B1J008132 10.
RINGKASAN
Pengetahuan mengenai keragaman genetik pada populasi ikan sangat penting
sebagai landasan dalam usaha menjaga kelestarian populasi ikan tersebut. Penelitian
ini ditujukan untuk mengungkap keanekaragaman Mystus gulio di DAS Serayu.
Sepuluh sampel insang ikan Mystus gulio (lundu) dikoleksi sebagai sumber DNA.
DNA genomik total diisolasi menggunakan Chelex 5 %. Variabel yang diamati
adalah pola pita dan jumlah fragmen DNA hasil amplifikasi. Penentuan primer
terpilih dilakukan secara deskriptif berdasarkan ada tidaknya pita DNA spesifik pada
gel agarosa. Keanekaragaman genetik akan dianalisis secara statistik menggunakan
molecular diversity indices yang terdapat dalam software Arlequin (versi 3.0). Hasil
penelitian menunjukkan bahwa dari sepuluh primer tersebut hanya dua primer yang
dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan polimorfik pada beberapa
strain ikan lundu, yaitu OPA-9 dan OPAC-14. Dengan ukuran pasangan basa 900
pada OPA-9 dan 935, 1250, dan 1380 pada OPAC-14. Heterozigositas lokus RAPD
Mystus gulio di DAS Serayu sebesar 16 % (0.16), dari hasil penelitian dapat
disimpulkan bahwa nilai keragaman genetik Mystus gulio di DAS Serayu bernilai
rendah.
Kata kunci : Mystus gulio, Chelex 5%, RAPD, PCR, keragaman genetik
bio.unsoed.ac.id
x
SUMMARY
Knowledge on genetic diversity is very important for fish population
preservation. This study aimed to reveal the genetic diversity within population of
Mystus gulio in Serayu watershed. The ten gill tissue samples were collected as a
source of DNA. Total genomic DNA was isolated using Chelex 5%. The variables
measured were banding pattern and the member of RAPD bands fragments
amplification product. Determination of selected prime descriptively based on the
presence or absence of specific DNA bands on an agarose gel. Genetic diversity will
be statistically analyzed using molecular diversity indices contained in the Arlequin
software (version 3.0). The results showed that from ten primes only two could
produce consistent RAPD markers and polymorphic in some strains of the fish, the
OPA-9 and OPAC-14. With a size of 900 base pairs in OPA-9 and 935, 1250, and
1380 in OPAC-14. RAPD locus heterozygosity of Mystus gulio Serayu watershed
was 16% (0.16), it was concluded that the value of genetic diversity in the watershed
Serayu Mystus gulio was low
Keywords: Mystus gulio, Chelex 5%, RAPD, PCR, genetic diversity
bio.unsoed.ac.id
xi
Pengetahuan mengenai keragaman genetik pada populasi ikan sangat penting
sebagai landasan dalam usaha menjaga kelestarian populasi ikan tersebut. Penelitian
ini ditujukan untuk mengungkap keanekaragaman Mystus gulio di DAS Serayu.
Sepuluh sampel insang ikan Mystus gulio (lundu) dikoleksi sebagai sumber DNA.
DNA genomik total diisolasi menggunakan Chelex 5 %. Variabel yang diamati
adalah pola pita dan jumlah fragmen DNA hasil amplifikasi. Penentuan primer
terpilih dilakukan secara deskriptif berdasarkan ada tidaknya pita DNA spesifik pada
gel agarosa. Keanekaragaman genetik akan dianalisis secara statistik menggunakan
molecular diversity indices yang terdapat dalam software Arlequin (versi 3.0). Hasil
penelitian menunjukkan bahwa dari sepuluh primer tersebut hanya dua primer yang
dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan polimorfik pada beberapa
strain ikan lundu, yaitu OPA-9 dan OPAC-14. Dengan ukuran pasangan basa 900
pada OPA-9 dan 935, 1250, dan 1380 pada OPAC-14. Heterozigositas lokus RAPD
Mystus gulio di DAS Serayu sebesar 16 % (0.16), dari hasil penelitian dapat
disimpulkan bahwa nilai keragaman genetik Mystus gulio di DAS Serayu bernilai
rendah.
Kata kunci : Mystus gulio, Chelex 5%, RAPD, PCR, keragaman genetik
bio.unsoed.ac.id
x
SUMMARY
Knowledge on genetic diversity is very important for fish population
preservation. This study aimed to reveal the genetic diversity within population of
Mystus gulio in Serayu watershed. The ten gill tissue samples were collected as a
source of DNA. Total genomic DNA was isolated using Chelex 5%. The variables
measured were banding pattern and the member of RAPD bands fragments
amplification product. Determination of selected prime descriptively based on the
presence or absence of specific DNA bands on an agarose gel. Genetic diversity will
be statistically analyzed using molecular diversity indices contained in the Arlequin
software (version 3.0). The results showed that from ten primes only two could
produce consistent RAPD markers and polymorphic in some strains of the fish, the
OPA-9 and OPAC-14. With a size of 900 base pairs in OPA-9 and 935, 1250, and
1380 in OPAC-14. RAPD locus heterozygosity of Mystus gulio Serayu watershed
was 16% (0.16), it was concluded that the value of genetic diversity in the watershed
Serayu Mystus gulio was low
Keywords: Mystus gulio, Chelex 5%, RAPD, PCR, genetic diversity
bio.unsoed.ac.id
xi