S BIO 1102839 Abstract
ABSTRAK
Ikan Gurame (Osphronemus goramy) merupakan ikan air tawar yang banyak
ditemukan di kawasan Indonesia yang memiliki kelimpahan yang cukup banyak
serta memiliki banyak manfaat pada bidang pangan dan ekonomi. Potensi yang
dimiliki dari O. goramy cukup tinggi, namun penelitian ikan gurame masih sangat
minim. Penelitian mengenai database sequence, gen melanosit Melanocortin – 1 –
Receptor (MC1R) pada O. goramy belum pernah diteliti. Gen MC1R adalah gen
pengkode yang menerima respon berupa sinyal untuk memproduksi melanin dan
proses pembentukan pigmen. Isolasi gen MC1R pada penelitian ini menggunakan
metode PCR dengan dua pasang primer yang didesain berdasarkan sequence gen
MC1R dari ikan Infraclassis Teleostei. Primer yang didesain yaitu primer
degenerate non nested dan primer degenerate nested menggunakan aplikasi
Primaclade. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen MC1R berhasil disolasi
menggunakan kedua pasangan primer yang telah didesain dengan analisis secara
bioinformatik menggunakan aplikasi Premier Biosoft. Analisis bioinformatik
menunjukan tidak terdapat struktur sekunder dari primer. Hasil BLAST primer
menempel pada gen MC1R DNA genome dan CDS. Desain primer. Sequence gen
sebagai peran utama untuk pembuatan primer spesifik dan dianalisis dengan
validasi cDNA O. goramy yang telah terinfeksi oleh bakteri Aeromonas
hydrophilla. Primer spesifik berhasil mengamplifikasi gen MC1R. Hasil sequence
yang telah didapatkan, dikarakteriksasi serta dianalisis menggunakan pohon
filogenetika dan aplikasi SMART untuk mengetahui kebenaran gen MC1R pada
sequence DNA O. goramy. Ternyata O. goramy memiliki kekerabatan paling baik
dengan Onigocia bimaculata dan memiliki kekerabatan dekat dengan ordo
Tetraodontiformes,
Kata kunci: Primer degenarate, Primer Non Nested, Primer Nested, Gen MC1R,
i
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
ABSTRACT
Gurame fish (Osphronemus goramy) is a freshwater fish that commonly found in
the area of Indonesia, it has quite a lot abundance and has a lot of benefits in food
and economic sector. Benefits of O. goramy felt by the public but research of the
genes in Osphronemus goramy is still very low. Research on database sequences,
melanocytes gene Melanocortin - 1 - Receptor (MC1R) on O. goramy has not
been studied. MC1R gene is an encoding gene that receives signal’s response and
process for producing melanin pigment formation. Isolation of MC1R gene in this
study is using PCR with pair of primers designed based on the MC1R gene
sequences Infraclassis Teleostei fish. Primers designed in this research is nonnested degenerate primers and nested degenerate primers using Primaclade. The
results showed that the gene MC1R managed electrically insulated using both
primers have the bioinformatics analysis using the Premier Biosoft application.
Bioinformatics analysis showed there was no secondary structure of primer.
BLAST results primer attached to the DNA genome and CDS MC1R gene.
Sequence of genes as the main role for the manufacture of specific primers and
analyzed by cDNA validation O. goramy who have been infected by Aeromonas
hydrophilla bacteria. Specific primer managed to amplify the target. Results of
sequence characterization that has been obtained by analysis using phylogenetic
trees and applications SMART to determine the truth of the MC1R gene in the
DNA sequence O. goramy. O. goramy have found that most good kinship with
Onigocia bimaculata and has a close kinship with the order Tetraodontiformes.
Keywords: Primer degenarate, Primer non nested, Primer Nested, MC1R Gene
ii
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
KATA PENGANTAR
Puji serta syukur terpanjatkan ke Hadirat Illahi Rabbi, Allah SWT yang telah
memberikan kesempatan dan nikmat-Nya, ridha dan izin-Nya serta kasih sayang
Nya yang selalu tercurah limpahkan kepada penulis untuk dapat menyelesaikan
skripi yang berjudul “Karakterisasi Gen Parsial Melanocortin-1Receptor (MC1R).
Pada Ikan Gurame (Osphronemus goramy)” ini dengan baik dan benar. Salawat
serta salam selalu tercurah limpahkan kepada Nabi besar, Rasulullah SAW,
beserta keluarganya, sahabatnya dan kita semua sebagai umatnya.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kata kesempurnaan,
banyak sekali kekurangan sehingga perlu perbaikan. Semua kekurangan ini diakui
sebagai kekhilafan dari penulis sebagai tempat kekurangan dan kesalahan. Oleh
karena itu penulis sangat mengharapkan adanya saran dan kritik untuk perbaikan
untuk menjadi lebih baik lagi di masa yang akan datang. Penulis berharap skripsi
ini akan bermanfaat sedikitnya dan sebagai sumbangan untuk dunia ilmu
pengetahuan.
Penulis tidak dapat menyelesaikan skripsi ini banyak bantuan dari berbagai
pihak. Oleh karena itu penulis berkenan untuk menghaturkan ucapan terima kasih
dari yang terdalam kepada:
1. Ibu Diah Kusumawaty, M.Si. selaku dosen pembimbing I atas segala
bimbingan, arahan, bantuan dana, dan motivasi selama penyusunan skripsi.
2. Ibu Any Aryani, M.Si. selaku dosen pembimbing II atas segala masukan,
bimbingan dan arahan serta motivasi selama penyusunan skripsi.
3. Bapak Dr.Bambang Supriatno, M.Si. selaku ketua Departemen Pendidikan
Biologi FPMIPA UPI atas segala kemudahan yang diberikan selama
penyusunan skripsi.
4. Bapak Dr. Didik Priyandoko, M.Si. selaku ketua prodi Biologi Departemen
Pendidikan Biologi atas segala bantuan dan kemudahan yang diberikan selama
penyusunan skripsi
iii
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
5. Bapak Dr. Yayan Sanjaya, M.Si. selaku dosen pembimbing akademik atas
segala masukan, bimbingan, arahan serta motivasi yang diberikan dari awal
penulis masuk hingga penyusunan skripsi.
6. Seluruh staf dosen departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI atas segala
ilmu dan waktu yang telah diberikan selama ini.
7. Seluruh staf laboran, Pak Deden, Pak Sarna, Bu Iin, Teh Enci, dan Pak Kus
atas segala bantuan yang telah diberikan demi kelancaran penelitian skripsi.
8. Orang tua tercinta, Mamah Netty Kurniati dan Abah Ir, Denny Indrawan,
Kakak-kakak tersayang Teh Sari Dewi Kurniasih, M.Si dan Aa Radian Febi
Indrawan, S.T., Andung Enok Sumarni, Angku Juliar Thaib, Bibi- bibi: Bi
Suzie, Bi Susan, Bi Andam, Om Daus, Ua-ua: Ua Tata, Ua Tini, Ua Nina, dan
Ua Tati yang selalu memberikan dukungan, bimbingan, perhatian, motivasi
serta doa.
9. Sahabat terbaik dan tersayang serta seperjuangan, satu kosan, satu lab, satu
kelompok kegiatan, satu kelas Pina Rosica, dan Rizka Khairunisa. Radita
Maulasari, Septi Sri Rahmawati, Deasi Resnasari, Tia Nur Jannah, Arini
Fadillah yang selalu mendukung, mendoakan serta ikatan ukhuwahnya.
10. Teman-teman satu tim lab Angga Kly Sandy selaku rekan kerja terbaik, dan
‘Genk Lab Mikro’ Sandy Ahmad Herdiansyah, Dina Karina Islami, Putri
Yunitha Wardini, Puji Nurhayat, Amelia Qadaryanti, dan Hestiarahma
Purnamasari yang selalu memberikan semangat dan keceriaan saat penelitian.
11. Sahabat serta saudara seperjuangan ‘GREATEST TEAM 2011’ Nur
Rokhmani Tri Siswi, Erna Nur Hasanah, Dani Nur Arifin, M. Hilman
Anwaruddin, Dimas Mutiar, Ahmad Fauzi Mulyana, dan Helmi Nasrulhaq
yang memberukan semangat, doa dalam ikatan ukhuwahnya.
12. Adik-adik kelas tersayang angkatan 2012 Fippy, Filda, Siti Sarah, Dzihni,
Novi Dewi, Dede, Listia, Sky, dan Akbar, angkatan 2013 Fanny, Audya,
Lulut, Zahra, Siti Nuroniah, Siti Komariah, dan Tuqo, angkatan 2014 Nadong,
Uswah, Fatimah, Dei, Puti, Nida dan Anggi semoga menjadi lebih baik kelak.
iv
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
13. Keluarga Biologi C 2011 ‘Tocsic’ yang menjadi teman-teman seperjuangan
selama empat di kampus UPI tercinta.
14. Keluarga Besar DPM REMA UPI 2015 yang telah memberikan warna dalam
amanah dan perjuangan di dalam organisasi kampus Raditya Muttaqin S., Ina,
Jihad, Dea, Azizah, Eha, Ririn Amna, Yayu, Epul, Ayu Aditya, Arni, Devi,
Yeni, Alfi, Ihsan dan Farhan
15. Semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah membantu
serta mendoakan hingga selesai katya tulis ini.
Penulis menyadari banyak sekali kekurangan dalam penulisan skripsi ini tanpa
dukungan dan bimbingan pihak yang terkait penulis tidak mungkin dapat
menyelesaikan skripsi ini. Dengan segala kerendahan hati, penulis menerima
kritik dan saran untuk dapat memperbaiki segala kekurangan. Semoga Allah
membalas semua kebaikan dan pengorbanan yang telah diberikan.
Bandung, November 2015
Penulis
v
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
Ikan Gurame (Osphronemus goramy) merupakan ikan air tawar yang banyak
ditemukan di kawasan Indonesia yang memiliki kelimpahan yang cukup banyak
serta memiliki banyak manfaat pada bidang pangan dan ekonomi. Potensi yang
dimiliki dari O. goramy cukup tinggi, namun penelitian ikan gurame masih sangat
minim. Penelitian mengenai database sequence, gen melanosit Melanocortin – 1 –
Receptor (MC1R) pada O. goramy belum pernah diteliti. Gen MC1R adalah gen
pengkode yang menerima respon berupa sinyal untuk memproduksi melanin dan
proses pembentukan pigmen. Isolasi gen MC1R pada penelitian ini menggunakan
metode PCR dengan dua pasang primer yang didesain berdasarkan sequence gen
MC1R dari ikan Infraclassis Teleostei. Primer yang didesain yaitu primer
degenerate non nested dan primer degenerate nested menggunakan aplikasi
Primaclade. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen MC1R berhasil disolasi
menggunakan kedua pasangan primer yang telah didesain dengan analisis secara
bioinformatik menggunakan aplikasi Premier Biosoft. Analisis bioinformatik
menunjukan tidak terdapat struktur sekunder dari primer. Hasil BLAST primer
menempel pada gen MC1R DNA genome dan CDS. Desain primer. Sequence gen
sebagai peran utama untuk pembuatan primer spesifik dan dianalisis dengan
validasi cDNA O. goramy yang telah terinfeksi oleh bakteri Aeromonas
hydrophilla. Primer spesifik berhasil mengamplifikasi gen MC1R. Hasil sequence
yang telah didapatkan, dikarakteriksasi serta dianalisis menggunakan pohon
filogenetika dan aplikasi SMART untuk mengetahui kebenaran gen MC1R pada
sequence DNA O. goramy. Ternyata O. goramy memiliki kekerabatan paling baik
dengan Onigocia bimaculata dan memiliki kekerabatan dekat dengan ordo
Tetraodontiformes,
Kata kunci: Primer degenarate, Primer Non Nested, Primer Nested, Gen MC1R,
i
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
ABSTRACT
Gurame fish (Osphronemus goramy) is a freshwater fish that commonly found in
the area of Indonesia, it has quite a lot abundance and has a lot of benefits in food
and economic sector. Benefits of O. goramy felt by the public but research of the
genes in Osphronemus goramy is still very low. Research on database sequences,
melanocytes gene Melanocortin - 1 - Receptor (MC1R) on O. goramy has not
been studied. MC1R gene is an encoding gene that receives signal’s response and
process for producing melanin pigment formation. Isolation of MC1R gene in this
study is using PCR with pair of primers designed based on the MC1R gene
sequences Infraclassis Teleostei fish. Primers designed in this research is nonnested degenerate primers and nested degenerate primers using Primaclade. The
results showed that the gene MC1R managed electrically insulated using both
primers have the bioinformatics analysis using the Premier Biosoft application.
Bioinformatics analysis showed there was no secondary structure of primer.
BLAST results primer attached to the DNA genome and CDS MC1R gene.
Sequence of genes as the main role for the manufacture of specific primers and
analyzed by cDNA validation O. goramy who have been infected by Aeromonas
hydrophilla bacteria. Specific primer managed to amplify the target. Results of
sequence characterization that has been obtained by analysis using phylogenetic
trees and applications SMART to determine the truth of the MC1R gene in the
DNA sequence O. goramy. O. goramy have found that most good kinship with
Onigocia bimaculata and has a close kinship with the order Tetraodontiformes.
Keywords: Primer degenarate, Primer non nested, Primer Nested, MC1R Gene
ii
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
KATA PENGANTAR
Puji serta syukur terpanjatkan ke Hadirat Illahi Rabbi, Allah SWT yang telah
memberikan kesempatan dan nikmat-Nya, ridha dan izin-Nya serta kasih sayang
Nya yang selalu tercurah limpahkan kepada penulis untuk dapat menyelesaikan
skripi yang berjudul “Karakterisasi Gen Parsial Melanocortin-1Receptor (MC1R).
Pada Ikan Gurame (Osphronemus goramy)” ini dengan baik dan benar. Salawat
serta salam selalu tercurah limpahkan kepada Nabi besar, Rasulullah SAW,
beserta keluarganya, sahabatnya dan kita semua sebagai umatnya.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kata kesempurnaan,
banyak sekali kekurangan sehingga perlu perbaikan. Semua kekurangan ini diakui
sebagai kekhilafan dari penulis sebagai tempat kekurangan dan kesalahan. Oleh
karena itu penulis sangat mengharapkan adanya saran dan kritik untuk perbaikan
untuk menjadi lebih baik lagi di masa yang akan datang. Penulis berharap skripsi
ini akan bermanfaat sedikitnya dan sebagai sumbangan untuk dunia ilmu
pengetahuan.
Penulis tidak dapat menyelesaikan skripsi ini banyak bantuan dari berbagai
pihak. Oleh karena itu penulis berkenan untuk menghaturkan ucapan terima kasih
dari yang terdalam kepada:
1. Ibu Diah Kusumawaty, M.Si. selaku dosen pembimbing I atas segala
bimbingan, arahan, bantuan dana, dan motivasi selama penyusunan skripsi.
2. Ibu Any Aryani, M.Si. selaku dosen pembimbing II atas segala masukan,
bimbingan dan arahan serta motivasi selama penyusunan skripsi.
3. Bapak Dr.Bambang Supriatno, M.Si. selaku ketua Departemen Pendidikan
Biologi FPMIPA UPI atas segala kemudahan yang diberikan selama
penyusunan skripsi.
4. Bapak Dr. Didik Priyandoko, M.Si. selaku ketua prodi Biologi Departemen
Pendidikan Biologi atas segala bantuan dan kemudahan yang diberikan selama
penyusunan skripsi
iii
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
5. Bapak Dr. Yayan Sanjaya, M.Si. selaku dosen pembimbing akademik atas
segala masukan, bimbingan, arahan serta motivasi yang diberikan dari awal
penulis masuk hingga penyusunan skripsi.
6. Seluruh staf dosen departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI atas segala
ilmu dan waktu yang telah diberikan selama ini.
7. Seluruh staf laboran, Pak Deden, Pak Sarna, Bu Iin, Teh Enci, dan Pak Kus
atas segala bantuan yang telah diberikan demi kelancaran penelitian skripsi.
8. Orang tua tercinta, Mamah Netty Kurniati dan Abah Ir, Denny Indrawan,
Kakak-kakak tersayang Teh Sari Dewi Kurniasih, M.Si dan Aa Radian Febi
Indrawan, S.T., Andung Enok Sumarni, Angku Juliar Thaib, Bibi- bibi: Bi
Suzie, Bi Susan, Bi Andam, Om Daus, Ua-ua: Ua Tata, Ua Tini, Ua Nina, dan
Ua Tati yang selalu memberikan dukungan, bimbingan, perhatian, motivasi
serta doa.
9. Sahabat terbaik dan tersayang serta seperjuangan, satu kosan, satu lab, satu
kelompok kegiatan, satu kelas Pina Rosica, dan Rizka Khairunisa. Radita
Maulasari, Septi Sri Rahmawati, Deasi Resnasari, Tia Nur Jannah, Arini
Fadillah yang selalu mendukung, mendoakan serta ikatan ukhuwahnya.
10. Teman-teman satu tim lab Angga Kly Sandy selaku rekan kerja terbaik, dan
‘Genk Lab Mikro’ Sandy Ahmad Herdiansyah, Dina Karina Islami, Putri
Yunitha Wardini, Puji Nurhayat, Amelia Qadaryanti, dan Hestiarahma
Purnamasari yang selalu memberikan semangat dan keceriaan saat penelitian.
11. Sahabat serta saudara seperjuangan ‘GREATEST TEAM 2011’ Nur
Rokhmani Tri Siswi, Erna Nur Hasanah, Dani Nur Arifin, M. Hilman
Anwaruddin, Dimas Mutiar, Ahmad Fauzi Mulyana, dan Helmi Nasrulhaq
yang memberukan semangat, doa dalam ikatan ukhuwahnya.
12. Adik-adik kelas tersayang angkatan 2012 Fippy, Filda, Siti Sarah, Dzihni,
Novi Dewi, Dede, Listia, Sky, dan Akbar, angkatan 2013 Fanny, Audya,
Lulut, Zahra, Siti Nuroniah, Siti Komariah, dan Tuqo, angkatan 2014 Nadong,
Uswah, Fatimah, Dei, Puti, Nida dan Anggi semoga menjadi lebih baik kelak.
iv
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
13. Keluarga Biologi C 2011 ‘Tocsic’ yang menjadi teman-teman seperjuangan
selama empat di kampus UPI tercinta.
14. Keluarga Besar DPM REMA UPI 2015 yang telah memberikan warna dalam
amanah dan perjuangan di dalam organisasi kampus Raditya Muttaqin S., Ina,
Jihad, Dea, Azizah, Eha, Ririn Amna, Yayu, Epul, Ayu Aditya, Arni, Devi,
Yeni, Alfi, Ihsan dan Farhan
15. Semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah membantu
serta mendoakan hingga selesai katya tulis ini.
Penulis menyadari banyak sekali kekurangan dalam penulisan skripsi ini tanpa
dukungan dan bimbingan pihak yang terkait penulis tidak mungkin dapat
menyelesaikan skripsi ini. Dengan segala kerendahan hati, penulis menerima
kritik dan saran untuk dapat memperbaiki segala kekurangan. Semoga Allah
membalas semua kebaikan dan pengorbanan yang telah diberikan.
Bandung, November 2015
Penulis
v
Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015
ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN
GURAME (Osphronemus gouramy)
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu