FORDA - Jurnal
Tabel 1. Daftar Sampel dan Metode Ekstraksi/Sampling yang digunakan
No.
Kode
Sampel
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Metode Ekstraksi DNA
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Daun digerus dicampur dengan buffer
ekstraksi
1
Euc A1
2
Euc A2
3
Euc A3
4
Euc B1
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
5
Euc B2
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
6
Euc B3
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
7
Sb1
Jamur karat (U. betae) pada B. vulgaris
8
Sb2
9
Gr1
10
Gr2
Jamur karat (U. betae) pada B. vulgaris
Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum)
Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum)
11
Pn1
Daun Pinus
12
Pn2
Daun Pinus
13
Ro1
Akar E. nitens
14
Ro2
15
Kk1
16
Kk2
Akar E. nitens
Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon
Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon
A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Daun digerus dicampur dengan buffer
ekstraksi
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun kering digerus dalam buffer
ekstraksi diteteskan pada kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Akar digerus dalam buffer ekstraksi
diteteskan pada kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Miselia ditekan kuat-kuat di kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
B
C
Gambar 1. A. Daun Eucalyptus globulus dengan bintik-bintik karakteristik Mycosphaerella sp.
B. Daun Eucalyptus obliqua yang terinfeksi Aulographina eucalypti
C. Daun Beta vulgaris (silverbeet) terinfeksi dengan Uromyces betae
A
B
Gambar 2 A. Akar Eucalyptus nitens memperlihatkan miselium warna putih karena infeksi Armillaria sp.
B. Kulit kayu yang terinfeksi Armillaria luteobubalina
Tabel 2. Proporsi hasil PCR positif menggunakan primer spesifik jamur (F) dan primer general (G).
Kode
EucA
EucB
Sb
Gr
Pn
Ro
Kk
1
Sampel material
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat (undet.) daun
rumput (A.elatius var.
bulbosum)
Daun Pinus
Akar E. nitens
Miselium dari bag. bawah kulit
kayu
TD berarti tidak dilakukan.
Jumlah
Sampel
Kartu FTA
Kartu FTA
+ Buffer
Ekstraksi
Glassmilk
F
G
F
G
F
G
3
3/3
2/2
2/3
2/2
3/3
2/2
3
3/3
2/2
2/3
1/2
2/3
1/2
2
2/2
2/2
TD1
TD
2/2
2/2
2
2/2
2/2
TD
TD
2/2
2/2
2
2
TD
TD
TD
TD
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
2/2
2
2/2
2/2
TD
TD
2/2
2/2
1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19
Gambar 3. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS1F/4.
Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3; 5.
Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2; 12. Pn1;
13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol;
19. Negatif kontrol.
Tabel 3. Keseluruhan hasil amplifikasi sampel menggunakan primer ITS1F/4 dan ITS3/4
Sampel
Kode
Euc A1
Euc A2
Euc A3
Euc B1
Euc B2
Euc B3
Sb1
Sb2
Gr1
Gr2
1
Detil
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat daun rumput
(A.elatius var. bulbosum)
Jamur karat daun rumput
(A.elatius var. bulbosum)
Pn1
Daun Pinus
Pn2
Daun Pinus
Ro1
Akar E. nitens
Ro2
Akar E. nitens
Kk1
Miselium dari bag. bawah kulit
Kk2
Miselium dari bag. bawah kulit
kayu
Metode Ekstraksi DNA
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun kering digerus dalam
buffer ekstraksi diteteskan pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun kering digerus dalam
buffer ekstraksi diteteskan pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Miselia ditekan kuat-kuat di
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Hasil PCR1
ITS3
ITS1
/ ITS4
/ITS4
1
2
3
1
2
P
P
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
N
P
N
N
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
N
N
P
N
P
N
N
P
N
P
N
N
P
N
P
N
P
N
P
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P mengindikasikan amplifikasi fragmen pada ± 500 – 600 bp untuk primer ITS1F/4 dan ± 300 bp
untuk primer ITS3/4; N mengindikasikan tidak adanya amplifikasi fragmen.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14
15 16
17 18 19
Gambar 4. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS3/4.
Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3;
5. Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2;
12. Pn1; 13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol;
19. Negatif kontrol.
1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Gambar 5. Amplifikasi dari nested PCR menggunakan primer McrypF/McrypR pada
sampel daun Eucalyptus di kartu FTA. Kiri ke kanan: 1. DNA marker;
2. Euc A1.1; 3. Euc A1.2; 4. Euc A1.3; 5. Euc A2.1; 6. Euc A2.2; 7. Euc A2.3;
8. Euc A3.1; 9. Euc A3.2; 10. Euc A3.3; 11. Euc B1.1; 12. Euc B1.2;
13. Euc B1.3; 14. Euc B2.1; 15. Euc B2.2; 16. Euc B2.3; 17. Euc B3.1;
18. Euc B3.2; 19. Euc B3.3; 20.
Positif kontrol (DNA dari isolat murni M. cryptica).
Tabel 4. Daftar sampel daun Eucalyptus untuk nested PCR
Hasil PCR*
Kode
Deskripsi
Metode ekstraksi DNA
McrypF/
McrypR
MnubF/
MnubR
Euc A1.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
N
N
Euc A1.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A1.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc A2.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
N
N
Euc A2.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A2.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc A3.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc A3.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A3.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B1.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B1.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc B1.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B2.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B2.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
P
N
Euc B2.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B3.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B3.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
P
N
Euc B3.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
DNA tersedia
P
NT
DNA tersedia
NT
P
T2
T5
Mycosphaerella
cryptica
Mycosphaerella
nubilosa
* P mengindikasikan amplifikasi fragmen pada ± 500 – 600 bp untuk primer McrypF/ McrypR dan
primer MnubF/ MnubR. N mengindikasikan tidak adanya amplifikasi fragmen.
No.
Kode
Sampel
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Metode Ekstraksi DNA
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Daun digerus dicampur dengan buffer
ekstraksi
1
Euc A1
2
Euc A2
3
Euc A3
4
Euc B1
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
5
Euc B2
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
6
Euc B3
Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti )
7
Sb1
Jamur karat (U. betae) pada B. vulgaris
8
Sb2
9
Gr1
10
Gr2
Jamur karat (U. betae) pada B. vulgaris
Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum)
Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum)
11
Pn1
Daun Pinus
12
Pn2
Daun Pinus
13
Ro1
Akar E. nitens
14
Ro2
15
Kk1
16
Kk2
Akar E. nitens
Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon
Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon
A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Daun digerus dicampur dengan buffer
ekstraksi
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Daun kering digerus dalam buffer
ekstraksi diteteskan pada kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Akar digerus dalam buffer ekstraksi
diteteskan pada kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
Miselia ditekan kuat-kuat di kartu FTA
Ekstraksi DNA metode glassmilk
B
C
Gambar 1. A. Daun Eucalyptus globulus dengan bintik-bintik karakteristik Mycosphaerella sp.
B. Daun Eucalyptus obliqua yang terinfeksi Aulographina eucalypti
C. Daun Beta vulgaris (silverbeet) terinfeksi dengan Uromyces betae
A
B
Gambar 2 A. Akar Eucalyptus nitens memperlihatkan miselium warna putih karena infeksi Armillaria sp.
B. Kulit kayu yang terinfeksi Armillaria luteobubalina
Tabel 2. Proporsi hasil PCR positif menggunakan primer spesifik jamur (F) dan primer general (G).
Kode
EucA
EucB
Sb
Gr
Pn
Ro
Kk
1
Sampel material
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat (undet.) daun
rumput (A.elatius var.
bulbosum)
Daun Pinus
Akar E. nitens
Miselium dari bag. bawah kulit
kayu
TD berarti tidak dilakukan.
Jumlah
Sampel
Kartu FTA
Kartu FTA
+ Buffer
Ekstraksi
Glassmilk
F
G
F
G
F
G
3
3/3
2/2
2/3
2/2
3/3
2/2
3
3/3
2/2
2/3
1/2
2/3
1/2
2
2/2
2/2
TD1
TD
2/2
2/2
2
2/2
2/2
TD
TD
2/2
2/2
2
2
TD
TD
TD
TD
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
2/2
2
2/2
2/2
TD
TD
2/2
2/2
1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19
Gambar 3. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS1F/4.
Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3; 5.
Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2; 12. Pn1;
13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol;
19. Negatif kontrol.
Tabel 3. Keseluruhan hasil amplifikasi sampel menggunakan primer ITS1F/4 dan ITS3/4
Sampel
Kode
Euc A1
Euc A2
Euc A3
Euc B1
Euc B2
Euc B3
Sb1
Sb2
Gr1
Gr2
1
Detil
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.)
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Daun Eucalyptus (terinfeksi
Aulographina eucalypti )
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat (U. betae) pada B.
vulgaris
Jamur karat daun rumput
(A.elatius var. bulbosum)
Jamur karat daun rumput
(A.elatius var. bulbosum)
Pn1
Daun Pinus
Pn2
Daun Pinus
Ro1
Akar E. nitens
Ro2
Akar E. nitens
Kk1
Miselium dari bag. bawah kulit
Kk2
Miselium dari bag. bawah kulit
kayu
Metode Ekstraksi DNA
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun kering digerus dalam
buffer ekstraksi diteteskan pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Daun kering digerus dalam
buffer ekstraksi diteteskan pada
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Miselia ditekan kuat-kuat di
kartu FTA
Ekstraksi DNA metode
glassmilk
Hasil PCR1
ITS3
ITS1
/ ITS4
/ITS4
1
2
3
1
2
P
P
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
N
P
N
N
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
P
N
N
P
N
P
N
N
P
N
P
N
N
P
N
P
N
P
N
P
P
P
P
N
P
P
P
P
P
P
P
P mengindikasikan amplifikasi fragmen pada ± 500 – 600 bp untuk primer ITS1F/4 dan ± 300 bp
untuk primer ITS3/4; N mengindikasikan tidak adanya amplifikasi fragmen.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14
15 16
17 18 19
Gambar 4. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS3/4.
Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3;
5. Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2;
12. Pn1; 13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol;
19. Negatif kontrol.
1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Gambar 5. Amplifikasi dari nested PCR menggunakan primer McrypF/McrypR pada
sampel daun Eucalyptus di kartu FTA. Kiri ke kanan: 1. DNA marker;
2. Euc A1.1; 3. Euc A1.2; 4. Euc A1.3; 5. Euc A2.1; 6. Euc A2.2; 7. Euc A2.3;
8. Euc A3.1; 9. Euc A3.2; 10. Euc A3.3; 11. Euc B1.1; 12. Euc B1.2;
13. Euc B1.3; 14. Euc B2.1; 15. Euc B2.2; 16. Euc B2.3; 17. Euc B3.1;
18. Euc B3.2; 19. Euc B3.3; 20.
Positif kontrol (DNA dari isolat murni M. cryptica).
Tabel 4. Daftar sampel daun Eucalyptus untuk nested PCR
Hasil PCR*
Kode
Deskripsi
Metode ekstraksi DNA
McrypF/
McrypR
MnubF/
MnubR
Euc A1.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
N
N
Euc A1.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A1.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc A2.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
N
N
Euc A2.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A2.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc A3.1
Daun Eucalyptus A
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc A3.2
Daun Eucalyptus A
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc A3.3
Daun Eucalyptus A
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B1.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B1.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
N
N
Euc B1.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B2.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B2.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
P
N
Euc B2.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
Euc B3.1
Daun Eucalyptus B
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
P
N
Euc B3.2
Daun Eucalyptus B
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
P
N
Euc B3.3
Daun Eucalyptus B
Ekstraksi DNA metode glassmilk
N
N
DNA tersedia
P
NT
DNA tersedia
NT
P
T2
T5
Mycosphaerella
cryptica
Mycosphaerella
nubilosa
* P mengindikasikan amplifikasi fragmen pada ± 500 – 600 bp untuk primer McrypF/ McrypR dan
primer MnubF/ MnubR. N mengindikasikan tidak adanya amplifikasi fragmen.