Identifikasi Empat Strain Osphronemus Gouramy Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi Dan Molekuler Dna Mitokondria Gen Cytb
IDENTIFIKASI EMPAT STRAIN Osphronemus gouramy lac.
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN MOLEKULER
DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DELLA NURYULIAWATI
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Empat
Strain Osphronemus Gouramy Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan
Molekuler DNA Mitokondria Cyt-b adalah benar karya saya dengan arahan dari
komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan
tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Maret 2015
Della nuryuliawati
NIM G34100032
ii
ABSTRAK
DELLA NURYULIAWATI. Identifikasi Empat Strain Osphronemus Gouramy
Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cytb. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS BUTET.
Gurami (Osphronemus gouramy lac.) merupakan spesies ikan air tawar
yang bernilai ekonomis tinggi. Gurami menjadi komoditas budidaya perikanan
hampir di seluruh wilayah Indonesia, khususnya Pulau Jawa, Sumatera dan
Kalimantan. Berdasarkan variasi morfologinya gurami terdiri dari delapan strain.
Strain - strain ikan gurami mudah dibedakan pada stadia dewasa, namun sulit
dibedakan saat stadia muda. Pendekatan morfologi dan molekuler dipercaya
mampu memberikan informasi akurat mengenai karakter spesifik dari masingmasing strain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi karakter
spesifik dari keempat strain gurami berdasarkan karakter morfologi dan
molekuler. Sebanyak tiga dari 21 karakter morfometrik yakni panjang sebelum
sirip dorsal, panjang kepala dan tinggi badan setelah sirip dorsal merupakan
karakter yang paling berpengaruh dalam membedakan keempat strain. Sedangkan
pada karakter meristik terdapat tiga karakter dari 6 karakter yang paling
berpengaruh dalam membedakan keempat strain yakni jumlah sirip dorsal, linea
lateralis dan warna data hasil analisis molekuler menunjukkan empat strain
gurami (soang, bastar, jepun, porselin) terbagi menjadi tiga kelompok. Jarak
genetik diantara seluruh strain gurami berkisar antara 0,0018 – 0,0063 dimana
strain gurami asal Indonesia secara molekuler terpisah dari gurami asal Spanyol,
data didapat dari GenBank.
Kata kunci: cytochrome-b, morfometrik, meristik, molekuler, Osphronemus
gouramy lac., strain lokal.
iii
ABSTRACT
DELLA NURYULIAWATI. Identification of Four Strain Osphronemus Gouramy
Lac. Based on Morphological and Molecular Character with DNA Mitokondria
Gen Cyt-b. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS
BUTET.
Gouramy (Osphronemus gouramy lac) is an economical important
freshwater species. It has been a culture commodity throughout Indonesia,
especially in Java Island, Borneo Island and Sumatera Island. It consists of eight
strains based on morphological variation. Those strains are easily distinguished at
adult stage; while at younger stage they’re dificult to be identified. Morphological
and molecular approaches are expected to provide acurate information on spesific
character of each strain. The objective of this study was to identify spesific
character of 4 strains gouramy based on morphological and molecular characters.
Three out of 21 morphometric character, i.e., length to dorsal fin, head length, and
body height, were accounted for strain variation. In addition, three of six meristic
characters, i.e., number of dorsal fin, linea lateralis, and color, were significantly
diferent in each strain. Data analysis based morphology indicated that four strain
of gouramy (soang, bastar, porselin dan jepun) could be clustered into three
groups. Genetic distance between those were 0,0018 – 0,0063 local indonesian
gouramy was molecularly diferent from spanish gouramy, data acquired from
GenBank.
Keyword : cytochrome-b, morphometric, meristic, Osphronemus gouramy lac,
local strain.
iv
v
IDENTIFIKASI EMPAT STRAIN Osphronemus gouramy lac.
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN
MOLEKULER DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DELLA NURYULIAWATI
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biologi
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014
vi
v
viii
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada kehadirat Allah subhanahu wa
ta’ala atas curahan nikmat-Nya sehingga skripsi dengan judul Identifikasi Empat
Strain Ophronemus Gouramy (Soang, Bastar, Jepun, Porselin) Berdasarkan
Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cyt-b berhasil
diselesaikan. Penelitian dimulai dari bulan Februari 2014 hingga Desember 2014.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Dedy Duryadi Solihin,
DEA dan Ibu Dr Ir Nurlisa A. Butet, MSc selaku pembimbing, yang telah
memberikan ilmu, pengarahan dan bimbingannya yang tulus kepada penulis.
Penelitian ini tidak akan pernah terselesaikan tanpa bantuan dana dari dana
penelitian BOPTN – Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi atas nama Dr. Dedy
Duryadi Solihin, DEA. Ungkapan terimakasih juga penulis ucapkan pada kedua
orangtua penulis yakni Bapak Muhammad Darussalam dan Ibu Endah Farida atas
segala do’a dan dukungannya yang tiada terkira. Ucapan terimakasih juga penulis
sampaikan kepada Bapak Herry yang telah banyak memberi bimbingan teknis
dalam melaksanakan penelitian di Laboratorium Molekuler Hewan PPSHB, serta
kepada Bapak Jusmaldi, Bapak Harri, Ibu Catur, Bapak Alfred, Bapak Tedjo yang
senantiasa memberikan masukan dalam melakukan penelitian ini. Ucapan
terimakasih penulis sampaikan kepada sahabat seperjuangan (Yuli, Ledy, Syipa,
Ismi, Rastya, dan Suri), serta kepada rekan – rekan laboratorium biomolekuler
PPSHB dan Fakultas Perikanan, serta kepada teman-teman jurusan biologi
angkatan 47, serta kepada keluarga besar Ikatan Santri Mahasiswa Al-Ihya atas
segala dukungan, bantuan, dan nasehat yang telah diberikan selama penelitian.
Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada seluruh keluarga dantemantemanatas segala doa dan kasih sayangnya.
Semoga skripsi ini bermanfaat dan menambah khasanah ilmu pengetahuan
bagi kita semua.
Bogor, Maret 2015
Della Nuryuliawati
ix
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
1
LatarBelakang
1
Tujuan Penelitian
2
METODE
2
Bahan
2
Alat
2
Prosedur Pelaksanaan Penelitian
2
HASIL DAN PEMBAHASAN
5
SIMPULAN
10
SARAN
10
PUSTAKA
10
vi
x
DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5
Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984)
Karakter morfometrik yang diukur
Matriks jarak morfometrik
Hasil penghitungan 6 karakter meristik gurami
Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy
3
4
7
8
9
DAFTAR GAMBAR
1 Skema pengukuran 21 karakter morfometrik gurami
2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik ukuran
tubuh relatif.
3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik.
4 Kontruksi pohon filogeni Osphronemus gouramy lac.dengan metode
p-distance
3
6
7
9
DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4
Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.)
Data hasil pengukuran morfometrik gurami
Data hasil penghitungan meristic gurami
Data nilai rata-rata 21 ukuran relative 4 strain Osphronemus gouramy
lac.
12
13
14
15
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Gurami merupakan salah satu komoditas utama budidaya ikan air tawar di
Indonesia. Menurut data Dinas Perikanan dan Kelautan Indonesia, jumlah
produksi ikan gurami per tahunnya menempati urutan ke - 10 terbesar untuk
kategori perikanan budidaya setelah rumput laut, udang, kerapu, kakap, bandeng,
mas, nila, lele dan patin. Angka tersebut masih terus menerus meningkat setiap
tahunnya seiring dengan permintaan konsumen yang semakin meningkat (KKP
2011). Harga gurami yang relatif mahal di pasaran tidak membuat permintaan
akan ikan gurami semakin surut. Gurami pada umumnya disukai konsumen
karena memiliki rasa yang gurih, tekstur daging yang kompak, jumlah duri yang
sedikit dan dagingnya rendah lemak (Sendjaja & Rizki 2002).
Terdapat delapan strain gurami yang dibudidayakan di Indonesia yakni
soang, bastar, jepun, porselin, padang, bluesafir, paris dan batu. Gurami yang
memiliki keunggulan dibanding gurami lainnya adalah strain soang, blue safir dan
paris (Sendjaja & Rizki 2002). Keunggulan gurami soang, blue safir dan paris
adalah jumlah telur yang dihasilkan sangat banyak yakni sekitar 5000 butir setiap
kali pemijahan. Banyaknya petani yang membudidayakan gurami soang, blue safir
dan paris membuat ketiga strain gurami ini mudah sekali ditemui di pasaran.
Strain gurami unggul lainnya adalah gurami bastar. Gurami bastar memiliki
ukuran tubuh paling besar, daya tahan tubuhnya kuat dan waktu pertumbuhan
yang paling cepat. Jumlah telur gurami bastar lebih sediikit dibandingkan strain
lainnya, yaitu berkisar 2000 – 3000 butir per pemijahan. Selain gurami dengan
karakter unggul, terdapat strain gurami yang memiliki karakter yang kurang
menguntungkan seperti gurami batu. Gurami batu memiliki waktu pertumbuhan
yang lambat dan ukuran maksimum yang kecil sehingga jarang dibudidayakan
(Khairuman & Amri 2002). Adanya karakter yang unggul dan karakter yang
kurang unggul dari strain gurami tertentu menuntut pembudidaya gurami untuk
dapat membedakan gurami strain satu dengan yang lainnya secara tepat. Namun
untuk dapat membedakan antara strain gurami satu dengan yang lainnya bukanlah
hal yang mudah. Karakter fisik yang mirip terutama pada stadia muda dan
persilangan antar strain secara tidak terkendali menyulitkan petani untuk
membedakan strain asli gurami satu dengan yang lainnya. Terlebih lagi, karakter
fisik gurami pada tahap pembenihan menunjukan penampilan fenotipik yang tidak
jauh berbeda sehingga strain – strain gurami terlihat secara fisik sama. Salah satu
upaya untuk dapat membedakan strain – strain ikan gurami adalah dengan metode
DNA barcoding.
DNA barcoding adalah identifikasi spesies berdasarkan urutan pendek ruas
DNA pada suatu organisme secara cepat dan akurat (Herbert et al. 2004). Ruas
DNA yang sering digunakan dalam metode DNA barcoding adalah DNA yang
berasal dari mitokondria (mtDNA) yakni CO1 (cytochrome oxydase subunit I) dan
cytochrome-b. Genom mitokondria merupakan genom sitoplasmik yang
diwariskan secara uniparental dan tidak mengalami rekombinasi sehingga species
sibling bisa dipastikan mempunyai mtDNA dengan nilai kesamaan yang tinggi
(Kochzious et al. 2010). Marka cytochrome-b sangat tepat untuk digunakan
2
sebagai pembeda individu pada level interspesies maupun level subspecies.
Cytochrome-b umum digunakan dalam identifikasi intraspesies ikan (Teletchea
2009). Gen cytochrome-b telah berhasil mengidentifikasi ikan tuna pada level
intraspesies (Mei et al. 2012).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakter spesifik empat strain
gurami yaitu soang, bastar, jepun dan porselin berdasarkan pendekatan morfologi
dan molekuler.
METODE
Penelitian dilakukan di laboratorium molekuler - Gedung Pusat Penelitian
Keanekaragaman Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) serta laboratorium terpadu
Departemen Biologi – FMIPA IPB. Karakterisasi strain gurami dilakukan melalui
dua jenis pendekatan yakni identifikasi morfologi dan DNA barcoding.
Identifikasi morfologi mencakup pengukuran morfometrik dan penghitungan
meristik. Metode DNA barcoding menggunakan gen cyt-b dilakukan untuk
mendapatkan keakuratan identitas keaslian genetik ikan gurami.
Bahan
Bahan utama yang digunakan sebagai sampel adalah gurami jenis soang,
jepun, bastar dan porselin yang didapatkan dari Unit Pelaksana Teknis Ciseeng
(UPT Ciseeng) Bogor (lampiran 1). Sampel dikumpulkan pada bulan Februari
hingga Desember tahun 2014 secara bertahap. Jumlah ikan gurami yang
dikumpulkan berjumlah 100 ekor dengan jumlah gurami masing – masing strain
sebanyak 25 ekor.
Bahan penelitian yang digunakan adalah Qiagen DNA kit, etanol absolut,
etanol 70%, buffer PCR mix, primer ogoCB-F (5’-AACCACCGTTGTTATTCAA
CTACAA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA
CCG-3’), nuclease free water, gel agarose, bufer 1x TAE, ladder, loading dye
dan etidium bromida.
Alat
Alat yang digunakan untuk pengukuran morfometrik adalah kaliper dengan
ketelitian 0.01 mm, pinset, pisau, dan plastik sampel. Alat-alat seperti inkubator,
tabung ependorf, mesin PCR, elektroforator, sentrifuser, pipet mikro, vortex, gel
doc, UV ilumination, tabung mikro, tabung mikro 1.5 ml dan tabung mikro PCR.
Prosedur Pelaksanaan Penelitian
Identifikasi karakter meristik empat jenis ikan gurami.
Sampel ikan gurami dianalisis berdasarkan enam karakter meristik.
Karakter yang dianalisis dapat dilihat pada Tabel 1 dan hasil penghitungan
meristik dapat dilihat pada lampiran 2.
3
Tabel 1 Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984).
1
2
3
4
5
6
Karakter meristik
Jumlah sirip dorsal (JD)
Jumlah sirip ventral (JV)
Jumlah sirip anal (JA)
Jumlah sirip pektoral (JP)
Linea lateralis (LL)
Warna (W)
Keterangan
Banyaknya jari-jari pada sirip dorsal.
Banyaknya jari-jari pada sirip ventral.
Banyaknya jari-jari pada sirip anal.
Banyaknya jari-jari pada sirip anal.
Banyaknya sisik di sepanjang linea lateralis.
Warna sisik ikan.
Sampel yang telah ditentukan karakternya kemudian dikelompokan
berdasarkan kemiripan morfologi. Anggota pada setiap kelompok tidak ditentukan
batas minimumnya. Hal ini diterapkan karena sampel yang dikoleksi jumlahnya
terbatas yang memungkinkan jumlah anggota pada setiap kelompok berbeda-beda.
Pengukuran karakter morfometrik
Selain dilakukan pengukuran meristik pada sampel dilakukan pula
pengukuran karakter morfometrik. Pengukuran karakter morfometrik meliputi 16
karakter. Karakter yang diukur terinci pada Tabel 2 sedangkan skema pengukuran
terhadap sampel diperlihatkan oleh Gambar 1 dan hasil pengukuran meristik dapat
dilihat pada lampiran 3.
Keterangan: panjang total (PT), panjang baku (PB), panjang kepala (PK), lebar kepala (LK), tinggi kepala (TK), lebar
badan (LB), panjang sirip dorsal (PSD), panjang sebelum sirip dorsal (PSSD), panjang sebelum sirip ventral (PSSV),
panjang sebelum sirip anal (PSSA), panjang moncong (PM), diameter mata (DM), tinggi badan sebelum sirip dorsal
(TSBD), tinggi badan setelah sirip dorsal (TSTD), panjang dasar sirip ekor (PDSE), panjang dasar sirip dorsal (PDSD),
panjang dasar sirip ventral (PDSV), panjang sirip ventral (PSV), panjang sirip pectoral (PSP), lebar mata orbital (MO),
panjang rahang (PR).
Gambar 1 skema pengukuran 16 karakter morfometrik gurami.
4
Tabel 2 Karakter morfometrik yang diukur
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Karakter morfometrik
Panjang total (PT)
Keterangan
Ukuran tubuh terpanjang, diukur dari mulai
moncong terdepan hingga ujung sirip ekor
paling belakang.
Panjangbaku (PB)
Jarak antara moncong terdepan hingga
pangkal sirip ekor.
Panjangkepala (PK)
Jarak antara moncong terdepan hingga
bagian paling belakang operculum.
Lebarkepala (LK)
Jarak paling lebar antara kedua operculum.
Tinggi kepala (TK)
Jarak tertinggi antara sisi atas dan sisi
bawah kepala.
Lebar badan (LB)
Jarak paling lebar antar kedua sisi badan
ikan.
Panjang sirip dorsal (PSD)
Ukuran panjang sirip dorsal mulai dari
pangkal sirip dorsal hingga ujung sirip
dorsal.
Panjang sebelum sirip dorsal Ukuran panjang tubuh mulai dari moncong
(PSSD)
hingga pangkal sirip dorsal.
Panjang sebelum sirip ventral Ukuran panjang tubuh mulai dari moncong
(PSSV)
hingga pangkal sirip ventral.
Panjangmoncong (PM)
Jarak antara ujung moncong terdepan
hingga sisi terdepan diameter mata.
Diameter mata (DM)
Ukuran diameter bola mata.
Panjang dasar sirip dorsal (PDSD) Panjang sisi sirip dorsal yang menempel
pada badan.
Panjang dasar sirip pectoral Panjang sisi sirip pectoral yang menempel
(PDSP)
pada badan.
Panjang sirip ventral (PSV)
Total panjang sirip ventral.
Lebar mata orbital (MO)
Jarak antara kedua bola mata.
Panjang rahang (PR)
Ukuran panjang rahang.
Setelah didapatkan hasil pengukuran morfometrik dari 16 karakter
Osphronemus gouramy lac. selanjutnya dihitung nilai rata-ratanya per kelompok.
Data morfometrik rata-rata selanjutnya dibuat ke dalam bentuk ukuran tubuh
relatif mengacu pada Soewardi et al. (1995). Data ukuran tubuh relatif digunakan
untuk pengolahan data dengan menggunakan analisis gerombol dan analisis
diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011). Hasil penghitungan ukuran tubuh
rekatif dapat dilihat pada lampiran 4.
Identifikasi karakter molekuler
1. Isolasi dan ekstraksi DNA. Jaringan yang digunakan untuk ekstraksi
DNA ialah jaringan otot dekat sirip dorsal. Jaringan otot diawetkan dalam
alkohol absolut. Sebelum dilakukan isolasi dan ekstraksi, sampel otot ikan
gurami harus dibebaskan dari alkohol. Sampel dicuci dengan Tris EDTA
lalu dilakukan vortex, pencucian dilakukan sebanyak 10 kali pengulangan.
Jaringan otot yang telah dicuci ditimbang sebanyak 0,3 gram. Selanjutnya
ditambahkan 200µl buffer ATL dan 20µl proteinase K. Kemudian
dilakukan vortex dan swing lalu inkubasi pada suhu 56°C selama 10 menit.
Setelah sel mengalami lisis lalu ditambahkan 200µl buffer AL, vortex,
5
swing, dan diinkubasi pada suhu 56°C selama 10 menit. Kemudian
kedalam tabung sampel ditambahkan 200µl ethanol absolut, disentrifugasi
pada kecepatan 13000 RPM selama 1 menit. Supernatan yang terbentuk
dipindahkan ke spin kolom lalu disentrifugasi pada kecepatan 8000 RPM
selama 1 menit, larutan pada wadah penampung dibuang. Kemudian
ditambahkan 100µl AW1, disentrifugasi 8000 RPM selama 1 menit,
larutan pada penampung dibuang. Selanjutnya ditambahkan 500µl AW2,
disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 3 menit, larutan pada penampung
dibuang, lalu disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 1 menit. Selanjutnya
larutan dipindahkan ke tube baru 2,5 ml, kemudian ditambahkan 100µl
buffer AL. Inkubasi larutan pada suhu ruang selama 15 menit, lalu
disentrifugasi pada 8000 RPM selama 1 menit. Kemudian DNA disimpan
dalam freezer hingga tahap berikutnya.
2. Amplifikasi DNA. Amplifikasi ruas gen cyt-b dilakukan dengan
menggunakan primer ogoCB-F (5’AACCACCGTTGTTATTCAACTAC
AA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA
CCG-3’) koleksi Dr. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Amplifikasi DNA
dilakukan dengan menggunakan kit Qiagen. Total volume untuk pereaksi
PCR yaitu 25µl, mengandung 1µl 10x taq buffer, 1µl dNTPs mix, 0,05 µl
taq polimerase, 1 µl DNA template, 1µl primer forward, 1µl primer
reverse dan nuclease free water. Proses PCR dilakukan sebanyak 35
siklus. Proses PCR mencakup beberapa tahapan yakni pra PCR pada suhu
94°C selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik,
annealing pada suhu 59°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu 72°C
selama 30 detik dan pasca sintesis pada suhu 52°C selama 5 menit.
3. Visualisasi DNA hasil amplifikasi. DNA hasil amplifikasi kemudian
dianalisis dengan elektroforesis pada gel agarosa 1.2%. Proses
elektroforesis menggunakan tegangan konstan 80 volt selama 60 menit.
Hasil elektroforesis selanjutnya divisualisasi menggunakan Gel Doc UV.
Hasil positif memperlihatkan pita DNA yang teramplifikasi sebesar 1320
bp.
4. Sekuensing DNA hasil amplifikasi. Hasil PCR dari DNA masing –
masing sampel yang telah berhasil diamplifikasi kemudian disekuensi.
Proses sequencing DNA dilakukan oleh perusahaan penyediakan jasa
sequencing DNA yakni Integrated DNA Technology (IDT) – Singapura
yang dikirim melalui PT. Genetika Science, Indonesia.
Analisis data morfometrik
Setelah didapatkan data morfometrik dari setiap kelompok ikan gurami
selanjutnya data tersebut digunakan untuk menjelaskan identitas, keragaman, dan
pola kekerabatan empat strain ikan gurami. Data dianalisis menggunakan program
SPSS dan XLSTAT. Tipe analisis yang digunakan adalah analisis gerombol dan
analisis diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011).
Analisis data molekuler
Runutan nukleotida yang diperoleh dari hasil kromatogram diedit
menggunakan software BioEdit Sequence Alignment Editor 6,32. Runutan
6
nukleotida yang telah diedit dibandingkan dengan runutan nukleotida ikan gurami
yang terdapat pada GenBank menggunakan BLASTn. Sekuen pembanding yang
digunakan adalah sekuen DNA ikan gurami dari GenBank dengan kode akses
AY7676. Selanjutnya runutan – runutan nukleotida disejajarkan dengan
menggunakan program Clustal IV menggunakan software MEGA 5. Kontruksi
pohon filogeni dilakukan dengan program MEGA 5 menggunakan jarak genetik
p-distance dan metode bootstrap neighbor-joining (NJ) 1000 kali pengulangan
(Tamura et al. 2014).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hierarchichal Component Analysis terhadap 16 karakter pengukuran
morfometrik gurami.
Pengelompokan strain gurami berdasarkan data morfometrik dilakukan
dengan menggunakan Hierarchical Component Analysis dan menghasilkan pohon
fenetik (Gambar 2). Ketidaksamaan tertinggi dijumpai antara strain jepun dan
bastar, sedangkan ketidaksamaan terendah dijumpai antara strain porselin dengan
strain jepun.
Gambar 2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik
ukuran tubuh relatif.
Hasil Hierarchichal Component Analysis memperlihatkan strain gurami
terbagi menjadi dua kelompok, yakni kelompok satu terdiri dari strain porselin,
jepun dan soang dan kelompok dua hanya terdiri dari strain bastar. Jarak
kesamaan morfometrik antara kelompok satu dengan kelompok dua sebesar 99,83.
Jarak ketidaksamaan antara kelompok 1a dengan kelompok 1b sebesar 99,95.
Sedangkan jarak ketidaksamaan morfometrik antara strain jepun dengan strain
porselin sebesar 99,98.
7
Analisis diskriminan terhadap 16 karakter pengukuran morfometrik gurami
Analisis diskriminan terhadap 16 ukuran karakter morfometrik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis morfometrik empat strain
gurami. Hasil analisis diskriminan pada Gambar 3 menunjukan bahwa keempat
strain gurami saling beririsan satu sama lain. Irisan yang terbentuk antar strain
gurami menunjukkan adanya karakter umum antar strain. Khusunya strain
porselin memiliki karakteristik umum yang juga dimiliki oleh ketiga strain
lainnya.
Gambar 3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik.
Hierarchichal Component Analysis terhadap karakter penghitungan meristik
gurami.
Hasil penghitungan meristik gurami dianalisis menggunakan Hierarchical
Component Analysis dan menghasilkan pohon fenetik yang mengelompokan
keempat strain gurami (Gambar 4). Hasil Hierarchichal Component Analysis
memperlihatkan strain gurami terbagi menjadi dua kelompok, yakni kelompok
satu terdiri dari strain soang, jepun dan bastar, dan kelompok dua hanya terdiri
dari strain porselin. Jarak kesamaan meristik antara kelompok satu dengan
kelompok dua sebesar 99,79. Jarak kesamaan meristik antara kelompok 1a dengan
kelompok 1b sebesar 99,96. Sedangkan jarak kesamaan meristik antara strain
jepun dengan strain porselin sebesar 99,99.
8
Gambar 4 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data meristik ukuran
tubuh relatif.
Analisis diskriminan terhadap 7 karakter pengukuran meristik gurami
Analisis diskriminan terhadap 7 ukuran karakter meristik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis meristik empat strain gurami.
Hasil analisis diskriminan pada Gambar 5 menunjukan bahwa keempat strain
gurami saling beririsan satu sama lain dan terdapat beberapa hasil pengukuran
yang saling bertumpuk. Irisan yang terbentuk antar strain gurami menunjukkan
adanya karakter umum yang dimiliki antar strain. Adanya penumpukan antara
hasil pengukuran meristik dari organisme yang berbeda menunjukkan kesamaan
hasil pengukuran meristik. Hasil penghitungan meristik strain jepun menyebar
ditengah ketiga strain lainnya dan strain jepun memiliki karakteristik umum yang
juga dimiliki oleh ketiga strain lainnya. Penyebaran karakter meristik strain
porselin memiliki cakupan penyebaran yang luas dan beririsan dengan ketiga
strain lainnya.
Gambar 5 Hasil analisis diskriminan pada meristik.
9
Analisis molekuler empat strain gurami
Hasil sekuen dari empat strain gurami dianalisis dengan
membandingkannya dengan sekuen gurami yang telah dipublikasikan sebelumnya
di Gen Bank. Sekuen yang digunakan sebagai perbandingan terhadap empat strain
gurami yakni gurami yang berasal dari Spanyol dengan kode AY76376. Hasil
analisis molekuler ditunjukkan oleh jarak genetik pada Tabel 7 dan pohon filogeni
pada Gambar empat yang menggambarkan hubungan kekerabatan diantara empat
strain gurami. Jarak genetik dan pohon filogeni dianalisis melalui model pairwise
distance atau p-distance. Jarak genetik dihitung berdasarkan jumlah perbedaan
nukleotida pada total nukleotida yang disejajarkan. Semakin besar persentase
jarak genetic maka semakin besar perbedaan susunan basa nukleotida pada sampel
mtDNA (Nei dan Kumar 2000).
Hasil kontruksi pohon filogeni menunjukan keempat strain gurami asal
Indonesia mengelompok terpisah dari gurami asal Spanyol dengan jarak genetik
sebesar 0,0073. Keempat strain gurami indonesia membentuk dua kelompok,
kelompok satu terdiri dari strain bastar, strain soang dan strain jepun dan
kelompok dua hanya terdiri dari strain porselin. Jarak genetik antara srain porselin
dengan strain bastar, jepun dan soang sebesar 0,0057. Sedangkan jarak genetik
antara soang, bastar dan jepun adalah sebesar 0,0021.
Tabel 5 Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy lac.
Strain
AY76376
Bastar
Jepun
Porselin
Soang
AY76376
Bastar
Jepun
Porselin
0,0071
0,0054
0,0098
0,0071
0,0018
0,0063
0,0027
0,0045
0,0018
0,0063
Gambar 4 Kontruksi pohon filogeni Osphronemus gouramy lac.dengan metode pdistance
10
SIMPULAN
Secara umum analisis molekuler terbukti akurat dan mampu menelusuri
karakter spesifik empat strain ikan gurami dengan pemisahan kelompok
berdasarkan kemiripan sekuen nukleotidanya. Hasil analisis morfologi melalui
penghitungan meristik menunjukan hasil yang serupa dengan hasil analisis
molekuler, namun terdapat perbedaan antara hasil analisis karakter morfologi
melalui pengukuran mormometrik dengan hasil analisis molekuler.
SARAN
Perlu kajian molekuler dengan marka gen lainnya untuk memperkuat
keakuratan penelusuran asal usul strain ikan gurami sebagai tahapan dasar untuk
budidaya dan pengelolaan ikan gurami.
DAFTAR PUSTAKA
Herbert N, Hanner R, Holm E, Taylor E, Burridge W, Watkinson D, Dumon P, Curry
A, Bentzen P, Zhang, April J, Bernatchez, 2004. Identifying Canadian Fresh
Water Fisher Through DNA Barcode. J Plos One. 3: 174-180.
[KKP] Kementrian Kelautan dan Perikanan. 2011. Kelautan dan Perikanan dalam
Angka Edisi Tahun 2011. Jakarta : Pusat Data dan Informasi Statistik
Sekertariat Jenderal Kelautan dan Perikanan.
Kochzious M, Seidel C, Antoniou A, Botla SK, Campo D, Cariani A, Vazquez EG,
Hauschild J, Hervert C, Hjorleifsdottir S, et al. 2010. Identifying Fishes
through DNA Barcodes and Microarrays.Doi :10.1371/journal pone 001620.
Khairuman, Amri K. 2002. Pembenihan Gurame Secara Intensif. Jakarta : Penebar
swadaya.
Matjik AA, Sumertajaya IM. 2011. Sidik Peubah Ganda. Bogor (ID): Departemen
Statistika Institut Pertanian Bogor.
Mei CT, Chuen TJ, Peter JS, Yin HH. 2012. Interspesific and Intraspesific
Genetic Diversity Of Thunnus Species. Pingtung (RRC) : Department of
Aquaculture.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York (US):
OxfordUniversity Pr.
Saanin, H. 1984, Taksonomi Dan Kunci Identifikasi Ikan. Jakarta : Bina cipta.
Sendaja J.T., Riski M.H., 2002. Usaha Pembenihan Gurami. Jakarta : Penebar
swadaya.
Soewardi K, Rachmawati R, Bengen DG, Affandi R. 1995. Penelusuran varietas
ikan gurame, Osphronemus gouramy, Lacepede, dengan menggunakan
analisis komponen utama. Jurnal Ilmu-ilmu Perairan dan Perikanan
Indonesia 3: 1-15.
Tamura K, Peterson P, Peterson N, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA 5: molecular
evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary
distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol. 28: 27312739.
11
Teletchea F. 2009. Molecular Identification Methods For Fish Species :
Reassesment and Possible Application. Fish Biol Fisheries. 19 : 265-293.
LAMPIRAN
12
LAMPIRAN
Lampiran 1 Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.)
Ikan Gurami Fase Bibit
Strain bastar berjumlah 25 ekor
Strain soang berjumlah 25 ekor
Strain jepun berjumlah 25 ekor
Strain porselin berjumlah 25
Ikan Gurami Fase dewasa
Strain bastar
Strain jepun
Strain soang
Strain porselin
13
Lampiran 2. Data hasil pengukuran morfometrik gurami
S1
S2
S3
S4
S5
S6
S7
S8
S9
S10
S11
S12
S13
S14
S15
S16
S17
S18
S19
S20
S21
S22
S23
S24
S25
J1
J2
1
12,77
15,36
12,50
14,00
14,70
15,70
16,20
15,90
15,00
15,30
15,40
15,90
16,14
16,82
17,00
17,34
15,59
15,74
15,96
13,55
14,00
14,27
15,39
15,50
15,71
14,3
14,08
2
9,90
22,66
9,76
22,60
22,80
23,00
12,25
11,95
11,70
12,00
12,25
12,75
12,99
12,52
12,70
13,04
12,19
12,34
12,56
10,55
11,00
11,27
11,39
11,50
11,71
11,34
11,12
3
5,70
6,66
5,80
6,60
6,80
7,00
7,70
7,40
7,00
7,30
7,14
7,64
7,88
7,47
7,65
7,99
6,85
7,00
7,22
6,05
6,50
6,77
6,59
6,70
6,91
6,68
6,46
4
4,70
5,96
4,86
5,90
6,10
6,30
5,89
5,59
5,70
6,00
5,70
6,20
6,44
6,12
6,30
6,64
6,05
6,20
6,42
5,31
5,76
6,03
4,99
5,10
5,31
5,68
5,46
5
4,00
4,53
4,84
4,47
4,67
4,87
4,50
4,20
3,90
4,20
4,08
4,58
4,82
4,92
5,10
5,44
4,72
4,87
5,09
3,85
4,30
4,57
4,09
4,20
4,41
4,35
4,13
6
4,96
5,12
3,60
5,06
5,26
5,46
5,38
5,08
5,34
5,64
5,23
5,73
5,97
6,02
6,20
6,54
5,85
6,00
6,22
4,85
5,30
5,57
4,89
5,00
5,21
5,4
5,18
7
3,20
3,86
3,36
3,80
4,00
4,20
4,00
3,70
4,00
4,30
3,50
4,00
4,24
4,12
4,30
4,64
3,95
4,10
4,32
3,62
4,07
4,34
2,89
3,00
3,21
3,8
3,58
8
1,60
1,36
1,53
1,30
1,50
1,70
1,28
0,98
1,50
1,80
1,20
1,70
1,94
1,22
1,40
1,74
1,85
2,00
2,22
0,95
1,40
1,67
1,39
1,50
1,71
1,87
1,65
9
4,65
5,25
4,66
5,19
5,39
5,59
5,20
4,90
5,00
5,30
4,90
5,40
5,64
4,80
4,98
5,32
6,00
6,15
6,37
4,55
5,00
5,27
4,79
4,90
5,11
4,98
4,76
10
2,40
1,73
2,27
1,67
1,87
2,07
1,89
1,59
1,70
2,00
1,20
1,70
1,94
2,05
2,23
2,57
1,85
2,00
2,22
1,22
1,67
1,94
2,53
2,64
2,85
1,4
1,18
11
2,40
4,01
2,43
3,95
4,15
4,35
4,47
4,17
4,80
5,10
4,75
5,25
5,49
4,92
5,10
5,44
4,85
5,00
5,22
4,43
4,88
5,15
4,85
4,96
5,17
4,7
4,48
12
2,10
4,33
2,54
4,27
4,47
4,67
4,67
4,37
4,47
4,77
4,30
4,80
5,04
4,52
4,70
5,04
4,95
5,10
5,32
4,05
4,50
4,77
4,25
4,36
4,57
4,38
4,16
13
2,20
1,22
1,77
1,16
1,36
1,56
1,27
0,97
1,17
1,47
0,63
1,13
1,37
1,21
1,39
1,73
1,23
1,38
1,60
0,65
1,10
1,37
0,99
1,10
1,31
1,87
1,65
14
0,80
0,93
0,95
0,87
1,07
1,27
1,10
0,80
1,00
1,30
0,40
0,90
1,14
0,82
1,00
1,34
0,83
0,98
1,20
0,63
1,08
1,35
0,77
0,88
1,09
1,1
1,12
15
0,94
1,36
0,90
1,30
1,50
1,70
1,70
1,40
1,50
1,80
0,90
1,40
1,64
1,32
1,50
1,84
1,42
1,57
1,79
0,91
1,36
1,63
1,19
1,30
1,51
1,33
1,11
16 AVERAGE
1,14
3,55
0,86
4,73
1,19
3,68
0,80
4,61
1,00
4,83
1,20
5,07
1,04
4,65
0,74
4,35
1,08
4,29
1,38
4,59
0,57
3,98
1,07
4,48
1,31
4,72
0,92
4,55
1,10
4,73
1,44
5,07
1,05
4,58
1,20
4,73
1,42
4,95
0,55
3,84
1,00
4,26
1,27
4,53
0,99
4,20
1,10
4,31
1,31
4,52
0,9
4,11
1
3,92
14
J3
J4
J5
J6
J7
J8
J9
J10
J11
J12
J13
J14
J15
J16
J17
J18
J19
J20
J21
J22
J23
J24
J25
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
14,44 11,48 6,82 5,82 4,49 5,54 3,94 2,01 5,12 1,54 4,84
13,98 11,38 6,29 5,42 4,25 5,34 3,8 1,34 4,5 1,6 4,2
13,87 11,27 6,18 5,31 4,14 5,23 3,69 1,23 4,39 1,49 4,09
14,1
11,5 6,41 5,54 4,37 5,46 3,92 1,46 4,62 1,72 4,32
13,92 11,32 6,23 5,36 4,19 5,28 3,74 1,28 4,44 1,54 4,14
13,7
11,1 7,03 5,18 3,84 5,33 3,57 1,45 4,35 1,66 4,19
13,64 11,04 6,97 5,12 3,78 5,27 3,51 1,39 4,29 1,6 4,13
13,79 11,19 7,12 5,27 3,93 5,42 3,66 1,54 4,44 1,75 4,28
13,83 11,23 7,16 5,31 3,97 5,46 3,7 1,58 4,48 1,79 4,32
14,08 11,15 6,88 5,53 4,43 4,73 3,66 1,61 4,67 1,43 4,79
14,15 11,22 6,95
5,6 4,5 4,8 3,73 1,68 4,74 1,5 4,86
14,12 11,13 6,86 5,51 4,41 4,71 3,64 1,59 4,65 1,41 4,77
13,75 10,82 6,55
5,2 4,1 4,4 3,33 1,28 4,34 1,1 4,46
14,24 11,31 7,04 5,69 4,59 4,89 3,82 1,77 4,83 1,59 4,95
13,86 11,06 6,13
5,4 3,76 5,25 3,5 1,7 4,88 1,6 4,6
13,8
11 6,07 5,34 3,7 5,19 3,44 1,64 4,82 1,54 4,54
13,92 11,12 6,19 5,46 3,82 5,31 3,56 1,76 4,94 1,66 4,66
13,97 11,17 6,24 5,51 3,87 5,36 3,61 1,81 4,99 1,71 4,71
12,8 10,18 5,25 5,38 4,08 5,09 3,56 1,47 4,45 1,5 3,76
12,85 10,23
5,3 5,43 4,13 5,14 3,61 1,52 4,5 1,55 3,81
12,812 10,192 5,262 5,392 4,09 5,1 3,57 1,48 4,46 1,51 3,77
12,69 10,07 5,14 5,27 3,97 4,98 3,45 1,36 4,34 1,39 3,65
12,71 10,09 5,16 5,29 3,99
5 3,47 1,38 4,36 1,41 3,67
13,98 10,88 6,91 4,85 4,02 4,36 3,86 1,56 4,44 1,37 4,5
14,1
11 7,03 4,97 4,14 4,48 3,98 1,68 4,56 1,49 4,62
12,7
9,56
6,1
4,9 4,3 4,7 3,17 1,56 4,6 1,97 3,02
14,01 10,91 6,94 4,88 4,05 4,39 3,89 1,59 4,47 1,4 4,53
13,36 10,84
6,8
4,8 4,1 4,2 3,76 1,6 4,46 1,49 4,64
12,5
9,4
6,1
4,4 4,3 3,8 3,38 1,6 4,8 1,9 2,8
12,59
9,49 6,19 4,49 4,39 3,89 3,47 1,69 4,89 1,99 2,89
4,52
4,1
3,99
4,22
4,04
3,95
3,89
4,04
4,08
4,53
4,6
4,51
4,2
4,69
4,2
4,14
4,26
4,31
3,76
3,81
3,77
3,65
3,67
3,95
4,07
2,19
3,98
4,05
2,3
2,39
2,01
1,15
1,04
1,27
1,09
1,5
1,44
1,59
1,63
1,06
1,13
1,04
0,73
1,22
1,4
1,34
1,46
1,51
1,24
1,29
1,25
1,13
1,15
0,93
1,05
1,5
0,96
1
1,53
1,62
1,24 1,47 1,04
1,1 1,36 1,05
0,99 1,25 0,94
1,03 1,48 1,05
1,04
1,3 0,99
1
1,4 0,96
0,94 1,34 0,9
1,09 1,49 1,05
1,13 1,53 1,09
1,24 1,51 0,99
1,31 1,58 1,06
1,22 1,49 0,97
0,91 1,18 0,66
1,4 1,67 1,15
1 1,38
1
0,94 1,32 0,94
1,06 1,44 1,06
1,11 1,49 1,11
1,1 1,06 0,75
1,15 1,11 0,8
1,11 1,072 0,76
0,99 0,95 0,64
1,01 0,97 0,66
0,88 1,24 0,94
1 1,36 1,06
0,9 0,83 1,23
0,91 1,27 0,97
1
1,3 1,04
0,82 0,87 1,3
0,91 0,96 1,39
4,25
3,88
3,77
3,99
3,82
3,94
3,88
4,03
4,07
4,06
4,13
4,04
3,73
4,22
3,98
3,92
4,04
4,09
3,69
3,74
3,70
3,58
3,60
4,01
4,13
4,14
4,04
4,02
4,02
4,11
15
B8
12,7
B9
13
B9
12,59
B10
14,3
B11 14,41
B12 14,19
B13
14,5
B14 14,43
B15 12,88
B16
12,8
B17 13,61
B18 13,75
B19
13,7
B20
13,6
B21
12,4
B22 12,77
B23 12,88
B24 12,572
B25 12,85
P1
14,04
P2
14,26
P3
14,13
P4
14,21
P5
14,02
P6
13,71
P7
13,6
P8
13,69
P9
13,71
P10
14,87
P11
14,85
9
10,2
8,89
11,5
11,61
11,39
11,5
11,43
9,98
9,9
11,11
11,25
11,2
10,46
9,26
9,67
9,78
9,67
9,6
11,09
11,31
11,18
11,26
11,07
10,83
10,72
10,81
10,83
11,87
11,85
4,88
6,2
4,77
6,57
6,68
6,46
6,2
6,13
5,88
5,8
6,81
6,95
6,9
7
5,8
6,35
6,46
0,4
4,1
6,27
6,49
6,36
6,44
6,25
6,51
6,4
6,49
6,51
7,47
7,45
4,2
4,92
4,09
5,6
5,71
5,49
5,8
5,73
5,28
5,2
5,11
5,25
5,2
5,8
4,6
4,64
4,75
4,3
4,4
5,41
5,63
5,5
5,58
5,39
5,16
5,05
5,14
5,16
5,62
5,6
4
4
3,89
4,7
4,81
4,59
4,35
4,28
3,98
3,9
3,91
4,05
4
5,2
4
3,8
3,91
3,88
4,45
3,91
4,13
4
4,08
3,89
4,2
4,09
4,18
4,2
4,07
4,05
5,35
5,1
5,24
5,3
5,41
5,19
5,28
5,21
5,38
5,3
4,41
4,55
4,5
5,6
4,4
5,2
5,31
3,29
3,61
4,91
5,13
5
5,08
4,89
5,11
5
5,09
5,11
5,23
5,21
3,4
3,4
3,29
3,66
3,77
3,55
3,88
3,81
3,48
3,4
3,61
3,75
3,7
4,07
2,87
3,3
3,41
2,71
3,17
3,43
3,65
3,52
3,6
3,41
3,51
3,4
3,49
3,51
3,74
3,72
1,39
1,7
1,28
1,6
1,71
1,49
1,87
1,8
1,46
1,38
1,51
1,65
1,6
2,46
1,26
1,6
1,71
1,11
1,6
1,71
1,93
1,8
1,88
1,69
1,86
1,75
1,84
1,86
1,43
1,41
4,9
4,85
4,79
5,2
5,31
5,09
5
4,93
4,54
4,46
4,51
4,65
4,6
5,5
4,3
4,6
4,71
4,42
4,83
4,8
5,02
4,89
4,97
4,78
4,91
4,8
4,89
4,91
5,18
5,16
1,5
2,56
1,39
1,7
1,81
1,59
1,6
1,53
1,38
1,3
1,41
1,55
1,5
2,87
1,67
2,18
2,29
1,99
2,28
1,54
1,76
1,63
1,71
1,52
1,67
1,56
1,65
1,67
1,55
1,53
3,6
2,5
3,49
4,6
4,71
4,49
4,85
4,78
3,74
3,66
4,51
4,65
4,6
3,92
2,72
2,9
3,01
3,61
3,09
4,41
4,63
4,5
4,58
4,39
4,51
4,4
4,49
4,51
4,84
4,82
3,97
2,35
3,86
4,6
4,71
4,49
4,4
4,33
3,93
3,85
4,11
4,25
4,2
3,09
1,89
2,7
2,81
0,67
2,48
4,31
4,53
4,4
4,48
4,29
4,21
4,1
4,19
4,21
4,47
4,45
1,47
1,6
1,36
0,98
1,09
0,87
1,3
1,23
1,08
1
0,74
0,88
0,83
2,4
1,2
1,6
1,71
1,04
1
1,06
1,28
1,15
1,23
1,04
1,31
1,2
1,29
1,31
1,27
1,25
0,83
1
0,72
1
1,11
0,89
1
0,93
0,98
0,9
0,87
1,01
0,96
1,8
0,6
0,98
1,09
1
1,03
0,81
1,03
0,9
0,98
0,79
1,09
0,98
1,07
1,09
0,84
0,82
1,18
0,8
1,07
1,4
1,51
1,29
1,4
1,33
1,28
1,2
1,41
1,55
1,5
1,73
0,53
0,9
1,01
1,33
0,92
1,39
1,61
1,48
1,56
1,37
1,46
1,35
1,44
1,46
1,24
1,22
0,9
1,3
0,79
1,07
1,18
0,96
1
0,93
0,88
0,8
0,91
1,05
1
2,13
0,93
1,24
1,35
1,02
1,19
0,95
1,17
1,04
1,12
0,93
1,15
1,04
1,13
1,15
0,97
0,95
3,62
4,18
3,51
4,22
4,33
4,11
4,26
4,19
3,71
3,63
3,89
4,03
3,98
5,04
3,84
4,08
4,19
3,02
4,16
4,04
4,26
4,13
4,21
4,02
3,95
3,84
3,93
3,95
4,27
4,25
16
P12
P13
P14
P15
P16
P17
P18
P19
P20
P21
P22
P23
P24
P25
15
15,11
15,09
15,21
15,17
15,3
15,34
14,46
14,6
14,4
14,3
13,2
13,5
13,09
12
12,11
12,09
11,24
11,2
11,33
11,37
11,56
11,7
11,5
11,4
10,23
10,53
10,12
7,6
7,71
7,69
6,11
6,07
6,2
6,24
6,66
6,8
6,6
6,5
6,3
6,6
6,19
5,75
5,86
5,84
6,21
6,17
6,3
6,34
5,86
6
5,8
5,7
4,7
5
4,59
4,2
4,31
4,29
4,17
4,13
4,26
4,3
4,36
4,5
4,3
4,2
3,9
4,2
3,79
5,36
5,47
5,45
5,46
5,42
5,55
5,59
5,36
5,5
5,3
5,2
4,7
5
4,59
3,87
3,98
3,96
3,71
3,67
3,8
3,84
3,73
3,87
3,67
3,57
3,68
3,98
3,57
1,56
1,67
1,65
1,39
1,35
1,48
1,52
1,26
1,4
1,2
1,1
1,29
1,59
1,18
5,31
5,42
5,4
5,07
5,03
5,16
5,2
4,96
5,1
4,9
4,8
4,46
4,76
4,35
1,68
1,79
1,77
1,61
1,57
1,7
1,74
1,56
1,7
1,5
1,4
1,5
1,8
1,39
4,97
5,08
5,06
4,34
4,3
4,43
4,47
4,76
4,9
4,7
4,6
4,3
4,6
4,19
4,6
4,71
4,69
4,26
4,22
4,35
4,39
4,26
4,4
4,2
4,1
3,9
4,2
3,79
1,4
1,51
1,49
1,4
1,36
1,49
1,53
1,15
1,29
1,09
0,99
1,26
1,56
1,15
0,97
1,08
1,06
0,91
0,87
1
1,04
0,86
1
0,8
0,7
1
1,3
0,89
1,37
1,48
1,46
1,28
1,24
1,37
1,41
1,36
1,5
1,3
1,2
1,38
1,68
1,27
1,1
1,21
1,19
0,91
0,87
1
1,04
1,01
1,15
0,95
0,85
1
1,3
0,89
4,40
4,51
4,49
4,10
4,06
4,19
4,23
4,07
4,21
4,01
3,91
3,83
4,13
3,72
17
Lampiran 3. Data hasil penghitungan meristik
Kode sampel
S1
S2
S3
S4
S5
S6
S7
S8
S9
S10
S11
S12
S13
S14
S15
S16
S17
S18
S19
S20
S21
S22
S23
S24
S25
J1
J2
J3
J4
J5
J6
J7
J8
J9
J10
J11
J12
J13
J14
J15
J16
J17
J18
JSD.K JSD.L JSV.K
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
12
13
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
13
1
12
12
1
13
13
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
13
1
12
12
1
13
12
1
12
13
1
13
12
1
13
11
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
JSV.L
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
JSA.K
10
10
9
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
10
10
11
JSA.L
21
21
21
21
21
21
19
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
19
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
19
21
21
21
Linea lateralis
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
33
32
32
31
32
32
32
32
warna
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
18
J19
J20
J21
J22
J23
J24
J25
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
B9
B10
B11
B12
B13
B14
B15
B16
B17
B18
B19
B20
B21
B22
B23
B24
B25
P1
P2
P3
P4
P5
P6
P7
P8
P9
P10
P11
P12
P13
13
13
13
13
13
13
13
12
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
12
13
13
13
13
13
13
13
13
12
12
12
11
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
11
11
11
11
11
11
12
11
11
11
11
11
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
10
10
10
9
11
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
32
33
32
32
32
32
32
33
33
33
33
33
33
33
31
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
33
33
33
33
33
33
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih
19
P14
P15
P16
P17
P18
P19
P20
P21
P22
P23
P24
P25
13
13
13
12
13
13
13
13
12
13
13
13
11
12
11
11
11
11
11
11
13
11
11
11
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
10
9
10
10
10
10
10
10
10
10
9
10
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
19
32
32
33
32
32
32
32
32
33
32
32
32
putih
putih
putih kekuningan
putih kekuningan
putih
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
20
Lampiran 4 Data nilai rata-rata 21 ukuran relatif Osphronemus gouramy
Soang
Jepun
Bastar
Porselin
N1
1,19
1,25
1,29
1,28
N2
0,55
0,58
0,58
0,59
N3
0,45
0,49
0,48
0,50
N4
0,35
0,37
0,41
0,37
N5
0,42
0,47
0,46
0,46
N6
0,30
0,33
0,34
0,33
N7
0,12
0,14
0,15
0,14
N8
0,41
0,42
0,46
0,44
N9
0,16
0,14
0,17
0,14
N10
0,36
0,40
0,37
0,41
N11
0,34
0,38
0,33
0,38
N12
0,10
0,12
0,12
0,11
N13
0,08
0,10
0,09
0,09
N14
0,11
0,12
0,11
0,12
N15
0,08
0,09
0,11
0,09
Keterangan: N1 (panjang total (PT) / panjang baku (PB)), N2 (panjang kepala (PK) / panjang baku (PB)), N3(lebar kepala (LK) / panjang baku (PB)), N4(tinggi kepala (TK) / panjang baku (PB)), N5(lebar badan (LB)
/ panjang baku (PB)), N6(panjang sirip dorsal (PSD) / panjang baku (PB)), N7(panjang sebelum sirip dorsal (PSSD) / panjang baku (PB)), N8(panjang sebelum sirip ventral (PSSV) / panjang baku (PB)), N9(panjang
moncong (PM) / panjang baku (PB)), N10(diameter mata (DM) / panjang baku (PB)), N11(panjang dasar sirip dorsal (PDSD) / panjang baku (PB)), N12(panjang sirip ventral (PSV) / panjang baku (PB)), N13(panjang
sirip pectoral (PSP) / panjang baku (PB)), N14(lebar mata orbital (MO) / panjang baku (PB)), N15(panjang rahang (PR) / panjang baku (PB)).
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN MOLEKULER
DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DELLA NURYULIAWATI
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Empat
Strain Osphronemus Gouramy Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan
Molekuler DNA Mitokondria Cyt-b adalah benar karya saya dengan arahan dari
komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan
tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Maret 2015
Della nuryuliawati
NIM G34100032
ii
ABSTRAK
DELLA NURYULIAWATI. Identifikasi Empat Strain Osphronemus Gouramy
Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cytb. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS BUTET.
Gurami (Osphronemus gouramy lac.) merupakan spesies ikan air tawar
yang bernilai ekonomis tinggi. Gurami menjadi komoditas budidaya perikanan
hampir di seluruh wilayah Indonesia, khususnya Pulau Jawa, Sumatera dan
Kalimantan. Berdasarkan variasi morfologinya gurami terdiri dari delapan strain.
Strain - strain ikan gurami mudah dibedakan pada stadia dewasa, namun sulit
dibedakan saat stadia muda. Pendekatan morfologi dan molekuler dipercaya
mampu memberikan informasi akurat mengenai karakter spesifik dari masingmasing strain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi karakter
spesifik dari keempat strain gurami berdasarkan karakter morfologi dan
molekuler. Sebanyak tiga dari 21 karakter morfometrik yakni panjang sebelum
sirip dorsal, panjang kepala dan tinggi badan setelah sirip dorsal merupakan
karakter yang paling berpengaruh dalam membedakan keempat strain. Sedangkan
pada karakter meristik terdapat tiga karakter dari 6 karakter yang paling
berpengaruh dalam membedakan keempat strain yakni jumlah sirip dorsal, linea
lateralis dan warna data hasil analisis molekuler menunjukkan empat strain
gurami (soang, bastar, jepun, porselin) terbagi menjadi tiga kelompok. Jarak
genetik diantara seluruh strain gurami berkisar antara 0,0018 – 0,0063 dimana
strain gurami asal Indonesia secara molekuler terpisah dari gurami asal Spanyol,
data didapat dari GenBank.
Kata kunci: cytochrome-b, morfometrik, meristik, molekuler, Osphronemus
gouramy lac., strain lokal.
iii
ABSTRACT
DELLA NURYULIAWATI. Identification of Four Strain Osphronemus Gouramy
Lac. Based on Morphological and Molecular Character with DNA Mitokondria
Gen Cyt-b. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS
BUTET.
Gouramy (Osphronemus gouramy lac) is an economical important
freshwater species. It has been a culture commodity throughout Indonesia,
especially in Java Island, Borneo Island and Sumatera Island. It consists of eight
strains based on morphological variation. Those strains are easily distinguished at
adult stage; while at younger stage they’re dificult to be identified. Morphological
and molecular approaches are expected to provide acurate information on spesific
character of each strain. The objective of this study was to identify spesific
character of 4 strains gouramy based on morphological and molecular characters.
Three out of 21 morphometric character, i.e., length to dorsal fin, head length, and
body height, were accounted for strain variation. In addition, three of six meristic
characters, i.e., number of dorsal fin, linea lateralis, and color, were significantly
diferent in each strain. Data analysis based morphology indicated that four strain
of gouramy (soang, bastar, porselin dan jepun) could be clustered into three
groups. Genetic distance between those were 0,0018 – 0,0063 local indonesian
gouramy was molecularly diferent from spanish gouramy, data acquired from
GenBank.
Keyword : cytochrome-b, morphometric, meristic, Osphronemus gouramy lac,
local strain.
iv
v
IDENTIFIKASI EMPAT STRAIN Osphronemus gouramy lac.
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN
MOLEKULER DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DELLA NURYULIAWATI
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biologi
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014
vi
v
viii
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada kehadirat Allah subhanahu wa
ta’ala atas curahan nikmat-Nya sehingga skripsi dengan judul Identifikasi Empat
Strain Ophronemus Gouramy (Soang, Bastar, Jepun, Porselin) Berdasarkan
Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cyt-b berhasil
diselesaikan. Penelitian dimulai dari bulan Februari 2014 hingga Desember 2014.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Dedy Duryadi Solihin,
DEA dan Ibu Dr Ir Nurlisa A. Butet, MSc selaku pembimbing, yang telah
memberikan ilmu, pengarahan dan bimbingannya yang tulus kepada penulis.
Penelitian ini tidak akan pernah terselesaikan tanpa bantuan dana dari dana
penelitian BOPTN – Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi atas nama Dr. Dedy
Duryadi Solihin, DEA. Ungkapan terimakasih juga penulis ucapkan pada kedua
orangtua penulis yakni Bapak Muhammad Darussalam dan Ibu Endah Farida atas
segala do’a dan dukungannya yang tiada terkira. Ucapan terimakasih juga penulis
sampaikan kepada Bapak Herry yang telah banyak memberi bimbingan teknis
dalam melaksanakan penelitian di Laboratorium Molekuler Hewan PPSHB, serta
kepada Bapak Jusmaldi, Bapak Harri, Ibu Catur, Bapak Alfred, Bapak Tedjo yang
senantiasa memberikan masukan dalam melakukan penelitian ini. Ucapan
terimakasih penulis sampaikan kepada sahabat seperjuangan (Yuli, Ledy, Syipa,
Ismi, Rastya, dan Suri), serta kepada rekan – rekan laboratorium biomolekuler
PPSHB dan Fakultas Perikanan, serta kepada teman-teman jurusan biologi
angkatan 47, serta kepada keluarga besar Ikatan Santri Mahasiswa Al-Ihya atas
segala dukungan, bantuan, dan nasehat yang telah diberikan selama penelitian.
Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada seluruh keluarga dantemantemanatas segala doa dan kasih sayangnya.
Semoga skripsi ini bermanfaat dan menambah khasanah ilmu pengetahuan
bagi kita semua.
Bogor, Maret 2015
Della Nuryuliawati
ix
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
vi
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vi
PENDAHULUAN
1
LatarBelakang
1
Tujuan Penelitian
2
METODE
2
Bahan
2
Alat
2
Prosedur Pelaksanaan Penelitian
2
HASIL DAN PEMBAHASAN
5
SIMPULAN
10
SARAN
10
PUSTAKA
10
vi
x
DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5
Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984)
Karakter morfometrik yang diukur
Matriks jarak morfometrik
Hasil penghitungan 6 karakter meristik gurami
Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy
3
4
7
8
9
DAFTAR GAMBAR
1 Skema pengukuran 21 karakter morfometrik gurami
2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik ukuran
tubuh relatif.
3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik.
4 Kontruksi pohon filogeni Osphronemus gouramy lac.dengan metode
p-distance
3
6
7
9
DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4
Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.)
Data hasil pengukuran morfometrik gurami
Data hasil penghitungan meristic gurami
Data nilai rata-rata 21 ukuran relative 4 strain Osphronemus gouramy
lac.
12
13
14
15
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Gurami merupakan salah satu komoditas utama budidaya ikan air tawar di
Indonesia. Menurut data Dinas Perikanan dan Kelautan Indonesia, jumlah
produksi ikan gurami per tahunnya menempati urutan ke - 10 terbesar untuk
kategori perikanan budidaya setelah rumput laut, udang, kerapu, kakap, bandeng,
mas, nila, lele dan patin. Angka tersebut masih terus menerus meningkat setiap
tahunnya seiring dengan permintaan konsumen yang semakin meningkat (KKP
2011). Harga gurami yang relatif mahal di pasaran tidak membuat permintaan
akan ikan gurami semakin surut. Gurami pada umumnya disukai konsumen
karena memiliki rasa yang gurih, tekstur daging yang kompak, jumlah duri yang
sedikit dan dagingnya rendah lemak (Sendjaja & Rizki 2002).
Terdapat delapan strain gurami yang dibudidayakan di Indonesia yakni
soang, bastar, jepun, porselin, padang, bluesafir, paris dan batu. Gurami yang
memiliki keunggulan dibanding gurami lainnya adalah strain soang, blue safir dan
paris (Sendjaja & Rizki 2002). Keunggulan gurami soang, blue safir dan paris
adalah jumlah telur yang dihasilkan sangat banyak yakni sekitar 5000 butir setiap
kali pemijahan. Banyaknya petani yang membudidayakan gurami soang, blue safir
dan paris membuat ketiga strain gurami ini mudah sekali ditemui di pasaran.
Strain gurami unggul lainnya adalah gurami bastar. Gurami bastar memiliki
ukuran tubuh paling besar, daya tahan tubuhnya kuat dan waktu pertumbuhan
yang paling cepat. Jumlah telur gurami bastar lebih sediikit dibandingkan strain
lainnya, yaitu berkisar 2000 – 3000 butir per pemijahan. Selain gurami dengan
karakter unggul, terdapat strain gurami yang memiliki karakter yang kurang
menguntungkan seperti gurami batu. Gurami batu memiliki waktu pertumbuhan
yang lambat dan ukuran maksimum yang kecil sehingga jarang dibudidayakan
(Khairuman & Amri 2002). Adanya karakter yang unggul dan karakter yang
kurang unggul dari strain gurami tertentu menuntut pembudidaya gurami untuk
dapat membedakan gurami strain satu dengan yang lainnya secara tepat. Namun
untuk dapat membedakan antara strain gurami satu dengan yang lainnya bukanlah
hal yang mudah. Karakter fisik yang mirip terutama pada stadia muda dan
persilangan antar strain secara tidak terkendali menyulitkan petani untuk
membedakan strain asli gurami satu dengan yang lainnya. Terlebih lagi, karakter
fisik gurami pada tahap pembenihan menunjukan penampilan fenotipik yang tidak
jauh berbeda sehingga strain – strain gurami terlihat secara fisik sama. Salah satu
upaya untuk dapat membedakan strain – strain ikan gurami adalah dengan metode
DNA barcoding.
DNA barcoding adalah identifikasi spesies berdasarkan urutan pendek ruas
DNA pada suatu organisme secara cepat dan akurat (Herbert et al. 2004). Ruas
DNA yang sering digunakan dalam metode DNA barcoding adalah DNA yang
berasal dari mitokondria (mtDNA) yakni CO1 (cytochrome oxydase subunit I) dan
cytochrome-b. Genom mitokondria merupakan genom sitoplasmik yang
diwariskan secara uniparental dan tidak mengalami rekombinasi sehingga species
sibling bisa dipastikan mempunyai mtDNA dengan nilai kesamaan yang tinggi
(Kochzious et al. 2010). Marka cytochrome-b sangat tepat untuk digunakan
2
sebagai pembeda individu pada level interspesies maupun level subspecies.
Cytochrome-b umum digunakan dalam identifikasi intraspesies ikan (Teletchea
2009). Gen cytochrome-b telah berhasil mengidentifikasi ikan tuna pada level
intraspesies (Mei et al. 2012).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakter spesifik empat strain
gurami yaitu soang, bastar, jepun dan porselin berdasarkan pendekatan morfologi
dan molekuler.
METODE
Penelitian dilakukan di laboratorium molekuler - Gedung Pusat Penelitian
Keanekaragaman Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) serta laboratorium terpadu
Departemen Biologi – FMIPA IPB. Karakterisasi strain gurami dilakukan melalui
dua jenis pendekatan yakni identifikasi morfologi dan DNA barcoding.
Identifikasi morfologi mencakup pengukuran morfometrik dan penghitungan
meristik. Metode DNA barcoding menggunakan gen cyt-b dilakukan untuk
mendapatkan keakuratan identitas keaslian genetik ikan gurami.
Bahan
Bahan utama yang digunakan sebagai sampel adalah gurami jenis soang,
jepun, bastar dan porselin yang didapatkan dari Unit Pelaksana Teknis Ciseeng
(UPT Ciseeng) Bogor (lampiran 1). Sampel dikumpulkan pada bulan Februari
hingga Desember tahun 2014 secara bertahap. Jumlah ikan gurami yang
dikumpulkan berjumlah 100 ekor dengan jumlah gurami masing – masing strain
sebanyak 25 ekor.
Bahan penelitian yang digunakan adalah Qiagen DNA kit, etanol absolut,
etanol 70%, buffer PCR mix, primer ogoCB-F (5’-AACCACCGTTGTTATTCAA
CTACAA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA
CCG-3’), nuclease free water, gel agarose, bufer 1x TAE, ladder, loading dye
dan etidium bromida.
Alat
Alat yang digunakan untuk pengukuran morfometrik adalah kaliper dengan
ketelitian 0.01 mm, pinset, pisau, dan plastik sampel. Alat-alat seperti inkubator,
tabung ependorf, mesin PCR, elektroforator, sentrifuser, pipet mikro, vortex, gel
doc, UV ilumination, tabung mikro, tabung mikro 1.5 ml dan tabung mikro PCR.
Prosedur Pelaksanaan Penelitian
Identifikasi karakter meristik empat jenis ikan gurami.
Sampel ikan gurami dianalisis berdasarkan enam karakter meristik.
Karakter yang dianalisis dapat dilihat pada Tabel 1 dan hasil penghitungan
meristik dapat dilihat pada lampiran 2.
3
Tabel 1 Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984).
1
2
3
4
5
6
Karakter meristik
Jumlah sirip dorsal (JD)
Jumlah sirip ventral (JV)
Jumlah sirip anal (JA)
Jumlah sirip pektoral (JP)
Linea lateralis (LL)
Warna (W)
Keterangan
Banyaknya jari-jari pada sirip dorsal.
Banyaknya jari-jari pada sirip ventral.
Banyaknya jari-jari pada sirip anal.
Banyaknya jari-jari pada sirip anal.
Banyaknya sisik di sepanjang linea lateralis.
Warna sisik ikan.
Sampel yang telah ditentukan karakternya kemudian dikelompokan
berdasarkan kemiripan morfologi. Anggota pada setiap kelompok tidak ditentukan
batas minimumnya. Hal ini diterapkan karena sampel yang dikoleksi jumlahnya
terbatas yang memungkinkan jumlah anggota pada setiap kelompok berbeda-beda.
Pengukuran karakter morfometrik
Selain dilakukan pengukuran meristik pada sampel dilakukan pula
pengukuran karakter morfometrik. Pengukuran karakter morfometrik meliputi 16
karakter. Karakter yang diukur terinci pada Tabel 2 sedangkan skema pengukuran
terhadap sampel diperlihatkan oleh Gambar 1 dan hasil pengukuran meristik dapat
dilihat pada lampiran 3.
Keterangan: panjang total (PT), panjang baku (PB), panjang kepala (PK), lebar kepala (LK), tinggi kepala (TK), lebar
badan (LB), panjang sirip dorsal (PSD), panjang sebelum sirip dorsal (PSSD), panjang sebelum sirip ventral (PSSV),
panjang sebelum sirip anal (PSSA), panjang moncong (PM), diameter mata (DM), tinggi badan sebelum sirip dorsal
(TSBD), tinggi badan setelah sirip dorsal (TSTD), panjang dasar sirip ekor (PDSE), panjang dasar sirip dorsal (PDSD),
panjang dasar sirip ventral (PDSV), panjang sirip ventral (PSV), panjang sirip pectoral (PSP), lebar mata orbital (MO),
panjang rahang (PR).
Gambar 1 skema pengukuran 16 karakter morfometrik gurami.
4
Tabel 2 Karakter morfometrik yang diukur
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Karakter morfometrik
Panjang total (PT)
Keterangan
Ukuran tubuh terpanjang, diukur dari mulai
moncong terdepan hingga ujung sirip ekor
paling belakang.
Panjangbaku (PB)
Jarak antara moncong terdepan hingga
pangkal sirip ekor.
Panjangkepala (PK)
Jarak antara moncong terdepan hingga
bagian paling belakang operculum.
Lebarkepala (LK)
Jarak paling lebar antara kedua operculum.
Tinggi kepala (TK)
Jarak tertinggi antara sisi atas dan sisi
bawah kepala.
Lebar badan (LB)
Jarak paling lebar antar kedua sisi badan
ikan.
Panjang sirip dorsal (PSD)
Ukuran panjang sirip dorsal mulai dari
pangkal sirip dorsal hingga ujung sirip
dorsal.
Panjang sebelum sirip dorsal Ukuran panjang tubuh mulai dari moncong
(PSSD)
hingga pangkal sirip dorsal.
Panjang sebelum sirip ventral Ukuran panjang tubuh mulai dari moncong
(PSSV)
hingga pangkal sirip ventral.
Panjangmoncong (PM)
Jarak antara ujung moncong terdepan
hingga sisi terdepan diameter mata.
Diameter mata (DM)
Ukuran diameter bola mata.
Panjang dasar sirip dorsal (PDSD) Panjang sisi sirip dorsal yang menempel
pada badan.
Panjang dasar sirip pectoral Panjang sisi sirip pectoral yang menempel
(PDSP)
pada badan.
Panjang sirip ventral (PSV)
Total panjang sirip ventral.
Lebar mata orbital (MO)
Jarak antara kedua bola mata.
Panjang rahang (PR)
Ukuran panjang rahang.
Setelah didapatkan hasil pengukuran morfometrik dari 16 karakter
Osphronemus gouramy lac. selanjutnya dihitung nilai rata-ratanya per kelompok.
Data morfometrik rata-rata selanjutnya dibuat ke dalam bentuk ukuran tubuh
relatif mengacu pada Soewardi et al. (1995). Data ukuran tubuh relatif digunakan
untuk pengolahan data dengan menggunakan analisis gerombol dan analisis
diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011). Hasil penghitungan ukuran tubuh
rekatif dapat dilihat pada lampiran 4.
Identifikasi karakter molekuler
1. Isolasi dan ekstraksi DNA. Jaringan yang digunakan untuk ekstraksi
DNA ialah jaringan otot dekat sirip dorsal. Jaringan otot diawetkan dalam
alkohol absolut. Sebelum dilakukan isolasi dan ekstraksi, sampel otot ikan
gurami harus dibebaskan dari alkohol. Sampel dicuci dengan Tris EDTA
lalu dilakukan vortex, pencucian dilakukan sebanyak 10 kali pengulangan.
Jaringan otot yang telah dicuci ditimbang sebanyak 0,3 gram. Selanjutnya
ditambahkan 200µl buffer ATL dan 20µl proteinase K. Kemudian
dilakukan vortex dan swing lalu inkubasi pada suhu 56°C selama 10 menit.
Setelah sel mengalami lisis lalu ditambahkan 200µl buffer AL, vortex,
5
swing, dan diinkubasi pada suhu 56°C selama 10 menit. Kemudian
kedalam tabung sampel ditambahkan 200µl ethanol absolut, disentrifugasi
pada kecepatan 13000 RPM selama 1 menit. Supernatan yang terbentuk
dipindahkan ke spin kolom lalu disentrifugasi pada kecepatan 8000 RPM
selama 1 menit, larutan pada wadah penampung dibuang. Kemudian
ditambahkan 100µl AW1, disentrifugasi 8000 RPM selama 1 menit,
larutan pada penampung dibuang. Selanjutnya ditambahkan 500µl AW2,
disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 3 menit, larutan pada penampung
dibuang, lalu disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 1 menit. Selanjutnya
larutan dipindahkan ke tube baru 2,5 ml, kemudian ditambahkan 100µl
buffer AL. Inkubasi larutan pada suhu ruang selama 15 menit, lalu
disentrifugasi pada 8000 RPM selama 1 menit. Kemudian DNA disimpan
dalam freezer hingga tahap berikutnya.
2. Amplifikasi DNA. Amplifikasi ruas gen cyt-b dilakukan dengan
menggunakan primer ogoCB-F (5’AACCACCGTTGTTATTCAACTAC
AA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA
CCG-3’) koleksi Dr. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Amplifikasi DNA
dilakukan dengan menggunakan kit Qiagen. Total volume untuk pereaksi
PCR yaitu 25µl, mengandung 1µl 10x taq buffer, 1µl dNTPs mix, 0,05 µl
taq polimerase, 1 µl DNA template, 1µl primer forward, 1µl primer
reverse dan nuclease free water. Proses PCR dilakukan sebanyak 35
siklus. Proses PCR mencakup beberapa tahapan yakni pra PCR pada suhu
94°C selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik,
annealing pada suhu 59°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu 72°C
selama 30 detik dan pasca sintesis pada suhu 52°C selama 5 menit.
3. Visualisasi DNA hasil amplifikasi. DNA hasil amplifikasi kemudian
dianalisis dengan elektroforesis pada gel agarosa 1.2%. Proses
elektroforesis menggunakan tegangan konstan 80 volt selama 60 menit.
Hasil elektroforesis selanjutnya divisualisasi menggunakan Gel Doc UV.
Hasil positif memperlihatkan pita DNA yang teramplifikasi sebesar 1320
bp.
4. Sekuensing DNA hasil amplifikasi. Hasil PCR dari DNA masing –
masing sampel yang telah berhasil diamplifikasi kemudian disekuensi.
Proses sequencing DNA dilakukan oleh perusahaan penyediakan jasa
sequencing DNA yakni Integrated DNA Technology (IDT) – Singapura
yang dikirim melalui PT. Genetika Science, Indonesia.
Analisis data morfometrik
Setelah didapatkan data morfometrik dari setiap kelompok ikan gurami
selanjutnya data tersebut digunakan untuk menjelaskan identitas, keragaman, dan
pola kekerabatan empat strain ikan gurami. Data dianalisis menggunakan program
SPSS dan XLSTAT. Tipe analisis yang digunakan adalah analisis gerombol dan
analisis diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011).
Analisis data molekuler
Runutan nukleotida yang diperoleh dari hasil kromatogram diedit
menggunakan software BioEdit Sequence Alignment Editor 6,32. Runutan
6
nukleotida yang telah diedit dibandingkan dengan runutan nukleotida ikan gurami
yang terdapat pada GenBank menggunakan BLASTn. Sekuen pembanding yang
digunakan adalah sekuen DNA ikan gurami dari GenBank dengan kode akses
AY7676. Selanjutnya runutan – runutan nukleotida disejajarkan dengan
menggunakan program Clustal IV menggunakan software MEGA 5. Kontruksi
pohon filogeni dilakukan dengan program MEGA 5 menggunakan jarak genetik
p-distance dan metode bootstrap neighbor-joining (NJ) 1000 kali pengulangan
(Tamura et al. 2014).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hierarchichal Component Analysis terhadap 16 karakter pengukuran
morfometrik gurami.
Pengelompokan strain gurami berdasarkan data morfometrik dilakukan
dengan menggunakan Hierarchical Component Analysis dan menghasilkan pohon
fenetik (Gambar 2). Ketidaksamaan tertinggi dijumpai antara strain jepun dan
bastar, sedangkan ketidaksamaan terendah dijumpai antara strain porselin dengan
strain jepun.
Gambar 2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik
ukuran tubuh relatif.
Hasil Hierarchichal Component Analysis memperlihatkan strain gurami
terbagi menjadi dua kelompok, yakni kelompok satu terdiri dari strain porselin,
jepun dan soang dan kelompok dua hanya terdiri dari strain bastar. Jarak
kesamaan morfometrik antara kelompok satu dengan kelompok dua sebesar 99,83.
Jarak ketidaksamaan antara kelompok 1a dengan kelompok 1b sebesar 99,95.
Sedangkan jarak ketidaksamaan morfometrik antara strain jepun dengan strain
porselin sebesar 99,98.
7
Analisis diskriminan terhadap 16 karakter pengukuran morfometrik gurami
Analisis diskriminan terhadap 16 ukuran karakter morfometrik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis morfometrik empat strain
gurami. Hasil analisis diskriminan pada Gambar 3 menunjukan bahwa keempat
strain gurami saling beririsan satu sama lain. Irisan yang terbentuk antar strain
gurami menunjukkan adanya karakter umum antar strain. Khusunya strain
porselin memiliki karakteristik umum yang juga dimiliki oleh ketiga strain
lainnya.
Gambar 3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik.
Hierarchichal Component Analysis terhadap karakter penghitungan meristik
gurami.
Hasil penghitungan meristik gurami dianalisis menggunakan Hierarchical
Component Analysis dan menghasilkan pohon fenetik yang mengelompokan
keempat strain gurami (Gambar 4). Hasil Hierarchichal Component Analysis
memperlihatkan strain gurami terbagi menjadi dua kelompok, yakni kelompok
satu terdiri dari strain soang, jepun dan bastar, dan kelompok dua hanya terdiri
dari strain porselin. Jarak kesamaan meristik antara kelompok satu dengan
kelompok dua sebesar 99,79. Jarak kesamaan meristik antara kelompok 1a dengan
kelompok 1b sebesar 99,96. Sedangkan jarak kesamaan meristik antara strain
jepun dengan strain porselin sebesar 99,99.
8
Gambar 4 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data meristik ukuran
tubuh relatif.
Analisis diskriminan terhadap 7 karakter pengukuran meristik gurami
Analisis diskriminan terhadap 7 ukuran karakter meristik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis meristik empat strain gurami.
Hasil analisis diskriminan pada Gambar 5 menunjukan bahwa keempat strain
gurami saling beririsan satu sama lain dan terdapat beberapa hasil pengukuran
yang saling bertumpuk. Irisan yang terbentuk antar strain gurami menunjukkan
adanya karakter umum yang dimiliki antar strain. Adanya penumpukan antara
hasil pengukuran meristik dari organisme yang berbeda menunjukkan kesamaan
hasil pengukuran meristik. Hasil penghitungan meristik strain jepun menyebar
ditengah ketiga strain lainnya dan strain jepun memiliki karakteristik umum yang
juga dimiliki oleh ketiga strain lainnya. Penyebaran karakter meristik strain
porselin memiliki cakupan penyebaran yang luas dan beririsan dengan ketiga
strain lainnya.
Gambar 5 Hasil analisis diskriminan pada meristik.
9
Analisis molekuler empat strain gurami
Hasil sekuen dari empat strain gurami dianalisis dengan
membandingkannya dengan sekuen gurami yang telah dipublikasikan sebelumnya
di Gen Bank. Sekuen yang digunakan sebagai perbandingan terhadap empat strain
gurami yakni gurami yang berasal dari Spanyol dengan kode AY76376. Hasil
analisis molekuler ditunjukkan oleh jarak genetik pada Tabel 7 dan pohon filogeni
pada Gambar empat yang menggambarkan hubungan kekerabatan diantara empat
strain gurami. Jarak genetik dan pohon filogeni dianalisis melalui model pairwise
distance atau p-distance. Jarak genetik dihitung berdasarkan jumlah perbedaan
nukleotida pada total nukleotida yang disejajarkan. Semakin besar persentase
jarak genetic maka semakin besar perbedaan susunan basa nukleotida pada sampel
mtDNA (Nei dan Kumar 2000).
Hasil kontruksi pohon filogeni menunjukan keempat strain gurami asal
Indonesia mengelompok terpisah dari gurami asal Spanyol dengan jarak genetik
sebesar 0,0073. Keempat strain gurami indonesia membentuk dua kelompok,
kelompok satu terdiri dari strain bastar, strain soang dan strain jepun dan
kelompok dua hanya terdiri dari strain porselin. Jarak genetik antara srain porselin
dengan strain bastar, jepun dan soang sebesar 0,0057. Sedangkan jarak genetik
antara soang, bastar dan jepun adalah sebesar 0,0021.
Tabel 5 Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy lac.
Strain
AY76376
Bastar
Jepun
Porselin
Soang
AY76376
Bastar
Jepun
Porselin
0,0071
0,0054
0,0098
0,0071
0,0018
0,0063
0,0027
0,0045
0,0018
0,0063
Gambar 4 Kontruksi pohon filogeni Osphronemus gouramy lac.dengan metode pdistance
10
SIMPULAN
Secara umum analisis molekuler terbukti akurat dan mampu menelusuri
karakter spesifik empat strain ikan gurami dengan pemisahan kelompok
berdasarkan kemiripan sekuen nukleotidanya. Hasil analisis morfologi melalui
penghitungan meristik menunjukan hasil yang serupa dengan hasil analisis
molekuler, namun terdapat perbedaan antara hasil analisis karakter morfologi
melalui pengukuran mormometrik dengan hasil analisis molekuler.
SARAN
Perlu kajian molekuler dengan marka gen lainnya untuk memperkuat
keakuratan penelusuran asal usul strain ikan gurami sebagai tahapan dasar untuk
budidaya dan pengelolaan ikan gurami.
DAFTAR PUSTAKA
Herbert N, Hanner R, Holm E, Taylor E, Burridge W, Watkinson D, Dumon P, Curry
A, Bentzen P, Zhang, April J, Bernatchez, 2004. Identifying Canadian Fresh
Water Fisher Through DNA Barcode. J Plos One. 3: 174-180.
[KKP] Kementrian Kelautan dan Perikanan. 2011. Kelautan dan Perikanan dalam
Angka Edisi Tahun 2011. Jakarta : Pusat Data dan Informasi Statistik
Sekertariat Jenderal Kelautan dan Perikanan.
Kochzious M, Seidel C, Antoniou A, Botla SK, Campo D, Cariani A, Vazquez EG,
Hauschild J, Hervert C, Hjorleifsdottir S, et al. 2010. Identifying Fishes
through DNA Barcodes and Microarrays.Doi :10.1371/journal pone 001620.
Khairuman, Amri K. 2002. Pembenihan Gurame Secara Intensif. Jakarta : Penebar
swadaya.
Matjik AA, Sumertajaya IM. 2011. Sidik Peubah Ganda. Bogor (ID): Departemen
Statistika Institut Pertanian Bogor.
Mei CT, Chuen TJ, Peter JS, Yin HH. 2012. Interspesific and Intraspesific
Genetic Diversity Of Thunnus Species. Pingtung (RRC) : Department of
Aquaculture.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York (US):
OxfordUniversity Pr.
Saanin, H. 1984, Taksonomi Dan Kunci Identifikasi Ikan. Jakarta : Bina cipta.
Sendaja J.T., Riski M.H., 2002. Usaha Pembenihan Gurami. Jakarta : Penebar
swadaya.
Soewardi K, Rachmawati R, Bengen DG, Affandi R. 1995. Penelusuran varietas
ikan gurame, Osphronemus gouramy, Lacepede, dengan menggunakan
analisis komponen utama. Jurnal Ilmu-ilmu Perairan dan Perikanan
Indonesia 3: 1-15.
Tamura K, Peterson P, Peterson N, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA 5: molecular
evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary
distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol. 28: 27312739.
11
Teletchea F. 2009. Molecular Identification Methods For Fish Species :
Reassesment and Possible Application. Fish Biol Fisheries. 19 : 265-293.
LAMPIRAN
12
LAMPIRAN
Lampiran 1 Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.)
Ikan Gurami Fase Bibit
Strain bastar berjumlah 25 ekor
Strain soang berjumlah 25 ekor
Strain jepun berjumlah 25 ekor
Strain porselin berjumlah 25
Ikan Gurami Fase dewasa
Strain bastar
Strain jepun
Strain soang
Strain porselin
13
Lampiran 2. Data hasil pengukuran morfometrik gurami
S1
S2
S3
S4
S5
S6
S7
S8
S9
S10
S11
S12
S13
S14
S15
S16
S17
S18
S19
S20
S21
S22
S23
S24
S25
J1
J2
1
12,77
15,36
12,50
14,00
14,70
15,70
16,20
15,90
15,00
15,30
15,40
15,90
16,14
16,82
17,00
17,34
15,59
15,74
15,96
13,55
14,00
14,27
15,39
15,50
15,71
14,3
14,08
2
9,90
22,66
9,76
22,60
22,80
23,00
12,25
11,95
11,70
12,00
12,25
12,75
12,99
12,52
12,70
13,04
12,19
12,34
12,56
10,55
11,00
11,27
11,39
11,50
11,71
11,34
11,12
3
5,70
6,66
5,80
6,60
6,80
7,00
7,70
7,40
7,00
7,30
7,14
7,64
7,88
7,47
7,65
7,99
6,85
7,00
7,22
6,05
6,50
6,77
6,59
6,70
6,91
6,68
6,46
4
4,70
5,96
4,86
5,90
6,10
6,30
5,89
5,59
5,70
6,00
5,70
6,20
6,44
6,12
6,30
6,64
6,05
6,20
6,42
5,31
5,76
6,03
4,99
5,10
5,31
5,68
5,46
5
4,00
4,53
4,84
4,47
4,67
4,87
4,50
4,20
3,90
4,20
4,08
4,58
4,82
4,92
5,10
5,44
4,72
4,87
5,09
3,85
4,30
4,57
4,09
4,20
4,41
4,35
4,13
6
4,96
5,12
3,60
5,06
5,26
5,46
5,38
5,08
5,34
5,64
5,23
5,73
5,97
6,02
6,20
6,54
5,85
6,00
6,22
4,85
5,30
5,57
4,89
5,00
5,21
5,4
5,18
7
3,20
3,86
3,36
3,80
4,00
4,20
4,00
3,70
4,00
4,30
3,50
4,00
4,24
4,12
4,30
4,64
3,95
4,10
4,32
3,62
4,07
4,34
2,89
3,00
3,21
3,8
3,58
8
1,60
1,36
1,53
1,30
1,50
1,70
1,28
0,98
1,50
1,80
1,20
1,70
1,94
1,22
1,40
1,74
1,85
2,00
2,22
0,95
1,40
1,67
1,39
1,50
1,71
1,87
1,65
9
4,65
5,25
4,66
5,19
5,39
5,59
5,20
4,90
5,00
5,30
4,90
5,40
5,64
4,80
4,98
5,32
6,00
6,15
6,37
4,55
5,00
5,27
4,79
4,90
5,11
4,98
4,76
10
2,40
1,73
2,27
1,67
1,87
2,07
1,89
1,59
1,70
2,00
1,20
1,70
1,94
2,05
2,23
2,57
1,85
2,00
2,22
1,22
1,67
1,94
2,53
2,64
2,85
1,4
1,18
11
2,40
4,01
2,43
3,95
4,15
4,35
4,47
4,17
4,80
5,10
4,75
5,25
5,49
4,92
5,10
5,44
4,85
5,00
5,22
4,43
4,88
5,15
4,85
4,96
5,17
4,7
4,48
12
2,10
4,33
2,54
4,27
4,47
4,67
4,67
4,37
4,47
4,77
4,30
4,80
5,04
4,52
4,70
5,04
4,95
5,10
5,32
4,05
4,50
4,77
4,25
4,36
4,57
4,38
4,16
13
2,20
1,22
1,77
1,16
1,36
1,56
1,27
0,97
1,17
1,47
0,63
1,13
1,37
1,21
1,39
1,73
1,23
1,38
1,60
0,65
1,10
1,37
0,99
1,10
1,31
1,87
1,65
14
0,80
0,93
0,95
0,87
1,07
1,27
1,10
0,80
1,00
1,30
0,40
0,90
1,14
0,82
1,00
1,34
0,83
0,98
1,20
0,63
1,08
1,35
0,77
0,88
1,09
1,1
1,12
15
0,94
1,36
0,90
1,30
1,50
1,70
1,70
1,40
1,50
1,80
0,90
1,40
1,64
1,32
1,50
1,84
1,42
1,57
1,79
0,91
1,36
1,63
1,19
1,30
1,51
1,33
1,11
16 AVERAGE
1,14
3,55
0,86
4,73
1,19
3,68
0,80
4,61
1,00
4,83
1,20
5,07
1,04
4,65
0,74
4,35
1,08
4,29
1,38
4,59
0,57
3,98
1,07
4,48
1,31
4,72
0,92
4,55
1,10
4,73
1,44
5,07
1,05
4,58
1,20
4,73
1,42
4,95
0,55
3,84
1,00
4,26
1,27
4,53
0,99
4,20
1,10
4,31
1,31
4,52
0,9
4,11
1
3,92
14
J3
J4
J5
J6
J7
J8
J9
J10
J11
J12
J13
J14
J15
J16
J17
J18
J19
J20
J21
J22
J23
J24
J25
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
14,44 11,48 6,82 5,82 4,49 5,54 3,94 2,01 5,12 1,54 4,84
13,98 11,38 6,29 5,42 4,25 5,34 3,8 1,34 4,5 1,6 4,2
13,87 11,27 6,18 5,31 4,14 5,23 3,69 1,23 4,39 1,49 4,09
14,1
11,5 6,41 5,54 4,37 5,46 3,92 1,46 4,62 1,72 4,32
13,92 11,32 6,23 5,36 4,19 5,28 3,74 1,28 4,44 1,54 4,14
13,7
11,1 7,03 5,18 3,84 5,33 3,57 1,45 4,35 1,66 4,19
13,64 11,04 6,97 5,12 3,78 5,27 3,51 1,39 4,29 1,6 4,13
13,79 11,19 7,12 5,27 3,93 5,42 3,66 1,54 4,44 1,75 4,28
13,83 11,23 7,16 5,31 3,97 5,46 3,7 1,58 4,48 1,79 4,32
14,08 11,15 6,88 5,53 4,43 4,73 3,66 1,61 4,67 1,43 4,79
14,15 11,22 6,95
5,6 4,5 4,8 3,73 1,68 4,74 1,5 4,86
14,12 11,13 6,86 5,51 4,41 4,71 3,64 1,59 4,65 1,41 4,77
13,75 10,82 6,55
5,2 4,1 4,4 3,33 1,28 4,34 1,1 4,46
14,24 11,31 7,04 5,69 4,59 4,89 3,82 1,77 4,83 1,59 4,95
13,86 11,06 6,13
5,4 3,76 5,25 3,5 1,7 4,88 1,6 4,6
13,8
11 6,07 5,34 3,7 5,19 3,44 1,64 4,82 1,54 4,54
13,92 11,12 6,19 5,46 3,82 5,31 3,56 1,76 4,94 1,66 4,66
13,97 11,17 6,24 5,51 3,87 5,36 3,61 1,81 4,99 1,71 4,71
12,8 10,18 5,25 5,38 4,08 5,09 3,56 1,47 4,45 1,5 3,76
12,85 10,23
5,3 5,43 4,13 5,14 3,61 1,52 4,5 1,55 3,81
12,812 10,192 5,262 5,392 4,09 5,1 3,57 1,48 4,46 1,51 3,77
12,69 10,07 5,14 5,27 3,97 4,98 3,45 1,36 4,34 1,39 3,65
12,71 10,09 5,16 5,29 3,99
5 3,47 1,38 4,36 1,41 3,67
13,98 10,88 6,91 4,85 4,02 4,36 3,86 1,56 4,44 1,37 4,5
14,1
11 7,03 4,97 4,14 4,48 3,98 1,68 4,56 1,49 4,62
12,7
9,56
6,1
4,9 4,3 4,7 3,17 1,56 4,6 1,97 3,02
14,01 10,91 6,94 4,88 4,05 4,39 3,89 1,59 4,47 1,4 4,53
13,36 10,84
6,8
4,8 4,1 4,2 3,76 1,6 4,46 1,49 4,64
12,5
9,4
6,1
4,4 4,3 3,8 3,38 1,6 4,8 1,9 2,8
12,59
9,49 6,19 4,49 4,39 3,89 3,47 1,69 4,89 1,99 2,89
4,52
4,1
3,99
4,22
4,04
3,95
3,89
4,04
4,08
4,53
4,6
4,51
4,2
4,69
4,2
4,14
4,26
4,31
3,76
3,81
3,77
3,65
3,67
3,95
4,07
2,19
3,98
4,05
2,3
2,39
2,01
1,15
1,04
1,27
1,09
1,5
1,44
1,59
1,63
1,06
1,13
1,04
0,73
1,22
1,4
1,34
1,46
1,51
1,24
1,29
1,25
1,13
1,15
0,93
1,05
1,5
0,96
1
1,53
1,62
1,24 1,47 1,04
1,1 1,36 1,05
0,99 1,25 0,94
1,03 1,48 1,05
1,04
1,3 0,99
1
1,4 0,96
0,94 1,34 0,9
1,09 1,49 1,05
1,13 1,53 1,09
1,24 1,51 0,99
1,31 1,58 1,06
1,22 1,49 0,97
0,91 1,18 0,66
1,4 1,67 1,15
1 1,38
1
0,94 1,32 0,94
1,06 1,44 1,06
1,11 1,49 1,11
1,1 1,06 0,75
1,15 1,11 0,8
1,11 1,072 0,76
0,99 0,95 0,64
1,01 0,97 0,66
0,88 1,24 0,94
1 1,36 1,06
0,9 0,83 1,23
0,91 1,27 0,97
1
1,3 1,04
0,82 0,87 1,3
0,91 0,96 1,39
4,25
3,88
3,77
3,99
3,82
3,94
3,88
4,03
4,07
4,06
4,13
4,04
3,73
4,22
3,98
3,92
4,04
4,09
3,69
3,74
3,70
3,58
3,60
4,01
4,13
4,14
4,04
4,02
4,02
4,11
15
B8
12,7
B9
13
B9
12,59
B10
14,3
B11 14,41
B12 14,19
B13
14,5
B14 14,43
B15 12,88
B16
12,8
B17 13,61
B18 13,75
B19
13,7
B20
13,6
B21
12,4
B22 12,77
B23 12,88
B24 12,572
B25 12,85
P1
14,04
P2
14,26
P3
14,13
P4
14,21
P5
14,02
P6
13,71
P7
13,6
P8
13,69
P9
13,71
P10
14,87
P11
14,85
9
10,2
8,89
11,5
11,61
11,39
11,5
11,43
9,98
9,9
11,11
11,25
11,2
10,46
9,26
9,67
9,78
9,67
9,6
11,09
11,31
11,18
11,26
11,07
10,83
10,72
10,81
10,83
11,87
11,85
4,88
6,2
4,77
6,57
6,68
6,46
6,2
6,13
5,88
5,8
6,81
6,95
6,9
7
5,8
6,35
6,46
0,4
4,1
6,27
6,49
6,36
6,44
6,25
6,51
6,4
6,49
6,51
7,47
7,45
4,2
4,92
4,09
5,6
5,71
5,49
5,8
5,73
5,28
5,2
5,11
5,25
5,2
5,8
4,6
4,64
4,75
4,3
4,4
5,41
5,63
5,5
5,58
5,39
5,16
5,05
5,14
5,16
5,62
5,6
4
4
3,89
4,7
4,81
4,59
4,35
4,28
3,98
3,9
3,91
4,05
4
5,2
4
3,8
3,91
3,88
4,45
3,91
4,13
4
4,08
3,89
4,2
4,09
4,18
4,2
4,07
4,05
5,35
5,1
5,24
5,3
5,41
5,19
5,28
5,21
5,38
5,3
4,41
4,55
4,5
5,6
4,4
5,2
5,31
3,29
3,61
4,91
5,13
5
5,08
4,89
5,11
5
5,09
5,11
5,23
5,21
3,4
3,4
3,29
3,66
3,77
3,55
3,88
3,81
3,48
3,4
3,61
3,75
3,7
4,07
2,87
3,3
3,41
2,71
3,17
3,43
3,65
3,52
3,6
3,41
3,51
3,4
3,49
3,51
3,74
3,72
1,39
1,7
1,28
1,6
1,71
1,49
1,87
1,8
1,46
1,38
1,51
1,65
1,6
2,46
1,26
1,6
1,71
1,11
1,6
1,71
1,93
1,8
1,88
1,69
1,86
1,75
1,84
1,86
1,43
1,41
4,9
4,85
4,79
5,2
5,31
5,09
5
4,93
4,54
4,46
4,51
4,65
4,6
5,5
4,3
4,6
4,71
4,42
4,83
4,8
5,02
4,89
4,97
4,78
4,91
4,8
4,89
4,91
5,18
5,16
1,5
2,56
1,39
1,7
1,81
1,59
1,6
1,53
1,38
1,3
1,41
1,55
1,5
2,87
1,67
2,18
2,29
1,99
2,28
1,54
1,76
1,63
1,71
1,52
1,67
1,56
1,65
1,67
1,55
1,53
3,6
2,5
3,49
4,6
4,71
4,49
4,85
4,78
3,74
3,66
4,51
4,65
4,6
3,92
2,72
2,9
3,01
3,61
3,09
4,41
4,63
4,5
4,58
4,39
4,51
4,4
4,49
4,51
4,84
4,82
3,97
2,35
3,86
4,6
4,71
4,49
4,4
4,33
3,93
3,85
4,11
4,25
4,2
3,09
1,89
2,7
2,81
0,67
2,48
4,31
4,53
4,4
4,48
4,29
4,21
4,1
4,19
4,21
4,47
4,45
1,47
1,6
1,36
0,98
1,09
0,87
1,3
1,23
1,08
1
0,74
0,88
0,83
2,4
1,2
1,6
1,71
1,04
1
1,06
1,28
1,15
1,23
1,04
1,31
1,2
1,29
1,31
1,27
1,25
0,83
1
0,72
1
1,11
0,89
1
0,93
0,98
0,9
0,87
1,01
0,96
1,8
0,6
0,98
1,09
1
1,03
0,81
1,03
0,9
0,98
0,79
1,09
0,98
1,07
1,09
0,84
0,82
1,18
0,8
1,07
1,4
1,51
1,29
1,4
1,33
1,28
1,2
1,41
1,55
1,5
1,73
0,53
0,9
1,01
1,33
0,92
1,39
1,61
1,48
1,56
1,37
1,46
1,35
1,44
1,46
1,24
1,22
0,9
1,3
0,79
1,07
1,18
0,96
1
0,93
0,88
0,8
0,91
1,05
1
2,13
0,93
1,24
1,35
1,02
1,19
0,95
1,17
1,04
1,12
0,93
1,15
1,04
1,13
1,15
0,97
0,95
3,62
4,18
3,51
4,22
4,33
4,11
4,26
4,19
3,71
3,63
3,89
4,03
3,98
5,04
3,84
4,08
4,19
3,02
4,16
4,04
4,26
4,13
4,21
4,02
3,95
3,84
3,93
3,95
4,27
4,25
16
P12
P13
P14
P15
P16
P17
P18
P19
P20
P21
P22
P23
P24
P25
15
15,11
15,09
15,21
15,17
15,3
15,34
14,46
14,6
14,4
14,3
13,2
13,5
13,09
12
12,11
12,09
11,24
11,2
11,33
11,37
11,56
11,7
11,5
11,4
10,23
10,53
10,12
7,6
7,71
7,69
6,11
6,07
6,2
6,24
6,66
6,8
6,6
6,5
6,3
6,6
6,19
5,75
5,86
5,84
6,21
6,17
6,3
6,34
5,86
6
5,8
5,7
4,7
5
4,59
4,2
4,31
4,29
4,17
4,13
4,26
4,3
4,36
4,5
4,3
4,2
3,9
4,2
3,79
5,36
5,47
5,45
5,46
5,42
5,55
5,59
5,36
5,5
5,3
5,2
4,7
5
4,59
3,87
3,98
3,96
3,71
3,67
3,8
3,84
3,73
3,87
3,67
3,57
3,68
3,98
3,57
1,56
1,67
1,65
1,39
1,35
1,48
1,52
1,26
1,4
1,2
1,1
1,29
1,59
1,18
5,31
5,42
5,4
5,07
5,03
5,16
5,2
4,96
5,1
4,9
4,8
4,46
4,76
4,35
1,68
1,79
1,77
1,61
1,57
1,7
1,74
1,56
1,7
1,5
1,4
1,5
1,8
1,39
4,97
5,08
5,06
4,34
4,3
4,43
4,47
4,76
4,9
4,7
4,6
4,3
4,6
4,19
4,6
4,71
4,69
4,26
4,22
4,35
4,39
4,26
4,4
4,2
4,1
3,9
4,2
3,79
1,4
1,51
1,49
1,4
1,36
1,49
1,53
1,15
1,29
1,09
0,99
1,26
1,56
1,15
0,97
1,08
1,06
0,91
0,87
1
1,04
0,86
1
0,8
0,7
1
1,3
0,89
1,37
1,48
1,46
1,28
1,24
1,37
1,41
1,36
1,5
1,3
1,2
1,38
1,68
1,27
1,1
1,21
1,19
0,91
0,87
1
1,04
1,01
1,15
0,95
0,85
1
1,3
0,89
4,40
4,51
4,49
4,10
4,06
4,19
4,23
4,07
4,21
4,01
3,91
3,83
4,13
3,72
17
Lampiran 3. Data hasil penghitungan meristik
Kode sampel
S1
S2
S3
S4
S5
S6
S7
S8
S9
S10
S11
S12
S13
S14
S15
S16
S17
S18
S19
S20
S21
S22
S23
S24
S25
J1
J2
J3
J4
J5
J6
J7
J8
J9
J10
J11
J12
J13
J14
J15
J16
J17
J18
JSD.K JSD.L JSV.K
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
12
13
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
13
1
12
12
1
13
13
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
13
1
12
12
1
13
12
1
12
13
1
13
12
1
13
11
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
12
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
13
12
1
JSV.L
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
JSA.K
10
10
9
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
10
10
11
JSA.L
21
21
21
21
21
21
19
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
19
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
19
21
21
21
Linea lateralis
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
33
32
32
31
32
32
32
32
warna
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
18
J19
J20
J21
J22
J23
J24
J25
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
B9
B10
B11
B12
B13
B14
B15
B16
B17
B18
B19
B20
B21
B22
B23
B24
B25
P1
P2
P3
P4
P5
P6
P7
P8
P9
P10
P11
P12
P13
13
13
13
13
13
13
13
12
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
12
13
13
13
13
13
13
13
13
12
12
12
11
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
11
11
11
11
11
11
12
11
11
11
11
11
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
10
10
10
9
11
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
9
10
10
10
9
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
11
10
10
10
10
10
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
21
32
33
32
32
32
32
32
33
33
33
33
33
33
33
31
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
33
32
33
33
33
33
33
33
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
32
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pekat
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
hitam pudar
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih
19
P14
P15
P16
P17
P18
P19
P20
P21
P22
P23
P24
P25
13
13
13
12
13
13
13
13
12
13
13
13
11
12
11
11
11
11
11
11
13
11
11
11
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
10
9
10
10
10
10
10
10
10
10
9
10
21
20
21
21
21
21
21
21
21
21
21
19
32
32
33
32
32
32
32
32
33
32
32
32
putih
putih
putih kekuningan
putih kekuningan
putih
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
putih kekuningan
20
Lampiran 4 Data nilai rata-rata 21 ukuran relatif Osphronemus gouramy
Soang
Jepun
Bastar
Porselin
N1
1,19
1,25
1,29
1,28
N2
0,55
0,58
0,58
0,59
N3
0,45
0,49
0,48
0,50
N4
0,35
0,37
0,41
0,37
N5
0,42
0,47
0,46
0,46
N6
0,30
0,33
0,34
0,33
N7
0,12
0,14
0,15
0,14
N8
0,41
0,42
0,46
0,44
N9
0,16
0,14
0,17
0,14
N10
0,36
0,40
0,37
0,41
N11
0,34
0,38
0,33
0,38
N12
0,10
0,12
0,12
0,11
N13
0,08
0,10
0,09
0,09
N14
0,11
0,12
0,11
0,12
N15
0,08
0,09
0,11
0,09
Keterangan: N1 (panjang total (PT) / panjang baku (PB)), N2 (panjang kepala (PK) / panjang baku (PB)), N3(lebar kepala (LK) / panjang baku (PB)), N4(tinggi kepala (TK) / panjang baku (PB)), N5(lebar badan (LB)
/ panjang baku (PB)), N6(panjang sirip dorsal (PSD) / panjang baku (PB)), N7(panjang sebelum sirip dorsal (PSSD) / panjang baku (PB)), N8(panjang sebelum sirip ventral (PSSV) / panjang baku (PB)), N9(panjang
moncong (PM) / panjang baku (PB)), N10(diameter mata (DM) / panjang baku (PB)), N11(panjang dasar sirip dorsal (PDSD) / panjang baku (PB)), N12(panjang sirip ventral (PSV) / panjang baku (PB)), N13(panjang
sirip pectoral (PSP) / panjang baku (PB)), N14(lebar mata orbital (MO) / panjang baku (PB)), N15(panjang rahang (PR) / panjang baku (PB)).