3.3.2 Bahan Penelitian Bahan utama yang digunakan dalam penelitian ini adalah media Tryptic Soy
Agar TSA, media Tryptic Soy Broth TSB, NaOCl 2, alkohol 70, bahan pewarnaan gram, bahan pewarnaan spora, bahan pewarnaan tahan asam, media uji
oksidatif dan fermentatif O-F, media untuk uji katalase, media uji urea, media uji VP, media uji reduksi nitrat, media uji pati, media uji glukosa, media uji glukosa,
media uji manitol, media uji gelatin, air destilasi, akar kopi yang sehat dari lahan kopi
arabika yang terserang nematoda Rodopholus similis.
3.4 Penentuan Populasi dan Sampel
3.4.1 Populasi Penelitian Populasi pada penelitian ini adalah seluruh lahan kopi arabika Kawasan Ijen-
Raung, Kabupaten Bondowoso yang terserang Nematoda Radopholus similis.
3.4.2 Sampel Penelitian Sample dalam penelitian ini adalah akar sehat tanaman kopi arabika pada
lahan kopi arabika yang terserang Nematoda Radopholus similis di Dusun Pondok Jeruk, Desa Sukorejo, Kecamatan Sumber Wringin, Kabupaten Bondowoso.
3.5 Definisi Operasional
Peneliti memberikan pengertian untuk menjelaskan operasional penelitian agar tidak menimbulkan pengertian ganda terhadap pembaca. Adapun definisi
operasional dalam penelitian ini adalah sebagai berikut : a. Isolasi bakteri endofit merupakan cara untuk memisahkan atau memindahkan
bakteri endofit dari akar tanaman kopi arabika yang terlihat sehat di lahan kopi arabika yang terserang nematoda Radopholus similis menggunakan medium
Tryptic Soy Agar TSA, sehingga diperoleh kultur murni.
b. Tanaman kopi yang tidak menunjukkan gejala kerusakan memiliki ciri-ciri: pohon tumbuh subur, daun lebat berwarna hijau tidak menguning, dan akar
memiliki banyak serabut yang berwarna cerah. c. Identifikasi bakteri endofit adalah usaha atau metode yang dilakukan untuk
mengetahui secara rinci aktivitas-aktivitas yang terjadi pada bakteri endofit, sehingga bakteri dapat diperiksa dalam keadaan hidup atau mati. Identifikasi
bermaksud untuk mengetahui genus atau jenis bakteri endofit apa saja yang bisa bertahan hidup pada tanaman kopi arabika yang sehat dalam suatu lahan kopi
arabika yang terserang nematoda Radopholus similis dengan melihat karakter Menentukan genus: pewarnaan gram, pewarnaan tahan asam, pewarnaan spora,
uji motilitas, uji katalase, uji glukose, dan uji oksidatif-fermentatif, untuk menentukan spesies dilihat dari hasil pengamatan genus yang diperoleh
kemudian dilakukan uji sesuai genus yang diperoleh. Misal: Genus Bacillus, maka dilakukan uji temperatur 65
o
C, glukosa anaerob, gelatin, pati, manitol, indol, voges proskouer V-P, nitrat, dan urea.
3.6 Desain Penelitian
Penelitian ini berupa penelitian exploratif dengan subjek penelitian berupa bakteri endofit pada akar kopi dari beberapa tanaman yang terlihat sehat di antara
tanaman yang menunjukkan gejala kerusakan di lahan kopi arabika yang terserang nematoda Radopholus similis.
3.7 Prosedur Penelitian
