Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
fWarta
BIOGEN
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
Vol. 6, No. 3, Desember 2010
BERITA UTAMA
T
anggal 3 Desember 2010 merupakan hari bersejarah bagi tim
situs BB-Biogen. Di sela-sela acara
Rapat Kerja Badan Litbang Pertanian di Jakarta, situs Biogen terpilih
sebagai juara 2 dalam lomba Situs
Website lingkup Badan Litbang Pertanian. Tim situs BB-Biogen (Biogen
online) terpilih sebagai juara di
antara 13 situs Balai Besar/Puslit seLitbang Pertanian. Merupakan sebuah kebanggaan tersendiri semenjak situs Biogen online ini dilaunching untuk pertama kalinya
pada tahun 2004.
Warta
Biogen
Penanggung Jawab
ISSN 0216-9045
http://biogen.litbang.deptan.go.id: Juara Dua
Situs Terbaik Tingkat Litbang Pertanian
Sejarah Situs Biogen Online
Awal pembuatan situs web di
BB-Biogen merupakan tindak lanjut
dari kebijakan pemerintah melalui
Inpres No. 3 Tahun 2003, 9/6/2003
mengenai Kebijakan dan Strategi
Nasional Pengembangan E-government merupakan penyelenggaraan
pemerintahan yang berbasis (menggunakan) elektronik untuk meningkatkan kualitas layanan publik
secara efektif dan efisien. Jaringan
informasi Badan Litbang Pertanian
memiliki tujuan: menyebarluaskan
informasi litbang, meningkatkan efisiensi dalam komunikasi, meningkatkan kinerja manajemen dan
meningkatkan kompetensi SDM.
Penyampaian informasi melalui
media internet diawali dengan
pembuatan situs web BB-Biogen
pada tahun 2004 dengan menggunakan sistem PHP (Hypertext
Preprocessor) dan seiring dengan
kemajuan teknologi informasi yang
sangat pesat, sistem tersebut diubah menjadi sistem CMS.
Situs web BB-Biogen mulai
mentargetkan untuk memperbaharui websitenya ke sistem berbasis
CMS (Content Management System) pada tahun 2007, sebagai
tindak lanjut dari pertemuan
“Workshop Pengembangan Website Berbasis CMS dalam Rangka
Penyebaran Teknologi Informasi
Pertanian” yang diselenggarakan
oleh Badan Litbang Pertanian pada
tanggal 5-9 Desember 2006 di
Cibogo-Bogor. Migrasi dilakukan
langkah demi langkah dari tahun
tersebut dan peluncuran perdana
menggunakan sistem ini dilaksana-
Kepala BB-Biogen
Karden Mulya
Redaksi
Widiati H. Adil
Joko Prasetiyono
Tri Puji Priyatno
Ida N. Orbani
Alamat Redaksi
Seksi Pendayagunaan Hasil
Penelitian BB-Biogen
Jl. Tentara Pelajar 3A
Bogor 16111
Tel. (0251) 8337975, 8339793
Faks. (0251) 8338820
E-mail: borif@indo.net.id
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
1
kan pada kegiatan seminar rutin
BB-Biogen pada Rabu, 15 Juni 2009.
Pembukaan dan peresmiannya dilakukan oleh Kepala Balai saat itu,
Dr. Sutrisno dan penyampaian serta
penjelasan tentang situs web BBBiogen yang diberi nama “Biogen
Online” oleh Dani Satyawan, MSc.
CMS adalah sistem manajemen
konten, merupakan sebuah aplikasi
berbasis web yang memiliki sistem
sedemikian rupa sehingga memberikan kemudahan kepada para
pengguna sekaligus juga pengelolanya. CMS telah disepakati bersama
sebagai basis sistem website UK/
UPT lingkup Badan Litbang Pertanian yang telah dirumuskan bersama
dalam bentuk Pedoman dan Standarisasi Website UK/UPT Lingkup
Badan Litbang Pertanian. Ketentuan-ketentuan yang lainnya terkait
dengan pedoman dan standarisasi
website tersebut di antaranya
adalah: tata cara pencantuman logo
Deptan (sekarang Kementan), format standar banner, style, konten
minimum yang harus ada, dan
sebagainya. Meskipun hingga kini
pedoman tersebut belum dikukuhkan secara formal dalam bentuk
Surat Keputusan, namun BB-Biogen
telah memulai mengambil langkah
untuk melakukan pembaharuan
dan disain ulang website yang
mengarah pada ketentuan standar
website Badan Litbang Pertanian.
Website Biogen Online hasil pembaharuan dan disain ulang ini
nantinya diharapkan telah sebagian
besar memenuhi standar website
UK/UPT lingkup Badan Litbang
Pertanian.
CMS yang dipilih sebagai basis
website Biogen Online adalah
program Joomla v1.1.0. Joomla
adalah sebuah sebuah sistem manajemen konten open source yang
handal dan telah banyak digunakan
di dunia, sangat mudah diinstall,
gampang dalam pengelolaannya
serta memiliki kapabilitas yang tinggi untuk keperluan website dari
yang paling sederhana hingga aplikasi website yang kompleks. Beberapa kelebihan penggunaan CMS
sebagai basis website di antaranya:
2
1. Fasilitas modul dan komponen
yang disediakan sangat banyak
dan beragam. Modul-modul tersebut
tinggal
diaktifkan
(diinstall) jika memang diperlukan sebagai salah satu komponen website. Hal ini tentu saja
sangat menghemat waktu dan
tenaga, dibandingkan dengan
apabila kita harus membuat sendiri modul atau komponen tersebut.
tuk waktu beberapa bulan mendatang website Biogen Online memiliki dua alamat situs, yaitu www.
indobiogen.or.id (alamat situs yang
lama) dan www.biogen.litbang.
deptan.go.id (alamat situs yang
menginduk ke domain Badan
Litbang Pertanian). Secara bertahap, nantinya alamat situs Biogen
Online akan beralih sepenuhnya ke
www.biogen.litbang.deptan.go.id.
2. Pengelola website dapat lebih
berkonsentrasi dalam pengelolaan konten, porsi pekerjaan dalam pemrograman akan berkurang sangat jauh. Aplikasi CMS
telah menyediakan antarmuka
(front end) yang sangat komunikatif, baik dalam pengelolaan
konten maupun dalam modifikasi template dan style website.
Isi Biogen Online
3. Banyak pihak dapat dilibatkan
dalam kontribusi konten yang
akan ditampilkan melalui pengelolaan profil user yang beragam,
handal dan aman.
4. CMS Joomla bersifat open
source (public domain), pengguna tidak akan terbebani dengan
biaya sebagaimana aplikasi lainnya yang bersifat licensed.
5. Pengembangan ke depan terhadap aplikasi CMS bersifat dinamis. Telah tersedia forum pengguna Joomla di Indonesia sebagai ajang komunikasi dan diskusi terkait dengan penggunaan
dan pengembangan Joomla.
Sebagai salah satu tindak lanjut
dari upaya standardisasi situs web
yang dikoordinasi oleh Badan
Litbang Pertanian, maka mulai
bulan Juni 2007 situs Biogen Online
telah menginduk pada domain
Badan Litbang Pertanian, dengan
demikian alamat Biogen Online
yang baru adalah www.biogen.
litbang.deptan.go.id. Alamat situs
web yang baru ini telah diaktifkan
sejak 24 Mei 2007 dan masih akan
disosialisasikan mengingat masih
banyak pengunjung website Biogen
Online yang belum mengetahui
perubahan ini. Oleh karena itu, un-
Kalau anda membuka halaman
depan situs Biogen Online maka
anda akan disuguhkan dengan
nuansa warna hijau. Warna hijau ini
merupakan warna khas dari fiturfitur Badan Litbang Pertanian. Tampilan Biogen Online sekarang juga
sebagian juga sudah dalam Bahasa
Inggris sehingga semakin mudah diakses oleh orang luar. Tampilan situs Biogen Online ini telah mengikuti standar/peraturan yang ditetapkan dari Badan Litbang Pertanian seperti kenyamanan pengunjung
situs, besarnya beban pemakaian
bandwidth server, perlunya gaya
(style) yang senada untuk web lingkup Badan Litbang Pertanian untuk
membentuk citra institusi dan promosi keberadaan Badan Litbang
Pertanian ‘brand’.
Informasi yang ditampilkan pada situs Biogen Online terdiri dari
fitur-fitur seperti Beranda, “mesin
pencari/search engine”, Profil BBBiogen, Berita, Hasil Penelitian,
Publikasi, Peneliti dan Jenjang
Fungsional, Hubungi Kami, Peta
Situs, dan Link. Pada menu utama
terdapat pilihan yang terdiri dari
Profil BB-Biogen (meliputi sejarah,
misi dan visi, struktur organisasi, lokasi, fasilitas, dan sumber daya manusia). Pilihan “Penelitian” dibagibagi lagi menjadi Program Penelitian (yang terdiri dari 4 kelompok penelitian), Hasil yang dicapai, Produk
dan Teknologi Unggulan. Layanan
pada situs Biogen Online terdiri dari
Perpustakaan, Kerja Sama, Bank
Gen Plasma Nutfah, Laboratorium
Uji. Daftar peneliti dikelompokkan
menjadi Peneliti Fungsional (yang
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
dibagi menjadi Peneliti Utama,
Peneliti Madya, Peneliti Muda, dan
Peneliti Pertama) serta Peneliti
Nonkelas. Sedangkan web terkait
(link) memberikan informasi tentang alamat-alamat situs pada lingkup Kementerian Pertanian, di luar
lingkup Kementerian Pertanian dan
institusi/lembaga di luar negeri yang
masih berhubungan dengan kegiatan bioteknologi tanaman.
Biogen Online juga menampilkan kalender kegiatan BB-Biogen,
seminar rutin, berita seputar bioteknologi, artikel bioteknologi, event
internasional, dan informasi web
mengenai ketersediaan beasiswa
untuk studi dan training.
Publikasi yang merupakan bagian dari pengembangan perpustakaan elektronik UK/UPT Kementerian Pertanian adalah fitur wajib
untuk website Badan Litbang Pertanian. Fitur ini diletakkan pada
bagian “Informasi” berisi hasil-hasil
penelitian BB-Biogen yang disampaikan dalam jurnal maupun seminar. Publikasi juga berisi artikelartikel dari jurnal dan warta milik
BB-Biogen.
Keanggotaan tim situs BBBiogen terdiri dari pembina, ketua,
sekretaris, dan anggota. Tim situs
BB-Biogen tidak menggunakan tenaga dari luar (outsourcing) untuk
membangun situs webnya, tetapi
memanfaatkan pegawai BB-Biogen
sendiri. Pada periode kali ini,
anggota tim terdiri dari Dr. Karden
Mulya (Pembina); Ir. Widiati H. Adil
MSc (Ketua); Dr. Saptowo J. Pardal,
Hakim Kurniawan, SP., MP; Surya
Diantina, SP (Sekretaris), Habib
Rijzaani, MSc; Dani Satyawan, MSc;
Dr. Toto Hadiarto; Ir. Faizal Abidin;
Dra. Evy Juliantini; dan Ir. Ida N.
Orbani. Format keanggotaan yang
cukup ‘ramping’ ini menyebabkan
seluruh anggota tim harus bekerja
secara efektif. Rapat diadakan
secara rutin paling tidak satu kali
dalam satu bulan dengan agenda
utama perbaikan situs BB-Biogen.
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Kegiatan perbaikan situs BBBiogen terus dilakukan untuk meningkatkan mutu pelayanan serta
penyediaan informasi bagi pengguna. Kegiatan rutin yang dilakukan
oleh tim situs yang paling menonjol
adalah selalu meng’update’ isi dari
berita dan artikel setiap bulannya.
Tim situs juga berusaha terus menerus untuk memperbaiki tampilan.
Salah satu cara yang dilakukan
adalah dengan survei terhadap
pengguna internal (pegawai BBBiogen) untuk memberikan saran
terhadap tampilan yang paling menarik dari pilihan tampilan yang disodorkan kepada pengguna. Keterlibatan pengguna situs BB-Biogen
juga diharapkan melalui masukanmasukan lewat e-mail yang disampaikan melalui administrator situs
(tertera pada halaman situs). Pengguna dapat turut menyebarkan
informasi baik berupa berita maupun artikel ilmiah bioteknologi melalui situs ini dengan ikut menjadi
‘member’ dari situs BB-Biogen. Perbaikan situs BB-Biogen juga dilakukan dengan memberikan informasiinformasi baru seperti ketersediaan
beasiswa dan seminar.
Salah satu cara untuk memperbaiki kualitas situs BB-Biogen
adalah dengan membekali anggota
tim dengan keterampilan mengolah
situs, teruma penggunaan sistem
CMS yang merupakan hal yang baru. Untuk anggota tim situs BBBiogen, pembekalan ini dilakukan
dengan mengikuti kursus pengelolaan situs internet mulai dari
mempelajari Joomla dari cara
instalasi perangkat lunak sampai
dengan cara mengoperasikan sistem ini. Secara periodik, telah dilakukan pembekalan dan pendalaman materi mengenai Joomla kepada tim website BB-Biogen dengan
mengundang nara sumber. Seiring
dengan hal tersebut, dilakukan upaya transformasi website BB-Biogen
ke sistem berbasis CMS. Keterampilan mengolah situs ini diperlukan
agar situs BB-Biogen lebih ‘user
friendly’ dengan tampilan yang menarik dan informatif. Selain itu, anggota tim situs juga diajak untuk
mengikuti seminar-seminar yang
terkait dengan pengelolaan situs
dan perbaikan sistem dan teknologi
informasi.
Peremajaan (update) situs diharapkan bisa dilakukan minimal
setiap bulan. Target ini dapat dicapai karena situs Biogen Online
selalu dievaluasi dari waktu ke
waktu. Untuk meningkatkan kualitas situs web BB-Biogen, target ke
depan adalah meremajakan fiturfitur situs web paling tidak setiap
minggu sekali. Untuk hal ini, tim
situs memerlukan dukungan dari
pengguna, terutama pegawai BBBiogen untuk turut serta mengirimkan berita maupun artikel seputar
bioteknologi dan sumber daya
genetik pertanian.
Bagaimana Cara Mengirim
Artikel?
Semenjak situs web BB-Biogen
dibuat pada tahun 2004 tercatat
sudah dikunjungi sebanyak 77.000
kali. Kalau dirata-rata tiap tahun
situs Biogen Online telah dikunjungi
sebanyak 11.000 kali, atau rata-rata
per harinya sebanyak 30 kali kunjungan. Jumlah ini cukup lumayan.
Situs Biogen juga terbuka untuk
umum di dalam penyebarluasan
informasi bioteknologi. Kalau anda,
teman anda, atau kenalan anda
yang tertarik ingin mengirimkan
artikel tentang bioteknologi/sumber
daya genetik dapat dilakukan
dengan menghubungi administrator
lewat website itu juga. Administrator website akan melakukan verifikasi melalui email, kemudian calon
pengirim artikel akan diberi User ID,
dan password. Setelah itu artikel
tinggal dikirim ke administrator dan
setelah dilakukan beberapa kali
editing artikel sudah bisa dilihat di
dalam website Biogen Online.
Toto Hadiarto/Tim Situs BB-Biogen
3
2
National Focal Point Meeting
of
NISM-GPA,
International
Treaty on PGRFA Workshop diselenggarakan di Chiang Mai pada 6
September 2010. Delegasi Indonesia terdiri atas (1) Kepala BB-Biogen
selaku National Focal Point NISM
dan wakil Indonesia pada CGRFA,
(2) pelaksana/database manager
NISM, (3) wakil tetap Indonesia
pada FAO di Roma, dan (4) Kepala
Bagian Kerja Sama dan Humas/
Sekretariat
Panitia
Pelaksana
ITPGRFA-Governing Body Meeting
ke-4. Jumlah peserta yang hadir
adalah 39 peserta yang terdiri dari
29 orang delegasi dari 18 negara
Asia-Pasific (Bangladesh, Bhutan,
Kamboja, Cina, India, Indonesia,
Jepang, Laos, Malaysia, Mongolia,
Myanmar, Nepal, Pakistan, Filipina,
Korea Selatan, Srilanka, Thailand,
Vietnam) dan 10 orang dari CGIAR,
Global Crop Diversity Trust, Kedubes Jepang, FAO HQ, dan FAO-RAP.
nd
Hasil Pertemuan
Pertemuan dibuka oleh Dr.
Duncan Vaughan (Chief Technical
Adviser GCP/RAS/240/JPN) yang
atas nama DG FAO menyampaikan
ucapan selamat datang dan menjelaskan agenda pertemuan serta
mengarisbawahi perlunya pertukaran pengalaman dalam membangun
NISM-GPA, seperti pertukaran pengalaman dengan Pakistan dalam
membangun kapasitas petani dalam restorasi sumber daya genetik
pascabencana. Dalam pertemuan
tersebut:
1. Mr Masaaki Hirosawa (Sekretaris
I Kedutaan Besar Jepang di
Thailand) menegaskan kembali
bencana alam di samping perubahan iklim merupakan masalah penting yang perlu ditangani
dalam kaitannya dengan ketahanan pangan oleh sebab itu
dalam memutakhirkan rencana
tindak global hendaknya masalah tersebut dipertimbangkan.
2. Dr. Leocadio Sebastian (Regional Director, Bioversity International) dalam makalah kunci-
4
2nd National Focal Point Meeting of
NISM-GPA, International Treaty on PGRFA
Workshop
nya, A Perspective on the Future
Global and Asian PGRFA
Activities, menyampaikan bahwa pusat penelitian pertanian
internasional dan nasional memiliki visi yang sama dalam
menempatkan sumber daya genetik untuk kesejahteraan manusia. Asia, merupakan regional
yang mencakup negara-negara
sebagai pusat keanekaragaman
tanaman dan ternak penting di
dunia, harus memanfaatkan posisi tersebut dalam skenario untuk memegang peran penting
dalam pembangunan pertanian
baik dikaitkan dengan ketahanan pangan maupun antisipasi
perubahan iklim.
3. Bioversity International (BI) menyampaikan kerangka kerjanya
yang menggabungkan konservasi ex situ dan in situ dengan
ekosistem produktif sebagai
pondasi pertanian di masa yang
akan datang. Topik kegiatan BI
saat ini mencakup tiga hal, yaitu
(1) strategi dan teknologi untuk
memperkuat konservasi dan pemanfaatan sumber daya genetik,
(2) sistem informasi global dan
perangkat untuk pertukaran
data, dan (3) kebijakan dan
regulasi yang mendukung dan
secara global mengkoordinasi
strategi dalam konservasi dan
pemanfaatan
sumber
daya
genetik.
4. Dari laporan status pelaksanaan
proyek NISM di masing-masing
negara tercatat bahwa:
a. Peserta proyek GCP/RAS/240/
JPN terbagi atas dua kelompok, yaitu:
i. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu
India, Pakistan, Malaysia,
Thailand, Filipina;
ii. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu
India, Pakistan, Malaysia,
Thailand, Filipina;
iii. Negara yang langsung ikut
pada fase II (2009), yaitu
Laos, Indonesia.
b. Status masing-masing negara
bervariasi.
5. Dr. Chikelu Mba dalam presentasinya The PGRFA continu:
Towards strategies and plans for
national plant breeding capacity
building dan GIPB: An introduction, memperkenalkan Global
Partnership Initiative for Plant
Breeding
Capacity
Building
(GIPB) yang merupakan suatu
upaya untuk membangun kapasitas program pre-breeding dalam bentuk kerja sama lintas
sektoral. Lima poin yang menjadi dasar gerak GIPB adalah
kebijakan, pendidikan dan pelatihan, akses terhadap teknologi,
pertukaran SDGTPP, dan berbagi
informasi. Untuk mewujudkan
hal tersebut, strategi yang diadopsi GIPB adalah menentukan
baseline melalui kapasitas survei
nasional, menentukan pendekatan yang sesuai, menyusun rencana aksi nasional untuk pemanfaatan terbaik bagi SDGTPPnya, dan pembangunan kapasitas untuk meningkatkan efektivitas. Business plan dari GIPB ini
telah didistribusikan ke lebih
dari 90 negara. GIPB juga telah
membentuk
Knowlegde
Research Centre (KRC) yang dapat diakses online sehingga dapat memfasilitasi training prebreeding, selain itu juga ada
beberapa dana kompetitif untuk
kegiatan pre-breeding, sehingga
pengelolaan sumber daya genetik lebih difokuskan kepada komoditas tertentu dan dikaitkan
dengan program pemuliaan,
oleh karena itu program ini
mengharapkan sumber-sumber
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
dana yang ada mendukung
jalannya program tersebut.
4. Pada Minutes of the Steering
Committee Meeting didiskusikan beberapa hal, yaitu:
a. Keberlanjutan NISM setelah
proyek berakhir (September
2011)
Negara-negara yang telah terlibat dalam fase pertama proyek menyampaikan bahwa
informasi cara sukses mengimplementasikan NISM dapat
diakses dari web NISM masing-masing negara, misalkan:
1. Malaysia
memasukkan
NISM ke dalam salah satu
program nasional SDGTPP
sehingga memiliki dukungan kuat baik secara
institusional maupun pendanaannya atau;
2. Thailand mengubah pola
perekrutan stakeholder,
dari perekrutan masal melalui
seminar/workshop
menjadi perekrutan orang
per orang.
3. Bioversity
International
menawarkan untuk memfasilitasi pemberitaan dari
masing-masing negara untuk berbagi informasi
mengenai implementasi
I
nternational
Symposium
on
Sustainable Agricultural Development and Use of Agrobiodiversity in
the Asia Pacific Region diselenggarakan pada tanggal 13-15 Oktober
2010, diikuti oleh 86 peserta yang
berasal dari seluruh region Asia
Pasifik dan Oceania terdiri dari
perwakilan: Asia-Pacific Association
of Agricultural Research Institutions
(APAARI) dan anggota APAARI,
Bioversity International, FAO dan
sekretariat Treaty, lembaga penelitian internasional (IRRI, ICRISAT,
ICARDA, CIMMIT, CIAT, ICRAF,
ILRI), perwakilan dari jejaring kerja
PGR se-Asia Pasifik, NGOs, dan
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
NISM di negara masingmasing dalam APO newsletter atau SAARC newsletter, dan APAARI newsletter.
b. Laporan kemajuan proyek
Hambatan keterbatasan SDM
harus dapat diatasi dengan
perekrutan tenaga honorer
khusus yang menangani data
tersebut, karena memang
membutuhkan waktu yang
cukup lama dan ketelatenan
untuk meningkatkan kualitas
data.
b. Evaluasi proyek
Disarankan untuk ada evaluasi terhadap proyek, namun yang dapat diakukan
bukan evaluasi formal dalam
bentuk meeting, tapi evaluasi
secara online.
Pembelajaran yang Diperoleh
1. Perlu upaya mengarusutamakan
nilai-nilai SDGTPP dalam mencapai tujuan milenium 21, ketahanan pangan, pengentasan
kemiskinan, dan menghadapi
dampak perubahan iklim global.
2. Beranjak dari pengalaman negara yang telah ikut dalam fase I
dan berhasil terus mengelola
SDGTPP pada tahap nasional,
Indonesia perlu segera memper-
kuat komitmen di tingkat nasional atas upaya pengelolaan sumber daya genetik lintas sektoral
dan kementerian.
3. Perlu adanya kajian strategis
atas posisi Indonesia dalam memanfaatkan anggaran nasional
dan internasional untuk kepentingan pengelolaan sumber daya
genetik secara lebih efektif.
4. Berangkat dari poin utama pembelajaran di atas, kiranya Indonesia perlu:
a. Menyusun rencana aksi nasional sumber daya gentik
untuk pangan dan pertanian
dan memperkuat komitmen
antarsektor dalam pengelolaan sumber daya genetik.
Untuk itu, Komisi Nasional
Sumber Daya Genetik perlu
segera membuat persiapan
penyusunan tersebut.
b. Dalam menjaga kelestarian
NISM pascaproyek, perlu kiranya disiapkan upaya untuk
mengkonsolidasikan sistem
yang sudah dibentuk kepada
program nasional pengelolaan sumber daya genetik yang
sudah ada.
Andari Risliawati dan
Karden Mulya
International Symposium on Sustainable
Agricultural Development and Use of
Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region
Lembaga donor/yayasan. Kegiatan
ini disponsori oleh APAARI, Bioversity International dan Rural
Development Administration (RDA),
dan co-sponsor dari lembagalembaga internasional dan Global
Forum on Agricultural Research
(GFAR).
Sebelum simposium diadakan,
para anggota Asia-Pacific Association of Agricultural Research
Institutions (APAARI) (19 anggota),
7 anggota asosiasi, 6 anggota afiliasi, dan 8 anggota resiprokal, yang
merupakan asosiasi regional mengadakan rapat yang bertujuan untuk
memajukan pengembangan NARS
dalam region Asia-Pacific melalui
kerja sama inter-regional dan interinstitutional. APAARI bekerjasama
dengan stakeholders terutama pusat CGIAR, ARIs, GFAR, dan NARS
mereview peranan dan arah pene-
5
litian dan pengembangan pertanian.
Indonesia belum termasuk anggota
asosiasi ini, sehingga dalam diskusi
diharapkan agar lembaga penelitian
lainnya termasuk dalam hal ini
Pemerintah Indonesia dihimbau
agar ikut andil dalam asosiasi ini.
Setelah rapat APAARI, Simposium Pengembangan Pertanian Berkelanjutan dan Pemanfaatan Agrobiodiversity di seluruh Regional Asia
Pasifik dibuka oleh Administrator
Rural Development Administration
(RDA) Dr. Seung-Kyu Min. Pada
kesempatan ini dinyatakan bahwa
simposium ini juga sebagai ajang
perayaan “Tahun Biodiversity” di
mana expert di dunia berbagi ilmu
dan pengalaman untuk mendapatkan cara yang lebih baik dalam
pemanfaatan biodiversity untuk
pengembangan pertanian. Juga
disampaikan bahwa RDA yang telah
membangun Bank Gen mampu
menampung dan melestarikan
500.000 aksesi untuk jangka panjang 100 tahun dan telah menandatangani MoU dengan GCDT dan
Bioversity International sebagai
“World Seed Vault” dan “Center of
Excellence” untuk kerja sama
internasional dan training sumber
daya genetik.
Dr. Raj Paroda sebagai sekretaris eksekutif APAARI menyampaikan bahwa regional Asia Pasifik
yang terbentang dari subregion Asia
Selatan, Asia Tenggara, Asia Timur,
dan
Asia
Pasifik
merupakan
supplier terbesar untuk hasil pertanian dan pangan, dan mencapai
hampir 58% dari populasi dunia,
namun hanya mempunyai 38% dari
daerah pertanian dunia. Namun,
Asia Pasifik masih mempunyai keuntungan karena merupakan pusat
keanekaragaman dari banyak spesies tanaman, ternak, dan pohon
hutan. Keragaman genetik ini merupakan bahan penting dalam perbaikan tanaman dan ternak baik
dengan pemuliaan konvensional
maupun bioteknologi. Ditandaskan
bahwa simposium internasional
akan memberikan kesempatan bagi
stakeholders dalam region Asia
Pasifik untuk mereview, identifikasi,
6
dan menyusun kembali peranan
dan arah penelitian dan pengembangan terutama dalam konteks
konservasi melalui pemanfaatan
agrobiodiversity yang sangat bermanfaat bagi pengembangan pertanian berkelanjutan. Dalam pencapaian Millennium Development
Goals (MDGs), terutama dalam
pengentasan kemiskinan, penjaminan keberlanjutan ketahanan pangan dan lingkungan, mencegah
berkurangnya atau terjadinya erosi
sumber daya alam bersamaan dengan adanya skenario perubahan
iklim, merupakan tantangan besar
bagi para perencana dan ahli pertanian.
Director General, Bioversity
International, Dr. Emile Frison menandaskan pentingnya peranan
agrobiodiversity dalam pencapaian
pengembangan berkelanjutan pada
region Asia Pasifik.
Dalam simposium diusulkan
beberapa penelitian agrobiodiversity, kerangka kerja pengembangan
dan pengelolaan pada region Asia
Pasifik bertujuan memberikan tuntunan untuk negara yang berbeda
dalam hal kemungkinan pendekatan strategis, area penelitian, pengembangan dan pengelolaan, dan
kerja sama regional sehingga agrobiodiversity akan dapat mendukung
pengembangan pertanian berkelanjutan bagi region. Kontribusi dari
agrobiodiversity dalam menjamin
pertanian yang produktif dan berkelanjutan tetap merupakan hal
vital bagi ketahanan pangan. Tersedianya sumber daya genetik merupakan hal paling penting dalam peningkatan produktivitas. Sebagaimana pentingnya biodiversity untuk
meningkatkan hasil dalam mengamankan ketahanan pangan, demikian juga sama pentingnya untuk
meningkatkan kualitas ketersediaan
dalam hal produksi yang berkelanjutan, nutrisi, kualitas hasil, diversifikasi produk, dan keamanan pangan.
Dalam menghadapi tantangan
perubahan iklim akan memerlukan
akses yang lebih besar dari varietas
yang beragam sehingga dapat
membantu para petani dalam memilih varietas berkenaan dengan
kekeringan dan banjir pada iklim
yang tidak bersahabat. Untuk mendapatkan sumber gen yang beragam, memerlukan peralatan dengan
inovasi
baru
seperti
Geographic Information System
(GIS), teknologi dan pendekatanpendekatan untuk konservasi dan
pemanfaatannya.
Berdasarkan pengalaman yang
lalu, kerja sama yang diinginkan antara lembaga CGIAR, NARS, regional fora dan seluruh stakeholders
adalah sebagai berikut:
1. Pendekatan yang terintegrasi seperti farming system akan secara nyata lebih berhasil dalam
jangka panjang karena menyertakan tanaman pertanian, mikroba, ternak, ikan, dan kehutanan,
dan menggabungkan penelitian
pada genetik, agronomi, biologi,
sosio-kultural, dan aspek ekonomi.
2. Pendekatan yang terintegrasi
akan mendukung pengembangan rencana-rencana nasional
dan jejaring regional yang tidak
hanya pada komoditas utama
yang berperan pada ketahanan
pangan, tetapi juga pada tanaman-tanaman lain, ternak, dan
sumber-sumber kelautan yang
sama pentingnya untuk meningkatkan pangan, keamanan
nutrisi, perbaikan kualitas, dan
adaptasi terhadap perubahan
iklim.
3. Pendekatan yang membawa
lembaga/organisasi yang berbeda dan penduduk lokal bekerjasama secara bermitra untuk kegiatan bersama membangun sistem kepercayaan dan spesialisasi daerah masing-masing. Keadaan seperti ini akan membawa respon yang cepat dan perkembangan yang tidak terduga
dalam pemahaman yang beragam dan peningkatan pemanfaatan melalui penelitian terapan; strategi dan teknologi konservasi; informasi dan dokumen-
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
tasi; peningkatan kapabilitas, kepedulian masyarakat; analisis
ekonomi; pengetahuan tradisional (traditional knowledge) dan
kebijakan yang didasarkan pada
ilmu pengetahuan.
Tiur S. Silitonga
K
entang merupakan tanaman
sayuran penting di India,
Banglades, dan Indonesia. Penyakit
busuk atau hawar daun (late blight)
yang disebabkan oleh cendawan
Phytophthora infestans merupakan
salah satu penyakit utama yang
menyerang pertanaman kentang di
seluruh dunia termasuk Amerika
Serikat, Banglades, India, dan
Indonesia. Di samping itu, keragaman genetik yang tinggi dari P.
infestans menyebabkan ketahanan
varietas menjadi cepat terpatahkan.
Kerugian yang ditimbulkan akibat
penyakit ini dapat mencapai 100%
gagal panen pada tanaman kentang
yang peka, terutama pada musim
penghujan dengan kelembaban
yang tinggi.
Gen ketahanan cendawan
patogen terhadap penyakit hawar
daun (P. infestans), berhasil diisolasi dari Solanum bulbocastanum
oleh tim peneliti dari University of
Wisconsin, Amerika Serikat. Perakitan kentang produk rekayasa genetik (PRG) tahan P. infestans menggunakan gen RB berhasil dilakukan
melalui teknik rekayasa genetik dengan Agrobacterium tumefaciens,
juga oleh tim peneliti dari University
of Wisconsin. Varietas kentang yang
digunakan adalah Katahdin, yang
telah diuji ketahanannya di laboratorium dan menunjukkan tahan terhadap P. infestans. Di samping itu,
diuji ketahanannya di lapangan
terbatas selama dua tahun di
Minnesota, Wisconsin, dan di
International Potato Late Blight
Testing Program Toluca, Mexico,
(PICTIPAPA). Pada tahun 2004 kentang PRG tersebut juga diuji di negara bagian Washington. Hasil
pengujian di berbagai daerah dari
berbagai negara bagian tersebut
menunjukkan bahwa gen RB yang
berada di dalam kentang PRG varietas Katahdin dapat mengendalikan
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
The ABSPII–LBR Potato Partners Meeting
penyakit hawar daun (P. infestans)
pada awal musim (early-season),
tetapi tidak mengendalikan P.
infestans pada akhir musim (lateseason).
Di Indonesia, perakitan kentang
transgenik dilakukan di Balai Besar
Litbang Bioteknologi dan Sumber
Genetik Pertanian (BB-Biogen) dan
Balai Penelitian Tanaman Sayuran
(Balitsa). BB-Biogen melakukan
transformasi gen RB melalui A.
tumefaciens pada kentang varietas
Granola. Sedangkan persilangan
kentang Katahdin transgenik SP951
dan SP904 dengan kentang varietas
Granola dan Atlantic dilakukan oleh
BB-Biogen dan Balitsa. Klon hasil
persilangan dan transformasi telah
diuji secara molekuler dengan PCR
untuk menunjukkan keberadaan
gen RB. Klon-klon yang positif PCR
diuji ketahanannya terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di lapangan uji terbatas (LUT) pada
tahun 2008 di Pasirsaronge dan
2009 di Balitsa, Lembang. Hasil
pengujian menunjukkan ada beberapa klon hasil persilangan dan
transformasi yang tahan terhadap P.
infestans.
Dalam rangka menindaklanjuti
perkembangan dan status penelitian perakitan kentang transgenik
tahan penyakit hawar daun (P.
infestans) di tiga negara, ABSPII
India meyelenggarakan the ABSPII–
LBR Potato Partners Meeting pada
tanggal 2-4 November 2010 di Hotel
Radison, Dhaka, Banglades. Pertemuan dihadiri oleh perwakilan dari
lima negara, yaitu Amerika Serikat
yang diwakili oleh Cornell University
dan University of Minnesota, Banglades dari Bangladesh Agricultural
Research Institute (BARI), Filipina
diwakili
oleh
University
of
Philiippiines at Los Banos (UPLB),
India diwakili oleh Center of Potato
Research Institute (CPRI) dan Sath
Guru, dan Indonesia diwakili oleh
BB-Biogen.
Tujuan
pertemuan
adalah untuk membahas perkembangan penelitian perakitan kentang transgenik tahan penyakit hawar daun (P. infestans) di Banglades, India, dan Indonesia.
Topik yang dipresentasikan dan
dibahas dalam pertemuan adalah
LBR potato project progress report
by CPRI, India; LBR potato project
progress report by ICABIOGRAD,
Indonesia; LBR potato development
progress at University of Minnesota;
LBR potato project progress report
in BARI, Bangladesh; integrated disease management (IDM) with focus
on LBR potato; strategic discussions
on Integrated disease management
(IDM), durable resistance management and gene stacking for second
generation product; discussion on
trait performance monitoring and
biosafety dossier development and
compilation; recommendations dan
penutupan pertemuan. Pertemuan
menghasilkan rekomendasi bagi
Banglades, India, dan Indonesia.
Rekemondasi tersebut tercantum
dalam uraian di bawah ini.
Recommendations for ABSPII
Late Blight Resistant Potato
Project
A. Product Definition
1. The chosen event across the
ABSPII region is SP951.
2. The
transgenic
product
should possess at least 10%
late season disease susceptibility that will require at least
1 fungicide application under
natural late blight infestation.
7
3. The transgenic product under
late blight pressure should
provide at least 40% reducetion in fungicide application.
4. The
transgenic
product
should provide a substantial
yield increase under natural
late blight pressure.
5. The RB gene should be used
in combination with native R
genes to sustain durability of
RB gene?
B. Regulatory Requirements
1. Molecular Characterization
● Southern Blot
● Northen Blot
● Flanking DNA and insert
DNA sequence from SP951
● Gene expression data
● Quantification
of
RB
protein in tissues of potato
derived from transformation event SP951
● Chromosomal location of
the transgenic locus in
Event 3272 maize
2. Environmental Safety Assessment
● Unintended effects (nontarget)
● Baseline
population
studies of the pathogen
● Aggressiveness
and
weediness studies
● Pollen flow (gene flow)
ARTIKEL
K
edelai (Glycine max) merupakan tanaman berprotein tinggi
yang memerlukan nitrogen lebih
tinggi dibandingkan dengan tanaman lainnya. Diperkirakan setiap ton
benih kedelai memerlukan sekitar
100 kg N (nitrogen) untuk memproduksinya. Tanaman kedelai umumnya memperoleh nitrogen dari
tanah, pupuk, dan atmosfir melalui
fiksasi nitrogen dalam asosiasi sim-
8
● Stability of RB gene expression over multiple generation in potato derived
from event SP951
3. Food and Feed Safety Assessment
● Substansially equivalent/
Compositional analysis of
transgenic potato event
SP951
◊ Proximate
◊ Mineral
◊ Amino acids
◊ Fatty acids
◊ Vitamins
● Toxicity assssment:
◊ Assessment of amino
acid sequence homology with known toxins
◊ Acute oral toxicity study
in mice
● Allergenicity assessment
◊ Assessment of amino
acid sequence homology
with
known
allergens
◊ Evaluation of transgenic
potato event sp951 in
broiler chickens
◊ Effect of temperature on
the stability of RB
protein
● Clone the cDNA and
sequence
● Overlapping RT-PCR of the
coding region
2. Synthesizing the DNA expression vector
3. Protein expression and purification (yeast or baculovirus)
D. Agronomical
Performance
Studies and Variety Approval
1. Efficacy of disease resistance
2. Horticultural performance
● Tuber characterization
● Yield
● Quality
E. Integrated
ment:
Disease
Manage-
1. Pathogen population characterization
● Genotypic
● Phenotypic
2. Disease forecasting
● Timing
of
fungicide
application
● Quantity of fungicide use
● Complementing host resistance
3. Sanitation
Disease indexing for virus free
material.
C. RB Pure Protein Studies
1. Identify the sequence of the
transcribed message
A. Dinar Ambarwati dan M. Herman
Kedelai Penghasil Hipernodul dan
Supernodul: Kedelai Ramah Lingkungan
biosis dengan rhizobium. Oleh karena itu mineral nitrogen, strain
rhizobium, dan tanaman kedelai
merupakan faktor utama yang
mempengaruhi fiksasi N dalam
simbiosis rhizobium-kedelai.
Pemberian pupuk N baik dari
segi cara dan dosisnya dalam upaya
meningkatkan produksi biji kedelai
telah lama dipelajari. Pemberian
pupuk N pada konsentrasi tinggi
cenderung tidak efisien lagi dalam
usaha meningkatkan produktivitas
kedelai. Demikian juga pemberian
pupuk N dalam dosis rendah, tidak
mendorong pembentukan nodul
dan bahkan menurunkan fiksasi N
pada tanaman kedelai. Bertitik
tolak dari kesulitan tersebut, maka
pemanfaatan simbiosis mutualisme
antara kedelai-rhizobium dalam pe-
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
ningkatan fiksasi N menjadi incaran
yang lebih menjanjikan. Diketahui
bahwa inokulasi rhizobium tanpa
pemberian pupuk N dapat memberikan hasil biji kedelai lebih tinggi
dibandingkan dengan aplikasi pupuk N sebanyak 75 kg/ha. Ada pendapat lain mengatakan bahwa fiksasi N pada fase pengisian polong
kedelai, lebih memacu peningkatan
hasil biji daripada asimilasi N itu
sendiri. Beberapa peneliti sepakat
bahwa pemberian pupuk N tidak
penting lagi dalam usaha peningkatan produksi kedelai dan efisiensinya. Pemanfaatan BNF (biological
fixation) dipandang lebih ramah
lingkungan dan menjanjikan dalam
upaya meningkatan produktivitas
kedelai.
Dengan adanya simbiosis kedelai-rhizobium, menjadikan nodul sangat penting dalam proses fiksasi N.
Salah satu rhizobium yang bersimbiosis dengan tanaman kedelai
adalah Bradyrhizobium japonicum.
B. japonicum menunjukkan variasi
yang tinggi dalam segi keefektifan
mengikat N dalam asosiasinya dengan kedelai. Fiksasi N ini sering
juga dikaitkan dengan kondisi “akar
dan nodul kedelai yang rusak”.
Keuntungan yang dapat diambil
dari nodul kedelai “rusak” tersebut
adalah jenis kedelai yang spesifik
tersebut dapat diperoleh dengan sengaja melalui pembentukan varietas unggul baru, yaitu kedelai penghasil hipernodul dan supernodul.
Kedelai mutan penghasil nodul
“abnormal” tersebut dapat diisolasi
dari populasi kedelai normal melalui mutagenesis baik fisik ataupun
kimia. Kalau kedelai penghasil
hipernodul mampu menghasilkan
jumlah nodul 2-4 kali lipat dari padi
kedelai normal, namun kedelai
supernodul dapat menghasilkan
nodul lebih dari 10 kali dari kedelai
normal. Kedelai supernodul ini
menghasilkan jumlah nodul lebih
banyak dan terus berkembang meskipun ada pasokan N yang tinggi di
lingkungan tumbuhnya.
Beberapa tanaman penghasil
supernodul dan hipernodul juga telah berhasil diisolasi dari tanaman
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
kacang-kacangan, seperti kacang
polong (Pisum sativum), kacang
tanah (Phaseolus vulgaris), dan
alfalfa (Medicago). Kelompok ilmuwan sebelumnya telah berhasil
menghasilkan kedelai mutan supernodul/hipernodul
dari
kultivar
‘Bragg’
(Australia),
kultivar
‘Williams’ (Australia), dan kultivar
‘Enrey’ (Jepang). Nodul yang dihasilkan oleh kedelai mutan supernodul dan hipernodul tumbuh di
wilayah yang luas di bagian akar.
Beberapa mutan kedelai supernodul yang dihasilkan dari kultivar
Bragg mampu menghasilkan nodul
dalam nitrat (NO3), yang digambarkan sebagai supernodulator atau
mutan toleran nitrat. Mutan ini bisa
menghasilkan sampai 10 kali jumlah nodul jenis liarnya dan meningkat fiksasi N. Jenis lain kedelai
supernodul menunjukkan 20 kali
berat nodul dibandingkan dengan
kultivar komersial, termasuk jumlah
dan berat keringnya. Namun sebagian penelitian dari kedelai hipernodul dan supernodul memberikan
hasil biji yang lebih rendah daripada
kedelai normal.
Di Korea Selatan, kedelai penghasil supernodul (SS2-2) berhasil diisolasi dari kedelai liarnya, Sinpaldalkong 2 yang dimutasi dengan
menggunakan EMS (ethyl methane
sulfonate). Kedelai supernodul SS22 menghasilkan jumlah nodul sekitar 20 kali lebih banyak dari kedelai normalnya, dan tanamannya
lebih pendek dengan total berat kering yang tidak berbeda nyata dari
kedelai liarnya. Meskipun demikian,
hasil biji kedelai supernodul SS2-2
lebih rendah daripada kedelai liarnya jika diinokulasi dengan B.
japonicum. Ada indikasi bahwa
SS2-2
aktivitas asetilen reduksi (acetylene
reduction activity) lebih tinggi dari
Sinpaldalkong 2, yang berarti fiksasi
N pada kedelai supernodul SS2-2 lebih tinggi daripada kedelai normal.
Yang lebih menarik lagi, nodul ontogeni kedelai supernodul SS2-2 lebih
cepat daripada kedelai normal yang
berimplikasi pada pertumbuhan
jumlah nodul yang melebihi normal. Kelebihan kedelai supernodul
SS2-2 adalah jumlah massa nodul
yang lebih tinggi daripada kedelai
liarnya, walaupun tanpa suplemen
N. Berdasarkan uji heterozigot dengan X2 pada progeni F2 hasil persilangan antara SS2-2 dengan kedelai liarnya, perbandingan antara galur normal dan supernodul adalah 3
dibanding 1 yang menunjukkan
bahwa gen yang mengontrol supernodulasi adalah gen tunggal resesif.
Evaluasi mutan kedelai hipernodul/supernodul lain di lapang juga telah dilaporkan pada studi sebelumnya, dengan melibatkan mutan dari kultivar kedelai Bragg dan
Williams, yang menunjukkan bahwa supernodulators dapat tumbuh
baik dan vigornya sangat bagus sebagimana kultivar liarnya, seperti
supernodulators ekstrim (nts382,
nts1007, mutan Bragg). Mutan kedelai supernodul juga menunjukkan
aktivitas yang lebih tinggi dalam
fiksasi N dibandingkan dengan kultivar komersial (Bragg, Centaur,
Manark). Dalam percobaan dengan
teknik grafting, mutan hipernodul/
supernodul dicirikan oleh jumlah
nodul yang lebih besar, berat kering
nodul akar, dan fiksasi nitrogen
lebih tinggi dari jenis liar. Dari persilangan kedelai supernodul, nts382
dan non nodulasi, yang menghasilkan mutan nod49 dapat diketahui
Sinpaldalkong 2
Gambar 1. Tipe nodul pada kedelai supernodul (SS2-2) dan kedelai normal (Sinpaldalkong 2).
9
A
A
B
B
C
C
Gambar 2. Tahap perkembangan supernodul di kedelai mutan SS2-2 pada pengamatan penampang nodul yang dipotong secara melintang. Panah menunjukkan pekembangan meristem primer berkembang pada gambar A, meristem sekunder pada gambar
B (panah), dan hubungan daerah meristematik primer dan sekunder (panah) dan
awal dimulainya diferensiasi nodul akar (kepala panah) di gambar C.
bahwa kedua mutan diputuskan
ikatannya dan bersegregasi secara
independen, yang memberi petunjuk bahwa kedelai berperilaku
sebagai organisme diploid sebenarnya.
Semua kedelai mutan tersebut
dapat bermanfaat untuk menganalisis mekanisme pembentukan nodul, dan dianggap memiliki potensi
agronomi tinggi dalam kondisi pertumbuhan tertentu. Kedelai hiper-
K
edelai merupakan sumber protein nabati utama. Kebutuhan
Indonesia akan kedelai sangat tinggi mencapai 2,2 juta ton per tahun,
dan 75% di antaranya masih bergantung pada impor, terutama dari
Amerika Serikat dan negara-negara
Amerika Latin. Ketergantungan
akan kedelai impor sangat terkait
dengan rendahnya produksi kedelai
Indonesia dan preferensi masyarakat terhadap kedelai impor. Keengganan masyarakat untuk menanam dan menggunakan kedelai lokal, serta kecederungannya memilih kedelai impor mengancam kelestarian kedelai lokal. Padahal
plasma nutfah lokal biasanya memiliki keunggulan tersendiri, misalnya sebagai sumber gen terhadap
suatu karakter tertentu seperti ketahanan terhadap hama dan penyakit. Selain itu kedelai lokal sudah
teradaptasi terhadap lingkungan
agroekosistem di Indonesia sehingga sangat potensial untuk dikembangkan.
10
nodul/supernodul ini mungkin tidak
hanya sebagai materi biologi yang
unik untuk mempelajari kontribusi
faktor tanaman inang dalam proses
pembentukan nodul akar, tetapi
juga dapat menjadi plasma nutfah
dalam program pemuliaan untuk
perbaikan nodul akar dan fiksasi
nitrogen yang lebih ramah lingkungan. Diharapkan kedelai hipernodul/
superodul dapat sebagai sumber
elemen nitrogen untuk keberhasil-
an penanaman. Di beberapa negara
maju, program pemuliaan kedelai
dititkberatkan pada penghasilan kedelai unggul baru yang mempunyai
kemampuan nodulasi fiksasi N lebih tinggi. Meskipun hasil kedelai
supernodul rendah dan tidak menarik secara komersial, namun mereka berguna sebagai penyedia N
dalam sistem pola tanam. Hal tersebut disebabkan oleh kemampuan
kedelai hipernodul/supernodul yang
lebih tinggi dalam fiksasi N memungkinkan kedelai hipernodul/
supernodul mampu menyediakan N
tanah untuk pola tanam tumpangsari atau tanaman subsekuen dengan tanaman serealia. Dengan pertimbangan ukuran dan tanaman
supernodul yang pendek dibandingkan dengan tanaman kedelai normal, melalui pola penanaman
dengan kerapatan tinggi, maka hasil
biji kedelainya akan melebihi hasil
panen kedelai normal.
Puji Lestari
Melihat Keragaman Kedelai Berdasarkan
Profil DNA-nya
Terkait dengan hal tersebut
maka plasma nutfah kedelai harus
dilestarikan sebagai upaya untuk
menjaga keberadaan sumber gen
berbagai karakter penting yang
mungkin akan sangat diperlukan
untuk pengembangannya dalam
lingkungan dan iklim yang terus
berubah. Saat BB-Biogen memiliki
koleksi sebanyak aksesi kedelai
yang terdiri atas kedelai lokal,
varietas unggul, varietas introduksi,
dan galur-galur harapan potensial.
Koleksi tersebut dikonservasi secara ex situ dan terhadap koleksi
tersebut dilakukan serangkaian proses kegiatan rejuvenasi, karakterisasi, evaluasi, dan penyimpanan
dan pemeliharaan benih dalam
bank gen.
Karakterisasi dan analisis keragaman genetik merupakan ke-
giatan utama untuk mencapai efektifitas dalam pengelolaan sumber
daya genetik. Karakterisasi yang
meliputi kegiatan pencatatan terhadap karakter yang diwariskan
memberikan deskripsi dari setiap
aksesi plasma nutfah yang dikoleksi. Karakterisasi yang memadai
bermanfaat dalam diskriminasi
antar aksesi, deteksi duplikasi dan
pemantauan integritas genetik. Sedangkan analisis keragaman genetik memberikan informasi mengenai kisaran jarak genetik dan hubungan kekerabatan yang ada di
dalam koleksi. Pendugaan keragaman genetik berguna dalam monitoring erosi genetik, pembentukan
subset untuk menyusun koleksi inti
(core collection), seleksi calon tetua
dan untuk pengembangan strategi
konservasi in situ dan konservasi
lekat lahan (on farm).
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Kegiatan karakterisasi terhadap
plasma nutfah kedelai koleksi BBBiogen telah secara rutin dilakukan
terutama terhadap karakter morfologi dan agronominya. Karakterisasi
sifat fenotipik merupakan karakterisasi yang sederhana dan tidak
tergantikan, akan tetapi karakter ini
sangat rawan oleh terjadinya bias
oleh faktor lingkungan. Karakter
molekuler lebih stabil dan tidak
terpengaruh lingkungan sehingga
karakterisasi molekuler dipandang
lebih objektif dan akurat. Pemanfaatan marka molekuler sebagai pelengkap karakterisasi fenotipik berguna dalam mendukung efisiensi
dalam pelestarian, pengelolaan,
dan perlindungan plasma nutfah
serta upaya pemanfaatannya dalam
pengembangan varietas.
Di BB-Biogen analisis sidik jari
DNA sebagai bentuk dari karakterisasi molekuler pada tanaman
kedelai telah dimulai pada tahun
2004. Pada tahun tersebut sebanyak
96 aksesi kedelai dianalisis dengan
10 marka SSR, kemudian diteruskan
pada tahun 2007 sebanyak 50 aksesi. Dari kedua penelitian tersebut
diketahui adanya keragaman genetik yang tinggi pada plasma nutfah
kedelai yang dapat dijadikan dasar
perbaikan varietas. Pada tahun 2008
kegiatan analisis sidik jari DNA kedelai dilakukan terhadap 96 aksesi
plasma nutfah kedelai dengan
menggunakan 10 marka SSR. Ke-96
akesi tersebut terdiri atas varietas
unggul nasional, varietas lokal, varietas introduksi dan galur harapan
(Gambar 1).
Kegiatan analisis sidik jari DNA
yang dilakukan meliputi serangkaian kegiatan yang diawali dengan
ekstraksi DNA dari sampel daun
dan dilanjutkan dengan proses
penggandaan sekuen fragmen DNA
dengan program PCR dan deteksi
fragmen hasil PCR dilakukan secara
multiplek pada mesin Genetic
Analyzer CEQ 8000. Skoring dan koleksi data dilakukan dengan menggunakan program yang terdapat pada mesin tersebut, sedangkan analisis statistik dilakukan dengan menggunakan piranti lunak Power
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Galur
Introduksi
Varietas lokal
VUN
Tidak
Gambar 1. Komposisi aksesi kedelai yang digunakan dalam analisis sidik jari DNA tahun 2008.
2.B01_01010200D4
40000
35000
114
Satt177
30000
25000
289
Satt294
20000
15000
110
Satt177
10000
108
Satt177
5000
112
Satt177
176
Satt009
174
Satt009
170
Satt009
168
Satt009
164
Satt009
162
Satt009
178
160 Satt009
Satt009
287
Satt294
291
Satt294
285
Satt294
283
Satt294
0
0
50
100
150
200
Size (nt)
250
300
350
Gambar 2. Hasil deteksi mesin terhadap DNA salah satu aksesi kedelai yang dianalisis dengan
4 primer SSR.
II
III
I
= kedelai
IV
Gambar 3. Hasil pengelompokan 96 Aksesi kedelai yang dianalisis dengan menggunakan 10
primer SSR.
Marker untuk mengetahui besarnya
keragaman genetik dan hubungan
antar aksesi.
Hasil penggandaan fragmen
DNA oleh primer terdeteksi oleh
mesin pembaca CEQ Genetic
Analyzer tampak sebagai grafik
sinyal fluorescent dengan ukuran
tertentu seperti pada (Gambar 2).
Pada gambar tersebut terlihat sebuah layar dengan empat puncak.
Puncak-puncak tersebut adalah
11
merupakan representasi dari fragmen DNA hasil PCR. Setiap puncak
dengan warna tertentu menggambarkan alel yang dihasilkan oleh
satu primer tertentu.
Penggandaan dengan primer
SSR menghasilkan tipe lokus tunggal dengan variasi alel. Suatu primer
dapat menghasilkan alel dengan
ukuran yang bervariasi dan setiap
ukuran alel tersebut dianggap sebagai sebuah marka atau karakter
molekuler dari aksesi yang dianalisis. Dengan demikian pada suatu
aksesi yang dianalisis akan diperoleh sejumlah data karakter molekuler sesuai dengan jumlah primer
yang digunakan. Sebagaimana karakter morfologi, karakter molekuler juga bervariasi dalam hal kisaran
keragaman dan kemampuannya
dalam membedakan antar aksesi.
Ada primer yang mampu menghasilkan karakter yang bisa memberikan penciri dan pembeda antar
aksesi yang disebut sebagai primer
yang polimorfis, dan adapula primer
yang tidak bisa menghasilkan karakter pembeda antar aksesi dalam
populasi yang diteliti, yang dinamakan sebagai primer yang monomorfis. Berdasarkan dari kemampuannya membedakan antar aksesi,
suatu primer dapat dikategorikan
sebagai primer yang memiliki polimorfisme yang tinggi atau rendah.
Pada penelitian ini kesepuluh
primer yang digunakan mampu
12
menghasilkan sebanyak 153 alel.
Masing-masing primer menghasilkan alel sebanyak 5-31 alel dengan
rata-rata 15,3 alel. Jumlah alel terbanyak terdeteksi oleh primer SATT
009, yaitu sebanyak 31 alel. Sedangkan jumlah alel paling sedikit terdeteksi oleh primer SATT 177 dan
SATT 147, yaitu sebanyak 5 alel. PIC
(polymorphism
information
content) yang merupakan refleksi
dari nilai frekuensi dan keragaman
alel memiliki rerata sebesar 0,4594.
Keragaman alel merupakan gambaran dari keragaman genetik dari
sekelompok aksesi yang dianalisis.
Dengan demikian dari hasil analisis
sidik jari kedelai ini telihat bahwa
aksesi kedelai yang dianalisis cukup
beragam. Di antara alel-alel tersebut terdapat 35 alel jarang, yaitu alel
yang kemunculannya pada aksesiaksesi kurang dari 5%. Keberadaan
alel jarang ini patut diperhatikan
karena bisa dijadikan sebagai penciri spesifik dari aksesi yang memilikinya dan bisa ditelusur mengenai
kemungkinan keterkaitannya dengan suatu sifat tertentu.
Analisis
gerombol
(cluster
analisys) yang dilakukan dengan
program Power Maker mengelompokkan aksesi-aksesi kedelai dalam
empat kelompok besar. Tiga kelompok di antaranya merupakan
kelompok yang masing-masing didominasi oleh kedelai introduksi,
varietas lokal, dan galur harapan.
Cluster I ditandai oleh aksesi kede-
lai introduksi, cluster II didominasi
oleh galur harapan, cluster III berisi
varietas lokal dan galur harapan,
sedangkan cluster IV berisi berbagai
macam aksesi dari galur harapan,
varietas introduksi, maupun varietas
lokal.
Tidak ada kecenderungan pengelompokan berdasarkan wilayah
asal atau kelompok tanamannya.
Kedekatan hubungan antar kelompok aks
BIOGEN
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
Vol. 6, No. 3, Desember 2010
BERITA UTAMA
T
anggal 3 Desember 2010 merupakan hari bersejarah bagi tim
situs BB-Biogen. Di sela-sela acara
Rapat Kerja Badan Litbang Pertanian di Jakarta, situs Biogen terpilih
sebagai juara 2 dalam lomba Situs
Website lingkup Badan Litbang Pertanian. Tim situs BB-Biogen (Biogen
online) terpilih sebagai juara di
antara 13 situs Balai Besar/Puslit seLitbang Pertanian. Merupakan sebuah kebanggaan tersendiri semenjak situs Biogen online ini dilaunching untuk pertama kalinya
pada tahun 2004.
Warta
Biogen
Penanggung Jawab
ISSN 0216-9045
http://biogen.litbang.deptan.go.id: Juara Dua
Situs Terbaik Tingkat Litbang Pertanian
Sejarah Situs Biogen Online
Awal pembuatan situs web di
BB-Biogen merupakan tindak lanjut
dari kebijakan pemerintah melalui
Inpres No. 3 Tahun 2003, 9/6/2003
mengenai Kebijakan dan Strategi
Nasional Pengembangan E-government merupakan penyelenggaraan
pemerintahan yang berbasis (menggunakan) elektronik untuk meningkatkan kualitas layanan publik
secara efektif dan efisien. Jaringan
informasi Badan Litbang Pertanian
memiliki tujuan: menyebarluaskan
informasi litbang, meningkatkan efisiensi dalam komunikasi, meningkatkan kinerja manajemen dan
meningkatkan kompetensi SDM.
Penyampaian informasi melalui
media internet diawali dengan
pembuatan situs web BB-Biogen
pada tahun 2004 dengan menggunakan sistem PHP (Hypertext
Preprocessor) dan seiring dengan
kemajuan teknologi informasi yang
sangat pesat, sistem tersebut diubah menjadi sistem CMS.
Situs web BB-Biogen mulai
mentargetkan untuk memperbaharui websitenya ke sistem berbasis
CMS (Content Management System) pada tahun 2007, sebagai
tindak lanjut dari pertemuan
“Workshop Pengembangan Website Berbasis CMS dalam Rangka
Penyebaran Teknologi Informasi
Pertanian” yang diselenggarakan
oleh Badan Litbang Pertanian pada
tanggal 5-9 Desember 2006 di
Cibogo-Bogor. Migrasi dilakukan
langkah demi langkah dari tahun
tersebut dan peluncuran perdana
menggunakan sistem ini dilaksana-
Kepala BB-Biogen
Karden Mulya
Redaksi
Widiati H. Adil
Joko Prasetiyono
Tri Puji Priyatno
Ida N. Orbani
Alamat Redaksi
Seksi Pendayagunaan Hasil
Penelitian BB-Biogen
Jl. Tentara Pelajar 3A
Bogor 16111
Tel. (0251) 8337975, 8339793
Faks. (0251) 8338820
E-mail: borif@indo.net.id
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
1
kan pada kegiatan seminar rutin
BB-Biogen pada Rabu, 15 Juni 2009.
Pembukaan dan peresmiannya dilakukan oleh Kepala Balai saat itu,
Dr. Sutrisno dan penyampaian serta
penjelasan tentang situs web BBBiogen yang diberi nama “Biogen
Online” oleh Dani Satyawan, MSc.
CMS adalah sistem manajemen
konten, merupakan sebuah aplikasi
berbasis web yang memiliki sistem
sedemikian rupa sehingga memberikan kemudahan kepada para
pengguna sekaligus juga pengelolanya. CMS telah disepakati bersama
sebagai basis sistem website UK/
UPT lingkup Badan Litbang Pertanian yang telah dirumuskan bersama
dalam bentuk Pedoman dan Standarisasi Website UK/UPT Lingkup
Badan Litbang Pertanian. Ketentuan-ketentuan yang lainnya terkait
dengan pedoman dan standarisasi
website tersebut di antaranya
adalah: tata cara pencantuman logo
Deptan (sekarang Kementan), format standar banner, style, konten
minimum yang harus ada, dan
sebagainya. Meskipun hingga kini
pedoman tersebut belum dikukuhkan secara formal dalam bentuk
Surat Keputusan, namun BB-Biogen
telah memulai mengambil langkah
untuk melakukan pembaharuan
dan disain ulang website yang
mengarah pada ketentuan standar
website Badan Litbang Pertanian.
Website Biogen Online hasil pembaharuan dan disain ulang ini
nantinya diharapkan telah sebagian
besar memenuhi standar website
UK/UPT lingkup Badan Litbang
Pertanian.
CMS yang dipilih sebagai basis
website Biogen Online adalah
program Joomla v1.1.0. Joomla
adalah sebuah sebuah sistem manajemen konten open source yang
handal dan telah banyak digunakan
di dunia, sangat mudah diinstall,
gampang dalam pengelolaannya
serta memiliki kapabilitas yang tinggi untuk keperluan website dari
yang paling sederhana hingga aplikasi website yang kompleks. Beberapa kelebihan penggunaan CMS
sebagai basis website di antaranya:
2
1. Fasilitas modul dan komponen
yang disediakan sangat banyak
dan beragam. Modul-modul tersebut
tinggal
diaktifkan
(diinstall) jika memang diperlukan sebagai salah satu komponen website. Hal ini tentu saja
sangat menghemat waktu dan
tenaga, dibandingkan dengan
apabila kita harus membuat sendiri modul atau komponen tersebut.
tuk waktu beberapa bulan mendatang website Biogen Online memiliki dua alamat situs, yaitu www.
indobiogen.or.id (alamat situs yang
lama) dan www.biogen.litbang.
deptan.go.id (alamat situs yang
menginduk ke domain Badan
Litbang Pertanian). Secara bertahap, nantinya alamat situs Biogen
Online akan beralih sepenuhnya ke
www.biogen.litbang.deptan.go.id.
2. Pengelola website dapat lebih
berkonsentrasi dalam pengelolaan konten, porsi pekerjaan dalam pemrograman akan berkurang sangat jauh. Aplikasi CMS
telah menyediakan antarmuka
(front end) yang sangat komunikatif, baik dalam pengelolaan
konten maupun dalam modifikasi template dan style website.
Isi Biogen Online
3. Banyak pihak dapat dilibatkan
dalam kontribusi konten yang
akan ditampilkan melalui pengelolaan profil user yang beragam,
handal dan aman.
4. CMS Joomla bersifat open
source (public domain), pengguna tidak akan terbebani dengan
biaya sebagaimana aplikasi lainnya yang bersifat licensed.
5. Pengembangan ke depan terhadap aplikasi CMS bersifat dinamis. Telah tersedia forum pengguna Joomla di Indonesia sebagai ajang komunikasi dan diskusi terkait dengan penggunaan
dan pengembangan Joomla.
Sebagai salah satu tindak lanjut
dari upaya standardisasi situs web
yang dikoordinasi oleh Badan
Litbang Pertanian, maka mulai
bulan Juni 2007 situs Biogen Online
telah menginduk pada domain
Badan Litbang Pertanian, dengan
demikian alamat Biogen Online
yang baru adalah www.biogen.
litbang.deptan.go.id. Alamat situs
web yang baru ini telah diaktifkan
sejak 24 Mei 2007 dan masih akan
disosialisasikan mengingat masih
banyak pengunjung website Biogen
Online yang belum mengetahui
perubahan ini. Oleh karena itu, un-
Kalau anda membuka halaman
depan situs Biogen Online maka
anda akan disuguhkan dengan
nuansa warna hijau. Warna hijau ini
merupakan warna khas dari fiturfitur Badan Litbang Pertanian. Tampilan Biogen Online sekarang juga
sebagian juga sudah dalam Bahasa
Inggris sehingga semakin mudah diakses oleh orang luar. Tampilan situs Biogen Online ini telah mengikuti standar/peraturan yang ditetapkan dari Badan Litbang Pertanian seperti kenyamanan pengunjung
situs, besarnya beban pemakaian
bandwidth server, perlunya gaya
(style) yang senada untuk web lingkup Badan Litbang Pertanian untuk
membentuk citra institusi dan promosi keberadaan Badan Litbang
Pertanian ‘brand’.
Informasi yang ditampilkan pada situs Biogen Online terdiri dari
fitur-fitur seperti Beranda, “mesin
pencari/search engine”, Profil BBBiogen, Berita, Hasil Penelitian,
Publikasi, Peneliti dan Jenjang
Fungsional, Hubungi Kami, Peta
Situs, dan Link. Pada menu utama
terdapat pilihan yang terdiri dari
Profil BB-Biogen (meliputi sejarah,
misi dan visi, struktur organisasi, lokasi, fasilitas, dan sumber daya manusia). Pilihan “Penelitian” dibagibagi lagi menjadi Program Penelitian (yang terdiri dari 4 kelompok penelitian), Hasil yang dicapai, Produk
dan Teknologi Unggulan. Layanan
pada situs Biogen Online terdiri dari
Perpustakaan, Kerja Sama, Bank
Gen Plasma Nutfah, Laboratorium
Uji. Daftar peneliti dikelompokkan
menjadi Peneliti Fungsional (yang
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
dibagi menjadi Peneliti Utama,
Peneliti Madya, Peneliti Muda, dan
Peneliti Pertama) serta Peneliti
Nonkelas. Sedangkan web terkait
(link) memberikan informasi tentang alamat-alamat situs pada lingkup Kementerian Pertanian, di luar
lingkup Kementerian Pertanian dan
institusi/lembaga di luar negeri yang
masih berhubungan dengan kegiatan bioteknologi tanaman.
Biogen Online juga menampilkan kalender kegiatan BB-Biogen,
seminar rutin, berita seputar bioteknologi, artikel bioteknologi, event
internasional, dan informasi web
mengenai ketersediaan beasiswa
untuk studi dan training.
Publikasi yang merupakan bagian dari pengembangan perpustakaan elektronik UK/UPT Kementerian Pertanian adalah fitur wajib
untuk website Badan Litbang Pertanian. Fitur ini diletakkan pada
bagian “Informasi” berisi hasil-hasil
penelitian BB-Biogen yang disampaikan dalam jurnal maupun seminar. Publikasi juga berisi artikelartikel dari jurnal dan warta milik
BB-Biogen.
Keanggotaan tim situs BBBiogen terdiri dari pembina, ketua,
sekretaris, dan anggota. Tim situs
BB-Biogen tidak menggunakan tenaga dari luar (outsourcing) untuk
membangun situs webnya, tetapi
memanfaatkan pegawai BB-Biogen
sendiri. Pada periode kali ini,
anggota tim terdiri dari Dr. Karden
Mulya (Pembina); Ir. Widiati H. Adil
MSc (Ketua); Dr. Saptowo J. Pardal,
Hakim Kurniawan, SP., MP; Surya
Diantina, SP (Sekretaris), Habib
Rijzaani, MSc; Dani Satyawan, MSc;
Dr. Toto Hadiarto; Ir. Faizal Abidin;
Dra. Evy Juliantini; dan Ir. Ida N.
Orbani. Format keanggotaan yang
cukup ‘ramping’ ini menyebabkan
seluruh anggota tim harus bekerja
secara efektif. Rapat diadakan
secara rutin paling tidak satu kali
dalam satu bulan dengan agenda
utama perbaikan situs BB-Biogen.
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Kegiatan perbaikan situs BBBiogen terus dilakukan untuk meningkatkan mutu pelayanan serta
penyediaan informasi bagi pengguna. Kegiatan rutin yang dilakukan
oleh tim situs yang paling menonjol
adalah selalu meng’update’ isi dari
berita dan artikel setiap bulannya.
Tim situs juga berusaha terus menerus untuk memperbaiki tampilan.
Salah satu cara yang dilakukan
adalah dengan survei terhadap
pengguna internal (pegawai BBBiogen) untuk memberikan saran
terhadap tampilan yang paling menarik dari pilihan tampilan yang disodorkan kepada pengguna. Keterlibatan pengguna situs BB-Biogen
juga diharapkan melalui masukanmasukan lewat e-mail yang disampaikan melalui administrator situs
(tertera pada halaman situs). Pengguna dapat turut menyebarkan
informasi baik berupa berita maupun artikel ilmiah bioteknologi melalui situs ini dengan ikut menjadi
‘member’ dari situs BB-Biogen. Perbaikan situs BB-Biogen juga dilakukan dengan memberikan informasiinformasi baru seperti ketersediaan
beasiswa dan seminar.
Salah satu cara untuk memperbaiki kualitas situs BB-Biogen
adalah dengan membekali anggota
tim dengan keterampilan mengolah
situs, teruma penggunaan sistem
CMS yang merupakan hal yang baru. Untuk anggota tim situs BBBiogen, pembekalan ini dilakukan
dengan mengikuti kursus pengelolaan situs internet mulai dari
mempelajari Joomla dari cara
instalasi perangkat lunak sampai
dengan cara mengoperasikan sistem ini. Secara periodik, telah dilakukan pembekalan dan pendalaman materi mengenai Joomla kepada tim website BB-Biogen dengan
mengundang nara sumber. Seiring
dengan hal tersebut, dilakukan upaya transformasi website BB-Biogen
ke sistem berbasis CMS. Keterampilan mengolah situs ini diperlukan
agar situs BB-Biogen lebih ‘user
friendly’ dengan tampilan yang menarik dan informatif. Selain itu, anggota tim situs juga diajak untuk
mengikuti seminar-seminar yang
terkait dengan pengelolaan situs
dan perbaikan sistem dan teknologi
informasi.
Peremajaan (update) situs diharapkan bisa dilakukan minimal
setiap bulan. Target ini dapat dicapai karena situs Biogen Online
selalu dievaluasi dari waktu ke
waktu. Untuk meningkatkan kualitas situs web BB-Biogen, target ke
depan adalah meremajakan fiturfitur situs web paling tidak setiap
minggu sekali. Untuk hal ini, tim
situs memerlukan dukungan dari
pengguna, terutama pegawai BBBiogen untuk turut serta mengirimkan berita maupun artikel seputar
bioteknologi dan sumber daya
genetik pertanian.
Bagaimana Cara Mengirim
Artikel?
Semenjak situs web BB-Biogen
dibuat pada tahun 2004 tercatat
sudah dikunjungi sebanyak 77.000
kali. Kalau dirata-rata tiap tahun
situs Biogen Online telah dikunjungi
sebanyak 11.000 kali, atau rata-rata
per harinya sebanyak 30 kali kunjungan. Jumlah ini cukup lumayan.
Situs Biogen juga terbuka untuk
umum di dalam penyebarluasan
informasi bioteknologi. Kalau anda,
teman anda, atau kenalan anda
yang tertarik ingin mengirimkan
artikel tentang bioteknologi/sumber
daya genetik dapat dilakukan
dengan menghubungi administrator
lewat website itu juga. Administrator website akan melakukan verifikasi melalui email, kemudian calon
pengirim artikel akan diberi User ID,
dan password. Setelah itu artikel
tinggal dikirim ke administrator dan
setelah dilakukan beberapa kali
editing artikel sudah bisa dilihat di
dalam website Biogen Online.
Toto Hadiarto/Tim Situs BB-Biogen
3
2
National Focal Point Meeting
of
NISM-GPA,
International
Treaty on PGRFA Workshop diselenggarakan di Chiang Mai pada 6
September 2010. Delegasi Indonesia terdiri atas (1) Kepala BB-Biogen
selaku National Focal Point NISM
dan wakil Indonesia pada CGRFA,
(2) pelaksana/database manager
NISM, (3) wakil tetap Indonesia
pada FAO di Roma, dan (4) Kepala
Bagian Kerja Sama dan Humas/
Sekretariat
Panitia
Pelaksana
ITPGRFA-Governing Body Meeting
ke-4. Jumlah peserta yang hadir
adalah 39 peserta yang terdiri dari
29 orang delegasi dari 18 negara
Asia-Pasific (Bangladesh, Bhutan,
Kamboja, Cina, India, Indonesia,
Jepang, Laos, Malaysia, Mongolia,
Myanmar, Nepal, Pakistan, Filipina,
Korea Selatan, Srilanka, Thailand,
Vietnam) dan 10 orang dari CGIAR,
Global Crop Diversity Trust, Kedubes Jepang, FAO HQ, dan FAO-RAP.
nd
Hasil Pertemuan
Pertemuan dibuka oleh Dr.
Duncan Vaughan (Chief Technical
Adviser GCP/RAS/240/JPN) yang
atas nama DG FAO menyampaikan
ucapan selamat datang dan menjelaskan agenda pertemuan serta
mengarisbawahi perlunya pertukaran pengalaman dalam membangun
NISM-GPA, seperti pertukaran pengalaman dengan Pakistan dalam
membangun kapasitas petani dalam restorasi sumber daya genetik
pascabencana. Dalam pertemuan
tersebut:
1. Mr Masaaki Hirosawa (Sekretaris
I Kedutaan Besar Jepang di
Thailand) menegaskan kembali
bencana alam di samping perubahan iklim merupakan masalah penting yang perlu ditangani
dalam kaitannya dengan ketahanan pangan oleh sebab itu
dalam memutakhirkan rencana
tindak global hendaknya masalah tersebut dipertimbangkan.
2. Dr. Leocadio Sebastian (Regional Director, Bioversity International) dalam makalah kunci-
4
2nd National Focal Point Meeting of
NISM-GPA, International Treaty on PGRFA
Workshop
nya, A Perspective on the Future
Global and Asian PGRFA
Activities, menyampaikan bahwa pusat penelitian pertanian
internasional dan nasional memiliki visi yang sama dalam
menempatkan sumber daya genetik untuk kesejahteraan manusia. Asia, merupakan regional
yang mencakup negara-negara
sebagai pusat keanekaragaman
tanaman dan ternak penting di
dunia, harus memanfaatkan posisi tersebut dalam skenario untuk memegang peran penting
dalam pembangunan pertanian
baik dikaitkan dengan ketahanan pangan maupun antisipasi
perubahan iklim.
3. Bioversity International (BI) menyampaikan kerangka kerjanya
yang menggabungkan konservasi ex situ dan in situ dengan
ekosistem produktif sebagai
pondasi pertanian di masa yang
akan datang. Topik kegiatan BI
saat ini mencakup tiga hal, yaitu
(1) strategi dan teknologi untuk
memperkuat konservasi dan pemanfaatan sumber daya genetik,
(2) sistem informasi global dan
perangkat untuk pertukaran
data, dan (3) kebijakan dan
regulasi yang mendukung dan
secara global mengkoordinasi
strategi dalam konservasi dan
pemanfaatan
sumber
daya
genetik.
4. Dari laporan status pelaksanaan
proyek NISM di masing-masing
negara tercatat bahwa:
a. Peserta proyek GCP/RAS/240/
JPN terbagi atas dua kelompok, yaitu:
i. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu
India, Pakistan, Malaysia,
Thailand, Filipina;
ii. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu
India, Pakistan, Malaysia,
Thailand, Filipina;
iii. Negara yang langsung ikut
pada fase II (2009), yaitu
Laos, Indonesia.
b. Status masing-masing negara
bervariasi.
5. Dr. Chikelu Mba dalam presentasinya The PGRFA continu:
Towards strategies and plans for
national plant breeding capacity
building dan GIPB: An introduction, memperkenalkan Global
Partnership Initiative for Plant
Breeding
Capacity
Building
(GIPB) yang merupakan suatu
upaya untuk membangun kapasitas program pre-breeding dalam bentuk kerja sama lintas
sektoral. Lima poin yang menjadi dasar gerak GIPB adalah
kebijakan, pendidikan dan pelatihan, akses terhadap teknologi,
pertukaran SDGTPP, dan berbagi
informasi. Untuk mewujudkan
hal tersebut, strategi yang diadopsi GIPB adalah menentukan
baseline melalui kapasitas survei
nasional, menentukan pendekatan yang sesuai, menyusun rencana aksi nasional untuk pemanfaatan terbaik bagi SDGTPPnya, dan pembangunan kapasitas untuk meningkatkan efektivitas. Business plan dari GIPB ini
telah didistribusikan ke lebih
dari 90 negara. GIPB juga telah
membentuk
Knowlegde
Research Centre (KRC) yang dapat diakses online sehingga dapat memfasilitasi training prebreeding, selain itu juga ada
beberapa dana kompetitif untuk
kegiatan pre-breeding, sehingga
pengelolaan sumber daya genetik lebih difokuskan kepada komoditas tertentu dan dikaitkan
dengan program pemuliaan,
oleh karena itu program ini
mengharapkan sumber-sumber
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
dana yang ada mendukung
jalannya program tersebut.
4. Pada Minutes of the Steering
Committee Meeting didiskusikan beberapa hal, yaitu:
a. Keberlanjutan NISM setelah
proyek berakhir (September
2011)
Negara-negara yang telah terlibat dalam fase pertama proyek menyampaikan bahwa
informasi cara sukses mengimplementasikan NISM dapat
diakses dari web NISM masing-masing negara, misalkan:
1. Malaysia
memasukkan
NISM ke dalam salah satu
program nasional SDGTPP
sehingga memiliki dukungan kuat baik secara
institusional maupun pendanaannya atau;
2. Thailand mengubah pola
perekrutan stakeholder,
dari perekrutan masal melalui
seminar/workshop
menjadi perekrutan orang
per orang.
3. Bioversity
International
menawarkan untuk memfasilitasi pemberitaan dari
masing-masing negara untuk berbagi informasi
mengenai implementasi
I
nternational
Symposium
on
Sustainable Agricultural Development and Use of Agrobiodiversity in
the Asia Pacific Region diselenggarakan pada tanggal 13-15 Oktober
2010, diikuti oleh 86 peserta yang
berasal dari seluruh region Asia
Pasifik dan Oceania terdiri dari
perwakilan: Asia-Pacific Association
of Agricultural Research Institutions
(APAARI) dan anggota APAARI,
Bioversity International, FAO dan
sekretariat Treaty, lembaga penelitian internasional (IRRI, ICRISAT,
ICARDA, CIMMIT, CIAT, ICRAF,
ILRI), perwakilan dari jejaring kerja
PGR se-Asia Pasifik, NGOs, dan
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
NISM di negara masingmasing dalam APO newsletter atau SAARC newsletter, dan APAARI newsletter.
b. Laporan kemajuan proyek
Hambatan keterbatasan SDM
harus dapat diatasi dengan
perekrutan tenaga honorer
khusus yang menangani data
tersebut, karena memang
membutuhkan waktu yang
cukup lama dan ketelatenan
untuk meningkatkan kualitas
data.
b. Evaluasi proyek
Disarankan untuk ada evaluasi terhadap proyek, namun yang dapat diakukan
bukan evaluasi formal dalam
bentuk meeting, tapi evaluasi
secara online.
Pembelajaran yang Diperoleh
1. Perlu upaya mengarusutamakan
nilai-nilai SDGTPP dalam mencapai tujuan milenium 21, ketahanan pangan, pengentasan
kemiskinan, dan menghadapi
dampak perubahan iklim global.
2. Beranjak dari pengalaman negara yang telah ikut dalam fase I
dan berhasil terus mengelola
SDGTPP pada tahap nasional,
Indonesia perlu segera memper-
kuat komitmen di tingkat nasional atas upaya pengelolaan sumber daya genetik lintas sektoral
dan kementerian.
3. Perlu adanya kajian strategis
atas posisi Indonesia dalam memanfaatkan anggaran nasional
dan internasional untuk kepentingan pengelolaan sumber daya
genetik secara lebih efektif.
4. Berangkat dari poin utama pembelajaran di atas, kiranya Indonesia perlu:
a. Menyusun rencana aksi nasional sumber daya gentik
untuk pangan dan pertanian
dan memperkuat komitmen
antarsektor dalam pengelolaan sumber daya genetik.
Untuk itu, Komisi Nasional
Sumber Daya Genetik perlu
segera membuat persiapan
penyusunan tersebut.
b. Dalam menjaga kelestarian
NISM pascaproyek, perlu kiranya disiapkan upaya untuk
mengkonsolidasikan sistem
yang sudah dibentuk kepada
program nasional pengelolaan sumber daya genetik yang
sudah ada.
Andari Risliawati dan
Karden Mulya
International Symposium on Sustainable
Agricultural Development and Use of
Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region
Lembaga donor/yayasan. Kegiatan
ini disponsori oleh APAARI, Bioversity International dan Rural
Development Administration (RDA),
dan co-sponsor dari lembagalembaga internasional dan Global
Forum on Agricultural Research
(GFAR).
Sebelum simposium diadakan,
para anggota Asia-Pacific Association of Agricultural Research
Institutions (APAARI) (19 anggota),
7 anggota asosiasi, 6 anggota afiliasi, dan 8 anggota resiprokal, yang
merupakan asosiasi regional mengadakan rapat yang bertujuan untuk
memajukan pengembangan NARS
dalam region Asia-Pacific melalui
kerja sama inter-regional dan interinstitutional. APAARI bekerjasama
dengan stakeholders terutama pusat CGIAR, ARIs, GFAR, dan NARS
mereview peranan dan arah pene-
5
litian dan pengembangan pertanian.
Indonesia belum termasuk anggota
asosiasi ini, sehingga dalam diskusi
diharapkan agar lembaga penelitian
lainnya termasuk dalam hal ini
Pemerintah Indonesia dihimbau
agar ikut andil dalam asosiasi ini.
Setelah rapat APAARI, Simposium Pengembangan Pertanian Berkelanjutan dan Pemanfaatan Agrobiodiversity di seluruh Regional Asia
Pasifik dibuka oleh Administrator
Rural Development Administration
(RDA) Dr. Seung-Kyu Min. Pada
kesempatan ini dinyatakan bahwa
simposium ini juga sebagai ajang
perayaan “Tahun Biodiversity” di
mana expert di dunia berbagi ilmu
dan pengalaman untuk mendapatkan cara yang lebih baik dalam
pemanfaatan biodiversity untuk
pengembangan pertanian. Juga
disampaikan bahwa RDA yang telah
membangun Bank Gen mampu
menampung dan melestarikan
500.000 aksesi untuk jangka panjang 100 tahun dan telah menandatangani MoU dengan GCDT dan
Bioversity International sebagai
“World Seed Vault” dan “Center of
Excellence” untuk kerja sama
internasional dan training sumber
daya genetik.
Dr. Raj Paroda sebagai sekretaris eksekutif APAARI menyampaikan bahwa regional Asia Pasifik
yang terbentang dari subregion Asia
Selatan, Asia Tenggara, Asia Timur,
dan
Asia
Pasifik
merupakan
supplier terbesar untuk hasil pertanian dan pangan, dan mencapai
hampir 58% dari populasi dunia,
namun hanya mempunyai 38% dari
daerah pertanian dunia. Namun,
Asia Pasifik masih mempunyai keuntungan karena merupakan pusat
keanekaragaman dari banyak spesies tanaman, ternak, dan pohon
hutan. Keragaman genetik ini merupakan bahan penting dalam perbaikan tanaman dan ternak baik
dengan pemuliaan konvensional
maupun bioteknologi. Ditandaskan
bahwa simposium internasional
akan memberikan kesempatan bagi
stakeholders dalam region Asia
Pasifik untuk mereview, identifikasi,
6
dan menyusun kembali peranan
dan arah penelitian dan pengembangan terutama dalam konteks
konservasi melalui pemanfaatan
agrobiodiversity yang sangat bermanfaat bagi pengembangan pertanian berkelanjutan. Dalam pencapaian Millennium Development
Goals (MDGs), terutama dalam
pengentasan kemiskinan, penjaminan keberlanjutan ketahanan pangan dan lingkungan, mencegah
berkurangnya atau terjadinya erosi
sumber daya alam bersamaan dengan adanya skenario perubahan
iklim, merupakan tantangan besar
bagi para perencana dan ahli pertanian.
Director General, Bioversity
International, Dr. Emile Frison menandaskan pentingnya peranan
agrobiodiversity dalam pencapaian
pengembangan berkelanjutan pada
region Asia Pasifik.
Dalam simposium diusulkan
beberapa penelitian agrobiodiversity, kerangka kerja pengembangan
dan pengelolaan pada region Asia
Pasifik bertujuan memberikan tuntunan untuk negara yang berbeda
dalam hal kemungkinan pendekatan strategis, area penelitian, pengembangan dan pengelolaan, dan
kerja sama regional sehingga agrobiodiversity akan dapat mendukung
pengembangan pertanian berkelanjutan bagi region. Kontribusi dari
agrobiodiversity dalam menjamin
pertanian yang produktif dan berkelanjutan tetap merupakan hal
vital bagi ketahanan pangan. Tersedianya sumber daya genetik merupakan hal paling penting dalam peningkatan produktivitas. Sebagaimana pentingnya biodiversity untuk
meningkatkan hasil dalam mengamankan ketahanan pangan, demikian juga sama pentingnya untuk
meningkatkan kualitas ketersediaan
dalam hal produksi yang berkelanjutan, nutrisi, kualitas hasil, diversifikasi produk, dan keamanan pangan.
Dalam menghadapi tantangan
perubahan iklim akan memerlukan
akses yang lebih besar dari varietas
yang beragam sehingga dapat
membantu para petani dalam memilih varietas berkenaan dengan
kekeringan dan banjir pada iklim
yang tidak bersahabat. Untuk mendapatkan sumber gen yang beragam, memerlukan peralatan dengan
inovasi
baru
seperti
Geographic Information System
(GIS), teknologi dan pendekatanpendekatan untuk konservasi dan
pemanfaatannya.
Berdasarkan pengalaman yang
lalu, kerja sama yang diinginkan antara lembaga CGIAR, NARS, regional fora dan seluruh stakeholders
adalah sebagai berikut:
1. Pendekatan yang terintegrasi seperti farming system akan secara nyata lebih berhasil dalam
jangka panjang karena menyertakan tanaman pertanian, mikroba, ternak, ikan, dan kehutanan,
dan menggabungkan penelitian
pada genetik, agronomi, biologi,
sosio-kultural, dan aspek ekonomi.
2. Pendekatan yang terintegrasi
akan mendukung pengembangan rencana-rencana nasional
dan jejaring regional yang tidak
hanya pada komoditas utama
yang berperan pada ketahanan
pangan, tetapi juga pada tanaman-tanaman lain, ternak, dan
sumber-sumber kelautan yang
sama pentingnya untuk meningkatkan pangan, keamanan
nutrisi, perbaikan kualitas, dan
adaptasi terhadap perubahan
iklim.
3. Pendekatan yang membawa
lembaga/organisasi yang berbeda dan penduduk lokal bekerjasama secara bermitra untuk kegiatan bersama membangun sistem kepercayaan dan spesialisasi daerah masing-masing. Keadaan seperti ini akan membawa respon yang cepat dan perkembangan yang tidak terduga
dalam pemahaman yang beragam dan peningkatan pemanfaatan melalui penelitian terapan; strategi dan teknologi konservasi; informasi dan dokumen-
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
tasi; peningkatan kapabilitas, kepedulian masyarakat; analisis
ekonomi; pengetahuan tradisional (traditional knowledge) dan
kebijakan yang didasarkan pada
ilmu pengetahuan.
Tiur S. Silitonga
K
entang merupakan tanaman
sayuran penting di India,
Banglades, dan Indonesia. Penyakit
busuk atau hawar daun (late blight)
yang disebabkan oleh cendawan
Phytophthora infestans merupakan
salah satu penyakit utama yang
menyerang pertanaman kentang di
seluruh dunia termasuk Amerika
Serikat, Banglades, India, dan
Indonesia. Di samping itu, keragaman genetik yang tinggi dari P.
infestans menyebabkan ketahanan
varietas menjadi cepat terpatahkan.
Kerugian yang ditimbulkan akibat
penyakit ini dapat mencapai 100%
gagal panen pada tanaman kentang
yang peka, terutama pada musim
penghujan dengan kelembaban
yang tinggi.
Gen ketahanan cendawan
patogen terhadap penyakit hawar
daun (P. infestans), berhasil diisolasi dari Solanum bulbocastanum
oleh tim peneliti dari University of
Wisconsin, Amerika Serikat. Perakitan kentang produk rekayasa genetik (PRG) tahan P. infestans menggunakan gen RB berhasil dilakukan
melalui teknik rekayasa genetik dengan Agrobacterium tumefaciens,
juga oleh tim peneliti dari University
of Wisconsin. Varietas kentang yang
digunakan adalah Katahdin, yang
telah diuji ketahanannya di laboratorium dan menunjukkan tahan terhadap P. infestans. Di samping itu,
diuji ketahanannya di lapangan
terbatas selama dua tahun di
Minnesota, Wisconsin, dan di
International Potato Late Blight
Testing Program Toluca, Mexico,
(PICTIPAPA). Pada tahun 2004 kentang PRG tersebut juga diuji di negara bagian Washington. Hasil
pengujian di berbagai daerah dari
berbagai negara bagian tersebut
menunjukkan bahwa gen RB yang
berada di dalam kentang PRG varietas Katahdin dapat mengendalikan
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
The ABSPII–LBR Potato Partners Meeting
penyakit hawar daun (P. infestans)
pada awal musim (early-season),
tetapi tidak mengendalikan P.
infestans pada akhir musim (lateseason).
Di Indonesia, perakitan kentang
transgenik dilakukan di Balai Besar
Litbang Bioteknologi dan Sumber
Genetik Pertanian (BB-Biogen) dan
Balai Penelitian Tanaman Sayuran
(Balitsa). BB-Biogen melakukan
transformasi gen RB melalui A.
tumefaciens pada kentang varietas
Granola. Sedangkan persilangan
kentang Katahdin transgenik SP951
dan SP904 dengan kentang varietas
Granola dan Atlantic dilakukan oleh
BB-Biogen dan Balitsa. Klon hasil
persilangan dan transformasi telah
diuji secara molekuler dengan PCR
untuk menunjukkan keberadaan
gen RB. Klon-klon yang positif PCR
diuji ketahanannya terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di lapangan uji terbatas (LUT) pada
tahun 2008 di Pasirsaronge dan
2009 di Balitsa, Lembang. Hasil
pengujian menunjukkan ada beberapa klon hasil persilangan dan
transformasi yang tahan terhadap P.
infestans.
Dalam rangka menindaklanjuti
perkembangan dan status penelitian perakitan kentang transgenik
tahan penyakit hawar daun (P.
infestans) di tiga negara, ABSPII
India meyelenggarakan the ABSPII–
LBR Potato Partners Meeting pada
tanggal 2-4 November 2010 di Hotel
Radison, Dhaka, Banglades. Pertemuan dihadiri oleh perwakilan dari
lima negara, yaitu Amerika Serikat
yang diwakili oleh Cornell University
dan University of Minnesota, Banglades dari Bangladesh Agricultural
Research Institute (BARI), Filipina
diwakili
oleh
University
of
Philiippiines at Los Banos (UPLB),
India diwakili oleh Center of Potato
Research Institute (CPRI) dan Sath
Guru, dan Indonesia diwakili oleh
BB-Biogen.
Tujuan
pertemuan
adalah untuk membahas perkembangan penelitian perakitan kentang transgenik tahan penyakit hawar daun (P. infestans) di Banglades, India, dan Indonesia.
Topik yang dipresentasikan dan
dibahas dalam pertemuan adalah
LBR potato project progress report
by CPRI, India; LBR potato project
progress report by ICABIOGRAD,
Indonesia; LBR potato development
progress at University of Minnesota;
LBR potato project progress report
in BARI, Bangladesh; integrated disease management (IDM) with focus
on LBR potato; strategic discussions
on Integrated disease management
(IDM), durable resistance management and gene stacking for second
generation product; discussion on
trait performance monitoring and
biosafety dossier development and
compilation; recommendations dan
penutupan pertemuan. Pertemuan
menghasilkan rekomendasi bagi
Banglades, India, dan Indonesia.
Rekemondasi tersebut tercantum
dalam uraian di bawah ini.
Recommendations for ABSPII
Late Blight Resistant Potato
Project
A. Product Definition
1. The chosen event across the
ABSPII region is SP951.
2. The
transgenic
product
should possess at least 10%
late season disease susceptibility that will require at least
1 fungicide application under
natural late blight infestation.
7
3. The transgenic product under
late blight pressure should
provide at least 40% reducetion in fungicide application.
4. The
transgenic
product
should provide a substantial
yield increase under natural
late blight pressure.
5. The RB gene should be used
in combination with native R
genes to sustain durability of
RB gene?
B. Regulatory Requirements
1. Molecular Characterization
● Southern Blot
● Northen Blot
● Flanking DNA and insert
DNA sequence from SP951
● Gene expression data
● Quantification
of
RB
protein in tissues of potato
derived from transformation event SP951
● Chromosomal location of
the transgenic locus in
Event 3272 maize
2. Environmental Safety Assessment
● Unintended effects (nontarget)
● Baseline
population
studies of the pathogen
● Aggressiveness
and
weediness studies
● Pollen flow (gene flow)
ARTIKEL
K
edelai (Glycine max) merupakan tanaman berprotein tinggi
yang memerlukan nitrogen lebih
tinggi dibandingkan dengan tanaman lainnya. Diperkirakan setiap ton
benih kedelai memerlukan sekitar
100 kg N (nitrogen) untuk memproduksinya. Tanaman kedelai umumnya memperoleh nitrogen dari
tanah, pupuk, dan atmosfir melalui
fiksasi nitrogen dalam asosiasi sim-
8
● Stability of RB gene expression over multiple generation in potato derived
from event SP951
3. Food and Feed Safety Assessment
● Substansially equivalent/
Compositional analysis of
transgenic potato event
SP951
◊ Proximate
◊ Mineral
◊ Amino acids
◊ Fatty acids
◊ Vitamins
● Toxicity assssment:
◊ Assessment of amino
acid sequence homology with known toxins
◊ Acute oral toxicity study
in mice
● Allergenicity assessment
◊ Assessment of amino
acid sequence homology
with
known
allergens
◊ Evaluation of transgenic
potato event sp951 in
broiler chickens
◊ Effect of temperature on
the stability of RB
protein
● Clone the cDNA and
sequence
● Overlapping RT-PCR of the
coding region
2. Synthesizing the DNA expression vector
3. Protein expression and purification (yeast or baculovirus)
D. Agronomical
Performance
Studies and Variety Approval
1. Efficacy of disease resistance
2. Horticultural performance
● Tuber characterization
● Yield
● Quality
E. Integrated
ment:
Disease
Manage-
1. Pathogen population characterization
● Genotypic
● Phenotypic
2. Disease forecasting
● Timing
of
fungicide
application
● Quantity of fungicide use
● Complementing host resistance
3. Sanitation
Disease indexing for virus free
material.
C. RB Pure Protein Studies
1. Identify the sequence of the
transcribed message
A. Dinar Ambarwati dan M. Herman
Kedelai Penghasil Hipernodul dan
Supernodul: Kedelai Ramah Lingkungan
biosis dengan rhizobium. Oleh karena itu mineral nitrogen, strain
rhizobium, dan tanaman kedelai
merupakan faktor utama yang
mempengaruhi fiksasi N dalam
simbiosis rhizobium-kedelai.
Pemberian pupuk N baik dari
segi cara dan dosisnya dalam upaya
meningkatkan produksi biji kedelai
telah lama dipelajari. Pemberian
pupuk N pada konsentrasi tinggi
cenderung tidak efisien lagi dalam
usaha meningkatkan produktivitas
kedelai. Demikian juga pemberian
pupuk N dalam dosis rendah, tidak
mendorong pembentukan nodul
dan bahkan menurunkan fiksasi N
pada tanaman kedelai. Bertitik
tolak dari kesulitan tersebut, maka
pemanfaatan simbiosis mutualisme
antara kedelai-rhizobium dalam pe-
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
ningkatan fiksasi N menjadi incaran
yang lebih menjanjikan. Diketahui
bahwa inokulasi rhizobium tanpa
pemberian pupuk N dapat memberikan hasil biji kedelai lebih tinggi
dibandingkan dengan aplikasi pupuk N sebanyak 75 kg/ha. Ada pendapat lain mengatakan bahwa fiksasi N pada fase pengisian polong
kedelai, lebih memacu peningkatan
hasil biji daripada asimilasi N itu
sendiri. Beberapa peneliti sepakat
bahwa pemberian pupuk N tidak
penting lagi dalam usaha peningkatan produksi kedelai dan efisiensinya. Pemanfaatan BNF (biological
fixation) dipandang lebih ramah
lingkungan dan menjanjikan dalam
upaya meningkatan produktivitas
kedelai.
Dengan adanya simbiosis kedelai-rhizobium, menjadikan nodul sangat penting dalam proses fiksasi N.
Salah satu rhizobium yang bersimbiosis dengan tanaman kedelai
adalah Bradyrhizobium japonicum.
B. japonicum menunjukkan variasi
yang tinggi dalam segi keefektifan
mengikat N dalam asosiasinya dengan kedelai. Fiksasi N ini sering
juga dikaitkan dengan kondisi “akar
dan nodul kedelai yang rusak”.
Keuntungan yang dapat diambil
dari nodul kedelai “rusak” tersebut
adalah jenis kedelai yang spesifik
tersebut dapat diperoleh dengan sengaja melalui pembentukan varietas unggul baru, yaitu kedelai penghasil hipernodul dan supernodul.
Kedelai mutan penghasil nodul
“abnormal” tersebut dapat diisolasi
dari populasi kedelai normal melalui mutagenesis baik fisik ataupun
kimia. Kalau kedelai penghasil
hipernodul mampu menghasilkan
jumlah nodul 2-4 kali lipat dari padi
kedelai normal, namun kedelai
supernodul dapat menghasilkan
nodul lebih dari 10 kali dari kedelai
normal. Kedelai supernodul ini
menghasilkan jumlah nodul lebih
banyak dan terus berkembang meskipun ada pasokan N yang tinggi di
lingkungan tumbuhnya.
Beberapa tanaman penghasil
supernodul dan hipernodul juga telah berhasil diisolasi dari tanaman
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
kacang-kacangan, seperti kacang
polong (Pisum sativum), kacang
tanah (Phaseolus vulgaris), dan
alfalfa (Medicago). Kelompok ilmuwan sebelumnya telah berhasil
menghasilkan kedelai mutan supernodul/hipernodul
dari
kultivar
‘Bragg’
(Australia),
kultivar
‘Williams’ (Australia), dan kultivar
‘Enrey’ (Jepang). Nodul yang dihasilkan oleh kedelai mutan supernodul dan hipernodul tumbuh di
wilayah yang luas di bagian akar.
Beberapa mutan kedelai supernodul yang dihasilkan dari kultivar
Bragg mampu menghasilkan nodul
dalam nitrat (NO3), yang digambarkan sebagai supernodulator atau
mutan toleran nitrat. Mutan ini bisa
menghasilkan sampai 10 kali jumlah nodul jenis liarnya dan meningkat fiksasi N. Jenis lain kedelai
supernodul menunjukkan 20 kali
berat nodul dibandingkan dengan
kultivar komersial, termasuk jumlah
dan berat keringnya. Namun sebagian penelitian dari kedelai hipernodul dan supernodul memberikan
hasil biji yang lebih rendah daripada
kedelai normal.
Di Korea Selatan, kedelai penghasil supernodul (SS2-2) berhasil diisolasi dari kedelai liarnya, Sinpaldalkong 2 yang dimutasi dengan
menggunakan EMS (ethyl methane
sulfonate). Kedelai supernodul SS22 menghasilkan jumlah nodul sekitar 20 kali lebih banyak dari kedelai normalnya, dan tanamannya
lebih pendek dengan total berat kering yang tidak berbeda nyata dari
kedelai liarnya. Meskipun demikian,
hasil biji kedelai supernodul SS2-2
lebih rendah daripada kedelai liarnya jika diinokulasi dengan B.
japonicum. Ada indikasi bahwa
SS2-2
aktivitas asetilen reduksi (acetylene
reduction activity) lebih tinggi dari
Sinpaldalkong 2, yang berarti fiksasi
N pada kedelai supernodul SS2-2 lebih tinggi daripada kedelai normal.
Yang lebih menarik lagi, nodul ontogeni kedelai supernodul SS2-2 lebih
cepat daripada kedelai normal yang
berimplikasi pada pertumbuhan
jumlah nodul yang melebihi normal. Kelebihan kedelai supernodul
SS2-2 adalah jumlah massa nodul
yang lebih tinggi daripada kedelai
liarnya, walaupun tanpa suplemen
N. Berdasarkan uji heterozigot dengan X2 pada progeni F2 hasil persilangan antara SS2-2 dengan kedelai liarnya, perbandingan antara galur normal dan supernodul adalah 3
dibanding 1 yang menunjukkan
bahwa gen yang mengontrol supernodulasi adalah gen tunggal resesif.
Evaluasi mutan kedelai hipernodul/supernodul lain di lapang juga telah dilaporkan pada studi sebelumnya, dengan melibatkan mutan dari kultivar kedelai Bragg dan
Williams, yang menunjukkan bahwa supernodulators dapat tumbuh
baik dan vigornya sangat bagus sebagimana kultivar liarnya, seperti
supernodulators ekstrim (nts382,
nts1007, mutan Bragg). Mutan kedelai supernodul juga menunjukkan
aktivitas yang lebih tinggi dalam
fiksasi N dibandingkan dengan kultivar komersial (Bragg, Centaur,
Manark). Dalam percobaan dengan
teknik grafting, mutan hipernodul/
supernodul dicirikan oleh jumlah
nodul yang lebih besar, berat kering
nodul akar, dan fiksasi nitrogen
lebih tinggi dari jenis liar. Dari persilangan kedelai supernodul, nts382
dan non nodulasi, yang menghasilkan mutan nod49 dapat diketahui
Sinpaldalkong 2
Gambar 1. Tipe nodul pada kedelai supernodul (SS2-2) dan kedelai normal (Sinpaldalkong 2).
9
A
A
B
B
C
C
Gambar 2. Tahap perkembangan supernodul di kedelai mutan SS2-2 pada pengamatan penampang nodul yang dipotong secara melintang. Panah menunjukkan pekembangan meristem primer berkembang pada gambar A, meristem sekunder pada gambar
B (panah), dan hubungan daerah meristematik primer dan sekunder (panah) dan
awal dimulainya diferensiasi nodul akar (kepala panah) di gambar C.
bahwa kedua mutan diputuskan
ikatannya dan bersegregasi secara
independen, yang memberi petunjuk bahwa kedelai berperilaku
sebagai organisme diploid sebenarnya.
Semua kedelai mutan tersebut
dapat bermanfaat untuk menganalisis mekanisme pembentukan nodul, dan dianggap memiliki potensi
agronomi tinggi dalam kondisi pertumbuhan tertentu. Kedelai hiper-
K
edelai merupakan sumber protein nabati utama. Kebutuhan
Indonesia akan kedelai sangat tinggi mencapai 2,2 juta ton per tahun,
dan 75% di antaranya masih bergantung pada impor, terutama dari
Amerika Serikat dan negara-negara
Amerika Latin. Ketergantungan
akan kedelai impor sangat terkait
dengan rendahnya produksi kedelai
Indonesia dan preferensi masyarakat terhadap kedelai impor. Keengganan masyarakat untuk menanam dan menggunakan kedelai lokal, serta kecederungannya memilih kedelai impor mengancam kelestarian kedelai lokal. Padahal
plasma nutfah lokal biasanya memiliki keunggulan tersendiri, misalnya sebagai sumber gen terhadap
suatu karakter tertentu seperti ketahanan terhadap hama dan penyakit. Selain itu kedelai lokal sudah
teradaptasi terhadap lingkungan
agroekosistem di Indonesia sehingga sangat potensial untuk dikembangkan.
10
nodul/supernodul ini mungkin tidak
hanya sebagai materi biologi yang
unik untuk mempelajari kontribusi
faktor tanaman inang dalam proses
pembentukan nodul akar, tetapi
juga dapat menjadi plasma nutfah
dalam program pemuliaan untuk
perbaikan nodul akar dan fiksasi
nitrogen yang lebih ramah lingkungan. Diharapkan kedelai hipernodul/
superodul dapat sebagai sumber
elemen nitrogen untuk keberhasil-
an penanaman. Di beberapa negara
maju, program pemuliaan kedelai
dititkberatkan pada penghasilan kedelai unggul baru yang mempunyai
kemampuan nodulasi fiksasi N lebih tinggi. Meskipun hasil kedelai
supernodul rendah dan tidak menarik secara komersial, namun mereka berguna sebagai penyedia N
dalam sistem pola tanam. Hal tersebut disebabkan oleh kemampuan
kedelai hipernodul/supernodul yang
lebih tinggi dalam fiksasi N memungkinkan kedelai hipernodul/
supernodul mampu menyediakan N
tanah untuk pola tanam tumpangsari atau tanaman subsekuen dengan tanaman serealia. Dengan pertimbangan ukuran dan tanaman
supernodul yang pendek dibandingkan dengan tanaman kedelai normal, melalui pola penanaman
dengan kerapatan tinggi, maka hasil
biji kedelainya akan melebihi hasil
panen kedelai normal.
Puji Lestari
Melihat Keragaman Kedelai Berdasarkan
Profil DNA-nya
Terkait dengan hal tersebut
maka plasma nutfah kedelai harus
dilestarikan sebagai upaya untuk
menjaga keberadaan sumber gen
berbagai karakter penting yang
mungkin akan sangat diperlukan
untuk pengembangannya dalam
lingkungan dan iklim yang terus
berubah. Saat BB-Biogen memiliki
koleksi sebanyak aksesi kedelai
yang terdiri atas kedelai lokal,
varietas unggul, varietas introduksi,
dan galur-galur harapan potensial.
Koleksi tersebut dikonservasi secara ex situ dan terhadap koleksi
tersebut dilakukan serangkaian proses kegiatan rejuvenasi, karakterisasi, evaluasi, dan penyimpanan
dan pemeliharaan benih dalam
bank gen.
Karakterisasi dan analisis keragaman genetik merupakan ke-
giatan utama untuk mencapai efektifitas dalam pengelolaan sumber
daya genetik. Karakterisasi yang
meliputi kegiatan pencatatan terhadap karakter yang diwariskan
memberikan deskripsi dari setiap
aksesi plasma nutfah yang dikoleksi. Karakterisasi yang memadai
bermanfaat dalam diskriminasi
antar aksesi, deteksi duplikasi dan
pemantauan integritas genetik. Sedangkan analisis keragaman genetik memberikan informasi mengenai kisaran jarak genetik dan hubungan kekerabatan yang ada di
dalam koleksi. Pendugaan keragaman genetik berguna dalam monitoring erosi genetik, pembentukan
subset untuk menyusun koleksi inti
(core collection), seleksi calon tetua
dan untuk pengembangan strategi
konservasi in situ dan konservasi
lekat lahan (on farm).
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Kegiatan karakterisasi terhadap
plasma nutfah kedelai koleksi BBBiogen telah secara rutin dilakukan
terutama terhadap karakter morfologi dan agronominya. Karakterisasi
sifat fenotipik merupakan karakterisasi yang sederhana dan tidak
tergantikan, akan tetapi karakter ini
sangat rawan oleh terjadinya bias
oleh faktor lingkungan. Karakter
molekuler lebih stabil dan tidak
terpengaruh lingkungan sehingga
karakterisasi molekuler dipandang
lebih objektif dan akurat. Pemanfaatan marka molekuler sebagai pelengkap karakterisasi fenotipik berguna dalam mendukung efisiensi
dalam pelestarian, pengelolaan,
dan perlindungan plasma nutfah
serta upaya pemanfaatannya dalam
pengembangan varietas.
Di BB-Biogen analisis sidik jari
DNA sebagai bentuk dari karakterisasi molekuler pada tanaman
kedelai telah dimulai pada tahun
2004. Pada tahun tersebut sebanyak
96 aksesi kedelai dianalisis dengan
10 marka SSR, kemudian diteruskan
pada tahun 2007 sebanyak 50 aksesi. Dari kedua penelitian tersebut
diketahui adanya keragaman genetik yang tinggi pada plasma nutfah
kedelai yang dapat dijadikan dasar
perbaikan varietas. Pada tahun 2008
kegiatan analisis sidik jari DNA kedelai dilakukan terhadap 96 aksesi
plasma nutfah kedelai dengan
menggunakan 10 marka SSR. Ke-96
akesi tersebut terdiri atas varietas
unggul nasional, varietas lokal, varietas introduksi dan galur harapan
(Gambar 1).
Kegiatan analisis sidik jari DNA
yang dilakukan meliputi serangkaian kegiatan yang diawali dengan
ekstraksi DNA dari sampel daun
dan dilanjutkan dengan proses
penggandaan sekuen fragmen DNA
dengan program PCR dan deteksi
fragmen hasil PCR dilakukan secara
multiplek pada mesin Genetic
Analyzer CEQ 8000. Skoring dan koleksi data dilakukan dengan menggunakan program yang terdapat pada mesin tersebut, sedangkan analisis statistik dilakukan dengan menggunakan piranti lunak Power
Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010
Galur
Introduksi
Varietas lokal
VUN
Tidak
Gambar 1. Komposisi aksesi kedelai yang digunakan dalam analisis sidik jari DNA tahun 2008.
2.B01_01010200D4
40000
35000
114
Satt177
30000
25000
289
Satt294
20000
15000
110
Satt177
10000
108
Satt177
5000
112
Satt177
176
Satt009
174
Satt009
170
Satt009
168
Satt009
164
Satt009
162
Satt009
178
160 Satt009
Satt009
287
Satt294
291
Satt294
285
Satt294
283
Satt294
0
0
50
100
150
200
Size (nt)
250
300
350
Gambar 2. Hasil deteksi mesin terhadap DNA salah satu aksesi kedelai yang dianalisis dengan
4 primer SSR.
II
III
I
= kedelai
IV
Gambar 3. Hasil pengelompokan 96 Aksesi kedelai yang dianalisis dengan menggunakan 10
primer SSR.
Marker untuk mengetahui besarnya
keragaman genetik dan hubungan
antar aksesi.
Hasil penggandaan fragmen
DNA oleh primer terdeteksi oleh
mesin pembaca CEQ Genetic
Analyzer tampak sebagai grafik
sinyal fluorescent dengan ukuran
tertentu seperti pada (Gambar 2).
Pada gambar tersebut terlihat sebuah layar dengan empat puncak.
Puncak-puncak tersebut adalah
11
merupakan representasi dari fragmen DNA hasil PCR. Setiap puncak
dengan warna tertentu menggambarkan alel yang dihasilkan oleh
satu primer tertentu.
Penggandaan dengan primer
SSR menghasilkan tipe lokus tunggal dengan variasi alel. Suatu primer
dapat menghasilkan alel dengan
ukuran yang bervariasi dan setiap
ukuran alel tersebut dianggap sebagai sebuah marka atau karakter
molekuler dari aksesi yang dianalisis. Dengan demikian pada suatu
aksesi yang dianalisis akan diperoleh sejumlah data karakter molekuler sesuai dengan jumlah primer
yang digunakan. Sebagaimana karakter morfologi, karakter molekuler juga bervariasi dalam hal kisaran
keragaman dan kemampuannya
dalam membedakan antar aksesi.
Ada primer yang mampu menghasilkan karakter yang bisa memberikan penciri dan pembeda antar
aksesi yang disebut sebagai primer
yang polimorfis, dan adapula primer
yang tidak bisa menghasilkan karakter pembeda antar aksesi dalam
populasi yang diteliti, yang dinamakan sebagai primer yang monomorfis. Berdasarkan dari kemampuannya membedakan antar aksesi,
suatu primer dapat dikategorikan
sebagai primer yang memiliki polimorfisme yang tinggi atau rendah.
Pada penelitian ini kesepuluh
primer yang digunakan mampu
12
menghasilkan sebanyak 153 alel.
Masing-masing primer menghasilkan alel sebanyak 5-31 alel dengan
rata-rata 15,3 alel. Jumlah alel terbanyak terdeteksi oleh primer SATT
009, yaitu sebanyak 31 alel. Sedangkan jumlah alel paling sedikit terdeteksi oleh primer SATT 177 dan
SATT 147, yaitu sebanyak 5 alel. PIC
(polymorphism
information
content) yang merupakan refleksi
dari nilai frekuensi dan keragaman
alel memiliki rerata sebesar 0,4594.
Keragaman alel merupakan gambaran dari keragaman genetik dari
sekelompok aksesi yang dianalisis.
Dengan demikian dari hasil analisis
sidik jari kedelai ini telihat bahwa
aksesi kedelai yang dianalisis cukup
beragam. Di antara alel-alel tersebut terdapat 35 alel jarang, yaitu alel
yang kemunculannya pada aksesiaksesi kurang dari 5%. Keberadaan
alel jarang ini patut diperhatikan
karena bisa dijadikan sebagai penciri spesifik dari aksesi yang memilikinya dan bisa ditelusur mengenai
kemungkinan keterkaitannya dengan suatu sifat tertentu.
Analisis
gerombol
(cluster
analisys) yang dilakukan dengan
program Power Maker mengelompokkan aksesi-aksesi kedelai dalam
empat kelompok besar. Tiga kelompok di antaranya merupakan
kelompok yang masing-masing didominasi oleh kedelai introduksi,
varietas lokal, dan galur harapan.
Cluster I ditandai oleh aksesi kede-
lai introduksi, cluster II didominasi
oleh galur harapan, cluster III berisi
varietas lokal dan galur harapan,
sedangkan cluster IV berisi berbagai
macam aksesi dari galur harapan,
varietas introduksi, maupun varietas
lokal.
Tidak ada kecenderungan pengelompokan berdasarkan wilayah
asal atau kelompok tanamannya.
Kedekatan hubungan antar kelompok aks