Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Padi Varietas Rojolele yang Berpotensi sebagai Biokontrol

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI ENDOFIT DARI
TANAMAN PADI VARIETAS ROJOLELE YANG
BERPOTENSI SEBAGAI BIOKONTROL

DWI ENDAH KUSUMAWATI

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Isolasi dan
Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Padi Varietas Rojolele yang
Berpotensi sebagai Biokontrol adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Penelitian ini didanai oleh DIPA LIPI atas nama Dr. Eng. Desriani,
M.Si. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan

dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Lembaga Ilmu dan Pengetahuan Indonesia (LIPI).

Bogor, Agustus 2013
Dwi Endah Kusumawati
NIM G84090009

ABSTRAK
DWI ENDAH KUSUMAWATI. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari
Tanaman Padi Varietas Rojolele yang Berpotensi sebagai Biokontrol. Dibimbing
oleh MARIA BINTANG dan DESRIANI.
Bakteri endofit merupakan bakteri yang hidup di dalam jaringan tanaman,
tidak menimbulkan efek negatif pada tanaman inangnya, dan diketahui dapat
berperan sebagai agen biokontrol. Penggunaan pupuk kimia untuk meningkatkan
produktivitas padi rojolele dapat digantikan dengan memanfaatkan bakteri endofit.
Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri endofit dari
padi rojolele untuk mendapatkan isolat potensial sebagai kandidat agen biokontrol.
Karakterisasi yang dilakukan meliputi morfologi, fisiologi (aktivitas enzim
ekstraseluler secara kualitatif, resistensi terhadap antibiotik, dan konsumsi karbon

secara kualitatif), dan molekuler (analisis sekuen 16S rRNA). Isolat bakteri
endofit yang diperoleh berjumlah 43 yang secara umum memiliki ciri morfologi
berwarna putih, berbentuk bundar dengan tepian licin dan elevasi timbul.
Berdasarkan hasil pengujian karakteristik fisiologi, isolat BU6A, BU6B, dan
BO3M berpotensi sebagai kandidat agen biokontrol. Ketiga isolat tersebut
diidentifikasi sebagai Bacillus subtilis strain GB4, Bacillus subtilis strain HU48,
dan Pseudomonas sp. CTN-2.
Kata kunci: bakteri endofit, biokontrol, padi rojolele, 16S rRNA

ABSTRACT
DWI ENDAH KUSUMAWATI. Isolation and Characterization of Endophytic
Bacteria from Paddy Varieties Rojolele which Potential as A Biocontrol.
Supervised by MARIA BINTANG and DESRIANI.
Endophytic bacteria are bacteria that live inside plant tissues but do not
cause negative effects on their host and are known to act as a biocontrol agent.
The use of chemical-based fertilizers to increase the productivity of paddy var
rojolele can be replaced with endophytic bacteria. The aim of this research are to
isolate and characterize endophytic bacteria from paddy var rojolele to get
potential isolate that can be used as a candidate of biocontrol agent.
Characterization was conducted on the morphology, physiology (activity of

extracellular enzymes qualitatively, resistance to antibiotics, and carbon
consumption qualitatively), and molecular (16S rRNA sequence analysis).
Endophytic bacterial isolates obtained amounted to 43 which generally has a
characteristic morphology white, round with smooth edges and a raised elevation.
Based on physiological characteristics of the test results, isolates BU6A, BU6B,
and BO3M were potential as a candidate of biocontrol agent. All three isolates
were identified as Bacillus subtilis strain GB4, Bacillus subtilis strain HU48, and
Pseudomonas sp. CTN-2.
Key words: biocontrol, endophytic bacteria, paddy var rojolele, 16S rRNA

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI ENDOFIT DARI
TANAMAN PADI VARIETAS ROJOLELE YANG
BERPOTENSI SEBAGAI BIOKONTROL

DWI ENDAH KUSUMAWATI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada

Departemen Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

Judul Skripsi: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Padi
Varietas Rojolele yang Berpotensi sebagai Biokontrol
Nama
: Dwi Endah Kusumawati
NIM
: G84090009

Disetujui oleh

Prof. Dr. drh. Maria Bintang, MS .
Pembimbing I

Dr. Eng. Desriani. M.Si
Pembimbing II

Sc

Tanggal Lulus:

U2 AUG 2013

Judul Skripsi : Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Padi
Varietas Rojolele yang Berpotensi sebagai Biokontrol
Nama
: Dwi Endah Kusumawati
NIM
: G84090009

Disetujui oleh

Prof. Dr. drh. Maria Bintang, MS
Pembimbing I

Dr. Eng. Desriani, M.Si
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr.Ir.I Made Artika, M.App Sc
Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Bismillahirrahmanirrahim
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala nikmat dan
karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah ini. Karya
ilmiah yang berjudul “Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman
Padi Varietas Rojolele yang Berpotensi sebagai Biokontrol” ini telah dilakukan
sejak bulan Februari hingga Mei 2013.
Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada Prof. Dr. drh. Maria
Bintang, MS dan Dr. Eng. Desriani, M.Si selaku pembimbing. Penulis juga

mengucapkan terima kasih kepada kedua orang tua, Mba Wulan, Staf
Laboratorium Rekayasa Protein untuk Aplikasi Kesehatan Pusat Penelitian
Bioteknologi LIPI (Pak Rivai, Mba Neneng, Mba Wiwit, Mba Lita), Mas Adhi,
Ukhradiya, serta rekan-rekan Biokimia 46 atas doa dan dukungannya.
Penulis menyadari masih terdapat kekurangan dalam penulisan karya
ilmiah ini. Oleh karena itu, saran serta kritik yang membangun sangat penulis
harapkan demi perbaikan di kemudian hari. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Agustus 2013
Dwi Endah Kusumawati

DAFTAR ISI
DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

PENDAHULUAN

1 

METODE

2 

Bahan dan Alat

2 

Prosedur Penelitian

2

HASIL

4

Isolasi Bakteri Endofit

4 

Aktivitas Enzim Ekstraseluler secara Kualitatif

5

Daya Resistensi Antibiotik

6 

Konsumsi Karbon secara Kualitatif

7

Analisis Sekuen 16S rRNA

8 

PEMBAHASAN

9 

SIMPULAN

11 

DAFTAR PUSTAKA

11 

LAMPIRAN

14

RIWAYAT HIDUP

22

DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

Presentase bakteri endofit yang diisolasi dari padi rojolele
Beberapa koloni tunggal hasil pemurnian bakteri endofit
Zona bening yang terbentuk disekitar isolat bakteri endofit
Diameter zona bening yang dihasilkan pada media CMC
Hasil uji resistensi antibiotik
Daya tahan isolat bakteri endofit terhadap antibiotik
Perubahan warna medium pada uji konsumsi karbon
Konsumsi berbagai jenis karbon dari isolat bakteri endofit
Elektroforegram ekstraksi DNA genom isolat potensial
Elektroforegram hasil amplifikasi isolat potensial

5
5
5
6 
6
6
7
7 
8
8

 

DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4

Karakterisasi morfologi seluruh isolat endofit dari padi rojolele
Sekuen gen 16S rRNA dari isolat BU6A, BU6B, dan BO3M
Hasil analisis homologi isolat BU6A, BU6B, dan BO3M
Hasil pensejajaran sekuen isolat BU6A, BU6B, dan BO3M

14
16
18
19

PENDAHULUAN
Padi rojolele merupakan padi unggul asal Klaten yang dirilis oleh
Departemen Pertanian pada tahun 2003 dan digunakan sebagai tetua persilangan
pada program penelitian IRRI. Padi rojolele berumur 155 hari, tahan wereng, dan
hasil produksinya berkualitas tinggi yakni beras yang dihasilkan pulen dan wangi.
Mengingat kelebihan yang dimiliki oleh padi jenis ini maka diperlukan upaya
untuk tetap mempertahankan kualitas dan kuantitas hasil produksinya
(Mudjisihono et al. 2001). Akan tetapi, luas areal pertanian semakin berkurang
dan serangan hama maupun penyakit dapat menjadi kendala rendahnya produksi
beras.
Salah satu upaya yang sering dilakukan oleh petani sebagai upaya
pencegahan dari serangan hama dan penyakit adalah menggunakan pupuk kimia.
Penggunaan bahan kimia berakibat pada terganggunya keseimbangan ekosistem,
menyebabkan resistensi bakteri patogen, dan residu yang ditinggalkan juga dapat
berdampak negatif bagi manusia dan hewan. Selain itu, pupuk kimia atau sintetis
dapat menurunkan jumlah mikroflora tanah (Tian et al. 2004). Alternatif yang
dapat digunakan untuk menggantikan penggunaan pupuk kimia adalah
memanfaatkan bakteri endofit (Momota et al. 2012).
Bakteri endofit merupakan mikroorganisme simbiotik yang hidup di dalam
jaringan tanaman dan tidak menimbulkan efek negatif pada tanaman inangnya
(Mano dan Morisaki 2008). Bakteri endofit diketahui dapat meningkatkan
produktivitas tanaman dengan cara memproduksi hormon pertumbuhan seperti
auksin, berperan terhadap kesehatan tanaman, dan sebagai agen biokontrol.
Bakteri endofit dapat ditemukan pada tanaman pertanian, seperti padi. Tanaman
padi dapat berumur lama sehingga kemungkinan terdapat bakteri endofit yang
masuk ke dalam jaringan tanaman padi lalu menetap dan menghasilkan senyawa
tertentu atau metabolit sekunder yang sama dengan yang dihasilkan oleh tanaman
inangnya. Bakteri endofit pada padi dapat bermigrasi dari permukaan tanaman ke
bagian dalam tanaman atau sebaliknya (Mano et al. 2007).
Keberadaan bakteri endofit di dalam jaringan tanaman diketahui dapat
memacu pertumbuhan tanaman dan berperan sebagai agen pengendali hayati.
Kemampuan bakteri untuk melakukan penetrasi ke jaringan internal tanaman
dapat disebabkan oleh adanya enzim ekstraseluler berupa selulase yang dihasilkan
oleh bakteri tersebut (Eliza et al. 2007). Setelah melakukan penetrasi, bakteri
tersebut akan berkolonisasi sehingga menghambat pertumbuhan bakteri patogen
melalui mekanisme kompetisi ruang dan nutrisi (Pal et al. 2012).
Karakterisasi secara fisiologis dapat digunakan sebagai langkah awal
dalam menyeleksi isolat yang berpotensi sebagai agen biokontrol. Beberapa uji
pendekatan potensi bakteri endofit sebagai agen pengendali hayati diantaranya
dapat dilakukan dengan uji kualitatif enzim ekstraseluler berupa selulase (Eliza et
al. 2007), pengujian daya tahan bakteri endofit terhadap antibiotik dan uji
konsumsi berbagai sumber karbon (Zinniel et al. 2002). Isolat potensial yang
didapatkan berdasarkan karakteristik fisiologis tersebut kemudian diidentifikasi
secara molekuler menggunakan analisis sekuen 16S rRNA.
Karakterisasi fisiologis dan molekuler dari bakteri endofit padi varietas
rojolele yang meliputi uji kualitatif produksi enzim ekstraseluler (berupa selulase),

2
daya tahan terhadap antibiotik, uji konsumsi berbagai jenis karbon secara
kualitatif, serta analisis sekuen 16S rRNA belum dilaporkan. Oleh sebab itu,
penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri endofit dari
padi rojolele untuk mendapatkan isolat potensial sebagai kandidat agen biokontrol.

METODE
Bahan dan Alat
Bahan yang digunakan antara lain: tanaman padi utuh (Oryza sativa)
varietas rojolele, Na-hipoklorit, Nutrient Agar (NA), nistatin 100 mg/mL, etanol
96%, agar, yeast extract, sukrosa, Carboxy Methyl Cellulose (CMC),
MgSO4.7H2O, KNO3, K2HPO4, FeSO4.7H2O, CaCl2, akuades, H2O steril, congo
red, NaCl, ampisilin, kanamisin, kloramfenikol, tripton, maltosa, laktosa, gula
pasir, indikator phenol red 0.25%, agarosa, buffer TAE, loading dye, primer 63F
( 5’- CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC -3’ ) dan 1387R ( 5’- GGG CGG
CGT GTA CAA GGC C -3’), Purelink Genomic Digestion Buffer, Proteinase-K,
RNase A, Purelink Genomic Lysis/Binding Buffer, Purelink Genomic Elution
Buffer, wash buffer 1, wash buffer 2, RNase pure water, Superscript III RT
Platinum Taq mix, 1kb DNA Ladder, dan EtBr.
Alat yang digunakan diantaranya: laminar air flow cabinet, alat gelas, pipet
mikro, cawan Petri, vorteks, magnetic stirrer, inkubator, tabung eppendorf,
PureLinkTM Genomic DNA Mini Kit dari Invitrogen, mesin Polymerase Chain
Reaction (PCR), UV Transluminator, dan seperangkat alat elektroforesis.

Prosedur Penelitian
Pembuatan Media Uji
Media NA. Sebanyak 4 gram NA ditambahkan dengan 200 mL akuades
kemudian dipanaskan sambil diaduk. Setelah itu, media disterilisasi dan
didiamkan beberapa saat lalu dituang ke cawan Petri, sedangkan dalam pembuatan
agar miring media yang telah homogen dapat langsung dituang ke tabung reaksi
(± 5 mL) lalu disterilisasi. Khusus untuk media NA yang ditambahkan nistatin
200 µL/200 mL. Penambahan nistatin dilakukan pada saat media selesai
disterilisasi saat suhu sudah tidak terlalu panas.
Media CMC. Sebanyak 1 gram CMC, 0.2 gram yeast extract, 0.1 glukosa,
200 µL MgSO4.7H2O, 750 µL KNO3, 100 µL K2HPO4, 20 µL FeSO4.7H2O, 40
µL CaCl2, dan 2 gram agar ditambahkan dengan 100 mL akuades kemudian
dipanaskan sambil diaduk. Setelah itu, media disterilisasi dan didiamkan beberapa
saat lalu dituang ke cawan Petri.
Media LB. Sebanyak 1 g tripton, 0.5 g yeast extract, 1 g NaCl, dan 2 g
agar ditambahkan 100 mL akuades lalu dihomogenisasi dan disterilkan. Setelah
media tidak terlalu panas, ditambahkan satu macam antibiotik dengan konsentrasi
akhir: ampisilin dan kloramfenikol sebesar 50 µg/mL dan kanamisin 10 µg/mL
lalu dituang ke cawan Petri.

3
Kaldu karbohidrat. Sebanyak 1 g tripton, 0.5 g NaCl, dan 0.72 mL
indikator merah fenol 0.25%, dan 1 g karbohidrat tertentu dilarutkan ke dalam 100
mL akuades lalu disterilisasi.
Isolasi Bakteri Endofit
Sampel berupa serabut akar (S), bonggol akar (BO), batang tengah (BT),
batang ujung (BU), dan daun (D) tanaman padi varietas rojolele dengan ukuran
sekitar 1 cm. Sampel dicuci dengan air mengalir hingga bersih lalu direndam
etanol 96% selama 1 menit. Setelah itu, cairan perendam dibuang dan diganti
dengan Na-hipoklorit lalu didiamkan selama 5 menit. Cairan perendam dibuang
kembali dan sampel dibilas dengan etanol 96% sebanyak tiga kali. Sampel yang
telah steril dipotong lagi menjadi beberapa bagian lalu ditanam pada media NA
yang telah ditambahkan nistatin (200 µL/200mL) dan diinkubasi pada ruang gelap.
Pemurnian dilakukan dengan memindahkan bakteri endofit yang tumbuh pada
media NA yang ditambahkan nistatin di cawan Petri ke cawan Petri yang berisi
NA yang masih kosong. Setelah diperoleh biakan murni, bakteri endofit disimpan
ke agar miring NA.
Aktivitas Enzim Ekstraseluler secara Kualitatif
Bakteri endofit pada agar miring diambil seujung ose lalu ditotolkan pada
media CMC lalu diinkubasi selama 24 jam. Setelah itu, larutan congo red 0.1%
dituang ke cawan Petri hingga bakteri terendam lalu didiamkan selama 30 menit.
Setelah itu, cairan dibuang dan dibilas dengan NaCl 2% selama 15 menit dan
diulang sebanyak tiga kali. Diameter zona bening yang terbentuk diukur
menggunakan penggaris.
Daya Resistensi Antibiotik (Zinniel et al. 2002)
Isolat endofit diambil seujung ose lalu digoreskan pada cawan Petri yang
berisi media LB yang telah ditambahkan antibiotik dengan konsentrasi akhir:
ampisilin 50 µg/mL, kloramfenikol 50 µg/mL, dan kanamisin 10 µg/mL. Bakteri
dikatakan resisten terhadap antibiotik dengan konsentrasi yang diujikan apabila
terlihat adanya pertumbuhan setelah masa inkubasi 48 jam pada suhu 27 ºC.
Konsumsi Karbon secara Kualitatif
Isolat bakteri yang potensial diambil seujung ose lalu ditumbuhkan ke
dalam kaldu karbohidrat yang telah ditambahkan indikator merah fenol.
Kontrolnya adalah kaldu tanpa penambahan karbohidrat. Setelah itu, tabung
diinkubasi pada suhu 35 - 37 ˚C selama 24 – 48 jam. Inkubasi lebih lama dapat
digunakan untuk memastikan hasil yang negatif. Perubahan warna media dari
merah menjadi kuning menandakan bakteri tersebut mampu memanfaatkan
sumber karbon yang ada pada media.
Analisis Sekuen 16S rRNA
Isolasi DNA. Isolasi DNA genom dari isolat terseleksi dilakukan
menggunakan PureLinkTM Genomic DNA Mini Kit dari Invitrogen. Tahap awal
yang dilakukan yaitu meregenerasi isolat pada 5 mL media LB cair dan diinkubasi
pada suhu 37 ˚C selama 24 jam lalu disentrifugasi 10000 rpm selama 10 menit
untuk mendapatkan pelet sel. Sebanyak 180 µL Purelink Genomic Digestion

4
Buffer dan 20 µL Proteinase-K ditambahkan ke dalam tabung berisi pelet isolat
lalu diinkubasi pada suhu 55 ˚C selama 1 jam kemudian disentrifugasi pada 12000
rpm selama 5 menit. Supernatan yang dihasilkan dipindah ke tabung baru lalu
ditambahkan 20 µL RNase A. Campuran dihomogenkan lalu diinkubasi pada suhu
ruang selama 2 menit. Setelah itu, sebanyak 200 µL Purelink Genomic
Lysis/Binding Buffer ditambahkan ke dalam campuran lalu dihomogenkan
kembali dan ditambahkan 200 µL etanol 96% kemudian dicampur selama 5 menit.
Tahap selanjutnya yaitu sebanyak 640 µL sampel yang diperoleh dari tahap
sebelumnya dipindahkan ke spin column lalu disenrifugasi 12000 rpm selama 3
menit pada suhu ruang. Setelah itu cairan dibuang, sebanyak 500 µL wash buffer
1 ditambahkan ke spin column dan disentrifugasi kembali 12000 rpm selama 1
menit. Cairan kembali dibuang lalu ditambahkan 500 µL wash buffer 2 ke dalam
spin column dan disentrifugasi 12000 rpm selama 3 menit. Cairan ini tidak
dibuang dan ditambahkan 25 µL Purelink Genomic Elution Buffer kemudian
diinkubasi pada suhu ruang selama 10 menit lalu disentrifugasi 12000 rpm selama
1 menit.
Amplifikasi DNA. Amplifikasi DNA hasil isolasi sebelumnya dilakukan
menggunakan mesin PCR. Primer yang digunakan adalah 63F dan 1387R
(Marchesi et al. 1998). Sebanyak 25 μL total volume reaksi yang terdiri atas: 20
µL RNase pure water, 2 µL Superscript III RT Platinum Taq mix, 1 µL primer
63F, 1 µL primer 1387R, dan 1 µL DNA hasil isolasi (template). Amplifikasi
dilakukan 35 siklus dengan kondisi denaturasi awal 94 ˚C selama 2 menit,
denaturasi 94 ˚C selama 20 detik, penempelan primer 45 ˚C selama 30 detik,
pemanjangan 68 ˚C selama 1.5 menit, dan ekstensi akhir 68 ˚C selama 5 menit.
Reaksi dihentikan pada saat suhu turun ke 4 ˚C.
Visualisasi PCR. Hasil PCR kemudian diperiksa menggunakan
elektroforesis gel agarosa 110 V selama 30 menit dan marker yang digunakan
adalah 1kb DNA Ladder. Setelah itu, gel hasil elektroforesis direndam ke dalam
EtBr selama 5 menit lalu diamati menggunakan UV Transluminator.
Penentuan Urutan Basa DNA. Produk PCR selanjutnya ditentukan
urutan basanya dan hasilnya dianalisis menggunakan BLASTN guna
mengidentifikasi jenis bakteri endofit tersebut.

HASIL
Isolasi Bakteri Endofit
Isolasi bakteri endofit dari padi rojolele menghasilkan 43 isolat ( 2 isolat
dari daun, 11 isolat dari batang ujung, 13 isolat dari batang tengah, dan 17 isolat
dari bonggol akar), namun tidak ada isolat endofit yang berhasil diisolasi dari
serabut akar (Gambar 1). Hasil penelitian menunjukkan isolat terbanyak
didapatkan dari bonggol akar dan semakin berkurang pada batang dan daun.
Karakterisasi awal dari isolat yang diperoleh dari padi rojolele dilakukan
secara morfologi. Secara kasat mata, koloni isolat endofit memiliki bentuk dan
warna yang bervariasi, namun umumnya koloni tunggal hasil pemurnian bakteri
endofit berwarna putih, berbentuk bundar dengan tepian licin, dan elevasi timbul
(Gambar 2).

5

5%
26%
30%

Bonggol Akkar (BO)
Batang Tenngah (BT)

39%

Batang Ujuung (BU)
Daun (D)
Serabut akaar (S)

Gambbar 1 Presenntase bakteri endofit yangg diisolasi dari padi rojoolele

Gam
mbar 2 Beberrapa koloni tunggal
t
hasill pemurnian bakteri endo
ofit

Aktivitas En
A
nzim Ekstraaseluler seccara Kualitaatif
Salahh satu caraa untuk meendeteksi adanya
a
enzim ekstraselluler yang
d
dihasilkan
o
oleh
suatu orrganisme terrtentu yaitu menggunaka
m
an media CM
MC. Media
C
CMC
bertinndak sebagai media seleektif untuk pertumbuhaan mikroba selulolitik.
P
Pengamatan
n dilakukan dengan meengamati terrbentuknya zona beningg disekitar
k
koloni
isolaat bakteri enndofit yang ditumbuhkaan sebagai indikasi
i
dihhasilkannya
e
enzim
ekstraaseluler olehh bakteri (Gaambar 3).
Hasil penelitian
p
m
menunjukkan
n sebanyak 21
2 isolat meembentuk zoona bening
d
disekitar
bak
kteri dengan ukuran yang bervariasi,, yaitu: 10 issolat (BU1, BU2,
B
BU5,
B
BU6,
BU6A
A, BU6B, BT10,
B
BT12, BO11, dan
d
BO16) dengan zo
ona bening
b
berukuran
b
besar
(d > 0.4), 6 isolatt (BU3, BU7
7A, BT2, B
BT3, BT9, daan BO3M)
d
dengan
zonaa bening beruukuran sedanng (0.2 ≤ d ≤ 0.4), dan 5 isolat (D1, BU7, BO2,
B
BO14,
dan BO15)
B
dengan ukuran zoona bening kecil
k
(d < 0..2) sedangkaan 22 isolat
y
yang
lainnyaa tidak mem
mbentuk zonaa bening (d = 0) (Gambarr 4).

Media CMC
C
Bakteri
Zona beening

Gaambar 3 Zonna bening yanng terbentukk disekitar isolat bakteri endofit

Jumlah isolat

6
25
20
15
10
5
0
d=0

d < 0.2

0.2 ≤ d ≤ 0.4

d > 0.4

Diameter zona bening (cm)

Gambar 4 Diameter zona bening yang dihasilkan pada media CMC

Daya Resistensi Antibiotik (Zinniel et al. 2002)
Pengujian daya tahan bakteri endofit dilakukan terhadap tiga jenis
antibiotik, yaitu: ampisilin, kloramfenikol, dan kanamisin. Isolat endofit dikatakan
resisten apabila mampu tumbuh pada media yang telah ditambahkan antibiotik
tertentu pada konsentrasi yang diujikan (Gambar 5). Sebanyak 86.04% dari total
isolat resisten terhadap ampisilin 50 µg/mL, 88.37% isolat resisten terhadap
kanamisin 10 µg/mL, dan 33.48% isolat resisten terhadap kloramfenikol 50
µg/mL (Gambar 6).

Gambar 5 Hasil uji resistensi antibiotik

20
Jumlah Isolat

Bonggol Akar
15
Batang Tengah
10

Batang Ujung
Daun

5
0
Ampisilin

Kanamisin

Kloramfenikol

Gambar 6 Daya tahan isolat bakteri endofit terhadap antibiotik

7
Berdasarkan hasil tersebut, terdapat 9 isolat bonggol akar (BO1, BO2,
BO2M, BO3M, BO7A, BO7B, BO8, BO9, dan BO10), 2 isolat batang tengah
(BT7 dan BT11), dan 2 isolat batang ujung (BU6A dan BU6B) yang resisten
terhadap ketiga jenis antibiotik pada konsentrasi yang diujikan.
Konsumsi Karbon secara Kualitatif
Konsumsi karbon secara kualitatif dari isolat bakteri dilakukan terhadap
lima jenis karbohidrat (glukosa, maltosa, sukrosa, selulosa, dan laktosa)
menggunakan indikator merah fenol. Hasil positif ditunjukkan oleh perubahan
warna medium dari merah menjadi kuning yang menandakan adanya perubahan
pH medium menjadi asam sebagai hasil konsumsi karbon oleh isolat. Pada kontrol
tidak ditambahkan sumber karbon apapun sehingga tidak terjadi perubahan pH
pada medium sebagai akibat konsumsi karbon oleh isolat (Gambar 7).
Berdasarkan hasil penelitian, sebanyak 25 isolat) mampu memanfaatkan
glukosa sebagai sumber karbon, 23 isolat mampu memanfaatkan maltosa, 24
isolat mampu memanfaatkan sukrosa sebagai sumber karbon, dan 14 isolat dapat
menggunakan laktosa sebagai sumber karbon. Namun, semua isolat nampak
menunjukkan hasil negatif terhadap selulosa (Gambar 8).
K

+

-

Gambar 7 Perubahan warna medium pada uji konsumsi karbon

12

Jumlah isolat

10
Bonggol Akar

8

Batang Tengah

6

Batang Ujung

4

Daun
2
0
Glukosa

Maltosa

Sukrosa

Laktosa

Selulosa

Gambar 8 Konsumsi berbagai jenis karbon dari isolat bakteri endofit

8
Analisis Sekuen 16S rRNA
Tiga isolat potensial yang diperoleh berdasarkan pengujian karakteristik
fisiologis (BU6A, BU6B, dan BO3M) selanjutnya diidentifikasi secara molekuler
menggunakan analisis sekuen 16S rRNA. Tahap pertama yang dilakukan adalah
ekstraksi DNA genom ketiga isolat potensial tersebut menggunakan PureLinkTM
Genomic DNA Mini Kit kemudian hasilnya diperiksa menggunakan elektroforesis
gel agarosa. Hasil pengamatan menunjukkan pita tunggal dengan ukuran diatas
10000 bp, sehingga proses ekstraksi DNA genom dapat dikatakan berhasil dan
dapat digunakan sebagai cetakan proses amplifikasi sekuen 16S rRNA (Gambar
9).
Tahap amplifikasi sekuen 16S rRNA dari ketiga isolat dilakukan
menggunakan primer 63-F dan 1387-R menghasilkan satu pita pada ukuran
sekitar 1400 bp (Gambar 10). Setelah itu, dilakukan analisis sekuen 16S rRNA
menggunakan program BLAST. Hasilnya menunjukkan isolat BU6A adalah
Bacillus subtilis strain GB4, isolat BU6B adalah Bacillus subtilis strain HU48,
dan isolat BO3M adalah Pseudomonas sp. CTN-2.

M

BU6A BU6B BO3M

10000

Gambar 9 Elektroforegram ekstraksi DNA genom isolat potensial

M

BU6A BU6B BO3M

10000
8000
6000
1500

± 1400

1000

Gambar 10 Elektroforegram hasil amplifikasi isolat potensial

9

PEMBAHASAN
Bakteri endofit dapat diisolasi dari dalam bagian tanaman yang telah
disterilisasi permukaannya atau dari ekstrak bagian tanaman (Mano dan Morisaki
2008). Pada penelitian ini, isolat bakteri endofit didapatkan dari dalam sampel
yang telah disterilisasi permukaannya lalu ditumbuhkan pada media NA.
Penggunaan sodium hipoklorit pada proses sterilisasi permukaan akan
mengakibatkan mikroba pada permukaan sampel mati, sehingga bakteri yang
tumbuh selama masa inkubasi adalah bakteri endofit (Barac et al. 2004). Selain
itu, pada proses isolasi juga digunakan nistatin yang berfungsi sebagai antifungi
(Kumala dan Siswanto 2007).
Sebanyak 43 isolat bakteri berhasil diisolasi dari padi rojolele dengan
isolat terbanyak berasal dari bonggol akar, dan semakin berkurang pada batang
dan daun. Hal ini sesuai dengan pernyataan Lamb et al. (1996) yaitu jumlah
bakteri endofit pada akar lebih banyak daripada di batang dan daun. Koloni
bakteri tidak didapatkan pada serabut akar padi rojolele. Hal ini dapat disebabkan
karena pemilihan sampel yang berupa akar masih terlalu muda dan berukuran tipis,
sehingga kemungkinan bakteri endofit mati ketika proses sterilisasi berlangsung.
Isolat bakteri endofit kemudian dikarakterisasi secara morfologi yaitu
dengan cara memperhatikan ciri-ciri fisiknya. Isolat endofit yang muncul
memiliki ciri morfologi yang mirip, namun secara umum isolat endofit yang
didapatkan berwarna putih, berbentuk bundar dengan tepian licin dan elevasi
timbul. Tahap selanjutnya adalah karakterisasi secara fisiologi (pengujian
terhadap kemampuan menghasilkan enzim ekstraseluler, resistensi terhadap
antibiotik, dan konsumsi berbagai jenis karbon secara kualitatif). Tahap akhir
adalah karakterisasi molekuler (analisis sekuen 16S rRNA) dari isolat potensial
berdasarkan hasil uji sebelumnya.
Karakterisasi fisiologi pertama yang dilakukan adalah pengujian aktivitas
enzim ekstraseluler yang dihasilkan oleh isolat secara kualitatif. Enzim
ekstraseluler berfungsi melakukan perubahan seperlunya pada nutrien yang ada di
sekitarnya yang memungkinkan nutrien tersebut untuk masuk ke dalam sel
(Pelczar dan Chan 1986). Hal ini berhubungan dengan penetrasi bakteri endofit ke
jaringan internal tanaman yang diakibatkan oleh kemampuan bakteri dalam
menghasilkan enzim ekstraseluler, salah satunya adalah selulase (Eliza et al.
2007).
Berdasarkan hasil penelitian, aktivitas selulolitik dari 21 isolat bakteri
endofit ditunjukkan oleh terbentuknya zona bening (Gambar 3). Zona bening
yang terbentuk divisualisasikan dengan pemberian larutan congo red 0.1% dan
larutan NaCl 2%. Larutan congo red memiliki interaksi yang kuat dengan
polisakarida yang memiliki ikatan β-1,4 (dalam hal ini selulosa) sehingga apabila
selulosa yang terdapat pada media telah terdegradasi, maka daerah tersebut tidak
akan terwarnai oleh congo red sedangkan larutan NaCl 2% berfungsi mengurangi
kepekatan warna congo red pada media sehingga zona bening yang terbentuk
akan lebih jelas. Selain itu, larutan NaCl 2% akan menghentikan aktivitas enzim
selulolitik dalam mendegradasi substrat (Teather dan Wood 1982).
Adanya zona bening menandakan bahwa selulosa yang terdapat di dalam
media dapat didegradasi oleh enzim selulase menjadi senyawa yang sederhana

10
yaitu selobiosa lalu disederhanakan menjadi dua molekul glukosa yang dapat
diserap oleh sel (Perez et al. 2002). Tidak semua isolat bakteri dapat
menghasilkan zona bening, sebanyak 22 isolat tidak mampu membentuk zona
bening. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh cara masuk endofit ke dalam
jaringan internal tanaman yang bisa melalui stomata, lentisel, luka, daerah
munculnya tunas akar lateral, dan tunas perkecambahan (Huang 1986).
Kemungkinan lain adalah enzim ekstraseluler sebenarnya dihasilkan, namun
terdapat inhibitor yang menghambat kerja dari enzim tersebut, baik melalui
mekanisme kompetitif maupun nonkompetitif yang menyebabkan enzim yang
dihasilkan tidak mampu untuk mendegradasi substrat sehingga tidak terbentuk
zona bening.
Karakterisasi fisiologi selanjutnya adalah pengujian terhadap daya
resistensi antibiotik. Hal ini merupakan salah satu langkah penting untuk
mengetahui potensinya sebagai agen biokontrol, yaitu untuk memenangkan
kompetisi ruang agar dapat menghambat pertumbuhan bakteri patogen. Beberapa
isolat ternyata mampu tumbuh pada media yang ditambahkan antibiotik, baik
berupa ampisilin, kanamisin, dan kloramfenikol. Resistensi antibiotik pada
beberapa isolat tersebut dapat disebabkan oleh adanya transfer gen resisten
antibiotik secara horizontal dari lingkungan ke mikroorganisme termasuk endofit
(Arunachalam dan Gayathri 2010).
Kemampuan isolat dalam mengkonsumsi berbagai jenis karbon juga
merupakan parameter penting dalam mendukung kompetisi nutrisi antara bakteri
endofit dengan patogen. Isolat endofit menunjukkan hasil yang bervariasi dalam
memanfaatkan sumber karbon (glukosa, maltosa, sukrosa, dan laktosa) yang
terdapat di media. Pemanfaatan glukosa dan sukrosa tentunya akan mendukung
kemampuan bakteri endofit dalam memenangkan kompetisi nutrisi karena glukosa
merupakan produk hasil fotosintesis sedangkan sukrosa merupakan bentuk gula
transpor yang ada di dalam tanaman (Heldt 2005).
Perubahan warna media dari merah menjadi kuning merupakan visualisasi
dari metabolisme karbohidrat menjadi asam yang dapat menurunkan pH media.
Karbohidrat akan diglikolisis oleh bakteri menjadi asam piruvat yang selanjutnya
dapat dimetabolisme menghasilkan produk yang bersifat asam, seperti asam laktat
dan asam asetat. Akan tetapi, semua isolat nampak menunjukkan hasil yang
negatif terhadap selulosa. Hal ini kemungkinan dapat disebabkan oleh adanya
suatu inhibitor yang menghambat kerja enzim ataupun terdapat sumber nutrisi
yang lebih sederhana pada media untuk dikonsumsi oleh bakteri tersebut. Ukuran
molekul selulosa yang besar menyebabkan bakteri perlu waktu lebih lama untuk
mencerna selulosa, sehingga dapat dikatakan bahwa selulosa bukan merupakan
sumber karbon utama bagi bakteri. Perbedaan dan keunikan karakter bakteri
endofit tergantung kepada lingkungan hidupnya. Perbedaan dan keunikan ini
tentunya akan memberi keuntungan bagi manusia untuk pemanfaatannya dalam
berbagai jenis kebutuhan. Berdasarkan pengamatan terhadap daya resistensi
antibiotik, aktivitas kualitatif enzim ekstraseluler , dan konsumsi karbon secara
kualitatif diperoleh tiga isolat potensial, yaitu: BU6A, BU6B, dan BO3M.
Identifikasi tiga isolat potensial dilakukan menggunakan pendekatan
molekuler berdasarkan sekuen 16S rRNA. Alasan digunakannya 16S rRNA
karena dianggap mampu mewakili semua informasi filogenetik dan lebih praktis.
Gen 16S rRNA terdapat di semua organisme prokariot yaitu berupa sekuen

11
konservatif dan sekuen variatif yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi
bakteri melalui perbedaan dan variasi urutan pasang basanya (Bottger 1996).
Hasil identifikasi melalui analisis sekuen 16S rRNA menunjukkan isolat
BU6A adalah Bacillus subtilis strain GB4, isolat BU6B adalah Bacillus subtilis
strain HU48, dan isolat BO3M adalah Pseudomonas sp. CTN-2. Kedua genus
bakteri endofit tersebut telah dilaporkan berperan terhadap peningkatan
pertumbuhan dan kesehatan dan proteksi tanaman. Pseudomonas sp.,
Enterobacter sp., Staphylococcus sp., Azotobacter sp., dan Azospirilum sp.
merupakan bakteri endofit yang berperan terhadap pertumbuhan tanaman,
sedangkan bakteri endofit yang berperan terhadap kesehatan dan proteksi
tanaman diantaranya: Pseudomonas sp., Serratia sp., Clavibacter sp., dan Bacillus
sp. (Ryan et al. 2008).
Kemampuan Bacillus sebagai agen biokontrol didukung oleh
kemampuannya dalam membentuk spora sehingga bakteri tersebut mampu
bertahan dan masih mampu untuk mengeluarkan metabolit aktifnya pada kondisi
lingkungan tidak stabil (Kloepper dan Schroth 1999). Selain itu, Compant et al.
(2005) juga melaporkan bahwa Bacillus sp. berpotensi sebagai agen biokontrol
dengan cara menginduksi sistem kekebalan tanaman dan menghasilkan senyawa
antibiotik.

SIMPULAN
Bakteri endofit dari padi rojolele berhasil diisolasi dan dikarakterisasi
secara morfologi, fisiologi, dan molekuler. Terdapat tiga isolat yang berpotensi
sebagai agen biokontrol dengan kemampuan menghasilkan enzim ekstraseluler,
resitensi terhadap antibiotik dan kemampuan menggunakan beberapa jenis sumber
karbon, berturut-turut adalah BU6A, BU6B, dan BO3M. Hasil analisis sekuen
16S rRNA tiga isolat potensial tersebut berturut-turut diidentifikasi sebagai
Bacillus subtilis strain GB4, Bacillus subtilis strain HU48, dan Pseudomonas sp.
CTN-2.

DAFTAR PUSTAKA
Arunachalam C, Gayathri P. 2010. Studies on bioprespecting of endophytic
bacteria from the medicinal plant of Andrographis paniculata for their
antimicrobial activity and antibiotic susceptibility. Int J Curr Pharm Res.
2:63-68.
Barac T, Taghavi S, Borremans B, Provoost A, Oeyen L, Colpaert JV,
Vangronsveld J, Ledie VD. 2004. Engineered endophytic bacteria improve
phytoremediation of water-soluble, volatile, organicpollutants. Nat
Biotechnol. 22:583–588.
Bottger EC. 1996. Approachs for Identification of Microorganisms. ASM News
62: 227-250.

12
Compant S, Duffy B, Nowak J, Clement C, Barka EA. 2005. Use of plant-growth
promoting bacteria for biocontrol of plant disease: principles, mechanism
of action, and future prospect. Appl Environ Microbiol. 71: 4951-495.
Eliza, Munif A, Djatnika I, Widodo. 2007. Karakter fisiologis dan peranan
antibiosis bakteri perakaran Graminae terhadap Fusarium dan pemacu
pertumbuhan tanaman pisang. J Hort. 17:150-160.
Heldt HW. 2005. Plant Biochemistry 3ed. USA:Elsevier Inc.
Huang JS. 1986. Ultrastructure of bacterial penetration in plants. Ann Rev
Phytopatol 24:897-905.
Kloepper JW, Schroth MN. 1978. Plant growth promoting rhizobacteria on radish
in proceeding of the 4th conference of plant pathogenic bacteria Station de
Pathogenic. Angers INRA 2:879-882.
Kumala S, Siswanto EB. 2007. Isolation and screening of endophytic microbes
from Morinda citrifolia and their ability to produce anti-microbial
subtances. Microbiol Indones. 1:145-148.
Lamb TG, Tonkyn DW, Kluepfel DA. 1996. Movement of Pseudomonas
aureofaciens from the rhizosphere to aerial plant tissue. J Microbiol.
42:1112–1120.
Mano H, Tanaka F, Nakamura C, Kaga H, Morisaki H. 2007. Culturable
endophytic bacterial flora of the maturing leaves and roots of rice plants
(Oryza sativa) cultivated in a paddy field. Microbes and Environments 22:
175-185.
Mano H, Morisaki H. 2008. Minireview: Endophytic bacteria in the rice plant.
Microbes and Environments 23:109-117.
Momota P, Singh BK, Devi SI. 2012. Role of endophytic microorganism in
sustainable agriculture. NeBIO 3:69-77.
Mudjisihono R., Santoso T, Hendrata R. 2001. Laporan Hasil Pengkajian Uji
Varietas Rojolele Kabupaten Klaten. Yogyakarta: Balai Pengkajian
Teknologi Pertanian.
Pal A, Chattopadhyay A, Paul AK. 2012. Diversity and Antimicrobial Spectrum
of Endophytic Bacteria Isolated from Peaderi foetida L. Int J Curr Pharm
Res. 4:123-127.
Pelczar MJJr, Chan ECS. 1986. Dasar-dasar Mikrobiologi. Volume ke-1, 2.
Hadioetomo RS, Imas T, Tjitrosomo SS, Angka SL, penerjemah; Jakarta:
UI Press. Terjemahan dari: Elements of Microbiology.
Perez J, Dorado JM, Rubia T, Martinez J. 2002. Biodegradation and biochemical
treatments of cellulose, polysaccharide, and lignin: an overview. Int
Microbiol. 5:53-63.
Ryan RP, Germaine K, Franks A, Ryan DJ, Dowling DN. 2008. Minireview:
Bacterial endophytes: recent development and application. FEMS
Microbiol Lett. 278: 1-9.
Teather RM, Wood PJ. 1982. Use of congo red polysaccharide interactions in
enumeration and characterization of cellulolytics bacteria from the bovine
rumen. Appl Environ Microbiol. 43:777-780.
Tian XL, Cao LX, Tan HM, Zeng QG, Jia YY, Han WQ, Zhou SN. 2004. Study
on the communities of endophytic fungi and endophytic actinomycetes
from rice and their antipathogenic activities in vitro. World Journal of
Microbiology and Biotechnology 20:303-309.

13
Zinniel DK, Lambrecht P, Harris NB, Feng Z, Kuczmarski D, Higley P, Ishimaru
CA, Arunakumari A, Barletta RG, Vidaver AK. 2002. Isolation and
characterization of endophytic colonizing bacteria from agronomic crops
and prairie plants. Appl Environ Microbiol. 68:2198-2208.

14
Lampiran 1 Karakterisasi morfologi seluruh isolat endofit dari padi rojolele
Kode
Isolat

Warna

D1

Putih

D2

Putih

BU1

Putih

BU2

Putih
Kuning
muda

BU3
BU4

Putih

BU5

Putih

BU6

Putih

BU6a
BU6b
BU7
BU7a
BU8

Putih
Putih
Kuning
Putih
Putih
kekuningan
Putih
Putih
kekuningan
Putih
kekuningan

BTnew
BT2
BT3

BT4
BT5
BT6
BT7
BT8
BT8a
BT9
BT10
BT11
BT12
BO1
BO2

Kuning
muda
Putih
Putih
kekuningan
Kuning
Putih
Putih
kekuningan
Putih
Putih
Putih
kekuningan
Kuning tua
Putih
Kuning

Ciri Morfologi
Bentuk
Tepian
Tak beraturan dan
Berlekuk
menyebar
Tak beraturan dan
menyebar
Tak beraturan dan
menyebar
Bundar
Bundar

Elevasi
Datar

Licin

Tumbuh ke
dalam
medium

Berombak

Cembung

Licin

Cembung

Berombak

Timbul

Licin

Datar

Tak beraturan

Timbul

Tak beraturan dan
berair
Bundar
Tak beraturan dan
menyebar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar

Berombak

Timbul

Berombak
Berlekuk
Tak beraturan
Tak beraturan
Licin

Cembung
Cembung
Timbul
Timbul
Timbul

Bundar
Bundar

Tak beraturan
Licin

Timbul
Cembung

Bundar

Licin

Bundar

Licin

Tumbuh ke
dalam
medium
Cembung

Bundar
Bundar

Berombak
Licin

Timbul
Datar

Bundar
Tak beraturan dan
menyebar
Bundar

Licin
Licin

Cembung
Timbul

Licin

Datar

Bundar
Bundar
Bundar

Tak beraturan
Berombak
Licin

Cembung
Timbul
Cembung

Bulat
Bundar
Bundar

Licin
Berombak
Tak beraturan

Timbul
Datar
Datar

15
Lanjutan lampiran 1
BO3
Putih
BO1M
Kuning
muda
BO2M
Putih
BO3M
Putih
BO7a
Putih
BO7b
Kuning
muda
BO8
Putih
BO9
Putih
BO10
Putih
BO11
Putih
BO12
Putih
BO13 Kekuningan
BO14
Putih
BO15
Putih
BO16
Putih

Bundar
Bundar

Licin
Tak beraturan

Timbul
Timbul

Bundar
Bundar
Bundar
Bundar

Tak beraturan
Licin
Licin
Licin

Datar
Cembung
Timbul
Timbul

Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar
Bundar

Licin
Licin
Licin
Licin
Berlekuk
Licin
Berombak
Licin
Tak beraturan

Timbul
Datar
Datar
Cembung
Timbul
Timbul
Cembung
Cembung
Timbul

16
Lampiran 2 Sekuen gen 16S rRNA dari isolat BU6A, BU6B, dan BO3M
>1239122_BU6A
GGGAAGGGGACTGCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAG
ACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACAT
AAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACG
GCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACG
GCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAA
CGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTT
CGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGC
GGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTT
AAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCA
GAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGC
GAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGA
TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGA
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT
CTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCA
TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCT
TAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGA
TGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGGGCTACAATGGACAGAACAAAGG
GCAGCG

>1239123_BU6B
TGGGGAGGGGACTGCTCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTA
AGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAAC
ATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAA
CGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACA
CGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGC
AACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCG
TTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCC
GCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTC
TTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTG
CAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTG
GCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTG
CTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATT
GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAG
GTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTG
CATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGAT
CTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCCGGAGGAAGGTGG
GGGATGACGTCCAAATCATCATGCCCCCTTAA

>1234656_BO3M
TGATTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGACAACGTTTCGAA
AGGAACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAG
ATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGG
TCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG
GGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGA
TTGTAGAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTAAGTTAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCGA
CAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCG
GAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTCGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAAC
CTGGGAACTGCATCCAAAACTGGCGAGCTAGAGTACGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGC
GGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGACCACCTGGACTGATACTGACA
CTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
TCAACTAGCCGTTGGAATCCTTGAGATTATAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGG
GAGTACGGCCGCAAGGTTGACACTCACATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAACATGTG

17
GTTTAATTCGAAGCAGCGCGAATAACCTTACCAGGCCTTGACATGCAGAGACTTTCCAGAGATGGA
TAGGTGCTTCAGGGACTCTGACTCAGTGCTGCATGGCTGTCGCAGCTCGGTCTTGAATGTTGGGTA
AGTCCCGTACGAGCGCACCCTTGCCTTAGTACCAGCACTTATGTGGGCCTCAAGGGGCTGCCGTGA
CAACCGAGGAAGGGGGGAGACGTAGGC

18
Lampiran 3 Hasil analisis homologi isolat BU6A, BU6B, dan BO3M
Isolat BU6A

Isolat BU6B

Isolat BO3M

19
Lampiran 4 Hasil pensejajaran sekuen isolat BU6A, BU6B, dan BO3M
Isolat BU6A

20
Isolat BU6B

21
Isolat BO3M

22

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 5 Februari 1991 dari pasangan
Tukimin dan Kasini.Penulis merupakan putri kedua dari dua bersaudara.
Tahun 2009 penulis lulus dari SMAN 3 Depok dan pada tahun yang sama
lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) di
Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah menjadi asisten praktikum
Kimia Dasar pada tahun ajaran 2010/2011 dan asisten Mikrobiologi Dasar pada
tahun ajaran 2011/2012.Pada tahun 2012, penulis melaksanakan praktik lapangan
di Laboratorium Rekayasa Protein untuk Aplikasi Kesehatan, Pusat Penelitain
Bioteknologi LIPI. Penulis juga aktif dalam Himpunan Keprofesian Biokimia
CREBs sebagai Badan Pengawas pada tahun 2010-2011, dan Unit Kegiatan
Mahasiswa Gentra Kaheman divisi kajian budaya pada tahun 2010-2011.
Kegiatan kepanitian yang pernah dijalani penulis diantaranya Sie.Konsumsi
kegiatan FMIPA Berdarah 2010, Sie. Acara MPD Biokimia 2010, dan Sie.
Penginapan Pesta Sains 2011. Pada Juli 2013 penulis mendapat kesempatan
menjadi pemakalah pada Seminar Nasional X bertema “Biologi, Sains,
Lingkungan dan Pembelajarannya” di Universitas Sebelas Maret dengan judul
makalah “Deteksi Enzim Cellobiose Dehydrogenase (CDH) dari fungi Trametes
versicolor”.