Identifikasi Gen badh2 termutasi Pada Padi BC4F1 Ciherang-Mentik Wangi (CM) dan BC5F1 Ciherang- Pandan Wangi (CP)

IDENTIFIKASI GEN badh2 TERMUTASI PADA PADI BC4F1
CIHERANG-MENTIK WANGI (CM) DAN BC5F1 CIHERANGPANDAN WANGI (CP)

HELMY RAMADHAN AL ANSHARY

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Gen
badh2 termutasi pada Padi BC4F1 Ciherang-Mentik Wangi (CM) dan BC5F1
Ciherang-Pandan Wangi (CP) adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada

Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Juni 2014
Helmy Ramadhan Al Anshary
NIM G84070039

ABSTRAK
HELMY RAMADHAN AL ANSHARY. Identifikasi Gen badh2 termutasi pada
Padi BC4F1 Ciherang-Mentik Wangi (CM) dan BC5F1 Ciherang-Pandan Wangi
(CP). Dibimbing oleh DJAROT SASONGKO HS dan TRI JOKO SANTOSO.
Pengembangan varietas padi aromatik berbasis nontransgenik diperlukan
untuk mendapatkan padi aromatik dengan potensi panen yang tinggi. Penelitian
ini bertujuan mempelajari pemasukan gen aromatik dari padi aromatik ke padi
nonaromatik melalui persilangan dan menyeleksi tanaman hasil persilangan
menggunakan marka molekuler yang terkait gen aromatik. Pandan Wangi dan
Mentik Wangi digunakan sebagai tetua donor aromatik sementara Ciherang
sebagai tetua penerima. Pandan Wangi dan Mentik Wangi akan disilangkan
dengan Ciherang untuk menghasilkan tanaman padi yang membawa gen aromatik.
Marka aromatik berbasis PCR yang digunakan adalah primer Bradbury untuk
mendeteksi gen aromatik pada persilangan Ciherang x Mentik Wangi dan primer
RM223 untuk mendeteksi gen aromatik pada persilangan Ciherang x Pandan

Wangi. Hasil penelitian menunjukkan telah diperoleh tanaman-tanaman generasi
BC4F1 dan BC5F1 dari kedua kombinasi persilangan. Seleksi DNA menunjukkan
gen aromatik telah ada pada tanaman hasil persilangan yang ditunjukkan oleh
terbentuknya pita DNA heterozigot dengan ukuran 580, 355, dan 257 bp pada
tanaman BC4F1 Ciherang x Mentik Wangi dan 140 dan 160 bp untuk BC5F1
Ciherang x Pandan Wangi.
Kata kunci ; badh2, Ciherang, Mentik Wangi, Pandan Wangi

ABSTRACT
HELMY RAMADHAN AL ANSHARY. Identification of badh2 Mutagenized
Gens of BC4F1 Ciherang-Mentik Wangi (CM) and BC5F1 Ciherang-Pandan
Wangi Plant Rices. Supervised by DAROT SASONGKO HS and TRI JOKO
SANTOSO
Development of aromatic rice varieties based non-transgenic required to
obtain an aromatic rice with a high potential. The objectives of this experiment
were to study of introduction of aromatic trait from aromatic into nonaromatic rice
through crossing and to screen the plants by using molecular markers linked to
aromatic trait. Pandan Wangi and Mentik Wangi will be used as aromatic donor
parents meanwhile Ciherang are as recurrent parents. Pandan Wangi and Mentik
Wangi will be crossed with Ciherang to produce aromatic hybrids. PCR-based

markers that will be used in this research i.e. Bradbury primer for detecting the
aromatic trait in Ciherang x Mentik Wangi and RM223 primer for Ciherang x
Pandan Wangi. Result of the research showed that BC4F1 and BC5F1 hybrid
plants have been obtained from both of the crossing combination. Screening of the
plants showed that the tested plants have been proved carrying the aromatic trait
indicated by the formation of DNA band heterozygous with size 580, 355, and
257 bp for Ciherang x Mentik Wangi and 140 and 160 bp for Ciherang x Pandan
Wangi.
Keywords; badh2, Ciherang, Mentik Wangi, Pandan Wangi

IDENTIFIKASI GEN badh2 TERMUTASI PADA PADI BC4F1
CIHERANG-MENTIK WANGI (CM) DAN BC5F1 CIHERANGPANDAN WANGI (CP)

HELMY RAMADHAN AL ANSHARY

Skripsi
Sebagai Salah Satu Syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains di departemen Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

Judul Skripsi

Nama
NIM

: Identifikasi Gen badh2 termutasi Pada Padi BC4F1
Ciherang-Mentik Wangi (CM) dan BC5F1 CiherangPandan Wangi (CP)
: Helmy Ramadhan Al Anshary
: G84070039

Disetujui oleh

Dr. Djarot Sasongko HS. MS.
Pembimbing I

Dr. Tri Joko Santoso M.Si
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr. Ir. I Made Artika, M.App.Sc.
Ketua Departemen Biokimia

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji syukur penulis haturkan pada Allah SWT dengan segala limpahan
rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang
berjudul Identifikasi Gen BADH2 Termutasi Pada Padi BC4F1 CiherangMentik Wangi (CM) dan BC5F1 Ciherang-Pandan Wangi (CP). Penelitian ini
dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan bulan Januari 2012 di
Laboratorium Biologi Molekular, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan
Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, Cimanggu Bogor.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr. Djarot Sasongko HS MS.
sebagai pembimbing dari Departemen Biokimia dan Dr. Tri Joko Santoso sebagai
pembimbing dari Laboratorium Biologi Molekular Balai Besar Biogen Cimanggu

Bogor yang telah bersedia untuk membimbing penulis baik dalam penelitian
maupun penulisan. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada semua
pihak balai yang turut memfasilitasi penelitian ini dan semua staf laboratorium
yang memberikan bantuan teknis serta teman-teman yang telah memberikan
dukungan moril.
Semoga hasil karya ilmiah ini dapat memberikan manfaat bagi penulis
secara khusus dan perkembangan penelitian Indonesia secara umum.

Bogor, Juni 2014

Helmy Ramadhan A.

DAFTAR ISI
Halaman
PRAKATA ..............................................................................................................vi
DAFTAR ISI ......................................................................................................... vii
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................... viii
DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ viii
PENDAHULUAN ................................................................................................... 1
Waktu dan Tempat Penelitian .............................................................................2

Bahan ...................................................................................................................2
Alat ......................................................................................................................3
Prosedur Analisis Data ........................................................................................3
HASIL DAN PEMBAHASAN................................................................................ 5
Hasil .....................................................................................................................5
Pembahasan .........................................................................................................7
SIMPULAN DAN SARAN ................................................................................... 10
Simpulan ............................................................................................................10
Saran ..................................................................................................................11
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................ 11

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1. Tahap pembentukan populasi padi ............................................................... 5
2. Elektroforesis hasil isolasi DNA daun padi ................................................. 6
3. Contoh seleksi padi BC4F1 CM menggunakan primer Bradbury ............... 6
4. Contoh seleksi BC5F1 CP menggunakan primer RM223 ........................... 7

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman

1. Metodologi penelitian ...................................................................................... 14
2. Isolasi DNA ( Shure et al. 1983 dan Doyle & Doyle 1987) ............................ 15
3. Hasil pengukuran konsentrasi DNA ................................................................ 16
4. Hasil seleksi BC4F1 CM ................................................................................. 19
5. Hasil seleksi padi BC5F1 CP........................................................................... 20

1

PENDAHULUAN
Pemuliaan tanaman merupakan suatu metode yang menggali potensi
genetik suatu tanaman untuk memaksimumkan ekspresi dari potensi tersebut pada
suatu kondisi lingkungan tertentu (Stoskopf et al. 1983). Pemuliaan tanaman padi
yang banyak berkembang di Indonesia umumnya lebih terfokus untuk mengurangi
resiko kegagalan panen dan meningkatkan kuantitas panen (Slamet & Loedin
2000). Aspek kualitas dalam pemuliaan tanaman padi belum tersentuh banyak.
Sehingga penelitian yang dilakukan lebih mengarah pada kondisi produktivitas
yang seharusnya mengarahkan juga pada aspek kualitatif. Karena tidak dapat
dipungkiri bahwa rasa, tekstur dan aroma juga menjadi tolok ukur konsumtif beras
oleh masyarakat. Oleh karena itu, padi aromatik adalah jawaban untuk masalah
tersebut.

Padi aromatik lokal yang digunakan dalam penelitian ini adalah Mentik
Wangi dan Pandan Wangi. Mentik Wangi merupakan padi varietas javanica
dengan karakteristik berbiji bulat, daun berwarna hijau, dan tinggi tanamannya
berkisar 95 hingga 115 sentimeter. Kelebihan dari padi Mentik Wangi yaitu
memiliki aroma menyerupai pandan dan bertekstur pulen. Namun, padi ini
memiliki tingkat produktivitas yang rendah dan tidak tahan terhadap hama
(LITBANG 2006). Pandan Wangi merupakan varietas padi lokal aromatik yang
telah terkenal sejak tahun 1973 di pasaran beras lokal maupun internasional.
Pandan Wangi merupakan varietas javanica dengan ciri bulat, berbulu, tahan
rontok, dan usia tanamnya mencapai 150 hingga 160 hari dan tingginya mencapai
150 sentimeter. Kelemahan padi pandan wangi adalah tingkat produktivitasnya
rendah dan tidak tahan terhadap hama dan penyakit (LITBANG 2006). Ciherang
merupakan kelompok padi varietas unggul hasil beberapa kali persilangan. Padi
Ciherang mulai diresmikan oleh menteri pertanian pada tahun 2000 dengan
anjuran cocok ditanam pada musim hujan dan kemarau dengan ketinggian di
bawah 500 meter di bawah permukaan laut (Hermanto 2006).
Studi genetik awal yang dilakukan oleh Ahn et al. (1992) terhadap sebuah
gen fgr (fragrance) yang mengendalikan sifat aroma pada varietas Della (padi
aromatik turunan Jasmine) pada kromosom 8. Terdapat tiga kandidat gen dalam
wilayah fgr yaitu gen yang menyandi protein betain aldehid dehidrogenase

(BADH2), karbonat anhidrase (Cah), dan 3-metilkrotonil-KoA (Mccc2). Bradbury
et al. (2005a) lebih mempersempit wilayah genom untuk sifat aroma dan
mengidentifikasi satu gen resesif yang bertanggung jawab untuk sifat aroma pada
verietas-varietas padi seperti Jasmine dan Basmati. Bradbury juga telah
melakukan pengurutan gen di wilayah fgr dari 64 padi aromatik dan 14 padi
aromatik varietas Thailand dan melaporkan bahwa gen yang menyandi protein
BADH2 yang menjadi gen penyebab aroma karena memiliki delesi 8 basa.
Marka molekuler telah digunakan secara luas oleh para pemulia tanaman
karena menyediakan informasi genetik yang sangat berguna pada tingkat
molekuler (Roy et al. 2006). Marka molekuler telah digunakan untuk melacak
keberadaan gen penyandi aroma diantaranya marka RM 223 dan marka Bradbury.
Keduanya diperoleh melalui seleksi PCR ysng kemudian divisualisasi dengan
elektroforesis berbasis gel.
Primer Bradbury memiliki kelebihan yaitu mampu membedakan padi
aromatik dan nonaromatik, melalui identifikasi alel homozigot aroma, homozigot

2

nonaroma serta heterozigot dalam suatu populasi yang bersegregasi. Primer
Bradbury terdiri atas dua buah primer eksternal dan dua buah primer internal.

Primer internal terdiri atas internal fragrant antisense primer (IFAP) dan internal
non-fragrant sense primer (INSP), sedangkan primer eksternal terdiri atas external
sense primer (ESP) external antisense primer (EAP). Primer eksternal dirancang
sebagai kontrol positif yang akan mengamplifikasi daerah di 580 bp pada padi
aromatik dan nonaromatik.
Lang & Buu (2008) melaporkan primer RM 223 sebagai primer yang
dapat membedakan pola pita dari padi aromatik dan nonaromatik berdasarkan
ukuran DNA padi penyandi gen aromatik. Sebuah marka SSR (single sekuen
repeat) yang berhasil mengamplifikasi lokus target sekaligus membedakan
polimorfisme di antara tetua tanaman padi telah berhasil dilakukan oleh Lang &
Buu untuk menyeleksi hasil persilangan antara padi varietas aromatik Thailand
yaitu Jasmine 85 dengan nonaromatik C53. Sepasang primer RM 223 yang terdiri
atas forward dan reverse digunakan dalam reaksi amplifikasi untuk membedakan
padi aromatik Jasmine 85, nonaromatik C53, dan hasil persilangannya pada
generasi BC2F2.
Penelitian dilakukan dengan tujuan menguji secara kualitatif terdapatnya
gen badh2 yang menjadi indikator terbentuknya silangan padi non aromatik
dengan padi aromatik. Identifikasi dilakukan terhadap varian-varian padi lokal
dan nonlokal yang berkualitas dengan orientasi utama mendapatkan varian silang
terbaik. Hipotesis penelitian ini adalah Gen badh2 termutasi dari Pandan Wangi
dan Mentik Wangi dapat diintroduksikan ke varietas Ciherang yang dapat
divisualisasikan melalui proses elektroforesis produk PCR. Diharapkan penelitian
ini memberi manfaat secara langsung untuk meningkatkan kualitas padi lokal
sehingga meningkatkan pendapatan petani.

METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, Balai Besar
Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian,
Cimanggu Bogor. Penelitian dilakukan mulai bulan September 2011 sampai
Januari 2012.

Bahan
Bahan-bahan yang digunakan adalah daun padi hasil persilangan BC4F1
CM (Ciherang dan Mentik Wangi) dan daun padi hasil persilangan BC5F1 CP
(Ciherang dan Pandan Wangi), bufer ekstrak yang mengandung Tris-HCl (pH
8.0), etilendiamin tetraasetat (EDTA), natrium klorida (NaCl), setiltrimetil
amonium bromida (CTAB), dan merkaptoetanol. Bahan lain yang digunakan
untuk isolasi DNA adalah isopropanol, etanol 70%, dan bufer Tris-EDTA (TE)
yang mengandung ribonuklease. Reaksi PCR menggunakan bufer PCR MgCl 2,
dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), primer Bradbury (ESP, EAP, IFAP, dan
INSP), primer Lang & Buu (RM 223), DNA, Taq polimerase (FastStart), dan
ddH2O. Selain itu, bahan lain yang digunakan pada analisis elektroforesis adalah
agarosa, bufer Tris HCl-asam asetat-EDTA (TAE) etidium bromida (Etbr), dan
DNA standar (1 kb ladder).

3

Alat
Alat-alat yang digunakan adalah cawan Petri, bak plastik, ember,
penyedot vakum, kertas minyak, klip, lampu listrik, dan gunting. Isolasi DNA
menggunakan tabung mikro, mortar, satu set pipet mikro, tip pipet mikro, spin,
sentrifus (Backman rotor 12), dan inkubator. Analisis PCR menggunakan mesin
PCR PTC-100 (MJ Research, Inc) dan seperangkat alat elektroforesis yang terdiri
atas tangki elektroforesis dan alat dokumentasi gel (chemidoc EQ gel system).
Selain itu, spektrofotometer (SmartSpec TM Plus Spectrophotometer, Biorad)
digunakan untuk kuantifikasi DNA.

Prosedur Analisis Data
Persilangan Balik BC4F1 CM dan BC5F1 CP (Soedyanto et.al 1978)
Materi yang digunakan adalah tetua pemulih Ciherang dan tanaman
BC4F1 CM serta tanaman BC5F1 CP. Dilakukan penanaman butir padi dari
masing-masing varietas dalam cawan petri hingga membentuk kecambah (selama
14 hari). Setelah itu, dipilih kecambah yang pertumbuhannya baik untuk
dipindahkan ke bak pembenihan. Setelah berumur 2 minggu, tanaman
dipindahkan ke ember dan dipelihara sampai berbunga.
Tanaman tetua ciherang dan BC4F1 CM serta BC5F1 CP yang waktu
pembungaannya bersamaan digunakan untuk persilangan. Sebelum dilakukan
persilangan terlebih dahulu dilakukan kastrasi pada bunga-bunga tanaman tetua.
Bunga pada malai yang akan dikastrasi dijarangkan menjadi 15-50 bunga.
Sepertiga bagian bunga dipotong miring menggunakan gunting kemudian benang
sari diambil dengan alat penyedot vakum. Bunga yang telah bersih dari benang
sari ditutup dengan kertas minyak agar tidak terserbuki oleh tepung sari yang
tidak dikehendaki.
Penyerbukan tanaman padi dilakukan dengan menyalakan semua lampu di
ruang persilangan untuk meningkatkan suhu hingga 32 °C sehingga dapat
mempercepat pemasakan tepung sari. Setelah kepala sari membuka, bunga jantan
diletakkan di atas bunga betina yang telah dikastrasi. Tanaman selanjutnya
dipelihara sampai panen. Biji-biji yang telah masak dipanen dan dikeringkan
dalam oven pada suhu 28 °C selama 2 malam untuk mengurangi kadar air. Biji
padi F1 selanjutnya ditumbuhkan dalam cawan petri dan bak pembenihan.
Isolasi DNA Tanaman Padi Hasil Persilangan
Isolasi DNA dengan metode CTAB yang mengacu pada Shure et al.
(1983) dan Doyle & Doyle (1987) dilakukan melalui tiga tahap yaitu preparasi
ekstrak sel, pemurnian DNA, dan pemekatan DNA. Preparasi ekstrak sel dimulai
dengan penggerusan daun padi sebanyak 0.5 gram dalam mortar steril yang diberi
bufer ekstraksi sebanyak 1000 µL (2 x 500µL). Hasil gerusan dimasukkan ke
dalam tabung mikro 2 mL, kemudian diinkubasi di dalam penangas air pada suhu
65 ˚C selama 15 menit.
Pemurnian DNA dilakukan melalui penambahan natrium asetat 3M
sebanyak 100 µL dan kloroform isoamilalkohol sebanyak 900 µL ke dalam
tabung, kemudian dikocok hingga merata. Suspensi selanjutnya disentrifugasi
dengan kecepatan 17724 g selama 5 menit. Pemekatan DNA dilakukan dengan
penambahan natrium asetat 3M sebanyak 70 µL dan isopropanol sebanyak 500

4

µL ke dalam supernatan dan dicampur perlahan. Sampel disentrifugasi pada
kecepatan 17724 g selama 5 menit. Pelet yang diperoleh dicuci dengan 500 µL
etanol 70%. Campuran disentrifugasi kembali selama 2 menit pada kecepatan
17724 g. Pelet selanjutnya dikeringkan dalam oven selama 10 menit. Pelet yang
telah kering dilarutkan dalam bufer TE yang mengandung ribonuklease sebanyak
50 µL dan diinkubasi pada suhu 37 ˚C selama 30 menit.
Kuantitas dan Kualitas DNA Tanaman Hasil Persilangan (Sambrook et.al.
1989)
Hasil isolasi DNA selanjutnya diukur konsentrasi dan kemurniannya.
Konsentrasi dan kemurnian DNA dari masing-masing hasil isolasi diuji dengan
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.
Kemurnian DNA ditetapkan berdasarkan nilai perbandingan A260/A280. Batas
kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler pada rasio A260/A280
adalah 1.8-2.0 (Sambrook et al. 1989).
Total volume yang digunakan untuk pengukuran sebanyak 400 µL dengan
faktor pengenceran sebesar 200 kali. Larutan blanko yang digunakan adalah
ddH2O. Kualitas DNA diuji dengan elektroforesis untuk mengetahui ada atau
tidaknya DNA dari pita yang terbentuk. Konsentrasi DNA hasil isolasi dapat
diketahui dengan menyertakan DNA lambda yang telah diketahui konsentrasinya.
Konsentrasi DNA lambda yang digunakan adalah 20 ng/ µL dan 40 ng/ µL.
Jumlah 2 µL DNA lambda sebanding dengan 10 ng/µL sampel DNA.
Elektroforesis DNA hasil isolasi dilakukan pada gel agarosa 1%.
Marka Bradbury Melalui Seleksi PCR (Bradbury et.al. 2005b)
Hasil isolasi DNA tanaman BC4F1 CM yang telah disamakan konsentrasinya
selanjutnya dilakukan tahap PCR. Campuran reaksi untuk PCR terdiri atas 2 µL
bufer PCR 10x, 1.2 µL MgCl2, 50 mM, 0.4 µL dNTP mix 50 mM, 1 µL masingmasing primer external sense primer (ESP), internal fragrant antisense primer
(IFAP) , internal non-fragrant sense primer (INSP), dan external antisense
primer (EAP), 0.16 µL Taq Polymerase, 2 µL DNA 50 ng/µL, dan MQ H2O.
Kemudian digunakan program BADH2 pada mesin PCR. Reaksi amplifikasi
dilakukan sebanyak 30 siklus yang terdiri atas denaturasi awal selama 5 menit
pada suhu 94 ºC, denaturasi selama 30 detik pada suhu 94 ºC, penempelan primer
selama 30 detik pada suhu 55 ºC, dan perpanjangan primer selama 45 menit pada
suhu 72 ºC. Perpanjangan primer terakhir terjadi selama 7 menit pada suhu 72 ºC.
Marka RM223 Melalui Seleksi PCR (Lang & Buu 2008)
Hasil isolasi DNA tanaman BC5F1 CP yang telah disamakan konsentrasinya
selanjutnya dilakukan tahap PCR. Campuran reaksi untuk PCR terdiri atas 2 µL
bufer PCR 10x, 1.2 µL MgCl2, 50 mM, 0.4 µL dNTP mix 50 mM, 1 µL masingmasing primer Rm223 0.8 µL (forward dan reverse), 0.16 µL Taq Polymerase, 2
µL 50 ng/µL, dan MQ H2O. Kemudian digunakan program SSR RM223 pada
mesin. Reaksi amplifikasi dilakukan sebanyak 35 siklus yang terdiri atas
denaturasi awal selama 5 menit pada suhu 94 ºC, denaturasi selama 30 detik pada
suhu 94 ºC, penempelan primer selama 30 detik pada suhu 55 ºC, dan
perpanjangan primer selama 1 menit pada suhu 72 ºC. Perpanjangan primer
terakhir terjadi selama 5 menit pada suhu 72 ºC.

5

Elektroforesis Marka RM 223 dan Bradbury melalui seleksi PCR (Bradbury
et.al. 2005b, Lang & Buu 2008)
Produk PCR DNA tanaman hasil persilangan perlu dilakukan
elektroforesis untuk ukuran DNA hasil amplifikasi. Sebanyak 10 µL DNA
dicampur dengan 2 µL loading dye dan dicampur sempurna dan dimasukan ke
dalam sumur gel agarose 1.5% untuk marka Bradbury dan 3% untuk marka
RM223. Kemudian disertakan 1 kb ladder sebagai marker untuk melihat ukuran
DNA. Gel agarosa direndam dalam tangki yang berisi 1x bufer TAE (Tris HClasam asetat-EDTA) dan dialiri arus dengan tegangan 80 volt selama 35 menit.
Tahap selanjutnya dilakukan proses pewarnaan dengan larutan etidium bromida
(10 mg/L) selama 5 menit, kemudian dibilas dengan air selama 10 menit. Gel
agarosa selanjutnya ditampakkan dengan chemidoc gel system.

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Hasil Persilangan Balik BC4F1 CM dan BC4F1 CP
Persilangan dilakukan dengan tahapan penanaman padi pada cawan petri
(Gambar 1A) selama 14 hari disimpan ditempat terbuka. Padi yang sudah
berkecambah dirawat sampai ukuran tinggi 10 cm dengan perakaran sudah stabil
dan dipindahkan pada bak berisi media tanam yang kandungan haranya
mencukupi (Gambar 1B). Dua minggu ditanam di bak kemudian dipindahkan
kembali ke dalam ember untuk menjaga stabilistas pertumbuhan dan disimpan di
rumah kaca (Gambar 1C). Penyilangan dilakukan dilakukan setelah padi dalam
masa berbunga yaitu 63 hari untuk Mentik Wangi dan 84 hari untuk Pandan
Wangi. Penyilangan dilakukan dengan tetua Ciherang (persilangan balik)
(Gambar 1D).

A

B

C

D

Gambar 1 Tahap pembentukan populasi Padi. Padi ditanam di media cawan Petri,
dipindahkan pada bak tanam (B), dipindahkan ke ember di dalam
rumah kaca (C), setelah berbunga padi disilangkan (D).
Kuantitas dan Kualitas DNA (Sambrook et.al. 1989)
Hasil elektroforesis menunjukkan konsentrasi DNA terdapat pita smear
pada semua sampel karena terdapatnya fragmen RNA. Konsentrasi DNA yang
diperoleh dari hasil isolasi tidak seragam terletak pada rentang 1.53-2.10 untuk
padi BC5F1 CP dan 1.53-2.00 untuk padi BC4F1 CM (lampiran 3). Oleh karena

6

itu, konsentrasi DNA yang sudah diperoleh diseragamkan dengan pengenceran
menjadi 50 µg/ml. Hal tersebut dilakukan untuk menjamin bahwa jumlah DNA
yang akan amplifikasi dengan PCR mempunyai konsentrasi yang sama.

Gambar 2 Elektroforesis Hasil isolasi DNA daun padi.

Marka Bradbury Melalui Seleksi PCR (Bradbury et.al. 2005b)
Sebanyak 24 sampel tanaman padi yang merupakan hasil persilangan
antara padi Ciherang dan Mentik Wangi diuji dengan marka aromatik Bradbury.
Hasil penelitian menunjukkan beberapa tanaman positif memiliki gen heterozigot
badh2 (sampel 3, 5, 7 dan 8). Pola gen heterozigot ini terlihat dari pola pita hasil
amplifikasi yang ditampakkan melalui elektroforesis gel agarosa. Pola gen
heterozigot memiliki dua buah pita yang merupakan gabungan dari kedua tetua
tanaman padi Ciherang dan padi Mentik Wangi (Gambar 4). Penggunaan primer
Bradbury untuk seleksi hasil persilangan dari padi Ciherang dan Mentik Wangi
menunjukkan padi Ciherang menghasilkan fragmen DNA ukuran 580 bp dan 355
bp, padi Mentik Wangi menghasilkan fragmen DNA ukuran 580 dan 355 bp, dan
padi hasil persilangan Ciherang - Mentik Wangi menghasilkan fragmen DNA
ukuran 580 bp, 355 bp, dan 257 bp.

100 bp

M A C Mw 1 2 3 4 5

6 7 8

200 bp
300 bp
400 bp
500 bp
650 bp
850 bp
10000 bp
2000 bp
5000 bp
12000 bp

*

*

* *

Gambar 4 Contoh Seleksi padi BC4F1 Ciherang- Mentik Wangi menggunakan
primer Bradbury. Marker DNA sebagai pebanding ukuran (M), air
sebagai kontrol negatif (A), tetua Ciherang (C), tetua Mentik Wangi
(M), sampel DNA (1-8). Tanda bintang (*) menunjukan positif.

7

Marka RM223 Melalui Seleksi PCR (Lang & Buu 2008)
Gambar menunjukan 1kb adalah marka gen yang digunakan, a sebagai air
sebagai kontrol, p merupakan tetua padi Pandan Wangi , m merupakan tetua padi
Mentik Wangi dan nomor 1 sampai 9 merupakan sampel. Sampel nomor 2 dan 5
menunjukan hasil positif karena mengandung pola gen heterozigot. Pola gen
heterozigot ini terlihat dari pola pita hasil elektroforesis gel agarosa yang
memiliki dua buah pita yang merupakan kombinasi dari kedua tetua padi
Ciherang dan Pandan Wangi. Primer RM 223 dapat mengamplifikasi padi
Ciherang dengan ukuran 160 bp, padi Pandan Wangi 140 bp, dan BC5F1
Ciherang-Pandan Wangi menghasilkan dua pita berukuran 140 bp dan 160 bp.

600 bp
500 bp
400 bp



*

300 bp

200 bp

100 bp

Gambar 3 Contoh seleksi BC5F1 PW menggunakan primer RM223. DNA
Lambda (1kb), air sebagai kontrol negative (a), tetua Ciherang
(P), tetua mentik wangi (m), sampel DNA (1-9). Tanda bintang
(*) menunjukan positif.

Pembahasan
Persilangan Balik BC4F1 CM dan BC5F1 CP
Persilangan tanaman padi adalah penggabungan dua sifat padi berjenis
berbeda melalui pertemuan tepung sari dengan kepala putik yang menghasilkan
embrio dan kemudian embrio berkembang menjadi benih. Persilangan ditujukan
untuk mendapatkan sifat genetik yang terbaik yang dibawa oleh seregasi genetik
dari induk.
Tahap pembentukan populasi generasi BC4F1 CM dan BC5F1 CP yang
diperoleh dari penelitian sebelumnya dimulai seleksi biji. Biji inilah yang
selanjutnya dipelihara dalam beberapa tahap dan wadah atau media tertentu.
Media pertama berupa cawan petri yang diisi oleh beberapa biji padi (gambar
1A). Media selanjutnya berupa bak yang dikondisikan berada ditempat terbuka
dan teduh seperti terlihat di gambar 1B. Selanjutya media diganti dengan ember
yang ditaruh di rumah kaca untuk menghindari gangguan luar berupa hama dan
burung (gambar 1C). Persilangan dilakukan ketika masa pembungaan antara tetua
jantan dan tetua betina sama, sehingga perlu dilakukan pengaturan dan
penghitungan jarak waktu tanam agar kedua tetua dapat berbunga secara
bersamaan. Pengaturan waktu pembungaan dapat dilakukan dengan menanam
tetua nonaromatik (padi Ciherang) dalam selang waktu setiap satu minggu
sebanyak lima kali. Persilangan antara padi ciherang dan Mentik Wangi memiliki
masa berbunga 9 minggu atau 63 hari, sedangkan persilangan antara padi
Ciherang dengan Pandan Wangi memiliki masa berbunga 12 minggu atau 84 hari.

8

Selain itu, persilangan membutuhkan ketelitian khusus terutama ketika
dilakukan kastrasi, karena jika tidak bersih maka akan menyebabkan terjadinya
penyerbukan sendiri pada bunga betina. Kastrasi adalah membuang bagian
tanaman yang tidak diperlukan. Kastrasi dilakukan pada bunga betina dan dalam
hal ini bagian yang tidak diperlukan adalah benang sari dan tepung sari. Setiap
bunga terdapat enam benang sari dan dua kepala putik yang menyerupai rambut
tidak boleh rusak. Kastrasi yang baik dilakukan sehari sebelum penyerbukan agar
putik menjadi masak sempurna saat penyerbukan sehingga keberhasilan
penyilangan lebih tinggi. Bunga yang telah dikastrasi sebaiknya ditutup dengan
kertas minyak agar bunga tidak terserbuki oleh tepung sari dari bunga lain yang
tidak dikehendaki (gambar 1D). Penyerbukan dilakukan dengan cara mengambil
tepung sari dari bunga tanaman jantan yaitu bunga dari padi aromatik. Bunga
tersebut diletakkan di atas bunga betina sambil digerak-gerakkan hingga tepung
sari bunga jantan jatuh ke kepala putik bunga betina. Jarak waktu dari persilangan
hingga terbentuknya biji terjadi selama lebih kurang 2 minggu.
Kuantitas dan Kualitas DNA (Sambrook et.al. 1989)
Hasil elektroforesis menunjukkan konsentrasi DNA sampel tidak dapat
dibandingkan dengan DNA lambda karena terdapatnya pita smear pada semua
sampel. Pita smear tersebut dapat disebabkan oleh terpotongnya fragmen DNA
akibat pemipetan berulang ketika proses isolasi DNA sehingga dihasilkan pitapita DNA yang tidak sama ukurannya. Konsentrasi DNA yang diperoleh dari
hasil isolasi tidak seragam. Oleh karena itu, konsentrasi DNA yang sudah
diperoleh diseragamkan dengan pengenceran menjadi 50 µg/ml. Hal tersebut
dilakukan untuk menjamin bahwa jumlah DNA yang akan amplifikasi dengan
PCR mempunyai konsentrasi yang sama.
Pola pita sampel hasil elektroforesis gel agarosa menunjukkan DNA sudah
murni atau tidak terkontaminasi RNA, karena jika dalam sampel masih
mengandung RNA akan dihasilkan pita di bawah atau ukurannya lebih kecil dari
DNA sampel. Elektroforesis sampel menggunakan kontrol pembanding berupa
DNA lambda yang sudah diketahui konsentrasinya. Konsentrasi DNA lambda ini
digunakan untuk menghitung konsentrasi DNA sampel dengan cara
membandingkan luas atau tebal pita hasil elektroforesis. Konsentrasi DNA
lambda yang digunakan adalah 20 ng/µL dan 40 ng/µL (Gambar 2).
Uji kualitas DNA hasil isolasi diuji secara kuantitatif dan kualitatif. Uji
kuantitatif menggunakan spektrofotometer melalui pengukuran konsentrasi
sampel DNA pada panjang gelombang 260 nm dan kemurnian sampel pada
perbandingan panjang gelombang 260/280 nm. Nilai kemurnian sampel yang baik
menurut Sambrook et al. (1989) adalah 1.8-2.0. Adanya kontaminasi protein
terlihat dari nilai kemurnian yang kurang dari 1.8, sedangkan nilai kemurnian
sampel yang lebih dari 2.0 menunjukkan adanya kontaminasi RNA. Uji kualitatif
DNA dapat dilakukan melalui elektroforesis gel agarosa. Uji kualitatif ini berupa
gambaran untuk mengetahui ada atau tidaknya DNA serta untuk mengetahui ada
atau tidaknya kontaminasi RNA dalam sampel.
Isolasi DNA tanaman padi menggunakan metode Shure et al. (1983)
dengan modifikasi tambahan CTAB dari metode Doyle & Doyle (1987). Metode
ini dipilih karena praktis, membutuhkan sampel dalam jumlah yang sedikit, tidak

9

membutuhkan waktu yang lama, serta tahapan metode yang relatif lebih mudah
dan cepat. Bufer CTAB sangat baik digunakan untuk isolasi DNA tanaman
karena memiliki kelebihan yaitu dapat mendegradasi senyawa-senyawa metabolit
sekunder yang terdapat dalam tanaman. Selain itu, CTAB mampu memisahkan
DNA dan RNA dari pengotor (karbohidrat dan protein). Hasil isolasi DNA
ditampakkan pada gel agarosa 1%.
Marka Bradbury Melalui Seleksi PCR (Bradbury et.al. 2005b)
Sebanyak 24 sampel tanaman padi yang merupakan hasil persilangan
antara padi Ciherang dan Mentik Wangi diuji dengan marka aromatik Bradbury.
Hasil penelitian menunjukkan beberapa tanaman positif memiliki gen heterozigot
badh2. Pola gen heterozigot ini terlihat dari pola pita hasil amplifikasi yang
ditampakkan melalui elektroforesis gel agarosa. Pola gen heterozigot memiliki
dua buah pita yang merupakan gabungan dari kedua tetua tanaman padi Ciherang
dan padi Mentik Wangi (Gambar 4). Penggunaan primer Bradbury untuk seleksi
hasil persilangan dari padi Ciherang dan Mentik Wangi menunjukkan padi
Ciherang menghasilkan fragmen DNA ukuran 580 bp dan 355 bp, padi Mentik
Wangi menghasilkan fragmen DNA ukuran 580 dan 355 bp, dan padi hasil
persilangan Ciherang - Mentik Wangi menghasilkan fragmen DNA ukuran 580
bp, 355 bp, dan 257 bp. Hal ini mendukung pernyataan Bradbury et al. (2005a)
dan penelitian sebelumnya dari Padmadi (2009).
Seleksi tanaman menggunakan marka molekuler berbasis PCR. Analisis PCR
dalam penelitian ini menggunakan primer Bradbury. Penggunaan primer tersebut
berdasarkan penelitian sebelumnya yang dilakukan Padmadi (2009). Hasil
analisis PCR dengan primer tersebut ditampakkan dalam gel agarosa 1%. Berbeda
dengan konsentrasi gel agarosa yang digunakan pada seleksi persilangan
Ciherang-Pandan Wangi, konsentrasi yang digunakan untuk seleksi hasil
persilangan Ciherang-Mentik Wangi lebih kecil. Pemilihan konsentrasi gel
agarosa tersebut berdasarkan ukuran produk PCR yang dihasilkan. Menurut
Sambrook et al. (1989) konsentrasi 1% digunakan untuk ukuran fragmen DNA
250 bp – 12 kbp.
Marka aromatik dari primer Bradbury mampu mengamplifikasi padi aromatik
dengan ukuran 580 bp dan 257 bp, sedangkan untuk padi nonaromatik
menghasilkan ukuran 580 bp dan 355 bp. Keuntungan dari penggunaan primer ini
adalah mampu membedakan pola gen homozigot resesif (pada varietas aromatik),
homozigot dominan (pada varietas nonaromatik), dan heterozigot (pada hasil
persilangan). Berdasarkan penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Padmadi
(2009) primer Bradbury tidak sepenuhnya dapat membedakan padi aromatik dan
nonaromatik pada beberapa varietas lokal Indonesia. Varietas padi aromatik yang
mempunyai pola pita DNA yang berbeda dengan padi varietas nonaromatik
adalah Mentik Wangi dan Gunung Perak. Hal tersebut kemungkinan disebabkan
oleh perbedaan delesi pada kromosom 4. Selain itu, penggunaan primer RM 223
tidak mampu membedakan antara padi Pandan Wangi dengan padi nonaromatik
lainnya. Oleh karena itu, primer ini digunakan dalam menyeleksi padi CiherangMentik Wangi.
Metode ini digunakan untuk menentukan genotip individu tanaman padi baik
homozigot aroma, homozigot non aroma, atau heterozigot non aroma, praktis

10

memiliki kegunaan untuk bidang pertanian. Uji dengan metode yang sederhana
untuk skrining padi dan penentuan aroma di antara berbagai macam jenis padi dan
segregasi populasi, memiliki kelebihan yaitu sederhana, murah, dan cepat
(Badbury et al. 2005b).
Marka RM223 Melalui Seleksi PCR (Lang & Buu 2008)
Sebanyak 72 sampel tanaman padi yang merupakan
tanaman hasil
persilangan antara padi generasi BC5F1 CP diseleksi dengan menggunakan
marka aromatik RM 223. Sebagian besar tanaman positif memiliki gen
heterozigot badh2. Pola gen heterozigot ini terlihat dari pola pita hasil
elektroforesis gel agarosa yang memiliki dua buah pita yang merupakan
kombinasi dari kedua tetua padi Ciherang dan Pandan Wangi. Primer RM 223
dapat mengamplifikasi padi Ciherang dengan ukuran 160 bp, padi Pandan Wangi
140 bp, dan BC5F1 Ciherang-Pandan Wangi menghasilkan dua pita berukuran
140 bp dan 160 bp (gambar 3).
Tidak semua organisme tanaman menghasilkan DNA heterozigot sehingga
perlu dilakukan seleksi. Seleksi tanaman tidak dapat diuji secara langsung melalui
uji aroma biasa untuk melihat apakah gen badh2 dari tanaman aromatik telah
bergabung dengan alel gen padi nonaromatik. Oleh karena itu, digunakan marka
molekuler berbasis PCR. Analisis PCR dalam penelitian ini menggunakan primer
berdasarkan penelitian yang telah dilakukan sebelumnya oleh Padmadi (2009).
Berdasarkan penelitian sebelumnya oleh Padmadi (2009) yang menyatakan
bahwa pola amplifikasi padi aromatik Pandan Wangi dan padi nonaromatik
Ciherang dengan menggunakan primer Bradbury tidak dapat dibedakan satu sama
lainnya. Namun, ketika digunakan primer RM 223 baik Pandan Wangi maupun
Ciherang dapat dibedakan dengan ukuran pita yang berbeda akibat adanya
polimorfisme pada kromosom nomor 3. Oleh karena itu, primer RM 223 dalam
penelitian ini digunakan untuk menyeleksi padi padi Ciherang dan Pandan Wangi.
Hasil PCR ditampakkan dengan menggunakan gel agarosa 3%. Penggunaan
konsentrasi tersebut berdasarkan perbedaan basa yang sangat kecil dari setiap
sampel yaitu berbeda 20 basa dan tidak akan terlihat berbeda jika digunakan
konsentrasi gel agarosa di bawah 3%.
Penggunaan primer RM 223 mampu mengamplifikasi padi varietas aromatik
dan nonaromatik dengan variasi panjang fragmen DNA antara 120 bp-160 bp
(Lang & Buu 2008). Penelitian sebelumnya (Padmadi 2009) juga telah
membuktikan primer RM 223 mampu membedakan padi aromatik dan
nonaromatik untuk beberapa varietas lokal Indonesia. Hasil penelitian diperoleh
ukuran produk amplifikasi dari padi Ciherang lebih besar daripada Pandan Wangi
disebabkan oleh adanya delesi basa pada padi Pandan Wangi. Selain itu, pola
amplifikasi pada tanaman hasil persilangan padi Ciherang-Pandan Wangi yang
menunjukkan sifat heterozigot. Hal ini mendukung pernyataan dan penelitian
sebelumnya dari Lang & Buu (2008) dan Padmadi (2009).

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Pembentukan tanaman padi BC4F1 CM dan BC5F1 CP berhasil dilakukan
melalui persilangan terarah. Keberadaan alel gen badh2 dari tetua donor (padi

11

aromatik Pandan Wangi dan Mentik Wangi) pada tanaman hasil persilangan
terdeteksi dengan marka aromatik PCR. Primer Bradbury dapat digunakan untuk
menyeleksi turunan dari hasil persilangan antara padi Ciherang dengan Mentik
Wangi menghasilkan fragmen DNA ukuran 580 bp, 355 bp, dan 257 bp. . Primer
RM 223 dapat digunakan untuk seleksi turunan hasil persilangan padi Ciherang
dan Pandan Wangi menghasilkan fragmen DNA ukuran 140 bp dan 160 bp.

Saran
Kajian lain seperti pengurutan DNA untuk padi aromatik dan nonaromatik
varietas asli Indonesia perlu dilakukan sehingga dapat menentukan primer
spesifik untuk membedakan padi aromatik dan nonaromatik.

DAFTAR PUSTAKA
Ahn SN, Bollisch CN, Tanksley SD. 1992. RFLP tagging of a gene for aroma in
rice. Theor Appl Genet 84:825–828.
Bradbury LMT, Fitgerald TL, Henry RJ, Jin Q, Waters DLE. 2005a. The gene for
fragrance in rice. J Plant Biotech 3:363–370.
Bradbury LMT, Henry RJ, Jin Q, Reinke RF, Waters DLE. 2005b. A perfect
marker for fragrance genotyping in rice. J Mol Breed 16:279–283.
Doyle JJ, Doyle JL. 1987. A rapid DNA isolation from small amount of fresh leaf
tissue. J Phytochem Bull 19:11-15.
Hermanto. 2006. Padi Ciherang makin populer. Warta Penelitian dan
Pengembangan Pertanian 28:14-15. Kibria et al. 2008. Screening of aromatic
rice lines by phenotypic and molecular markers. J Bot 37:141-147.
Lang NT, Buu BC. 2008. Development of PCR based markers for aroma (fgr)
gene in rice (Oryza sativa L.). J Omonrice 16:16-23.
[LITBANG] Balai Penelitian Bahan Pangan. 2006. Mengenal padi VUTB
Fatmawati. http://jakarta.litbang.deptan.go.id/klinikagribisnis. J Litbang 12:16.
Padmadi B. 2009. Identifikasi sifat aroma tanaman padi menggunakan marka
berbasis gen aromatik [skripsi]. Bogor: Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.
Roy et al. 2006. Association analysis of agonomically important traits using SSR,
SAMPL, and AFLP markers in bread wheat. Current Science 90:683-689.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning 3rd edition. New
York: Cold Spring Harbor Laboratory Pr.
Shure, Wessler MS, Fedorrof N. 1983. Molecular identification and the isolation
of the waxy locus in maize. J Cell 35:225-233.

12

Slamet, Loedin IH. 2000. Tanaman transgenik: Perspekstif dan tantangan di masa
mendatang bagi Indonesia. Warta Biotek LIPI 1-3 [terhubung berkala].
http://indonesiaindonesia.com/warta [2 November 2000].
Soedyanto et al. 1978. Bercocok Tanam Jilid II. Jakarta: CV Yasaguna.
Stoskopf NC, Thomes DT, Christie BR. 1993. Plant Breeding, Theory, and
Practice. Oxford: Westview Pr.

13

LAMPIRAN

14

Lampiran 1 Diagram Alir Penelitian

Benih BC4F1 Ciherang/Mentik
Wangi dan Benih BC5F1
Ciherang/Pandan Wangi
dikecambahkan di dalam cawan
petri (1-2 minggu)

Benih dipindahkan dalam media
bak (1-2 minggu)

Benih dipindahkan dalam media
ember (3-4 minggu)

Isolasi DNA

Spektrofotmetri sampel hasil
isolasi DNA

Analisis PCR dengan
menggunakan marka Bradbury
dan RM223

Identifikasi menggunakan
elektroforesis

15

Lampiran 2 Isolasi DNA ( Shure et al. 1983 dan Doyle & Doyle 1987)

Bufer CTAB 1000 µL (2 x 500 µL)

Gerus
Daun padi
Tabung mikro 2 mL
diinkubasi 65 ˚C selama 15 menit
(tiap 5 menit dibolak-balik)

+ 100 µL natrium asetat 3M
+ 1000 µL kloroform isoamilalkohol

12000 rpm selama 5 menit
Supernatan
+ 70 µL natrium asetat 3M
+ 600 µL isopropanol dingin
12000 rpm selama 5
menit
Pelet DNA

pencucian dengan etanol 200 µL
70 %
pengeringan dengan oven
selama 10 menit

pelarutan kembali dalam
50 µl TE buffer + RNase

16

Lampiran 3 Hasil Pengukuran Konsentrasi DNA
Sampel
Ciherang
Pandan Wangi
Mentik wangi
BC5F1 PW 1
BC5F1 PW 2
BC5F1 PW 3
BC5F1 PW 4
BC5F1 PW 5
BC5F1 PW 6
BC5F1 PW 7
BC5F1 PW 8
BC5F1 PW 9
BC5F1 PW 10
BC5F1 PW 11
BC5F1 PW 12
BC5F1 PW 13
BC5F1 PW 14
BC5F1 PW 15
BC5F1 PW 16
BC5F1 PW 17
BC5F1 PW 18
BC5F1 PW 19
BC5F1 PW 20
BC5F1 PW 22
BC5F1 PW 23
BC5F1 PW 24

Konsentrasi
(µg/mL)

A260/280

Volume
DNA (µL)

Volume ddH2O
(µL)

757.4850

1.92

6,60

93,40

567.8456
588.5884
929.4847

1.87
1.42

8,81
8,49

91,19
91,51

1.78

5,38

94,62

377.6098

1.77

13,24

86,76

534.5347

1.67

9,35

90,65

978.5746

2.00

5,11

94,89

753.4700

1.66

6,64

93,36

620.2834

1.54
1.84

8,06

91,94

9,15

90,85

1.86
1.76

5,17

94,83

8,84

91,16

1.58
1.72

5,65

94,35

8,06

91,94

457.9075

1.88

10,92

89,08

875.4349
929.4847

1.91
1.77

5,71

94,29

546.3220
966.7436
565.7458
885.3003
620.2834

339.8746
926.6803
546.4847
457.4932
578.9564

5,40

94,60

9,15

90,85

10,93

89,07

8,64

91,36

5,84

94,16

1.80

6,78

93,22

335.4788

2.09
1.71

14,90

85,10

9,22

90,78

7,28

92,72

1.90

8,43

91,57

1.91
1.77

7,31

92,69

6,51

93,49

14,71

85,29

593.0117

BC5F1 PW 30

1.84

85,29

737.6680

BC5F1 PW 26

BC5F1 PW 29

1.95
1.84

94,62

1.67

542.2899
687.1975

BC5F1 PW 28

1.53

5,38
14,71

856.7370

BC5F1 PW 25
BC5F1 PW 27

1.82

683.5619
767.4803
339.8746

1.53

1.85

620.2834

1.80

8,06

91,94

1.78

8,06

91,94

BC5F1 PW 32

620.2834
805.9687

93,80

929.4847

1.67
1.85

6,20

BC5F1 PW 33

5,38

94,62

BC5F1 PW 34

674.8458

1.91

BC5F1 PW 35

345.0496

1.71

BC5F1 PW 36

689.6598

1.86

BC5F1 PW 37

456.7224

1.82

BC5F1 PW 38

769.5345

1.84

BC5F1 PW 39

623.4635

1.96

BC5F1 PW 40

798.0056

1.84

BC5F1 PW 31

7,41

92,59

14,49

85,51

7,25

92,75

10,95

89,05

6,50

93,50

8,02
6,27

91,98
93,73

17

Sampel
BC5F1 PW 41
BC5F1 PW 42
BC5F1 PW 43
BC5F1 PW 44

Konsentrasi
(µg/mL)
768.5433

A260/280
1.80

6,51

93,49

620.2834
834.9560

1.78
1.95

8,06

91,94

5,99

94,01

8,06

91,94

5,38

94,62

10,96

89,04

5,63

94,37

10,94

89,06

6,29

93,71

1.96

Volume
DNA (µL)

Volume ddH2O
(µL)

BC5F1 PW 45

620.2834
929.4847

BC5F1 PW 46

456.2345

BC5F1 PW 47

888.3455

BC5F1 PW 48

456.9486

1.67
1.78

BC5F1 PW 49

794.8627

1.95

BC5F1 PW 50

593.8638

1.82

BC5F1 PW 51

679.9708

1.86

8,42
7.35

91,58
92.65

BC5F1 PW 52

929.4803

1.88

5.38

94.62

BC5F1 PW 53

498.5938

10,03

89,97

BC5F1 PW 54

504.7173

1.91
1.96

9.91

90.09

BC5F1 PW 55

593.0117

1.84

8.43

91.57

BC5F1 PW 56

637.6172

1.86

7.84

92.16

BC5F1 PW 57

746.9965

1.78

6.69

93.31

BC5F1 PW 58

590.9950

1.70

8.46

91.54

BC5F1 PW 59

684.1451

2.00

7.31

92.69

BC5F1 PW 60

425.9383

1.70

11.74

88.26

BC5F1 PW 61

439.5803

1.75

11.37

88.63

BC5F1 PW 62

512.4072

1.76

9.76

90.24

BC5F1 PW 63

760.9763

1.94

6.57

93.43

BC5F1 PW 64

843.4597

1.73

5.93

94.07

BC5F1 PW 65

706.8452

1.89

7.07

92.93

BC5F1 PW 66

423.9931

1.77

11.79

88.21

BC5F1 PW 67

226.2931

1.71

22.09

77.91

BC5F1 PW 68

730.1597

1.81

6.85

93.15

BC5F1 PW 69

672.1149

1.87

7.44

92.56

BC5F1 PW 70

530.3080

2.10

9.43

90.57

BC5F1 PW 71

478.7943

1.75

10.44

89.56

BC5F1 PW 72

566.3766

2.00

8.83

91.17

BC4F1 MW 1

687.1975

1.95

7.28

92.72

BC4F1 MW 2

322.7012

1.76

15.49

84.51

BC4F1 MW 3

541.4791

1.91

9.23

90.77

BC4F1 MW 4

261.3229

1.81

19.13

80.87

BC4F1 MW 5

695.8763

1.82

7.19

92.81

BC4F1 MW 6

481.0869

1.72

10.39

89.61

2.10
1.53

18

Sampel

Konsentrasi
(µg/mL)

BC4F1 MW 7

620.2834
718.8127

BC4F1 MW 8
BC4F1 MW 9
BC4F1 MW 10
BC4F1 MW 11

1.78
1.75

658.7457

2.00

825.9265

BC4F1 MW 13

967.5677

BC4F1 MW 14

620.2834
687.1975

BC4F1 MW 15
BC4F1 MW 16

956.7854

BC4F1 MW 17

339.8746

BC4F1 MW 18

458.4458

BC4F1 MW 19

868.6574

BC4F1 MW 20

620.2834
929.4847

BC4F1 MW 21

1.75

929.4847

456.4578

BC4F1 MW 12

A260/280

BC4F1 MW 22

867.8695

BC4F1 MW 23
BC4F1 MW 24

657.5674
687.1975

1.96
1.77
1.76
1.75

8,06

91,94

6,96

93,04

5,38

94,62

7,59

92,41

10,95

89,05

6,05

93,95

5,17

94,83

8,06

91,94

7,28

92,72

1.67
1.91

5,23

94,77

14,71

85,29

10,91

89,09

5,76

94,24

8,06

91,94

5,38

94,62

5,76

94,24

7,60
7,28

92,40
92,72

1.87
1.71
1.84
1.82
1.53
1.78
2.00

M1 x V1 = M2 x V2
: konsentrasi DNA
: volume DNA yang akan diambil
: konsentrasi akhir (50 µg/mL)
: volume akhir (100 µL)

M1 x V1 = M2 x V2
757.4850 µg/mL x V1 = 50 µg/ml x 100 µL
757.4850 µg/mL x V1 = 5000 µLµg/mL
5000 µL µg/mL

V1 =
757.4850 µg/mL

V1 = 6,60 µL

Volume ddH2O
(µL)

2.00

Contoh perhitungan:
Padi Ciherang

M1
V1
M2
V2

Volume
DNA (µL)

19

Lampiran 4 Hasil Seleksi BC4F1 CM

M

A

C

M

1

2

3

4

5

6

7

8

9

M

A

C

M

1

2

3

4

5

6

7

8

9

M

A

C

M

1

2

3

4

5

6

7

8

9

Keterangan Gambar:
Marker (M)
Air/Blanko (A)
Tetua Ciherang (C)
Tetua Mentik Wangi (M)
Sampel DNA (1-9)

20

Lampiran 5 Hasil Seleksi Padi BC5F1 CP

21

Keterangan Gambar:
Marker (M)
Air/blanko (A)
Tetua Ciherang (C)
Tetua Pandan Wangi (P)
Sampel DNA (nomor)

22

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Garut, Jawa Barat pada tanggal 19 April 1989 dari
ayahanda Jajang S. Murod dan ibunda Melawati. Penulis merupakan anak ke dua
dari tiga bersaudara. Tahun 2007 penulis lulus dari SMU Negeri 1 Garut dan pada
tahun yang sama lulus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur
Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) pada Program Studi Biokimia, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA).
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah mengikuti kegiatan Praktik
Lapangan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Pengkajian Bioteknologi
Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (Biotek-BPPT) Serpong selama
periode Juli sampai dengan Agustus 2010 dengan judul Isolasi DNA dan Uji
Fitokimia pada Temulawak (Curcuma xanthorriza Roxb.). Penulis juga pernah
terlibat aktif dalam Program Kreativitas Mahasiswa terdanai DIKTI PKMP tahun
2009 dan PKMK 2010 dan proposal terdanai Mahasiswa Wirausaha CDA IPB
2010. Disamping itu penulis aktif menjadi pengurus himpunan profesi (HIMPRO)
Biokimia, Community of Research and Education in Biochemistry (CREBs), pada
Departemen Kominfo periode 2009/2010, Kementrian Lingkungan Hidup BEM
KM IPB 2009. Penulis juga pernah menjadi asisten praktikum Biokimia Umum
untuk Mahasiswa S1 Budi Daya Perairan FPIK 2010.