Prosiding Dies 2014 Tri Joko

PROSIDING SEMINAR NASIONAL
Dalam Rangka Dies Natalis ke-68 Fakultas Pertanian
Universitas Gadjah Mada
2014

Pengembangan dan Pemanfaatan
IPTEKS untuk Kedaulatan Pangan
Penyunting:
Eka Tarwaca Susila, S.P., M.P., Ph.D.
Dr. agr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.
Dr. Ir. Taryono, M.Sc.
Dr. Ir. Endang Sulistyaningsih, M.Sc.
Dr. Makruf Nurudin, S.P., M.P.
Muhammad Saifur Rohman, S.P., M.Eng., Ph.D.
Ir. Donny Widianto, Ph.D.
Dyah Weny Respatie, S.P., M.Si.

ISSN NO : 2442-7314

Lembaga penerbit : Fakultas Pertanian UGM
Tahun Terbit : 2014

SUSUNAN DEWAN REDAKSI
PROSIDING SEMINAR NASIONAL DIES NATALIS KE-68 FAKULTAS
PERTANIAN UGM

Pengembangan dan Pemanfaatan IPTEKS untuk Kedaulatan Pangan

Ketua Redaksi

: Eka Tarwaca Susila Putra, S.P., M.P., Ph.D.

Dewan Redaksi

:

1. Dr.agr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.
2. Dr. Ir. Taryono, M.Sc.
3. Dr. Ir. Endang Sulistyaningsih, M.Sc.
4. Dr. Makruf Nurudin, S.P., M.P.
5. Dr. Subejo, S.P., M.P.

6. Muhammad Saifur Rohman, S.P., M.Eng., Ph.D.
7. Ir. Donny Widianto, Ph.D.
8. Dyah Weny Respatie, S.P., M.Si.

Sekertariat/Sirkulasi:
1. Fitriyana Sholihatun
2. Heni Septia Purwaningsih
3. Rianni Capriati
4. Halim Wicaksono
5. Febriana Intan Yusria
6. Rima Indhirawati
7. Galuh Paramita

Desain dan Layout

: Rahmat Hanif Abdillah

Sekertariat:
Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta
Jalan Flora Nomor 1 Yogyakarta

Email: faperta.ugm14@gmail.com Telp./fax.: (0274) 563062
i

KATA PENGANTAR
Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada sebagai salah satu lembaga yang
bertanggung jawab dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dituntut
untuk selalu berinovasi melalui kegiatan penelitian, khususnya dalam bidang
pertanian. Hasil-hasil penelitian tidak akan banyak diketahui oleh masyarakat apabila
tidak ada upaya untuk penyebarluasannya. Dalam upaya tersebut, Fakultas Pertanian
Universitas Gadjah Mada menyelenggarakan Seminar Nasional Hasil-Hasil Penelitian
bidang Pertanian 2014 dengan tema “Pengembangan

dan Pemanfaatan lmu

Pengetahuan dan Teknologi untuk Kedaulatan Pangan.” Selain sebagai upaya
penyebarluasan hasil-hasil penelitian, seminar tersebut juga dimaksudkan sebagai
wadah bagi para peneliti di bidang pertanian untuk saling bertukar informasi dalam
kekinian ilmu dan teknologi bidang pertanian.
Pada pelaksanaan Seminar Nasional tahun 2014 ini berhasil dijaring sebanyak
203 judul makalah yang terbagi ke dalam 37 makalah poster dan 166 makalah lisan.

Rincian berdasarkan kelompok ilmu adalah 57 makalah di bidang budidaya
pertanian, 41 makalah di bidang sosial ekonomi pertanian, 4 makalah di bidang
perikanan, 9 makalah di bidang mikrobiologi pertanian, 12 makalah di bidang hama
dan penyakit tumbuhan, dan 29 makalah di bidang ilmu tanah. Tingginya minat
dalam keikutsertaan pada seminar nasional ini menunjukkan tingginya kegiatan riset
dalam bidang pertanian. Harapan kedepannya adalah kegiatan seminar nasional dapat
terus dilaksanakan secara rutin sebagai wadah penyebaran dan pertukaran informasi
hasil-hasil penelitian bidang pertanian terkini.

Yogyakarta, September 2014

ii

DAFTAR ISI
KODE
AC01

AC02

NAMA

Agus Supriyo

Ahmad Suriadi

AC04

Athoillah Azadi

AC05

Budi Hartoyo

AC06

Sukristiyonubowo

AC08

Ernitha Panjaitan

AC09

I. G. K. Dana Arsana

AC10

Iin Siti Aminah

AC11

Mamik Sarwendah

AC12

Meinarti Norma
Setiapermas

AC13

S. A. N Aryawati

AC16

Taufan Alam

JUDUL MAKALAH
Aspek Budidaya Lahan dalam
Pengembangan Pertanian Lahan
Rawa Pasang Surut (Studi Kasus :
Danda Besar, Kab. Barito Kuala)
Trend Produktivitas Padi Akibat
Perubahan Iklim di NTB
Pengembangan Mesin TanamPindah Bibit Padi Indo Jarwo
Transplanter
Respon Varietas Unggul Baru
(VUB) Padi pada Berbagai
Pengelolaan Pemupukan (Studi
Kasus di Kabupaten Malang)
Produktivitas Air dan Hasil Padi
pada Beberapa Tinggi Genangan

Air pada Sawah Bukaan Baru
Budidaya Padi Organikmendukung
Kedaulatan Pangan Nasional
Inovasi
Teknologi
Budidaya
Varietas Unggul Baru Kedelai
(Glycine
max)
Di
Daerah
Klungkung Bali
Efisiensi
Pemanfaatan
Lahan
Marginal Pasang Surut Melalui
Tumpangsari
Jagung-Kedelai
dengan Pemberian Pupuk Hayati
Aktifitas Nitrat Reduktase dan

Kandungan Klorofil Beberapa
Tanaman
Sela
Sistem
Tumpangsari
pada
Kawasan
Perkebunan Kelapa Sawit Tbm 3
Perencanaan Pola dan Waktu
Tanam pada Tanaman Semusim
untuk
Antisipasi
Perubahan
Cuaca/Iklim di Lahan Sawah
Pengembangan
Padi
Organik
dengan Teknologi PPT pada
Integrasi Tanaman Ternak untuk
Kedaulatan Pangan

Efektivitas
Gulma
Siam
(Chromolena odorata) sebagai
Subtitusi Pupuk Urea pada
Pertanaman Jagung

HALAMAN

................1-9
............10-15

............16-21

............22-26

............27-35
............36-44

............45-49

............50-55

............56-59

............60-66

............67-71

............72-78
iii

AC17

AH01

AH02

Tota Suhendrata

Andre Sparta / R.
Triatminingsih

Hanny Hidayati
Nafi`ah

AH03

I. G. K. Dana Arsana

AH04

Meksy Dianawati

AH05

Nur Fitriana

AH06

Yayuk A. Betty

AH08

Sri Trisnowati

AP01

Ketut Anom Wijaya

AP02

Sri Hartatik

AP03

Zainal Arifin

Pengkajian Mesin Tanam Bibit
Padi
Jajar
Legowo
(Rice
Transplanter Jajar Legowo 2:1)
pada Lahan Sawah Irigasi di
Kabupaten Sragen
Peningkatan
Jumlah
Tunas
Manggis (Garcinia mangostana
L.) Secara In Vitro Berdasarkan
Jumlah Sub Kultur
Pengaruh Jarak Tanam dan
Pengaturan
Jumlah
Bunga
terhadap Produksi Mentimun
Kajian Budidaya Tanaman Kelor
(Moringa
oleifera)
sebagai
Sayuran Alternatif Pemanfaatan
Sumber Daya Genetik Lokal Di
Bali
Penggunaan Limbah Organik
Biogas sebagai Media Tanam pada
Produksi Benih Kentang (Solanum
tuberosum L.)
Usahatani
Cabai
di
Lahan
Pekarangan dengan Irigasi Tetes
Kajian Agronomis dan Pengenalan
Varietas Unggul Nasional Gladiol
(Gladiolus
hybridus)
Di
Bandungan Jawa Tengah
Perubahan Mutu dan Umur
Simpan Buah Sawo (Manilkara
zapota (L.) van Royen) Setelah
Pengiriman
Menggunakan
Berbagai Kemasan Kardus

Efek Suplai N terhadap Kadar
Gula
Nira
Tebu
Varietas
Bululawang
Pengembangan Teknik Budidaya
Single
Bud
Planting
pada
Pembibitan Tebu (Saccharum
officinarum
L.):
Optimasi
Komposisi Media Tanam dan
Penambahan ZPT
Metode
Geolistrik
dalam
Penentuan Sebaran Akar Kelapa
Sawit

............79-85

............86-90

........91-95

........96-100

........101-106
........107-113

........114-119

........120-124

........125-129

........130-133

........134-138

iv

BC01

Ali Husni

BC02

Anggiani Nasution

BC04

Endang Suhartatik

BC05

Hairil Anwar

BC06

BC07

Joko Triastono

Mamik Sarwendah

BC08

Meinarti Norma
Setiapermas

BC09

Novita Nugrahaeni

BC10

S. A. N Aryawati

BC13

Supriyanta

BC14

Trisnaningsih

BH01

Erlina Ambarwati

BH02

BH03

Eti Heni Krestini

Suyadi
Mitrowihardjo

Daya Hasil 23 Galur Mutan
Kedelai Hasil Induksi Mutasi dan
Seleksi In Vitro terhadap Cekaman
Kekeringan di Kabupaten Maros
Varietas Lokal Padi sebagai
Sumber Ketahanan Penyakit Blas
Daun dan Blas Leher
Respon Varietas Baru Padi Gogo
terhadap Teknologi Budidaya di
Lahan Kering
Pengaruh Serangan Penggerek
Polong terhadap Keragaan Hasil
Galur-Galur Harapan Kedelai di
Kabupaten Banyumas
Keragaan Display Varietas Unggul
Baru
(VUB)
Padi
dalam
Mendukung Swasembada Padi di
Kabupaten Batang
Kajian Adaptasi Galur Harapan
Padi di Sawah Tadah Hujan
Kabupaten Belitung Timur
Keragaan Produktivitas Padi Inpari
18, Inpari 19, dan Inpari 20 di
Kabupaten Boyolali
Hasil dan Komponen Hasil GalurGalur Kedelai Umur Genjah
Pengkajian Budidaya Padi Varietas
Unggul Baru dengan Teknologi
Pengelolaan Tanaman Terpadu
Mewujudkan Kedaulatan Pangan
Di Bali
Penyaringan Ketahanan terhadap
Cekaman Salinitas Padi Dusel
Hasil Mutasi Generasi M3
Galur-Galur Padi Rawa Potensial
Yang Tahan Hama dan Penyakit
Utama pada Lahan Marginal
Potensi Hasil Galur Mutan
Harapan Tomat di Dataran Rendah
dan Dataran Tinggi
Pengujian Ketahanan 26 Genotipe
Cabai Rawit terhadap Serangan
Penyakit
Antraknosa
Di
Laboratorium
Usaha Memperoleh Partenokarpi
Buah
Tomat
(Solanum
lycopersicum
L.)
dangan
Menggunakan Ga3

........139-144

........145-148

........149-154

........155-163

........164-168

........169-176

........177-181
........182-187

........188-192

........193-204

........205-210

........211-219

........220-225

........226-233
v

BP01

Muhammad Arief
Nasution

EC02

Indri Januarti / Eka
Mulyana

EC04

Mahsyuri / Hanni

EC05

R. Kurnia
Jatuningtyas

EC06

Sarjana

EE01

Dian Maharso
Yuwono

EE02

Fairuz Indana

EH01

Forita Dyah

FE02

Kusnandar

FE04

Retno Budhiati

FE05

Suyono

IC01

Hasbullah Syaf

Induksi
Keragaman
Genetik
Melalui Iradiasi Sinar Gamma
pada Berbagai Benih Klon Kakao
Asal Sulawesi Selatan
Karakteristik Sosial Ekonomi
Wanita Tani dan Model Ketahanan
Pangan Rumah Tangga Petani Padi
Rawa Lebak Di Kecamatan
Pemulutan, Kabupaten Ogan Ilir,
Sumatera Selatan
Faktor
Yang
Mempengaruhi
Produksi Kedelai di Kabupaten
Bantul
Tingkat Penerapan Teknologi
Budidaya Kedelai di Kabupaten
Wonogiri
Peluang Peningkatan Produksi
Kedelai Ditinjau dari Aspek
Kelayakan Usahatani dan Pola
Pengambilan Keputusan Petani
Dukungan
Feati
pada
Pengembangan Agribisnis Ternak
Kambing-Domba di Jawa Tengah
Ekonomi Rumah Tangga Petani
Tambak
Rumput
Laut
di
Kabupaten Brebes
Prospek Pengembangan Kentang
dan
Permasalahannya
di
Kabupaten Banjarnegara
Strategi Pengelolaan Sumberdaya
Perikanan Berbasis Ekosistem
Strategi Peningkatan Konsumsi
Ikan di Kota Tegal sebagai Upaya
Kedaulatan Pangan
Model Korelasi Persepsi dan
Partisipasi Masyarakat dengan
Degradasi Mangrove Di Wilayah
Pantai Kabupaten Brebes
Evaluasi Lahan untuk Peruntukan
Tanaman Pangan pada Tanah
Timbunan Luapan Banjir Berulang
Di Konda, Konawe Selatan,
Sulawesi Tenggara

........234-239

........240-244

........245-250

........251-256

........257-266

........267-271

........272-277

........278-283
........284-298

........299-308

........309-314

........315-322

vi

IC02

Hendy Hendro

IC03

Siti Nurul Rofiqo
Irwan

IC04

Tri Jaka Kartana

IP01

Taufan Alam

KC01

Ali Pramono

KC02

Aribawa / SAN
Aryawati

KC03

Eni Yulianingsih

KC04

Mulyono Nitisapto

KC06

Sri Karyaningsih

KE01

MC01

MC03

Hadi Supriyo

Agus Bakar
Rachman

Nurdeana /
Mahargono

Pemetaan Lahan Kritis sebagai
Landasan
Meningkatkan
Produktivitas
Lahan
untuk
Penyediaan dan Ketahanan Pangan
dengan Menggunakan Pendekatan
Spasial Temporal Di Kawasan
Muria
Perkotaan dan Ketahanan Pangan:
Pengembangan Lanskap Produktif
Berkelanjutan di Perkotaan
Strategi Pengelolaan Terpadu
Waduk
sebagai
Kawasan
Agrohidroekowisata Berwawasan
Lingkungan dan Berkelanjutan
Berbasis Permodelan Spasial
Optimasi Produk Cengkeh Sistem
Agroforestri
Di
Pegunungan
Menoreh
Neraca Karbon pada Sistem
Pertanian
Bioindustri
Berkelanjutan di Lahan Tadah
Hujan
Penggunaan Sistem Informasi
Kalender Tanaman Terpadu untuk
Antisifasi Perubahan Iklim pada
Tanaman Padi di Kabupaten
Tabanan Bali
Emisi CH4 dan N2O pada Musim
Tanam
Walik
Jerami
dan
Gogorancah di Lahan Sawah
Tadah Hujan
Pengaruh Pemanasan Global dan
Perubahan Iklim terhadap Kearifan
Lokal
Dampak Perubahan Iklim terhadap
Kegiatan Pertanian
Pemetaan Indeks Potensi Lahan
Di
Kawasan Muria Berbasis
Sistem Informasi Geografis (Sig)
Tingkat Penggunaan Persentase
Pati Gembili (Dioscorea aculeata
L.) pada Sifat Fisik dan
Akseptabilitas Nugget Ayam
Pengaruh
Pengukusan
Serta
Penambahan Tepung Ketan dan
Tepung Beras terhadap Tekstur
dan Uji Hedonik Dodol Pisang

........323-329

........330-335

........336-343

........344-351

........352-356

........357-362

........363-367

........368-382
........383-388

........389-392

........393-398

........399-405
vii

MC05

Sri Sudarwati

MC06

Sri Sudarwati

MC07

Yeyen Prasetyaning
Wanita

MC08

Yeyen Prasetyaning
Wanita

ME02

Yennita Sihombing

P02

Yullianida

P03

Marida Santi YIB

P06

Sri Wahyuningsih

P07

Sularno

P09

Nurjaya

P10

Yulis Hindarwati

Inovasi Teknologi Pengolahan
Bahan
Pangan
Sumber
Karbohidrat Non Beras dalam
Mendukung Ketahanan Pangan di
Kalimantan Timur
Pengaruh Teknologi Pengolahan
Pisang
terhadap
Tingkat
Penerimaan
Konsumen
dan
Analisa Usaha Taninya
Pengaruh Penambahan Gelatin
terhadap Mutu dan Penerimaan
Konsumen pada Permen Jelly
Srikaya (Annona squamona)
Fortifikasi Tepung Beras Hitam
dalam
Pembuatan
Cendol
Ganyong (Canna edulis) sebagai
Pangan Fungsional
Pengaruh
Jumlah
Tepung
Campuran
dan
Natrium
Tripoliphosfhat terhadap Mutu
Bakso Daging Sapi
Observasi Galur Padi Gogo
Toleran Keracunan Alumunium
dan Tahan Penyakit Blas Leher di
Lahan Kering Masam
Evaluasi Ketahanan Galur-Galur
Kedelai
terhadap
Penggerek
Polong,
Etiella
zinckenella
Treitsche (Lepidoptera: pyralidae)
Budidaya Berkelanjutan Aneka
Ubi Guna Mewujudkan Ketahanan
Pangan Mandiri dan Berdaulat
Kontribusi Varietas Unggul Baru
dalam Usahatani Padi untuk
Meningkatkan
Produksi
dan
Pendapatan
Pembandingan Efektivitas Pupuk
NPK Majemuk 15-7-8 dengan
Pupuk NPK Tunggal terhadap
Pertumbuhan dan Hasil Tanaman
Padi Sawah
Identifikasi Logam Berat Cd pada
Tanah dan Gabah
di Lokasi
Pengembangan
Padi
Organik
Kabupaten Semarang

........406-411

........412-417

........418-424

........425-430

........431-436

........437-442

........443-449

........450-461

........462-467

........468-473

........474-478

viii

P11

M. Hidayanto

P12

M. Hidayanto

P14

Budi Kurniawan.

P15

Suyono

P24

Dian Adi Anggraeni

P25

Ninik Umi Hartanti

P28

Suharyanto

P29

Suharyanto

P30

Atang Muhammad
Safei

P31
P32

P33

Nyoman Ngurah
Arya
Kusnandar dan
Endang Siti Rahayu
Atang Muhammad
Safei

Pengelolaan
Lahan
Bekas
Penambangan Batubara untuk
Pengembangan Ubi Jalar
Optimalisasi Pemanfaaan Lahan
Pekarangan untuk Mendukung
Kecukupan Sayuran Keluarga di
Kabupaten Paser
Strategi Pengelolaan Terpadu
Waduk/Bendungan
sebagai
Kawasan
Agrohidroekowisata
Berwawasan Lingkungan dan
Berkelanjutan
Berbasis
Permodelan Spasial.
Teknologi Sederhana Peredam
Gelombang
Laut
untuk
Optimalisasi Reboisasi Mangrove
Di Pantai Kabupaten Brebes
Propinsi Jawa Tengah
Formulasi
Produk
Keripik
Simulasi dari Tepung Komposit
Keladi dan Ubi Jalar dan Analisis
Usaha Pengolahannya
Kemampuan Daya Apung Pelet
dengan
Teknik
Fermentasi
Bersumber Bahan Nabati Yang
Berbeda
Efektivitas
Kebijakan
Harga
Pembelian Pemerintah (HPP)
Gabah Kering Panen (GKP) di
Provinsi Bali Tahun 2010-2013
Analisis
Ketahanan
Pangan
Rumahtangga Petani (Modifikasi
Metode Jonsson And Toole dengan
Pendekat
Analisis
Ordered
Logistic)
Kajian
Hubungan
Penyuluh
Pertanian dengan Peningkatan
Produktivitas Padi di Kabupaten
Tasikmalaya
Ketersediaan dan Kebutuhan Beras
di Provinsi Bali
Analisis Kelembagaan Primkopti
dalam Rantai Pasok Kedelai di
Kabupaten Grobogan
Preferensi Teknologi Petani pada
Pendampingan Model Kawasan
Rumah Pangan Lestari (M-KRPL)
di Kota Tasikmalaya

........479-483

........484-488

........489-496

........497-502

........503-508

........509-514

........515-520

........521-527

........528-532
........533-538

........539-546

........547-552
ix

P34

Endang Siti Rahayu

P35

Sri Mulyani

P36

Nila Prasetiaswati

P38

Sri Minarsih

P40

Siti Muzaiyanah

PC02

Asikin

PC03

Asikin

PC04

Dina Istiqomah

PC06

Hafiz Fauzana

PH04

Gunawan

PH05

Indratin / Sri
Wahyuni

PH06

Tri Joko

Model Pemberdayaan Masyarakat
Berbasis Kerajinan Kaligrafi Kulit
Kambing
sebagai
Strategi
Pengembangan Industri Kreatif
dan Produk Unggulan Lokal di
Kabupaten Sukoharjo
Strategi Pengelolaan Sumberdaya
Perikanan Berbasis Ekosistem
Preferensi Petani Lahan Kering
Masam terhadap Calon Varietas
Unggul Kedelai Berbiji Besar Di
Kalimantan Selatan dan Lampung
Timur
Penerapan
Rekomendasi
Pemupukan Hara Spesifik Lokasi
Berbasis Web (PHSL On Line)
sebagai Upaya Menghemat Biaya
Pemupukan di Kabupaten Klaten
Pengendalian Gulma Efisien pada
Tanaman Kedelai (MK II) di
Banyuwangi
Biopestisida sebagai Kearifan
Lokal dalam Menunjang Pertanian
Organik
Pengendalian Serangga Hama
Utama Padi Ramah Lingkungan di
Lahan Rawa Pasang Surut
Keefektifan Bakteri Endofit dalam
Meningkatkan
Pertumbuhan
Tanaman Jagung secara In Vitro
Efikasi Abu Terbang Batubara
terhadap Wereng Batang Padi
Coklat (Nilaparvata lugens)
Toksisitas Campuran Ekstrak
Barringtonia asiatica L. (Kurz)
(Lecythidaceae) dengan Tiga Jenis
Ekstrak
Tumbuhan
terhadap
Spodoptera litura F. (Lepidoptera:
Noctuidae).
Penurunan Konsentrasi Residu
Heptaklor dengan Urea Arang
Aktif Yang Diperkaya Mikroba
pada Lahan Sayuran
Deteksi
Molekular
Bakteri
Penyebab Penyakit Busuk Lunak
pada
Anggrek
Menggunakan
Teknik
Polymerase
Chain
Reaction

........553-559
........560-573

........574-588

........589-595

........596-603

........604-609

........610-618

........619-626

........627-631

........632-636

........637-642

........643-648
x

PH08

Utik Windari

PP01

Danar Dono

PP03

Tri Harjaka

RC01

Mohd Harisudin

RC02

Sri Peni
Wastutiningsih

RC04

Evi Nurifah J

RC05

Hano Hanafi /
Suradal

RC08

Partoyo

RC11

Sri Marwanti

RE01

Aris Slamet Widodo

RE02

Gontom C Kifli

RE03

Nyoman Ngurah
Arya

Insidensi Penyakit Bacterial Fruit
Blotch pada Melon Di Daerah
Istimewa
Yogyakarta
dan
Sekitarnya
Pengendalian
Ceratovacuna
lanigera dengan Formula Ekstrak
Biji
Barringtonia
asiatica
(Lecythidiceaea)
Pengaruh Kelembaban Tanah
terhadap Infeksi Jamur Patogen
Serangga pada Lepidiota Stigma
Rekomendasi
Strategi
Pengembangan Agribisnis Jagung
di Kabupaten Grobogan, Propinsi
Jawa Tengah
Kebijakan Setengah Hati Pangan
Lokal
untuk
Mendukung
Ketahanan
Pangan:
Kasus
Kabupaten Lombok Barat
Kajian Variabel Kebijakan Internal
dan Eksternal Menggeser Kurva
Penawaran pada Keseimbangan
Pasar Beras Domestik dengan
Pendekatan Duality
Kajian
Karakteristik
dan
Kelembagaan
Penangkar
Produsen Benih Padi dalam
Mendukung Kedaulatan Pangan Di
Daerah Istimewa Yogyakarta
Pengembangan Sistem Informasi
Spasial Berbasis Desa untuk
Mendukung Penguatan Ketahanan
Pangan Di DIY
Peran Kelembagaan Lokal Bagi
Inovasi
Kreatif Pengolahan
Pangan Berbasis Umbi-Umbian
untuk
Penguatan Kedaulatan
Pangan di Karanganyar
Efisiensi
Teknis
Usahatani
Konservasi Lahan Pantai di
Kabupaten Bantul
Pengembangan Model Adopsi
Inovasi
Melalui
Jaringan
Komunikasi
Kelayakan Finansial Usahatani
Kambing Peranakan Ettawa dalam
Sistem Integrasi Tanaman-Ternak

........649-654

........655-660

........661-665

........666-672

.......673-680

........681-686

........687-694

........695-701

........702-705

........706-712

........713-718

........719-724
xi

RH02

Susi Wuri Ani

RP02

Yuhan FM

RP03

Eka N J

SC01

Ahmad Suriadi

SC02

Ani Susilawati

SC04

Cicik Oktasari

SC05

Cicik Oktasari

SC06

Eni Maftu’ah

SC07

Poniman

SC09

Sukarjo

SC10

Terry Ayu Adriany

SC11

Yulia Raihana

SH01

SP01

Joko Pramono

Murni Handayani

Pengembangan
Kawasan
Agribisnis Kunyit di Kabupaten
Karanganyar
Kelembagaan Pasar Lelang Cabai
Merah di Kecamatan Panjatan
Kabupaten Kulon Progo
Konsolidasi Lahan Pertanian Pasir
Pantai di Kecamatan Panjatan
Kabupaten Kulon Progo
Pengkajian Aplikasi Pengairan
Basah-Kering untuk Meningkatkan
Produktivitas Padi Sawah di NTB
Sifat Fisika Tanah di Guludan
pada Sistem Surjan Tanah Sulfat
Masam
Dinamika Logam Berat Co dan Zn
Berdasarkan Bahan Induk Tanah di
Sawah Tadah Hujan Kabupaten
Jombang
Karakteristik Bahan Induk Tanah
di Lahan Sawah Kabupaten
Jombang
Pengaruh Biochar terhadap Sifat
Kimia Tanah dan Pertumbuhan
Padi di Lahan Sulfat Masam
Peningkatan Hasil dan Mutu Padi
Sawah
melalui
Pengendapan
Limbah Cair Tapioka (LCT)
Keterkaitan Kandungan Mn dan
Zn Total dalam Tanah terhadap
Kandungannya dalam Beras
Pengaruh Pemberian Amelioran
pada Tanah Gambut Yang
Disawahkan
terhadap
Emisi
Metana (CH4)
Peranan Pengaturan Air dan
Permupukan di Lahan Gambut
Pasang Surut Bagi Tanaman Padi
Kajian Pemupukan Urea Berlapis
Bahan Penghambat Nitrifikasi
pada Budidaya Jahe (Zingiber
officinale Rosc.)
Kajian Sifat Fisik-Kimia Andisol
Di Bawah Tegakan Tanaman Teh
dengan Tingkat Kerapatan Yang
Berbeda

........725-729

........730-735

........736-739

........740-744

........745-750

........751-756

........757-762

........763-769

........770-775

........776-780

........781-786

........787-794

........795-800

........801-805

xii

SP02

SP03

SP04

SP05

TC02

TH01
TH02

TH03

TH04

TH05

TH06

Rahmah Dewi
Yustika

Penggunaan Teknik Konservasi
Penanaman Menurut Kontur dan
Agroforestri untuk Mencegah
Degradasi Tanah
Ratri Noorhidayah
Kajian Sifat Fisik dan Kimia Tujuh
Ordo Tanah Yang Tersebar di
Jawa Tengah dan D.I. Yogyakarta
Suci HandayaniErodibilitas Tanah Di Kecamatan
Hibah
Patuk
dan
Gedangsari,
Gunungkidul
Triyani Dewi
Kemampuan Azotobacter dan
Fungi Mikoriza Arbuskula dalam
Menurunkan Konsentrasi Timbal
dan Kadmium pada Tanah Oleh
Tanaman Haramay (Boehmeria
Nivea Gaud)
Endah Wahyurini
Pengaruh Benzil Amino Purin dan
Sukrosa terhadap Pertumbuhan
Embrio
Kedelai
Edamame
(Glycine max) Secara In Vitro
Agus Sutanto
Bakteri Indigen Bioremediator
Limbah Cair Nanas
Christina L. Salaki
Deteksi Keanekaragaman Gen Cry
dan Morfologi Kristal Protein
Bacillus thuringiensis Indigenous
Indonesia Yang Potensial sebagai
Kandidat Biopestisida Ramah
Lingkungan
terhadap
Hama
Tanaman Kubis
Dyah Weny Respatie Pertumbuhan dan Kandungan
Flavonoid Daun Sirsak (Annona
muricatalinn) pada Perlakuan
Macam Pupuk Organik
Rahayu
Pengaruh Benzyl Amino Purine
Triatminingsih
(BAP) dan Polyethylene Glycol
(PEG) terhadap Pembentukan
Embrio Somatik Durian secara In
Vitro
Rita Elfianis
Uji Ekspresi Artemisinin pada
Artemisia
Cina
dengan
Menggunakan
Reverse
Transcriptase-Polymerase Chain
Reaction (RT-PCR)
Tantri Swandari
Deteksi Keberadaan Gen Terkait
Antosianin
dan
Asosiasinya
terhadap Kualitas Buah Cabai
(Capsicum spp.)

........806-810

........811-819

........820-826

........827-832

........833-838
........839-846

........847-852

........853-857

......858-862

.....863-869

......870-875
xiii

KEEFEKTIFAN BAKTERI ENDOFIT DALAM
MENINGKATKAN PERTUMBUHAN TANAMAN
JAGUNG SECARA IN VITRO
Dina Istiqomah dan Tri Joko
Program Studi Fitopatologi, Program
Pascasarjana, Fakultas Pertanian
UGM (dinasti.1990@yahoo.co.id)
ABSTRAK
Jagung merupakan komoditas pangan alternatif karena memiliki potensi
untuk dikembangkan sebagai sumber karbohidrat dan bahan baku industri
olahan. Salah satu kendala utama produksi jagung adalah serangan patogen
yang dapat menurunkan kualitas dan produktivitas tanaman, sehingga perlu
teknologi yang dapat meningkatkan kualitas tanaman jagung. Bakteri endofit
yang telah banyak diteliti dilaporkan dapat meningkatkan pertumbuhan dan
ketahanan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keefektifan
bakteri endofit dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman jagung secara in
vitro. Sebanyak tiga isolat bakteri endofit (AKOC1, DnAr4 dan Ea9)
diaplikasikan pada plantlet jagung dalam bentuk suspensi, dengan kombinasi
perlakuan sebagai berikut: 1) perendaman biji jagung dalam larutan
desinfektan NaOCl 0,5%; 2) tanpa perendaman dalam larutan desinfektan
NaOCl 0,5%; 3) dengan pemotongan ujung akar; 4) dengan penuangan
suspensi bakteri pada 1 hari setelah tanam dan 5) penambahan triptofan 0,01%
pada medium agar. Medium pertumbuhan plantlet jagung menggunakan
medium agar + Tryptic soy broth 0,01%. Variabel yang diamati meliputi tinggi
tanaman, berat basah dan kering tajuk, berat basah dan kering akar, serta
keberadaan jamur kontaminan. Hasil penelitian menunjukkan isolat DnAr4 yang
diperlakukan dengan penuangan suspensi 1 hari setelah tanam menunjukkan
hasil terbaik dengan peningkatan tinggi tanaman sebesar 47,69%, berat basah
tajuk 68,09%, berat basah akar 62,9%, berat kering tajuk 35,19% dan berat
kering akar sebesar 52,93%. Namun demikian, semua isolat tidak mampu
menekan pertumbuhan jamur kontaminan.
Kata kunci: bakteri endofit; keefektifan; jagung; pertumbuhan in vitro
Pendahuluan
Jagung merupakan komoditas pangan alternatif karena memiliki potensi
untuk dikembangkan sebagai sumber karbohidrat dan bahan baku industri
olahan. Program diversifikasi pangan mulai mengarahkan kebiasaan konsumsi
beras kepada jagung dan singkong. Selain itu, untuk mengantisipasi krisis
energi, masyarakat dunia mulai terbuka pada pemanfaatan jagung sebagai
sumber energi alternatif.
Laju peningkatan produksi jagung di Indonesia relatif masih lamban, di
sisi lain kebutuhan jagung sebagai bahan baku industri pangan dan pakan
mengalami peningkatan yang lebih cepat. Menurut data statistik, produksi
jagung pada tahun 2013 (ASEM) turun sebesar 0,88 juta ton (4,54 %) dibanding
tahun 2012. Penurunan produksi ini diakibatkan karena penurunan luas lahan.
(Anonim, 2014). Penurunan produktivitas jagung juga diakibatkan oleh penyakit
(Sumartini dan Hardaningsih, 1995 cit. Surtikanti, 2011).
Teknologi yang ramah lingkungan sangat diperlukan untuk
meningkatkan produktivitas dan kualitas tanaman jagung. Beberapa penelitian
melaporkan bahwa inokulasi bakteri endofit dapat meningkatkan pertumbuhan

619

tanaman. Bakteri endofit merupakan bakteri yang berada dalam jaringan
tanaman tanpa menimbulkan gejala penyakit (Zinniel et al. 2002).
Kemampuan bakteri endofit dalam menyediakan hara, memproduksi hormon
IAA (indole-3- acetic acid), menghasilkan enzim ekstraseluler, produksi sianida,
pelarut pospat dan aktivitas fluoresensi (Munif, 2001). Hasil penelitian Tarabily
(2003) juga menyebutkan bakteri endofit yang diisolasi dari akar jagung dapat
dimanipulasi untuk meningkatkan produktivitas tanaman jagung.
Berdasarkan alasan tersebut, perlu dilakukan lebih banyak penelitian
terhadap bakteri endofit yang berpotensi meningkatkan kualitas dan
produktivitas tanaman jagung dengan berbagai kombinasi perlakuan.
Metode Penelitian
Pengujian untuk mengetahui keefektifan bakteri endofit terdiri dari 5
perlakuan, yaitu: 1) perendaman biji jagung dalam larutan desinfektan NaOCl
0,5%; 2) tanpa perendaman dalam larutan desinfektan NaOCl 0,5%; 3) dengan
pemotongan ujung akar; 4) dengan penuangan suspensi bakteri pada 1 hari
setelah tanam dan 5) penambahan triptofan 0,01% pada medium agar.
Biji jagung dikecambahkan selama 4 hari dalam cawan petri yang
telah dialasi kertas saring dan dibasahi air steril hingga lembap. Perlakuan biji
jagung yang didisinfeksi larutan NaOCl 0,5% dilakukan dengan cara merendam
biji jagung pada larutan NaOCl 0,5% selama 30 menit sebelum dikecambahkan.
Ketiga isolat bakteri yang telah ditumbuhkan pada medium YPA 2%
selama 48 jam, diambil koloni tunggal dan diperbanyak pada medium YPB
dengan digojok selama 24 jam, disentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm
selama 10 menit untuk mendapatkan pellet bakteri. Kemudian pellet bakteri
disuspensikan dengan aquades steril hingga 25 mL untuk merendam biji
jagung yang sudah berkecambah selama 1 jam (5 biji untuk tiap suspensi
bakteri), ditiriskan dan ditumbuhkan pada tabung reaksi yang telah berisi
medium agar + Tryptic Soy Broth 0,01% dan untuk perlakuan penambahan
triptofan ditumbuhkan pada media agar + Tryptophan 0,01% selama tujuh
hari dalam ruang kultur pada suhu ruang. Perlakuan pemotongan akar
dilakukan dengan cara memotong ujung akar sebelum direndam dalam
suspensi bakteri dan perlakuan dengan penuangan, suspensi bakteri dituang
dengan menggunakan mikropipet sebanyak 100 µL di media agar pada 1 hari
setelah tanam. Sedangkan untuk tanaman kontrol tanpa perlakuan apapun.
Tinggi tanaman dan keberadaan jamur kontaminan diamati setiap hari
selama tujuh hari, penimbangan berat basah tajuk dan akar pada hari ke tujuh
dan penimbangan berat kering tajuk dan akar dilakukan setelah tanaman
dioven pada suhu 70 ºC - 90 ºC selama 2 hari hingga mencapai berat
konstan.

620

Hasil Dan Pembahasan
A. Isolat bakteri yang dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman.
Hasil penelitian menunjukkan tanaman jagung in vitro yang
diinokulasi bakteri endofit mengalami peningkatan tinggi tanaman
dibandingkan kontrol (Gambar 1.)
a

c

b

A

D

E

K

A

D

E

K

d

A D E

K

e

A

D E K

A

Gambar 1. Tinggi tanaman jagung dengan perlakuan: a. perendaman biji
jagung dalam larutan desinfektan NaOCl 0,5%; b. tanpa perendaman
larutan desinfektan NaOCl 0,5%; c. dengan pemotongan ujung akar; d.
dengan penuangan suspensi bakteri pada 1 hari setelah tanam dan e.
dengan penambahan triptofan 0,01% pada media agar. (A: AKOC1; D:
DnAr4; E: Ea9 dan K: Kontrol)
Menurut Sitompul dan Guritno (1995), tinggi tanaman merupakan
ukuran pertumbuhan yang mudah diamati sebagai indikator pertumbuhan.
Grafik pertumbuhan (Gambar 2.) menunjukkan bahwa aplikasi bakteri endofit
pada plantlet jagung dapat meningkatan tinggi tanaman. Kecuali pada
perlakuan pemotongan akar dan penuangan suspensi bakteri pada 1 hst,
laju pertumbuhan isolat Ea9 lebih rendah dibandingkan dengan kontrol.

Gambar 2. Grafik laju peningkatan tinggi tanaman tiap perlakuan.
Tinggi tanaman pada perlakuan dengan perendaman larutan
desinfektan NaOCl 0,5% tertinggi diperoleh dari tanaman jagung yang
diinokulasi isolat DnAr4 sebesar 189,06%, sedangkan AKOC1 sebesar
62,5% dan Ea9 112,5%. Pada perlakuan tanpa perendaman larutan NaOCl
0,5%, tinggi tanaman berturut- turut oleh isolat DnAr4 sebesar 170,25%,
AKOC1 163,64% dan Eag 96,69%. Dengan demikian tidak ada perbedaan
antara perlakuan dengan perendaman larutan desinfektan NaOCl 0,5%
dengan yang tanpa dilakukan perendaman.

621

D

E K

Pada perlakuan dengan pemotongan ujung akar, isolat DnAr4
memberikan peningkatan sebesar 52,28% dan AKOC1 sebesar 12,36%,
sementara Ea9 menunjukkan hasil yang lebih rendah 2,66% dibandingkan
dengan kontrol. Hal tersebut disebabkan tanaman kontrol dapat
memanfaatkan hara yang tersedia secara efisien untuk membentuk akarakar lateral meskipun tanpa inokulasi bakteri. Terbentuknya akar-akar lateral
tersebut akan meningkatkan jumlah akar sehingga sebaran akar akan lebih
luas dan serapan hara akan lebih optimal (Gardner et.al., 1991).
Penuangan suspensi bakteri pada 1 hari setelah tanam hanya
memberikan peningkatan tinggi tanaman pada tanaman yang diinokulasi
isolat DnAr4 sebesar 47,69%. Isolat AKOC1 lebih rendah 4,22% dan Ea9
20,89% dari kontrol. Rendahnya laju pertumbuhan pada kedua isolat tersebut
diakibatkan sel- sel bakteri kurang aktif menjangkau perakaran tanaman
jagung atau mengalami degenerasi selama belum menjangkau perakaran.
Peningkatan tinggi tanaman pada tanaman jagung yang diinokulasi
bakteri endofit disebabkan oleh hormon IAA. Hasil penelitian Ngoma et.al
(2013) dan Saylendra (2013) juga membuktikan bahwa bakteri endofit yang
diisolasi dari perakaran jagung dapat merangsang pertumbuhan akar lateral,
akar adventif, akar primer dan menghasilkan hormon pertumbuhan sehingga
tanaman dapat tumbuh lebih baik. Triptofan merupakan prekursor
pembentukan hormon IAA. Oleh karena itu, penambahan triptofan pada
medium agar bertujuan agar bakteri dapat menggunakan triptofan yang
tersedia untuk disintesis dalam pembentukan IAA, sehingga terlihat dalam
grafik (Gambar 2.) bahwa tinggi tanaman perlakuan lebih tinggi dari kontrol.
B. Pengaruh bakteri endofit terhadap berat basah dan kering tanaman.
Berat basah dan kering tanaman sering digunakan untuk
menganalisis pertumbuhan tanaman. Berat basah merupakan total berat
tanaman yang menunjukkan hasil aktivitas metabolik tanaman, sedangkan
berat kering merupakan hasil penimbunan hasil bersih asimilasi CO2
(Salisbury dan Ross, 1995).
Berdasarkan hasil penelitian, inokulasi bakteri endofit pada
tanaman jagung dapat meningkatkan berat basah tajuk dan akar serta berat
kering tajuk dan akar (Gambar 3.)

622

Gambar 3. Berat basah dan berat kering tanaman tiap perlakuan.
Hampir semua perlakuan menunjukkan pengaruh bakteri endofit
terhadap peningkatan berat basah dan kering. Akan tetapi, pada isolat DnAr4
yang diperlakukan dengan perendaman biji dalam larutan NaOCl 0,5%
menunjukkan berat basah akar yang 6,05% lebih rendah dari kontrol. Berat
basah akar tanaman jagung yang dipotong akarnya yang diinokulasi isolat
Ea9 mempunyai berat 14,49% lebih rendah dari kontrol. Hal ini disebabkan
karena air dan hara yang diserap oleh akar tidak efisien untuk disintesis
menjadi asimilat guna meningkatkan pertumbuhan tajuk. Sedangkan pada
berat basah akar yang lebih rendah diduga akar tidak efisien dalam menyerap
hara, tetapi pertumbuhan tajuk lebih dipengaruhi oleh rangsangan bakteri
endofit yang dapat menghasilkan IAA.
Mekanisme kerja IAA dalam perpanjangan sel adalah IAA mendorong
elongasi sel- sel pada koleoptil dan ruas- ruas tanaman pada arah vertikal,
diikuti dengan pembesaran sel dan meningkatnya bobot basah karena
meningkatnya pengambilan air oleh sel tersebut (Spaepen et al., 2007) .
Akumulasi bahan kering mencerminkan kemampuan tanaman dalam
mengikat energi dari cahaya melalui proses fotosintesis, serta interaksinya
dengan faktor-faktor lingkungan lainnya.
Berdasarkan pengaruhnya terhadap pertumbuhan tanaman, isolat
DnAr4 dapat meningkatkan semua variabel pertumbuhan dengan perlakuan
penuangan suspensi bakteri pada 1 hari setelah tanam. Peningkatan tinggi
tanaman sebesar 47,69%, berat basah tajuk 68,09%, berat basah akar
62,9%, berat kering tajuk 35,19% dan berat kering akar sebesar 52,93%.
C. Pengaruh bakteri endofit terhadap keberadaan jamur kontaminan.
Perlakuan perendaman dengan larutan desinfektan NaOCl 0,5% tidak
memberikan hasil yang berbeda dengan perlakuan tanpa disinfeksi dan
perlakuan lainnya, yaitu masih adanya jamur yang mengkontaminasi
tanaman jagung in vitro.

Gambar 4. Uji antagonisme bakteri endofit terhadap jamur yang
mengkontaminasi tanaman jagung in vitro.

623

Namun demikian, ketika dilakukan uji antagonisme ketiga isolat
dengan jamur kontaminan menunjukkan zona hambat (Gambar 3). Hal ini
diduga sel-sel bakteri yang telah masuk ke dalam sel tanaman lebih
berperan dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman dibandingkan
menekan jamur kontaminan.
Kesimpulan
1. Inokulasi bakteri endofit pada tanaman jagung secara in vitro dapat
meningkatkan pertumbuhan tanaman. Isolat bakteri endofit terbaik adalah
isolat DnAr4 yang diperlakukan dengan penuangan suspensi bakteri
pada 1 hari setelah tanam dengan peningkatan tinggi tanaman sebesar
47,69%, berat basah tajuk 68,09%, berat basah akar 62,9%, berat kering
tajuk 35,19% dan berat kering akar sebesar 52,93%.
2. Inokulasi bakteri endofit tidak mampu menekan keberadaan jamur
kontaminan pada media kultur.
Daftar Pustaka
Anonim, 2014. Produksi Padi, Jagung dan Kedelai (Angka Sementara tahun 2013).
Badan Pusat Statistik
Gardner, F.P., R.B. Pearce dan R.L. Mitchell. 1991. Fisiologi Tanaman Budidaya.
(Physiology of Crop Plants, alih bahasa: H. Susilo). Universitas Indonesia
Press, Jakarta.
Munif A. 2001. Study on the importance of endophytic bacteria for the biological
control of the root-knot nematode Meloidogyne incognita on tomato [disertasi].
Bonn: Doktor der Agrarwissenschaften. Rheinischen Freidrich- WilhelmsUniversitat.
Ngoma, L., Boipelo E. dan Olubukola O. B. 2013. Isolation and characterization of
beneficial indigenous endophytic bacteria for plant growth promoting activity in
Molelwane Farm, Mafikeng, South Africa. African Journal of Biotechnology.
Salisbury, F. B. Dan C. W. Ross. 1995. Fisiologi Tumbuhan, Jilid 3. Penerbit ITB.
Bandung.
Saylendra, A dan Fitria D. 2013. Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. asal endofit akar
jagung (Zea mays l.) yang berpotensi sebagai pemacu pertumbuhan
tanaman. Jurnal Ilmu Pertanian dan Perikanan. Vol. 2 No.1 : 19-27
Sitompul, S.M dan B. Guritno. 1995. Analisis Pertumbuhan Tanaman. Gadjah Mada
University Press, Yogyakarta.
Spaepen, S., Jos, V., Roseline, R. 2007. Indole-3-Acetic Acid in Microbial and
Microorganism Plant Signaling. Departemen of Microbial and Molecular
Systems. Centre of Microbial and Plant Genetics: Belgium.
Sumartini dan Hardaningsih S., 1995. Penyakit - penyakit Jagung dan
Pengendaliannya. dalam Surtikanti. 2011. Hama dan Penyakit Tanaman
Jagung dan Pengendaliannya. Balai Penelitian Tanaman Serealia.
Tarabily, K., A. H. Nassar., K. Sivasithamparam. 2003. Promotion Of Plant Growth
By An Auxin-Producing Isolate Of The Yeast Williopsis Saturnus Endophytic
In Maize Roots. The Sixth U. A. E University Reasearch Conference: 60-69.
Zinniel DK, Lambrecht P, Beth Harris N, Feng Z, Kuczmarski D, Higley P, Ishimaru
CA, Arunakumari A, Barletta RG, Vidaver AK. 2002. Isolation and
characterization of endophytic colonizing bacteria from agronomic crops and
prairie plants. Appl Environ Microbiol. 68(5):2198-2208.

626

DETEKSI MOLEKULAR BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT BUSUK LUNAK
PADA ANGGREK MENGGUNAKAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN
REACTION
Tri Joko* dan Nanda Kusumandari
Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada
*Corresponding email: tjoko@ugm.ac.id
ABSTRAK
Penyakit busuk lunak (PBL) yang disebabkan oleh bakteri patogen
merupakan salah satu penyakit yang sangat merugikan pada tanaman anggrek.
Kerugian akibat serangan patogen penyakit busuk lunak dapat mencapai 20–
50% dan sejauh ini merupakan faktor pembatas produksi anggrek di sentrasentra pertanian anggrek. Oleh karena itu keberadaan penyakit busuk lunak
anggrek perlu dideteksi secara akurat dan tepat sehingga dapat diketahui
penyebab utamanya. Penelitian ini bertujuan untuk (1) melakukan deteksi isolat
bakteri penyebab penyakit busuk lunak anggrek dengan PCR menggunakan
beberapa primer spesifik; (2) Mengetahui spesifitas primer yang digunakan untuk
deteksi isolat bakteri penyebab penyakit busuk lunak anggrek. Hasil penelitian
menunjukkan genus Pseudomonas dapat dideteksi dengan primer
fPs16S/rPs23S. Seluruh isolat dapat teramplifikasi dengan menggunakan primer
ADE1/ADE2 untuk deteksi Dickeya, tetapi terdapat beberapa pita DNA lain yang
juga muncul. Demikian pula primer Eca1f/Eca2R untuk deteksi Pectobacterium
atrosepticum dan primer Burk3/BurkR untuk deteksi Burkholderia dapat
mengamplifikasi pita DNA pada beberapa isolat, tetapi pita yang dihasilkan
memiliki ukuran yang tidak sesuai dengan DNA target. Primer Y1/Y2 untuk
deteksi Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum tidak dapat
mengamplifikasi DNA target pada semua isolat yang diuji.
Kata Kunci: Anggrek; penyakit busuk lunak; deteksi molekular; polymerase
chain reaction
Pendahuluan
Penyakit busuk lunak merupakan salah satu penyakit yang sangat
penting pada budidaya anggrek di Indonesia maupun di negara-negara penghasil
anggrek lain di dunia. Penyakit ini sulit dikendalikan karena proses
pembusukannya begitu cepat dan sulit terkendali, hal ini berkaitan dengan
adanya aktivitas enzim ekstraseluler yang diproduksi secara masif oleh bakteri
patogen penyebabnya (Joko et al. 2014). Penyakit busuk lunak juga diketahui
banyak menyerang anggrek yang dibudidayakan oleh pecinta anggrek dalam
skala rumah tangga (Joko et al. 2011).
Sampai saat ini bakteri yang diketahui menghasilkan berbagai isozim
dari enzim ekstraselular adalah dari genus Erwinia. Enzim-enzim ekstraselular ini
umumnya disekresikan melalui saluran Tipe II sistem sekresi (He et al. 1991).
Ekspresi gen yang berkaitan dengan proses sintesis dan sekresi enzim
ekstraselular serta faktor virulensi lainya tersebut diatur secara sistematis oleh
suatu gen yang dikenal sebagai gen regulator (Hugouvieux-Cotte-Pattat et al.
1996). Namun demikian, dengan perkembangan ilmu biologi molekular melalui
pendekatan fungsional genomik saat ini diketahui bahwa genus Erwinia telah
berkembang menjadi beberapa genus seperti Pantoea, Pectobacterium, dan
Dickeya meskipun masih ada yang tetap, seperti Erwinia amylovora dan Erwinia
tracheiphila (Samson et al. 2005). Demikian halnya dengan bakteri penyebab
penyakit busuk lunak, selain genus Erwinia yang sekarang telah berubah nama
dimungkinkan juga beberapa genus seperti Pseudomonas dan Burkholderia
643

merupakan patogen penyebab penyakit busuk lunak pada anggrek. Fu dan
Huang (2011) melaporkan bahwa bahwa Dickeya dadantii dan Pectobacterium
carotovorum subsp. carotovorum merupakan patogen utama penyebab penyakit
busuk lunak pada anggrek. Selain kedua patogen tersebut, Pseudomonas
marginalis, Pseudomonas viridiflava, dan Burkholderia gladioli juga dilaporkan
mampu menyebabkan penyakit busuk lunak pada anggrek (Gnanamanickam,
2006).
Metode Penelitian
A. Isolat bakteri busuk lunak dan pembiakannya
Sebanyak 30 isolat bakteri busuk lunak secara rutin dibiakkan dalam
media agar YPA (0,5% ekstrak yeast;1% polipepton; 1,5% agar) pada pH 6,8.
B. Isolasi DNA
Total genom bakteri diisolasi dengan teknik minipreparation DNA
isolation (Ausubel et al. 1990) dengan sedikit modifikasi.
C. Identifikasi Molekular dengan PCR menggunakan primer spesifik
DNA hasil ekstraksi diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan
primer spesifik. Ada lima pasang primer yang akan digunakan untuk deteksi
bakteri busuk lunak yaitu: (1) Primer spesifik untuk deteksi Pectobacterium
carotovorum
subsps.
carotovorum
(Y1
5’-TTACCGGACG
CCGAGCTGTGGCGT-3’ dan Y2 5’-CAGGAAGATGTCGTTATCGCGAGT-3’)
(Darrasse et al. 1994) yang akan mengamplifikasi DNA dengan berat molekul
434 bp, (2) Primer spesifik untuk deteksi Pectobacterium atrosepticum (Eca1f
5'-CGGCATC ATAAAAACACG-3 dan Eca2R 5'-GCACACTTCATCCAGCGA3') (De Boer dan Ward, 1995) yang akan mengamplifikasi DNA dengan berat
molekul 690 bp, (3) Primer spesifik untuk deteksi Dickeya dadantii (ADE1 5’GATCAGAAAGCCCGCAG
CCAGAT-3’
dan
ADE2
5’CTGTGGCCGATCAGGATGGTTTTGTCGTGC-3') (Nassar et al. 1996) yang
akan mengamplifikasi DNA dengan berat molekul 420 bp, (4) Primer spesifik
untuk
deteksi
Pseudomonas
spp.
(fPs16S
5’ACTGACACTGAGGTGCGAAAGCG-3’
dan
rPs23S
5’ACCGTATGCGCTTCTTCACTTGACC-3’) (Locatelli et al. 2002) yang akan
mengamplifikasi DNA dengan berat molekul 1300 bp, dan (5) Primer specifik
untuk deteksi Burkholderia spp. (Burk3; 5’CTGCGAAAGCCGGAT3’ dan
BurkR; 5’TGCCATACTCTAGCYYGC3’) (Salles et al. 2002) yang akan
mengamplifikasi DNA dengan berat molekul 500 bp.
Hasil Dan Pembahasan
A. Spesifitas Primer untuk Deteksi PCR
1. Amplifikasi menggunakan primer Y1/Y2 untuk deteksi P. carotovorum
subsp. carotovorum.
Primer Y1/Y2 merupakan sepasang primer yang umum digunakan
untuk deteksi P. carotovorum subsp. Carotovorum, hasil PCR dapat dilihat
pada Gambar 1.

644

M

1

2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13 14 15

10 000
1000
500
100

M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
10 000

1000
500

100

Gambar 1. Hasil amplifikasi isolat bakteri busuk lunak menggunakan primer
Y1/Y2 pada reaksi PCR yang dielektroforesis pada 1% gel agarosa.
P. carotovorum subsp. carotovorum merupakan bakteri yang banyak
dilaporkan menyebabkan penyakit busuk lunak pada berbagai tanaman
pertanian termasuk tanaman hias. Dari hasil penelitian ini didapatkan
bahwa tidak ada isolat bakteri busuk lunak pada sampel tanaman anggrek
yang terdeteksi sebagai P. carotovorum subsp. carotovorum menggunakan
sepasang primer tersebut.
2. Amplifikasi menggunakan primer Eca1f/Eca2R untuk deteksi P.
atrosepticum.
Primer Eca1f/Eca2R merupakan sepasang primer yang umum
digunakan untuk deteksi P. atrosepticum, hasil PCR dapat dilihat pada
Gambar 2.
M1 1

2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13 14 15

1000
500
100

M2 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
10 000
1000
500
100

Gambar 2. Hasil amplifikasi isolat bakteri busuk lunak menggunakan primer
Eca1f/Eca2r pada reaksi PCR yang dielektroforesis pada 1% gel
agarosa.
P. atrosepticum merupakan salah satu spesies bakteri patogen
penyebab penyakit busuk lunak yang dilaporkan eksklusif menyerang
tanaman kentang. Pada penelitian ini meskipun terlihat ada pita DNA yang
muncul pada beberapa isolat, tetapi tidak spesifik pada berat molekul 690
bp yang merupakan target DNA dari P. atrosepticum.

645

3. Amplifikasi menggunakan primer Ade1/Ade2 untuk deteksi Dickeya spp.
Primer Ade1/Ade2 merupakan sepasang primer yang umum digunakan
untuk deteksi Dickeya spp., hasil PCR dapat dilihat pada Gamber 3.
M

1

2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13 14 15

1000
500

100

M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

1000
500
100

Gambar 3. Hasil amplifikasi isolat bakteri busuk lunak menggunakan primer
Ade1/Ade2 pada reaksi PCR yang dielektroforesis pada 1% gel
agarosa.
Dari hasil elektroforesis terlihat semua isolat mampu teramplifikasi
pita DNAnya pada kisaran di bawah 500 bp yang dekat dengan target DNA
sebesar 420 bp dari Dickeya spp. Ada kemungkinan homologi gen yang
menyandi enzim pektat liase terdapat pada semua isolat. Hasil penelitian
ini menunjukkan primer ADE1/ADE2 belum spesifik hanya terhadap isolat
Dickeya spp. karena seluruh isolat dapat teramplifikasi DNAnya.
4. Amplifikasi menggunakan primer fPs16S/rPs23S untuk deteksi
Pseudomonas spp.
Primer fPs16S/rPs23S merupakan sepasang primer yang umum
digunakan untuk deteksi Pseudomonas spp., hasil PCR dapat dilihat pada
Gambar 4.
M

1

2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13 14 15

1000
500
100
M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

1000
500
100

Gambar 4. Hasil amplifikasi isolat bakteri busuk lunak menggunakan primer
fPs16S/rPs23S pada reaksi PCR yang dielektroforesis pada 1% gel
agarosa.
Dari hasil elektroforesis di atas terlihat isolat no 5, 6, 21, 22, 23, 24,
25, 26, 27, 29, dan 30 dapat teramplifikasi DNAnya menggunakan primer

646

fPs16S/rPs23S untuk deteksi Pseudomonas spp. Hasil penelitian ini
menunjukkan bahwa isolat-isolat tersebut kemungkinan merupakan
anggota dari genus Pseudomonas. Sebelumnya pernah dilaporkan bahwa
P. marginalis, P. cattleya, dan P. viridiflava merupakan anggota
Pseudomonas yang menyebabkan busuk lunak pada anggrek.
5. Amplifikasi menggunakan primer Burk3/BurkR untuk deteksi Burkholderia
spp.
Primer Burk3/BurkR merupakan sepasang primer yang umum
digunakan untuk deteksi Burkholderia spp., hasil PCR dapat dilihat pada
Gambar 5.
M

1 2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13 14 15

1000
500

100
M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
1000
500
100

Gambar 5. Hasil amplifikasi isolat bakteri busuk lunak menggunakan primer
Burk3/BurkR pada reaksi PCR yang dielektroforesis pada 1% gel
agarosa.
Beberapa spesies dari Burkholderia spp. dilaporkan sebagai patogen
busuk lunak pada anggrek sehingga pada penelitian ini digunakan sepasang
primer Burk3/BurkR untuk deteksi Burkholderia spp. Dari hasil penelitian terlihat
bahwa tidak ada pita spesifik pada berat molekul 500 bp yang merupakan target
DNA dari primer tersebut. Memang ada pita yang muncul dari beberapa isolat
tetapi tidak spesifik pada berat molekul tersebut sehingga dapat disimpulkan
tidak ada spesies Burkholderia spp. yang terdeteksi dari isolat bakteri busuk
lunak pada anggrek.
Kesimpulan
Primer ADE1/ADE2 dapat mengamplifikasi seluruh isolat bakteri
penyebab penyakit busuk lunak pada anggrek yaitu pada 420 bp, sedangkan
primer fPS16S/rPs23S dapat mengamplifikasi hanya sebagian isolat dan primer
yang lain tidak dapat mengamplifikasi pada DNA target.
Daftar Pustaka
Ausubel F.M, Brent R., Kingston R.E., Moore D.D., Seidman J.G., Smith J.A., Struhl K.
1990. Current Protocols in Molecular Biology. New York: Greene publishing
Associates and Wiley-Interscience.
Darrasse, A., Priou, S., Kotoujansky, A., & Bertheau, Y. 1994. PCR and restriction
fragment length polymorphism of a pel gene as a tool to identify Erwinia carotovora
in relation to potato diseases. Appl. Environ. Microbiol. 60: 1437−1443.

647

De Boer, S.H. and Ward, L.J. 1995. PCR detection of Erwinia carotovora subsp.
atroseptica associated with potato tissue. Phytopathol. 85: 854-858.
Fu, S.F. and H.J. Huang. 2011. Molecular Characterization of the Early Response of
Orchid Phalaenopsis Amabilis to Erwinia Chrysanthemi Infection. Orchid Biotech II.
Gnanamanickam, S.S. 2006. Plant-Associated Bacteria, page 42. University of Madras,
Chennai, India.
He, S. Y., Lindeberg, M., Chatterjee, A. K., Collmer, A. 1991. Cloned Erwinia
chrysanthemi out genes enable Escherichia coli to selectively secrete a diverse
family of heterologous proteins to its milieu. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:
10791083.
Hugouvieux-Cotte-Pattat N, Condemine G, Nasser W, Reverchon S (1996) Regulation of
pectinolysis in Erwinia chrysanthemi. Annu Rev Microbiol 50: 213−257.
Joko, T., A. Subandi, N. Kusumandari, A. Wibowo, and A. Priyatmojo. 2014. Activities of
plant cell wall degrading enzymes by bacterial soft rot of orchid. Arch. Phytopathol.
Plant Protect. 47 (10): 1239-1250
Joko, T., Kiswanti, Hanudin and S. Subandiyah. 2011. Occurence of bacterial soft rot of
Phalaenopsis orchids in Yogyakarta and West Java, Indonesia. Proceeding of
Internasional Seminar on “Natural Resources, Climate Change, and Food Security
in Developing Countries” 27-28 June 2011. Surabaya, Indonesia. P. 255-265.
Locatelli, L., S. Tarnawski, J. Hamelin, P. Rossi, M. Aragno, and N. Fromin. 2002.
Specific PCR Amplification for the Genus Pseudomonas Targeting the 3’ Half of
16S rDNA and the Whole 16S–23S rDNA Spacer. System. Appl. Microbiol. 25,
220–227.
Nassar, A., Darrasse, A., Lemattre, M., Kotoujansky, A., Dervin, C., Vedel, R., &
Bertheau, Y. (1996) Characterization of Erwinia chrysanthemi by pectinolytic
isozyme polymorphism and restriction fragment length polymorphism analysis of
PCR-amplified fragments of pel genes. Appl. Environ. Microbiol. 62, 22282235.
Salles, J.F., F. A. De Souza, and J. D. van Elsas. 2002. Molecular Method to Assess the
Diversity of Burkholderia Species in Environmental Samples. Appl. Env. Microb. 68
(4): 1595–1603.
Samson R., Legendre J.B., Christen R., Fischer-Le Saux M., Achouak W., Gardan L.
2005. Transfer of Pectobacterium chrysanthemi (Burkholder et al. 1953) Brenner et
al. 1973 and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen. Nov. As Dickeya
chrysanthemi comb. Nov. And Dickeya paradisiaca comb. Nov. And delineation of
four novel species, Dickeya dadantii sp. Nov., Dickeya dianthicola sp. Nov.,
Dickeya dieffenbachia sp. Nov., and Dickeya zeae sp. Nov. Int J Syst Evol
Microbiol 55: 1415−1427.

648

INSIDENSI PENYAKIT BACTERIAL FRUIT BLOTCH PADA MELON DI
DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA DAN SEKITARNYA
Utik Windari1,2* dan Tri Joko1,3
1. Program Studi Fitopatologi, Program Pascasarjana, Fakultas Pertanian
UGM
2. Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta
3. Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, UGM
*email: windariwibowo@yahoo.co.id
ABSTRAK
Melon merupakan buah yang bernilai ekonomi tinggi dan banyak
dibudidayakan di Indonesia. Dari tahun 2011-2012 terjadi peningkatan luas
panen melon sebesar 12,10 %, namun peningkatan luas panen tersebut
berbanding terbali