Characterization of Vector DNA Microsatellite Dengue Hemorragic08052017092447
t
I
i
I
l
t
C
s
D
,
o
1,G
o
s
,..j
[o]
o
{ ,-!
\_7
"'J
o
l*
c
d
il
ov'
f^\
o
o
o
. )a
o
o
A^^
li{
a,o
6C
o
c
oo
o
o
o
oo
*
"oJ s
e
o
il
o
l'1
o'
o
o
lJ
"o
cr-\
i )"
.*;;12
n'
c"_:
v\
dll
Oa\
q^r
)
,^{,
0
#
{)
s
o
c
I
i
i
I
c
.a;. rF
rir
%
o
L.,
t
8.
ETAHUAN ALAM
FAKULTAS MATEMATIKA DAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
Uniuerritor Lompung, to-t2Mei20t3
Diduhur:g oleh:
e
.
t
{ *
aaa
.:.:dj.FEl
omh :lue
att
,
ll
,-
t{
"-.
'1,
@
.
PH
E
NOM
/
*
alytical
PROSIDING
SEMINAR DAN RAPAT TAHUNAN
Bidang MIPA BKs PTN wilayah Barat Tahun zo1.s
Bandar Lampung, 10 - lZ Mei ZtI13
ISBN 97 8_602 _95559 -2 -O
Dewan Penyunting
Warsito
Sutopo Hadi
Tati Suhartati
Simon Sembiring
Mulyono
Muslim Ansori
Mustofa Usman
Kurnia Muludi
Endang Linirin W
Sumardi
Buhani
Suripto Dwi Yuwono
fani Master
Sugeng Sutiarso
Abdurrahman
Nismah Nukmal
Penyunting Pelaksana
Heri Satria
Kamisah D Pandiangan
EIIy Lestari
Febriandi Hasibuan
Rifqi Alrnusawi R
AS
'..{ItN,
Diterbitkan oleh FMIpA Universitas lampung
Bandar Lampung
Penyunting: Warsito dkk.
rsBN 978-602_9855 9 _2^O
Cetakan Pertama, Tahun Z0L3
@copyright FMIPA Unila
DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR
DAFTAR ISI
i
ii
COOKIES IKAN GABUS SEBAGAI MAKANAN TAMBAHAN
UNTUK IBU HAMIL TRIMESTER II
1-8
Arfi1,anti
FORTTFIKASI COOKIES DAGING SAPI DENGAN BAHAN
MAKANAN SUMBER GIZI UNTUK IBU HAMIL TRIMESTER II
9-16
Arfiyanti
POTENSI CEPHALOPODA SEBAGAI BIOMATERIAL BARU
Abdil Razak*
t7-20
FAKTOR IMUNOMODULATOR KELENJAR SALIVA ANOPHELES
SUNDAICUS SEBAGAI TARGET POTENSIAL DALAM
PEMBUATAN TRANSMISSION BLOCKING VACCINE (TBV)
21-30
MELAWAN MALARIA
Actria/ , Zulkarnain Edwardt, Suci Lestari2
KEANEKARAGAMAN
PEKANtsARU, RIAU
FLORA DAN FAI.INA
DI
KOTA
31-38
Ahmad Muhantnrud
HUBUNGAN ANTARA VALIDITAS BUTIR, RELIABILITAS,
TINGKAT KESUKARAN DAN DAYA PEMBEDA SOAL UJIAN
SEMESTER GENAP BIDANG STUDI BIOLOGI KELAS XI SMA/MA
NEGEzu DI KOTA PADANG TAHLIN PELAJARAN 2O1,u2O1,I*
39-48
'
Anizam Zein**, Mulryiatul Fadillah**, Rahnta Novianti***
ANALISIS KESINAMBLINGAN MATERI BIOLOGI PADA BUKU
SEKOLAH ELEKTRONIK (BSE) JENJANG SD, SMP, DAN SMA.
SEBUAH STUDI DESKRIPTIF KUALITATIF.
49-62
Apriliana Laily Fitri, Binta S.K.A. Sasongko, Eka P. Azrai
PENGARUH MODEL PEMBELAJARAN AzuAS DENGAN
PENDEKATAN CTL TERHADAP HASIL BELAJAR BIOLOGI
SISWA KELAS VII SMPN 1 PADANG
63-70
Arcli.), Ramadhon Smnarmin*), Friska Ellen-.)
KEARIFAN LOKAL PENGGLTNAAN TUMBUHAN OBAT OLEH
SUKU LEMBAK DELAPAN DI KABUPATEN BENGKULU
TENGAI{, BENGKULU
Ariefo Prinmir Yani / FKIP Ltniversitas Bengkulu
il
71.-74
PENGARUH PEMBERIAN FTINGI MIKORIZA MULTISPORA
TE,RHADAP PRODUKSI TANAMAN JAGLING (ZEA MAYSL.)
Gustina Indriati. ; Liza lrda Ningsih. ; Rizki.
IMPOTANCE
323-328
VALUE OF GROLIND VEGETATION AT TWO
RUBBER PLANTATIONS, TNDRALAYA.
SOUTH
SUMATERAERROR! BOOKMARK NOT DEFINED.
329-332
Han{a Marisa & Salni
KONSERVASI INDIGENOUS SPECIE,S EKOSISTEM HUTAN
333-338
RAWA GAMBUT RIAU
Haris Gtmmranl , Alunad Muhammadt, Ntu'ul Qomar2
SCREENINC OF
BIOSURFACTANT
PRODUCING
HYDROCARBONOCLASTIC BACTERIA AS A BIOREMEDIATION
AGENT OF PETROLEUM CONTAMINATED ENVIRONMENT
Hary Widjajanti, Muharni. dan Mi{at
CHARACTERIZATION OF VECTOR DNA MICROSATELLITE
DENGUE HEMORRAGIC FEVER (DHF) AEDES AEGYPTI WITH
ENzuCHMENT METHOD
Hasmiwatit, Djong Hon Tjongz dan
Dessl' Arisanty
339-346
347-356
3
PENGGUNAAN BIJI ASAM JAWA (TAMARINDUS INDICA L.) DAN
BIJI KECIPIR (PSOPHOCAfuPUS TETRAGONOLOBUS L.) SEBAGAI
KOAGULAN ALAMI DALAM PERBAIKAN KUALITAS AIR
TANAH
Hendrav,ati'. Delsy Syamsumarsih
t.
Nm'hasni
357-370
I
HISTOLOGI ULAS VAGINA DAN WAKTU SIKLUS ESTRUS MASA
SUBUR MENCIT BETINA SETELAH PEN4BE,RIAN EKSTRAK
RIMPANG RUMPUT TE,KI
371-376
Drs. Hendri Busman, h[.Biomed
HIBzuD F1 KACANG HIJAU (''IGNA RADIATA L. ) HASIL
PERSILANGAN VARIETAS KENARI X KULTIVAR LOKAL
KAMPAR
'Hermarr,
377-380
tDewi Inclritani Roslim ctan 2ZttlkiTi
(ECHONOIDEA) DI PULAU
CINGKUAK. PULAU SIKUAI DAN PULAU SETAN SUMATERA
KOMUNITAS BULU
BABI
BARAT
381-388
Indra Junaidi Zakaria
DESAIN DAN PENGAYAAN KANDANG DALAM UPAYA
KONSERVASI EX-SITU TARSIUS BANCANUS SALTATOR DI
GLTNUNG TAJAM, PULAU BELITLTNG
Indra Yttstian & Nadya B. Silva Lestari
VI
389-398
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Characterization of vector DNA microsatellite Dengue
Hemorragic Fever @HF) Aecles aegypti rvith Enrichment
Method
Hasmiwatir, Djong Hon fjong2 dan Dessy Arisanty
r
t
3
Parasitologt Deyision, nedictl Facul4,, .-lndulu.s L'niversiq'. Puclung
E ma i I : ha s tn it at i 6 5 @lgma il. c o nt
2
Biolog,, Deparrement, llathenitic toul Scicnce Fttcultt,,
I ndal as L'n ir e rs i t y', P atlu n g
Biochemestry Deyi.sion, metlicul Fac 4', ;lntlctlus fhtit'crsitl', Putkng
Abstrak. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi DNA mikrosateiit dari nlamuk
Aedes aeg;pti dengan metode Enrichment (Pengal'aan). DNA diisolasi dan sc'lanjutnya
dilakukan pemolongan dengan enzim restriksi secara simultan menggunakan enzim.\lu l.
Rsal dan Hinc II . Selanjutnya diligasi dengan adaptor Mlul (terdifi dari 2l - mc'r: 5' CTC
TTG CTT ACG CGT GGA CTA3'dan phosporilated 25-mer pada uiung 5': I ACA CGA
GAA CGA A TG GCA CCT GATp 5'). Sebanyak 6 oligonukleotida bennotit rnikrosatelit
(AT)ro ,(CT)ro (GT)rq. (AC)20 (AG):o dan (GC)ro) di hibridisasi menggunakan membran
Hybon. Fragmen hasil hibridisasi di elusi dan diamplihkasi ( PCR )dengan menggunakan
primer 21- mer. Hasil penelitian ini menunjukan produk amplifikasi dari DNA elusi
didapatkan fragmen berukuran 700 bp, 610 bp, 550 bp, 490 bp dan -150 bp y'ang
merupakan kandidat fragmen DNA yang mengandung motif mikosatelit. Dari penelitian ini
dapat disimpulkan metode pengayaan ( enrichment) dapat menghasilkan kanclidat fragmen
DNA mikosatelit Aedes aegtpti vektor DBD di Sumatera Barat.
Key rvords: ledes aeg)pti,lsolasi, Pengayaan, Hibridisasi dan DNA Mikosatelit
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Demam berdarah Dengue (DBD)
merupakan salah satu penyakit yang
bermasalah besar di daerah tropik dan
subtropik . Populasi nyamuk Aedes aeg,pti
yang berasal dari daerah geografi berbeda
dapat berbeda dan menunjukan kapasitas
vektorialnyaa atau kerentanannya terhadap
virus dengue j uga berbeda.
Pengendalian nyamuk selama ini
biasanya dilakukan kalau terjadi epidemik
DBD di suatu lokasi dengan fogging
menggunakan insektisida. Penggunaan
inseksida yang terus menerus akan
menyebabkan nyamuk menjadi resisten,
jika nyamuk telah resisten maka
kemampuan menularkannya
semakin
terjadinya
pemanasan global maka akan berpengaruh
tinggi, selain itu dengan
terhadap jumlah populasi nyamuk sehingga
kasus DBD selalu terjadi maka salah satu
altematil'e dalam usaha pengendaliannya
dapat dilakukan secara genetik.
Usaha pengendalian nyamuk,.lecle.r
ueglpli secan genetik adalah dengan
mengetahui dilersitasnva.
Diversitas
genelik meliputi struktur generik. aliran ren
dan differensiasi antar dan inter populasi.
Diversitas generik dapat dipelajari dengan
mcnggunakan beberapa marker seperti
allozim, RAPD, RFLP dan DNA
mikrosatelit (Lovin. de Brul'n. fiemnre.
Mori, Epstein, Harker, Streit dan Ser erson.
2009). DNA Mikrosatelit rnerupakan salah
satu tool (marker/penanda) molekuler lang
dikembangkan untuk mempelajari genetika
populasi dan diversitas
genetik
pada
serangga dan merupakan salah satu marker
yang mempunyai tingkat kepercayaan lang
tinggi (Jarne dan Lagoda, 1996). Istilah
& &*
?o13Ft-rpAui.t t347
Hasmiwati, Characterization ofvector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
mikosatelit yang sering digunakan oleh
para peneliti antara lain : Short Tandem
Repeat (STR) (Craig, et ai. 1988) ; dan
METODE PENELITIAN
Cara Kerja
Simple Sequences Repeats (SSRs) (Jacob
et.al. l99l). Mikosatelit juga
merupakan
penanda genetik yang serir,g digunakan
untuk mempelajari system perkawinan dan
struktur populasi (Steffen et al. 1993),
pautan (linkage), pemetaan kromosom dan
analisa populasi (Silva et a/. 1999)
Penelitian tentang diversitas genetik
Aedes aegeti berdasarkan DNA
mikosatelit telah dilakukan antara lain oleh
Huber, Mousson, Rodhain dan Failloux
(1999) yaitu sekqen mikrosatelit sebagai
marker dalam studi genetik Aedes aegypti
sebagai vektor DBD. Ravel, Monteny,
Olmos, Verdugo dan Cuny (2001)
melakukan studi awal tentang genetika
populasi Aedes aeg,,pti di Mexico. Lovin,
de Bruyn, Hemme, Mori, Epstein, Harker,
Streit dan Severson (2009) mengenai
pengembangan polimorfik DNA
mikosatelit dan validasi serta
study
populasi genetika nyamuk Aedes aegtpti di
Haiti. Kemudian Paupy, Brengues, Ndiath,
ToB, Herve dan Simard (2010)
menggabungkan data morfologi dan DNA
mikosatelit untuk melihat variabilitas
morfologi dan genetik Aedes oeg;pti di
Niakhar, Senegal.
DBD menjadi lebih
komplek di Sumatera Barat karena
mobilitas penduduk yang tinggi dan
Penanganan kasus
penyebaran vektomya, yang cepat melalui
transportasi oleh karena itu perlu
perancangan primer penanda (marker)
genetik berdasarkan DNA mikosatelit
unluk Aedes aeg,;pti di Sumatera Barat
penting dilakukan, hal ini akan menjadi
dasar dalam pengendalian nyamuk vektor
DBD ini terutama terkait dengan kebijakan
penyusunan strategi pengendalian vektor.
Tujuan Penelitian ini adalah
mengkarakterisasi DNA mikrosatelit
dengan metode Enrichment (Pengayaan).
34815!$;.*
20'13 f HIPA
VnL
@&
Isolasi DNA n1'amuk
DNA nyamuk disolasi menurut prosedur
([{oelzel, 1994) y'ang telah dimodifikasi
oleh Anggraini ,l 998), yaitu CTAB (Cet1 l
Trimetyl ammonium Bromide) dipanaskan
oC
pada waterbath 60
selama l0 menit dan
penambahan proteinase K.
Elektoforesis
Hasil isolasi DNA dicek dengan
menggunakan gel elektroforesis 1.2 Yo
dalam buffer 0,5 TBE (Sambrook et al,
1989). Krvantitas (Konsentrasi) DNA lang
didapat dengan rnembandingkanya dengan
)" DNA, selain itu konsentrasi DNA diukur
dengan mcnggunakan nano Drop. Setelah
itu sampel disimpan pada -20oC sebelum
digunakan untuk proses berikutnya.
Restriksi/Pemotongan DNA
Pemotongan DNA genom (sesuai
dari
dengan instruksi pemasok enzim )
DNA
di
genom
potong dengan
menggunakan enzim Alu I , Rsa I dan Hind
(Vivantis), secara simultan. diinkubasi
ll
pada suhu 37"C selama 16 jam. Hasil
pemotongan ketiga.enzim restriksi dapat
dicek dengan dgn menggunakan Nano drop.
Ligasi dengan adaptor
DNA yang telah dipotong selanjutnya
di ligasi dengan 3 pg adaptor Mlul (terdiri
dari 2l-mer : 5' CTC TTG CTT ACG CGT
CGA CTA3' dan phosporilated 25-mer
pada ujung 5': 3'ACA CGA GAA CGA A
TG GCA CCT GATp5'). Komposisi ligasi
DNA I pl, adaptor
2l-mer 0,5 pl, adaptor 25-mer I pl. 5x
Rapid ligation buffer 5 pl. T4 DNA ligase
adalah sebagai berikut :
I pl
(Promega-USA) dan nuclease free
water hingga total volume 50 pl, y'ang
diinkubasi pada suhu 4'C selama I malam.
Prosiding Semirata FMIPA Universitos Lampung, 2013
Amplifikasi
Selanjutnya membran disimpan dalam petri
Amplifikasi dilakukan
primer
menggunakan
adaptor 2l-mer.Siklus temperature
PCR yang di gunakan pada penelitian ini
adalah denaturasi arval pada suhu 9-l"C
selama 30 detik I kali, denaturasi 94oC
selama 30 detik, annealing pada suhu 600C
selama lmenit, polimerisasi pada suhu 72
oC selama 2 menit dengan 35 siklus.
polimerisasi akhi 72"C selama l0 menit.
Flasil amplifikasi di cek
dengan
elektroforesis pada gel agarose 1,50lo dalam
0,5x TBE.
Pengavaan Nlikrosatelit
Persiapan Reagen
Oligonukleotida yang digunakan untuk
memperka-va DNA mengandung motif
mikrosatelit adalah : (AT)n (CT)n (GT)n
(AC)n (AG)n (GC)n (Slotman et aI.2007),
6 Oligonukleotida dibagi menjadi 3
kelompok membran mengikuti
Kusumarvaty
temperature
(I
999) berdasarkan melting
(Tm) dari
masing-masing
nukleotida
diformulasi oleh
Sambrook et.ul. (1989) dengan rumus : Tm
= 81.5 + 16.6 log [Na+] +0.41 (% G+C)
600/n.
yang
-
Untuk tiap kelompok membran, l0 pl
dari masing-masing nukleotida dicampur
kemudian ditambahkan 5x SSC (Standar
Salin Citrate:75 ml\4 sodium citrate pH 7
dan 750 mM NaCl) hingga total volume
1000 pl. Campuran tersebut diteteskan
diatas membran Hybond N+ berukuran 0.5
cmr (Amersham, Arlington Heigh.lL US).
Kemudian membran dikering anginkan
selama I jam dan diliksatifpada suhu 65"C
selama I jam. selanjutnya didedahkan pada
UV selama 30 detik. Untuk melepaskan
oligonukleotida yang terikat lemah pada
membran- membran dicuci 2x
menggunakan l0 nl butl'er hibridisasi (50%
formamide,3x SSC, 25 mM Na-fosfat, pH7
dan 5% SDS) pada suhu 45'C selama 48
jarn (ganti buffer hibridisasi lx 24 jam).
steril pada suhu -20'C hingga
saat
diperlukan.
Pen
ga1'aan/Enrich men DNA i\Iikrosatelit
Nletode yang digunakan berdasarkan
Edrvard er..r1. ( 1996) dan Zane et.al. (2002)
dengan sedikit modifikasi. Pengayaan
mikrosatelit dibagi atas 3 tabung. Setiap
tabung berisi berisi 50 pl DNA 1'ang telah
terdenaturasi (dimasukan dalam air
mendidih selama l0 menit) dalam 500 pl
buffer hibridisasi ( 5x SSC, 25 mM natrium
phosfat pH 7,0,05% SDS), 2 pg 2l-mer
oligonukleotida dan I membran. Pengayaan
dilakukan pada 3 tabung (tabung I berisi I
membran dan buffer hibridisasi tanpa
formamide, tabung II, I nrembran dengan
buffer hibrisasi dan 25oh lbrmamide dan
tabung III, I membran dengan buffer
hiridisasi dengan 50% formamide.
Hibridisasi pada suhu 50"C selama 48 jam
dengan menagunakan : "Shake 'n Stack
oven hibridisasi. DNA 1'ang terikat atau
yang terhibridisasi pada oligo yang terikat
pada membran dielusi pada suhu 95'C (air
mendidih) dan DNA hasil elusi ini
disimpan pada
-20"
C dan
selanjutnya
diamplifikasi.
Amplifikasi DNA Elusi
DNA hasil elusi diamplifikasi dengan
mc-nggunakan primer adaptor 2l-mer
dengan kondisi PCR : denaturasi awal pada
suhu 94oC selama
30 detik 1
kali,
denaturasi 9.loC selama 30 detik, annealing
pada suhu 60oC selama I
menit,
polimerisasi pada suhu 72'C selama 2
menit dengan 35 siklus, polimerisasi akhir
72oC selama l0 menit. Hasil amplifikasi di
cek dengan elektroforesis pada gel agarose
1,5% dalam 0,5x TBE dengan pewarnaan
dengan Etidium Bronrid 2 pg/100 ml.
Fragmen DNA yang teramplifikasi diamati
dengan Geldoc selanjutnya didokumentasi.
f,.q
H'ry*S.-^-"
zol31ltt}A1,-t l34s
Hasmiwati'Characterization of vector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
enzim restriksi, karena untuk restriksi
HASIL DAN DISKUSI
diperlukan konsentrasi DNA yang tinggi.
Isolasi DNA nyamukAedes aegtpli
Pada penelitian ini DNA nyamuk
disolasi menurut prosedur (Hoelzel, 1994)
yang telah dimodifikasi oleh Anggraini
,1998). Sebanyak 100 ul larutan buffer
CTAB (Cetyl Trimetyl ammonium
Bromide) . Hasil isolasi DNA dicek dengan
gel elektroforesis I ,5 Yo dalam buffer 0,5x
TBE (Sambrook el al., 1989). Hasil isolasi
DNA dapat dilihat pada Gambar l. Hasil
isolasi ini cukup baik karena tidak kelihatan
smear. Untuk mengetahui konsentrasi DNA
dilakukan dengan menggunakan Nano Drop
hasilnya seperti terlihat pada Tabel l.
Konsentrasi yang didapatkan bervariasi
anlara
3,6 sampai 60,9 ng/pl
I
DNA Nyamuk Aedes aegtpti dengan Nano Drop
Nucleic Acid
2601230
260t280
Unit
A260
A280
Conc.
ID
blank
5p
0
26,2
1p
60,9
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0
0,525
1,219
0,328
DNA
0,608
2,01
0,7
0,162
2,03
0,01
0,56
0,06
0,32
0,65
DNA
DNA
DNA
16,4
0
s7
10,7
23,6
29,7
0
23,5
23,9
3,6
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0,215
-0,012
0,093
0,471
0,593
0,216
0,3
2,3
2,18
1,98
ng/prl
0
-0,012
0,01
ng/;rl
o,47
0,6
0,478
0,213
0,226
2,2
ng/pl
ng/pl
2,11
42,8
ng/prl
ng/pl
4s
29
48,6
50,6
0,78
0,15
0,92
0,85
0,98
0,96
0,74
0,14
0,82
1,04
0,12
0,14
0,24
9p
blank
9s
6s
5s
6p
4p
4p
3s
14,2
blank
0
3p
2p
alu
22,4
27
5,5
blank
hind3
5,7
So*:.*
0
?0
13 f
H lP A
U,;l^
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0,072
0,856
0,58
0,973
1,012
0,029
0,387
0,319
0,469
2,52
2,22
1,82
2,07
2,01
0,284
0,503
0,122
0,001
-0,006
-0,12
0,448
0,213
2,1
0,263
0,1 08
2,06
1,02
-0,006
0,027
-0,12
0,541
0,11
0,001
0,114
B&
type
1,9
-0,1
sB
0
sample
-0,03
0,64
-0,002
0,276
blank
s10
|
Gambar 1. Contoh fragmen hasil Isolasi DNA
nyamukAedes aegtpti.
: Konsentrasi
Sample
350
l*:]EfF,*tKffi,#
dengan
kemurnian 1,82 sampai 2,52. Dari hasil ini
dipilih beberapa konsentrasi DNA yang
tinggi untuk selanjutnya dilakukan restriksi
atau pemotongan dengan menggunakan
Tabel
*
2,32,
4,31
0,7
0,06
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Restriksi atau Pemotongan DNA genom
Aedes Aegl'pti
Restriksi dilakukan
dengan
menggunakan enzim restriksi Alu I , Rsal
dan Hind II. sesuai dengan y'ang dilakukan
Edr,vards et al (1996) dan Kusutnarvaty et al
( 2005). Restriksi ini dilakLrkan secara
simultan, hal ini dilakukan untuk
menghasilkan fragmen DNA yang pendek
berukuran 2A0 sampai 1500 bp ,vang
bertujuan untuk memudahkan penempelan
adaptor saat dilakukan ligasi dengan
adaptor. Petnotongan DNA dengarr banl'ak
enzim ini menurut Zane et ul (2002)
bahrva restriksi DNA genom dengan
banyak enzim akan dapat meningkatkan
peluang mendapatkan motif mikrosatelit
dan mengurangi fragrnen sisipan yang
sama.
DNA genom Ae,les aeg'pti yang telah
dipotong dicek dengan elektroforesis,
secara teori dinyatakan bahrva restriksi
DNA genom akan menghasilkan fragmen
yang smear karena banyaknya fragmen
Hasil restriksi ini selanjutnya dilakukan
ligasi dengan adaptor Mul ( terdiri dari 2l mer : 5' CTC TTG CTT ACC CCT GGA
CTA3' dan phosporilated 25-mer pada
ujung 5': 3'ACA CGA GAA CGA A TG
GCA CCT GATp5').
Ligasi fragmen DNA Aedes
Pada penelitian ini dilakr.rkarr dengan
menggunakan kit Ligation (Promega)
prosedur )'ang dilakukan sesuai dengan
)'ang direkomendasikan pabrik dengan
menambahkan adaptor MIul. Hasil ligasi
selanjutnya dimplifikasi (di PCR) dengart
prinrer 21- mer dan
di cek dengan
ini dapat dilihat
pada gambar 3. Hasil ini menunjukan
bahrva terdapatnya fragmen DNA yang
berukuran antara 100 sampai 1000 bp
elektroforesis. Hasil PCR
seseuai dengan hasil restriksi. Hasil ini akan
memberi peluang penempelan mikrosatelit
pada saat dilakukan pengayaan.
yang terpotong namun pada penelitian ini
tidak dapat ditunjukan hasilnya, hal ini
mungkin disebabkan karena konsentrasi
DNA hasil restriksi sangat kecil sehingga
tidak tervisualisasi melalui
aegt'pti
dengan adaptor
Si"e
gel
t:;uut.p
elektroforesis. untuk ini dilakukan dengan
menggunakan Experion I kb. hasilnya
dapat dilihat pada Gambar ? berikut :
I
0*ilt,t)
800hp
-
60OlrP
SB0bP
d
''j
Outl6l
,Ll8trP
1S rlrrp
I
=,1$-
I gi-!hf1
Gambar
3. Produk PCR hasil Ligasi DNA
dengan adaptor IVIiul.
Ganrbar
2. Hasil Restriksi
Genom
aeg,pti -yang dicek
Experion
Aecles
dengan
Ket : M = marker. 1, 2. 3, 4 dan
5
sampel
rryamuk Aecles aeg'tpti
I kb
ffi
$ffii^t"z
zo13 tt4t}A
U.;tr l35L
Hasmiwati,Characterization of vector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
Fragmen DNA genom nyamuk Aedes
aegtpti hasil ligasi telah menunjukan hasil
sesuai dengan target yaitu fragmen dengan
ukuran 100 sampai 1000 bp. Hasil ini
menunjukan hasil yang baik untuk
dilanjutkan untuk dihibridasi dengan motif
hibridisasi. Fragmen DNA genom nyamuk
Hibridisasi
Proses hibridisasi dilakukan dilakukan
pengayaan dengan rnenggunakan 6 macam
motif mikrosatelit. Motif yang dipakai
adalah : (AT)zo ,(CT)zo (GT)zo' (AC):o
(AG)zo dan (GC)zo Ke enam motif
mikrosatelit ini dikelompokkan menjadi 3
Aedes aegypti hasil ligasi telah menunjukan
membran berdasarkan
hasil sesuai dengan target yaitu fragmen
dengan ukuran 100 sampai 1000 bp. Hasil
ini menunjukan hasil yang baik untuk
dilanjutkan untuk dihibridasi dengan motif
metode Edwards
Kusumawaty et
Tm
mengacu pada
et al. (1996) dan
al (2005). Hasil
pengelompokan ini dapat dilihat pada Tabel
3 berikut :
mikrosatelit.
f mikrosatel it) berdasarkan Tm
Membran II
Membran III
Oligonukleotida TI\,{ CC) Oligonukleotida
TM
(oc)
(GT)zo
(AT)zo
34.5
64,3
(AC)zo
64,3
T abel 2 : Pengelompokan ol i gonukleotida (moti
Membr4n I
TM
Oligonukleotida
(oc)
(CT)zo
59,8
(AG)zo
59,8
Setelah hibridisasi dilakukan proses elusi
(pencucian) dan dilakukan PCR untuk
mendapatkan kandidat-kandidat
mikrosatelit yang akan diperbanyak melalui
proses kloning. Proses elusi dilakukan
untuk melepaskan fragmen-fragmen DNA
yang terikat pada membran, yaitu dengan
merendam membran hasil hibridisasi
dengan air mendidih selama l0 menit. Pada
kondisi suhu tinggi diharapkan DNA
sampel yang menempel pada membran
dapat lepas, selanjutnya dilakukan PCR.
Hibridisasi adalah merupakan pengikatan
antara DNA hasil amplifikasi yang telah
terdenaturasi dengan membran nilon
hybon(Amersham, USA) yang telah
mengandung motif mikrosatelit. Untuk
penyiapan membran yang akan digunakan
dalam proses hibridisasi motif yang
digunakan adalah motif non label radioaktif
pemilihan ini dilakukan karena lebih aman
dan murah, jika dibandingkan dengan yang
radioaktif. Motif yang dilabel raioaktif
lebih sensitif tapi kurang arnan dalam
penggLlnaannya.
Dalam
mengusahakan
pengikatan yang kuat oligonukleotida
(motifl) pada membran dilakukan dengan
352
|
Sb;4*
Z0 17
f
t-t tP
A
U,*
@&
pendedahan dengan sinar Ultra Violet.
Setelah itu dilakukan fiksasi pada oven
yang berguna untuk pembentukan ikatan
kovalen antara DNA dan membran. Hal ini
sesuai yang dinyatakan Read &. Mann
(1985) untuk pengikatan yang kuat antara
membran DNA dapat dilakukan dengan
radiasi UV. Dalam proses hibridisasi
digunakan beberapa komponen untuk buffer
hibridisasi seperti SSC, Formamid
dan
SDS. SSC dapat berfungsi untuk
meningkatkan efisiensi transfer yang besar,
formarnid berfungsi untuk menurunkan
suhu hibridisasi sedangkan SDS berfungsi
untuk mencuci ikatan
tidak
Si-e
r 5r:lrJbrf
'l !:rucrbItr
r:i l:r l:)
$ tf
L'
t]
!:l l:! il.
fr.rr)lflf
-afrI}trp
3arrf,trF
:
r:r l.J
lr
t:.
l,JUt:rE!
Gambar
4.
Pengayaan kandidat-kandidat
bermotif
fragmen DNA
mikrosatelit
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung,
2 07
3
KESIN,IPULAN DAN SARAN
S.a
l.j,:t(,t:rl
8[Obil
6 fla)tr F
5'O,lrrp
{OObF
3OObp
:
O
ot,p
I DOt,t'
Gambar
5.
Pengayaan kandidat-kandidat
fragmen DNA
bermotif
mikrosatelit
Ket:610 bp dan 450 bp.
Gambar 3, 4 dan 5 rnemperlihatkan bahrva
diperkirakan adanya kandidat-kandidat
fragmen DNA yang mengandung
mikrosatelit, hal ini dinyatakan oleh Zane
et.al (2002) bahrva metode Enrichment
(pengal'an) adalah strategi yang baik untuk
meningkatkan hasil dan mendapatkan target
yang spesifik dalam mengisolasi penanda
mikrosatelit, juga dinyatakannya
penggunaan waktu yang lebih efisien jika
dibandingkan dengan menggunakan metode
konvensional. Metode konvensional
kurang efisien apalagi untuk spesies yang
mempunyai frekuensi mikrosatelit rendah.
Nyamuk Aedes aegy-pti ditandai dengan
kelimpahan mikrosatelit yang rendah dalam
et.ol.200
genomnya
Kesimpulan
Berdasarkan dari hasil ini dapat diambil
kesimpulan :
l. Proses restriksi secara simultan dengan 3
macam enzim (Alu I, Rsal dan Hind II)
dan ligasi den-lan adaptor iMlul untuk
genom Aetles oeg;pti telah berhasil
didapatkan.
2. Proses Hibridisasi dengan membran
yang bermotif 5 macam motif (CT.AC,
GT. AT dan AC) dengan pengal'aan ini
didapatkan fragmen DNA 700 bp, 610
bp, 550 bp, 490 bp dan 450 bp yang
diduga mengandung motif mikrosatelit.
Saran
Penelitian
ini harus dilanjutkankan
dengan proses kloning untuk mendapat
motif motif mikrosatelit dan
setelah
dilakukan sekuensing akan dilakukan
perancangan primer DNA mikrosatelit
berdasarkan motif dan akan dilakukan uji
generalisasi pada nyamuk Aedes aeg'pti
vektor DBD di Sumatera Barat sehingga
akan menghasilkan suatu Marker
Penanda Molekuler
atau
DNA mikrosatelit.
UCAPAN TERII\TA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih dan
penghargaan yang sebesar-besarnl'a kepada
PROJECTiPROGRAIv'I
HPEQ
PENINGKATAN
KUALITAS
PENDIDIKAN DOKTER (PHKPKPD) FK
UNAND Tahun Anggaran 2012
Saze
t 5 CrOtarf,
I
r_r
Lrijrltrl]
rf tr f!
kepada Staf dan Analis Lab Biomedik
FKUA dan Prot. Dr. sc. agr. Ir. Jamsari.
€l Cl
l) lf, li
SLflfLrp
.1L|O':,f)
:llfta-lhl!
r:i (-l
4'lJ
rL
b
MP sebagai konsultan dalam penelitian ini.
ltr
Ghffi-6[r'
atas
dukungan dana untuk melakukan penelitian.
Ucapan terima kasih juga disampaikan
6
DAFTAR PUSTAICA
Pengayaan kandidat-kandidat
fragmen DNA
bermotif
mikrosatelit
Ket : fragmen 700 bp, 550 bp dan 490 bp.
Anggraini, E.
1998.
Tingkat
Keanekaragaman Genetik nyamuk Aetles
agtpti dari Kotamadya Bandung Dengan
Menggunakan Metoda Random
ffi
gfus.^,"r,
?017
tHtPAtt,;L l3s3
Hasmiwati' Characterization ofvector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHfl Aedes aegypti with Enrichment Method
Amplified Polymorphic DNA RAPD)
PCR. Tesis 52 Institut Tekhnologi
Bandung.
Craig J., Fowler S.,Burgoyne L.A., Scott
A.C., and Harding H.W.J.
1988
Repetitive deoxyribonucleic acid (DNA)
and Human Genom variation ; A concise
review relevant to forensic biology. J.
Forensic. Sci. 33:l I I l-l 126
J. H. A, Datly A.
Edwards,K. J, Baker
Jones
C. And Karp A.
1996.
Microsatellite Libraries Enchired for
Several Microsatellite Sequences in
Hoelzel, A.R. 1994. Moleculer Genetic
Analysis of Poptlation. A.Pratical
Aproach, IRL. Press. Oxford University
Press:71-74.
Huber K, Mousson L, Rodhain F, Failloux
A-B.1999.Microsatellite
sequences
as markers for population genetic studies
of the
mosquito Aedes aegtpti. Am
Trop Med Hyg, 6l :1001-1003.
variability of polymorphic microsatellite
loci in Aedes aegypti the vector of
dengue viruses. Mol. Ecol. Notes 1,219222.-prone spontaneously hypertensive
.
Jarne, P. And Pierre J.L. Lagoda. 1996.
Microsatellites from molecul to
populations and back. Elsivier Sci. :
424429.
Kusumawaty, D. 1999. Isolasi dan
Karakterisasi Mikrosatelit pada Jati
(Tectona grandis). Tesis Magister
Jurusan Biologi Moleculer ITB
Bandung.
Kusumawaty, D., M.M. Margrita. N.R.
Arma dan A. Pancoro. 2005a. Isclation
and Characterization Microsattelites
Locus in Oshronemus
gouramy.
Inteernational Procceding Seminars;
Asian Science and Technology Week
35a lSc*aat 2013 |HIPA U1;l^
Lovin, D.D., Washington, K.O., deBruyn,
B., Hemme, R.R., Mori, A., Epstein,
S.R., Harker, B.W., Streit,
T.G.,
Severson, D.W., 2009. Genome-based
polymorphic microsatellite development
and validation in the mosquito ledes
aeglpti andapplication to population
genetics in Haiti. BMC Genomics 10,
Paupy Christophe C., Brengues C. Ndiath
C, Toty C., Herve JP, Simard F.2010.
Morphological and genetic variability
within Aedes aeg)pti and in Niakhar,
Senegal Genetics and Evolution l0
(2010) 473480.
J Promega. 1999. Protocol and Application
Guide. Edisi ke 3 USA. Promega
Huber, K., Mousson, L., Rodhain, F.,
Failloux, A.B., 2001. Isolation and
67 :657 -662
Biotechnology for
Suistainable Utilization of Biological
Resources in Agriculture and Healt
ASEAN.
590.
Plant. Bio Tecques 20.
rat. Cell
(7tn ASWT):
Corperation.
Silva, F.,Gusmao, L. and Amorim A. 1999.
Segregation analysis of tetra and
pentanucleotide short tandem repeat
polymorphism
: deviation
from
Mendelian expectation. Electrophoresis,
20:1697-1701.
Slotman,
M.A., N.B. Kelly,
L.C.
Harrington, S. Kittahawe, J. W. Jones, T.
W. Scott, A.
Caccone
and
J.R.
Porvell.2007. Polymorphic microsatellite
for studies of Aedes aegg'pti
markers
(Diptera: Culicidae), the vector of
dengue and yellorv fever.Molecular
Ecology Notes. 7 : 168 17 l.
P., Eggen, A., Dietz, A.B.,
Womack, J.E., Stanzinger, G. And fries,
R. 1993. Issolation and mapping
polymorphic microsatellites in catle.
Steffen,
Anim. Genet.
@&
j
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Sambrook, J., Fritscly, EF. And N4aniatis,
T. 1989. Molecular Cloning,
Laboratory Manual. Second Edition.
Cold Spring Harbor Laboratory Press.
New York.
Zane
L, Bargelloni L, and
Patameello T.
microsatellite
Molecular
Ecology
isolation: a revierv.
ll: I-16.
2002. Strategies for
& &*
zolel4tpAu1"* t35s
,J
I
i
I
l
t
C
s
D
,
o
1,G
o
s
,..j
[o]
o
{ ,-!
\_7
"'J
o
l*
c
d
il
ov'
f^\
o
o
o
. )a
o
o
A^^
li{
a,o
6C
o
c
oo
o
o
o
oo
*
"oJ s
e
o
il
o
l'1
o'
o
o
lJ
"o
cr-\
i )"
.*;;12
n'
c"_:
v\
dll
Oa\
q^r
)
,^{,
0
#
{)
s
o
c
I
i
i
I
c
.a;. rF
rir
%
o
L.,
t
8.
ETAHUAN ALAM
FAKULTAS MATEMATIKA DAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
Uniuerritor Lompung, to-t2Mei20t3
Diduhur:g oleh:
e
.
t
{ *
aaa
.:.:dj.FEl
omh :lue
att
,
ll
,-
t{
"-.
'1,
@
.
PH
E
NOM
/
*
alytical
PROSIDING
SEMINAR DAN RAPAT TAHUNAN
Bidang MIPA BKs PTN wilayah Barat Tahun zo1.s
Bandar Lampung, 10 - lZ Mei ZtI13
ISBN 97 8_602 _95559 -2 -O
Dewan Penyunting
Warsito
Sutopo Hadi
Tati Suhartati
Simon Sembiring
Mulyono
Muslim Ansori
Mustofa Usman
Kurnia Muludi
Endang Linirin W
Sumardi
Buhani
Suripto Dwi Yuwono
fani Master
Sugeng Sutiarso
Abdurrahman
Nismah Nukmal
Penyunting Pelaksana
Heri Satria
Kamisah D Pandiangan
EIIy Lestari
Febriandi Hasibuan
Rifqi Alrnusawi R
AS
'..{ItN,
Diterbitkan oleh FMIpA Universitas lampung
Bandar Lampung
Penyunting: Warsito dkk.
rsBN 978-602_9855 9 _2^O
Cetakan Pertama, Tahun Z0L3
@copyright FMIPA Unila
DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR
DAFTAR ISI
i
ii
COOKIES IKAN GABUS SEBAGAI MAKANAN TAMBAHAN
UNTUK IBU HAMIL TRIMESTER II
1-8
Arfi1,anti
FORTTFIKASI COOKIES DAGING SAPI DENGAN BAHAN
MAKANAN SUMBER GIZI UNTUK IBU HAMIL TRIMESTER II
9-16
Arfiyanti
POTENSI CEPHALOPODA SEBAGAI BIOMATERIAL BARU
Abdil Razak*
t7-20
FAKTOR IMUNOMODULATOR KELENJAR SALIVA ANOPHELES
SUNDAICUS SEBAGAI TARGET POTENSIAL DALAM
PEMBUATAN TRANSMISSION BLOCKING VACCINE (TBV)
21-30
MELAWAN MALARIA
Actria/ , Zulkarnain Edwardt, Suci Lestari2
KEANEKARAGAMAN
PEKANtsARU, RIAU
FLORA DAN FAI.INA
DI
KOTA
31-38
Ahmad Muhantnrud
HUBUNGAN ANTARA VALIDITAS BUTIR, RELIABILITAS,
TINGKAT KESUKARAN DAN DAYA PEMBEDA SOAL UJIAN
SEMESTER GENAP BIDANG STUDI BIOLOGI KELAS XI SMA/MA
NEGEzu DI KOTA PADANG TAHLIN PELAJARAN 2O1,u2O1,I*
39-48
'
Anizam Zein**, Mulryiatul Fadillah**, Rahnta Novianti***
ANALISIS KESINAMBLINGAN MATERI BIOLOGI PADA BUKU
SEKOLAH ELEKTRONIK (BSE) JENJANG SD, SMP, DAN SMA.
SEBUAH STUDI DESKRIPTIF KUALITATIF.
49-62
Apriliana Laily Fitri, Binta S.K.A. Sasongko, Eka P. Azrai
PENGARUH MODEL PEMBELAJARAN AzuAS DENGAN
PENDEKATAN CTL TERHADAP HASIL BELAJAR BIOLOGI
SISWA KELAS VII SMPN 1 PADANG
63-70
Arcli.), Ramadhon Smnarmin*), Friska Ellen-.)
KEARIFAN LOKAL PENGGLTNAAN TUMBUHAN OBAT OLEH
SUKU LEMBAK DELAPAN DI KABUPATEN BENGKULU
TENGAI{, BENGKULU
Ariefo Prinmir Yani / FKIP Ltniversitas Bengkulu
il
71.-74
PENGARUH PEMBERIAN FTINGI MIKORIZA MULTISPORA
TE,RHADAP PRODUKSI TANAMAN JAGLING (ZEA MAYSL.)
Gustina Indriati. ; Liza lrda Ningsih. ; Rizki.
IMPOTANCE
323-328
VALUE OF GROLIND VEGETATION AT TWO
RUBBER PLANTATIONS, TNDRALAYA.
SOUTH
SUMATERAERROR! BOOKMARK NOT DEFINED.
329-332
Han{a Marisa & Salni
KONSERVASI INDIGENOUS SPECIE,S EKOSISTEM HUTAN
333-338
RAWA GAMBUT RIAU
Haris Gtmmranl , Alunad Muhammadt, Ntu'ul Qomar2
SCREENINC OF
BIOSURFACTANT
PRODUCING
HYDROCARBONOCLASTIC BACTERIA AS A BIOREMEDIATION
AGENT OF PETROLEUM CONTAMINATED ENVIRONMENT
Hary Widjajanti, Muharni. dan Mi{at
CHARACTERIZATION OF VECTOR DNA MICROSATELLITE
DENGUE HEMORRAGIC FEVER (DHF) AEDES AEGYPTI WITH
ENzuCHMENT METHOD
Hasmiwatit, Djong Hon Tjongz dan
Dessl' Arisanty
339-346
347-356
3
PENGGUNAAN BIJI ASAM JAWA (TAMARINDUS INDICA L.) DAN
BIJI KECIPIR (PSOPHOCAfuPUS TETRAGONOLOBUS L.) SEBAGAI
KOAGULAN ALAMI DALAM PERBAIKAN KUALITAS AIR
TANAH
Hendrav,ati'. Delsy Syamsumarsih
t.
Nm'hasni
357-370
I
HISTOLOGI ULAS VAGINA DAN WAKTU SIKLUS ESTRUS MASA
SUBUR MENCIT BETINA SETELAH PEN4BE,RIAN EKSTRAK
RIMPANG RUMPUT TE,KI
371-376
Drs. Hendri Busman, h[.Biomed
HIBzuD F1 KACANG HIJAU (''IGNA RADIATA L. ) HASIL
PERSILANGAN VARIETAS KENARI X KULTIVAR LOKAL
KAMPAR
'Hermarr,
377-380
tDewi Inclritani Roslim ctan 2ZttlkiTi
(ECHONOIDEA) DI PULAU
CINGKUAK. PULAU SIKUAI DAN PULAU SETAN SUMATERA
KOMUNITAS BULU
BABI
BARAT
381-388
Indra Junaidi Zakaria
DESAIN DAN PENGAYAAN KANDANG DALAM UPAYA
KONSERVASI EX-SITU TARSIUS BANCANUS SALTATOR DI
GLTNUNG TAJAM, PULAU BELITLTNG
Indra Yttstian & Nadya B. Silva Lestari
VI
389-398
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Characterization of vector DNA microsatellite Dengue
Hemorragic Fever @HF) Aecles aegypti rvith Enrichment
Method
Hasmiwatir, Djong Hon fjong2 dan Dessy Arisanty
r
t
3
Parasitologt Deyision, nedictl Facul4,, .-lndulu.s L'niversiq'. Puclung
E ma i I : ha s tn it at i 6 5 @lgma il. c o nt
2
Biolog,, Deparrement, llathenitic toul Scicnce Fttcultt,,
I ndal as L'n ir e rs i t y', P atlu n g
Biochemestry Deyi.sion, metlicul Fac 4', ;lntlctlus fhtit'crsitl', Putkng
Abstrak. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi DNA mikrosateiit dari nlamuk
Aedes aeg;pti dengan metode Enrichment (Pengal'aan). DNA diisolasi dan sc'lanjutnya
dilakukan pemolongan dengan enzim restriksi secara simultan menggunakan enzim.\lu l.
Rsal dan Hinc II . Selanjutnya diligasi dengan adaptor Mlul (terdifi dari 2l - mc'r: 5' CTC
TTG CTT ACG CGT GGA CTA3'dan phosporilated 25-mer pada uiung 5': I ACA CGA
GAA CGA A TG GCA CCT GATp 5'). Sebanyak 6 oligonukleotida bennotit rnikrosatelit
(AT)ro ,(CT)ro (GT)rq. (AC)20 (AG):o dan (GC)ro) di hibridisasi menggunakan membran
Hybon. Fragmen hasil hibridisasi di elusi dan diamplihkasi ( PCR )dengan menggunakan
primer 21- mer. Hasil penelitian ini menunjukan produk amplifikasi dari DNA elusi
didapatkan fragmen berukuran 700 bp, 610 bp, 550 bp, 490 bp dan -150 bp y'ang
merupakan kandidat fragmen DNA yang mengandung motif mikosatelit. Dari penelitian ini
dapat disimpulkan metode pengayaan ( enrichment) dapat menghasilkan kanclidat fragmen
DNA mikosatelit Aedes aegtpti vektor DBD di Sumatera Barat.
Key rvords: ledes aeg)pti,lsolasi, Pengayaan, Hibridisasi dan DNA Mikosatelit
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Demam berdarah Dengue (DBD)
merupakan salah satu penyakit yang
bermasalah besar di daerah tropik dan
subtropik . Populasi nyamuk Aedes aeg,pti
yang berasal dari daerah geografi berbeda
dapat berbeda dan menunjukan kapasitas
vektorialnyaa atau kerentanannya terhadap
virus dengue j uga berbeda.
Pengendalian nyamuk selama ini
biasanya dilakukan kalau terjadi epidemik
DBD di suatu lokasi dengan fogging
menggunakan insektisida. Penggunaan
inseksida yang terus menerus akan
menyebabkan nyamuk menjadi resisten,
jika nyamuk telah resisten maka
kemampuan menularkannya
semakin
terjadinya
pemanasan global maka akan berpengaruh
tinggi, selain itu dengan
terhadap jumlah populasi nyamuk sehingga
kasus DBD selalu terjadi maka salah satu
altematil'e dalam usaha pengendaliannya
dapat dilakukan secara genetik.
Usaha pengendalian nyamuk,.lecle.r
ueglpli secan genetik adalah dengan
mengetahui dilersitasnva.
Diversitas
genelik meliputi struktur generik. aliran ren
dan differensiasi antar dan inter populasi.
Diversitas generik dapat dipelajari dengan
mcnggunakan beberapa marker seperti
allozim, RAPD, RFLP dan DNA
mikrosatelit (Lovin. de Brul'n. fiemnre.
Mori, Epstein, Harker, Streit dan Ser erson.
2009). DNA Mikrosatelit rnerupakan salah
satu tool (marker/penanda) molekuler lang
dikembangkan untuk mempelajari genetika
populasi dan diversitas
genetik
pada
serangga dan merupakan salah satu marker
yang mempunyai tingkat kepercayaan lang
tinggi (Jarne dan Lagoda, 1996). Istilah
& &*
?o13Ft-rpAui.t t347
Hasmiwati, Characterization ofvector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
mikosatelit yang sering digunakan oleh
para peneliti antara lain : Short Tandem
Repeat (STR) (Craig, et ai. 1988) ; dan
METODE PENELITIAN
Cara Kerja
Simple Sequences Repeats (SSRs) (Jacob
et.al. l99l). Mikosatelit juga
merupakan
penanda genetik yang serir,g digunakan
untuk mempelajari system perkawinan dan
struktur populasi (Steffen et al. 1993),
pautan (linkage), pemetaan kromosom dan
analisa populasi (Silva et a/. 1999)
Penelitian tentang diversitas genetik
Aedes aegeti berdasarkan DNA
mikosatelit telah dilakukan antara lain oleh
Huber, Mousson, Rodhain dan Failloux
(1999) yaitu sekqen mikrosatelit sebagai
marker dalam studi genetik Aedes aegypti
sebagai vektor DBD. Ravel, Monteny,
Olmos, Verdugo dan Cuny (2001)
melakukan studi awal tentang genetika
populasi Aedes aeg,,pti di Mexico. Lovin,
de Bruyn, Hemme, Mori, Epstein, Harker,
Streit dan Severson (2009) mengenai
pengembangan polimorfik DNA
mikosatelit dan validasi serta
study
populasi genetika nyamuk Aedes aegtpti di
Haiti. Kemudian Paupy, Brengues, Ndiath,
ToB, Herve dan Simard (2010)
menggabungkan data morfologi dan DNA
mikosatelit untuk melihat variabilitas
morfologi dan genetik Aedes oeg;pti di
Niakhar, Senegal.
DBD menjadi lebih
komplek di Sumatera Barat karena
mobilitas penduduk yang tinggi dan
Penanganan kasus
penyebaran vektomya, yang cepat melalui
transportasi oleh karena itu perlu
perancangan primer penanda (marker)
genetik berdasarkan DNA mikosatelit
unluk Aedes aeg,;pti di Sumatera Barat
penting dilakukan, hal ini akan menjadi
dasar dalam pengendalian nyamuk vektor
DBD ini terutama terkait dengan kebijakan
penyusunan strategi pengendalian vektor.
Tujuan Penelitian ini adalah
mengkarakterisasi DNA mikrosatelit
dengan metode Enrichment (Pengayaan).
34815!$;.*
20'13 f HIPA
VnL
@&
Isolasi DNA n1'amuk
DNA nyamuk disolasi menurut prosedur
([{oelzel, 1994) y'ang telah dimodifikasi
oleh Anggraini ,l 998), yaitu CTAB (Cet1 l
Trimetyl ammonium Bromide) dipanaskan
oC
pada waterbath 60
selama l0 menit dan
penambahan proteinase K.
Elektoforesis
Hasil isolasi DNA dicek dengan
menggunakan gel elektroforesis 1.2 Yo
dalam buffer 0,5 TBE (Sambrook et al,
1989). Krvantitas (Konsentrasi) DNA lang
didapat dengan rnembandingkanya dengan
)" DNA, selain itu konsentrasi DNA diukur
dengan mcnggunakan nano Drop. Setelah
itu sampel disimpan pada -20oC sebelum
digunakan untuk proses berikutnya.
Restriksi/Pemotongan DNA
Pemotongan DNA genom (sesuai
dari
dengan instruksi pemasok enzim )
DNA
di
genom
potong dengan
menggunakan enzim Alu I , Rsa I dan Hind
(Vivantis), secara simultan. diinkubasi
ll
pada suhu 37"C selama 16 jam. Hasil
pemotongan ketiga.enzim restriksi dapat
dicek dengan dgn menggunakan Nano drop.
Ligasi dengan adaptor
DNA yang telah dipotong selanjutnya
di ligasi dengan 3 pg adaptor Mlul (terdiri
dari 2l-mer : 5' CTC TTG CTT ACG CGT
CGA CTA3' dan phosporilated 25-mer
pada ujung 5': 3'ACA CGA GAA CGA A
TG GCA CCT GATp5'). Komposisi ligasi
DNA I pl, adaptor
2l-mer 0,5 pl, adaptor 25-mer I pl. 5x
Rapid ligation buffer 5 pl. T4 DNA ligase
adalah sebagai berikut :
I pl
(Promega-USA) dan nuclease free
water hingga total volume 50 pl, y'ang
diinkubasi pada suhu 4'C selama I malam.
Prosiding Semirata FMIPA Universitos Lampung, 2013
Amplifikasi
Selanjutnya membran disimpan dalam petri
Amplifikasi dilakukan
primer
menggunakan
adaptor 2l-mer.Siklus temperature
PCR yang di gunakan pada penelitian ini
adalah denaturasi arval pada suhu 9-l"C
selama 30 detik I kali, denaturasi 94oC
selama 30 detik, annealing pada suhu 600C
selama lmenit, polimerisasi pada suhu 72
oC selama 2 menit dengan 35 siklus.
polimerisasi akhi 72"C selama l0 menit.
Flasil amplifikasi di cek
dengan
elektroforesis pada gel agarose 1,50lo dalam
0,5x TBE.
Pengavaan Nlikrosatelit
Persiapan Reagen
Oligonukleotida yang digunakan untuk
memperka-va DNA mengandung motif
mikrosatelit adalah : (AT)n (CT)n (GT)n
(AC)n (AG)n (GC)n (Slotman et aI.2007),
6 Oligonukleotida dibagi menjadi 3
kelompok membran mengikuti
Kusumarvaty
temperature
(I
999) berdasarkan melting
(Tm) dari
masing-masing
nukleotida
diformulasi oleh
Sambrook et.ul. (1989) dengan rumus : Tm
= 81.5 + 16.6 log [Na+] +0.41 (% G+C)
600/n.
yang
-
Untuk tiap kelompok membran, l0 pl
dari masing-masing nukleotida dicampur
kemudian ditambahkan 5x SSC (Standar
Salin Citrate:75 ml\4 sodium citrate pH 7
dan 750 mM NaCl) hingga total volume
1000 pl. Campuran tersebut diteteskan
diatas membran Hybond N+ berukuran 0.5
cmr (Amersham, Arlington Heigh.lL US).
Kemudian membran dikering anginkan
selama I jam dan diliksatifpada suhu 65"C
selama I jam. selanjutnya didedahkan pada
UV selama 30 detik. Untuk melepaskan
oligonukleotida yang terikat lemah pada
membran- membran dicuci 2x
menggunakan l0 nl butl'er hibridisasi (50%
formamide,3x SSC, 25 mM Na-fosfat, pH7
dan 5% SDS) pada suhu 45'C selama 48
jarn (ganti buffer hibridisasi lx 24 jam).
steril pada suhu -20'C hingga
saat
diperlukan.
Pen
ga1'aan/Enrich men DNA i\Iikrosatelit
Nletode yang digunakan berdasarkan
Edrvard er..r1. ( 1996) dan Zane et.al. (2002)
dengan sedikit modifikasi. Pengayaan
mikrosatelit dibagi atas 3 tabung. Setiap
tabung berisi berisi 50 pl DNA 1'ang telah
terdenaturasi (dimasukan dalam air
mendidih selama l0 menit) dalam 500 pl
buffer hibridisasi ( 5x SSC, 25 mM natrium
phosfat pH 7,0,05% SDS), 2 pg 2l-mer
oligonukleotida dan I membran. Pengayaan
dilakukan pada 3 tabung (tabung I berisi I
membran dan buffer hibridisasi tanpa
formamide, tabung II, I nrembran dengan
buffer hibrisasi dan 25oh lbrmamide dan
tabung III, I membran dengan buffer
hiridisasi dengan 50% formamide.
Hibridisasi pada suhu 50"C selama 48 jam
dengan menagunakan : "Shake 'n Stack
oven hibridisasi. DNA 1'ang terikat atau
yang terhibridisasi pada oligo yang terikat
pada membran dielusi pada suhu 95'C (air
mendidih) dan DNA hasil elusi ini
disimpan pada
-20"
C dan
selanjutnya
diamplifikasi.
Amplifikasi DNA Elusi
DNA hasil elusi diamplifikasi dengan
mc-nggunakan primer adaptor 2l-mer
dengan kondisi PCR : denaturasi awal pada
suhu 94oC selama
30 detik 1
kali,
denaturasi 9.loC selama 30 detik, annealing
pada suhu 60oC selama I
menit,
polimerisasi pada suhu 72'C selama 2
menit dengan 35 siklus, polimerisasi akhir
72oC selama l0 menit. Hasil amplifikasi di
cek dengan elektroforesis pada gel agarose
1,5% dalam 0,5x TBE dengan pewarnaan
dengan Etidium Bronrid 2 pg/100 ml.
Fragmen DNA yang teramplifikasi diamati
dengan Geldoc selanjutnya didokumentasi.
f,.q
H'ry*S.-^-"
zol31ltt}A1,-t l34s
Hasmiwati'Characterization of vector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
enzim restriksi, karena untuk restriksi
HASIL DAN DISKUSI
diperlukan konsentrasi DNA yang tinggi.
Isolasi DNA nyamukAedes aegtpli
Pada penelitian ini DNA nyamuk
disolasi menurut prosedur (Hoelzel, 1994)
yang telah dimodifikasi oleh Anggraini
,1998). Sebanyak 100 ul larutan buffer
CTAB (Cetyl Trimetyl ammonium
Bromide) . Hasil isolasi DNA dicek dengan
gel elektroforesis I ,5 Yo dalam buffer 0,5x
TBE (Sambrook el al., 1989). Hasil isolasi
DNA dapat dilihat pada Gambar l. Hasil
isolasi ini cukup baik karena tidak kelihatan
smear. Untuk mengetahui konsentrasi DNA
dilakukan dengan menggunakan Nano Drop
hasilnya seperti terlihat pada Tabel l.
Konsentrasi yang didapatkan bervariasi
anlara
3,6 sampai 60,9 ng/pl
I
DNA Nyamuk Aedes aegtpti dengan Nano Drop
Nucleic Acid
2601230
260t280
Unit
A260
A280
Conc.
ID
blank
5p
0
26,2
1p
60,9
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0
0,525
1,219
0,328
DNA
0,608
2,01
0,7
0,162
2,03
0,01
0,56
0,06
0,32
0,65
DNA
DNA
DNA
16,4
0
s7
10,7
23,6
29,7
0
23,5
23,9
3,6
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0,215
-0,012
0,093
0,471
0,593
0,216
0,3
2,3
2,18
1,98
ng/prl
0
-0,012
0,01
ng/;rl
o,47
0,6
0,478
0,213
0,226
2,2
ng/pl
ng/pl
2,11
42,8
ng/prl
ng/pl
4s
29
48,6
50,6
0,78
0,15
0,92
0,85
0,98
0,96
0,74
0,14
0,82
1,04
0,12
0,14
0,24
9p
blank
9s
6s
5s
6p
4p
4p
3s
14,2
blank
0
3p
2p
alu
22,4
27
5,5
blank
hind3
5,7
So*:.*
0
?0
13 f
H lP A
U,;l^
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
ng/pl
0,072
0,856
0,58
0,973
1,012
0,029
0,387
0,319
0,469
2,52
2,22
1,82
2,07
2,01
0,284
0,503
0,122
0,001
-0,006
-0,12
0,448
0,213
2,1
0,263
0,1 08
2,06
1,02
-0,006
0,027
-0,12
0,541
0,11
0,001
0,114
B&
type
1,9
-0,1
sB
0
sample
-0,03
0,64
-0,002
0,276
blank
s10
|
Gambar 1. Contoh fragmen hasil Isolasi DNA
nyamukAedes aegtpti.
: Konsentrasi
Sample
350
l*:]EfF,*tKffi,#
dengan
kemurnian 1,82 sampai 2,52. Dari hasil ini
dipilih beberapa konsentrasi DNA yang
tinggi untuk selanjutnya dilakukan restriksi
atau pemotongan dengan menggunakan
Tabel
*
2,32,
4,31
0,7
0,06
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
DNA
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Restriksi atau Pemotongan DNA genom
Aedes Aegl'pti
Restriksi dilakukan
dengan
menggunakan enzim restriksi Alu I , Rsal
dan Hind II. sesuai dengan y'ang dilakukan
Edr,vards et al (1996) dan Kusutnarvaty et al
( 2005). Restriksi ini dilakLrkan secara
simultan, hal ini dilakukan untuk
menghasilkan fragmen DNA yang pendek
berukuran 2A0 sampai 1500 bp ,vang
bertujuan untuk memudahkan penempelan
adaptor saat dilakukan ligasi dengan
adaptor. Petnotongan DNA dengarr banl'ak
enzim ini menurut Zane et ul (2002)
bahrva restriksi DNA genom dengan
banyak enzim akan dapat meningkatkan
peluang mendapatkan motif mikrosatelit
dan mengurangi fragrnen sisipan yang
sama.
DNA genom Ae,les aeg'pti yang telah
dipotong dicek dengan elektroforesis,
secara teori dinyatakan bahrva restriksi
DNA genom akan menghasilkan fragmen
yang smear karena banyaknya fragmen
Hasil restriksi ini selanjutnya dilakukan
ligasi dengan adaptor Mul ( terdiri dari 2l mer : 5' CTC TTG CTT ACC CCT GGA
CTA3' dan phosporilated 25-mer pada
ujung 5': 3'ACA CGA GAA CGA A TG
GCA CCT GATp5').
Ligasi fragmen DNA Aedes
Pada penelitian ini dilakr.rkarr dengan
menggunakan kit Ligation (Promega)
prosedur )'ang dilakukan sesuai dengan
)'ang direkomendasikan pabrik dengan
menambahkan adaptor MIul. Hasil ligasi
selanjutnya dimplifikasi (di PCR) dengart
prinrer 21- mer dan
di cek dengan
ini dapat dilihat
pada gambar 3. Hasil ini menunjukan
bahrva terdapatnya fragmen DNA yang
berukuran antara 100 sampai 1000 bp
elektroforesis. Hasil PCR
seseuai dengan hasil restriksi. Hasil ini akan
memberi peluang penempelan mikrosatelit
pada saat dilakukan pengayaan.
yang terpotong namun pada penelitian ini
tidak dapat ditunjukan hasilnya, hal ini
mungkin disebabkan karena konsentrasi
DNA hasil restriksi sangat kecil sehingga
tidak tervisualisasi melalui
aegt'pti
dengan adaptor
Si"e
gel
t:;uut.p
elektroforesis. untuk ini dilakukan dengan
menggunakan Experion I kb. hasilnya
dapat dilihat pada Gambar ? berikut :
I
0*ilt,t)
800hp
-
60OlrP
SB0bP
d
''j
Outl6l
,Ll8trP
1S rlrrp
I
=,1$-
I gi-!hf1
Gambar
3. Produk PCR hasil Ligasi DNA
dengan adaptor IVIiul.
Ganrbar
2. Hasil Restriksi
Genom
aeg,pti -yang dicek
Experion
Aecles
dengan
Ket : M = marker. 1, 2. 3, 4 dan
5
sampel
rryamuk Aecles aeg'tpti
I kb
ffi
$ffii^t"z
zo13 tt4t}A
U.;tr l35L
Hasmiwati,Characterization of vector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHF) Aedes aegypti with Enrichment Method
Fragmen DNA genom nyamuk Aedes
aegtpti hasil ligasi telah menunjukan hasil
sesuai dengan target yaitu fragmen dengan
ukuran 100 sampai 1000 bp. Hasil ini
menunjukan hasil yang baik untuk
dilanjutkan untuk dihibridasi dengan motif
hibridisasi. Fragmen DNA genom nyamuk
Hibridisasi
Proses hibridisasi dilakukan dilakukan
pengayaan dengan rnenggunakan 6 macam
motif mikrosatelit. Motif yang dipakai
adalah : (AT)zo ,(CT)zo (GT)zo' (AC):o
(AG)zo dan (GC)zo Ke enam motif
mikrosatelit ini dikelompokkan menjadi 3
Aedes aegypti hasil ligasi telah menunjukan
membran berdasarkan
hasil sesuai dengan target yaitu fragmen
dengan ukuran 100 sampai 1000 bp. Hasil
ini menunjukan hasil yang baik untuk
dilanjutkan untuk dihibridasi dengan motif
metode Edwards
Kusumawaty et
Tm
mengacu pada
et al. (1996) dan
al (2005). Hasil
pengelompokan ini dapat dilihat pada Tabel
3 berikut :
mikrosatelit.
f mikrosatel it) berdasarkan Tm
Membran II
Membran III
Oligonukleotida TI\,{ CC) Oligonukleotida
TM
(oc)
(GT)zo
(AT)zo
34.5
64,3
(AC)zo
64,3
T abel 2 : Pengelompokan ol i gonukleotida (moti
Membr4n I
TM
Oligonukleotida
(oc)
(CT)zo
59,8
(AG)zo
59,8
Setelah hibridisasi dilakukan proses elusi
(pencucian) dan dilakukan PCR untuk
mendapatkan kandidat-kandidat
mikrosatelit yang akan diperbanyak melalui
proses kloning. Proses elusi dilakukan
untuk melepaskan fragmen-fragmen DNA
yang terikat pada membran, yaitu dengan
merendam membran hasil hibridisasi
dengan air mendidih selama l0 menit. Pada
kondisi suhu tinggi diharapkan DNA
sampel yang menempel pada membran
dapat lepas, selanjutnya dilakukan PCR.
Hibridisasi adalah merupakan pengikatan
antara DNA hasil amplifikasi yang telah
terdenaturasi dengan membran nilon
hybon(Amersham, USA) yang telah
mengandung motif mikrosatelit. Untuk
penyiapan membran yang akan digunakan
dalam proses hibridisasi motif yang
digunakan adalah motif non label radioaktif
pemilihan ini dilakukan karena lebih aman
dan murah, jika dibandingkan dengan yang
radioaktif. Motif yang dilabel raioaktif
lebih sensitif tapi kurang arnan dalam
penggLlnaannya.
Dalam
mengusahakan
pengikatan yang kuat oligonukleotida
(motifl) pada membran dilakukan dengan
352
|
Sb;4*
Z0 17
f
t-t tP
A
U,*
@&
pendedahan dengan sinar Ultra Violet.
Setelah itu dilakukan fiksasi pada oven
yang berguna untuk pembentukan ikatan
kovalen antara DNA dan membran. Hal ini
sesuai yang dinyatakan Read &. Mann
(1985) untuk pengikatan yang kuat antara
membran DNA dapat dilakukan dengan
radiasi UV. Dalam proses hibridisasi
digunakan beberapa komponen untuk buffer
hibridisasi seperti SSC, Formamid
dan
SDS. SSC dapat berfungsi untuk
meningkatkan efisiensi transfer yang besar,
formarnid berfungsi untuk menurunkan
suhu hibridisasi sedangkan SDS berfungsi
untuk mencuci ikatan
tidak
Si-e
r 5r:lrJbrf
'l !:rucrbItr
r:i l:r l:)
$ tf
L'
t]
!:l l:! il.
fr.rr)lflf
-afrI}trp
3arrf,trF
:
r:r l.J
lr
t:.
l,JUt:rE!
Gambar
4.
Pengayaan kandidat-kandidat
bermotif
fragmen DNA
mikrosatelit
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung,
2 07
3
KESIN,IPULAN DAN SARAN
S.a
l.j,:t(,t:rl
8[Obil
6 fla)tr F
5'O,lrrp
{OObF
3OObp
:
O
ot,p
I DOt,t'
Gambar
5.
Pengayaan kandidat-kandidat
fragmen DNA
bermotif
mikrosatelit
Ket:610 bp dan 450 bp.
Gambar 3, 4 dan 5 rnemperlihatkan bahrva
diperkirakan adanya kandidat-kandidat
fragmen DNA yang mengandung
mikrosatelit, hal ini dinyatakan oleh Zane
et.al (2002) bahrva metode Enrichment
(pengal'an) adalah strategi yang baik untuk
meningkatkan hasil dan mendapatkan target
yang spesifik dalam mengisolasi penanda
mikrosatelit, juga dinyatakannya
penggunaan waktu yang lebih efisien jika
dibandingkan dengan menggunakan metode
konvensional. Metode konvensional
kurang efisien apalagi untuk spesies yang
mempunyai frekuensi mikrosatelit rendah.
Nyamuk Aedes aegy-pti ditandai dengan
kelimpahan mikrosatelit yang rendah dalam
et.ol.200
genomnya
Kesimpulan
Berdasarkan dari hasil ini dapat diambil
kesimpulan :
l. Proses restriksi secara simultan dengan 3
macam enzim (Alu I, Rsal dan Hind II)
dan ligasi den-lan adaptor iMlul untuk
genom Aetles oeg;pti telah berhasil
didapatkan.
2. Proses Hibridisasi dengan membran
yang bermotif 5 macam motif (CT.AC,
GT. AT dan AC) dengan pengal'aan ini
didapatkan fragmen DNA 700 bp, 610
bp, 550 bp, 490 bp dan 450 bp yang
diduga mengandung motif mikrosatelit.
Saran
Penelitian
ini harus dilanjutkankan
dengan proses kloning untuk mendapat
motif motif mikrosatelit dan
setelah
dilakukan sekuensing akan dilakukan
perancangan primer DNA mikrosatelit
berdasarkan motif dan akan dilakukan uji
generalisasi pada nyamuk Aedes aeg'pti
vektor DBD di Sumatera Barat sehingga
akan menghasilkan suatu Marker
Penanda Molekuler
atau
DNA mikrosatelit.
UCAPAN TERII\TA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih dan
penghargaan yang sebesar-besarnl'a kepada
PROJECTiPROGRAIv'I
HPEQ
PENINGKATAN
KUALITAS
PENDIDIKAN DOKTER (PHKPKPD) FK
UNAND Tahun Anggaran 2012
Saze
t 5 CrOtarf,
I
r_r
Lrijrltrl]
rf tr f!
kepada Staf dan Analis Lab Biomedik
FKUA dan Prot. Dr. sc. agr. Ir. Jamsari.
€l Cl
l) lf, li
SLflfLrp
.1L|O':,f)
:llfta-lhl!
r:i (-l
4'lJ
rL
b
MP sebagai konsultan dalam penelitian ini.
ltr
Ghffi-6[r'
atas
dukungan dana untuk melakukan penelitian.
Ucapan terima kasih juga disampaikan
6
DAFTAR PUSTAICA
Pengayaan kandidat-kandidat
fragmen DNA
bermotif
mikrosatelit
Ket : fragmen 700 bp, 550 bp dan 490 bp.
Anggraini, E.
1998.
Tingkat
Keanekaragaman Genetik nyamuk Aetles
agtpti dari Kotamadya Bandung Dengan
Menggunakan Metoda Random
ffi
gfus.^,"r,
?017
tHtPAtt,;L l3s3
Hasmiwati' Characterization ofvector DNA microsatellite Dengue Hemorragic Fever
(DHfl Aedes aegypti with Enrichment Method
Amplified Polymorphic DNA RAPD)
PCR. Tesis 52 Institut Tekhnologi
Bandung.
Craig J., Fowler S.,Burgoyne L.A., Scott
A.C., and Harding H.W.J.
1988
Repetitive deoxyribonucleic acid (DNA)
and Human Genom variation ; A concise
review relevant to forensic biology. J.
Forensic. Sci. 33:l I I l-l 126
J. H. A, Datly A.
Edwards,K. J, Baker
Jones
C. And Karp A.
1996.
Microsatellite Libraries Enchired for
Several Microsatellite Sequences in
Hoelzel, A.R. 1994. Moleculer Genetic
Analysis of Poptlation. A.Pratical
Aproach, IRL. Press. Oxford University
Press:71-74.
Huber K, Mousson L, Rodhain F, Failloux
A-B.1999.Microsatellite
sequences
as markers for population genetic studies
of the
mosquito Aedes aegtpti. Am
Trop Med Hyg, 6l :1001-1003.
variability of polymorphic microsatellite
loci in Aedes aegypti the vector of
dengue viruses. Mol. Ecol. Notes 1,219222.-prone spontaneously hypertensive
.
Jarne, P. And Pierre J.L. Lagoda. 1996.
Microsatellites from molecul to
populations and back. Elsivier Sci. :
424429.
Kusumawaty, D. 1999. Isolasi dan
Karakterisasi Mikrosatelit pada Jati
(Tectona grandis). Tesis Magister
Jurusan Biologi Moleculer ITB
Bandung.
Kusumawaty, D., M.M. Margrita. N.R.
Arma dan A. Pancoro. 2005a. Isclation
and Characterization Microsattelites
Locus in Oshronemus
gouramy.
Inteernational Procceding Seminars;
Asian Science and Technology Week
35a lSc*aat 2013 |HIPA U1;l^
Lovin, D.D., Washington, K.O., deBruyn,
B., Hemme, R.R., Mori, A., Epstein,
S.R., Harker, B.W., Streit,
T.G.,
Severson, D.W., 2009. Genome-based
polymorphic microsatellite development
and validation in the mosquito ledes
aeglpti andapplication to population
genetics in Haiti. BMC Genomics 10,
Paupy Christophe C., Brengues C. Ndiath
C, Toty C., Herve JP, Simard F.2010.
Morphological and genetic variability
within Aedes aeg)pti and in Niakhar,
Senegal Genetics and Evolution l0
(2010) 473480.
J Promega. 1999. Protocol and Application
Guide. Edisi ke 3 USA. Promega
Huber, K., Mousson, L., Rodhain, F.,
Failloux, A.B., 2001. Isolation and
67 :657 -662
Biotechnology for
Suistainable Utilization of Biological
Resources in Agriculture and Healt
ASEAN.
590.
Plant. Bio Tecques 20.
rat. Cell
(7tn ASWT):
Corperation.
Silva, F.,Gusmao, L. and Amorim A. 1999.
Segregation analysis of tetra and
pentanucleotide short tandem repeat
polymorphism
: deviation
from
Mendelian expectation. Electrophoresis,
20:1697-1701.
Slotman,
M.A., N.B. Kelly,
L.C.
Harrington, S. Kittahawe, J. W. Jones, T.
W. Scott, A.
Caccone
and
J.R.
Porvell.2007. Polymorphic microsatellite
for studies of Aedes aegg'pti
markers
(Diptera: Culicidae), the vector of
dengue and yellorv fever.Molecular
Ecology Notes. 7 : 168 17 l.
P., Eggen, A., Dietz, A.B.,
Womack, J.E., Stanzinger, G. And fries,
R. 1993. Issolation and mapping
polymorphic microsatellites in catle.
Steffen,
Anim. Genet.
@&
j
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013
Sambrook, J., Fritscly, EF. And N4aniatis,
T. 1989. Molecular Cloning,
Laboratory Manual. Second Edition.
Cold Spring Harbor Laboratory Press.
New York.
Zane
L, Bargelloni L, and
Patameello T.
microsatellite
Molecular
Ecology
isolation: a revierv.
ll: I-16.
2002. Strategies for
& &*
zolel4tpAu1"* t35s
,J