Identifikasi Genetik Menggunakan Marker Mikrosatelit dan Hubungannya dengan Sifat Kuantitatif pada Sapi

  Edisi Desember 2007 147

Identifikasi Genetik Menggunakan Marker Mikrosatelit dan

Hubungannya dengan Sifat Kuantitatif pada Sapi

  Maskur ^a , Muladno ^b & B. Tappa ^c _a

Jurusan Produksi Ternak, Fakultas Peternakan, Universitas Mataram

Jl. Majapahit 62 Mataram 83125, email: maskur07@yahoo.co.id

_b

Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

  

Institut Pertanian Bogor

_c

Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI

(Diterima 24-11-2006; disetujui 31-10-2007)

  

ABSTRACT

  The occurrence of genetic changes in Bali and Brangus cattle crossing and it’s relationship to quantitative traits (e.g. growth and birth weight) were identified using microsatellite markers. Sixteen microsatellite loci were amplified using polymerase chain reaction (PCR) technique, the amplified products were then separated on vertical discontinuous polyacrylamide gel electro- phoresis (PAGE) and silver-staining method was applied to detect the fragment. The evaluation to the stability and allele inheritance pattern were checked using Chi-Square segregation analysis. The results of this research showed that allele numbers average detected in Brangus and Bali cattle and their progeny were 2.31, 2.56, and 2.75 respectively. At most microsatellite loci, the allele distributions incline to concentrate and to form bimodal trend. Of 16 micro satellite loci tested, 5 microsatelitte markers namely INRA 037, HEL 9, CSSM 66, INRA 035 and ETH 225 indicated a significant response to average daily gain. In terms of birth weight, a significant re- sponse was shown by INRA 037.

  Key word: microsatellite, PCR, genotype, inheritance, allele PENDAHULUAN

  Program peningkatan mutu genetik sapi lokal khususnya sapi Bali memiliki arti yang sangat strategis, yaitu dalam rangka mengurangi ketergantungan akan sapi (bibit) impor yang jelas akan berdampak pada terkurasnya devisa negara. Terobosan baru dalam rangka mempercepat proses peningkatan mutu genetik ternak adalah dengan memanfaatkan teknologi reproduksi (inseminasi buatan, transfer embrio, in-vitro fertilisasi dan sex control) dan teknologi rekayasa DNA (teknologi mikroinjeksi DNA, sidik jari DNA, marker assisted selection dan lain-lain). Melalui integrasi kedua teknologi ini maka interval generasi dapat diperpendek dan intensitas seleksi dapat ditingkatkan sehingga proses perbaikan mutu genetik dapat berjalan lebih cepat.

  Perkembangan sejumlah penanda molekuler (DNA Marker) dewasa ini telah memungkinkan untuk melakukan identifikasi terhadap perubahan- perubahan genetik yang terjadi dalam suatu

  Vol. 30 No. 3 Media Peternakan, Desember 2007, hlm. 147-155

  ISSN 0126-0472 Terakreditasi SK Dikti No: 56/DIKTI/Kep/2005

• 6 pasang basa berulang sampai lebih dari 100 kali. Variasi susunan nukleotida mikrosatelit yang sangat tinggi dapat dibuktikan pada populasi keturunan pertama (F1) dari perkawinan silang antara dua bangsa ternak yang secara genetik berbeda jauh. Adanya kecenderungan bahwa mikrosatelit umumnya adalah hypervariable, membuat analisis segregasi dapat dilakukan pada keturunan dalam jumlah yang terbatas.

  yang kaya akan basa purin dan pirimidin seperti (CA)n, dapat membentuk Z-Dna di bawah kondisi-kondisi fisiologis (Comings, 1998). Fakta ini menunjukkan peran yang potensial dari mikrosatelit dalam regulasi gen. Beberapa laporan menunjukkan adanya asosiasi yang signifikan antara lokus mikrosatelit dengan sifat kuantitatif seperti sifat produksi susu (Kantanen et al. 2000), lemak karkas (Fitzsimmons et al. 1998), perbedaan tingkat fertilitas (Oliveira et al., 2002) dan efisiensi reproduksi ( João et al., 2005) pada beberapa bangsa sapi.

  ini adalah DNA genom yang diperoleh dari darah sapi Bali, Brangus dan keturunannya (F1). Ekstraksi DNA genom dilakukan mengikuti petunjuk Sambrook et al., (1989) dengan menggunakan buffer lisis sel untuk mendegradasi dinding sel dan fenol-khloroform untuk mendegradasi protein dan lemak kemudian dipresipitasi menggunakan etanol

  Ekstraksi DNA Genom dan Genotyping Mikrosatelit Ekstraksi DNA genom. Materi utama penelitian

  Data primer mengenai bobot lahir dan pertumbuhan prasapih (umur 1 – 6 bulan) dan lepas sapih (umur 6 – 12 bulan) sapi hasil persilangan diperoleh melalui pencatatan dan pengukuran langsung di lapangan oleh tim peneliti dan dibantu oleh teknisi lapangan/peternak.

  Pengukuran Bobot Lahir dan Pertambahan Bobot Hidup Harian Ternak

  Objek penelitian adalah 20 keluarga acuan (reference family) dengan struktur terdiri atas 4 ekor sapi pejantan Brangus, 20 ekor sapi induk Bali dan 20 ekor keturunan I hasil persilangan keduanya. Populasi ternak yang dikaji terkonsentrasi pada dua kandang kolektif dengan pola pemeliharaan yang sama. Pakan utama adalah rumput lapangan dan dedak padi.

  MATERI DAN METODE Ternak Penelitian

  Berdasarkan uraian tersebut, penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi perubahan- perubahan genetik yang terjadi pada lokus mikrosatelit dalam hubungannya dengan perubahan sifat kuantitatif seperti pertumbuhan dan bobot lahir anak pada persilangan sapi Bali dan sapi Brangus.

  intergene dan dalam pseudogenes. Mikrosatelit

  Edisi Desember 2007 148

  Mikrosatelit cenderung terpusat pada daerah inisiasi transkripsi, dan tidak ditemukan pada posisi

  ., 1994), dan dalam pembuatan peta fisik dan peta keterpautan gen (Todd et al., 1991).

  al

  cara yang sederhana dan dapat diinterpretasikan dengan mudah dengan menggunakan teknologi PCR. Karakteristik yang menarik dari lokus mikrosatelit dan secara umum tersedia dalam jumlah yang besar pada genom membuat lokus ini menjadi sangat potensial dalam analisis sidik jari DNA (Jeffreys & Pena, 1993), rekonstruksi pilogenetik manusia dan mahluk hidup lainnya (Bowcock et

  Microsatellite typing juga dapat dilakukan dengan

  repeat loci yang terdiri atas suatu motif dengan 1

  Salah satu penanda molekuler (DNA marker) yang sangat populer dewasa ini adalah mikrosatelit.

  persilangan serta hubungannya dengan perubahan sifat kuantitatif dan sifat kualitatif ternak. Selain itu, penanda molekuler juga dapat digunakan untuk membedakan antara suatu ras ternak dengan lainya terutama dalam kaitannya dengan upaya pelestarian dan menjaga kemurnian dari ras tersebut.

  

Media Peternakan MASKUR ET AL.

  Edisi Desember 2007 149

  Setelah fragmen DNA tampak, reaksi kemudian dihentikan menggunakan asam asetat glasial (0,2 ml /200 ml akuades). Pengawetan gel dilakukan dengan menggunakan gliserol 20 .

  IDENTIFIKASI GENETIK Vol. 30 No. 3

  X ² _hitung ≤ X ² _tabel maka hasil pengamatan tidak berbeda nyata dengan teori/hipotesis “mandel”, sebaliknya jika X ² _hitung ≥ X ² _tabel berarti hasil pengamatan tidak sesuai dengan teori.

  Perbandingan nilai X ² _hitung dengan nilai X ² _tabel menunjukkan terjadinya distorsi segregasi. Jika

  Pola segregasi alel setiap lokus mikrosatelit dianalisis menggunakan uji khi-kuadrat (X ² ) pada α = 0,05 dan db = k - 1 (Clamp et al., 1992).

  jari mikrosatelit yang diperoleh dalam penelitian ini selanjutnya dianalisis menggunakan beberapa uji statistik.

  Analisis data sidik jari mikrosatelit. Data sidik

  Penentuan posisi pita DNA pada gel poliakrilamida dilakukan secara manual. Ukuran dan jumlah dari alel yang muncul pada gel ditentukan berdasarkan asumsi bahwa semua pita DNA dengan laju migrasi yang sama adalah ho- molog (Leung et al., 1993), sedangkan alel dengan migrasi paling cepat ditetapkan sebagai alel A, berikutnya adalah alel B dan seterusnya.

  c. Penentuan posisi pita DNA

  µl NaOH 10 N ; 0,8 ml NH ₄ OH ; 200 ml akuades selama 15 menit. Gel kemudian dicuci kembali dengan akuades selama 20 menit sambil digoyang untuk menghilangkan perak yang tidak berikatan dengan DNA. Fragmen DNA yang berikatan dengan perak dapat dideteksi dengan merendam gel dalam larutan Na ₂ CO ₃ 0,02 g/ml + formalin.

  absolut. Proses berikutnya adalah pemurnian menggunakan RNAse.

  Pewarnaan dengan perak dilakukan melalui serangkaian proses yaitu pencucian gel dengan larutan buffer CTAB (0,2 g CTAB/200 ml akuades) selama 20 menit, kemudian dengan akuades selama 20 menit. Gel direndam dalam NH ₄ OH (2,4 ml dalam larutan yang terdiri atas 0,32 g AgNO ₃ ; 80

  b. Pewarnaan perak

  X TBE sebanyak 1,25 ml, H ₂ O sampai mencapai volume 25 ml, temed sebanyak 15 µl, 10 APS sebanyak 240 µl. Sampel DNA diwarnai 0,25 bromofenol biru, 0,25 xilen sianol, dan 30 gliserol dalam air. Sampel DNA tersebut kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel setelah gel diletakkan pada tangki elektroforesis yang telah berisi penyangga 1X TBE. Elektroforesis dilakukan pada voltase konstan 180 V selama 65 menit pada suhu ruang.

  Komponen gel poliakrilamida terdiri atas campuran 50 bis-akrilamida sebanyak 4 ml, 10

  Pada penelitian ini, analisis produk PCR dan deteksi terhadap alel mikrosatelit dilakukan dengan elektroforesis pada gel poliakrilamida dan pewarnaan dengan perak mengikuti metode Guillemet dan Lewis yang telah dimodifikasi oleh Tegelstrom (1986).

  58/59 ^o C x 80 detik, dan 72 ^o C x 90 detik kemudian diakhiri satu siklus berikutnya pada 72 ^o C selama 5 menit, menggunakan DNA thermal Cycler (Perkin Elmer Cetus Corp.) Analisis produk PCR dan deteksi alel DNA.

  individu digunakan sebagai cetakan (template) untuk mengamplifikasi lokus-lokus mikrosatelit melalui reaksi PCR dengan sekuen nukleotida pengapit Amplifikasi dilakukan mengikuti metode yang digunakan sebelumnya oleh Jianbo et al., (1996). PCR dikondisikan pada volume reaksi 25 ìl terdiri atas 100 ng DNA (1,0 ì l) , 0,5 ìM masing-masing primer (1,0 ì l) , 1 x buffer PCR (10mM Tris-HCl pH 9.0) (3,0 ì l), 1,5 mM MgCl dan 50 mM KCl (1,0 ì l), 5 % deionized formamide (1,0 ì l), 200 ìM dNTP (2,5 ì l), dan 0,025 U Taq DNA polimerase (0,5 ì l) dan MiliQ water (13,0 ì l) (Pharmacia). Amplifikasi dilakukan selama 35 siklus dimana siklus pertama pada 94 ^o C selama 5 menit diikuti 33 siklus berikutnya masing 92 ^o C x 30 detik,

  Amplifikasi DNA dengan polimerase chain reaction (PCR). Sampel DNA masing-masing

a. Elektroforesis pada gel poliakrilamida

  Edisi Desember 2007

  Asosiasi antara genotipe individu pada tiap- tiap lokus dengan bobot lahir dan rata-rata pertambahan bobot badan harian dianalisis menggunakan program statistic analysis system (SAS, 1999) dengan prosedur general linear

  model (GLM) dan rata-rata kuadrat terkecil (least

  square means) untuk genotipe masing-masing mikrosatelit dibandingkan menggunakan F-test mikrosatelit merupakan variabel bebas sedangkan bobot lahir dan pertambahan bobot hidup harian adalah variabel terikat sebagai respon terhadap genotipe individu pada tiap-tiap lokus mikrosatelit tersebut.

  HASIL DAN PEMBAHASAN Distribusi Frekuensi Alel

  Enam belas lokus mikrosatelit yang berlokasi pada berbagai kromosom telah dianalisa pada keluarga acuan (reference family) yang masing- masing terdiri atas sapi Brangus (pejantan), sapi Bali (induk), dan keturunan pertamanya (F1). Sebagai ilustrasi dari hasil amplifikasi lokus mikrosatelit pada masing-masing keluarga acuan

  (reference family) terdapat pada Gambar 1.

  Lokus ETH 3 memiliki jumlah, frekuensi dan jenis alel yang sama (A dan B) pada kedua tetua dan keturunannya dari enam belas lokus mikrosatelit yang dianalisis pada keluarga acuan (reference fam- ily). Pada lokus INRA 035, ETH 10 dan ILSTS 005 juga terdapat 2 alel (A dan B) tetapi terdapat keturunannya, sedangkan pada lokus lainnya bervariasi antara 2 - 4 alel. Secara keseluruhan jumlah alel yang terdeteksi pada sapi Brangus (pejantan) berkisar antara 2 - 3 dengan rata 2,31, pada sapi Bali (induk) berkisar 2 - 4 dengan rata- rata 2,56 sedangkan pada keturunannya (F1) berkisar antara 2 - 4 dengan rata-rata 2,75. Semua alel dari setiap lokus diwariskan pada keturunannya, kecuali alel C lokus HEL 1 pada sapi Bali (induk) dan alel C lokus HAUT 24 pada sapi Brangus (pejantan) yang tidak terdeteksi pada keturunannya.

  Peningkatan jumlah alel pada F1 merupakan suatu indikasi adanya peningkatan variasi genetik pada hasil persilangan. Secara keseluruhan, jumlah alel yang terdeteksi pada penelitian ini lebih rendah

  Gambar 1. Varian alel 10 lokus Mikrosatelit (A – J) yang terdeteksi pada keluarga acuan yang terdiri atas: lajur 1 – 3 berturut-turut pejantan, induk dan anak (F1), M (DNA Leader), A (BM2113), B (ETH3), C (HEL1), D (ETH225), E (CSSM), F(HEL9), G (INRA025), H (ILSTS005), I (HEL5) dan J (INRA035)

  

Media Peternakan MASKUR ET AL.

   Alel B _{Alel A}

  Edisi Desember 2007 151

  jika dibandingkan dengan hasil penelitian yang dilakukan oleh Varvio & Kaukinen (1993) pada tiga bangsa sapi (Ayrshire, Friesian, Landrace) dengan 8 lokus mikrosatelit. Varvio & Kaukinen (1993) menemukan 4 - 6 alel pada tiga lokus: HEL 1, HEL 5 dan HEL 9, sedangkan dalam penelitian ini diperoleh 2 - 3 alel. Rendahnya jumlah alel yang terdeteksi pada penelitian ini mungkin disebabkan cenderung lebih homogen dan kemungkinan antara setiap individu pada populasi sampel yang digunakan masih ada hubungan kekerabatan yang dekat terutama dari induk (sapi bali) karena pengambilan sampel terkonsentrasi pada dua lokasi.

  Distribusi alel cenderung memusat membentuk pola bimodal pada sebagian besar lokus yang dianalisa. Dua alel memiliki frekuensi yang lebih tinggi secara signifikan dibandingkan dengan alel-alel lainnya. Pola seperti ini tampak pada hampir semua lokus dan semua individu, baik pada sapi Brangus (pejantan), sapi Bali (induk) maupun pada keturunannya (F1). Pola distribusi alel terdapat pada Gambar 2. Pola distribusi bi- modal juga ditemukan oleh Varvio & Kaukinen (1993) pada 8 lokus mikrosatelit yang dianalisis pada bangsa sapi Ayrshire, Friesian dan Landrace. Pola distribusi alel bi - multimodal juga merupakan fenomena umum distribusi alel mikrosatelit pada manusia (Boerwinkle et al., 1989; Ludwig et al., 1989; Weber & May 1989; Edward et al., 1992; Fornage et al., 1992).

  Segregasi Alel Mikrosatelit

  Hasil identifikasi produk PCR menunjukkan pola segregasi “Mandelian” pada hampir semua lokus mikrosatelit (Gambar 1). Sebagai ilustrasi adalah pada lokus BM2113 (A) yang menunjukkan bahwa persilangan antara sapi Brangus genotipe BC (kolom 1) dengan sapi Bali genotipe AB (kolom (kolom 3).

  Perbandingan nilai X ² _hitung dengan nilai X ² _tabel pada uji khi-kuadrat ( X ² ) menunjukkan apakah telah terjadi distorsi segregasi atau tidak. Jika X ² _hitung ≤ X ² _tabel maka hasil pengamatan tidak berbeda nyata dengan teori/hipotesis “mandel”, sebaliknya jika X ² _hitung ≥ X ² _tabel berarti hasil pengamatan tidak sesuai dengan teori.

  Analisis segregasi alel menggunakan uji khi- kuadrat (Tabel 1) menunjukkan bahwa secara keseluruhan segregasi alel pada tiap-tiap lokus mengikuti pola “Mandel”, kecuali pada lokus HEL

  9. Distorsi segregasi terjadi pada lokus HEL 9. Hasil pengamatan tidak sesuai dengan hipotesis “Mandel” bahwa alel-alel akan bersegregasi secara bebas dengan peluang yang sama pada saat pembentukan gamet. Penyimpangan ini kemungkinan disebabkan oleh keterbatasan jumlah sampel. Secara statistik, segregasi alel masih sesuai dengan teori/hipotesis “Mandel” pada lima belas lokus lainnya.

  Respon Pertumbuhan dan Bobot Lahir terhadap Marker Mikrosatelit

  Rata-rata bobot lahir dan pertambahan bobot badan harian 20 individu keturunan pertama hasil persilangan sapi Brangus dan sapi Bali adalah 26,3 kg (berkisar antara 20 - 30 kg) dan 621 g/ekor/ hari (berkisar antara 496 - 711 g). Hasil analisis statistik menunjukkan bahwa terdapat lima marker mikrosatelit yaitu INRA 037, HEL 9, CSSM 66,

  INRA 035 dan ETH 225 yang memberikan respon yang signifikan terhadap pertambahan bobot hidup harian ternak dan satu marker mikrosatelit yaitu

  Gambar 2. Distribusi frekuensi alel lokus BM 2113 pada keturunan pertama (F1)

  IDENTIFIKASI GENETIK Vol. 30 No. 3 A B C D

  0,1 0,2 0,3 0,4 0,5

  F re kue n si a le l

  Jenis alel

  Edisi Desember 2007 152

  20 5,00 1,30

  20 6,67 2,57 HAUT 24 A = 10 B = 50 C = 40 A = 57,89 B = 42,11 A = 50 B = 50

  B = 50 C = 20 A = 22,5 C = 27,5 B = 50

  ILSTS 005 A = 50 B = 50 A = 52,63 B = 47,37 A = 50 B = 50 20 10,00 CSSM 66 A = 20 B = 50 C = 30 A = 30

  B = 52,5 C = 27,5 20 6,67 3,45

  B = 10 C = 50 20 6,67 5,19 ETH 225 A = 50 B = 50 B = 50 C = 50 A = 20

  B = 12,5 C = 50 A = 35,29 B = 26,47 C = 38,24 A = 40

  ETH 3 A = 50 B = 50 A = 50 B = 50 A = 50 B = 50 20 10,00 0,00 ETH 10 A = 50 B = 50 A = 50 B = 50 A = 47,5 B = 52,5 20 10,00 0,04 ETH 152 B = 50 C = 50 B = 52,78 C = 47,22 A = 50 B = 50 17 8,50 0,00 ETH 185 A = 37,5

  INRA 037 B = 50 C = 50 A = 50 B = 50 A = 20 B = 50 C = 30 20 6,67 2,79

  INRA 035 A = 50 B = 50 A = 50 B = 50 A = 61,11 B = 38,89 18 9,00 0,89

  C = 39,47 D = 21,05 19 4,75 2,28

  C = 42,5 D = 10 A = 23,69 B = 15,79

  INRA 032 A = 20 C = 50 D = 30 A = 27,5 B = 20

  A = 27,5 B = 32,5 C = 25 D = 15

  INRA 037 yang memberikan respon signifikan terhadap bobot lahir.

  INRA 023 A = 50 B = 50 A = 37,5 B = 30 C = 10 D = 22,5

  C = 42,5 D = 12,5 20 5,00 5,40

  C = 37,5 D = 10 A = 32,5 B = 12,5

  BM 2113 B = 12,5 C = 50 D = 37,5 A = 40 B = 12,5

  HEL9 B = 50 C = 50 A = 50 B = 50 A = 42,5 B = 50 C = 7,5 20 6,67 6,17

  HEL5 B = 50 C = 50 A = 50 B = 50 A = 19,45 B = 50 C = 30,55 20 6,67 2,87

  X ² HEL1 A = 50 B = 50 A =28,95 B = 50 C = 21,05 A = 55 B = 45 20 10,00 0,20

  Jenis dan frekuensi alel (%) Lokus mikrosatelit Pejantan/Brangus Induk/Bali Keturunan (FI) Nilai observasi Nilai harapan

  

Tabel 1. Segregasi alel setiap lokus mikrosatelit pada keturunan pertama (F1) persilangan sapi Brangus

dan sapi Bali Keterangan: Perbedaan jumlah ternak disebabkan adanya alel yang tidak terdeteksi (null allele).

  Tabel 2 menunjukkan adanya hubungan yang sangat kuat antara genotipe tiap-tiap individu dengan bobot lahir dan pertambahan bobot hidup harian. Dua genotipe pada lokus INRA 037 terdapat pada individu F1, yaitu 8 ekor genotipe AB dan 12 ekor genotipe BC. Pertambahan bobot hidup harian pada ternak genotipe AB berkisar antara 496 - 611 g dengan rata-rata 558,125 g dan pada ternak genotipe BC adalah 625 - 711 g

  karkas (Fitzsimmons et al. 1998), dan antara ETH225 dan Hel 5 dengan efisiensi reproduksi ( João et al., 2005) pada beberapa bangsa sapi.

  al. 2000), BM1500 dengan kandungan lemak

  Adanya respon terhadap genotipe individu pada tiap-tiap lokus mikrosatelit pada bobot lahir dan pertambahan bobot hidup ternak menunjukkan bahwa perubahan genetik yang terjadi dalam persilangan sapi Bali dengan sapi Brangus memberi dampak pada perubahan sifat kuantitatif ternak (Tabel 2). Respon bobot lahir dan pertambahan bobot hidup harian yang sangat signifikan terhadap 5 marker mikrosatelit merupakan indikasi adanya kemungkinan bahwa marker tersebut berasosiasi dengan lokus-lokus sifat kuantitatif (QTL). Beberapa laporan menunjukkan adanya asosiasi antara lokus mikrosatelit dengan sifat kuantitatif seperti CSSM 66 dengan produksi susu, komposisi lemak dan protein susu (Kantanen et

  18 9,00 0,00 Media Peternakan MASKUR ET AL.

30 Ra

  26

  IDENTIFIKASI GENETIK Vol. 30 No. 3

AB BC

  Genotipe individu

  Ra taan pe rt am b ahan b o b o t hi dup (g/ eko r/h ar i)

  AB BC 480 520 560 600 640 680

  Genotipe individu Gambar 4. Respon rataan pertambahan bobot hidup terhadap genotipe pada lokus Inra 037

  taan bo bo t la hi r ( k g /ekor )

  28

  Edisi Desember 2007 153

  dengan rata-rata 661,917 g, sedangkan rata-rata pertambahan bobot hidup harian secara keseluruhan adalah 621 g. Genotipe AB pada lokus ini memberikan respon pertambahan bobot hidup harian secara umum dibawah rata-rata pertambahan bobot hidup harian keseluruhan (621 g) dan genotipe BC adalah sebaliknya. Demikian juga halnya pada bobot lahir ternak, ternak genotipe AB memiliki bobot lahir dibawah rata-rata bobot lahir keseluruhan (26,3 kg), sedangkan genotipe BC adalah sebaliknya. Sebagai ilustrasi adanya respon bobot lahir dan pertambahan bobot hidup harian terhadap genotipe ternak dapat dilihat pada Gambar 3 dan 4.

  22

  20

  149 bp AB 0,637 ± 0,043 ^a - BB 0,675 ± 0,000 ^b - BC 0,603 ± 0,077 ^c - Gambar 3. Respon rataan bobot lahir terhadap genotipe pada lokus Inra 037

  185 bp AB 0,593 ± 0,079 ^a - BC 0,643 ± 0,042 ^b - HEL 9 100-114 bp AB 0,615 ± 0,068 ^a - BC 0,649 ± 0,048 ^b - ETH 225

  INRA 035 120 bp AB 0,606 ± 0,059 ^a - AA 0,627 ± 0,070 ^b - CSSM 66

  INRA 037 110 bp AB 0,558 ± 0,047 ^a 23,0 ± 2,138 ^a BC 0,662 ± 0,035 ^b 28,5 ± 1,445 ^b

  Mikrosatelit Panjang basa Genotipe ADG ± SD BWT ± SD

  Tabel 2. Asosiasi antara genotipe masing-masing individu F1 pada 5 lokus mikrosatelit dengan bobot lahir dan pertambahan bobot hidup harian Keterangan: BWT= Birth Weight, ADG = Average Daily Gain; superskrip berbeda pada kolom yang sama menunjukkan berbeda nyata (P<0,05).

  Asosiasi antara pertambahan bobot hidup dengan lebih dari satu marker (5 marker) mungkin merupakan suatu fenomena yang umum bahwa ekspresi suatu sifat kuantitatif dikontrol oleh banyak gen (polygenic) (Dolf et al., 1993). Fenomena bahwa sifat pertumbuhan dikontrol oleh lebih dari

  24

  Edisi Desember 2007 154

  Fornage, M., L. Chan, G. Siest & E.

  Oliveira, J.F.C., J.P. Neves, J.C.F. Moraes, P.B.D. Gonçalves, J.M. Barr, A.G.V.

  High resolution analysis of hypervariable re- gion in the human apolipoprotein B gene. Am J Hum Genet, 45 : 458 - 464.

  Ludwig, E.H., W. Friedl & B.J. McCarthy. 1989.

  Population structure of plant pathogenic fungi and bacteria. Adv. Plant Pathol. 10: 157 - 205.

  Leung H., R.J. Nelson & J.E. Leach. 1993.

  B. Danell & S. Adalsteinsson. 2000. Ge- netic diversity and population structure of 20 North European cattlebreeds. Journal of He- redity 91: 446–57.

  Kantanen, J., I. Olsaker, L.-E. Holm, S. Lien, J. Vilkki, K. Brusgaard, E. Eythorsdottir,

  Association between reproductive traits and four microsatellites in Brangus-Ibagé cattle. Genetics and Molecular Biology, 28: 54-59.

  João F.C. de Oliveira, J.P. Neves, E.A. Almeida, C.S. Steigleder, J.C.F. Moraes, P.B.D. Gonçalves & T.A. Weimer. 2005.

  Flan Hayes & U. Kuhnlein. 1996. Se- quence variations in the bovine growth hor- mone gene characterized by single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis and their association with milk production traits in Holsteins. Genetics, 138 : 1809 – 1816.

  Jianbo, Y., E. Samuel, Aggrey, D. Zadworny, J.

  Jeffreys, A.J. & S.D.J. Pena. 1993. Brief Intro- duction to Human DNA Fingerprinting. In: Pena, S.D.J., R. Chakraborty, J.T. Epplen & A.J. Jeffreys (Eds). DNA Fingerprinting: State of the Science, Birkhauser Verlag, Basel.

  Boerwinkle. 1992. Allele frequency distri- bution of The (TG) _n (AG) _m microsatellite in the apolipoprotein C - II gene. Genomics 12: 63 - 68.

  Fitzsimmons, C.J., S.M. Schmutz, R.D. Bergen & J.J. McKinnon. 1998. A potential asso- ciation between the BM1500 microsatellite and fat deposition in beef cattle. Mamm. Ge- nome 9:432-434.

  satu gen ditunjukkan oleh Clamp et al. (1992) dengan adanya keterpautan antara marker GPI dan PGD terhadap sifat pertumbuhan pada Babi, disamping gen Halothane yang sudah ditemukan sebelumnya.

  Genomics 12: 241-253.

  Edwards, A., H.A. Hammond, L. Jin, T. Caskey & R. Chacraborty. 1992. Genetic variation at five trimeric and tetrameric tandem repeat loci in four human population groups.

  Epplen & A.J. Jeffreys (Eds). DNA Finger- printing: State of the Science, Birkhauser Verlag, Basel.

  Dolf, G., J. Schlapfer, C. Hagger, G. Stranzinger & C. Gaillard. 1993. Quantitative Traits in Chicken Associated with DNA Fingerprint Band. In: Pena, S.D.J., R. Chakraborty, J.T.

  Comings, D.E. 1998. Polygenic inheritance and mi- cro/minisatellites. Molecular Psychiatry 3:21- 31.

  McLaren & L.B. Schook. 1992. Detection of linkage beetween genetic markers and genes that affect growth and carcass traits in pigs. J. Anim. Sci. 70: 2695 - 2706.

  Clamp PA., J.E. Beever, R.L. Fernando, D.G.

  Tompohrde, E. Minch & Kidd. 1994. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites. Nature, 368: 455- 457.

  Bowcock, A.M., A. Ruth-Linarez, J.

  Chan. 1989. Rapid typing of tandemly re- peated hypervariable loci by polimerase chain reaction : application to the apolipoprotein B 3’ hypervariable region. Proc Natl Acad Sci USA 86 : 212 - 216.

  DAFTAR PUSTAKA Boerwinkle, E., W. Xiong, W. Fowest & L.

  1) Perubahan genetik yang terjadi dalam suatu perkawinan antar ras dapat diidentifikasi menggunakan marker mikrosatelit, 2) pola distribusi alel pada setiap lokus dan pada setiap individu baik pada tetua maupun keturunannya (F1) membentuk pola bimodal, 3) lima marker mikrosatelit berturut- turut: INRA 037, HEL 9, CSSM 66, INRA 035 dan ETH 225 memberikan respon yang signifikan terhadap pertambahan bobot hidup harian ternak, sedangkan terhadap bobot lahir terdapat satu marker yang memberikan respon yang signifikan yaitu INRA 037.

  KESIMPULAN pembahasan, dapat ditarik beberapa kesimpulan.

  Hernandez & G. Bonotto. 2002. Follicular population and steroid levels in Brangus Ibagé

Media Peternakan MASKUR ET AL.

  Edisi Desember 2007 155 with distinct levels of fertility. Anim. Reprod.

  Sci. 73:1-10.

  Sambrook, J., E.F. Fritsch & T. Maniatis. 1989.

  Molecular Cloning : A laboratory Manual. 2nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, USA.

  SAS. 1999. SAS/STAT User’s Guide: SAS Insti- tute Inc., Cary, NC, USA. Tegelstrom, H. 1986. Mithocondrial DNA in Natu- ral Population: An improved routine for the screening of genetic variation based on sen- sitive silver stain. Electrophoresis 7: 226 – 229.

  Todd, J.A., C.M. Hearne, M.A. McAleer, J.M.

  Love, T.J. Aitman & R.J. Cornell. 1991.

  Mouse Microsatellite. In: M.J. McPherson, P. Quirke, & G.R. Taylor (Eds). PCR : A Practical Approach. PP : 101 - 105. Oxford University Press.

  Varvio S.L. & J. Kaukinen. 1993. Bovine Microsatellites: Racial Differences and As- sociation with SINE-Elements. In: Pena, S.D.J., R. Chakraborty, J.T. Epplen & A.J. Jeffreys (Eds). DNA Fingerprinting: State of the Science, Birkhauser Verlag, Basel.

  Weber, J.L. & P.E. May. 1989. Abundant class of human DNA polymorphism which can be typed using the polymerase chain reaction.

  Am. J. Hum. Genet, 44: 388 - 396.

  IDENTIFIKASI GENETIK Vol. 30 No. 3