
lib RLM-RACE, Antioxidant
Key wordsig: icDNA,
igilibProtein (AOP), Melinjo.
http
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d
nucleotide
It is
:/31.4%.
://dshowed homology valuettof
://d antioxidant protein sequence
h p
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
d/
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
d/
.i
.i
Puji syukur kehadirat
j.acatas segala rahmat dan
j.ac Tuhan Yang Maha Esa
.une
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
KATA
PENGANTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.une
.id/
ac
nej.
.u
lib
ilib
karuniaNyaigsehingga
penulis dapat menyelesaikan
skripsi yang berjudul
igiIsolasi
igilib
g
://di
://d
://d
://d
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h Pengkode Protein Antioksidan
Gen
Pada Biji Tanaman hMelinjo(Gnetum
/
/ satu syarat untuk
/ untuk memenuhi salah
/ gnemon). Skripsi ini disusun
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
menyelesaikan pendidikan
strata satu (S1) pada
Studi Agroteknologi
.une
.unProgram
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
dig
Fakultas
Universitas Jember.
://di
://di
://di
://Pertanian
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
Penyusunan skripsi ini tidak terlepas dari bantuan berbagai pihak, oleh
/
/
/
/
c.id
c.idkepada :
c.id
c.id karena itu penulis inginj.amenyampaikan
ucapan terimaj.kasih
a
a
a
.
.
j
j
ne
une
.Dr.
.uDosen
.une SP., M.Agr., Ph.D, selaku
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
1.
Tri
Agus
Siswoyo,
Pembimbing
Utama,
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hIr. Didik Pudji Restanto, MS h
h
selaku Dosen Pembimbing Anggota
I, dan Prof.
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
/
c.id
c.
c.
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
meluangkan waktu,
skripsi ini.
.une
.unpenulisan
.une pikiran dan perhatian idalam
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
g
g
ig dan saudara-saudaraku yang
//digsayang
://di
:kasih
://didengan penuh pengertian,
://dtua
2. Orang
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Dr. Ir. Wiwiek Sri Wahyuni,
II yang telah
id/
id/ MS selaku Dosen Pembimbing
dan semangat selalu mendoakan agar terselesaikannya skripsi ini.
/
/
.id/ telah memberikan .ac.id/
cyang
c.id
c.id 3. Seluruh anggota Laboratorium
Analisis Tanaman
a
a
a
.
.
.
j
j
j
nej
ne
ne
ne
u
u
u
u
.
.
.
.
b
b
b
b
li
li
kesempatan
g
gili
igili memberikan dukungan
diterhadap
dserta
digi penulis menimba ilmu
digi
/
/
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
:
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hterselesaikannya skripsi ini. h
h
MS
serta dorongan
/
/
/ yang selalu memberi masukan
.id/ 4. Dr. Ir. Sigit Suparjono,
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
semangat. b.une
.une
.une
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di rekan
://di Amin, Fendi dan Dodik
://di Candra, Anang, Adrian,ttpNisya,
5. Oktavia,
sebagai
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
kerjaku yang telah membantu selama penelitian dan selalu memberi dorongan
semangat.
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
.u
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
lib
6. Semuadpihak
igilibyang tidak dapat disebutkan
digisatu per satu.
g
://di
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h Penulis juga menerima segala
kritik dan saran dari semua
pihak demi
penulis berharap, semoga
/
/ skripsi ini dapat
/
/ kesempurnaan skripsi ini. .Akhirnya
c.id
c.id
c id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
bermanfaat. b.une
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
.id/ Jember,
ac
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
une
.
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
.u
ac
nej.
.id/
Penulis
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
ix
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
.id/
id/
.
Oktober 2012
j.ac
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
Halaman
.u
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
ac
nej.
http
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d ISI
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
lib
lib
lib
HALAMAN
digi ii
digi
digiJUDUL ………………………………………………………
g
://di
://
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
HALAMAN
PERNYATAAN ……………………………………………
iiii
iv
/
/
/ …………………………………………….
/ HALAMAN PENGESAHAN
iv
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
RINGKASANb……………………………………………………………..
vvb.une
.une
.une
.une
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
/dig
://di
://di ix
://di
:/PENGANTAR
://di
KATA
…………………………………………………….
p
p
p
p
p
ix
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
DAFTAR ISI ………………………………………………………………. xx
/
/
/
/
c.id
c.id
c.id
c.id DAFTAR GAMBARj……………………………………………………...
xi
a
a
a
a
.
.
.
.
xii
j
j
j
.une
.une
.une …………………………………………………...
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
DAFTAR
LAMPIRAN
xii
g
g
g
g
g
://di
://di xiii
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 1. PENDAHULUAN ………………………………………………...
h
BAB
11
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
1.1 Latar Belakang.id
…………………………………………………
/
/
/
11
c.id
c.id
c
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
1.2 Perumusan
3b3.un
b.un
b.un Masalah …………………………………………...
li
li
gili
digi 3
digi
diTujuan
/
/
/
/
/
/
:
:
:
1.3
Penelitian
………………………………………………
p
p
p
3
htt
htt
htt
http
/dig
:/
http
1.4 Manfaat Penelitian …………………………………………….. 33
/
/
/
/
c.id
c.id
c.id ………………………………………….
c.id BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA
4
a
a
a
a
.
.
.
.
4
j
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
2.1
Tanaman
Melinjo
(Gnetum
gnemon)
………………………....
4
g
g
g
g
g
://di
://di 4
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 2.2 Antioksidan ………………………………………………….....
h
55
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/
2.3 RLM-RACE (RNA
.id/
.id/ Ligase Mediated Rapid Amplification
d
ac.i
ac
ac
.
.
.
j
j
j
e
e
e
n
n Ends) ………………………………………………...
Of cDNA
6 n
li6b.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d 5’ …………………………..
://d 88
:/Ujung
://d 2.3.1 RLM-RACE tKit
http
h tp
http
2.3.2 RLM-RACE Kit Ujung 3’ ………………………….. 88
/
/
c.id
c.id Chain Reaction) …………………………....
2.4 PCR (Polymerase
a
a
.
.
99
j
j
e
e
.un
.un
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
b
li11
ilib
2.5
DNA (cDNA)
gilib
digi 11
dig………………………………...
diComplementary
g
://di
://
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 2.6 Kloning cDNA ………………………………………………....
12
12
/
/
/
/ BAB 3. BAHAN DAN METODE
………………………………………..
15
15
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
ne Tempat Penelitian ………………………………..
3.1 Waktu
15
.une
.une
.udan
.une
15
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
//diBahan
://di
://di 15
://di
:3.2
://di
dan Alat ………………………………………………..
15
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
3.3 Metode Penelitian ……………………………………………..
15
15
/
d/
d/
d/
i
i
i
.
.
.
c.id
c
c
c
BAB
4.
HASIL
DAN
PEMBAHASAN
…………………………………..
21
a
a
a
a
.
.
.
.
21
j
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
x
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
d/
.une
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xi
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
http
.id/
.u
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
http
.u
.u
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
.id/
.u
.id/
.id/
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
:/
http
:/
http
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
/
/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
.u
:/
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.une
.id/
.id/ LAMPIRAN
gilib
i
d
/
/
:
d/
.i
c.i
5.1 Kesimpulan
30
30
j.ac
j.a………………………………………………….....
://
http PUSTAKA
DAFTAR
http
/dig
:/
http
BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN …………………………………. 30
30
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
lib
lib
5.2
gilib …………………………………………………………...
digi 30
digi
diSaran
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
//d Hasil dan Pembahasantt………………………………………...
://d 21
://d
:4.1
21
http
h p
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.u
http
d/
ac.i
ej.
://
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
4.4
Hasil seleksi bakteri transforman pada media LB plate
26
4.7
Hasil sekuensi
.id/
.id/RACE ujung 3’ ………………………….
28
/
/
/
c.id
c.idmenggunakan
c.id
4.5
Hasil elektroforesis
isolasi plasmid dengan
a
a
a
.
.
.
j
j
j
une
.une
.agarose
.uneretriksi EcoRI pada gel
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
Enzim
1%
…………….
27
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h ujung 5’ …………………………..
h4.6
Hasil sekuensi RACE
28
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
igilib
/dig
:/
http
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.u
http
/
d
ac.i
ac
ac
.
.
.
j
j
j
e
e
e
n
n homologi cDNA ujung 5’b.…………………………
4.8
Hasil
29 n
lib.u
li u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
//d 3’ …………………………
://d 29
:ujung
4.9 ://d
Hasil homologi cDNA
http
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
22
/
c.id
c.
c.
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne…………………….. 24b.une
4.2
Hasil
.u3’
.uneelektroforesis cDNA ujung
b
b
i
i
li
l
l
i
i
g
ig
digi 25
dpGEM-T
dig Peta Lingkaran Plasmid
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
4.3
Easy
...…………….....
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
Halaman
Hasil elektroforesis
cDNA ujung 5’ ……………………..
id/
id/
.id/
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
4.1
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
b.u
b.u
l8ib.u
liProcdure
liOverview
i
i
i
of
the
RLM-RACE
………………....
g
g
g
i
i
i
/d
://d
p://d
ttp:/
http
htt5’
h2.2
Posisi primer untuk
dan 3’ RACE ……………………
9
ac
nej.
n
lib.u
i
g
i
d
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
2.1
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/ Gambar
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://dGAMBAR
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
http
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
1.
http
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xiii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
.id/
.id/
.u
/dig
/
:/
http
:/
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
Halaman
.u
/
/
:/
http
/dig
:/
http
http
lib
lib
ilib
Foto
……………………………………….................
digi34
digi
digPenelitian
.id/
http
.u
.u
.u
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
d
://LAMPIRAN
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
/
/
/
c.id
c.id= Amphisilin Resistancej.ac.id
a
a
.
.
j
j
.une
.une Phosphatase
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
CIP
=
Calf
Intestine
alkaline
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Gg-AOP
= Gnetum
gnemon Antioxidant Protein
.id/ AmpR
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
SINGKATAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
=
/
/
/ Ethylenediaminetetraacetic.idacid
c.id
c
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
EtBr
= Ethidium Bromide
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
ig
LB ttp://d
= Luria
Bertani
://di
://di
://di
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
.id/ EDTA
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
TAP
= Tobacco Acid Pyrophosphatase
d/
ac.i TE
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xiv
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.id/
d/
ac.i = Tris EDTA
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN
PADA BIJI TANAMAN MELINJO (Gnetum gnemon)
isolation of genes encoding antioxidant proteins
in melinjo seeds (Gnetum gnemon)
SKRIPSI
Diajukan guna melengkapi dan memenuhi salah satu syarat untuk menyelesaikan
Program Sarjana (S1) pada Program Studi Agroteknologi
Fakultas Pertanian Universitas Jember
Oleh:
Arya Bagus Boedi Iswanto
NIM. 081510501157
.u
gilib
i
d
/
/
:
PROGRAM
STUDI AGROTEKNOLOGI
.u
lib.u
lib.u
i
i
g
g
i
i
/d
/d
FAKULTAS
ttp:/
ttp:/ PERTANIAN
h
h
UNIVERSITAS JEMBER
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
i
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
.u
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
igilib
OKTOBER, 2012
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.une
b
i
l
i
Nama
g
://di
u
.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
://d
http
: 081510501157
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ilib Iswanto
: Arya BagusigBoedi
NIM
.id/
ac
nej.
http
d/
.i
Saya yang bertanda
j.ac tangan di bawah ini :
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
PERNYATAAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
bahwa karya ilmiah yang
/
/ berjudul : Isolasi
/
.id/ Menyatakan dengan sesungguhnya
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne Antioksidan Padab.Biji
Gen Pengkodeb.u
Protein
uneTanaman Melinjo(Gnetum
.une
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
ig benar-benar hasil karya
dig
gnemon)
://di
://pengutipan
://di sendiri, kecuali jika dalam
://dadalah
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
substansi disebutkan sumbernya, dan belum pernah diajukan pada institusi
/
/
/
/
c.id atas keabsahan dan j.ac.id
c.idjiplakan. Saya bertanggung
c.id manapun, serta bukan jkarya
jawab
a
a
a
.
.
.
j
j
ne
une
.une
.uharus
.sesuai
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
kebenaran
isinya
dengan
sikap
ilmiah
yang
dijunjung
tinggi.
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h tanpa adanya
h Demikian peryataan ini hsaya buat dengan sebenarnya,
h
/
/ mendapat sanksi
/pihak manapun serta bersedia
.id/ tekanan dan paksaan .adari
c.id
c.id
c.id
a
a
.
.
j
j
j
akademik jika ternyata
.une
.uneini tidak benar.
.une di kemudian hari pernyataan
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
ii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
NIM. 081510501157
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
lib.u
i
g
i
://d Iswanto
Arya Bagus
Boedi
http
http
http
http
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
.u
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/ 29 Oktober 2012 .ac.id/
cJember,
a
.
j
nej
ne
u
u
.
.
b
b
li
li
Yang menyatakan,
g
digi
digi
/
/
/
/
://di
:
:
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
http
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
d/
ac.i
nej.
.u
lib Anggota
Dosen Pembimbing
digi
/
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
ac
nej.
.u
igilib
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
iii
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
.u
.id/
.u
.u
.id/
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
igilib
.u
.id/
ac
nej.
: Dr.
Didik Pudji Restanto, MS.
gilib
gIr.ilib
i
i
d
d
/
/
/
/
:
:
http
http NIP. 196504261994031001
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
a
nej.
ac
nej.
/dig
:/
http
: Tri Agus Siswoyo, SP., M.Agr., Ph.D
/
NIP. 197008101998031001
c.id
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
Dosen Pembimbing Utama
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
http
Pembimbing
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
.id/
.u
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
://di
://di
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
j.ac
j.ac BAGUS BOEDI ISWANTO
ARYA
e
e
n
n
u
u
.
.
NIM. 081510501157
gilib
gilib
ac
nej.
/dig
:/
http
http
g
://di
http
.id/
gilib
i
d
/
/
:
Oleh :ilib.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.u
http
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
.id/
.
.
.u
/dig
:/
http
http
ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN PADA BIJI
TANAMAN
id/
id/ MELINJO (Gnetum gnemon)
http
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
ac
nej.
.u
.u
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
http
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
SKRIPSI
://d
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
lib.u
i
g
i
://d
PENGESAHAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
/
/
/
.id/ Skripsi berjudul Isolasi.aGen
c.id Pada Biji Tanaman j.ac.id
c.idPengkode Protein Antioksidan
a
.
j
j
e
.une
.une oleh Fakultas Pertanian
.ungnemon)
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
Melinjo (Gnetum
telah
diuji
dan
disahkan
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Universitas
Jember pada :
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/ Hari
ac
nej.
Tanggal
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/d
.id/
ac
nej.
.u
http
.u
/dig
:/
http
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
/dig
:/
http
http
c
Penguji
II,ej.a
n
u
ilib.
//dig
.u
.id/
/
c.id
a
.
j
nePenguji III,
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une Ph.D
.uneTri Agus Siswoyo, SP.,ilibM.Agr.,
b
b
i
i
l
l
i
i
g
g
g
g
NIP. 197008101998031001
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
Tim Penguji
Penguji
igiI,lib
http
http
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
lib.u
i
g
g
i
i
Tempat
Jember
://d
://d : Fakultas PertaniantUniversitas
h tp
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
/
c.id
a
.
j
e
: 22un
Oktober
2012
ilib.
: Senin
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
Prof. Dr. Ir. Wiwiek
/
/ Sri Wahyuni, MS.
/ MS.
.id/ Dr. Ir. Didik Pudji Restanto,
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
NIP. 196504261994031001
NIP.
195901021988031002
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
iv
.id/
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
igilib
/dig
:/
http
http
.u
.u
.u
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
http
ac
nej.
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
Dr. Ir. Jani Januar,.uMT.
ne
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
NIP. 195212171980032001
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
Mengesahkan unej.
.
gilib
Dekan,
i
d
/
/
:
http
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d Pengkode Protein tAntioksidan
://d Melinjo
://d
:/Gen
Isolasi
Pada Biji Tanman
http
ht p
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
/dig
:/
http
(Gnetum gnemon). ARYA BAGUS BOEDI ISWANTO. 081510501157. 2012,
/
/
/
/
c.idPertanian, Universitas j.ac.id
c.id Minat Agronomi, Fakultas
c.id Program Studi Agroteknologi
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
Jember.
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
RINGKASAN
Isolasi dan karakterisasi protein antioksidan pada biji melinjo Gnetum
gnemon menunjukkan adanya dua fraksi protein antioksidan dengan berat molekul
untuk fraksi protein utamanya sebesar 30 kilo Dalton dan fraksi protein keduanya
memiliki berat molekul sebesar 12 kilo Dalton. Protein antioksidan berperan
sebagai penangkal radikal bebas, pencegah terjadinya stres oksidatif, menghambat
spesies oksigen reaktif (ROS) yang dapat mempengaruhi sistem metabolisme
serta dapat meyebabkan kerukasan struktur dan fungsi sel. Penelitian ini bertujuan
untuk mengisolasi dan mengidentifikasi gen pengkode protein antioksidan pada
biji melinjo.
Metode RLM-RACE (RNA Ligase Mediated Rapid Amplification Of
cDNA Ends) digunakan untuk mengisolasi fragmen cDNA Gg-AOP ujung 5’ dan
ujung 3’. Primer di desain berdasarkan urutan asam amino dari fraksi protein
terisolasi. Pada ujung 5’ desain primer yang digunakan adalah primer spesifik
(AP1)R 5’-TGN CCR TAY TGN ACY TTY TGY TTN AC-3’, (AP2)R 5’ ATN
GCN CAN GTN GCY TTN CCR TTN CC-3’, sedangkan pada ujung 3’ adalah
(SP1)R 5’- GGN AAY GGN AAR GCN ACN GTN GCN AT-3’, (SP2)R 5’GTN AAR CAR AAR GTN CAR TAY GGN CA-3’. Hasil PCR di kloning ke
dalam plasmid pGEM-T Easy vector dan ditransformasi ke dalam bakteri E.coli
strain DH5 dan ditumbuhkan pada media LB padat. Koloni bakteri berwarna
putih ditumbuhkan pada media LB cair selama semalam dan dilakukan isolasi
plasmid. Plasmid DNA target yang diperoleh kemudian dipotong menggunakan
enzim retriksi EcoRI dan disekuensi untuk mengetahui urutan nukleotida dari
fragmen cDNA Gg-AOP yang diperoleh.
v
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
Hasil isolasi
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
RACE ujung 3’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP
sebesar 300 bp. Isolasi RACE ujung 5’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP
berukuran 178 bp. Homologi cDNA Gg-AOP ujung 5’ dengan sekuen nukleotida
protein antioksidan terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 34,2%.
Homologi cDNA Gg-AOP ujung 3’ dengan sekuen nukleotida protein antioksidan
terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 31,4%. Perlu dilakukan penelitian
lebih lanjut untuk mendapatkan full length fragmen cDNA Gg-AOP.
Kata Kunci : cDNA, RLM-RACE, Protein Antioksidan (AOP), Melinjo.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
vi
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
://d(Gnetum
://d Proteins in Melinjo tSeeds
://dof Genes Encoding Antioxidant
Isolation
h tp
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
/dig
:/
http
gnemon). ARYA BAGUS BOEDI ISWANTO. 081510501157. 2012, Program
/
/
/
id/Jember.
c.id
c.of
c.id of Agriculture, University
c.id Study Agrotechnology,j.Faculty
a
a
a
a
.
.
.
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hSUMMARY
h
h
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
/
/
/
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne characterization antioxidant
Isolation .uand
.une
.une protein in melinjo iliseeds
b
b
b
i
i
l
l
i
i
g
g
ig
/dig two fractions of antioxidant
(Gnetum
showed that there
://di
://di protein.
:/were
://dgnemon)
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
The first fraction was 30 kilo Dalton and the second fraction was 12 kilo Dalton.
/
/
/
d/
c.id
c.id is a free radical blocker,
c.id The role of antioxidantj.protein
oxidative
stress preventer, j.ac.i
a
a
a
.
.
j
j
ne
ne
.une
.ucould
.uOxygen
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
pursuing
Reactive
Species
(ROS).
ROS
influences
the
metabolism
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h and causes cell functionhand structure damage. This research
h
system
aimed to
/
/ seeds.
/ antioxidant protein in melinjo
.id/ isolate and identify gene.aencoding
c.id
c.id
c.id
a
a
.
.
j
j
j
e
e RLM-RACE (RNA Ligase
The method
Rapid Amplification
.une
.unMediated
.unof
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
/dig Gg-AOP fragment terminal
://di
://di 5’ and
:/cDNA
://diEnds) was used to isolate
Of cDNA
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
cDNA Gg-AOP fragment terminal 3’. Primer was designed based on the amino
/
/
/
/
c.id fraction. (AP1)R 5’- j.ac.id
c.id of 12 kilo Dalton protein
c.id acid sequence from the
isolated
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne
.une
.une and (AP2)R 5’ ATNiliGCN
.uTGN
.une
b
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
TGN
CCR
TAY
ACY
TTY
TGY
TTN
AC-3’
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h GTN GCY TTN CCR TTNhCC-3’, was used to find out theh cDNA Gg-AOP
h
CAN
/
/ ACN GTN GCN
/5’- GGN AAY GGN AAR.iGCN
.id/ fragment terminal 5’. (SP1)R
c.id
c d
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e GTN AAR CAR AAR GTN
AT-3’ and (SP2)R
was
.une
.uneCAR TAY GGN CA-3’
.un5’b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
/digout cDNA Gg-AOP fragment
://di
://di 3’ and
://diterminal 3’. The RACEttterminal
:/find
usedttto
p
p
p
p
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
terminal 5’ was each cloned to pGEM-T Easy vector and transform to E.coli strain
/
/
/
id/
c.idgrown on LB liquid j.ac.id
c.selected
c.id DH5 on LB plate. jThe
of white colonyj.a
was
a
a
.
.
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
overnight
then
the
plasmid
was
isolated.
The
plasmid
of
DNA
target
was
cut
with
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h retriction enzyme then wash sequenced to find out the nucleotide
h
EcoRI
sequence
/
/
/
.id/ of cDNA Gg-AOP fragment.
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
The sizeb.of
Gg-AOP fragmentb.terminal
une
une 3’ was 300 bp and
uncDNA
.the
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
dig 178 bp. Homology cDNA
//dig fragment terminalttp5’://was
://di
://diGg-AOP
:Gg-AOP
cDNA
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
terminal 5’ with isolated nucleotide antioxidant protein sequence showed
/
d/
.id/ 3’ with isolated .ac.id/
cterminal
c.iHomology
c.id homology value of 34.2%.
cDNA Gg-AOP
a
a
a
.
.
.
j
j
j
nej
ne
ne
ne
u
u
u
u
.
.
.
.
b
b
b
b
li
li
li
li
g
digi
digi
digi
digi
/
/
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
:
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
vii
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/d
/d
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
viii
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
http
.id/
.u
.id/
ac
nej.
http
.id/
/dig
:/
http
http
.u
.u
ac
nej.
.u
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
http
gilib
i
d
/
/
:
.u
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.id/
http
/dig
:/
http
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
needed to conduct a further research to gain full length cDNA Gg-AOP.
:/
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
lib RLM-RACE, Antioxidant
Key wordsig: icDNA,
igilibProtein (AOP), Melinjo.
http
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d
nucleotide
It is
:/31.4%.
://dshowed homology valuettof
://d antioxidant protein sequence
h p
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
d/
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
d/
.i
.i
Puji syukur kehadirat
j.acatas segala rahmat dan
j.ac Tuhan Yang Maha Esa
.une
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
KATA
PENGANTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.une
.id/
ac
nej.
.u
lib
ilib
karuniaNyaigsehingga
penulis dapat menyelesaikan
skripsi yang berjudul
igiIsolasi
igilib
g
://di
://d
://d
://d
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h Pengkode Protein Antioksidan
Gen
Pada Biji Tanaman hMelinjo(Gnetum
/
/ satu syarat untuk
/ untuk memenuhi salah
/ gnemon). Skripsi ini disusun
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
menyelesaikan pendidikan
strata satu (S1) pada
Studi Agroteknologi
.une
.unProgram
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
dig
Fakultas
Universitas Jember.
://di
://di
://di
://Pertanian
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
Penyusunan skripsi ini tidak terlepas dari bantuan berbagai pihak, oleh
/
/
/
/
c.id
c.idkepada :
c.id
c.id karena itu penulis inginj.amenyampaikan
ucapan terimaj.kasih
a
a
a
.
.
j
j
ne
une
.Dr.
.uDosen
.une SP., M.Agr., Ph.D, selaku
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
1.
Tri
Agus
Siswoyo,
Pembimbing
Utama,
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hIr. Didik Pudji Restanto, MS h
h
selaku Dosen Pembimbing Anggota
I, dan Prof.
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
/
c.id
c.
c.
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
meluangkan waktu,
skripsi ini.
.une
.unpenulisan
.une pikiran dan perhatian idalam
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
g
g
ig dan saudara-saudaraku yang
//digsayang
://di
:kasih
://didengan penuh pengertian,
://dtua
2. Orang
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Dr. Ir. Wiwiek Sri Wahyuni,
II yang telah
id/
id/ MS selaku Dosen Pembimbing
dan semangat selalu mendoakan agar terselesaikannya skripsi ini.
/
/
.id/ telah memberikan .ac.id/
cyang
c.id
c.id 3. Seluruh anggota Laboratorium
Analisis Tanaman
a
a
a
.
.
.
j
j
j
nej
ne
ne
ne
u
u
u
u
.
.
.
.
b
b
b
b
li
li
kesempatan
g
gili
igili memberikan dukungan
diterhadap
dserta
digi penulis menimba ilmu
digi
/
/
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
:
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
hterselesaikannya skripsi ini. h
h
MS
serta dorongan
/
/
/ yang selalu memberi masukan
.id/ 4. Dr. Ir. Sigit Suparjono,
c.id
c.id
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
semangat. b.une
.une
.une
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
g
://di
://di rekan
://di Amin, Fendi dan Dodik
://di Candra, Anang, Adrian,ttpNisya,
5. Oktavia,
sebagai
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
kerjaku yang telah membantu selama penelitian dan selalu memberi dorongan
semangat.
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
.u
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
lib
6. Semuadpihak
igilibyang tidak dapat disebutkan
digisatu per satu.
g
://di
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h Penulis juga menerima segala
kritik dan saran dari semua
pihak demi
penulis berharap, semoga
/
/ skripsi ini dapat
/
/ kesempurnaan skripsi ini. .Akhirnya
c.id
c.id
c id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
bermanfaat. b.une
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
.id/ Jember,
ac
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
une
.
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
.u
ac
nej.
.id/
Penulis
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
ix
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
.id/
id/
.
Oktober 2012
j.ac
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
Halaman
.u
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.id/
ac
nej.
http
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d ISI
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
lib
lib
lib
HALAMAN
digi ii
digi
digiJUDUL ………………………………………………………
g
://di
://
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
HALAMAN
PERNYATAAN ……………………………………………
iiii
iv
/
/
/ …………………………………………….
/ HALAMAN PENGESAHAN
iv
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
RINGKASANb……………………………………………………………..
vvb.une
.une
.une
.une
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
/dig
://di
://di ix
://di
:/PENGANTAR
://di
KATA
…………………………………………………….
p
p
p
p
p
ix
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
DAFTAR ISI ………………………………………………………………. xx
/
/
/
/
c.id
c.id
c.id
c.id DAFTAR GAMBARj……………………………………………………...
xi
a
a
a
a
.
.
.
.
xii
j
j
j
.une
.une
.une …………………………………………………...
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
DAFTAR
LAMPIRAN
xii
g
g
g
g
g
://di
://di xiii
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 1. PENDAHULUAN ………………………………………………...
h
BAB
11
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
1.1 Latar Belakang.id
…………………………………………………
/
/
/
11
c.id
c.id
c
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
1.2 Perumusan
3b3.un
b.un
b.un Masalah …………………………………………...
li
li
gili
digi 3
digi
diTujuan
/
/
/
/
/
/
:
:
:
1.3
Penelitian
………………………………………………
p
p
p
3
htt
htt
htt
http
/dig
:/
http
1.4 Manfaat Penelitian …………………………………………….. 33
/
/
/
/
c.id
c.id
c.id ………………………………………….
c.id BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA
4
a
a
a
a
.
.
.
.
4
j
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
2.1
Tanaman
Melinjo
(Gnetum
gnemon)
………………………....
4
g
g
g
g
g
://di
://di 4
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 2.2 Antioksidan ………………………………………………….....
h
55
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/
2.3 RLM-RACE (RNA
.id/
.id/ Ligase Mediated Rapid Amplification
d
ac.i
ac
ac
.
.
.
j
j
j
e
e
e
n
n Ends) ………………………………………………...
Of cDNA
6 n
li6b.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
/d 5’ …………………………..
://d 88
:/Ujung
://d 2.3.1 RLM-RACE tKit
http
h tp
http
2.3.2 RLM-RACE Kit Ujung 3’ ………………………….. 88
/
/
c.id
c.id Chain Reaction) …………………………....
2.4 PCR (Polymerase
a
a
.
.
99
j
j
e
e
.un
.un
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
b
li11
ilib
2.5
DNA (cDNA)
gilib
digi 11
dig………………………………...
diComplementary
g
://di
://
://
://
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h 2.6 Kloning cDNA ………………………………………………....
12
12
/
/
/
/ BAB 3. BAHAN DAN METODE
………………………………………..
15
15
c.id
c.id
c.id
c.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
ne Tempat Penelitian ………………………………..
3.1 Waktu
15
.une
.une
.udan
.une
15
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
//diBahan
://di
://di 15
://di
:3.2
://di
dan Alat ………………………………………………..
15
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
http
3.3 Metode Penelitian ……………………………………………..
15
15
/
d/
d/
d/
i
i
i
.
.
.
c.id
c
c
c
BAB
4.
HASIL
DAN
PEMBAHASAN
…………………………………..
21
a
a
a
a
.
.
.
.
21
j
j
j
j
.une
.une
.une
.une
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
g
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
h
x
.u
igilib
igilib
.u
ac
nej.
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
http
d/
ac.i
d/
.une
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xi
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.u
http
.id/
.u
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
http
.u
.u
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
.id/
.u
.id/
.id/
ac
nej.
http
.id/
ac
nej.
:/
http
:/
http
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
/
/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
.u
:/
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.une
.id/
.id/ LAMPIRAN
gilib
i
d
/
/
:
d/
.i
c.i
5.1 Kesimpulan
30
30
j.ac
j.a………………………………………………….....
://
http PUSTAKA
DAFTAR
http
/dig
:/
http
BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN …………………………………. 30
30
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
lib
lib
5.2
gilib …………………………………………………………...
digi 30
digi
diSaran
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
nej.
u
.
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
lib.u
lib.u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
//d Hasil dan Pembahasantt………………………………………...
://d 21
://d
:4.1
21
http
h p
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.u
http
d/
ac.i
ej.
://
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
4.4
Hasil seleksi bakteri transforman pada media LB plate
26
4.7
Hasil sekuensi
.id/
.id/RACE ujung 3’ ………………………….
28
/
/
/
c.id
c.idmenggunakan
c.id
4.5
Hasil elektroforesis
isolasi plasmid dengan
a
a
a
.
.
.
j
j
j
une
.une
.agarose
.uneretriksi EcoRI pada gel
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
Enzim
1%
…………….
27
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h ujung 5’ …………………………..
h4.6
Hasil sekuensi RACE
28
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
http
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
igilib
/dig
:/
http
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
.u
http
/
d
ac.i
ac
ac
.
.
.
j
j
j
e
e
e
n
n homologi cDNA ujung 5’b.…………………………
4.8
Hasil
29 n
lib.u
li u
lib.u
i
i
i
g
g
g
i
i
i
//d 3’ …………………………
://d 29
:ujung
4.9 ://d
Hasil homologi cDNA
http
http
http
gilib
i
d
/
/
:
http
/dig
:/
http
22
/
c.id
c.
c.
a
a
a
.
.
.
j
j
j
ne…………………….. 24b.une
4.2
Hasil
.u3’
.uneelektroforesis cDNA ujung
b
b
i
i
li
l
l
i
i
g
ig
digi 25
dpGEM-T
dig Peta Lingkaran Plasmid
/
/
/
/
/
/
://di
:
:
:
4.3
Easy
...…………….....
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
ac
nej.
Halaman
Hasil elektroforesis
cDNA ujung 5’ ……………………..
id/
id/
.id/
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
4.1
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.u
b.u
b.u
l8ib.u
liProcdure
liOverview
i
i
i
of
the
RLM-RACE
………………....
g
g
g
i
i
i
/d
://d
p://d
ttp:/
http
htt5’
h2.2
Posisi primer untuk
dan 3’ RACE ……………………
9
ac
nej.
n
lib.u
i
g
i
d
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
2.1
http
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/ Gambar
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://dGAMBAR
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
http
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.u
gilib
i
d
/
/
:
1.
http
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xiii
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
:/
http
.id/
.id/
.u
/dig
/
:/
http
:/
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
Halaman
.u
/
/
:/
http
/dig
:/
http
http
lib
lib
ilib
Foto
……………………………………….................
digi34
digi
digPenelitian
.id/
http
.u
.u
.u
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
d
://LAMPIRAN
DAFTAR
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
/
/
/
c.id
c.id= Amphisilin Resistancej.ac.id
a
a
.
.
j
j
.une
.une Phosphatase
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
CIP
=
Calf
Intestine
alkaline
g
g
g
g
://di
://di
://di
://di
p
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
Gg-AOP
= Gnetum
gnemon Antioxidant Protein
.id/ AmpR
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
lib.u
i
g
i
://d
SINGKATAN
http
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
http
ac
nej.
.u
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.id/
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
http
=
/
/
/ Ethylenediaminetetraacetic.idacid
c.id
c
c.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
EtBr
= Ethidium Bromide
.une
.une
.une
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
g
g
g
ig
LB ttp://d
= Luria
Bertani
://di
://di
://di
p
p
p
t
t
t
t
t
t
h
h
h
h
.id/ EDTA
ac
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
http
TAP
= Tobacco Acid Pyrophosphatase
d/
ac.i TE
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
nej.
.u
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
gilib
i
d
/
/
:
.u
igilib
.u
igilib
gilib
i
d
/
/
:
/dig
:/
http
http
xiv
.id/
.id/
.id/
ac
nej.
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
.u
.u
gilib
i
d
/
/
:
.u
http
.id/
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
ac
nej.
.id/
ac
nej.
.u
.u
/dig
:/
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
gilib
i
d
/
/
:
http
.id/
.u
ac
nej.
.u
.u
http
.id/
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
ac
nej.
gilib
i
d
/
/
:
http
http
.id/
.id/
d/
ac.i = Tris EDTA
igilib
.u
ac
nej.
igilib
.u
ac
nej.
ig