VARIASI GENETIK TIGA POPULASI IKAN NILA ( Oreochromis niloticus) BERDASARKAN POLIMORFISME mt-DNA

  Variasi genetik tiga populasi ikan nila ....... (Otong Zenal Arifin)

  

VARIASI GENETIK TIGA POPULASI IKAN NILA ( Oreochromis niloticus)

BERDASARKAN POLIMORFISME mt- DNA

• ) * )

  Ot ong Zenal Arif in dan Tit in Kurniasih

ABST RAK

  Pen el i t i an u n t u k m en g eval u asi k er ag am an g en et i k t i g a p op u l asi i k an n i l a t el ah dilakukan di Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar, Bogor. Penelitian ini bertujuan untuk m endapatkan inform asi variasi genetik ikan nila populasi GET, GIFT, dan nila Danau Tem pe sebagai inform asi dasar bagi program seleksi karakter kuantitatif. Hasil m enunjukkan bahwa ikan nila GET, GIFT, dan nila Danau Tem pe m em iliki keragam an genet ik yang t inggi dengan nilai haplotype diversity berturut- turut sebesar 0,7579; 0,5895; dan 0,5333. Jarak genet ik t erdekat t erdapat ant ara ikan nila GIFT dan nila Danau Tem pe, sedangkan jarak genetik terjauh terdapat pada ikan nila GET dengan populasi Danau Tem pe.

  

ABST RACT : Ge n e t i c v a r i a t i o n o f t h r e e t i l a p i a (Oreochromis niloticus)

population based on m t- DNA polym orphism . By: Otong Zenal Ar if in and T it in Kur niasih

  

Research on evaluating genetic diversity between three populations of nile tilapia

(Or eochr om is nilot icus) was conducted at Research Institute for Freshwater

Aquaculture, Bogor. This research aimed to obtain preliminary information related

with the genetic diversity of GET, GIFT, and Tempe Lake tilapia, which will be used as

basic information for the future selective breeding program. Result showed that GET,

GIFT, and Tempe Lake tilapia have high haplotype diversity of 0.7579, 0.5895, and

0.5333 respectively. The closest genetic distance was found between GIFT and Tempe

Lake tilapia, while the farthest genetic distance was observed between GET and the

Tempe Lake population.

  KEYWORD S: nile t ilapia, m t - D NA, genet ic diversit y, polym orphism

  generasi ke- 6 tahun 1996, dari Philipina. Ikan

  PENDAHULUAN

  nila GIFT adalah hasil persilangan dari 8 strain Ik an n i l a m er u p ak an sal ah sat u i k an yang dikumpulkan dari 8 negara di dunia yaitu introduksi yang sudah lama dikenal masyarakat M es i r , Gh an a, Si n eg al , Ken y a, I s r ael ,

  Indonesia. Perkembangan teknologi budi daya Singapura, Thailand, dan Taiwan (Vellasco & ikan ini sudah secara int ensif berkem bang Janagap , 1 9 9 8 ). Nila GIFT ini m elengk ap i terutama di keramba jaring apung dan tambak. k olek si ik an nila yang sudah didat angk an Unt uk m encapai peningkat an produksi budi sebelum nya, sepert i nila 69 (nila lokal) yang daya ikan ini, hal yang menjadi prioritas untuk didat angkan t ahun 1969, nila red NIFI t ahun dilakukan adalah perbaikan kualit as genet ik 1981, dan nila chitralada tahun 1984 (Widiyati benih. & Sudart o, 1997). Selanj ut nya pada t ahun

  2002, pemerintah melalui Balai Pengembangan Unt uk m eningkat kan produkt ivit as ikan

  Benih Ikan (BPBI), Wanayasa mendatangkan ikan n i l a, p em er i n t ah m el al u i Bal ai Pen el i t i an nila GET (Genetically Enhanced Tilapia). Perikanan Air Tawar (Balitkanwar) mendatang- kan nila GIFT (Genetic Improvement of Farmed Penyebaran ikan nila GIFT yang pesat akhir- akhir ini m enyebabkan kualit asnya t idak t er-

• _{* )} Tilapia) generasi ke- 3 pada t ahun 1994, dan

  Peneliti pada Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar, Bogor

  Sam p el d i m asu k k an k ed al am m esi n PCR

  Met ode yang digunakan dalam ekst raksi m t - DNA berdasarkan prosedur Am ersham - Pharm acia dengan m enggunak an Genomic

  2 O dengan t ot al volum e 25 µL yang dicam purkan dengan 1 unit dry taq.

  Amplifikasi D-loop mt- DNA menggunakan primer forward LH 1509 (5’- CAT ATT AAA CCC GAA TGA TAT TT - 3’) dan reversenya FH 1202 (5’- ATA ATA GGG TAT CTA ATC CTA GTT T - 3’). Komposisi bahan untuk amplifikasi PCR adalah 2 µL prim er forward, 2 µL reversenya, 3 µL DNA, dan 18 µL H

  Amplifikasi D- loop mt- DNA dengan PCR

  disent rifuse kecepat an 14.000 rpm pada suhu 4 °C selam a 3 m enit . Sup er nat an dipindah ke t abung eppendorf baru, yang berisi 300 µL isopropanol 100%. Diaduk hingga terbentuk benang- benang berwarna putih. Disentrifuse pada 14.000 rpm selama 1 m enit sam pai DNA m engendap. Super- natan dibuang, tabung eppendorf dibiarkan pada suhu ruang hingga kering. Set elah kering dit am bahkan 300 µL et anol 70%. Tab u n g eppendorf d i sen t r i f u se p ad a kecepat an 14.000 rpm selam a 1 m enit . Sup er nat an d ib uang d an alk ohol yang tersisa dihilangkan dengan cara meletakkan tabung eppendorf pada posisi terbalik pada su h u r u an g . Set el ah t ab u n g k er i n g dimasukkan 100 µL DNA Rehydration Solu- tion (TE Buffer).

  tation. Divortex sel am a 2 0 d et i k ,

  penambahan 100 µL larutan protein precipi-

  sirip yang telah digerus, diinkubasi selama 24 jam pada suhu 55°C. Kem udian RNase dimasukkan sebanyak 1,5 µL dan diinkubasi pada suhu 37°C selama 1 jam.

  diekst raksi adalah sirip. Tahapan kerja yang dilakukan meliputi:

  Cell and Tissue Isolation KIT. Organ yang

  Prep TM

  Ekstraksi DNA

  Dan au Tem p e (5 sam p el ), d en g an b o b o t masing- masing sekitar 10 g.

• Protein precipitation dilak uk an dengan

  Hewan uji yang digunakan dalam penelitian ini adalah tiga populasi ikan nila (Oreochromis sp .) k olek si, yait u p op ulasi ik an nila GET (sebanyak 10 sam pel), GIFT (10 sam pel), dan

  BAHAN DAN METODE Hewan Uji

  d ap at b er m an f aat seb ag ai acu an d al am m erancang st rat egi program perbaikan m ut u genet ik ikan nila t ahap selanjut nya.

  Loop m t- DNA. Hasil penelitian ini diharapkan

  Pen el i t i an i n i b er t u j u an u n t u k m en g - evaluasi keragam an genet ik 3 populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) dalam program seleksi, berdasarkan analisis polim of ism e D-

  Keb er h asi l an p r o g r am sel ek si d al am pemuliabiakan dipengaruhi tingkat keragaman g en et i k d an p o t en si k er ag am an g en et i k (Dunham , 1995), sebagai inf orm asi dasar. Un t u k m en d ap at k an i n f o r m asi t er seb u t didekati melalui evaluasi keragaman genotipe. Metode polimorfisme mt- DNA merupakan salah sat u m et ode yang dianggap m em iliki t ingkat akurasi yang cukup t inggi dibanding m et ode lain.

  Sal ah sat u p en d ek at an st r at eg i s yan g dapat dilakukan untuk meningkatkan keragaan per t um buhan ik an nila yang cuk up t inggi adalah m elalui program pem uliaan. Alternatif program pem uliaan yang dilakukan adalah m elalui pem uliabiak an (selective breeding) untuk meningkatkan nilai pemuliaan (breeding value) suatu populasi.

  kontrol dan cenderung mengalami penurunan. Permasalahan yang sering dihadapi dalam budi d ay a i k an n i l a ad al ah k ec en d er u n g an t er j ad i n ya p en u r u n an l aj u p er t u m b u h an , k em at angan gonad usia d ini, d an uk ur an i n d i vi d u yan g k eci l . Sal ah sat u p en yeb ab terjadinya hal tersebut adalah akibat terjadinya p en u r u n an t i n g k at k er ag am an g en et i k . Nugr oho et al. (2 0 0 2 ) yang m engevaluasi k er ag am an g en et i k n i l a GIFT d i t i n g k at p en g g u n a, y ai t u n i l a GIFT Su k am an d i , Sukabumi, Jatiluhur, dan Cirata, serta ikan nila 1969 dari Danau Tem pe, m elaporkan bahwa nilai diver sit as genet ik populasi nila yang diam at inya t ergolong rendah (0,167—0,368) apabila dibandingkan dengan ikan budi daya lainnya. Penurunan tingkat keragaman genetik erat kait annya dengan m enurunnya het ero- zigosit as gen. Hal ini t erjadi karena sif at ikan nila it u sendiri yang m udah m em ijah secara alami.

  J. Ris. Akuakultur Vol. 2 No. 1 Tahun 2007: 67--75

• Cell lysis dengan menambahkan 300 µL cell lysis solution dan 5 µL proteinase- K pada
• El ek t r o f o r esi s d i l ak u k an d en g an car a menambahkan sebanyak 1 µL loading buffer dengan 3 µL DNA hasil ekst raksi pada gel agarose 1%, yang dimasukkan pada sumur elekt rof oresis. Selanjut nya bak elekt ro- foresis dialiri list rik dengan t egangan dan kuat arus yang terprogram secara otomatis.

  Variasi genetik tiga populasi ikan nila ....... (Otong Zenal Arifin)

  basa 100 hingga 10.002 bp dan m engandung

  

Table 1. Enzyme used to restrict mt-DNA D-loop sequence of tilapia

(Oreochromis niloticus) enzyme

  Tabel 1. Jenis enzim restriksi yang digunakan untuk memotong mt- DNA ikan nila (Oreochromis niloticus)

  Kek er ab at an an t ar p op u l asi d i an al i si s dengan menggunakan jarak genetik, berdasar- kan program UPGMA modifikasi Rogers (1972) dari software TFPGA. Data yang dihasilkan dari

  & Ro u sset (1 9 9 5 ) d en g an m en g g u n ak an program Tool for Population Genetic Analysis (TFPGA).

  differentiation dan Fst berdasarkan Raym ond

  Analisis variasi m t - DNA dilakukan unt uk m elihat keragam an genetik tiga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) pada m asing- m asing populasi. Keragam an haplot ipe (h) d al am su at u p o p u l asi d i h i t u n g m en u r u t persamaan Nei & Tajima (1981). Susunan haplo- t ipe dari set iap enzim rest riksi dikum pulkan dan dianalisis dengan exact test for population

  Analisis Data

  20 DNA f ragm en pada sum ur yang m engapit sam p el (Sam b r o o k et al. , 1 9 8 9 ). Hasi l elektroforesis diwarnai dengan merendam gel dalam larut an ethidium bromide selam a 20 m enit , diam at i di at as ult raviolet illum inat or, dan didokumentasikan dengan film polaroid.

  der 100 bp yang dapat m endeteksi pasangan

  dengan cycle: satu siklus denaturasi awal pada suhu 94°C selama 2 menit, 33 siklus berikutnya yang t erdiri at as denat urasi pada suhu 94°C selam a 1 m enit , annealing 50°C selam a 1 m enit , dan elongasi 72°C selam a 2 m enit .

  C selam a 5 j am . Hasil p e- m ot ongan dengan enzim rest riksi t ersebut dipisahkan m elalui elektroforesis gel agarose 2%. Campuran 10 µL mt- DNA hasil pemotongan yang ditambahkan 2 µL loading buffer diisikan pada sum ur agarose gel. Pada set iap proses elektroforesis digunakan 4 µL marker DNA lad-

  o

  dalam tabung eppendorf. Campuran diinkubasi p ad a suhu 3 7

  Pem ot ongan m t - DNA dilakukan dengan m encam pur 1 µL enzim rest riksi, 1 µL buffer enzim , 3 µL DNA template dan 5 µL H

  Jen i s en z i m r est r i k si yan g d i g u n ak an sebanyak 5 enzim rest riksi m engacu pada penelit ian yang dilakukan pada ikan baung (Nugroho et al., 2005). Adapun jenis enzim yang digunakan t ert era pada Tabel 1.

  Pemotongan dengan enz im restriksi

  Pr o ses t er ak h i r ad al ah p en st ab i l an su h u elongasi hingga m encapai 4°C.

  Elongasi akhir 1 siklus 72°C selam a 7 m enit .

2 O di

  J. Ris. Akuakultur Vol. 2 No. 1 Tahun 2007: 67--75

  Berdasarkan hasil pem ot ongan diperoleh 6 m acam kom posit haplotipe m t- DNA D-Loop

  

Table 2. Enzyme used and restriction type on the mt-DNA D-loop region of tilapia

(Oreochromis niloticus)

Jenis enzim T ip e rest riksi

T ype of en zym e Rest r ict ion t ype

  Tabel 2. Jenis enzim dan t ipe rest riksi pada daerah m t - DNA D-loop ikan nila (Oreochromis niloticus)

  niloticus) (M= marker, 1- 7 populasi GET, 1- 8 GIFT, dan 1- 5 Danau Tempe)

Figure 1. Product of PCR amplification of DNA D-loop region of three population

of tilapia (Oreochromis niloticus) (M= marker, 1-7 GET, 1-8 GIFT, and 1-5 Tempe lake population)

  Gambar 1. Produk amplifikasi daerah D-loop tiga populasi ikan nila (Oreochromis

  Rsa I, Hae III, Hinf I, dan Hind III t ersaji pada Tabel 3.

  dari beberapa f am ili ikan nila dengan enzim

  region. Tipe potongan sekuens mt- DNA D-loop

  2. Polim orf ism e pola pot ongan didapat kan pada enzim Rsa I, Hae III, dan Hinf I. Pemotongan sekuens mt- DNA D-loop dengan menggunakan enzim Rsa I dan Hae III menghasilkan tiga pola, sedangkan dengan enzim Hinf I menghasilkan empat pola dan Hind III menghasilkan satu pola (Gambar 2).

  p en g g u n aan p r o g r am t er seb u t b er u p a konstruksi pohon filogeni yang disajikan dalam bentuk dendrogram.

  m em ot ong sekuens t ersebut m em punyai si- t us rest riksi sebagaim ana t ert era pada Tabel

  Hind III, dan Sac I) yang digunakan unt uk

  Sekuens m t - DNA hasil PCR populasi nila yang diamati mempunyai panjang sekitar 1.200 bp. Lim a enzim rest riksi (Rsa I, Hae III, Hinf I,

  1.800 bp. Hasil am plifikasi t iga populasi ikan nila uji dapat dilihat pada Gambar 1.

  loop mt- DNA dengan menggunakan primer for- ward LH 1509 dan reverse FH 1202 berkisar

  Ekstraksi dan pemurnian genom DNA mem- berikan hasil ekstraksi yang dapat diamplifikasi lebih lanjut . Hasil am plifikasi (PCR) daerah D-

  HASIL DAN BAHASAN Amplifikasi PCR

  

Rsa I Polymorphic

Hae III Polymorphic

Hinf I Polymorphic

Hind III Monomorphic

  Variasi genetik tiga populasi ikan nila ....... (Otong Zenal Arifin)

  Jum lah kom posit haplot ipe yang dim iliki oleh masing- masing populasi ikan nila berkisar an t ar a 2 —4 . Ju m l ah k o m p o si t h ap l o t i p e tertinggi terdapat pada populasi ikan nila GET dengan 4 komposit, sedangkan populasi Danau Tempe memiliki jumlah terendah (2 komposit). Tercat at bahwa ikan nila GIFT dan nila Danau Tempe mempunyai komposit haplotipe mayor t ipe 2 (ABAA), dan juga sam a- sam a m em iliki komposit haplotipe nomor 5 (ACAA) meskipun f rekuensinya berbeda, sedangkan nila GET didom inasi kom posit haplotipe tipe 1 (AAAA). Nam un d em i k i an ni l a GET t et ap m em i l i k i persam aan dengan GIFT dan Danau Tem pe karena m em iliki haplot ipe t ipe 2, m eskipun frekuensinya rendah (Tabel 4).

  Adanya k esam aan haplot ipe ini m eng- i n d i k asi k an b ah wa k et i g a p o p u l asi yan g dianalisis berasal dari sumber- sumber genetik yang mempunyai kedekatan kerabat. Ikan nila GIFT m erupakan ikan hasil program seleksi yang awalnya berasal dari 8 populasi negara yang berbeda (Kenya, Mesir, Ghana, Israel, Singapura, Thailand, dan Taiwan) (Vellasco & Janagap, 1998), sedangkan nila GET merupakan hasil selek si ant ara ik an nila GIFT dengan dilakukan penam bahan 2 unsur populasi asal yait u Kenya dan Mesir. Diduga penam bahan

  Gambar 2. Profil RFLP t iga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) dengan empat enzim restriksi

  Figure 2.

  RFLP profile of three population of tilapia (Oreochromis niloticus) digested by four restriction enzyme

  Tabel 3. Tipe restriksi sekuens m t- DNA D-loop ikan nila (Oreochromis niloticus) m enggunakan enzim Rsa I, Hae III, Hinf I, dan Hind III

  

Table 3. Restriction site of mt-DNA D-loop sequence of three population of tilapia

(Oreochromis niloticus) digested by enzyme Rsa I, Hae III, Hinf I, and Hind III

  Rsa I H a e III Hin f I Hin d III GET (4) A A A A GET (2) A B A A GET (2) B B B A GET(2) A C C A

  GIFT (6) A B A A GIFT (2) A C A A GIFT (2) C A D A

  

D. Tempe (Tempe lake ) (3) A B A A

  

D. Tempe (Tempe lake ) (2) A C A A

Enzim ( En zym e ) Po p ulasi ( Jumlah samp el) Popula t ion (No. of sa m ple)

  Rsal M

  Hael Hinf l Hind A B C M A B C M A B C D M A A A

  Ket erangan (Note): M : Marker A,B,C,D : Hap lot ip e

  Haplotype

  J. Ris. Akuakultur Vol. 2 No. 1 Tahun 2007: 67--75

  Tabel 4. Variasi genetik tiga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) berdasarkan frekuensi haplot ype pot ongan sekuens m t - DNA D-Loop yang dipot ong dengan enzim Rsa I, Hae III, Hinf I, dan Hind III Table 4.

  Genetic variation of three population of tilapia (Oreochromis niloticus) based on the haplotype frequency of mt-DNA D-loop region restricted by 4 enzyme

GET GIFT

  albertisii) dengan variasi genet ik berk isar

  5 ACAA - 0.2000 (2) 0.4000 (2)

  5 Jumlah haplot ipe No of haplot ype Haplot ipe Haplot ype Jumlah sampel No of sa m ple

  10

  10

  2 Jumlah haplot ipe No of ha plot ype Populasi (Popula t ion )

  3

  4

  6 CADA - 0.2000 (2) - Haplot ipe diversit as Ha plot ype diver sit y 0.7579 0.5895 0.5333

  4 ACCA 0.2000 (2) - -

  antara 0—0,611 (Kurniasih & Nugroho, 2004), at au n i l a Ph i l i p i n a yan g b er k i sar an t ar a 0,5217—0,7333 (La Sifa, 1997), maka ikan nila yang dianalisis ini t ergolong m em iliki variasi genet ik cukup t inggi.

  3 BBBA 0.2000 (2) - -

  dua unsur populasi Kenya dan Mesir inilah yang m enyebabkan t ipe kom posit haplot ipe nila GET d an GIFT m engalam i p er b ed aan. Adanya kom posit haplot ipe 1, 3, dan 4 yang t erdapat pada nila GET nam un t idak t erdapat pada nila GIFT, dim ungkinkan berasal dari sumbangan genetik populasi Kenya dan Mesir, sehingga pada populasi GIFT, ek spresinya telah melemah dan bahkan hilang. Sedangkan nila Danau Tem pe m enurut Widiyat i (2003), didat angkan ke Indonesia pada t ahun 1969 d ar i Tai wan , seh i n g g a p el u an g m em i l i k i kesam aan haplot ipe dengan GIFT dan GET cukup besar.

  1 AAAA 0.4000 (4) - -

  D. Tempe

  Diversit as haplot ipe at au gen t ert inggi t erdapat pada nila GET (0,7579), sedangkan nila GIFT dan nila Danau Tem pe m em punyai diversit as haplot ipe ham pir sam a besar yait u b er t u r u t - t u r u t 0 ,5 8 9 5 d an 0 ,5 3 3 3 . Ni l ai d i ver si t as h ap l o t i p e p ad a GET t er t i n g g i dibandingkan dua populasi lainnya disebab- kan karena GET adalah produk hasil seleksi yang lebih baru. Sedangkan nila Danau Tempe dan GIFT t elah t erlebih dulu diint roduksikan k epada pengguna, sehingga k em ungk inan untuk terjadinya inbreeding ataupun kesalah- an manajemen pembenihan lainnya yang ber- d am p ak m en u r u n k an k er ag am an g en et i k sangat m ungkin t erjadi. Selain it u, nila GET telah mengalami penambahan sumber genetik baru, sehingga tingkat keragaman genetiknya lebih tinggi.

  Var iasi genet ik ik an nila yang d iam at i berdasarkan sekuens mt- DNA D- loop termasuk rendah dibandingkan dengan polymorphism p ad a i k an l au t yan g m em p u n yai j u m l ah h ap l o t i p e b er k i sar 6 —1 7 d en g an n i l ai diversitas 0,6—0,9 (Nugroho, 2002). Penyebab rendahnya t ingkat variasi genet ik ini karena ikan air tawar mempunyai tingkat migrasi yang lebih rendah sehingga peluang unt uk adanya persilangan dengan jenis dan ras yang lainnya semakin kecil pula. Namun apabila dibanding- kan dengan lobst er air t awar Papua (Cherax

  Ren d ah n ya k er ag am an g en et i k ak an mengakibatkan munculnya sifat- sifat negatif, ant ara lain m enurunnya pert um buhan, ke-

  2 ABAA 0.2000 (2) 0.6000 (6) 0.6000 (3) Tabel 5. Keragam an tiga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) berdasarkan metode jarak berpasangan (Fst)

  Variasi genetik tiga populasi ikan nila ....... (Otong Zenal Arifin)

  ragam an ukuran, kest abilan perkem bangan organ, tingkat sintasan, serta adaptasi terhadap perubahan lingkungannya (Leary et al., 1985).

  Hasil analisis statistik dengan m engguna- kan AMOVA (Analysis of Molecular Variance) m en u n j u k k an b ah wa t er d ap at p er b ed aan genetik secara nyata antara populasi ikan nila yang d iuj i (P< 0 ,0 5 ). Ber d asar k an uj i p er - bandingan nilai fst ant ar populasi dengan menggunakan program TFPGA tercatat bahwa p er b ed aan t er j ad i an t ar a p o p u l asi GET d ib and ingk an p op ulasi GIFT d an p op ulasi Danau Tempe, sedangkan populasi GIFT tidak berbeda nyata dibandingkan dengan populasi Danau Tem pe (Tabel 5).

  Perbedaan secara nyat a ant ara populasi GET d eng an d ua p op ul asi l ai nnya m eng - indikasikan bahwa populasi GET berasal dari i n d u k d en g an k er ag am an g en et i k yan g berbeda dengan populasi GIFT dan Danau Tempe, yaitu akibat kontribusi dari Kenya dan Mesir. Sedangkan populasi GIFT tidak berbeda nyat a dengan populasi Danau Tem pe, hal ini dapat disebabkan oleh adanya unsur genet ik yang sama dari kedua populasi tersebut, yaitu unsur selektif breeding dari Taiwan. Selain itu, berdasarkan informasi, ikan nila Danau Tempe (1969) mempunyai sumber induk yang berasal dari Afrika, dem ikian pula ikan nila GIFT salah sat u sum ber genet iknya berasal dari Mesir (Af r i k a). Leb i h j au h l ag i , t i d ak t er t u t u p kem ungkinan pula bahwa nila GIFT sebenar- nya telah diintroduksikan ke Danau Tempe dan t elah berbaur dengan populasi nila yang ada s eb el u m n y a, s eh i n g g a f en o m en a i n i m em p er b esar p el u an g ad an ya k esam aan sum ber genet ik sebagai akibat dari dist ribusi ik an nila. Hasil ini sesuai dengan laporan Nugr oho et al. (2 0 0 2 ) yang m engevaluasi beberapa populasi nila GIFT dan nila 1969 Danau Tem pe, bahwa t idak ada perbedaan genetik secara nyata antara populasi GIFT dan Danau Tem pe, sehingga diduga nila GIFT dan nila Danau Tem pe m em iliki asal usul sum ber genet ik yang sam a.

  Jarak genet ik berdasarkan sit us rest riksi dari 4 enzim ant ara populasi ikan nila t ert era pada Tabel 6.

  Jarak genetik rata- rata antara populasi ikan nila adalah sekit ar 0,6232 dendrogram yang dibent uk berdasarkan jarak genet ik t ersebut m en u n j u k k an b ah w a p o p u l asi GIFT d an p op u l asi Dan au Tem p e m em p u n yai j ar ak g en et i k yan g t er d ek at , sed an g k an j ar ak genet ik t erjauh t eram at i ant ara populasi GET dan Danau Tempe (0,5295) (Gambar 3).

  Tabel 6. Jarak genet ik ant ar t iga populasi ikan nila (Oreochromis sp.) berdasarkan metode modifikasi Rogers

  Table 6. Genetic distance of tilapia from 3 population based on modified Rogers method GET GIFT D anau T emp e T em pe la ke

  GET - 0.4899 0.5295 GIFT - - 0.2000

  Po p ulasi Popula t ion Jarak g enet ik ( Gen et ic d ist a n ce ) Po p ulasi D anau T emp e Popula t ion T em pe la ke GET - 0.0075 ± 0.0020 0.0395 ± 0.0051 GIFT - - 0.7825 ± 0.0035

  D . T emp e ( T em pe la ke )

  Table 5.

  Variation of three population of tilapia (Oreochromis niloticus) based on pairwise comparison test (Fst)

GET GIFT

D. Tempe (Tempe lake ) - - -

  J. Ris. Akuakultur Vol. 2 No. 1 Tahun 2007: 67--75

KESIMPULAN DAN SARAN

  Agency for Agriculture Research and Development. 7(1): 1—7.

  niloticus)

Figure 3. Dendrogram of modified rogers genetic distance of three popu-

lation of tilapia (Oreochromis niloticus)

  Gambar 3. Dendrogram jarak genetik tiga populasi ikan nila (Oreochromis

  Genetics VII. Un i ver si t y o f T ex as Publication No. 7213. Austin. p 145—154.

  Rogers, J.S. 1972. Measures of genetic similar- it y and genet ic dist ance. In Studies in

  Evolution. 49: 1,280—1,283.

  Raymond, M.L. and F. Rousset. 1995. An ex act t est f o r p o p u l at i o n d i f f er en t i at i o n .

  J. Pen. Per. Indonesia. 11(7): 1- - 6

  2002. Keragam an genet ik ikan nila GIFT berdasarkan polimorfisme mitokondria DNA D- loop. J. Pen. Per. Indonesia. 8(3): 1- - 7 Nugr oho, E., W. Hadie, J. Subagj a, dan T. Kurniasih. 2002. Keragam an genet ik dan m orf om et rik pada ik an baung, Myst us nemurus dari Jambi, Wonogiri, dan Jatiluhur.

  Nugroho, E., A. Widiyati, Imron, dan T. Kadarini.

  Nugroho, E. 2002. Rapid fluctuation of genetic variability in artificially propragated popu- lation of red sea bream. Indonesian Journal Ag r i cu l t u r e Bi ot ech n ol og y. Indonesian

  Den d r o g r am i n i m en u n j u k k an b ah w a populasi GIFT dan Danau Tem pe m em punyai kekerabatan yang terdekat (0,2000), sedang- kan populasi GET m em punyai kekerabat an yang t erjauh dari dua populasi lainnya.

  Genetics. 97: 146—513.

  1985. Developm ent inst abilit y and high m erist ic count s in int erspecific hybrid of salm onid fishes. Evolution. 39(6): 1,318— 1,326. Nei, M. and F. Tajima. 1981. DNA polymorphism det ect able by rect rict ion endonucleases.

  114 pp. Leary, R.F., F.W. Allendrof, and K.L. Knudsen.

  Genetically Improved Tilapia Species in Asia. Shanghai Fisheries University. China.

  La Sifa. 1997. Dissemination and Evaluation of

  Aquacultura Indonesiana. 5(3): 139—144.

  Dunham, R.E. 1995. The Contribution of geneti- cally im proved aquat ic organism s t o glo- bal food security. Intl. Conf. On Sustainable Contribution of Fisheries to Food Security. KC/ Fl/ Tech.6. FAO. Rome. 111 pp. Kurniasih, T. dan E. Nugroho. 2004. Identifikasi dan karakt erisasi genet ik berbagai jenis lobst er air t awar Cherax sp. dari Papua.

  fingerprinting dengan j um lah sam pel dan populasi yang lebih banyak.

  Untuk m endapatkan gam baran yang lebih detail tentang kekerabatan ikan nila introduksi yan g ad a d i In d o n esi a p er l u d i l ak u k an pemetaan genetik dengan analisis lebih akurat menggunakan metode microsatelite atau DNA

  Keragaman genetik pada tiga populasi ikan nila GIFT, GET, dan Danau Tem pe m em punyai n i l ai haplotype diversity m asi n g - m asi n g 0 , 7 5 7 9 ; 0 , 5 8 9 5 ; d an 0 , 5 3 3 3 . H al i n i m enunjukkan bahwa ikan nila GIFT, GET dan nila Danau Tempe memiliki keragaman genetik yang cukup t inggi dan m erupakan sum ber genetik yang dapat digunakan dalam program pemuliaan nila.

DAFTAR PUSTAKA

  Variasi genetik tiga populasi ikan nila ....... (Otong Zenal Arifin)

  Sambrook, J., E.F. Fritsch, and T. Maniatis. 1989.

  Molecular cloning: A Laboratory Manual 2nd. Cold Spr ing Har b or : Cold Spr ing

  Harbor Laboratory. p. 1,051—1,067. Vellasco, R. and C. Janagap. 1998. Module 5a :

  Characht erizat ion of t ilapia populat ion u si n g t r u ss m or p h om et r y. Manual on

  Genetics Improvement of Farmed Tilapia (GIFT) Research Methodologies. Volum e 1.

  B.O. Acosta and A. E. Ekhnath, (eds). ICLARM Contribution. p. 156- - 202.

  Wi d i yat i , A. d an Su d ar t o . 1 9 9 7 . Eval u asi pertumbuhan beberapa strain ikan nila (Nila 69, Nila GIFT, dan Nila Chitralada). Prosiding

  Hasil Penelitian Perikanan Air Tawar 1995- 1996. Balitkanwar. Sukamandi. p. 44- - 49.

  Widiyat i, A. 2 0 0 3 . Keragaan fenotipa dan

  genotipa ikan nila (Oreochromis niloticus) dari Danau Tempe (Sulawesi Selatan) dan beberapa sentra produksi di Jawa Barat.

  Tesis. Sekolah pascasarjana, IPB. 41 pp.