Deteksi dan Identifikasi Odontoglossum Ringspot Virus (ORSV) Pada Tanaman Anggrek.

DETEKSI DAN IDENTIFIKASI ODONTOGLOSSUM
RINGSPOT VIRUS (ORSV) PADA TANAMAN ANGGREK

LENY ISNAWATI

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN
FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2009

ABSTRAK
LENY ISNAWATI. Deteksi dan Identifikasi Odontoglossum Ringspot Virus
(ORSV) Pada Tanaman Anggrek. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA.
Odontoglossum Ringspot Virus (ORSV) merupakan salah satu penyebab
penyakit penting pada tanaman anggrek. Pada umumnya ORSV yang menginfeksi
tanaman anggrek menunjukkan adanya gejala mosaik serta bercak nekrotik yang
memiliki ciri khas yaitu bercak yang berbentuk lingkaran seperti cincin (ringspot)
pada permukaan daun dan pecahnya warna bunga. Penyebaran dan penularan
virus tersebut terjadi secara mekanis melalui kontaminasi peralatan selama proses
pemisahan tanaman dan pemanenan bunga anggrek. Penelitian ini bertujuan untuk
mendapatkan informasi mengenai keberadaan ORSV, melakukan deteksi dan

identifikasi, mengetahui gejala pada tanaman anggrek serta kisaran inang dari
virus tersebut dengan cara penularan secara mekanis pada berbagai jenis tanaman
indikator. Survey kejadian penyakit yang disebabkan ORSV di sentra pertanaman
anggrek di Gunung Sindur dengan kejadian penyakit 6.67%-26.67% merupakan
indikasi bahwa ORSV sudah masuk ke Indonesia. Hasil uji ELISA dengan
antiserum ORSV dan deteksi molekuler dengan primer spesifik ORSV diketahui
bahwa ORSV sudah ditemukan menyerang tanaman anggrek di Indonesia.
Tanaman anggrek yang terinfeksi ORSV menunjukkan gejala berupa mosaik pada
daun disertai bercak klorotik yang berwarna hitam yang selanjutnya akan berubah
menjadi bercak nekrotik atau bercak berbentuk cincin (ringspot). ORSV dapat
ditularkan secara mekanis. Pada pengujian kisaran inang dengan menggunakan
beberapa tanaman indikator menunjukkan bahwa ORSV dapat menginfeksi G.
globosa, N. tabacum, N. benthamiana, D. stramonium, Physalis sp, C.
amaranticolor, dan C. quinoa. Dari hasil pengamatan partikel virus, ORSV yang
diisolasi dari tanaman anggrek mempunyai partikel berbentuk batang kaku
berukuran sekitar 300 nm x 18 nm, tidak diselubungi enveloped, yang merupakan
ciri dari kelompok Tobamovirus.

Judul

: DETEKSI DAN IDENTIFIKASI ODONTOGLOSSUM RINGSPOT
VIRUS (ORSV) PADA TANAMAN ANGGREK

Nama

: Leny Isnawati

NRP

: A34051288

Menyetujui,
Dosen Pembimbing

Dr. Ir. Gede Suastika, Msc.
NIP 19620607 198703 1 003

Mengetahui,
Ketua Departemen Proteksi Tanaman

Dr. Ir. Dadang, MSc.
NIP 19640204 199002 1 002

Tanggal lulus:

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bogor, Jawa Barat pada tanggal 06 Desember 1986
dari pasangan Bapak Rudy Wijaya dan Ibu Enok Kuraesin. Penulis merupakan
anak pertama dari dua bersaudara.
Penulis menyelesaikan pendidikan Sekolah Menengah Atas di SMAN I
Cileungsi, Bogor pada tahun 2005. Pada tahun yang sama, penulis masuk ke
Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Undangan Seleksi Masuk IPB),
tingkat pertama di Tempat Persiapan Bersama (TPB), tingkat kedua di
Departemen Proteksi Tanaman, Faperta, IPB.
Selama kuliah penulis aktif dalam berbagai kegiatan organisasi. Organisasi
yang pernah diikuti oleh penulis antara lain, anggota Entomologi Club, anggota
Organic Farming, Himpunan Mahasiswa Proteksi Tanaman (HIMASITA) pada
divisi Kewirausahaan tahun 2007-2008.
Penulis pernah menjadi asisten praktikum pada beberapa mata kuliah Ilmu

Hama Tumbuhan Dasar (2007 dan 2009), dan Hama Penyakit Tanaman Setahun
(2008). Penulis juga berhasil mengikuti PKMP (anggota tim) tentang Virus pada
Tanaman Krisan pada tahun 2008, PKMP (ketua tim) tentang Indeksi Infeksi
Virus pada Tanaman Anggrek dan PKMP (anggota tim) tentang Eksplorasi
Bakteri Pendegradasi Tinja Manusia pada tahun 2009, anggota tim pameran pada
PIMNAS (Pekan Ilmiah Nasional) XXII di Universitas Brawijaya, Malang pada
tahun 2009.

PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala nikmat,
rahmat, dan hidayah-NYA sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan
judul “Deteksi dan Identifikasi Odontoglossum Ringsspot Virus (ORSV) Pada
Tanaman Anggrek”. Skripsi ini dapat terselesaikan dengan baik karena bantuan
dan dukungan dari berbagai pihak. Untuk itu dengan penuh rasa cinta dan kasih
sayang penulis ingin mengucapkan terimakasih kepada Kedua Orang Tua tercinta
Bapak Rudy Wijaya dan Ibu Enok Kuraesin yang selalu mengharapkan agar
penulis menjadi yang terbaik, selalu memberikan doa, nasihat, dan semangat yang
tiada hentinya. Semoga persembahan dapat menjadi sebuah kebanggaan yang
dapat dipersembahkan kepada kedua orang tua saya.

Terimakasih sebesar-besarnya penulis sampaikan kepada Dr. Ir. Gede
Suastika, MSc. yang selalu membimbing dan mengarahkan penulis dalam proses
penelitian yang telah penulis jalankan serta Dr. Ir. Idham Sakti Harahap, MSi
selaku dosen penguji atas beberapa saran untuk perbaikan skripsi ini. Terima
kasih penulis sampaikan kepada Ir. Irwan Lakani, Msc yang dengan sabar
membimbing dan mengarahkan penulis selama proses penelitian. Terima kasih
juga untuk seluruh teman – teman DPT 42, 43, 44 dan para sahabatku Aryo, Ozi,
Meo, Triva, huda, Eko, sahabat Panineungan, atas segala masukan dan dorongan
semangat yang diberikan. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Edi
Supardi, Mba Tuti, Bu Ifa, Mba Deva, Bundo, dan rekan lab Viro lainnya atas
dorongan semangat dan bantuannya selama penelitian ini.
Semoga skripsi ini menjadi langkah awal bagi penulis agar lebih
mendalami dan memahami ilmu yang sudah didapatkan. Penulis menyadari
bahwa tulisan ini merupakan salah satu rangkaian tugas akhir sekaligus sebagai
awal proses pembelajaran ke arah yang lebih baik sehingga penulis berharap
adanya masukan yang positif dari berbagai pihak.

Bogor, Juni 2009

Penulis

DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL .................................................................................

ix

DAFTAR GAMBAR ............................................................................

i

PENDAHULUAN ................................................................................

1

Latar Belakang ............................................................................

1

Tujuan

....................................................................................

5

Manfaat Penelitian .....................................................................

5

TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................

3

Tanaman Anggrek .......................................................................

3

Klasifikasi dan Penyebaran .................................................
Budidaya anggrek ................................................................

3
7

Gejala Infeksi Virus Pada Tanaman Anggrek .............................

8

Karakter Molekular ORSV ...........................................................

9

Uji Penularan Virus ke Tanaman Indikator ................................

9

Deteksi dan Identifikasi Virus .....................................................

10

Deteksi Virus ...............................................................................

8

Serologi ...............................................................................
Molekuler ............................................................................

11
11

BAHAN DAN METODE .....................................................................

13

Tempat dan Waktu Penelitian .....................................................

13

Sumber Inokulum dan Pengamatan Kejadian Penyakit
di Lapang ...........................................................................

13

Isolasi Virus ................................................................................

13

Deteksi dengan Double antibody sandwich(DAS)-ELISA .........

14

Deteksi dengan Reverse Transcriptase (RT)-PCR ......................
Ekstraksi RNA total ............................................................
Pembuatan cDNA ................................................................
Amplifikasi DNA dengan PCR ...........................................

15
15
16
16

Deteksi Mikroskop Elektron .......................................................

16

Kajian Kisaran Inang Virus ORSV .............................................

17

HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................

18

Sumber Inokulum dan Pengamatan Kejadian Penyakit ...............

18

Gejala Infeksi Virus Pada Tanaman Anggrek ............................

19

Isolasi Virus ................................................................................

21

Deteksi Serologi ORSV ..............................................................

22

Deteksi Molekuler ORSV ...........................................................

22

Morfologi Partikel Virus ...............................................................

23

Kajian Kisaran Inang Virus ORSV .............................................

23

KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................

27

DAFTAR PUSTAKA ...........................................................................

28

DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1 Volume dan nilai ekspor tanaman hias Indonesia
periode 2003-2008 ………………………………………...

3

Tabel 2 Volume dan nilai impor tanaman hias Indonesia
periode 2003-2008 ………………………………………...
Tabel 3 Luas panen, produksi dan produkstivitas
anggrek Indonesia periode 2003-2008 …………………..

3
4

Tabel 4 Data kejadian penyakit virus ORSV di tiga lokasi pengamatan
di Gunung Sindur ....................................................................
18
Tabel 5 Hasil deteksi serologi ORSV dengan metode DAS-ELISA…

22

Tabel 6 Hasil uji kisaran inang ORSV melalui penularan
secara mekanis………………………………………………..

25

DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1 Gejala pada tanaman anggrek Dendrobium sp. yang positif
terinfeksi ORSV (berdasar uji ELISA),
A : gejala pada permukaan atas daun,
B : gejala pada permukaan bawah daun ............................

20

Gambar 2 Gejala infeksi ORSV pada N. benthamiana,
A : gejala ringspot pada daun N. benthamiana,
B : perbesaran gambar ringspot pada daun………………

21

Gambar 3 Gambar 3 Hasil amplifikasi genom ORSV
pada bagian gen protein mantel dengan RT-PCR.
(1) DNA ORSV hasil deteksi, (2) Marker 1000 bp………

23

Gambar 4 Gambar 4 gejala yang tampak pada tanaman indikator yang
diinokulasi ORSV pada uji kisaran inang. (A) N. tabacum, (B) N.
benthamiana, (C) D. stramonium, (D) Physalis sp, (E) C. quinoa (F)
C. amaranticolor (G) G. globosa (H) cabai IPB 13………..

26

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Tanaman hias memiliki arti penting sepanjang sejarah peradaban manusia.
Sejak dulu tanaman hias banyak digunakan untuk mengungkapkan perasaan
sekaligus sebagai bahan untuk menambah keasrian lingkungan. Berbagai suku
bangsa di Asia, Afrika dan Amerika Latin masih melestarikan kebiasaan
penggunaan tanaman hias untuk menyemarakkan upacara adat, keagamaan, dan
perayaan hari besar nasional. Pada masa kini, ketika kehidupan masyarakat mulai
mapan, penggunaan tanaman hias menjadi populer.
Dalam industri tanaman hias, Indonesia mempunyai potensi besar untuk
mengembangkan bisnis ini. Berdasarkan kekayaan alamnya, Indonesia menempati
urutan ke-3 setelah Brazil dan Colombia. Akan tetapi penanganan tanaman hias di
Indonesia diakui memang jauh tertinggal dengan negara-negara lain. Jika dilihat
dari perkembangan usaha tanaman hias di kawasan Asia Tenggara, Indonesia
masih berada di bawah negara Thailand dan Malaysia yang merupakan negara
maju dalam industri tanaman hias. Salah satu jenis tanaman hias penting di dunia
adalah anggrek. Menurut para ahli botani, di dunia terdapat lebih dari 30 ribu
spesies anggrek. Di Indonesia, plasma nutfah anggrek diperkirakan lebih dari
5.000 jenis (Rukmana 2000), sekitar 80% genera dan spesies anggrek berada di
kawasan Asean (Amiarsi et al.1996).
Anggrek merupakan tanaman yang sangat banyak jenisnya terutama
keindahan bunganya. Bentuk, ukuran, variasi warna dan corak bunga anggrek
memiliki keindahan yang sangat mempesona. Warnanya beraneka ragam dari
putih, kuning, jingga, merah nyala, merah tua, pink dan kombinasi warna lainnya.
Susunan bunganya pun sangat bagus. Daya tahan kesegaran bunganya pun luar
biasa. Kesegaran anggrek potong mampu bertahan tiga minggu, walau tanpa
diberi bahan pengawet. Itulah sebabnya bunga anggrek sering dijuluki ratu bunga
(Yos Sutioso 2002).
Di lingkungan petani anggrek, dikenal adanya anggrek sebagai tanaman
koleksi dan anggrek sebagai bunga potong. Kedua jenis tersebut mempunyai sifat
dan karakteristik berbeda. Kesalahan memilih jenis terlihat ketika hasil produksi

DETEKSI DAN IDENTIFIKASI ODONTOGLOSSUM
RINGSPOT VIRUS (ORSV) PADA TANAMAN ANGGREK

LENY ISNAWATI

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN
FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2009

ABSTRAK
LENY ISNAWATI. Deteksi dan Identifikasi Odontoglossum Ringspot Virus
(ORSV) Pada Tanaman Anggrek. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA.
Odontoglossum Ringspot Virus (ORSV) merupakan salah satu penyebab
penyakit penting pada tanaman anggrek. Pada umumnya ORSV yang menginfeksi
tanaman anggrek menunjukkan adanya gejala mosaik serta bercak nekrotik yang
memiliki ciri khas yaitu bercak yang berbentuk lingkaran seperti cincin (ringspot)
pada permukaan daun dan pecahnya warna bunga. Penyebaran dan penularan
virus tersebut terjadi secara mekanis melalui kontaminasi peralatan selama proses
pemisahan tanaman dan pemanenan bunga anggrek. Penelitian ini bertujuan untuk
mendapatkan informasi mengenai keberadaan ORSV, melakukan deteksi dan
identifikasi, mengetahui gejala pada tanaman anggrek serta kisaran inang dari
virus tersebut dengan cara penularan secara mekanis pada berbagai jenis tanaman
indikator. Survey kejadian penyakit yang disebabkan ORSV di sentra pertanaman
anggrek di Gunung Sindur dengan kejadian penyakit 6.67%-26.67% merupakan
indikasi bahwa ORSV sudah masuk ke Indonesia. Hasil uji ELISA dengan
antiserum ORSV dan deteksi molekuler dengan primer spesifik ORSV diketahui
bahwa ORSV sudah ditemukan menyerang tanaman anggrek di Indonesia.
Tanaman anggrek yang terinfeksi ORSV menunjukkan gejala berupa mosaik pada
daun disertai bercak klorotik yang berwarna hitam yang selanjutnya akan berubah
menjadi bercak nekrotik atau bercak berbentuk cincin (ringspot). ORSV dapat
ditularkan secara mekanis. Pada pengujian kisaran inang dengan menggunakan
beberapa tanaman indikator menunjukkan bahwa ORSV dapat menginfeksi G.
globosa, N. tabacum, N. benthamiana, D. stramonium, Physalis sp, C.
amaranticolor, dan C. quinoa. Dari hasil pengamatan partikel virus, ORSV yang
diisolasi dari tanaman anggrek mempunyai partikel berbentuk batang kaku
berukuran sekitar 300 nm x 18 nm, tidak diselubungi enveloped, yang merupakan
ciri dari kelompok Tobamovirus.

Judul

: DETEKSI DAN IDENTIFIKASI ODONTOGLOSSUM RINGSPOT
VIRUS (ORSV) PADA TANAMAN ANGGREK

Nama

: Leny Isnawati

NRP

: A34051288

Menyetujui,
Dosen Pembimbing

Dr. Ir. Gede Suastika, Msc.
NIP 19620607 198703 1 003

Mengetahui,
Ketua Departemen Proteksi Tanaman

Dr. Ir. Dadang, MSc.
NIP 19640204 199002 1 002

Tanggal lulus:

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bogor, Jawa Barat pada tanggal 06 Desember 1986
dari pasangan Bapak Rudy Wijaya dan Ibu Enok Kuraesin. Penulis merupakan
anak pertama dari dua bersaudara.
Penulis menyelesaikan pendidikan Sekolah Menengah Atas di SMAN I
Cileungsi, Bogor pada tahun 2005. Pada tahun yang sama, penulis masuk ke
Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Undangan Seleksi Masuk IPB),
tingkat pertama di Tempat Persiapan Bersama (TPB), tingkat kedua di
Departemen Proteksi Tanaman, Faperta, IPB.
Selama kuliah penulis aktif dalam berbagai kegiatan organisasi. Organisasi
yang pernah diikuti oleh penulis antara lain, anggota Entomologi Club, anggota
Organic Farming, Himpunan Mahasiswa Proteksi Tanaman (HIMASITA) pada
divisi Kewirausahaan tahun 2007-2008.
Penulis pernah menjadi asisten praktikum pada beberapa mata kuliah Ilmu
Hama Tumbuhan Dasar (2007 dan 2009), dan Hama Penyakit Tanaman Setahun
(2008). Penulis juga berhasil mengikuti PKMP (anggota tim) tentang Virus pada
Tanaman Krisan pada tahun 2008, PKMP (ketua tim) tentang Indeksi Infeksi
Virus pada Tanaman Anggrek dan PKMP (anggota tim) tentang Eksplorasi
Bakteri Pendegradasi Tinja Manusia pada tahun 2009, anggota tim pameran pada
PIMNAS (Pekan Ilmiah Nasional) XXII di Universitas Brawijaya, Malang pada
tahun 2009.

PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala nikmat,
rahmat, dan hidayah-NYA sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan
judul “Deteksi dan Identifikasi Odontoglossum Ringsspot Virus (ORSV) Pada
Tanaman Anggrek”. Skripsi ini dapat terselesaikan dengan baik karena bantuan
dan dukungan dari berbagai pihak. Untuk itu dengan penuh rasa cinta dan kasih
sayang penulis ingin mengucapkan terimakasih kepada Kedua Orang Tua tercinta
Bapak Rudy Wijaya dan Ibu Enok Kuraesin yang selalu mengharapkan agar
penulis menjadi yang terbaik, selalu memberikan doa, nasihat, dan semangat yang
tiada hentinya. Semoga persembahan dapat menjadi sebuah kebanggaan yang
dapat dipersembahkan kepada kedua orang tua saya.
Terimakasih sebesar-besarnya penulis sampaikan kepada Dr. Ir. Gede
Suastika, MSc. yang selalu membimbing dan mengarahkan penulis dalam proses
penelitian yang telah penulis jalankan serta Dr. Ir. Idham Sakti Harahap, MSi
selaku dosen penguji atas beberapa saran untuk perbaikan skripsi ini. Terima
kasih penulis sampaikan kepada Ir. Irwan Lakani, Msc yang dengan sabar
membimbing dan mengarahkan penulis selama proses penelitian. Terima kasih
juga untuk seluruh teman – teman DPT 42, 43, 44 dan para sahabatku Aryo, Ozi,
Meo, Triva, huda, Eko, sahabat Panineungan, atas segala masukan dan dorongan
semangat yang diberikan. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Edi
Supardi, Mba Tuti, Bu Ifa, Mba Deva, Bundo, dan rekan lab Viro lainnya atas
dorongan semangat dan bantuannya selama penelitian ini.
Semoga skripsi ini menjadi langkah awal bagi penulis agar lebih
mendalami dan memahami ilmu yang sudah didapatkan. Penulis menyadari
bahwa tulisan ini merupakan salah satu rangkaian tugas akhir sekaligus sebagai
awal proses pembelajaran ke arah yang lebih baik sehingga penulis berharap
adanya masukan yang positif dari berbagai pihak.

Bogor, Juni 2009

Penulis

DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL .................................................................................

ix

DAFTAR GAMBAR ............................................................................

i

PENDAHULUAN ................................................................................

1

Latar Belakang ............................................................................

1

Tujuan

....................................................................................

5

Manfaat Penelitian .....................................................................

5

TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................

3

Tanaman Anggrek .......................................................................

3

Klasifikasi dan Penyebaran .................................................
Budidaya anggrek ................................................................

3
7

Gejala Infeksi Virus Pada Tanaman Anggrek .............................

8

Karakter Molekular ORSV ...........................................................

9

Uji Penularan Virus ke Tanaman Indikator ................................

9

Deteksi dan Identifikasi Virus .....................................................

10

Deteksi Virus ...............................................................................

8

Serologi ...............................................................................
Molekuler ............................................................................

11
11

BAHAN DAN METODE .....................................................................

13

Tempat dan Waktu Penelitian .....................................................

13

Sumber Inokulum dan Pengamatan Kejadian Penyakit
di Lapang ...........................................................................

13

Isolasi Virus ................................................................................

13

Deteksi dengan Double antibody sandwich(DAS)-ELISA .........

14

Deteksi dengan Reverse Transcriptase (RT)-PCR ......................
Ekstraksi RNA total ............................................................
Pembuatan cDNA ................................................................
Amplifikasi DNA dengan PCR ...........................................

15
15
16
16

Deteksi Mikroskop Elektron .......................................................

16

Kajian Kisaran Inang Virus ORSV .............................................

17

HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................

18

Sumber Inokulum dan Pengamatan Kejadian Penyakit ...............

18

Gejala Infeksi Virus Pada Tanaman Anggrek ............................

19

Isolasi Virus ................................................................................

21

Deteksi Serologi ORSV ..............................................................

22

Deteksi Molekuler ORSV ...........................................................

22

Morfologi Partikel Virus ...............................................................

23

Kajian Kisaran Inang Virus ORSV .............................................

23

KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................

27

DAFTAR PUSTAKA ...........................................................................

28

DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1 Volume dan nilai ekspor tanaman hias Indonesia
periode 2003-2008 ………………………………………...

3

Tabel 2 Volume dan nilai impor tanaman hias Indonesia
periode 2003-2008 ………………………………………...
Tabel 3 Luas panen, produksi dan produkstivitas
anggrek Indonesia periode 2003-2008 …………………..

3
4

Tabel 4 Data kejadian penyakit virus ORSV di tiga lokasi pengamatan
di Gunung Sindur ....................................................................
18
Tabel 5 Hasil deteksi serologi ORSV dengan metode DAS-ELISA…

22

Tabel 6 Hasil uji kisaran inang ORSV melalui penularan
secara mekanis………………………………………………..

25

DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1 Gejala pada tanaman anggrek Dendrobium sp. yang positif
terinfeksi ORSV (berdasar uji ELISA),
A : gejala pada permukaan atas daun,
B : gejala pada permukaan bawah daun ............................

20

Gambar 2 Gejala infeksi ORSV pada N. benthamiana,
A : gejala ringspot pada daun N. benthamiana,
B : perbesaran gambar ringspot pada daun………………

21

Gambar 3 Gambar 3 Hasil amplifikasi genom ORSV
pada bagian gen protein mantel dengan RT-PCR.
(1) DNA ORSV hasil deteksi, (2) Marker 1000 bp………

23

Gambar 4 Gambar 4 gejala yang tampak pada tanaman indikator yang
diinokulasi ORSV pada uji kisaran inang. (A) N. tabacum, (B) N.
benthamiana, (C) D. stramonium, (D) Physalis sp, (E) C. quinoa (F)
C. amaranticolor (G) G. globosa (H) cabai IPB 13………..

26

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Tanaman hias memiliki arti penting sepanjang sejarah peradaban manusia.
Sejak dulu tanaman hias banyak digunakan untuk mengungkapkan perasaan
sekaligus sebagai bahan untuk menambah keasrian lingkungan. Berbagai suku
bangsa di Asia, Afrika dan Amerika Latin masih melestarikan kebiasaan
penggunaan tanaman hias untuk menyemarakkan upacara adat, keagamaan, dan
perayaan hari besar nasional. Pada masa kini, ketika kehidupan masyarakat mulai
mapan, penggunaan tanaman hias menjadi populer.
Dalam industri tanaman hias, Indonesia mempunyai potensi besar untuk
mengembangkan bisnis ini. Berdasarkan kekayaan alamnya, Indonesia menempati
urutan ke-3 setelah Brazil dan Colombia. Akan tetapi penanganan tanaman hias di
Indonesia diakui memang jauh tertinggal dengan negara-negara lain. Jika dilihat
dari perkembangan usaha tanaman hias di kawasan Asia Tenggara, Indonesia
masih berada di bawah negara Thailand dan Malaysia yang merupakan negara
maju dalam industri tanaman hias. Salah satu jenis tanaman hias penting di dunia
adalah anggrek. Menurut para ahli botani, di dunia terdapat lebih dari 30 ribu
spesies anggrek. Di Indonesia, plasma nutfah anggrek diperkirakan lebih dari
5.000 jenis (Rukmana 2000), sekitar 80% genera dan spesies anggrek berada di
kawasan Asean (Amiarsi et al.1996).
Anggrek merupakan tanaman yang sangat banyak jenisnya terutama
keindahan bunganya. Bentuk, ukuran, variasi warna dan corak bunga anggrek
memiliki keindahan yang sangat mempesona. Warnanya beraneka ragam dari
putih, kuning, jingga, merah nyala, merah tua, pink dan kombinasi warna lainnya.
Susunan bunganya pun sangat bagus. Daya tahan kesegaran bunganya pun luar
biasa. Kesegaran anggrek potong mampu bertahan tiga minggu, walau tanpa
diberi bahan pengawet. Itulah sebabnya bunga anggrek sering dijuluki ratu bunga
(Yos Sutioso 2002).
Di lingkungan petani anggrek, dikenal adanya anggrek sebagai tanaman
koleksi dan anggrek sebagai bunga potong. Kedua jenis tersebut mempunyai sifat
dan karakteristik berbeda. Kesalahan memilih jenis terlihat ketika hasil produksi

akan dimanfaatkan. Anggrek yang bukan untuk bunga potong akan cepat layu
ketika dirangkai sebagai bunga hias. Anggrek sebagai bunga potong memiliki
kriteria yang khas. Jenis itu memiliki nilai ekonomis, mudah dibudidayakan dan
anggrek potong memiliki ketahanan yang sangat baik kalau perlakuan panen dan
pasca panennya dikerjakan dengan baik. Anggrek sebagai bunga potong
merupakan produk yang mudah rusak kalau penanganannya kurang hati-hati. Ini
karena kualitas bunga potong sangat ditentukan oleh penampilannya yang dituntut
harus prima.
Anggrek termasuk tanaman dari keluarga Orchidaceae. Tanaman
berbunga indah ini tersebar luas di pelosok dunia termasuk Indonesia. Kontribusi
anggrek Indonesia dalam khasanah anggrek dunia cukup besar. Dari 20.000
spesies anggrek yang tersebar di seluruh dunia 6.000 diantaranya merupakan hasil
persilangan atau hibrida. Diperkirakan setiap tahun dihasilkan 1.000 hibrida baru
(Edi Sandara 2002).
Di antara keluarga tanaman berbunga lainnya, sosok bunga anggrek
termasuk paling beragam. Beberapa jenis mirip kalajengking (Arachis), kupukupu (Phalaenopsis), dan kantung (Paphiopedilum). Jumlah kuntumnya juga
bervariasi dari satu hingga ratusan kuntum. Bunga-bunga tersebut juga ditemukan
dalam berbagai ukuran demikian juga keragaman warnanya hampir semua jenis
warna melekat pada bunga yang dijadikan simbol cinta dan kecantikan ini. Bunga
merupakan unsur terpenting dari tanaman anggrek. Struktur dasar bunganya sudah
baku, terdiri dari tiga kelompok (sepal) dan tiga tajuk bunga (petal). Salah satu
petal berubah menjadi bibir bunga atau labellum. Bagian inilah yang menjadi ciri
khas bunga anggrek sehingga berbeda dengan famili tanaman berbunga lainnya.
Jadi tak salah jika segala keistimewaan dan keindahan melekat bunga ini.
Pada perkembangannya dalam industri perdagangan tanaman hias.
Indonesia memiliki potensi untuk dapat bersaing dengan negara lain. Ekspor
anggrek Indonesia terdiri atas tiga macam bentuk yaitu benih, tanaman dan bunga
potong. Pada tahun 2003, ekspor anggrek Indonesia mencapai 399.996 kg atau
senilai 1.054.894 dollar dan pada tahun 2005 meningkat menjadi 525.468 kg atau
senilai dengan 1.430.296 dollar. Namun ekspor anggrek pada tahun berikutnya
menurun terus. Pada tahun 2008, ekspor anggrek hanya 166.930 kg atau senilai

740.751 dollar. Sedangkan untuk impor anggrek, pada tahun 2008 mencapai
34.651 kg atau senilai 78.265 dollar seperti terlihat pada tabel 1 dan 2.

Tabel 1 Volume dan nilai ekspor tanaman hias Indonesia periode 2003-2008
Tahun
2003
2004
2005
2006
2007
2008

Volume ekspor¹
Tanaman
Anggrek
hias lainnya
399.996
281.932
426.113 13.639.041
525.468 17.733.797
362.705 14.684.644
202.804 15.672.879
166.930
3.176.632

Total3
681.928
14.065.154
18.259.265
15.047.349
15.875.683
3.343.562

Nilai ekspor²
Tanaman
Anggrek
hias lainnya
1.054.894
332.444
1.325.954
11.588.485
1.430.296
13.597.114
1.232.199
15.099.472
1.166.671
11.407.260
740.751
8.489.970

Total4
1.387.338
12.914.439
15.027.410
16.331.671
12.573.931
9.230.721

Sumber: Pusdatin dan BPS (diolah)
Keterangan: 1) satuan dalam Kilogram
2
) satuan dalam US $
3
) total volume ekspor
4
) total nilai ekspor

Tabel 2 Volume dan nilai impor tanaman hias Indonesia periode 2003-2008
Tahun
2003
2004
2005
2006
2007
2008

Volume impor¹
Tanaman
Anggrek
hias lainnya
99.647
24.352
138.781
667.866
122.171
887.220
70.848
1.006.105
72.689
9.419.596
34.651
7.866.714

Total3
123.999
806.647
1.009.391
1.076.953
9.492.285
7.901.365

Nilai impor²
Tanaman
Anggrek
hias lainnya
221.466
154.829
350.047
835.658
537.750
1.311.248
334.784
1.228.680
480.204
4.649.906
78.265
4.037.106

Total4
376.295
1.185.705
1.848.998
1.563.464
5.130.110
4.115.371

Sumber: Pusdatin dan BPS (diolah)
Keterangan: 1) satuan dalam Kilogram
2
) satuan dalam US $
3
) total volume impor
4
) total nilai impor

Perkembangan luas panen dan produksi komoditas anggrek mengalami
pasang surut. Pada tahun 2003, luas panen mencapai 1.237.685 m2 dengan
produksi sebesar 6.904.109 tangkai dan meningkat pada tahun 2004 menjadi
8.027.720 tangkai. Namun, pada tahun 2005 luas panen menurun sehingga jumlah
produksi hanya sebesar 7.902.403 tangkai meskipun pada tahun 2006 produksi

sempat naik hingga 10.903.444 tangkai dengan nilai produktivitas sebesar 9.73
tangkai/m2. Pada tahun 2007 kembali turun menjadi 9.484.393 tangkai dengan
produktivitas sebesar 7.72 tangkai/m2 seperti terlihat pada tabel 3.

Tabel 3 Luas Panen, produksi dan produktivitas anggrek Indonesia periode 20032008
Luas panen
Produksi
Produktivitas
Tahun
(m²)
(tangkai)
(tangkai/m²)
2003

1.237.685

6.904.109

5,58

2004

2.260.464

8.027.720

3,55

2005

1.221.524

7.902.403

6,47

2006

1.120.630

10.903.444

9,73

2007

1.229.102

9.484.393

7,72

2008

-

-

-

Sumber: Pusdatin dan BPS (diolah)

Dalam industri tanaman hias khususnya anggrek, tidak terlepas dari
berbagai faktor yang dapat menghambat atau menjadi kendala diantaranya
keterbatasan ilmu dan teknologi, kurangnya modal, terbatasnya sumberdaya
manusia yang berkualitas, kurangnya benih atau bibit yang berkualitas, serta
serangan hama dan penyakit dalam budidaya anggrek yang dapat mengakibatkan
penurunan mutu dan jumlah produksi tanaman, bahkan dapat menyebabkan
kematian tanaman. Beberapa penyakit penting yang menyerang anggrek
diantaranya adalah disebabkan oleh virus tanaman. Tanaman anggrek dilaporkan
dapat terserang oleh kurang lebih 50 jenis virus (Chang et al 2005; Zettler et al
1990; Navalienskiene et al 2005). Salah satu virus penting yang dapat menyerang
anggrek dengan penyebaran yang luas di dunia adalah Odontoglossum ringspot
virus (ORSV) (Zettler et al 1990; wisler 1989; Sherpa et al 2004).
Pada umumnya ORSV yang menginfeksi tanaman anggrek menunjukkan
adanya gejala mosaik serta bercak nekrotik yang memiliki ciri khas yaitu bercak
yang berbentuk lingkaran seperti cincin (ringspot) pada permukaan daun dan
pecahnya warna bunga. Penyebaran dan penularan virus tersebut terjadi secara
mekanis melalui kontaminasi peralatan selama proses pemisahan tanaman dan

pemanenan bunga anggrek (Zettler et al 1990). Untuk mendeteksi penyakit yang
disebabkan oleh virus dapat dilakukan dengan berbagai cara antara lain
pengamatan gejala, uji penularan dengan vektor atau tanaman indikator, uji
serologi dan teknik deteksi molekuler. Deteksi molekuler diantaranya dengan
cara hibridisasi asam nukleat dan teknik Polymerase chain reaction (PCR).
serta pengamatan partikel virus dengan menggunakan mikroskop elektron.
Di Indonesia, informasi mengenai penyakit anggrek akibat virus ORSV
sangat sedikit sekali karena belum ada laporan resmi mengenai keberadaan virus
tersebut. Namun, berdasarkan hasil pengamatan di lapang, indikasi gejala yang
tampak pada tanaman anggrek yang teramati mengarah pada gejala yang
disebabkan oleh virus ORSV. Jika penyebarannya tidak segera dikendalikan,
dikhawatirkan ORSV ini dapat mengancam berbagai macam anggrek di
Indonesia. Kegiatan ekspor impor dalam perdagangan tanaman anggrek menjadi
salah satu pintu masuknya virus tersebut. Berdasarkan uraian tersebut perlu
dilakukan penelitian lebih lanjut tentang deteksi dan identifikasi ORSV pada
tanaman anggrek yang ada di Indonesia.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi mengenai
keberadaan ORSV, melakukan deteksi dan identifikasi, mengetahui gejala pada
tanaman anggrek serta kisaran inang dari virus tersebut dengan cara penularan
secara mekanis pada berbagai jenis tanaman indikator.

Manfaat Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberi tambahan informasi
mengenai ORSV pada tanaman anggrek sehingga dapat digunakan sebagai dasar
penentuan strategi pengendalian yang lebih terarah di lapang.

TINJAUAN PUSTAKA

Tanaman Anggrek
Klasifikasi dan penyebaran
Dalam klasifikasi Benson (1976), anggrek tergolong ke dalam divisi:
Spermatophyta, kelas: Angiospermae, sub-kelas: Monocotyledonae, ordo:
Orchidales, famili: Orchidaceae. Anggrek dari famili Orchidaceae merupakan
famili tanaman terbesar yang banyak tersebar dan beraneka ragam di dunia.
Anggota dari suku ini dapat ditemukan di seluruh dunia kecuali padang pasir yang
kering dan daerah yang selalu tertutup salju. Jenis anggrek yang terdapat di dunia
berkisar antara 17.000-35.000. Kontribusi anggrek Indonesia dalam khasanah
anggrek dunia cukup besar. Dari 20.000 spesies anggrek yang tersebar di seluruh
dunia, 6.000 diantaranya berada di hutan Indonesia (Widiastoety et al., 1998;
Sandara 2002).
Tanaman anggrek ada yang berbatang monopodial, yaitu batang hanya
mempunyai sumbu utama sehingga batang dapat tumbuh lurus ke atas, seperti
Vanda, Arachnis, Renanthera, dan Rynchostylis, dan ada juga yang berbatang
simpodial, yaitu batang yang pertumbuhan ujung-ujungnya terbatas, seperti
Cattleya, Dendrobium, dan Oncidium.
Bunga anggrek tersusun dari tangkai bunga, daun kelopak sebanyak tiga
helai, daun mahkota sebanyak tiga helai dan salah satunya menjadi bibir bunga,
tangkai sari yang berbentuk tugu, butir-butir sari yang menggumpal menjadi
polinum, putik bakal buah yang mirip dengan tangkai bunga dan bakal biji yang
terletak di dalam bakal buah. Proses penyerbukan secara alami terjadi dengan
bantuan serangga.
Anggrek merupakan tanaman hias yang mempunyai nilai estetika tinggi.
Bentuk dan warna bunga serta karakteristik lainnya yang unik menjadi daya tarik
tersendiri dari spesies tanaman hias ini sehingga banyak diminati oleh konsumen,
baik di dalam maupun luar negeri. Anggrek yang disukai adalah dalam bentuk
bunga potong dan tanaman pot.

Budidaya anggrek
Secara alami anggrek (Famili Orchidaceae) hidup epifit pada pohon dan
ranting-ranting tanaman lain, namun dalam pertumbuhannya anggrek dapat
ditumbuhkan dalam pot yang diisi media tertentu. Ada beberapa faktor yang
mempengaruhi pertumbuhan tanaman, seperti faktor lingkungan, antara lain sinar
matahari, kelembaban dan temperatur serta pemeliharaan seperti : pemupukan,
penyiraman serta pengendalian OPT.
Keperluan cahaya matahari untuk tiap anggrek berbeda-beda. Ada jenis
anggrek yang membutuhkan cahaya matahari 100% seperti Arachnis, Renanthera,
Vanda. Ada juga yang hanya membutuhkan 60-70% saja seperti Oncidium.
Dendrobium dan Aranda dari jenis hybrid membutuhkan cahaya matahari 10-15%
(Prasojo 1986). Suhu udara yang tinggi menyebabkan pembuatan material sel
sangat pesat, tetapi pertumbuhan tanaman lambat karena disimilasi juga besar
sehingga yang diuraikan sebesar yang dibuat.
Pada umumnya anggrek-anggrek yang dibudidayakan memerlukan
temperatur 28 + 2° C dengan temperatur minimum 15° C. Anggrek tanah pada
umumnya lebih tahan panas daripada anggrek pot. Tetapi temperatur yang tinggi
dapat menyebabkan dehidrasi yang dapat menghambat pertumbuhan tanaman.
Kelembaban nisbi (RH) yang diperlukan untuk anggrek berkisar antara 60–85%.
Fungsi kelembaban yang tinggi bagi tanaman antara lain untuk menghindari
penguapan yang terlalu tinggi. Pada malam hari kelembaban dijaga agar tidak
terlalu tinggi, karena dapat mengakibatkan busuk akar pada tunas-tunas muda.
Oleh karena itu diusahakan agar media dalam pot jangan terlampau basah.
Sedangkan kelembaban yang sangat rendah pada siang hari dapat diatasi dengan
cara pemberian semprotan kabut (mist) di sekitar tempat pertanaman dengan
bantuan sprayer.
Jenis unsur hara yang dibutuhkan anggrek sama dengan yang dibutuhkan
oleh tanaman pada umumnya. Selain unsur makro (C,H,O,N,S,P,Ca,Mg) juga
butuh unsur mikro (Prasojo 1986). Pemberian pupuk dapat dilakukan dengan cara
menabur, disiram, atau disemprot. Sedangkan pupuk kandang diberikan dengan
cara mencampurkan pupuk kandang dengan medium. Untuk mengurangi
terbawanya patogen, maka sebaiknya digunakan pupuk kandang yang sudah

matang. Perkembangbiakkan anggrek dapat dilakukan dengan biji. Media yang
biasa digunakan untuk menumbuhkan biji dalam botol adalah agar yang telah
dicampur dengan berbagai unsur hara. Setelah biji tumbuh menjadi bibit yang
sudah cukup besar, bibit dipindahkan ke dalam pot. Media yang biasa digunakan
antara lain pakis cacah, kulit pinus, arang kayu, atau sabut kelapa (Soeryowinoto
1984). Media dari bahan organik misalnya pakis, mempunyai daya sebagai buffer,
misalnya dalam pengaturan derajat asam sehingga akan lebih aman bagi
pemeliharan anggrek.
Gejala Infeksi Virus Pada Tanaman Anggrek
Gejala penyakit virus di lapangan merupakan data pertama yang
diperlukan untuk identifikasi virus. Tipe gejala infeksi virus pada tanaman inang
yang khas (tanaman inang diferensial) dapat menjadi petunjuk awal untuk
identifikasi virus. Anggrek dilaporkan dapat terinfeksi oleh lebih dari 50 jenis
virus penyebab penyakit. Gejala yang dihasilkan bermacam-macam, tergantung
pada virus patogen, spesies atau hibrida anggrek yang diinfeksi, dan kondisi
lingkungan. Odontoglossum ringspot virus (ORSV) atau disebut juga sebagai
Tobbaco mosaic virus_orchid strain (TMV-O) merupakan salah satu virus penting
yang menyerang anggrek di Amerika Serikat (Corbett 1967) dan sudah menyebar
ke negara-negara lain seperti Jerman (Smith 1972), Singapura (Sanderson dan
Yong 1972), Malaysia (Poh dan Hua 1970) dan Indonesia (Rusmilah Suseno
1979).

Jensen (1951) mengemukakan bahwa strain TMV yang pertama kali

diisolasi dari anggrek Odontoglossum yang menyebabkan gejala bercak bercincin
pada daun yaitu virus bercak bercincin Odontoglossum.
ORSV dapat menyerang berbagai macam anggrek diantaranya Aranda
spp.,

Dendrobium

spp.,Odontoglossum

spp.,

Phalaenopsis

spp.

dan

Grammatophyllum sp.( Rusmilah Suseno 1979). Biasanya pada daun timbul
lingkaran, garis-garis, bercak hijau kekuningan atau coklat. Pada umumnya virus
ini tidak menimbulkan gejala pada bunga anggrek. ORSV dapat menimbulkan
gejala lesio lokal pada Chenopodium amaranticolor, Gompherena globosa, dan
Nicotiana glutinosa (Suseno 1985).
Pada beberapa jenis anggrek seperti Cattleya sp., gejala infeksi virus ini
bervariasi, yaitu berupa garis-garis klorotik, bercak klorotik sampai nekrotik atau

bercak berbentuk cincin. Pada Oncidium sp. bercak nekrotik berwarna hitam
tampak nyata pada permukaan bawah daun. Di lapang persentase tanaman
anggrek Oncidium sp. terinfeksi virus ini dapat mencapai 100%. Gejala pada
bunga, misalnya anggrek Cattleya sp. berupa mosaik pada sepal dan petal. Bagian
tepi dari bunga ini biasanya bergelombang.

Karakter Molekuler ORSV
Partikel ORSV berbentuk batang kaku memanjang, tidak diselubungi
enveloped, terdiri atas molekul ssRNA berukuran 6 kb. Ukuran partikel virus ini
300nm x 18 nm, sama seperti Tobacco mosaic virus. ORSV telah diketahui dapat
menulari 31 genus anggrek lainnya. Uji proteksi silang dengan strain yang lemah
menunjukkan pengurangan suseptibilitas tanaman terhadap strain virulen lainnya
dari virus yang sama (Zaitlin 1976). ORSV mudah ditularkan melalui cairan
perasan yang menempel pada alat pemotong tanaman sakit atau tetesan air
siraman, tetapi tidak ditularkan melalui biji ( Smith 1972).

Uji Penularan Virus ke Tanaman Indikator
Tanaman indikator adalah tanaman yang dikenal sebagai tanaman yang
suseptibel terhadap virus yang spesifik. Ketika tanaman indikator diinokulasikan
oleh virus, akan menunjukkan gejala. Uji penularan pada tanaman indikator
merupakan salah satu cara untuk mengetahui inang alternatif bagi virus, untuk
perbanyakkan virus dan untuk mendeteksi adanya virus tanaman. Keberhasilan
pengujian ini tergantung pada konsentrasi virus dalam sap, sumber inokulum,
metode penyiapan inokulum, ketahanan virus dalam sap, dan tanaman inang.
Tanaman indikator yang umumnya digunakan untuk pengujian virus
diantaranya dari famili Solanaceae yaitu tanaman Nicotiana tabacum cv. White
Burley, Nicotiana tabacum cv. Xanthi, Nicotiana tabacum cv. Samsun NN,
Nicotiana clevelandii, Nicotiana glutinosa L., Nicotiana rustica, Lycopersicon
esculentum L., Beta vulgaris L., Datura stramonium, famili Chenopodiaceae yaitu
tanaman Chenopodium quinoa, Chenopodium amaranticolor Coste & Reyn,
famili Leguminosae yaitu tanaman Phaseolus vulgaris L., Vicia faba L., Pisum
sativum L., Vigna unguiculata L., famili Cruciferaceae yaitu tanaman Brassica

perviridis cv. Tendergreen Mustard, Brassica pekinensis Rupr., famili
Cucurbitaceae yaitu tanaman Cucumis sativus L., Cucumis melo L., Cucumis pepo
L., famili Amaranthaceae yaitu tanaman Gomphrena globosa L., Tetragonia
expansa Murr. (Matthhews 1991; Hidayat et al. 2005).
Lawson dan Ali (1975) menyatakan bahwa ORSV mempunyai beberapa
tanaman inang yang dapat digunakan sebagai tanaman indikator yaitu
C.occidentalis, G.globosa, C.amaranticolor, N.glutinosa, N.tabacum, dan Beta
vulgaris. Tanaman tersebut dapat digunakan dalam uji hayati karena menunjukkan
gejala lesio lokal dan periode inkubasi yang relatif singkat.

Deteksi dan Identifikasi Virus
Identifikasi virus sebagai penyebab penyakit merupakan faktor kunci yang
menentukan keberhasilan pengendalian di lapangan. Identifikasi berdasarkan
gejala sering tidak cukup untuk menentukan virus penyebab penyakit. Gejala
dapat disebabkan oleh infeksi campuran dari beberapa virus atau virus yang
berbeda dapat menimbulkan gejala yang sama. Pengamatan gejala yang diikuti
oleh pengamatan mikroskop elektron dilakukan untuk mengetahui bentuk virion
yang menginfeksi tanaman. Saat ini, deteksi dan identifikasi virus dapat dilakukan
menggunakan teknik biologi molekul yang didasarkan atas runutan nukleotida
genom virus yang khas. Sifat virus yang menjadi dasar identifikasi virus adalah
gejala penyakit, kisaran tanaman inang, dan kekhasan vektor. Selain itu,
mikroskop elektron juga dapat digunakan untuk mengetahui genus dan famili
virus berdasarkan bentuk dan ukuran virion. Beberapa hal yang perlu diketahui
agar identifikasi virus dapat dengan mudah dilakukan adalah sebagai berikut : (1)
setiap virus mempunyai kisaran inang yang berbeda, sehingga hubungan khas
antara virus dan tanaman inang dapat dijadikan sebagai salah satu cara identifikasi
virus. (2) beberapa virus mungkin dapat menginfeksi satu jenis tanaman inang,
tetapi salah satu virus menginfeksi secara sistemik dan yang lain hanya infeksi
lokal. (3) setiap virus mempunyai vektor yang berbeda, sehingga hubungan ini
dapat dijadikan sebagai salah satu cara untuk mengetahui virus tertentu.

Serologi
Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) telah banyak mengalami
modifikasi sejak pertama kali teknik ini diperkenalkan untuk mendeteksi virus
dalam konsentrasi yang rendah (Bos 1990). Dalam ELISA terjadi proses reaksi
antara antigen dan antiserum yang membentuk komplek antigen-antiserum (AgAs) pada lubang plat mikrotiter yang terbuat dari polystyrene. Zat-zat yang dapat
mengindikasikan terbentuknya antibodi di dalam serum disebut antigen. Antigen
umumnya adalah protein. Serum yang mengandung antibodi disebut antiserum.
Interaksi antara antigen dan antiserum bersifat spesifik, artinya antiserum hanya
mengenali satu jenis epitop pada antigen. Epitop merupakan bagian dari antigen
yang dapat dikenali oleh antibodi atau bagian dari antigen yang dapat berinteraksi
dengan antibodi (Crowther 1996). Secara umum, prosedur ELISA yang banyak
digunakan dalam virologi tumbuhan adalah Direct-ELISA dan Indirect-ELISA.
Perbedaannya adalah pada Direct-ELISA, enzim konjugat terdapat pada molekul
immunoglobulin pertama yang langsung bereaksi dengan antigen. Pada IndirectELISA, enzim konjugat terdapat pada molekul immunoglobulin kedua yang
beraksi dengan antiserum (Crowther 1996; Dijkstra & De Jegger 1998).
Molekuler
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan cara yang sangat peka
untuk melakukan deteksi dan identifikasi patogen tanaman. Teknik ini
memberikan beberapa kelebihan bila dibandingkan cara konvensional, antara lain
tidak diperlukan pembiakan patogen pada media dan hal ini sangat
menguntungkan untuk patogen yang belum dapat dibiakkan secara in vitro seperti
virus. Teknik ini memiliki kepekaan yang tinggi dan dapat dilakukan dengan
tepat, serta dapat digunakan untuk berbagai tujuan lainnya (Henson & French
1993).
PCR merupakan metode molekuler untuk penggandaan DNA secara in
vitro menggunakan enzim dan sepasang primer yang bersifat spesifik terhadap
DNA target. Dengan metode ini, segmen tertentu pada DNA dapat digandakan
hingga jutaan kali lipat dalam waktu relatif singkat sehingga memudahkan
berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Empat komponen utama dalam
proses PCR adalah (1) DNA cetakan yaitu fragmen DNA yang akan

dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer yaitu suatu sekuen oligonukleotida
pendek

yang

digunakan

untuk

mengawali

sintesis

rantai

DNA,

(3)

deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan
(4) enzim DNA polimerase yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis
rantai DNA. Komponen lain yang juga penting adalah senyawa bufer (Yuwono
2006; Dijkstra & De Jegger 1998).
Amplifikasi DNA dimulai dengan denaturasi DNA template pada suhu
95oC selama 1-2 menit sehingga DNA yang untai ganda (double stranded) akan
terpisah menjadi untai tunggal. Tahap kedua adalah penempelan (annealing)
primer pada DNA cetakan pada suhu 56oC selama 1 menit.

Primer akan

membentuk ikatan hidrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang
komplementer dengan sekuen primer. Tahap ketiga adalah sintesis DNA pada
suhu 72oC selama 1-2 menit. Pada suhu ini akan terbentuk DNA baru berdasarkan
informasi yang ada pada DNA cetakan dengan bantuan enzim DNA polimerase.
Ketiga tahapan tersebut diulangi 25-34 siklus. Setelah PCR suhu menjadi 4oC
(Yuwono 2006; Dijkstra & De Jegger 1998).

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen
Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor mulai Februari
2009 sampai Juni 2009.

Metode
Sumber Inokulum dan Pengamatan Kejadian Penyakit di Lapang
Untuk mengetahui status penyakit di lapang, dilakukan survei di beberapa
tempat untuk mengamati kejadian penyakit yang dihitung dengan menggunakan
rumus :

KP =

n
N

x 100 %

Keterangan :
KP = Kejadian Penyakit
n = Jumlah tanaman yang menunjukan gejala
N = Jumlah tanaman yang diamati

Inokulum awal diambil dari sentra produksi tanaman anggrek di Gunung
Sindur yaitu tanaman anggrek yang menunjukkan gejala mosaik, klorotik dan
nekrotik

yang

kemudian

diinokulasikan

beberapa

kali

pada

tanaman

Chenopodium amaranticolor, Nicotiana benthamiana, N. benthamiana

dan

terakhir pada N. benthamiana lagi untuk mendapatkan virus tunggal ORSV.

Isolasi Virus
Sampel tanaman yang diduga terinfeksi ORSV diisolasi dengan
menggunakan tanaman N. benthamiana. Bagian tanaman anggrek yang positif
terinfeksi ORSV digerus dengan mortar dan pistil steril. Larutan bufer fosfat 0,05
M pH 7.0, ditambahkan dengan perbandingan 0,1 gram per 0,5 ml larutan bufer
fosfat (1:5 b/v). Kemudian cairan sap diinokulasikan ke bagian jaringan daun

tanaman N. benthamiana. Setiap tanaman diinokulasi pada 3 helai daun termuda
yang telah membuka penuh. Sebelum diinokulasi, permukaan jaringan daun
dilukai dengan menggunakan karborundum 600 mesh, kemudian sap dioleskan
dengan menggunakan cotton bud yang dilakukan searah tulang daun tanpa
digosok berlawanan arah. Setelah itu dilakukan pembilasan sisa- sisa
karborundum yang masih melekat pada daun tanaman uji dengan aquades.

Deteksi dengan Double Antibody Sandwich (DAS)-ELISA
Deteksi ORSV hasil penularan secara mekanis pada tanaman indikator
dilakukan dengan metode DAS-ELISA menurut Crowther 1995. Plat mikrotiter di
beri coating dengan antiserum ORSV sebanyak 100 μl (perbandingan antiserum
dan coating buffer 1:500) lalu diinkubasi pada suhu 4º semalam (overnight).
Setelah itu plat dicuci dengan PBST (phosphate buffer saline tween-20) [8 g
NaCl, 0,2 g KH2PO4, 1,15 g Na2HPO4, 0,2 g KCl, 0,2 g NaN3, 0,5 ml Tween 20,
pH 7,4] sebanyak 5 kali. 0,2 g daun tanaman indikator yang bergejala digerus
dalam GEB (general extract buffer) [1,3 g Na2SO3, 20 g PVP-40, 0,2 g NaN3, 2
g Powdered egg albumin, 20 g Tween-20, pH 7,4]. Sap tanaman diambil sebanyak
100 μl kemudian dimasukan kedalam sumuran plat mikrotiter. Plat mikrotiter
diinkubasi selama 2 jam pada suhu 37º. Selanjutnya plat mikrotiter dicuci 5 kali
dengan PBST. Kemudian enzim konjugat yang dilarutkan dan ECI buffer (Bovine
serum albumin 2 g, PVP-40 20 g, NaN3 0,2 g) sebanyak 100 μl dimasukan
kedalam sumuran (perbandingan konjugat dan ECI buffer 1:500) dan diinkubasi
pada suhu 37º selama 2 jam, kemudian dibilas 5 kali dengan PBST. PNP (Pnitrophenyl-phosphate) yang telah dilarutkan dalam PNP buffer (0,1 g MgCl2, 0,2
g NaN3, 97 ml dietanolamin), dimasukkan sebanyak 100 μl kedalam sumuran plat
mikrotiter dan diinkubasikan selama 30-60 menit pada suhu ruang. P