Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 137-145

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

   DNA IKAN HIAS LAHAN GAM BUT BARCODING #

  

M elta Rini Fahmi , Anjang Bangun Prasetio, Ruby Vidia Kusum ah,

Erm a Prim anita Hayuningtyas, dan Idil Ardi

Balai Penelitian dan Pen gemb angan Bud idaya Ikan Hias

  ABSTRAK

Perairan gambut merupakan ekosistem unik yang memiliki kekayaan biodiversitas ikan, sebagian besar di

antaranya memiliki potensi sebagai ikan hias. Penelitian ini dilakukan untuk melakukan identifikasi dan

analisis keragaman genetik, karakter genetik, jarak genetik, dan pohon kekerabatan ikan-ikan yang mendiami

perairan gambut Cagar Biosfere Bukit Batu Provinsi Riau. Tahap pertama penelitian ini adalah identifikasi

secara morfologi terhadap 29 ikan hasil koleksi yang potensial sebagai ikan hias. Selanjutnya amplifikasi

dan 675 bp ( ) dari 90 runutan parsial subunit 1 (COI). Hasil penelitian

alignment base pair cyt ochrome c oxidase

menunjukkan ikan yang diidentifikasi dapat dikelompokkan menjadi enam famili, yaitu Balontidae terdiri

at as tiga sp esies (12,5%); Cyprinid ae 13 spesies (54,17%); Cob itidae sat u spesies (4,17%); Silu ridae d ua

sp esie s (8,3%); Datno idae satu spesies (4,17%); dan Bagrid ae e mpat sp esie s (16,67%). Beb erapa spesies

memiliki perbedaan genetik intraspesies lebih dari 3%. Analisis kekerabatan dan clust ering ikan hias lahan

gambut berdasarkan gen COI memiliki nilai boot st rap 87-99 per ulangan. barcoding

  KATA KUNCI: DNA; ikan hias; lahan gambut; keragaman genetik DNA barcoding of ornamental fish from peat lands. By: M elta Rini Fahmi, Anjang Bangun Prasetio,

  ABSTRACT: Ruby Vidia Kusumah, Erma Primanita Hayuningtyas, and Idil Ardi

  

Peat is a unique ecosyst em which a high fish biodiversit y, and most of t hem are pot ent ial as ornament al fish. This

research was conducted t o ident ify and analyze genet ic diversit y, genetic code, genet ic distances, and phylogenies of the

fish t hat inhabit in t he Bukit Bat u Biosfere Reserves, Riau Province. The first st age of t his st udy was ident ificat ion of

29 fish species that pot ential as ornament al fish by using morphological charact er. The furt her st ages were amplification

and alignment of 675 base pairs of 90 partial sequences of cyt ochrome c oxidase subunit 1 (COI). Result s showed t hat

t he ident ificat ion based on COI could be classified int o six families. These Families were Balont idae, Cyprinidae,

Cobit idae, Siluridae, Dat noidae, and Bagridae which consist of t hree species (12.5%), 13 species (54.17%), one species

(4.17%), t wo species (8.3%), one species (4.17%), and four species (16.67%), respect ively. Some clust ered have int ra-

species genet ic divergence more t han 3%. Phylogenet ic and clust ering analysis showed all of t he OTU (0perat ional

Taxonomic Unit ) has a high boot st rap permut at ion of 87-99.

  KEYW ORDS: DNA barcoding; ornamental fish; peat land; genetic diversity

PENDAHULUAN id e n t ifikasi t aks o n o m i, se rt a p e n e n t u an b at a san

  spesies (Taylo r & Harrist , 2012). Peran barcode DNA Pada t ahun 2003, Paul Hebert dari Universit y o f

  t ool

  se b a gai ala t ( ) id e n t ifik asi t e lah m e m b e rikan Guelph, Ont ario, Kanada, menerbit kan sebuah makalah banyak ko nt ribusi sepert i ident ifikasi ikan pada st a-

  Proceedings of Royal Societ y

  di yang menyebut kan gen dia lar va hingga dewasa, hingga evaluasi lalu lint as

  cyt ochr ome oxydase

  (COI) d ap at b e rfu n gsi se b agai

  et al perdagangan ikan (Rasmussen ., 2009). barcode genet ik unt uk semua makhluk hidup (Hebert et al barcode et al

  ., 2003). Semenjak dekade tersebut proyek Hubert . (2015) menyebut kan sebanyak 1.172 h am pir sem ua m ahluk h id u p pu n d im ulai, d en gan sp e s ie s ika n t e lah m e n d ia m i p e ra ira n In d o n e s ia

  b ar codi ng

  p e r k e m b a n g a n t e k n o lo g i, DNA ju g a namun keberadaan ikan-ikan t ersebut sebagian besar dimanfaat kan sebagai gen t unggal at au lo kus unt uk berada dalam ko ndisi t erancam punah dan salah sat u # penyebabnya adalah perdagangan ikan hias langsung dari hasil t angkapan di alam. Laju eksplot asi yang tidak

  Ko r esp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe ng e m b an gan Bu d id aya

Ikan Hias. Jl. Per ikan an No . 13 , Pan co r an Mas, De p o k 1 6 4 36 , b e rim b an g d e n gan u p aya b ud id aya t e lah m e n jad i

In d o n e sia. Te l.: + (0 2 1 ) 7 5 2 0 4 8 2

  an cam an kepu nah an beb erap a jenis ikan t erut ama

   mel t ar i ni .fahmi @ kk p.go.i d E-m ail: peat land

  yan g me n diam i p erairan gamb ut ( ). Lahan

  138

  mengacu pada pro sedur kerja Kit

  (t uliskan pro dusennya). DNA t o t al divisualisasi dengan bant uan

  cyber safe

  agaro se 1,2% dalam larut an 1x TAE dengan pewarna DNA berupa

  Geneaid . DNA hasil ekst raksi dim igrasikan pada gel

  yang dikeluarkan o leh perusahaan

  gSYNC DNA Ext rasion

  spin-column

  = 2 5 0 n m ). DNA t o t al h asil p u r ifik asi d ig u n a k a n s e b a g a i DNA c e t a k a n u n t u k p r o s e s amplifikasi dengan t eknik

  Iso las i DNA d ila ku k an d e n ga n m e n g g u n a ka n met o de

  Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

  ., 1993; Ro bert , 1989) dan se b agian lagi d isim p an d alam alko ho l 7 0 % u n t u k kegiat an mo lekuler.

  et al

  Ko le ksi sam p e l d ilaku k an d i p e r airan gam b u t Provinsi Riau dan Jambi. Sampel ikan ditangkap dengan me nggunakan alat t an gkap sero kan, jaring le mpar, p a n c in g , d a n a n c o . Ik a n ya n g t e r t a n g k a p dido kument asikan selanjut nya disimpan dalam fo rma- lin un t uk pro ses id ent ifikasi karakt er mo rfo m et rik dan meriskt ik (Ko t ellat

  BAHAN DAN M ETODE Koleksi Sam pel

  secara cepat t erkait po t ensi dan keragaman ikan di lahan gambut saat ini unt uk kegiat an ko nser vasi. Oleh karena it u, penelit ian ini bert ujuan unt uk melakukan ident ifikasi secara mo lekuler spesies ikan-ikan yang mendiami perairan gambut di Pro vinsi Riau dan Jambi m e n gg u n ak an ge n COI p a rsial DNA m it o ko n d r ia melalui penanda genet ik (ident it as spesies), karakt er g e n e t ik , ja r a k g e n e t ik, d an p o h o n k e k e r a b at a n gen et ik.

  blue light t ransillu- minat or ( 

  Polymerase Chain React ion

  , m aka p erlu d ilaku kan u paya

  a-PCR

  melalui

  Applied Biosyst ems

  (72 °C selam a lim a m en it ). Run u t an nu kle o t id a hasil PCR se lanju t nya dibaca dengan menggunakan

  post -PCR

  at au penem pelan (52°C selama 30 det ik), ekst ensi at au pemanjangan (72°C selama 3 0 d e t ik), d an

  annealing

  (94°C selama lima menit ), denat urasi (94°C selama 30 det ik),

  yang digunakan adalah pr

  (PCR). Primer yang digunakan adalah F15’-TCA-ACC- AAC-CAC-AAA-GAC-ATT-GGA-C-3’ (

  PCR

  ., 2005). Ko ndisi

  et al

  ) dengan t arget pro duk PCR sepanjang 707 pb (Ward

  verse

  ) dan R15’- TAG-ACT-TCT-GGG-TGG-CCA-AAG-AAT-CA-3 ’ ( r e-

  forward

  assessment

  bar coding

  Barcoding DNA ikan hias lahan gambut ..... (Melt a Rini Fahmi)

  ) (Ng

  Mar y

  . (2012) memperkirakan laju kepunahan ikan-ikan yang mendiami perairan gambut saat ini mencapai 77% (72 dari 102) spesies stenot opic t elah mencapai ko ndisi punah.

  al

  pada saat ini mulai berada pada ko ndisi t erancam punah k a r e n a in t e n s it a s k e g ia t a n a g r o in d u s t r i ya n g cenderung mo no kult ur di wilayah t ersebut . Giam et

  st enot opic

  ., 1994). Keberadaan ikan-ikan

  et al

  stenot opic

  . (2011) menyebutkan lahan gambut dihuni o le h ku ran g le b ih 2 1 9 sp e sie s d an 8 0 sp e sie s d i ant aranya adalah ikan-ikan yang endemik di perairan t ersebut . Lebih lanjut dijelaskan bahwa sebagian besar ikan-ikan yang mendiami perairan gambut baru berhasil diident ifikasi secara int ensif set elah 20 t ahun t erakhir yait u saat ilmu bio lo gi mengalami revo lusi menjadi bio lo gi mo lekule r. Dengan dit emukannya ge n cyt o-

  memiliki wilayah gambut sebesar 36% (160.000 km 2 ) (Miet t inen & Liew, 2010; Page et al ., 2011). Beberapa d e k a d e t e ra k h ir m u la i d ik e t a h u i ik a n -ik a n yan g m e nd iami p e rairan gamb u t ad alah ikan -ikan yan g memiliki kemampuan adaptasi yang sempit (

  Sundaland

  Su n dalan d me ru p akan salah sat u dari 2 6 sp o t bio diversit as di dunia, yang meliput i Malay Paninsula, Jawa, Kalim an t an , d an Su m at e ra, se rt a

  et al ., 2012).

  ”. Hu t an d an lah an gamb u t m eru pakan eko sist e m u n ik karen a t e rb e nt u k d ari t imbunan serasah yang t erdegradasi secara anaero b, air gambut cenderung bersifat asam (pH 3-5), berwarna hit am, miskin hara dan sangat kaya bahan o rganik (Giam

  home- land of ornament al fish

  gambut merupakan salah satu habitat yang dihuni o leh banyak jenis ikan hias sehingga dijuluki sebagai ‘

  et al

  chrome c oxidase

  , lebih banyak diungkap dengan menggunakan DNA barcoding . Mengacu pada feno mena ikan-ikan yang mendiami p e rairan gam b u t ce n d e ru n g b e rad a p ad a ko n d isi t erancam punah dan perkembangan t ekno lo gi DNA

  ., 2002). Beberapa keut amaan DNA

  cript ic diversit y

  spesies dan

  cr ypt ic

  dapat d ig u n a k a n u n t u k id e n t ifik a s i s e m u a s t a d ia perkembangan ikan mulai dari t elur hingga dewasa; (3) feno mena

  barcoding

  diband in gkan d en gan id en t ifikasi secara morfo lo gi adalah (1) pada ident ifikasi secara mo rfologi se r in g t e rjad i t u m p an g t in d ih b e b e rap a karak t e r den gan t aksa t erdekat seh ingga ini sering menjadi kendala dalam ident ifikasi; (2) DNA

  barcoding

  et al

  subunit 1 (COI) sebagai penanda dan id e n t ifik a s i s p e s ie s , m a k a r e vo lu s i p a d a d u n ia bio diversit as pun dimulai.

  b e r ke m b an g u n t u k ko n se r vasi genet ik yang mengacu pada keragaman genet ik int ra- int e r-spe sie s. Ke ragaman spe sie s m e nggam barkan d in am ika fe n o t ip e s e lam a p ro s e s o n t o ge n i ya n g sangat dipengaruhi o leh ko ndisi lingkungan (Blaxt er, 2003; Taut z

  barcoding

  ditujukan untuk kegiat an t akso no mi ikan, namun saat in i DNA

  barcoding

  ., 20 03). Pada awalnya pe nem uan DNA

  al

  DNA barcoding adalah sebuah sistem yang dirancang unt uk menyediakan pro ses ident ifikasi yang akurat , cep at , dan bersifat o t o mat is unt u k sem ua spesies, kare n a m en ggun akan lo ku s at au ge n pe n de k dan mut asi pada nukleo t ida pada lo kus t ersebut menjadi st andar t akso no mi masing-masing spesies (Hebert et

  1 st BASE DNA Sequencing Division .

  0.1958

  Krypt opt er us impok

  Punt ius pet azona

  dan

  Punt ius rombochelat us

  , walaupun secara takso nomi kedua ikan t ersebut adalah dua spesies yang berbeda namu n berdasarkan p erbedaan genet ik yang h anya 0,4%; maka kedua spesimen t ersebut dikelo mpo kkan menjadi menjadi sat u klast er. Rendahnya perbedaan genet ik ant ara

  Luceocephalus pulcer

  dan

  Epalzeorhynchos kalopt erus

  diduga disebabkan o leh jumlah spesimen yang sangat sedikit (sat u eko r). Perbedaan genet ik int ra

  Operat ional Taxonomic Unit

  (OTU) a t au gru p

  Punt i us hexazona

  , Se lu an g gar is me rah,

  ,

  Kimura 2 Paramet er

  Rasbora maculat a

  le bih rendah dari 3% menyebabkan keempat OTU t ersebut t id a k d ik a t e g o r ik a n s e b a g a i s a t u k e lo m p o k mo no pilet ik. Sement ara it u, 26 OTU lagi merupakan sat u kelo mpo k mono pilet ik karena perbedaan genetik int ragrup (OTU) kurang dari 3%.

  Hubungan Kekerabatan Genetik

  Analisis kekerabat an dengan menggunakan pro - g r a m Ne ig h b o u r – Jo in in g NJ (1 . 0 0 0

  b oot st r a p

  ) m e n g in d ik a sik a n 8 7 s p e s ie s h a s il a n a lis is DNA

  barcoding dapat dikelo mpo kkan menjadi enam famili,

  yait u Balo nt idae t erdiri at as t iga spesies (12,5%); Cyp- rinid ae 13 sp esies (5 4,17%); Co bit idae sat u sp esies (4,17%); Siluridae dua spesies (8,3%); Dat no idae sat u

  Tabel 1. Mat rik subst it usi nukleo t ida berdasarkan met o de HKY+ G+ I

  Table 1. M at rix nucleot ide subst it ut ions based on met hods HKY+ G+ I

Ke terang an ( Not e ): Bol d = subt itu si t ransitio nal; i t ali c = sub tit usi transversal

  Bold= t ransi t i onal subt i t ut ions; i t alic= t r ansversi onal subst i t ut i ons Dar i/ke- From/to

  A T C G A - 0 .0 6 8 1 0.0 58 6 0.0778 T 0 .05 6 8 - 0.1684 0 .0 3 9 6 C 0 .05 6 8

  ) disajikan pada Lampiran 1. Dari Lamp iran 1 d iket ah ui b ah wa jarak ge ne t ik an t ara kelo mpo k Se luang bint ik dan Seluang t asik se rkap (dikenal dengan sebut an Rasbo ra merah) adalah 0,5%. Pe rbe d aan ge n e t ik yan g re n d ah in i me n ye b ab kan spesimen t ersebut berada pada dalam sat u kelo mpo k mo no pilet ik. Demikian juga dengan

  ., 2 0 0 3 ). Jarak ge n e t ik ant ar gru p b e rd asarkan K2 P (

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 137-145 Analisis Dat a

  (BOLD) yang menghimpun t ujuh elemen dat a, meliput i: (1) nama spesies melalui ident ifikasi se cara mo rfo lo gi d an fo t o spesim en, (2 ) spe sim en

  Sisi ho m o lo g run ut an n ukleo t id a gen COI DNA mit o ko ndria dari spesies yang dipero leh selanjut nya d isejajarkan (

  mult iple alligment

  ). An alisis p e n an d a g e n e t ik, ke ra g am a n ge n e t ik, ja ra k g e n e t ik , d a n ko nstruksi pohon kekerabat an dari runutan nukleo tida g e n p a r s ia l COI DNA m it o k o n d r ia d ila k u k a n mengunakan pro gram MEGA versi 5 (Tamura

  et al

  ., 2011).

  DNA Barcoding Library

  Ke b e r h a s ila n p r o gr a m DNA

  bar coding

  s an g a t bergant ung pada pengembangan pust aka acuan DNA

  barcoding

  unt uk t ujuan ident ifikasi secara o t o mat is melalui sebuah sist em yang dikenal dengan Barcode of

  Life Dat asystem

  voucher

  et al

  , (3) lo kasi geo grafis t empat ko leksi sampel, (4) lembaga atau personal yang melakukan identifikasi, (5) runut an gen COI sekit ar 500 bp, (6) primer yang digunakan unt uk amplifikasi, dan (7) sist em pelacakan dat a.

  HASIL DAN BAHASAN Keragaman Genetik Gen COI

  Sebanyak 707 bp runut an basa dari 90 runut an (

  se- quence

  ) disejajarkan (

  alignment

  ), dengan menggunakan Crust al W pro gram , dan hanya 675 bp yang dap at digunakan unt uk analisis lebih lanjut . Jarak evo lusi a n t a r g ru p yan g d ih it u n g b e r d as a rk a n su b t it u s i nukleo tida secara keseluruhan adalah 0,2327 (23,27%).

  Mat rik subtit usi nukleot ida semua grup disajikan pada Tabel 1. Berdasarkan analisis dengan menggunakan

  HKY+ G+ I model t erdapat distribusi yang t idak merat a

  un t uk sem ua n ukleo t ida d engan frekuensi sebagai berikut : adenin (A) sebesar 25,46%; t imin (T) sebesar 30,54%; guanin (G) sebesar 26,27%; dan yang paling s e d ik it a d a la h s it o s in (C) s e b e s a r 1 7 , 7 3 %.

  Pe rb an din gan ant ara t ransisi d an t ran sfersi ad alah 1,968 unt uk puri, dan 2,872 unt uk pirimidin, secara keseluruhan perbandingan transisi dan transfersi adalah 1,301.

  Ke lo m p o k m o n o p ile t ik s e c a r a t a k s o n o m i t e rb e n t uk jika spe sim en -spe sim en yang d ian alisis memiliki perbedaan genet ik lebih dari 3% (Paul

  • 0 .0 3 9 6

    G 0.1118 0 .0 6 8 1 0.0 58 6 -

  

0 .0 0 1

0.1 0 .0 0 4

  1 1.7

  Estimated standar d err or Desmopunt ius pentazona 0 .0 0 8 0.8 0 .0 0 6 Desmopunt ius hexazona 0 .0 6 8 6 .8

  0 .0 1 0 Desmopunt ius rombochelat us n /c n/c n /c

  Puntius tetrazona 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2 Osteocelus 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 4

  Rasbora sp .-GKN 0 .0 0 7 0.7 0 .0 0 4 Pect enocypris sp .-BB 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2

  Pect enocypris sp .-TS 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2 Rasbora sp .-GMR 0 .1 2 0 1 2.0

  0 .0 1 8 Rasbora doriocellata 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2 Bett a akademis

  

0 .0 0 3

0.3 0 .0 0 4 M ystus bimaculatus 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 1 Krypt opterus impok 0 .1 1 7

  0 .0 1 9 Silichtys phaiosoma 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2 Crossocheilus siamensis

  

M aximum diver gence

within gr oup

Persent ase

  

0 .0 1 3

0.1 0 .0 0 4 Epalzeorhynchos kalopt erus 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2 Syncrossus hymenophysa 0 .0 0 3

  0.3 0 .0 0 2 Pangio kuhlii 0 .0 0 1 0.1 0 .0 0 1 Rasbora harlequin 0 .0 0 3

  0.3 0 .0 0 2 Rasbora maculata 0 .2 6 0

  2 6.0

  0 .0 3 8 Pelt robagus 0 .0 0 6 0.6 0 .0 0 3 Halostoma taminski

  

0 .0 5 2

5 .2

  0 .0 1 2 Sphairichtys ospronemodes 0 .0 1 5 1.5 0 .0 0 5 Puntius n /c n/c n /c Chaka bangkanensis n /c n/c n /c Luceocephalus pulcer n /c n/c n /c M ystus Th ailand 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 4 Dat noides microlepis

  

0 .0 0 1

0.1 0 .0 0 4 Leiocassis porcilopterus

  Percentage (%) St andar devi asi

  Grup/OTU

Perbedaan genet ik

int ra grup

  • )
  • )
  • )
  • )
  • )

  cr ypt i c s p e s ie s (s p e s ie s ya n g s a m a r ).

  Barcoding DNA ikan hias lahan gambut ..... (Melt a Rini Fahmi)

  spesies (4,17%); dan Bagridae empat spesies (16,67%) (Gambar 1).

  Mengacu pada nilai

  boot st rap

  masing-masing OTU yang berkisar ant ara 87 hingga 99 dapat dikat akan b ahwa p en ge lo m p o kan spe sie s t e rse b u t m e m iliki t ingkat kesamaan yang cukup t inggi. Namun beberapa spe sies dari Cyprin ide sepe rt i Selu ang garis me rah d a n

  Ra sbor a m acu l at a

  m e n u n ju k k a n t e r ja d in ya fe n o m e n a

  140

  Table 2. Genet ic divergences int ragroup (OTU) and st andard deviat ion Ke terang an ( Not e ): OTU= Operat ional Taxonomi c Unit ; *) = p erbed aan gen etik > 3% Not e: OTU= Operat ional Taxonomi c Unit ;

*)

= genet i c divergences > 3%

  r a di a t i on of mor phologycal

  ) yan g m e n g ar ah fe n o m e n a

  cr ypt i k

  spe sies. Cyp rin id ae m e ru pakan fam ili yan g san gat ko mple ks d engan p enye baran luas dan keragam an t inggi (Nelso n, 2006).

  Hu b e r t

  et al

  . (2 0 1 5 ) t e la h m e la k u k a n k a jia n k o m p o s is i ik a n -ik a n ya n g m e n d ia m i t ig a s p o t bio diversit as di Indo nesia yait u paparan Sundaland, Walacea, dan Sahul. Wilayah Sundaland didominasi oleh Famili Cyprinidae yait u 231 spesies dari 241 spesies yang mendiami wilayah Indo nesia (95,8%) diikut i o leh Osp h ro n o mid ae, Go b iid ae, Bagd rid ae, Balo nt id ae , Siluridae, dan Co bit idae. Pada wilayah Walacea dan Sahul masing-masing dido minasi o leh famili Go biidae

  Tabel 2. Perbedaan genet ik int ragrup dan st andar deviasi

  Sebagian besar ikan air t awar yang mendiami perairan t ro pis t erut ama lahan gambut memiliki kemampuan adaptasi yang cukup tinggi sehingga t erjadi perubahan- p e r u b a h a n s e ca r a m o r fo lo g i (

  97 Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 137-145 100 Rasbora sp_GKN_1 Rasbora sp_GKN_2

   Rasbora sp_GKN_3 Puntius sp Rasbora_GMR_3 Pectenocypris_BB_1 100 Pectenocypris_BB_2 95 Pectenocypris_TS_1 80 Pectenocypris_TS_2 100 Rasbora doriocellata_1 Rasbora doriocellata_2 78 Rasbora maculata_3 Rasbora_GMR_1 100 Rasbora Harlequin_3 99 92 Rasbora Harlequin_2 Rasbora Harlequin_1 Rasbora_GMR_2

   Desmopuntius hexazona_6 100 Desmopuntius hexazona_2 Desmopuntius hexazona_4 Desmopuntius hexazona_3 Desmopuntius hexazona_5

   Osteocelus sp_1 100 76 Osteocelus sp_3 100 Osteocelus sp_2 Syncrossus hymenophysa_1 100 Syncrossus hymenophysa_3 Crossocheilus siamensis_2 Crossocheilus siamensis_3

  Cyprinidae Epalzeorhynchos kalopterus_1 100 84 86 Luceocephalus pulcer_2 Epalzeorhynchos kalopterus_2 100 Desmopuntius pentazona_1 100 Desmopuntius rombochelatus_1 Desmopuntius pentazona_3

   Desmopuntius hexazona_1 Puntius tetrazona Sumatera_5 100 Puntius tetrazona Sumatra_3 Puntius tetrazona Sumatra_4 75 Puntius tetrazona Sumatra_1 Puntius tetrazona Sumatra_2 97 100 Betta akarensis_1 Betta akarensis_2 100 Betta akarensis_3 100 Rasbora maculata_1 Belontidae Anabas testudineus_1

   Anabas testudineus_3 Sphairichthys ospronemodes_2 100 Sphairichthys ospronemodes_5 99 Sphairichthys ospronemodes_3 Sphairichthys ospronemodes_4 Helostoma taminski_1 100 Pangio kuhlii_1 Pangio kuhlii_2

  Cobitidae 100 Pangio kuhlii_3 Helostoma taminski_2

   Datnoides microlepis_1 100 Datnoides microlepis_2 Dat noidae 77 Datnoides microlepis_3 100

Kryptoterus impok_1

   Kryptoterus impok_3 Kriptopterus impok_1 Silurichthys phaiosoma_3

  Siluridae 100 Silurichthys phaiosoma_1 Silurichthys phaiosoma_2 91 Chaka bangkanensis_2 100 Mystus Thailand_1 Mystus Thailand_3 Mystus Thailand_2

  Bagridae 100 Mystus bimaculatus_1 Mystus bimaculatus_2 100 Mystus bimaculatus_3 Peltrobagus_2 Peltrobagus_3 Leiocassis porcilopterus_1 100 77 Leiocassis porcilopterus_2 0.02 Leiocassis porcilopterus_3

  Gambar 1. Dendro gram ikan-ikan yang mendiami lahan gambut berdasarkan gen barco ding COI

  Figure 1. Dendrogram DNA barcoding genes (COI) of t he fish t hat inhabit peat land

  et al

  ” di m a n a t e rjad i k e ra ga m an m o rfo lo gi n a m u n t id ak berdampak pada peningkat an bio diversit as (Hubert

  ., 1 9 9 4 ). Ole h k ar e n a it u , s alah sa t u u p aya ko nser vasi ikan-ikan yang mendiami perairan t ersebut ad ala h d e n gan m e m e t aka n ke b e rad aan ikan -ikan t e r s e b u t s e c a r a k o m p r e h e n s if. Ko n s o r s iu m int ernasio nal DNA

  barcoding

  telah menyiapkan sebuah sist e m yan g d ap a t d iak se s d e n gan m u d ah u n t u k mendapat kan info rmasi t erkait keberadaan ikan-ikan di Indo nesia.

  Pen elit ian ini t elah berhasil m enambahkan d at a ikan-ikan yan g m en d iami pe rairan Ind o ne sia p ad a perpust akaan DNA

  barcoding

  (BOLD SYSTEM). Dengan mengikut i p ersyat at an yan g t elah dikeluarkan o leh Ge n Ba n k , ya it u (1 ) m e m ilik i se k u e n n u k le o t id a sepanjang 500 bp berasal dari sit us

  barcoding

  yang t elah disepakat i yait u COI, (2) amplifikasi mengacu pada primer yang t elah dit ent ukan o leh ko nso rsium, (3) rekam jejak file dapat diakses secara t erbuka, dan (4) penamaan spesies t elah mengacu pada do kumen yang t elah disepakat i.

  Melalui BOLD SYSTEM, maka salah satu permasalah st at us nama ikan-ikan yang mendiami perairan Indo - nesia t elah t erselesaikan secara cepat dan o t o mat is. Pad a d e ka d e se b e lu m n ya id e n t ifik as i ika n t e la h menjadi t ant angan t ersendiri bagi bangsa Indo nesia di antaranya (1) Indonesia merupakan negara kepulauan yang t erdiri at as kurang lebih 17.000 pulau dan ini menjadi kendala dalam mengelo la bio diversit asnya, (2 ) t e r k a it d in a m ik a p o lit ik k h u s u s ik a n ya n g d iid e n t ifik a s i s e b e lu m t a h u n 1 9 5 0 s u lit u n t u k m e n d apat kan sp e sim e n d an m eru n u t ke b erad aan ikannya, (3) feno mena “

  radiat ion of morphological

  et al

KESIM PULAN

  ., 2015; Ng

  ., 2015).

  Pe n g gu n aa n m a rk a g e n e t ik COI se b ag ai DNA

  barcoding

  t elah berhasil mengident ifikasi 26 spesies ikan hias yang mendiami perairan gambut . Keragaman genet ik int ra-spesies yang cukup t inggi menunjukkan kemampuan spesies beradapt asi terhadap lingkungan yang ekstrem. Pengelompo kan OTU berdasarkan DNA

  barcoding

  memiliki nilai permut asi yang cukup t inggi yait u 87-99, mengindikasikan DNA

  barcoding

  sebagai penanda genet ik hingga t ingkat spesies.

  UCAPAN TERIM A KASIH

  Terima kasih disampaikan kep ada Yayasan Mit ra Insani (YMI), Sinar Mas Forest ry dan Bapak Ipong, sert a Bapak Anwar selaku pengumpul ikan hias di Pro vinsi Riau dan Jambi yang t elah membant u pengumpulan sampel unt uk penelit ian ini. Dr. Nico las Hubert at as bim bingan dalam me ngakses www. Bo ldSyt em.o rg. Penelitian ini dibiayai dari APBN melalui DIPA Balit bang Budidaya Ikan Hias t ahun 2015.

  142

  Barcoding DNA ikan hias lahan gambut ..... (Melt a Rini Fahmi)

  . (2002) menjelaskan bahwa bagian yang sangat pent ing dalam ko nser vasi genet ik adalah k e p a s t ia n t a k s o n o m i b a ik m e la lu i p e n d e k a t a n mo rfo lo gi maupun mo lekuler. Kepast ian t akso no mi ini diperlukan untuk beberapa kepentingan di antaranya pe rlin dungan h uku m un t uk spesies yan g t e rancam punah, pet a penyebaran, st at us spesies endemik at au in vasif d an id en t ifikasi spe sie s yan g mem iliki n ilai eko no mis pent ing.

  (52 spesies) dan Melanit idae (47 spesies). Selanjut nya Huber

  et al

  . (2015) juga menjelaskan t ingkat endemis ikan yang mendiami paparan Sunda juga mengikut i po la yang sama, yait u Cyprinidae (135 spesies) dan Ospho no midae (59 spesies).

  DNA Barcoding untuk Konservasi Genet ik Ikan Hias Lahan Gam but

  Ko n s e r va s i g e n e t ik m e r u p a k a n u p a ya mempert ahankan keragaman genet ik int ra-po pulasi dan intra-spesies, hal ini disebabkan karena dua alasan. Alasa n p e rt am a ya it u ke ra gam an ge n e t ik s an g at dipe rlukan o leh m akhluk hidup u nt uk b eradapt asi, berevo lusi, dan melakukan perubahan sehingga dapat menyesuaikan diri dengan perubahan lingkungan yang t e rjadi secara t eru s-me nerus. Alasan ked ua ad alah h ilan gn ya k e ragam an ge n e t ik akan m e n im b u lkan pot ensi

  inbreeding

  dan menurunkan kebugaran (

  fit ness

  ) repro duksi (Frankham et al ., 2002). Frankham

  et al

  Ke m a m p u a n ge n COI d a la m m e n g id e n t ifika si spesies-spesies ko mpleks t elah diuji pada beberapa penelit ian sepert i ikan-ikan famili Cyprinidae (Co llins

  Seiring dengan t ingginya t ingkat keragaman yang mendiami paparan Sunda (Sundaland), maka akt ivit as penangkapan ikan di wilayah ini juga cukup int ensif baik unt uk kebut uhan ko nsumsi maupun ikan hias. Tingkat endemisit as ikan di paparan Sunda dido minasi o leh ikan-ikan yan g me ndiami p erairan gamb ut , di mana salah satu karakter ikan yang mendiami perairan t erse bu t adalah be rsifat en de m ik seh in gga ren t an t erhadap ancaman kepunahan (Hubert

  et al ., 2012), rainbo w (Kadarusman et al ., 2012), lar va

  ikan air gambut (Wibo wo

  et al

  ., 2015) dan ikan t ro ut , sert a salmo n (Rasmussen

  et al

  ., 2009). Hebert

  et al .

  (2003) mempublikasikan primer unt uk DNA

  barcoding

  m en gapit sekue n d en gan krit eria se bagai b erikut ; t ingkat evo lusi mo lekuler yang t inggi, t ingkat mut asi delesi at au insersi relatif rendah dibandingkan dengan ge n 1 6 S rRNA d an 1 2 S rRNA walau p u n m e m iliki kedekat an kekerabat an spesies.

  et al

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 137-145 DAFTAR ACUAN

  Jour nal of Agr icult ur al and Food Chemist r y , 57, 8379–8385.

  Pa u l, D.N.H., Su je e va n , R., & Je re m y, R. (2 0 0 3 ).

  Barco ding animal life: cyt o chro me c o xidase sub- unit 1 divergences amo ng clo sely relat ed species.

  Proc. R Soc ., 270, S96–S99.

  Rasmu ssen , R.S., Mo rrisse y, M.T., & Heb ert , P.D.N.

  (2009). DNA barco ding of co mmercially import ant salmo n and t ro ut species (

  Oncorhynchus

  and

  Salmo

  ) fro m No rt h Ame rica.

  Ro b ert , T.R. (19 89). The fresh wat er fishes o f we st - ern Bo rneo . Califo rnia Academy o f Science. Tamura, K., Pe t erso n , D., Pet erso n, N., St echer, G.,

  Page, S.E., Riele y, J.O., & Banks, C.J. (2011). Glo bal and regio nal impo rt ance o f t he t ro pical peat land carbo n po o l.

  Nei, M., & Kum ar, S. (2 011). MEGA5: Mo le cular Evo lut io nar y Gen et ics Analysis Using Maximum Likeliho o d, Evo lut io nar y Dist ance, and Maximum

  Parsimony Methods. Mol Biol Evol.  doi: 10.1093/ mo lbev/msr121.

  Taylo r, H.R., & Harrist . (201 2). Invit ed t echnical re- view: An emergent science o nt he brink o f irrel- e va n c e : a r e vie w o f t h e p a s t 8 ye a r s o f DNA barco ding.

  M olecular Ecology Resources

  , 12, 377– 388. Taut z, D., Arct ander, P., Minelli, A., Tho mas, R.H., &

  Vo gler, A.P. (2002). DNA po int s t he way ahead in t axo no my.

  Nat ure , p. 418-479.

  Wibo wo , A., Slo t erdijk, H., & Ulrich, S.P. (2015). Iden- t ifying Sumat ran peat swamp fish lar vae t hro ugh DNA barco ding, evidence o f co mplet e life hist o r y pat t ern. 2 nd Humbo ldt Ko lleg in co njunct io n wit h Int e rnat io n al Co nfe ren ce o n Nat ural Scie n ces.

  Procedia Chemist r y

  Glob. Change Biol ., 17, 798–818.

  Hydrobiologia , 285, 203–18.

  Blaxt er, M. (2003). Mo lecular syst emat ics: Co unt ing angels wit h DNA,

  Proceedings of t he Royal Societ y of London Series B

  Nat ure , 421, 122-124.

  Co llin s, R.A., Arm st ro n g, K.F., Me ie r, R., Yi, Y., & Br o w n , S.D.J. (2 0 1 2 ). Ba r co d in g a n d b o r d e r b io se cu rit y: id e n t ifyin g cyp rin id fish e s in t h e aq u ariu m t rad e .

  PLoS ONE

  , 7 (1), e 2 8 3 8 1 . Do i: 10.1371/jo urnal.pone.0028381. Frankham, R., Ballau , J.D., & Brisco e s, D.A. (200 2).

  Int ro duct io n t o co nser vat io n genet ic. Cambridge Un ive rsit y Press. Gia m , X., Ko h , L.P., Ta n , H.H., Mie t t in e n , J., Tan ,

  H.T.W., & Ng, P.K.L. (2012). Glo bal ext inct io ns o f freshwat er fishes fo llo w peat land co nversio n in Sundaland.

  Front . Ecol. Environ ., 10(9), 465–470.

  Do i:10.1890/110182. Hebert , P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & DeWaard,

  J.R. (2003). Bio logical ident ificat io ns t hro ugh DNA barco des.

  .

  Nelso n, J.S. (2006). Fishes o f t he Wo rld (4t h ed). Jo hn Wiley & So ns-New Jersey. USA, p. 114-115. Ng, P.K.L., Tay, J.B., & Lim , K.K.P. (1 99 4). Dive rsit y and co nser vat io n o f blackwat er fishes in Penin- sular Malaysia, part icularly in t he No rt h Selango r peat swamp fo rest .

  Biological Sciences , 270, 313–321.

  Hu b e rt , N., Kad arusm an , Wib o wo , A., Bu sso n , F., Caru so , D., Sulandari, S., Nafiqo h, N., Po uyaud, L., Rüb er, L., Avarre , J.C., He rder, F., Hann er, R., Keit h, P., & Hadiat y. R.K. (2015). DNA barco ding Indo nesian freshwat er fishes: challenges and pros- pect s. DNA Barcodes , 3, 144–169. Do i: 10.1515/ dna-2015-0018. Kad arusman, Hu be rt , N., Had iat y, R.K., Sud art o , &

  Paradis, E. (2012). Cr ypt ic diversit y in Indo -Aus- t ralian rainbo wfishes revealed by DNA barco ding: Imp licat io n s fo r co n se r vat io n in a b io dive rsit y ho t spo t candidat e.

  PLoS ONE

  , 7(7), e40627. Do i: 10.1371/jo urnal.pone.0040627. Ko t e lla t , M., Wh it t e n , A. J., Ka r t ik a s a r i, S.N., &

  Wirjo at m o d jo , S. (1 99 3 ). Fre sh wat e r fish e s o f west ern Indo nesia and Sulawesi. Periplus Edit io n. Mar y, R.C.P., Lah iru , S.W., & Rich ard , T.C. (2 0 1 1 ).

  Bio d ive rsit y an d co n se r vat io n o f t ro p ical p eat swamp fo rest s.

  BioScience , 61(1), 49–57.

  Miet t inen, J., & Liew, S.C. (2010). Degradat io n and develo pment o f peat lands in Peninsular Malaysia and in t he islands o f Sumat ra and Bo rneo since 1990.

  Land Degrad. Dev ., 21, 285–96.

  , 14, 76-84

  B

  1

  a

  4

  part ial sequence Lampiran 1. Jarak genet ik ant ar grup (OTU) ikan hias lahan gambut berdasarkan sekuan bagian ( ) COI

  4

  rc o d

  Appendix 1. Genet ic dist ances bet ween groups (OTU) of ornament al fish Peat lands based on part ial sequence of COI in g D N A ik a n h ia s l a h a n g a m b u t ...

  .. (M el ta R in i F a h m i)

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 137-145 L a m p ir a n

  1 . L a n ju ta n

  A p p en d ix 1 . C o n ti n u ed

Dokumen yang terkait

Dokumen baru