Amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction)
Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 107-114
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
KERAGAM AN GENOTIPE TIGA GENERASI IKAN RAINBOW KURUM OI ( )
M elanotaenia parva
HASIL DOM ESTIKASI BERDASARKAN RAPD
#Erm a Prim anita Hayuningtyas dan Tutik Kadarini
Balai Penelitian dan Pen gemb angan Bud idaya Ikan Hias
ABSTRAKIkan rainbow Kurumoi ( M elanot aenia parva ) adalah ikan endemik Danau Kurumoi, Papua Barat, Indonesia.
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Ikan Hias (BPPBIH), Depok telah berhasil melakukan domestikasi
dan menghasilkan beberapa generasi ikan rainbow Kurumoi. Ikan rainbow Kurumoi memijah secara alami,
sehingga kemungkinan terjadinya inbreeding tinggi. Oleh karena itu, sangatlah penting untuk mengevaluasi
keragaman genet ik ikan rainbow Kurumoi. Pene litian ini bertujuan untuk me ngetahui kualitas ge netik
den gan me ngevaluasi keragaman genot ipe tiga ge nerasi ikan rain bow Kurumoi menggunakan met ode
RAPD ( Randomly Amplified Polymorphic DNA ) dengan tiga jenis primer, yaitu: OPA-18, OPZ-5, dan OPZ-13.
Setiap generasi diambil 10 ekor ikan secara acak. Hasil penelitian ditemukan bahwa keragaman genotipe
ikan generasi pertama (69,25%) relatif lebih rendah (P> 0,05) daripada generasi kedua (76,9%) dan ketiga
(76,9%). Nilai heterozigositas cenderung meningkat dari generasi ke generasi. Heterozigositas ikan generasi
pertama adalah 0,21; generasi kedua sebesar 0,24; dan generasi ketiga sebesar 0,25. Jarak genetik terjauh
adalah antara generasi pertama dan generasi ketiga, yaitu sebesar 0,19. Dengan demikian, proses domestikasi
yang telah dilakukan tidak menyebabkan penurunan keragaman genotipe ikan rainbow Kurumoi.KATA KUNCI: ikan rainbow Kurumoi; RAPD; keragaman genotipe; jarak genetik ABSTRACT: Genotype diversity in three generations of domesticated Kurumoi rainbow fish (
M elanot aenia par va) based on RAPD method. By: Erma Primanita Hayuningtyas and Tutik Kadarini
Kurumoi rainbow fish (M elanotaenia parva) is an endemic species from Kurumoi Lake, West Papua, Indonesia. Research
and Development for Ornament al Fish Cult ure, Depok has successfully domest icat ed and produce Kurumoi rainbow
fish for several generat ions. This fish is breed nat urally, inbreeding probabilit y is highly occure. It is import ant t o
evaluat e genet ic diversit y of Kurumoi rainbow fish. Aim of t he research was t o evaluat e genot ype diversit y at t hree
generat ions of Kurumoi rainbow fish using RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) method wit h t hree primers,
namely OPA-18, OPZ-5, and OPZ-13. In t he research, 10 fishes were randomly t aken from each generat ion. The
research found t hat genot ype diversit y of fish first generat ion (69.25%) was relat ively lower (P> 0.05) t han second
(76.9%) and t hir d (76.9%) gener at ions. Het erozygosit y value t ended t o increase by gener at ion t o gener at ion.
Het erozygosit y at first generat ion was 0.21, 0.24 at second generat ion and 0.25 at t hird generat ion. The highest
genet ic dist ance was between t he first and t hird generat ion (0.19). Thus, the domest icat ion process that has been done
does not cause a decrease in genot ype diversit y of Kurumoi rainbow fish.KEYW ORDS: Kurumoi rainbow fish; RAPD; genotype diversity; genetic distance
PENDAHULUAN badannya ber warna biru, kuning, merah, dan jingga
t ergant ung jenisnya sehingga warnanya sepert i warna
M el a not a eni a pa r va
Ik a n r a in b o w Ku r u m o i ( )
et al
pelangi at au rainbo w (Nur ., 2009; Tappin, 2010; merupakan ikan hias air t awar asli Indo nesia. Ikan ini
et al Kadarini ., 2013).
m e r u p a k a n ik a n e n d e m ik d a r i Da n a u Ku r u m o i,
et al
Kabupat en Bint uni, Papua Barat (Kadarusman ., Jen is ikan rainb o w Kurum o i m e mp un yai warn a 2010). Indo nesia memiliki 95 jenis ikan rainbo w yang jingga dan merupakan jenis ikan yang baru di pasar berasal dari Sulawesi dan Papua. Ikan rainbo w pada ikan hias. Selain warna jingga, t erdapat garis hit am # t e r s u s u n o le h s is ik -s is ik h o r iz o n t a l d i t e n g a h
Ko r esp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe ng e m b an gan Bu d id aya
badannya. Warna ikan raibo w jant an lebih bagus dan
Ikan Hias. Jl. Pe rikan an No . 1 3 , Pan co r an Mas, De p o k, Jawa Barat me narik d ibandingkan b et inanya (Lesman a, 20 15 ). 1 4 6 3 4 , In d o n e sia. Te l.: + (0 2 1 ) 7 5 2 0 4 8 2 er ma_ pr i mani t a@ yahoo.com Ik a n t e r s e b u t t e la h b e rh a s il d id o m e st ik a s i d a n
E-m ail:
108
adhesive
Gene Quant
(
UV-Vis Spectrophotometer
made in (EU) Lithuania, Th e rm o Fish e r Scie n t ific, USA). Ku an t ifikasi DNA dilakukan menggunakan
Thermo Scient ific,
(
GeneJET Genomic DNA Purification Kit
Pengambilan sampel sirip dilakukan pada umur yang berbeda yait u G-1 pada u mur dua t ahun, G-2 pada umur sat u t ahun dan G-3 berumur dua bulan. Set iap generasi diambil sebanyak 10 individu. Sampel sirip ikan rainbo w Kurumo i sebanyak 5-10 mg diekst raksi DNA men ggun akan pro sedu r
Ekst raksi DNA Genom Sam p el diamb il secara acak d ari t iap ge n erasi.
Pembent ukan G-3 dilakukan menggunakan met ode sepert i halnya pada pembent ukan G-1 dan G-2. Ikan G-2 diseleksi berdasarkan pertumbuhan dan dipijahkan se ca ra m as sa l u n t u k m e n gh as ilkan G-3 . De n g an kepadatan yang sama (1.000 eko r per wadah), sebanyak 10.000 eko r ben ih G-3 dipe lihara dalam 10 wadah ukuran 2 m x 2 m x 1 m.
Pembent ukan G-2, induk G-1 dipilih yang memiliki p e rt u m b u h an ce p at , ke m u d ia n d ip ija h kan se cara massal. Terdapat empat wadah pemeliharaan berupa ko lam bet o n dengan ukuran 2 m x 2 m x 1 m, masing- masin g dit eb ar indu k sebanyak 10 0 e ko r (40 eko r jant an : 60 eko r bet ina). Dari hasil pro duksi m assal dipero leh benih sebanyak 10.000 eko r. Pada saat benih berumur 4-5 bulan diseleksi berdasarkan pertumbuhan sebesar 10% dari 5.000 e ko r benih. Kemud ian ikan G-2 dipelihara sampai menjadi induk.
Pe m b e n t u ka n p o p u la s i G-1 , in d u k G-0 a t a u ket urunan F-4 dipijahkan secara massal tanpa dilakukan seleksi pert umbuhan. Hanya dilakukan pemilihan induk ya n g s u d a h m a t an g go n ad . Te rd a p a t d u a w ad ah pemijahan berupa bak fiber dengan diamet er 2 m 3 , masing-masing dit ebar induk sebanyak 100 eko r (40 e ko r jan t an : 6 0 e ko r b e t in a). Dari h asil pro d u ksi massal dip ero leh b enih se banyak 1 0.00 0 eko r d an dipelihara pada 10 wadah dengan kepadatan 1.000 ekor per wadah ukuran 2 m x 2 m x 1 m.
), sehingga dalam sat u siklus p emijahan t e rdapat leb ih d ari lim a kali pengangkat an substrat yang berisi t elur. Masa inkubasi t e lu r 5 -6 h ar i, se t e la h t e lu r m e n e t a s d ila k u k a n pemelih araan mulai dari t ahapan lar va sampai ikan dewasa.
) dari t iga generasi t erakhir yang dibudidayakan di BPPBIH, Depo k. Tiga generasi t erakhir ini merupakan ikan ket urunan F-5, F-6 , d a n F-7 d a ri aw al ikan in i d id o m e st ikas i d i BPPBIH. Pada penelitian ini ket urunan F-5 diasumsikan sebagai G-1, ket urunan F-6 diasumsikan sebagai G-2 dan ket urunan F-7 diasumsikan sebagai G-3. Pro ses p e m b e n ih a n d ia w a li d e n g a n p e m ilih a n in d u k berdasarkan jenis kelaminnya pada induk yang sudah mencapai mat ang go nad. Pemijahan dilakukan secara alami dan massal dengan rasio perbandingan kelamin jantan dan bet ina yait u 2:3. Ikan yang sudah dipijahkan menghasilkan t elur secara parsial dan memiliki sifat menempel pada subst rat (
Keragaman genot ipe tiga generasi ikan rainbow kurumoi ..... (Erma Primanit a Hayuningtyas)
M . parva
Ikan uji yang digunakan pada penelit ian ini adalah ikan rainbo w Kurumo i (
BAHAN DAN M ETODE Ikan Uji
Pe n e lit ia n in i b e r t u ju a n u n t u k m e n ge va lu a s i ke ra ga m an g e n o t ip e t iga g e n e r asi ika n r ain b o w Kurumo i hasil budidaya. Melalui dat a geno t ipe yang dihasilkan t erbent uk pet a genet ik dari t iap generasi se h in g ga d ap at d ija d ika n in fo rm a si d as ar u n t u k menunjang kest abilan kualit as induk dan benih ikan rainbo w Kurumo i.
et al ., 2011).
) t erhadap t iga generasi t erakhir dari ikan rainbo w Kurumo i hasil budidaya. Met o de RAPD dapat digunakan unt uk mendet eksi perbedaan po limo rfik DNA yang ada ant ara generasi at au ant ar individu ikan rainbow. Kelebihan met ode RAPD adalah menggunakan prime r t unggal yan g d apat m engamp lifikasi secara acak, sed e rh ana, d an cep at d alam p e nge rjaan n ya. Akurasi dari meto de ini dit entukan o leh jumlah primer dan jumlah sampel yang digunakan. Semakin banyak ju mlah p rime r d an sam p e l yan g d igu n akan , maka semakin besar peluang unt uk mendet eksi po limo rfik DNA, s e h in g g a k e r a g a m a n g e n o t ip e n ya m u d a h dian alisis (Kusmini et al ., 2 01 0). Me lalui info rmasi keragaman genet ik dapat diket ahui karakt er-karakt er unggul dari induk yang dit urunkan dari generasi ke generasi berikut nya (Nugro ho
morphic DNA
t in ggi. Ikan rainbo w Kurumo i sudah mengalami pemijahan hingga t u ju h ge n e r a si, n am u n b e lu m p e rn a h d ilak u ka n karakt erisasi t erhadap t iap generasi yang dihasilkan. Pe mijah an yang d ilaku kan p ad a gen erasi sebe lu m- sebelumnya pun tidak t erko nt ro l dan t erpro gram. Pada t iga generasi t erakhir ini dilakukan pemijahan yang lebih t erarah melalui seleksi individu yang dilakukan dan terpro gram unt uk pro duksi massal. Sebagai upaya u nt u k m en get ahu i karakt e rist ik d ari su mb e r d aya ge n e t ik p ad a ikan rain b o w Ku ru m o i, m aka p e rlu dilakukan karakt erisasi secara geno t ipe, yait u dengan menggunakan met o de RAPD ( Radomly Amplified Poly-
inbr eeding
Ikan ini m u dah b erke mb an g b iak se cara alam i se hingga po t e nsi t erjad in ya
) yang hidup di alam bebas agar t erbiasa hidup pada lingkungan budidaya yang t erkont ro l, baik pakan maupun habit at nya atau disebut dengan ikan budidaya (Effendi, 2004; Muslim & Syaifudin, 2012).
wild spesies
dikem ban gbiakkan di BPPBIH, Depo k. Do m est ikasi merupakan upaya unt uk menjinakkan ikan liar (
). Geno m DNA disimpan pada lemari pendingin at au langsung digunakan unt uk t ahapan selanjut nya.
screening
kemunculan fragmen DNA pada hasil elekt ro fo resis dari t iga jenis primer RAPD (hasil seleksi primer) yang digunakan, selanjutnya fragmen yang dihasilkan diubah menjadi dat a
dari enam jenis primer yang digunakan t erdapat tiga primer yang mo nomo rfik dan tiga primer yang po limo rfik. Primer yang po limo rfik dan muncul secara ko nsist en yait u OPA-18, OPZ-5, dan OPZ-13. Selanjutnya seluruh sampel diamplifikasi menggunakan t iga primer t ersebut .
Elektroforesis
Hasil PCR dilihat melalui t ahapan elekt ro fo resis,
sebanyak 7 µL produk PCR yang sudah mengandung dye
dimasukkan ke dalam sumur elekt ro fo resis pada gel agaro sa 1,5% yang t elah diberi pewarna 0,01% Sybr Safe (Invit ro gen, Thermo Fisher Scient ific, USA) pada media 1x TBE Buffer (Tris Bo rat e EDTA). Elekt rofo resis dilakukan menggunakan
M UPID Gel Elect rophoresis Unit
pada vo lt ase 100 V selama 45 menit . Ukuran fragmen DNA p ro d u k PCR d ip re d iks i b e rd asa rka n u ku r an m a rk e r 1 0 0 b p (Vivan t is). Se lan ju t n ya h as il PCR divisualisasikan pada Gel Do c UV t ransiluminat o r.
Analisis Dat a
Keragaman ge no t ipe t iga generasi ikan rainbo w Kurumo i dianalisis dengan analisis mo lekuler varians (AMOVA). Analisis diawali dengan melakukan
scoring
biner
ya n g d ih a s ilk a n d a r i amplifikasi RAPD. Jika kemunculan fragment ko nsisten dan po limo rfik pada kedua sampel yang digunakan, maka primer dapat digunakan ke t ahap selanjut nya. Hasil
. Angka sat u (1) merupakan nilai u n t u k k e m u n cu la n fr a g m e n d a n a n g k a d u a (2 ) m erup akan n ilai un t u k ket idakm u nculan fragm en . Ke b e r a d a a n fr a g m e n ya n g t e r b e n t u k d ia n g g a p merupakan sat u buah lo kus. Hasil yang dipero leh dari dat a
biner
kemudian dianalisis menggunakan
soft ware
TFPGA (
Tools For Populat ion Genet ic Analyses
), sehingga dihasilkan nilai derajat po limo rfisme, het ero zigo sitas, d an jarak ge n e t ik, se rt a p e m b u at an d e n d ro gram berdasarkan UPGMA (
- n ya (Tab e l 1 ). Se le ksi p rim e r d ilak u kan d e n g a n m e lih a t
Unweight ed Pair Group Arithmet ic Average
) (Miller, 1997).
HASIL DAN BAHASAN
Pada Gambar 1 disajikan pro fil fragmen DNA hasil am p ifika si m e n gg u n akan OPA-1 8 . Fra gm e n yan g dihasilkan po limo rfik, t et api ada dua fragmen yang t erlihat muncul pada hampir semua ikan uji, yait u pada 1.500 bp dan 900 bp. Hasil amplifikasi menggunakan primer OPZ-5 dit ampilkan pada Gambar 2. Fragmen ya n g d ih a s ilk a n ju ga p o lim o r fik t e t a p i fr a gm e n 1.500 bp muncul pada semua ikan uji, dan 1.100 bp dan 1.000 bp muncul pada hampir semua sampel. Hasil amplifikasi menggunakan primer OPZ-13 dit ampilkan pada Gambar 3. Fragmen yang dihasilkan po limo rfik t et api ad a sat u fragmen yang t erlihat mun cul pada semua ikan uji dengan pit a DNA yang jelas, yait u pada 2.000 bp.
f r ag m ent
Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 107-114
t hermocycler gradient
Tabel 1. Enam jenis primer RAPD yang digunakan pada saat seleksi primer
Tabel 1. Six primers sequence of RAPD were used in primer screening Kode prim er
Primer code Urut an basa (5’-3’)
Base pair s (5 ’-3 ’) Panj ang nukl eot ida
Nucleotide length G+ C (%) Suhu didi h
Temperatur e melting OPA 1 8 AGG TGA CCG T 1 0 -mer 6 0 36 ,2 OPB 1 0 CTG CTG GGA C 1 0 -mer 7 0 36 ,2 OPZ 5 GGC TGC GAC A 1 0 -mer 7 0 41 ,2 OPZ 9 AGC AGC GCA C 1 0 -mer 7 0 42 ,5 OPZ 1 0 CAA ACG TGG G 1 0 -mer 6 0 33 ,7 OPZ 1 3 GGG TCT CGG T 1 0 -mer 7 0 38 ,0
Amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction)
Pada penelit ian ini diuji enam jenis primer RAPD, yait u: OPA-18, OPB-10 , OPZ-5, OPZ-9, OPZ-10, dan OPZ-1 3 (Tabel 1 ). PCR dilakukan me nggunakan kit
D r ea m t a q Gr een PCR M a st er M i x 2 x
(Th e r m o Scie n t ific, m ad e in (EU) Lit h uan ia, Th e rm o Fish e r Scient ific, USA) pada mesin
(AB), unt uk mendapat kan suhu
annealing
annealing
yang sesuai unt uk m as in g-m asin g p rim e r. Pro gram PCR t e rd iri at as: denat urasi awal pada suhu 94°C selama dua menit ; 35 siklus t erdiri at as
denat urasi
94°C selama sat u menit ,
annealing
sesuai
t emperat ure melt ing
primer (Tabel 1) se lama sat u men it , d an ext ension 7 2°C se lama d ua menit , dan diakhiri dengan
extension
pada 72°C selama t ujuh menit . Tahap seleksi primer dilakukan dengan melakukan am plifikasi me nggun akan d ua samp el ge no m DNA
(yang memiliki kualit as geno m yang baik) t erhadap e n am p rim e r RAPD yan g su d a h d io p t im a si s u h u
Hasil analisis TFPGA t erhadap kemunculan fragmen b e ru p a d e rajat p o lim o rfism e d an h e t e ro zigo sit as
110
Keragaman genot ipe tiga generasi ikan rainbow kurumoi ..... (Erma Primanit a Hayuningtyas)
Gambar 1. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA t iga generasi ikan rain- bo w Kurumo i dengan menggunakan primer OPA-18
Figure 1. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree genera- t ions of Kurumoi rainbow fish using OPA-18 primer
Gambar 2. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA t iga generasi ikan rain- bo w Kurumo i dengan menggunakan primer OPZ-5
Figure 2. Profile of RAPD fragmens of DNA amplificat ion result in t hree genera- t ions of Kurumoi rainbow fish using OPZ-05 primer 2 ,5 0 0 5 0 0 6 0 0 7 0 0 8 0 0 1 ,0 0 0 1 ,2 0 0 3 ,0 0 0 9 0 0 1 ,5 0 0 2 ,0 0 0 2 0 0 3 0 0 4 0 0 2 ,5 0 0 5 0 0 6 0 0 7 0 0 8 0 0 1 ,0 0 0 1 ,2 0 0 3 ,0 0 0 9 0 0 1 ,5 0 0 2 0 0 3 0 0 4 0 0 2 ,0 0 0 G-1 G-2 G-3 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 M
G-1 G-2 G-3 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 M
Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 107-114
Gambar 3. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA t iga generasi ikan rain- bo w Kurumo i dengan menggunakan primer OPZ-13 F
igure 3. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Kurumoi rainbow fish using OPZ-13 primer
Tabel 2. Jumlah sampel, derajat po limo rfisme, het ero zigo sit as, jumlah lo kus, jumlah fragmen, dan ukuran fragmen dari t iga generasi ikan rainbo w Kurumo i hasil do mest ikasi
Table 2. Number of sample, degree of polymorphism, het erozygosit y, number of locus, fragment number, and lengt h from t hree generat ions of t he domest icat ed Kurumoi’s rainbow fish
G-3
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 M
) 2 ,5 0 0 5 0 0 6 0 0 7 0 0 8 0 0 1 ,0 0 0 1 ,2 0 0 3 ,0 0 0 9 0 0 1 ,5 0 0 2 0 0 3 0 0 4 0 0 2 ,0 0 0 G-1
G-2
Popul asi ( Population
Param et er Par am eter s
G-1 G-2 G-3
) 1 -5 1 -5 4 -5 1 -5 Uku ran frag men ( Fragment lengt h
Fragment lengt h ) 8 00 -1 ,6 0 0 8 0 0 -1 ,6 0 0 8 00 -1 ,5 0 0 8 0 0 -1 ,60 0 2-1 0 1 -1 1 7 -1 0 1 -11
10 Tot al /ant ar generasi Total/between generation
To tal ju mlah fr ag men Total f ragment count
) 9 00 -2 ,5 0 0 9 0 0 -2 ,5 0 0 9 00 -1 ,8 0 0 9 0 0 -2 ,50 0 OPZ 1 3 Jumlah fr agmen ( Fragment count
Ju mlah samp el (eko r) / Sampel count (ind.) Po limo rfisme ( Polymorphism ) (%) Heter o zig ositas ( Het erozygosit yi) (%) Ju mlah loku s ( Locus count ) Ju mlah d an u kur an fr agmen per p rimer: Number and fragment length per primer:
) 2 -4 2 -3 1 -3 1 -4 Uku ran frag men ( Fragment lengt h
8 1 1 7 2 6 OPA 1 8 Jumlah fr agmen ( Fragment count
30 69 .2 7 6 .9 76 .9 6 9 .2 0 .2 0 91 0.2 3 5 0 .2 4 76 0.2 36 4
) 400-2,000 400-2,000 OPZ 5 Jumlah fr agmen ( Fragment count ) 1 -5 1 -4 1 -4 1 -5 Uku ran frag men (
112
Dalam hal ini pemijahan pada budidaya ikan hias rain- bow kurumo i masih dapat dikatakan t erarah dan dapat mengurangi adanya
Berdasarkan dendro gram t iga generasi ikan rain- bo w ku rumo i menun jukkan kemiripan at au adanya hubungan kekerabat an yang lebih dekat ant ara ikan rain b o w ku ru m o i ge n e ras i p e rt am a d an ge n e rasi kedua. Tet api hubungan kekerabatan dengan generasi ke t iga cuku p jauh . Hal ini t erjad i kare na pad a G-3 dilakukan seleksi ind uk be rdasarkan p ert um buh an yang besar, yait u mengambil 10% dari po pulasi at au 500 dari 5.000 eko r induk yang t ersedia.
Kemiripan ant ar generasi berdasarkan jarak genet ik dit unjukkan dengan dendro gram pada Gambar 4.
Jarak genet ik yang dihit ung berdasarkan Wright ’s (1978) mo difikasi Ro gers (1972) (pengo lah dat a TFPGA dalam Miller, 1997) t erhadap t iga generasi ikan rain- b o w Ku r u m o i d it a m p ilka n p a d a Ta b e l 3 . Ha s il p e rh it u n g a n m e n u n ju k ka n b ah w a ja r a k g e n e t ik t e rd e k at ad alah a n t ara ge n e ra si p e rt am a d e n gan ge n erasi ke du a se b esar 0 ,1 50 9 ; ke mu d ian ant ara g e n e r a s i k e d u a d e n g a n k e t ig a s e b e s a r 0 ,1 6 2 4 . Sement ara jarak genetik terjauh adalah ant ara generasi p e rt am a d e n g an ge n e rasi ke t iga se b e sar 0 ,1 8 5 5 .
., 2010).
et al
Dari d at a di Tab el 2 , jumlah fragm en yang t e rlih at p o lim o r fik a d a la h p a d a O PA-1 8 ka r e n a s it u s penempelannya yang berbeda pada t iap generasi ikan rainbo w, jumlah fragmen yang dihasilkan berkisar 1-4 fragmen dengan ukuran 900-2.500 bp. Pada primer OPZ-5 jumlah fragmen yang dihasilkan juga po limo rfik t et api jumlahnya lebih banyak dibandingkan OPA-18. Jumlah fragmen yang dihasilkan berkisar 1-5 dengan u k u r a n fr a g m e n 8 0 0 -1 . 6 0 0 b p . Pr im e r O PZ-1 3 menghasilkan ukuran fragmen dengan kisaran yang sama dari t iap generasi yait u 400-2.000 bp, dengan jumlah fragmen 1-5 kecuali pada generasi ketiga jumlah fragmennya 4-5. Jumlah fragmen yang dihasilkan setiap p rim e r t e r ga n t u n g p a d a s e b a ra n s it u s h o m o lo g dengan sekuen primer pada geno m sampel yang diuji. Pad a ikan clo wn uku ran fragm en yan g d ih asilkan berkisar 100-1.500 bp dengan jumlah fragmen yang dihasilkan 6-10 fragmen yang berasal dari amplifikasi menggunakan sembilan prim er RAPD (Sembiring
Tin g ka t k e r a g a m a n g e n e t ik d it e n t u k an o le h kemunculan fragmen at au alel dari hasil amplifikasi pada tiap primer yang digunakan. Jumlah fragmen yang dihasilkan pada ikan rainbo w Kurumo i berkisar 1-11 fragmen dengan ukuran fragmen t erendah 400 bp dan t ert inggi 2.500 bp dari t iga primer yang digunakan.
melalui pro ses seleksi induk sebelum dilakukannya pemijahan. Namun selain pro ses seleksi induk perlu juga adanya penambahan su mb er gen et ik baru agar t id ak t e rjadi pe nurun an kualit as genet ik pada generasi selanjut nya.
inbreeding
et al ., 2 00 8).
Keragaman genot ipe tiga generasi ikan rainbow kurumoi ..... (Erma Primanit a Hayuningtyas)
d a p a t d it e k a n d e n g a n a d a n ya pemijahan yang dilakukan terarah, yait u melalui proses se le ksi ind ivid u dan fam ili (Gu st iano
I nbr eeding
merupakan perkawinan ant ara individu yang memiliki hubungan keluarga yang d e k a t .
inbreeding
(efek silang dalam) yang t erjadi ant ar generasi ikan rainbo w kurumo i. Menurut Klug & Cummings (1994),
inbreeding depression
dit ampilkan pada Tabel 2. Berdasarkan hasil analisis keragaman genet ik dari t iga generasi ikan rainbo w Kurumo i, nilai keragaman genet ik t ert inggi dengan d e r a ja t p o lim o r fis m e se b e s a r 7 ,6 9 % yait u p a d a generasi kedua dan ket iga. Tet api pada generasi ket iga menghasilkan het ero zigo sit as sebesar 0,2476, yang lebih t inggi dibandingkan generasi dua yait u 0,235. Nilai keragaman genet ik terendah adalah pada generasi pert ama dengan derajat po limo rfisme 69,2 % dan nilai het ero zigo sit as 0,2091. Hal ini menunjukkan bahwa d a r i t ig a g e n e r a s i ik a n r a in b o w Ku r u m o i h a s il do mest ikasi m engalami perbaikan kualit as genet ik. Dar i ge n e rasi p e rt am a ke g e n e ras i ke d u a t e rjad i peningkat an keragaman genet ik dengan selisih nilai h e t e ro zigo sit a s se b e sa r 0 ,0 2 5 9 ; se d a n g ka n d a ri ge nerasi kedua ke gene rasi ket iga peningkat ann ya lebih rendah dengan selisih 0,0126 at au sekit ar 50% dari peningkat an sebelumnya. Hal ini mengindikasikan bahwa se lalu t erjadi pe ningkat an kualit as gen et ik, namun pada generasi ketiga nilai peningkat annya lebih r e n d ah d ib a n d in g ge n e r as i s e b e lu m n ya . Ad a n ya peningkat an kualit as genet ik meminimalkan adanya
G-1 **** 0 .1 6 0 .1 9
G-2 **** 0 .1 7
G-3 ****
Table 3. Genet ic dist ance in t hree genet ions of Kurumoi rainbow fish
based on Wright ’s (1978) modificat ion of Roger ’s (1972) distanceTabel 3. Jar ak ge n e t ik t iga ge n e r as i ik an r a in b o w Ku ru m o i be rd asarkan jarak Wright ’s (197 8) mo difikasi Ro ger ’s (1972)
G-1 G-2 G-3
Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 107-114
G-1 G-2 G-3
inbreeding
0.05 G-1 G-2 G-3
0.00
0.10
0.20
0.15
Ku a lit a s g e n e t ik t ig a g e n e r a s i ik a n r a in b o w Kurum o i hasil do m est ikasi ad alah sama (P> 0 .0 5). Keragaman geno t ipe ikan rainbo w Kurumo i generasi pert ama (69,25%) relatif lebih rendah daripada generasi kedua (76,9%) dan ketiga (76,9%). Nilai het erozigo sitas cenderung meningkat dari generasi ke generasi, yait u
). Up aya p erb aikan kualit as gen o t ipe ikan rainbo w Kurum o i d ilaku kan u n t u k m e n jag a ke st ab ilan ku alit as g e n o t ip e d ari sumber daya ikan hias asli Indo nesia.
Se cara st at ist ik d e ngan m e n ggu n akan AMOVA menunjukkan bahwa t idak t erdapat perbedaan yang nyat a secara genet ik ant ara populasi generasi pert ama dengan kedua maupun ant ara generasi kedua dengan ket iga (Tabe l 4). Hal yang sam a juga t e rjadi ant ara generasi pert ama dengan ket iga yait u t idak berbeda n ya t a (P> 0 , 0 5 ) b e r d a s a r k a n h a s il a m p lifik a s i m e n ggu n akan t iga je n is p rim e r. In i m e n u n ju kkan bahwa t idak t erjadi perubahan genet ik yang berart i ant ar t iga gen erasi ikan rain bo w Kurumo i. Den gan demikian, belum dapat dikat akan sebuah perbaikan kualit as geno t ipe dari set iap generasi ikan rainbo w Ku rumo i. Sebagai upaya un t uk dap at m empe rbaiki kualit as geno t ipe dapat dilakukkan beberapa hal di a n t ar a n ya m e la lu i s e le ks i d a n p e r s ilan g a n . Jik a pemijahan yang dilakukan melalui seleksi induk belum dapat meningkat kan kualit as geno t ipe menjadi lebih baik, maka perlu dilakukannya persilangan. Menurut Ariyanto (2003), persilangan dilakukan untuk mencegah ke mu n d uran ge n et ik yan g b iasan ya t e rjad i akib at adanya silang d alam (
Gambar 4. Dendro gram kemiripan ant ara t iga generasi ikan rain- bo w Kurumo i hasil do mest ikasi dengan analisis RAPD m e n g gu n a ka n t iga je n is p r im e r. (G-1 = ge n e ra si pert ama, G-2= generasi kedua, dan G-3= generasi ke t iga)
G-3 ****
G-2 **** 0 .9 8 n s
0 .8 4 n s
G-1 **** 0 .9 9 n s
Table 4. Result of Fst comparison pairs t est regarding t hree generat ions
of Kurumoi rainbow fishKe terang an ( Not e ): NS = Tid ak berbed a nyata p ad a taraf
alp ha (P> 0,0 5) ( Not signi ficant ly di ffer ent on t he si gni ficance level of (P> 0.05 ) )Tabel 4. Hasil uji Fst berpasangan t erhadap t iga generasi ikan rain- bo w Kurumo i
4. Dendrogram similarit y bet ween t hree generat ions of do- mesticat ion Kurumoi rainbow fish analysis wit h t hree prim- ers of RAPD. (G-1= first generat ion, G-2= second genera- t ion, and G-3= t hird generat ion)
Figure
KESIM PULAN
114
Channa striata
Ku smin i, I.I., Nu gro ho , E., Alimud din, & Mulyasari.
(2010). Karakt erist ik geno t ipe hibrida huna biru (
Cherax albert isii
) dengan huna capit merah (
Cherax quadricarinat us
).
J. Ris. Akuakult ur , 5(2), 191-197.
Lesmana, D.S. (2015). Ensiklo pedia ikan hias air t awar.
Penerbit Penebar Swadaya. Jakart a. Miller, M.P. (1997). To o ls fo r po pulat io n genet ic analy- ses (TFPGA). (Versio n 1.3). No rt hern Arizo na Uni- ve rsit y. USA. Muslim, & Syaifu din, M. (201 2). Do mest ikasi calo n induk ikan gabus (
) dalam lingkungan budidaya (ko lam bet o n). M aj alah Ilmiah Sriwij aya , 21(15), 20-27. Nu gro h o , E., Sun dari, S., & Jat n ika. (2 01 1). Variasi gen et ik hibrida ikan gu rame dian alisis d en gan menggunakan marker RAPD.
Klug, W.S., & Cummings, M.R. (1994). Concept s of ge-
J. Ris. Akuakult ur
, 6(1), 1-6. Nu r, B., Ch u m a id i, Su d a r t o , Po u ya u n d , L., &
Sle m b r o u c k , J. (2 0 0 9 ). Pe m ija h a n d a n perkembangan embrio ikan pelangi (
M elanot aenia spp.) asal Sungai Sawiat , Papua. J. Ris. Akuakult ur
, 4(2),147-156. Tappin, A.R. (2010). Rainbo w fishes: Their care and keeping in capt ivit y. Aust ralia: Art Publicat io ns.
Ret rieved fro m rainbo wfishes@ o pt usnet .co m.au. websit e: ht t p://myweb.t iscali.co .uk/ho unslo wfish/ index.h t g/Rainbo wfish es.pdf.
Se m b ir in g , S.B.M., Se t ia w a t i, K.M., Ha r ya n t i, & Wardana, I K. (2010). Karakt er genet ik induk (F-0) dan t urunannya (F-1) pada ikan hias laut clo wn (
Amphirion per cula
) me nggun akan marke r RAPD ( Ra nd om Am pl i f i ed Pol ym or f i sm D NA ). J. Ri s.
net ics . (4t h ed). Englewo o d cliffs, NJ. Prent ice Hall.
, 34(2), 207-215.
Keragaman genot ipe tiga generasi ikan rainbow kurumoi ..... (Erma Primanit a Hayuningtyas)
3(2), 98-106. Kadarini, T., Zamro ni, M., & Pamb ayun ingrum , E.K.
generasi pert ama 0,2091; generasi kedua 0,235; dan generasi ket iga 0,2476. Jarak genet ik t erjauh adalah ant ara gene rasi pe rt ama d an gene rasi ke t iga, yait u s e b e s a r 0 , 1 8 5 5 . De n g a n d e m ik ia n , p r o s e s do mest ikasi yang t elah dilakukan t idak menyebabkan penurunan keragaman geno t ipe ikan Kurumo i.
UCAPAN TERIM A KASIH
Ucap an t e rim a kasih d isa m p aikan ke p ad a t im ekspedisi Inst it ut de Recherche po ur le Develo pment (IRD) - Perancis, Akademi Perikanan So ro ng, dan Balai Pen e lit ian d an Pen gem b an gan Bu d id aya Ikan Hias (BPPBIH) – Depok. Terima kasih juga diucapkan kepada Sau dara San usi selaku t ekn isi yan g t erlib at dalam kegiat an penelit ian ini.
DAFTAR ACUAN
Ariyant o , D. (2003). Ikan mas hibrida ant ara harapan dan kenyat aan.
Wart a Penelit ian Perikanan Indone- sia , 9(3), 2-6.
Effe n d i, I. (2 0 0 4 ). Pe n gan t ar aku aku lt u r. Pe n e rb it Penebar Swadaya. Jakart a. Gu st ia n o , R., Ar ifin , O.Z., & Nu g ro h o , E. (2 0 0 8 ).
Pe rb aikan p ert u m bu h an ikan n ila (
Or eochr omis nilot icus ) dengan seleksi famili. M edia Akuakult ur ,
(2013). Perkembangan lar va ikan rainbo w kurumo i (
Cybium Int ernat ional Journal of Icht hyology
M elanot aenia parva ) dari hasil pemijahan.
J. Ris. Akuakult ur , 8(1), 77-86.
Kad aru s m an , Su d art o , Par ad is , E., & Po u yau d , L.
(20 10). Descrip t io n o f
M elanot aenia fasinensis,
a new spesies o f rainbo wfish ( M elanot aeniidae ) fro m West Pap ua, In do ne sia wit h co mm e nt s o n t h e redisco ver y o f
M . Aj amaruensis
and t he endangered st at us o f
M . parva .
Akuakult ur , 5(2), 183-197.