Karakterisasi Enzim Endonuklease Restriksi dari Bakteri Fotosintetik Anoksigenik MW5
SKRIPSI
KARAKTERISASI ENZIM ENDONUKLEASE RESTRIKSI
DARI BAKTERI FOTOSINTETIK ANOKSIGENIK MW5
Oleh:
BENNY SETIAWAN
F 30.1333
1998
JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN DAN GIZI
FAKUL TAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOG OR
BOGOR
Benny Setiawan. F 30.1333. Karakterisasi Enzim Endonuldease Restriksi dari
Bakteri Fotosintctik Anoksigenik MW5. Di bawah bimbingan Dr. Ir. Maggy T.
Suhartono.
RINGKASAN
Enzim endonuklease restriksi adalah enzim yang dapat mengenal urutan
(sekuen) tertentu pada DNA utas ganda dan memotong kedua utas tersebut. Enzim
ini dihasilkan oleh bakteri dan umumnya bersifat spesifik untuk setiap bakteri
penghasilnya. Indonesia yang kaya akan plasma nutfah berpotensi menghasilkan
berbagai jenis enzim restriksi baru maupun isoschizomer dari enzim restriksi komersial
yang telah ada. Salah satu contohnya adalah bakteri fotosintetik anoksigenik MW5
mengandung enzim restriksi yang diduga merupakan isoschizomer dari enzim
komersial Pstl (Juliana, 1996).
Bakteri fotosintetik anoksigenik MW5 yang diisolasi dari Muara Karang,
Jakarta, mengandung enzim endonuklease restriksi yang dapat diekstrak dengan
menggunakan metode yang dilakukan oleh Juliana (1996).
Bakteri tersebut
ditumbuhkan pada media Sistrom-Luria Bertani (I: 1) dalam keadaan anaerobik di
dekat cahaya pijar. Pemanenan sel dilakukan dengan cara sentriiLlgasi sehingga
diperoleh pelet sel basah. Isolasi enzim restriksi dilakukan dengan membuka sel
secara sonikasi di clalam butfer Tris-HCl 10 mM pH 7,5, Na2EDTA 1 mM, dan ｾﾭ
merkaptoetanol 7 n1IvI. Setelah disentrifugasi, enzim clalam sup ern at an diekstrak
dengan polimer konsentrat yang terdiri clari PEG 6000 28,4% (w/w) dan dektran
T500 7,1% (w/w); serta NaCI 75 mM. Ekstraksi diulangi lagi dengan polimer
konsentrat tanpa penambahan NaC!.
Aktivitas enzim restriksi diuji dengan
menambahkannya pada substrat DNA fage lambda. [-Iasil uji aktivitas dianalisis
dengan cara elektroforesis pada gel agarosa.
Karakterisasi umum enzim restriksi dari isolat MW5 meliputi penentuan suhu
optimum, pH optimum, dan penambahan beberapa kation untuk mengganti Mg 2'
sebagai kofaktor. Dalam penentuan suhu optimum, enzim restriksi dan DNA fage
lambda direaksikan dalam buffer (Tris-HCl 10 mM pH 7,5, MgCl 2 7 mM, dan ｾﾭ
merkaptoetanol 7 mM) pada suhu 28°C, 37°C, 45°C, 55°C, 65°C, dan 75°C. Suhu
28°C dan 3TC merupakan suhu aktivitas bagi enzim restriksi dari isolat MW5. Pacla
kedua suhu ini, enzim menunjukkan aktivitas pemotongan yang bail
KARAKTERISASI ENZIM ENDONUKLEASE RESTRIKSI
DARI BAKTERI FOTOSINTETIK ANOKSIGENIK MW5
Oleh:
BENNY SETIAWAN
F 30.1333
1998
JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN DAN GIZI
FAKUL TAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOG OR
BOGOR
Benny Setiawan. F 30.1333. Karakterisasi Enzim Endonuldease Restriksi dari
Bakteri Fotosintctik Anoksigenik MW5. Di bawah bimbingan Dr. Ir. Maggy T.
Suhartono.
RINGKASAN
Enzim endonuklease restriksi adalah enzim yang dapat mengenal urutan
(sekuen) tertentu pada DNA utas ganda dan memotong kedua utas tersebut. Enzim
ini dihasilkan oleh bakteri dan umumnya bersifat spesifik untuk setiap bakteri
penghasilnya. Indonesia yang kaya akan plasma nutfah berpotensi menghasilkan
berbagai jenis enzim restriksi baru maupun isoschizomer dari enzim restriksi komersial
yang telah ada. Salah satu contohnya adalah bakteri fotosintetik anoksigenik MW5
mengandung enzim restriksi yang diduga merupakan isoschizomer dari enzim
komersial Pstl (Juliana, 1996).
Bakteri fotosintetik anoksigenik MW5 yang diisolasi dari Muara Karang,
Jakarta, mengandung enzim endonuklease restriksi yang dapat diekstrak dengan
menggunakan metode yang dilakukan oleh Juliana (1996).
Bakteri tersebut
ditumbuhkan pada media Sistrom-Luria Bertani (I: 1) dalam keadaan anaerobik di
dekat cahaya pijar. Pemanenan sel dilakukan dengan cara sentriiLlgasi sehingga
diperoleh pelet sel basah. Isolasi enzim restriksi dilakukan dengan membuka sel
secara sonikasi di clalam butfer Tris-HCl 10 mM pH 7,5, Na2EDTA 1 mM, dan ｾﾭ
merkaptoetanol 7 n1IvI. Setelah disentrifugasi, enzim clalam sup ern at an diekstrak
dengan polimer konsentrat yang terdiri clari PEG 6000 28,4% (w/w) dan dektran
T500 7,1% (w/w); serta NaCI 75 mM. Ekstraksi diulangi lagi dengan polimer
konsentrat tanpa penambahan NaC!.
Aktivitas enzim restriksi diuji dengan
menambahkannya pada substrat DNA fage lambda. [-Iasil uji aktivitas dianalisis
dengan cara elektroforesis pada gel agarosa.
Karakterisasi umum enzim restriksi dari isolat MW5 meliputi penentuan suhu
optimum, pH optimum, dan penambahan beberapa kation untuk mengganti Mg 2'
sebagai kofaktor. Dalam penentuan suhu optimum, enzim restriksi dan DNA fage
lambda direaksikan dalam buffer (Tris-HCl 10 mM pH 7,5, MgCl 2 7 mM, dan ｾﾭ
merkaptoetanol 7 mM) pada suhu 28°C, 37°C, 45°C, 55°C, 65°C, dan 75°C. Suhu
28°C dan 3TC merupakan suhu aktivitas bagi enzim restriksi dari isolat MW5. Pacla
kedua suhu ini, enzim menunjukkan aktivitas pemotongan yang bail