B1J009155 8.
RINGKASAN
Penambangan timah secara besar-besaran berdampak negatif pada lingkungan
hidup, karena menimbulkan cemaran logam berat pada tanah. Lahan yang tercemar logam
berat akan mengganggu keseimbangan dan keragaman mikroba yang ada di dalamnya.
Salah satu mikroba yang mampu bertahan pada kondisi tersebut adalah bakteri
pengoksidasi logam berat. Isolasi dan identifikasi berdasarkan gen 16s rRNA dapat
digunakan untuk mengetahui karakteristik dan hubungan kekerabatan bakteri pengoksidasi
besi dan sulfur pada lahan tambang timah. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui
karakteristik bakteri yang diisolasi dari lahan tambang timah dan mengetahui kekerabatan
bakteri pengoksidasi besi dan sulfur pada lahan penambangan timah di Belitung
berdasarkan gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan dengan metode deskriptif, meliputi
tahapan isolasi, karakterisasi morfologi koloni dan sel serta identifikasi berdasarkan urutan
basa 16s rRNA. Karakterisasi morfologi meliputi pengamatan morfologi koloni dan
pewarnaan Gram, serta karakterisasi molekuler mencakup amplifikasi gen 16S rRNA
(Polymerase Chain Reaction/ PCR), elektroforesis amplikon pada gel agarosa, dan
sekuensing. Bakteri diidentifikasi dengan cara membandingkan sekuens gen 16S rRNA
sampel dengan sekuens gen 16S rRNA acuan pada GenBank. Hasil identifikasi diperoleh
tiga isolat bakteri yaitu L2K5, L2K3 dan L1K1 yang berturut-turut memiliki kekerabatan
dengan Bacillus anthracis strain Ames dan Bacillus cereus ATCC strain 14579,
Staphylococcus sciuri subsp. Sciuri strain DSM 20345 dan Micrococcus luteus NCTC 2665
berdasarkan gen 16S rRNA.
Kata kunci: identifikasi, bakteri pengoksidasi besi dan sulfur, 16S rRNA
1
SUMMARY
Heavy metals contamination disturb balance and diversity of microorganism in soil.
Microorganisms capable of surviving in those conditions are heavy metals oxidizing
bacteria. Identification based on 16S rRNA was used to determine characteristics and
phylogenetic relationship of iron and sulphur oxidizing bacteria in tin mining areas. The aim
of this research was to determine the bacteria characteristics isolated from tin mining areas
and to determine the phylogenetic relation of iron-sulphur oxidizing bacteria on tin mining
soil in Belitung based on 16S rRNA sequences. This research was done using descriptive
method, including isolation, morphological characterization, and identification based on
16S rRNA sequences. Morphological characterization included colony and cell morphology
through Gram staining. Molecular characterization includes amplification of 16S rRNA gene
(Polymerase Chain Reaction/ PCR), electrophoresis of amplicon and sequencing. Bacterial
identification was done by comparing the 16S rRNA gene sequence in GenBank. The result
showed three bacterias identified by 16S rRNA have a similarity with Bacillus anthracis
strain Ames, Bacillus cereus ATCC 14579, Staphylococcus sciuri subsp. Sciuri strains DSM
20345 and Micrococcus luteus NCTC 2665.
Keywords : Identification, iron and sulphur oxidizing bacteria, 16S rRNA
2
Penambangan timah secara besar-besaran berdampak negatif pada lingkungan
hidup, karena menimbulkan cemaran logam berat pada tanah. Lahan yang tercemar logam
berat akan mengganggu keseimbangan dan keragaman mikroba yang ada di dalamnya.
Salah satu mikroba yang mampu bertahan pada kondisi tersebut adalah bakteri
pengoksidasi logam berat. Isolasi dan identifikasi berdasarkan gen 16s rRNA dapat
digunakan untuk mengetahui karakteristik dan hubungan kekerabatan bakteri pengoksidasi
besi dan sulfur pada lahan tambang timah. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui
karakteristik bakteri yang diisolasi dari lahan tambang timah dan mengetahui kekerabatan
bakteri pengoksidasi besi dan sulfur pada lahan penambangan timah di Belitung
berdasarkan gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan dengan metode deskriptif, meliputi
tahapan isolasi, karakterisasi morfologi koloni dan sel serta identifikasi berdasarkan urutan
basa 16s rRNA. Karakterisasi morfologi meliputi pengamatan morfologi koloni dan
pewarnaan Gram, serta karakterisasi molekuler mencakup amplifikasi gen 16S rRNA
(Polymerase Chain Reaction/ PCR), elektroforesis amplikon pada gel agarosa, dan
sekuensing. Bakteri diidentifikasi dengan cara membandingkan sekuens gen 16S rRNA
sampel dengan sekuens gen 16S rRNA acuan pada GenBank. Hasil identifikasi diperoleh
tiga isolat bakteri yaitu L2K5, L2K3 dan L1K1 yang berturut-turut memiliki kekerabatan
dengan Bacillus anthracis strain Ames dan Bacillus cereus ATCC strain 14579,
Staphylococcus sciuri subsp. Sciuri strain DSM 20345 dan Micrococcus luteus NCTC 2665
berdasarkan gen 16S rRNA.
Kata kunci: identifikasi, bakteri pengoksidasi besi dan sulfur, 16S rRNA
1
SUMMARY
Heavy metals contamination disturb balance and diversity of microorganism in soil.
Microorganisms capable of surviving in those conditions are heavy metals oxidizing
bacteria. Identification based on 16S rRNA was used to determine characteristics and
phylogenetic relationship of iron and sulphur oxidizing bacteria in tin mining areas. The aim
of this research was to determine the bacteria characteristics isolated from tin mining areas
and to determine the phylogenetic relation of iron-sulphur oxidizing bacteria on tin mining
soil in Belitung based on 16S rRNA sequences. This research was done using descriptive
method, including isolation, morphological characterization, and identification based on
16S rRNA sequences. Morphological characterization included colony and cell morphology
through Gram staining. Molecular characterization includes amplification of 16S rRNA gene
(Polymerase Chain Reaction/ PCR), electrophoresis of amplicon and sequencing. Bacterial
identification was done by comparing the 16S rRNA gene sequence in GenBank. The result
showed three bacterias identified by 16S rRNA have a similarity with Bacillus anthracis
strain Ames, Bacillus cereus ATCC 14579, Staphylococcus sciuri subsp. Sciuri strains DSM
20345 and Micrococcus luteus NCTC 2665.
Keywords : Identification, iron and sulphur oxidizing bacteria, 16S rRNA
2