PEMERIKSAAN CACING ENDOPARASIT PADA TIKUS (Rattus spp.) DI DESA CITEREUP KECAMATAN DAYEUH KOLOT, KABUPATEN BANDUNG JAWA BARAT 2013 STUDY ENDOPARACITES HELMINTH OF RATS (Rattus spp.) IN CITEREUP- DAYEUH KOLOT BANDUNG, WEST JAVA 2013

KECAMATAN DAYEUH KOLOT, KABUPATEN BANDUNG JAWA BARAT 2013 EXAMINATION OF LEPTOSPIRA BACTERIA IN LEPTOSPIROSIS SUSPECT HUMAN BLOOD

STUDY ENDOPARACITES HELMINTH OF RATS (Rattus spp.) IN CITEREUP- DAYEUH KOLOT SAMPLES USING PCR METHOD (POLYMERASE CHAIN REACTION)

BANDUNG, WEST JAVA 2013

Sefrita Tri Utami,Dyah Fitri Kusharyati, Hendro Pramono *

Ribia Tutstsintaiyn*

Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman Purwokerto

*Fakultas Kesehatan Masyarakat, Universitas Ahmad Dahlan

Jl. Dr. Soeparno No. 63 Grendeng, Purwokerto

Jalan. Prof. Dr. Soepomo, S.H. Janturan, Umbul Harjo Yogyakarta

E-mail: http://bio.unsoed.ac.id

E_mail: i.am.ribia@gmail.com

Accepted:26/8/2013 Reviewed:28/8/2013 Reviewed:8/10/2013 Revised:21/10/2013 Accepted:24/8/2013 Reviewed:26/8/2013 Reviewed:8/10/2013 Revised:18/10/2013

ABSTRAK

ABSTRAK

Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh bakteri Leptospira. Kasus leptospirosis sering Kejadian penyakit zoonosis bersumber dari tikus disebabkan oleh adanya endoparasit berupa cacing yang hidup tidak menunjukkan gejala klinis yang spesifik dan sulit didiagnosis tanpa pengujian sampel di laboratorium.

pada tikus. Bulan April 2013, di Desa Citereup Kecamatan Dayeuhkolot Kabupaten Bandung, Jawa Barat Pengujian dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) dinilai lebih akurat dibandingkan

terjadi Kejadian Luar Biasa (KLB) leptospirosis. Sebagai salah satu upaya kewaspadaan dini, pengukuran dengan metode yang lain. Komponen-komponen yang dibutuhkan dalam pemeriksaan bakteri Leptospira pada

risiko dan studi potensi bahaya kesehatan penyakit bersumber tikus, perlu di lakukan pemeriksaan endoparasit sampel darah manusia menggunakan metode PCR adalah DNA template, enzim polymerase, Primer PU 1 dan

pada tikus. Jenis penelitian deskriptif dengan pendekatan kualitatif. Pengumpulan data dilakukan dengan Primer SU 1, Primer Lep R1, air, Mg , dan dNTP. Pemeriksaan bakteri Leptospira pada sampel darah manusia

penangkapan dan identifikasi tikus, identifikasi keberadaan dan jenis endoparasit pada organ dalam, dan meliputi pengambilan sampel, isolasi DNA, pemeriksaan dengan metode PCR, dan running elektroforesis.

identifikasi spesies yang ditemukan. Penangkapan tikus selama tiga hari menggunakan 100 perangkap. Spesies tikus yang ditemukan Rattus tanezumi dan Rattus norvegicus. Jenis cacing endoparasit yang ditemukan pada

Kata kunci: leptospirosis, Leptospira, metode PCR organ hati Taenia taeniaeformis, pada organ lambung dan usus Hymenolepis diminuta, dan Nippostrongilus brassiliensis ditemukan pada organ usus. Cacing yang ditemukan dalam penelitian ini seluruhnya bersifat zoonosis.

ABSTRACT

Leptospirosis is a zoonotic disease, which is caused by leptospira. Leptospirosis cases often show no specific

Kata kunci : tikus, zoonosis, cacing endoparasit

clinical symptoms and is difficult to diagnose without testing samples in the laboratory. Testing using PCR (Polymerase Chain Reaction) is considered more accurate than the other methods. Components required in the examination Leptospira bacteria in human blood samples using PCR method is DNA template, DNA polymerase

ABSTRACT

enzyme, forward primer (PU1 and SU1) and reverse primer (Lep R1), nuclease free water, Mg , and dNTPs. 2 + Incidence of zoonotic disease, caused by endoparacitic helminth in rats. April 2013, in Citereup - Dayeuhkolot Examination of Leptospira bacteria in human blood samples include sampling, DNA isolation, examination by

Bandung, West Java occurred outbreak rat bourne disease. Study of endoparasitic helminth in rats performed as PCR, and electrophoresis running.

an early warning effort, risk measurement and study of potential hazards. This type of research is descriptive qualitative approach. The data collected by trapping rats and identification rat species and identification of the

Key words: leptospirosis, Leptospira, PCR methods presence and type of endoparasites in internal organs. Trapping rats using 100 live traps during three days. Rats species found in this study is Rattus tanezumi and Rattus norvegicus. Endoparasitic helminth identified species

i.e. Taenia taeniaeformis in the liver, Hymenolepis diminuta in the stomach and intestines. On the intestinal Nippostrongilus brassiliensis was also found. All worms were found in this study are zoonotic.

PENDAHULUAN

Gejala penyakit ini sangat bervariasi mulai

Leptospirosis adalah penyakit zoonosis,

dari demam, ikterus, hemoglobinuria, pada hewan

Key words: rats, zoonotic, endoparacites helminth

disebabkan oleh infeksi bakteri yang berbentuk

yang hamil dapat terjadi abortus dan janin lahir mati,

spiral dari genus Leptospira. Leptospirosis tersebar

Selain sebagai hama, tikus juga dikenal luas di seluruh dunia, terutama pada daerah tropis. 1

bahkan dapat menyebabkan kematian pada

PENDAHULUAN

sebagai sumber sekaligus penyebar penyakit Penularan leptospirosis pada manusia terjadi

penderitanya. Tingkat keganasan serangan

Di dunia ada 29 suku atau familia rodent,

zoonosis seperti pes, leptospirosis, demam semak, melalui kontak langsung dengan hewan terinfeksi

leptospirosis tergantung dari serovar Leptospira dan

tiga diantaranya ada di Indonesia yang salah satunya

spesies hewan yang terinfeksi pada daerah

adalah suku Muridae (tikus) sejumlah 171 spesies.

salmonellosis, radang otak, radang paru, diare darah,

Leptospira 1 atau secara tidak langsung melalui tertentu. Leptospirosis pada manusia dapat Anggota Muridae atau tikus di Jawa sendiri terdapat dan gastritis akibat parasit. genangan air yang terkontaminasi urin yang

Kejadian penyakit zoonosis bersumber terinfeksi Leptospira . Bakteri ini masuk ke dalam

berupa penyakit ringan sampai berat tergantung

22 spesies. Spesies yang sering dijumpai di

tikus beberapa diantaranya diakibatkan oleh adanya tubuh melalui kulit yang luka atau membran

serovar yang menginfeksi. Penderita penyakit

pemukiman adalah Rattus norvegicus (tikus got atau

tikus riul), R. tanezumi (tikus rumah Asia) dan cacing endoparasit yang bersarang pada tikus. mukosa. 2

leptospirosis yang kronis dapat bertindak sebagai

karier karena bakteri dapat bersarang di dalam ginjal

Mus musculus (tikus piti). Tikus berperan sebagai

Endoparasit jenis cacing yang ditemukan pada tikus

dan Leptospira diekskresikan bersama urin mulai

hama yang kosmopolit yang dapat merusak tanaman

yaitu Cestoda, Nematoda, dan Trematoda. Dari

padi.

beberapa pengamatan, ditemukan Nematoda pada

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 39-46

Pemeriksaan Bakteri..........................(Sefrita Tri Utami et al.)

11. Purwanto S, Praba G, Retno H. Kepadatan

monosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih Tikus dan Pinjal sebagai Indikator Kerentanan

15. WHO. Vector control in international health.

minggu pertama setelah infeksi dan berlangsung

kasar perlu diperlakukan dengan detergen yang Wilayah Pelabuhan tanjung Emas terhadap

Geneva; 1988.

sampai beberapa bulan. Kasus leptospirosis

kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium Internet]. 2008 [diakses tanggal 17 Agustus

16. Suyanto A. Rodent di Jawa. Bogor: LIPI; 2006.

Transmisi Pes. Jurnal Ilmiah Nasional [serial

seringkali tidak menunjukkan gejala klinis yang

17. Priyambodo S. Pengendalian hama tikus

spesifik dan sulit didiagnosis tanpa pengujian

dodesil sulfat (SDS). Langkah ini harus disertai

dengan perusakan membran nukleus. Sel http://lib.atmajaya.ac.id/default.aspx?tabID=6

2013]. Available from: terpadu. Jakarta: Penebar Swadaya; 2003.

sampel di laboratorium. Pengujian dengan

mengalami lisis, remukan-remukan sel harus 1&src=a&id=129313.

18. Maharani, A. Studi kepadatan tikus beserta

menggunakan metode PCR (Polymerase Chain

infestasi pinjal dan tungau di Pasar Tradisonal

Reaction) dinilai lebih akurat apabila dibandingkan

dibuang. Pembuangan remukan sel dilakukan

12. Listriyani I. Survei kepadatan tikus di Pasar 6 Johar, Kota Semarang. Skripsi. Semarang: dengan metode yang lain. dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa Peterongan dan Pasar Wonodri. Skripsi.

dipresipitasi menggunakan fenol atau pelarut Semarang: Fakultas Kesehatan Masyarakat

Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas

organik seperti kloroform, selanjutnya Universitas Muhammadiyah Semarang; 2006.

Diponegoro; 2010.

METODE

19. Mulyono A, Ristiyanto, Soesanti N.

disentrifugasi dan dihancurkan secara enzimatis

13. Departemen Kesehatan RI. Pedoman

dengan protease. DNA yang telah dibersihkan penanggulangan pes di Indonesia. Sub

Karakteristik histopatologi hepar tikus got

Bahan penulisan artikel ini adalah literatur

dari protein dan remukan sel masih tercampur Direktorat Zoonosis Dirjen Pengendalian

Rattus norvegicus infektif Leptospira sp. Jurnal

dan cara yang digunakan dalam penulisan ini adalah

dengan RNA sehingga perlu ditambahkan Penyakit dan Penyehatan Lingkungan. Jakarta:

Vektor dan Reservoir Penyakit. 2009; 1 (2): 85-

studi literatur dari berbagai sumber baik berupa buku

Depkes; 2000. RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA.

maupun artikel ilmiah yang berhubungan dengan

20. Delany MJ. The ecology of small mammals.

pemeriksaan bakteri Leptospira menggunakan

14. Mutholib A. Indeks pinjal pada tikus yang

London: Edward Arnold; 1976.

Prinsip utama sentrifugasi adalah

metode PCR.

tertangkap di Pasar Peterongan dan Wonodri memisahkan substansi berdasarkan berat jenis

Semarang. Skripsi. Semarang: Fakultas molekul. DNA kromosom dan plasmid yang

21. Hadi. Jenis-jenis tungau trombokulid di

Indonesia. Jakarta: Universitas

Kesehatan Masyarakat Universitas

kemurniannya cukup tinggi akan diperoleh Muhammadiyah Semarang; 2006.

Indonesia;1991.

PEMBAHASAN

dengan menjalankan prosedur secara benar,

Pemeriksaan bakteri Leptospira pada sampel

dapat dilihat dari penampakan hasil

darah penderita suspect leptospirosis melalui

elektroforesis yang baik. Tujuan dilakukannya

beberapa tahapan berikut:

lima kali sentrifugasi adalah agar dalam proses

1. Isolasi DNA

isolasi DNA akan didapatkan DNA murni yang

Isolasi DNA adalah memisahkan DNA

bebas dari kotoran-kotoran sel, maupun RNA

kromosom atau DNA genom dari komponen -

dan protein. Ketelitian dan kecermatan dalam

pelaksanaan penelitian, sangat menentukan hasil dari tanaman, kultur mikroorganisme, atau sel 8 kemurnian DNA kromosom dan plasmid.

komponen sel lain. Sumber DNA bisa berasal

manusia. Membran sel dilisis dengan

Presipitasi merupakan tahap terakhir dalam

menambahkan detergen untuk membebaskan

isolasi DNA. Presipitasi bertujuan untuk

isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut

mengendapkan protein histon, sehingga untai-

ditambahkan protease, yang berfungsi

untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan

mendegradasi protein dan RNAse, yang

berikatan dengan protein histon, yang berfungsi untuk mendegradasi RNA, sehingga 9 menyebabkan DNA menjadi terlihat.

yang tinggal adalah DNA. Ekstrak tersebut

0 Berdasarkan hasil isolasi DNA

selanjutnya dipanaskan sampai suhu 90 C untuk

menggunakan sampel darah manusia,

menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA

menunjukkan adanya kabut putih, hal ini dapat

(DNase). Larutan DNA kemudian di presipitasi

dikatakan bahwa isolasi DNA berhasil, sesuai

dengan etanol dan bisa dilarutkan kembali

pernyataan, pekat atau tidaknya larutan DNA 10

menggunakan air, akhirnya didapatkan DNA

tergantung dari preparasinya, ditunjukkan

murni.

dengan adanya kabut putih. Semakin baik

Isolasi DNA diawali dengan perusakan

preparasinya, seringkali menghasilkan DNA

dan atau pembuangan dinding sel, yang dapat

yang pekat. Hasil DNA yang didapatkan kurang

dilakukan baik dengan cara mekanis seperti

pekat, maka diperlukan adanya pemekatan untuk

sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh, maupun

meningkatkan konsentrasi DNA.

dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim.

Isolasi DNA bakteri Leptospira

Langkah berikutnya adalah lisis sel. Bahan-

menggunakan alat-alat, seperti sarung tangan

bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah

digunakan untuk menghindari hasil isolasi

diresuspensi di dalam medium buffer

terkontaminasi DNAse dari keringat atau

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 74-81

Spesies Tikus ...................................(Dina Supriyati et al.)

kontaminan lain pada tangan, serta menjaga

Merapi, Jawa Tengah. Jurnal Vektor dan tangan dari larutan yang berbahaya. Tabung

mikroliter dan 40 mikroliter Proteinase K

ditemukan pada rodent dalam gedung. Indeks umum

Reservoir Penyakit. 2009; 1 (2): 73-83. eppendorf (tube) digunakan untuk menampung

ditambahkan ke dalam eppendorf, kemudian

pinjal dan indeks khusus pada penelitian memiliki

2. Priyambodo S. Sigit SH dan Upik KH, editor. larutan hasil ekstraksi, sedangkan vortex . Selanjutnya, diinkubasi dalam waterbath selama X. cheopis. Indeks umum pinjal sebesar 2,03

dihomogenkan dengan menggunakan vortex.

persamaan karena hanya ditemukan satu jenis pinjal

Hama pemukiman Indonesia: pengenalan,

0 biologi dan pengendalian tikus. Bogor: digunakan untuk menghomogenkan larutan

10 menit pada suhu 70 C. setelah diinkubasi,

termasuk melebihi standar.

Fakultas Kedokteran Hewan IPB; 2006. dengan prinsip menggunakan bantuan energi

ditambahkan 100 mikroliter isopropanol dan

Menurut WHO tahun 1988 dan pedoman

listrik. Waterbath digunakan untuk inkubasi

dihomogenkan menggunakan vortex. Larutan

3. Ristiyanto, Sustriayu N, Soenarto N,

pemberantasan pes di Indonesia tahun 2000, suatu

Haripurnomo K, Damar TB. Tikus, ektoparasit, sampel DNA. Ice pack berfungsi untuk

dan penyakitnya. Salatiga: Balai Besar menyimpan DNA hasil isolasi. Microsentrifuge

yang sudah homogen dipindah ke tabung high

wilayah dikatakan waspada terhadap penularan pes

Penelitian dan Pengembangan Vektor dan digunakan untuk sentrifugasi, mikropipet dan tip

pure filter, kemudian disentrifugasi selama satu

jika 30% tikus dihuni oleh pinjal, indeks khusus

Reservoir Penyakit (B2P2VRP); 2002. digunakan untuk memindahkan larutan secara

menit dengan kecepatan 8000 x g. Cairan berupa

pinjal

X. cheopis >1, dan indeks umum pinjal

4. Omudu, Agbo E, Terlumun T. A survey of rats akurat, lemari pendingin digunakan untuk proses

kotoran yang terdapat di tabung koleksi dibuang.

X. cheopis >2. Jika memenuhi kriteria tersebut maka

trapped in residential apartments and their kondensasi. Tabung high pure filter berfungsi

500 mikroliter inhibitor removal buffer

perlu dilakukan pengendalian.

ectoparasites in Makurdi, Nigeria. Research untuk memisahkan natan dan supernatan yang

ditambahkan, kemudian disentrifugasi dengan

Journal of Agriculture and Biological Science diperoleh ketika proses sentrifugasi. DNA

kecepatan 8000 rpm selama 1 menit.

[serial on the Internet]. 2010 [cited 2013 Aug sampel tidak luruh bersama kotoran, protein,

Selanjutnya, cairan berupa kotoran yang terdapat

KESIMPULAN

di tabung koleksi dibuang. Wash buffer sebanyak

Tikus yang banyak tertangkap adalah Rattus

17]; 6 (2): [144-49]. Available from: www.insipub.com/rjabs/2010/144-149.pdf.

maupun RNA, karena DNA akan menempel

500 mikroliter ditambahkan, kemudian

tanezumi dan lebih banyak berjenis kelamin jantan.

pada filter yang terdapat dalam tabung tersebut

5. Kia EB, Sani HM, Hassanpoor H, Vatandoost (bagian yang berwarna putih). Pasangan dari

disentrifugasi dengan kecepatan 8000 x g selama

Tikus lebih banyak tertangkap di dalam los pasar.

1 menit. Cairan berupa kotoran yang terdapat di

Keberhasilan penangkapan tikus lebih tinggi pada

H, Zahabiun F, Akhavan AA, Bojd AA, Telmadarraiy Z. Ectoparasites of rodents

tabung high pure filter ini dinamakan tabung

tabung koleksi dibuang kembali, kemudian 500

hari ke-2 dan di dalam los pasar lebih besar. Ketiga

captured in Bandar Abbas, Southern Iran. koleksi (collection tube), yang berfungsi untuk

Iranian J Arthropod-Borne Dis [serial on the menampung cairan berupa kotoran, protein,

mikroliter inhibitor removal buffer ditambahkan,

spesies tikus yang tertangkap semuanya terinfestasi

Internet]. 2009 [cited 2013 Aug 17]; 3(2): [44- maupun RNA pada saat proses sentrifugasi.

kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 8000

oleh pinjal. Jumlah pinjal yang menginfestasi

from: Tabung vakum digunakan untuk menampung

x g selama 1 menit. Cairan berupa kotoran yang

spesies yang tertangkap sebanyak 67 ekor. Spesies

9].Available

www.journals.tums.ac.ir/pdf/14951. sampel darah manusia. 7

terdapat di tabung koleksi dibuang, dan

pinjal yang menginfestasi tikus yaitu Xenopsylla

6. Ristiyanto. Pengamatan fauna tikus dan Sementara bahan yang digunakan

disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 x g

cheopis. Indeks umum pinjal melebihi standar.

ektoparasit di daerah pemukiman penduduk meliputi sampel darah manusia. Binding buffer

selama 10 menit. Tabung koleksi dibuang,

tabung mikro di masukkan ke dalam tabung

dan persawahan sekitar Danau Rawa Pening

sehubungan dengan potensinya sebagai berfungsi untuk melisiskan sel sampel yang

SARAN

eppendorf dan ditambahkan 200 mikroliter elution buffer (70 C). Sentrifugasi selama 1 0

penular penyakit bersumber binatang. Sanitas. digunakan, sedangkan Proteinase K berperan

Perlu dilakukan pengendalian populasi tikus

1997; 3 (1): 32-5.

secara rutin dengan melibatkan peran serta pedagang

dalam perusakan protein yang terdapat dalam sel

menit dengan kecepatan 8000 x g. Akhirnya, purifikasi DNA template dihasilkan.

7. Ristiyanto dan Farida DH. Rodentologi darah manusia yang digunakan. Isopropanol

pasar. Selain itu juga perlu pengendalian vektor

Kesehatan. Salatiga: Balai Besar Penelitian dan digunakan untuk presipitasi DNA setelah

pinjal tikus Xenopsylla cheopis dengan

Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit

memperhatikan sanitasi lingkungan.

disentrifugasi, yaitu pembuangan remukan sel

2. Pemeriksaan dengan PCR

(B2P2VRP); 2005.

atau protein maupun RNA. Larutan inhibitor

8. Boris R, Krasnov, Irina S, Khoklova, George I, removal buffer berfungsi untuk menjaga agar

Polymerase Chain Reaction (PCR)

UCAPAN TERIMA KASIH

Shenbrot. Density dependent host selection in

natan (sampel DNA) tetap menempel pada filter ectoprasites: An application of isodar theory to

merupakan suatu metode yang digunakan untuk

amplifikasi urutan basa DNA tertentu (selektif).

Peneliti mengucapkan terima kasih kepada

dan digunakan juga sebagai pencuci dan langkah fleas parasitizing rodents. [cited 2013 Aug 17].

Metode yang ditemukan oleh Kary Mullis pada

seluruh pihak yang turut berkontribusi dalam

awal protokol elusi. Wash buffer digunakan

Available

from:

www.springerlink.com/index/E64H93PKYD sebagai pencuci dan langkah kedua dan ketiga

tahun 1987 ini dapat digunakan untuk

penelitian ini, khususnya kepada Balai Litbang

menggandakan urutan basa nukleotida tertentu

P2B2 Banjarnegara dan Dinas Pasar utamanya Unit

B3R4R2.pdf.

pada protokol elusi. Larutan elution buffer

secara in vitro. Penggandaan urutan basa

Pelaksana Teknik Pasar Kota Banjarnegara yang

berfungsi untuk menghasilkan purifikasi DNA

9. Sembel DT. Entomologi Kedokteran.

nukleotida berlangsung melalui reaksi

telah memberikan kesempatan untuk dapat

Yogyakarta: Andi; 2009.

yang ditambahkan sebelum sentrifugasi terakhir

7 polimerisasi yang dilakukan berulang-ulang

melakukan penelitian ini.

agar didapatkan DNA yang benar-benar murni.

10. Ibrahim IN, Winoto I, Wongsrichanalai C, Blair

P, Stoops C. Abundance and distribution of Pemeriksaan DNA bakteri Leptospira

secara berantai selama beberapa putaran (siklus).

Xenopsylla cheopis during on small mammals untuk pemeriksaan High Pure PCR Template

Tiap reaksi polimerisasi membutuhkan

DAFTAR PUSTAKA

collected in West Java, Indonesia during rodent Preparation Kit (Roche, Cat. No. 11 858 874

komponen-komponen sintesis DNA seperti untai

– borne disease surveys. Southest Asia J Top 001). Langkah-langkah isolasi DNA diawali

DNA yang akan digunakan sebagai cetakan

1. Ristiyanto, Mulyono A, Agustini M, Yuliadi B,

Muhidin. Indeks keragaman ektoparasit pada

Med Public Health [serial on the Internet]. 2006

(template), molekul oligonukleotida untai

dengan pengambilan 200 mikroliter sampel

tikus rumah Rattus tanezumi (Temminck,

[cited 2013 Aug 17]; 37(5). Available from:

www.tm.mahidol.ac.th/seameo/2006_37_5/13 darah manusia dan kemudian diletakkan dalam

tunggal dengan ujung 3'-OH bebas yang

1844) dan tikus polinesia Rattus exulans (Peal,

berfungsi sebagai prekursor (primer), sumber

1848) di daerah enzootik pes Lereng Gunung

-3815.pdf.

tabung eppendorf. Binding buffer sebanyak 200

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 39-46

Pemeriksaan Bakteri..........................(Sefrita Tri Utami et al.)

Keberhasilan penangkapan tikus

tahap selanjutnya, masing-masing untai tunggal Keberhasilan penangkapan tikus yang

populasi tikus yang cukup tinggi. Menurut Suyanto,

basa nukleotida berupa empat macam dNTP

akan ditempeli oleh primer. Jadi, ada dua buah tertangkap selama dua hari berturut-turut masing-

tikus memiliki pergerakan yang terbatas yang

(dATP, dGTP, dCTP, dTTP), dan enzim DNA

disebut dengan daerah kembara/ jelajah. Tikus tidak

polimerase. Langkah pertama dalam metode ini

primer yang masing-masing menempel pada

masing memiliki jumlah yang berbeda. 11 adalah membuat DNA template. untai tunggal DNA template. Biasanya, kedua Keberhasilan penangkapan ini dapat

pernah melewati daerah terbuka seperti lapangan

primer tersebut dinamakan primer maju (forward menggambarkan kepadatan populasi tikus relatif di

atau jalan raya pada saat siang hari kecuali terpaksa,

DNA template adalah DNA untai ganda

primer) dan primer mundur (reverse primer). suatu tempat. Presentase keberhasilan penangkapan

sebab secara naluri rodent lebih aktif di malam

yang membawa urutan basa fragmen atau gen

Setelah menempel pada untai DNA template, atau trap success dihitung berdasarkan jumlah tikus

hari.

yang akan digandakan. Urutan basa ini disebut

primer mengalami polimerisasi mulai dari tempat yang tertangkap dibagi dengan jumlah perangkap

Angka keberhasilan penangkapan

juga urutan target (target sequence).

penempelannya hingga ujung 5' DNA template. yang dipasang. Secara keseluruhan, trap success 3

dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu kualitas

Penggandaan urutan target pada dasarnya

Dengan demikian, pada akhir putaran reaksi dalam penelitian ini sebesar 8,25 %. Jumlah 2 kepadatan tikus. Keberhasilan tikus juga

perangkap, ketepatan pemilihan umpan, dan

merupakan akumulasi hasil polimerisasi molekul

pertama akan diperoleh dua pasang untai DNA, penangkapan tikus yang paling tinggi pada hari ke-

primer. Primer adalah molekul oligonukleotida

dipengaruhi oleh cara penempatan perangkap tikus

untai tunggal yang terdiri atas sekitar 30 basa.

jika DNA template awalnya berupa sepasang

2. 12 yang kurang tepat di runway tikus. Menurut Hadi,

Polimerisasi primer dapat berlangsung karena

untai DNA.

Pasangan-pasangan untai DNA yang pada hari ke-1 kemungkinan disebabkan oleh jenis

Hasil penangkapan tikus yang lebih sedikit

keberhasilan penangkapan dipengaruhi oleh

adanya penambahan basa demi basa dari dNTP

diperoleh pada suatu akhir putaran reaksi akan umpan yang kurang disukai tikus. Sifat tikus yang

penempatan perangkap yang tepat karena tikus

yang dikatalisasi oleh enzim DNA polimerase.

menjadi template pada putaran reaksi berikutnya. mudah curiga terhadap setiap benda yang

mempunyai sifat thigmotaxis yaitu mempunyai

Namun, pada PCR enzim DNA polimerase yang

Begitu seterusnya hingga pada putaran yang ke n ditemuinya, termasuk pakannya, disebut dengan

lintasan yang sama saat mencari makan,sarang, dan

digunakan harus termostabil karena salah satu

diharapkan akan diperoleh fragmen DNA pendek nophobia. Dalam proses mengenali dan mengambil

aktivitas harian lainnya.

tahap reaksinya adalah denaturasi untai ganda

sebanyak 2n – 2n. Fragmen DNA pendek yang pakan yang ditemukan, tikus tidaklangsung

DNA yang membutuhkan suhu sangat tinggi

(sekitar 95ºC). Salah satu enzim DNA polimerase

dimaksudkan adalah fragmen yang ukurannya

Pinjal pada tikus

memakan seluruhnya, namun mencicipi terlebih

yang umum digunakan adalah taq DNA

sama dengan jarak antara kedua tempat

Dari ketiga spesies tikus yang tertangkap

dahulu untuk melihat reaksi di dalam tubuhnya.

polimerase, yang berasal dari bakteri termofilik

penempelan primer. Fragmen pendek inilah yang

Sebaliknya, ada tikus yang bersifat nophilia artinya 11 thermus aquaticus. merupakan urutan target yang memang

semuanya terinfestasi oleh pinjal. Jumlah pinjal

menyukai benda asing atau baru. Adapun sifat tikus 13 dikehendaki untuk digandakan (diamplifikasi).

yang menginfestasi tikus paling banyak pada

spesies R. tanezumi. Hal ini berbeda dengan

Tiap putaran reaksi PCR terdiri atas tiga

Alat-alat yang digunakan dalam melalui umpan pendahuluan disebut dengan jera

yang enggan memakan umpan beracun karena tidak

penelitian Mutholib di Pasar Peterongan dan

tahap, yaitu denaturasi template, penempelan

pemeriksaan dengan menggunakan metode PCR umpan (bait-shyness) atau jera racun (poison-

Wonodri, Semarang, pinjal hanya menginfestasi

primer, dan polimerisasi primer, yang masing-

antara lain, PCR tube 0,2 ml yang bebas nuclease shyness).

R. tanezumi dan R. norvegicus. Hasil identifikasi

masing berlangsung pada suhu lebih kurang

digunakan sebagai tempat pembuatan PCR mix Keberhasilan penangkapan tikus (trap

pinjal menunjukkan bahwa keseluruhan pinjal

95ºC, 50ºC, dan 70ºC. Pada tahap denaturasi,

dengan komposisi sebagai berikut: success) di dalam los pasar lebih banyak daripada di

merupakan spesies yang sama, yaitu Xenopsylla

pasangan untai DNA templat dipisahkan satu

cheopis.

sama lain sehingga menjadi untai tunggal. Pada

luar los pasar. Hal ini dapat dikarenakan kondisi

Pada umumnya, X. cheopis lebih suka pada

antara di dalam dan di luar los pasar memiliki cukup

tikus rumah karena berhubungan dengan

banyak perbedaan. Kondisi di luar los pasar lebih

perkembangan larva pinjal yang memerlukan

tidak tertata, sering ditemukan sampah dan kondisi

kondisi kering seperti pada sarang tikus rumah.

permukaan tanah yang becek sehingga tampak

Pinjal tidak dapat bertahan di tempat yang lembab

kotor. Namun, disisi lain pada malam hari terdapat

dan suhu udara rendah. Menurut Harwood dan

kucing yang berkeliaran sehingga memungkinkan

James, X. cheopis merupakan jenis pinjal yang

tikus untuk takut keluar dari sarangnya. Sedangkan

sangat mudah berpindah dari satu host ke host lain

di dalam los pasar terdapat banyak sumber makanan

baik itu sejenis ataupun berbeda jenis. 21

yang menyebabkan tikus menyukai untuk tinggal di

Ditemukannya X. cheopis pada R. norvegicus

dalam los pasar tersebut.

menunjukkan terjadinya perpindahan pinjal dari

Menurut Priyambodo, lingkungan yang

satu host ke host lain dan kondisi iklim yang kering.

kotor merupakan tempat yang disukai tikus. Faktor

Hal ini disebabkanoleh habitat R. norvegicus yaitu

lain yang memungkinkan tingginya trap success

selokan air yang tidak memungkinkan terjadinya

adalah adanya tumpukan puing- puing bangunan,

2 perkembangbiakan pinjal.

batu bata, dan sampah di sekitar gedung.

Hasil penyisiran pinjal X. cheopis yang

Berdasarkan observasi, banyak tikus yang

berasal dari seluruh jenis tikus, sebagian besar

menampakkan diri di siang hari meskipun ada

berasal dari penangkapan di dalam los pasar.

manusia. Hal ini menunjukkan tingkat kepadatan

Xenopsylla cheopis merupakan pinjal yang khas

Gambar 1. Putaran Pertama PCR

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 74-81

Spesies Tikus ...................................(Dina Supriyati et al.)

Komponen 16 Volume tabung, jika perlu dapat disentrifus sebentar. PCR (Linnaeus). Cecurut (shrew) jika dilihat sepintas Sanitasi yang dimaksud adalah pembuangan sampah

Serba Serbi Parasit

2x Reaction Mix

10 l mix selanjutnya dimasukkan ke dalam thermal

memang mirip dengan tikus kecil atau mencit,

pada tempatnya dan kebersihan lingkungan.

cycler, kemudian alat dijalankan sesuai dengan

namun jika diperhatikan lebih cermat terdapat

Primer PU 1 (Forward)

2l

Tikus mempunyai penyebaran geografis

program sebagai berikut: (i) Sintesis cDNA 1

beberapa perbedaan yang menunjukkan bahwa

0 yang menyebar di seluruh dunia sehingga disebut

Primer SU 1 (Forward)

2l

0 hewan kosmopolit. Spesies Rattus sp., Bandicota Primer Lep R1 (Reverse)

siklus : 60 C selama 45 menit; (ii) Predenaturasi

cecurut bukan golongan hewan pengerat.

2l

1 siklus : 94 C selama 1 menit; (iii) Amplifikasi

Lingkungan manusia terutama pasar menjadi habitat

0 sp. dan S. murinus tersebut juga merupakan rodent

30-35 siklus ; 94 C selama 1 menit (denaturasi),

yang menguntungkan bagi tikus sebagai omnivora

DNA

4l

0 0 komensal, yaitu hewan yang sudah beradaptasi

dengan baik pada aktivitas manusia serta PCR tube ini harus bebas dari nuclease

60 C selama 30 detik (annealing), 68 C selama 1

dan cecurut sebagai insektivora. Keberadaan cecurut

0 dengan tujuan agar DNA hasil isolasi tidak rusak menggantungkan hidupnya (pakan dan tempat

menit (ekstensi); (iv) Ekstensi akhir 1 siklus :

S. murinus di pasar berkaitan dengan adanya sumber

tinggal) pada kehidupan manusia. Keberadaan tikus oleh enzim nuklease. Tujuan PCR mix disentrifus

68 C selama 5 menit. Untuk mengetahui hasil

makanan utamanya yaitu berupa serangga dan

tidak selalu terbatas di daerah huniannya saja, hal ini sebentar adalah untuk memastikan agar tidak ada

akhirnya, selanjutnya digunakan metode

mampu beradaptasi baik dengan pakan selain

elektroforesis. 17 serangga, yaitu sisa pakan manusia.

disebabkan satu jenis tikus dapat menghuni sisa remukan sel, protein, maupun RNA.

beberapa macam habitat atau satu macam habitat Thermal cycler digunakan untuk tahap

Jenis tikus yang sering tertangkap adalah R.

tanezumi. Keberadaan jenis tikus ini di Pasar Kota 2 dapat dihuni beberapa jenis tikus. Keanekaragaman pemeriksaan PCR. Alat thermal cycler ini

3. Elektroforesis

jenis tikus disebabkan karena penyebaran tikus disesuaikan dengan program yang telah

Elektroforesis adalah teknik yang

Banjarnegara karena letak pasar yang dekat dengan

berlangsung bersama-sama dengan migrasi manusia dijelaskan pada langkah kerja.

12 digunakan untuk memisahkan DNA berdasarkan

perumahan penduduk. Hal ini dikarenakan tikus

tersebut termasuk kelompok tikus domestik dimana 3 antar pulau dan antar benua. Habitat dari R. Bahan-bahan yang digunakan antara lain

ukuran (berat molekul) dan struktur fisik

tanezumi, R. norvegicus dan S. murinus biasanya Primer PU 1 (Forward) digunakan untuk

molekulnya. Gel yang biasa digunakan antara

aktivitas hidup jenis tikus ini mencari makan,

dipemukiman manusia, rumah, dan gudang karena mendeteksi Leptospira patogen dengan produk

lain agarosa. Dengan gel agarosa dapat

berlindung, bersarang, dan berkembangbiak di

dalam rumah sehingga lebih dikenal dengan tikus 3 merupakan jenis tikus domestik. PCR sebesar 615 bp. Primer SU 1 (Forward)

dilakukan pemisahan sampel DNA dengan

ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang

Jenis tikus R. norvegicus ditemukan paling digunakan untuk mendeteksi Leptospira saprofit

rumah. Menurut Priyambodo, tikus yang biasa hidup

basa (pb). Molekul DNA bermuatan negatif

2 dengan produk PCR sebesar 316 bp. Primer Lep sedikit. Keberadaan R. norvegicus di Pasar Kota sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi

di tanah lapang dapat berpindah ke pemukiman

Banjarnegara ini dikarenakan di lingkungan sekitar R1 digunakan sebagai reverse yang digunakan

penduduk terutama jika kekurangan makanan.

melalui matriks gel menuju kutub positif

pasar terdapat saluran air yang merupakan habitat untuk membuat PCR mix. DNA hasil isolasi

Tidak adanya pembatas antara pasar dan pemukiman

(anode). Makin besar ukuran molekulnya,

yang sesuai. Tikus ini disebut tikus riul atau tikus got berfungsi sebagai komposisi utama dalam

penduduk memberi peluang terjadinya perpindahan

makin rendah laju migrasinya. Berat molekul

karena habitat tikus ini adalah di saluran air (riul) di pembuatan PCR mix. Hasil PCR selanjutnya di

tikus dari habitat asal ke habitat lain di lingkungan

pasar atau daerah pemukiman kota. Rattus 3 running dengan elektroforesis untuk mengetahui

suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan

pasar. Hal ini serupa dengan penelitian Listriyani di

membandingkan laju migrasinya dengan laju

norvegicus dikenal sebagai reservoir penular jenis bakteri Leptospira yang berasal dari

Pasar Peterongan dan Pasar Wonodri, Semarang dan

migrasi fragmen-fragmen molekul DNA

penelitian Ania Maharani di Pasar Johar, Semarang

Leptospira ke manusia. Beberapa serovar yang

sampel darah manusia.

strandar (marker) yang telah diketahui

yang menyatakan terdapat tikus rumah.

berbahaya bagi manusia dibawa oleh R. norvegicus Langkah-langkah yang dilakukan dalam

ukurannya. Visualisasi DNA selanjutnya

adalah ichterohamorragie, ballum, dan autumnali. metode PCR diawali dengan pembuatan PCR

Keberadaan tikus di lingkungan manusia

dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet

Infeksi Leptospira yang sifatnya kronis seperti pada mix dalam PCR tube 0,2 ml yang bebas nuclease,

dapat mencerminkan sanitasi lingkungannya.

setelah terlebih dulu gel direndam di dalam

tikus riul tidak menimbulkan gejala klinis. Oleh dan dikerjakan di dalam es menggunakan dua

14 Terdapat berbagai jenis los di Pasar Kota

larutan etidium bromid.

karena itu, R. norvegicus merupakan host sejati kali reaksi pencampuran dengan komposisi

Banjarnegara seperti los sayur, los sembako dan

Metode elektroforesis adalah metode

warung makanan yang dalam aktivitas sehari-hari 19 Leptospira.

sebagai berikut: Primer PU 1 sebagai forward

untuk mengidentifikasi suatu zat berdasarkan

Tikus yang berhasil tertangkap di Pasar Kota sebanyak 2 mikroliter, primer SU 1 (forward)

tempat tersebut menghasilkan sisa makanan atau

pada sifa tkelistrikan zat tersebut, khususnya

Banjarnegara sebagian besar berjenis kelamin sebanyak 2 mikroliter, primer Lep R1 sebagai

sampah. Jika sanitasi lingkungan pasar tidak dijaga

berdasar besarnya berat molekul (BM) dan

jantan. Penelitian ini berbeda dengan hasil penelitian reverse sebanyak 2 mikroliter, dan DNA 4

dengan baik, maka lingkungan pasar akan menjadi

struktur fisik (ukuran) zat tersebut.

Listriyani tentang studi kepadatan tikus di Pasar mikroliter. Komponen-komponen tersebut

tempat sarang tikus. Tikus menyukai tempat yang

Elektroforesis dalam dunia medis biasa

Peterongan dan Pasar Wonodri dimana sebagian dicampur perlahan-lahan, dan dipastikan semua

kotor, lembab, dan kurang pencahayaan. Kurangnya

digunakan dalam proses pencucian darah,

besar tikus ditemukan berjenis kelamin betina 16 komponen berada di bagian bawah atau dasar

tindakan pengendalian tikus yang dilakukan oleh

ekor (60%). Sedangkan penelitian lain yang serupa 12 Tabel 1. Primer untuk Pemeriksaan Bakteri Leptospira dengan Metode PCR

diagnosis penyakit, dan digunakan dalam bidang

petugas kebersihan atau pedagang, dapat

menguntungkan bagi perkembangbiakan ditempat

di kawasan Pelabuhan Tanjung Emas tentang

tersebut.

kepadatan tikus, dari 98 ekor tikus yang tertangkap,

Jenis Primer Leptospira

Sekuens Primer

Ukuran Pita

Menurut Brooks dan Rowe, dalam 11 67 ekor (67%) tikus berjenis kelamin betina.

Forward:

Ristiyanto, kondisi lingkungan yang kurang terjaga

Priyambodo menyatakan bahwa tikus berjenis

PU 1

kelamin betina lebih sering berada di luar rumah SU 1 3 Saprofit 5’-TTT AGG GTT AGC GTG GTA- 3’ SU 1 – Lep R1= 316 kehidupan tikus. Selain itu menurut Riyadi, dalam untuk mencari makan bagi anak-anaknya,

Patogen

5’-TAT CAG AGC CTT TTA ATG G- 3’ PU 1 – Lep R1= 615

kebersihannya merupakan tempat yang sesuai bagi

Reverse:

sedangkan jantan lebih sering berada di sarang untuk Lep R1 2 5’-TAG TCC CGA TTA CAT TTT C- 3’ lingkungan sangat dipengaruhi oleh sanitasinya. mempertahankan daerahnya.

Ristiyanto, pencegahan keberadaan tikus di

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 39-46

Pemeriksaan Bakteri..........................(Sefrita Tri Utami et al.)

Tabel 5 menunjukkan keberhasilan

Tabel 7. Jenis Spesies dan Jenis Kelamin Pinjal yang

farmasi untuk identifikasi DNA dalam

1. Ukuran molekul DNA

penangkapan tikus di dalam los pasar (6,5%) lebih

Molekul DNA kecil akan melintasi gel lebih banyak daripada di luar los pasar.

Menginfestasi Tikus yang Tertangkap di Pasar

pembuatan antibiotik. 15

Kota Banjarnegara, Kabupaten Banjarnegara

Marker adalah segmen DNA yang

cepat karena ruang gerak yang tersedia untuk

Tahun 2013

melintasi gel lebih banyak. tikus yang tertangkap semuanya terinfestasi oleh

Tabel 6 menunjukkan dari ketiga spesies

spesifik dan telah diketahui ukurannya. Marker

berfungsi untuk mengetahui ukuran DNA hasil

2. Konsentrasi gel

pinjal. Jumlah pinjal yang menginfestasi tikus paling

Konsentrasi agarosa yang semakin tinggi banyak pada spesies R. tanezumi yaitu sebanyak 61

amplifikasi. Marker DNA (fermentas) berfungsi

1 X. cheopis

Jantan

menyebabkan molekul-molekul DNA sukar ekor.

sebagai penanda posisi molekul DNA yang

2 X. cheopis

Betina

bermigrasi, untuk menentukan perkiraan ukuran

melewati gel. Konsentrasi gel tinggi

Total

basa-basanya. Fragmen DNA yang letaknya

mempermudah DNA berukuran kecil

Tabel 6. Jumlah Pinjal pada Tikus yang Tertangkap di melewati gel, sedangkan konsentrasi gel

paling dekat dari sumuran adalah fragmen DNA

Tabel 7 menunjukkan spesies pinjal yang

rendah mempermudah molekul DNA Banjarnegara Tahun 2013

yang memiliki berat molekul terbesar. Fragmen

Pasar Kota Banjarnegara, Kabupaten

mengenfestasi tikus X. cheopis. Jumlah pinjal yang

DNA marker yang laju migrasinya paling cepat

berukuran besar untuk melintasi gel.

berjenis kelamin jantan (61,29%) lebih banyak

atau paling jauh dari sumuran adalah fragmen

3. Bentuk molekul

No Spesies

Jumlah Spesies

Total Pinjal

daripada pinjal yang berjenis kelamin betina.

marker yang memiliki berat molekul atau ukuran

Tertangkap

fragmen terkecil. 16

Molekul yang berbentuk supercoil atau elips

1 R. tanezumi

28 61 Jumlah Pinjal

akan bergerak lebih cepat melewati gel.

IUP =

Alat-alat yang digunakan dalam tahap

2 R. norvegicus

1 3 Jumlah Spesies Tertangkap

elektroforesis adalah microwave yang digunakan

4. Densitas muatan

3 *S. murinus

untuk membuat gel agarosa. Baki gel agarosa

Molekul dengan densitas tinggi akan lebih

*S. murinus tidak termasuk ke dalam rodentia/tikus

IUP = = 2,03

berfungsi untuk mencetak gel agarosa sebagai

cepat bergerak dibandingkan molekul

tempat DNA sampel akan ditempatkan dalam

dengan densitas yang rendah. Densitas

merupakan jumlah muatan per unit volume Tabel 6 menunjukkan dari ketiga spesies

sumuran-sumuran, sedangkan sisir elektroforesis

digunakan untuk membuat sumuran. Sisir

molekul.

Indeks umum pinjal pada penelitian ini

tikus yang tertangkap semuanya terinfestasi oleh

elektroforesis tersebut dipasang di salah satu

sebesar 2,03.

5. Voltase

pinjal. Jumlah pinjal yang menginfestasi tikus paling

ujung baki gel agarosa dengan posisi hampir menyentuh dasar baki. Selotip digunakan untuk

Voltase tinggi akan menyebabkan cepatnya banyak pada spesies R. tanezumi yaitu sebanyak 61

pergerakan molekul DNA. Hal tersebut

ekor.

PEMBAHASAN

melekatkan tiap ujung baki gel agarosa yang

dikarenakan oleh tingginya muatan positif Jumlah pinjal yang berhasil diidentifikasi

bertujuan mencegah terjadinya lubang pada

Fauna tikus

masing-masing ujung baki. Tangki elektroforesis

yang ditimbulkan.

sebanyak 62 ekor, dikarenakan 5 ekor pinjal lainnya

Jenis tikus yang tertangkap di pasar Kota

berfungsi sebagai tempat running elektroforesis.

6. Larutan buffer

terjadi kerusakan pada saat pengawetan sehingga

Banjarnegara, Kabupaten Banjarnegara terdiri dari

tidak teridentifikasi. Buffer dengan kadar ion tinggi akan

Mikropipet digunakan untuk memindahkan

R. norvegicus (Berkenhout, 1769), R. tanezumi

DNA ke dalam sumuran dengan volume 0,7

menaikkan konduktansi listrik sehingga

(Temminck, 1844), dan cecurut S. murinus

mikroliter. UV transilluminator digunakan untuk

15 migrasi DNA akan lebih cepat.

interpretasi hasil pemeriksaan PCR.

Tahapan-tahapan dalam melakukan

Bahan dan larutan yang digunakan dalam

elektroforesis adalah membuat gel agarosa 1%

dibuat dengan cara menimbang agarosa 0,3 g Tabel 5. menunjukkan keberhasilan penangkapan tikus di dalam los pasar (6,5%) lebih banyak daripada di

running elektroforesis memiliki fungsi masing-

untuk dilarutkan ke dalam buffer TBE 1x hingga luar los pasar.

masing. Gel agarosa merupakan matriks

penyangga yang banyak dipakai untuk separasi

volume 30 ml. Larutan agarosa dididihkan

protein dan asam nukleat, digunakan sebagai

Trap success

hingga larut sempurna. Selanjutnya, baki gel

pemadat, sebagai media elektroforesis. DNA

agarosa disiapkan, selotip dilekatkan di tiap

No Spesies

Dalam los pasar

Luar los pasar

Persentase

marka sebagai DNA penanda. Larutan buffer

ujung baki gel agarosa (pastikan bahwa selotip

TBE 1 X untuk penyangga. Akuades untuk

Jumlah tikus

Trap success (%)

Jumlah tikus

Trap success (%)

melekat kuat dan tidak ada lubang pada masing-

melarutkan agarosa. Pewarna Gold View bekerja

masing ujung baki). Sisir elektroforesis dipasang

1 R. tanezumi

menyisip di sela-sela basa-basa DNA, berfungsi

2 R. norvegicus

di salah satu ujung baki gel agarosa dengan

sebagai pewarna agar DNA dapat tervisualisasi

3 *S. murinus

7 posisi hampir menyentuh dasar baki. Suhu

larutan agarosa ditunggu hingga sekitar 50-60 C, 0 *S. murinus tidak termasuk ke dalam rodentia/tikus

pada UV Transilluminator.

Pergerakan DNA pada elektroforesis

ditambahkan 1 µl etidium bromid. Sarung tangan

dipengaruhi oleh beberapa faktor sebagai

digunakan untuk melindungi dari EtBr yang

berikut: 17

bersifat karsinogenik. Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian larutan

BALABA Vol. 9, No. 02, Desember 2013 : 74-81

Spesies Tikus ...................................(Dina Supriyati et al.)

dituangkan ke dalam baki gel agarosa, dibiarkan

Tabel 1 menunjukkan hasil penangkapan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

Geneva. 1982; 171.

ektoparasit pinjal yang berhasil tertangkap dengan

tikus dan cecurut di Pasar Kota Banjarnegara selama Sisir diambil dengan hati-hati, selotip dilepaskan

3. E b r a h i m i A , N a s r Z , K o j o u r i G H A .

menggunakan perangkap hidup (live trap) di Pasar

penelitian diperoleh spesies yang paling banyak dari ujung-ujung baki. Baki yang telah berisi gel

Seroinvestigation of bovine leptospirosis in

Kota Banjarnegara, Kabupaten Banjarnegara pada

ditemukan adalah tikus R. tanezumi (84,85%). agarosa dimasukkan ke dalam tangki

Shahrekord district, central Iran. Iranian. J. Vet.

Bulan Agustus 2013. Teknik pengambilan sampel

Res. 2004; 5(2): 110-113.

yang digunakan adalah purposive sampling.

elektroforesis yang telah diisi dengan larutan

4. Rad MA, Zeinali A, Yousofi JV, Tabata AH,

Penelitian ini menggunakan perangkap live trap.

Tabel 2. Hasil Penangkapan Tikus Berdasarkan Jenis buffer TBE 1x (dipastikan bahwa gel terendam

Brokaie S. Seroprevalence and bacteriological

Dalam penelitian ini umpan yang digunakan yaitu

Kelamin di Pasar Kota Banjarnegara, Kabupaten seluruhnya dalam TBE). DNA hasil PCR

study of canine leptospirosis in Tchran and its

kelapa bakar dan mentimun. Penangkapan

Banjarnegara Tahun 2013

suburban areas. Iranian J. Vet. Res. 2004; 5(2):

diambil 0,7 l menggunakan mikropipet dan

dilakukan di Pasar Kota Banjarnegara pada sore hari

73-80.

dimasukkan ke dalam sumuran. Kabel dari

pukul 15.00 – 17.00 WIB kemudian diambil pada

No

Jenis Kelamin

Jumlah

Persentase (%)

sumber arus dihubungkan ke tangki

5. Rocha T. A review of leptospirosis in farm

keesokan harinya pada pukul 06.00 WIB selama 2

1 Jantan

animals in Portugal. Rev. Sci. Tech. Off. In.

elektroforesis (dipastikan bahwa kabel yang

hari berturut-turut. Jumlah perangkap yang dipasang

2 Betina

Epiz. 1998; 17 (3): 699-712.

tersambung ke kutub negatif berada di dekat

adalah 200 perangkap per hari dengan jumlah

Total

sumuran; jika tidak demikian, posisi baki/gel

6. Hartman EG, Ingh TSGAM, Rothuizen J.

masing-masing di dalam dan luar los pasar sebanyak

Clinical, pathological and serological features of

diubah ke arah sebaliknya). Sumber arus

100 perangkap. Perangkap diletakkan di dalam los

spontaneous canine leptospirosis. An evaluation

dinyalakan, voltase dan waktu running diatur

pasar dan luar los pasar yang terdapat tanda-tanda

Tabel 2 menunjukkan hasil penangkapan

of the IgM- and IgG- specific ELISA. Vet.

hingga diperoleh angka 100 V dan 40 menit

tikus yang berjenis kelamin jantan (60,61%) lebih dengan cara menekan tombol yang sesuai pada

Immunol, and Immunopathol. 1986; 13: 261-

keberadaan tikus, misalnya dengan melihat bekas

tinggi daripada tikus berjenis kelamin betina. sumber arus. Elektroforesis dijalankan (running)

telapak kaki dan kotoran. Peletakkan perangkap

yang tepat sangat penting untuk memperoleh hasil

7. Kositanont. Detection and differentiation

dengan cara tombol run pada sumber arus 13

between pathogenic and saprophytic Leptospira

yang maksimal. Setelah tikus terperangkap,

Tabel 3. Hasil Penangkapan Tikus Berdasarkan Jenis ditekan. Elektroforesis dihentikan apabila DNA-

spp. by multiplex polymerase chain reaction.

peletakan perangkap berikutnya harus berbeda

Habitat di Pasar Kota Banjarnegara, Kabupaten nya sudah mencapai garis ketiga. Sumber arus

Diagnostic Microbiology and Infectious

tempat agar tikus tidak jera.

Banjarnegara Tahun 2013

dimatikan dan baki diangkat dari tangki

Disease. 2007: 117-122.

elektroforesis. Gel dikeluarkan dan diletakkan di

8. Albert B. Biologi molekular sel Edisi ke-2.

HASIL

No Jenis Habitat

Jumlah Persentase (%)

atas UV transluminator (selubung kaca hitam

Jakarta:Gramedia; 1994.

Spesies tikus dan cecurut yang tertangkap di

1 Dalam Los Pasar

diletakkan di atas UV transluminator). UV

9. Doyle JJ, Doyle JL. 1997. A rapid DNA isolation

Pasar Kota Banjarnegara dapat dilihat pada Tabel 1.

2 Luar Los Pasar

transluminator dinyalakan, pita-pita DNA yang

procedure for small quantities of fresh leaf

Total

tervisualisasi diamati.

tissue. Phytochem. Bull.

10. Arumingtyas EL. Isolasi DNA dan RAPD.

Tabel 1. Hasil Penangkapan Tikus dan Cecurut di Pasar

Disampaikan pada Pelatihan Analisis DNA

Kota Banjarnegara, Kabupaten Banjarnegara

tikus di dalam los pasar (60,61%) lebih banyak

Tabel 3 menunjukkan hasil penangkapan

KESIMPULAN

Fingerprinting Tanaman dengan Metode RAPD

Tahun 2013

Komponen-komponen yang dibutuhkan

Tanggal 4-6 Juli 2011. Laboratorium Sentral

dibandingkan di luar los pasar.

Tabel 4 menunjukkan secara keseluruhan darah manusia menggunakan metode PCR adalah

dalam pemeriksaan bakteri Leptospira pada sampel

Ilmu Hayati Universitas Brawijaya. Malang.

trap success dalam penelitian ini sebesar 8,25 %. DNA template, enzim polymerase, Primer PU 1 dan

11. Jamilah. 2005. Pengaruh berbagai macam

detergen, penambahan enzim, dan ekstrak nanas

1 Rattus tanezumi

Keberhasilan penangkapan tikus yang paling tinggi Primer SU 1 (forward), Primer Lep R1 (reverse), air,

(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap hasil

2 Rattus norvegicus

pada hari ke-2 (3,75 %).

Mg , dan dNTP. Pemeriksaan bakteri Leptospira