PENGGUNAAN PENANDA GENETIK TUMBUH CEPAT UNTUK PRODUKSI CALON INDUK KERAPU SUNU, Plectropomus leopardus DALAM PROGRAM SELEKSI
Penggunaan penanda genet ik t um buh cepat unt uk ..... (Sar i Budi Mor ia Sem bir ing)
PENGGUNAAN PENANDA GENETIK TUMBUH CEPAT UNTUK PRODUKSI CALON INDUK KERAPU SUNU,
Plectropomus leopardus DALAM PROGRAM SELEKSI Sari Bu d i M or i a Sem b ir i n g , H ar yant i , Ket u t Su w i r ya, I d a Kom an g War d an a, T at am Su t ar m at , d an H i r m aw an T i r t a Yu d h a
Balai Besar Penel i t i an d an Peng em b ang an Bud id aya Laut Jl . Br. Gondol Kec. Ger okg ak Kab . Buleleng, Kot ak Pos 14 0, Singar aja- Bali 811 01 E- m ai l: m or iasem bir ing@y ahoo.co.id (Naskah dit er im a: 9 Agust us 20 11 ; Disetujui publik asi: 1 6 Mar et 20 12 )
ABST RAK
Penurunan kualitas beni h ker apu sering kali diindikasikan dengan per tum buhan yang lam bat, rentan terhad ap infek si penyakit, dan perubahan lingkungan ser ta terjadinya abnorm alitas. Upaya perbaikan sif at genetik benih kerapu ak an m em berikan dam pak signifikan dalam keberhasilan budidaya. Tujuan penelitian ini adalah untuk m em peroleh p enand a g en t um b uh cep at p ada b eni h/ cal on i nd uk k er ap u sunu sehing g a d ap at m eni ng kat kan ef isi ensi dan ef ek t ivit as p em uli aan. Unt uk m endap at k an penci ri gen tum buh cepat digunakan m etode analisi s m ikrosatelit (SSR/ Sim ple Sequence Repeats) deng an m eng ap lik asikan enam set pri m er (f or war d d an r ever se). Cal on induk yang digunakan untuk analisis m asing- m asing berjum lah 4 ekor ukuran kecil dan 10 ekor ukuran besar. Validasi dan akurasi lokus yang dihasilkan dianalisis lebih lanjut dengan sequencing. Hasi l yang d i p erol eh m enunj uk kan b ahwa penanda g en t um buh cep at dapat terlihat dari lokus PL- 03 dengan alel/ fragm en DNA pada berat m olekul 370 bp.
Ti ng k at k eakur at an p enand a g en t er seb ut p ad a k el om p ok uk uran b esar m encap ai 80%, sedangkan pada kelom pok ukuran kecil hanya 30%. Hal ini juga didukung dengan keakurat an prediksi d ari hasil sequencing m em b er ikan nilai k em iri pan sebesar 99 %. Dengan dem i kian lok us PL- 03 dapat di gunakan sebagai p enanda g en t um buh cepat pada ikan kerap u sunu dal am m em percepat selek si calon i nduk.
KATA KUNCI: p en an da genet ik , per tu m b uh an cep at , m i k rosat el it , sel ect iv e b r ee d i n g ABST RACT : Determ in at ion of genetic m ar k er f or f ast gr ow th in p rodu ce can di dat es b r oodstock of coral t rout g r ou per, Pl ect ropom u s leopardus by selective breeding. By: Sari Budi M oria Sembiring, Haryanti, Ketut Suw irya, Ida Kom ang Wardana, T atam Sutarm at, an d H i r m aw an T i r t a Y u d h a
Red uct ion of f r y qualit y f r equent ly in dicat ed by slow gr owt h, suscep t ible disease inf ection and envir onm ental f luctuation and incr eased of abnor m alit y of juvenile. The ef f or t to im pr ove genetic quality of f ish f r y will give signif icant im pact on successf ully of gr ouper cult ur e. The aim of this exper im ent was t o f ind genetic m ar ker f or f ast gr owth in or der to get f r y or candidate br oodstock of cor al tr out which phenoty pe and g en et ica ll y bet t er an d a lso t o in cr ease ef f icien cy a nd ef f ect i veness of select iv e br eeding. To get f ast gr owt h m ar k er , m icr osat ellite analy sis (SSR/ Sim ple Sequence Repeats) m ethod was applied with six set of pr im er s f or war d and r ever se. Sam ples of candidate br oodstock wer e used to analy ze i.e. 4 and 10 f ishes f or sm all and big size gr oup r espect ively . To validat e and accur ate of loci pr oduced, f ur t her analy zed by
sequencing was conducted. The r esults showed t hat f ast gr owth m ar ker was f ound in
loci PL-03 at DNA allele/ f r agm ent with m olecule weight of 370 bp. The accur acy of this
genetic m ar ker f or big size gr oup of candidate br oodstock was 80% while on sm all size
gr oup only 30 %. This r esult was f it t o sequencing pr edict ion which gave sim ilar it y
value of 99%, m ean that loci PL-03 is good to apply as f ast gr owth genetic m ar ker f or
cor al t r out candidat e br oodst ock select ion.At lan tik salm on (Slet tan et al., 1 993 ) serta l e o p ar d c o r al g r o u p e r (Pl ec t r o p o m u s
Ju m lah sam p el ik an k erap u su n u yan g dianalisis sebanyak 14 ekor terdiri atas 4 ekor
BAHAN DAN METODE Hew an Uji
Pem an faatan pen and a m olekular d eng an m engu tam akan karak ter kuantitat if t um b uh cep at d eng an p en ciri gen b ertu ju an un tu k m em perbaiki kualitas g enetik benih sehingga didap atkan b enih/ calon in duk kerapu su nu dengan sifat fenot ip d an gen otip yang leb ih baik dan jug a u ntu k m eningk atk an efisien si dan efek tivit as pem uliaan.
st ylir ost r is (Bierne et al., 20 00 ).
jenis keran g coklat, Myt ilus edulis (Del Rio- Po r t ill a & Beau m o n t , 2 0 0 0 ) d an u d an g P.
Or eochr om is nilot icus (Appleyard et al., 2001),
m ikrosatelit juga telah digunakan dalam studi h ub u ng an an tara h et erosigo sit as t erh adap param eter pertum buhan seperti pada ikan nila,
leopar dus) (Xiong Din g et al., 2009 ). Penan da
Hyp opt hga lm ich t hys m ilit r ix, Aph yocyp r is chi nensis, Th unn us t hy nnu s t hyn nus, d an
KEYWO RD S: genetic m ark er, f ast grow th, m icrosatellite, selective breeding
PENDAHULUANPengg unaan p enanda m ik rosatelit telah dilap orkan p ada beberapa jen is ikan seperti
m ikro sat elit terletak pada sif at p olim orfism e d an d aya p em b ed an ya yan g t in g g i . Si f at t erseb ut d ap at dik em ban gk an sebagai alat id ent ifik asi genotip (Han cock, 1 999 ).
et a l ., 1 9 9 9 ). Kel eb i h an u t am a p en an d a
Seiring d eng an sem akin berk em b angn ya tekno logi yang berbasis p enanda DNA m aka p en and a m ik ro sat elit m eru p ak an p en an d a m o l ek u l ar yan g b er k em b an g l eb ih ak h ir . Prin sip d asar pen an d a m ikro sat elit ad alah am plifikasi sekuen DNA tertentu m enggunakan PCR d an u m um nya salah sat u p rim er d iberi label supaya m em perm udah deteksi (Fishback
Tek n o lo g i p em u l i aan m el al u i sel ek si k o n v e n s i o n al t e l ah t e r b u k t i b e r h as i l m e n i n g k at k an p r o d u k si , n am u n se l ek si ko nven sion al t ersebut m em ilik i keterb atasan teru tam a d alam hal wakt u yan g dip erluk an relatif lama untuk m emunculkan gen- gen yang d iin gin k an . Salah sat u k eb u t uh an d asar d i dalam program pemuliaan adalah mendapatkan cara m enyeleksi dalam jum lah san gat banyak, dalam wakt u yang singk at dan pada fase awal pertu m bu han. Selek si berdasark an f eno tip ik serin gkali m em berikan hal yang tidak ak urat, k ar e n a p e r f o r m an si f e n o t i p b an y ak d i - p en garu hi o leh f ak to r ling k un gan. Den gan d em ik ian p en g g u n aan p en an d a m o lek u lar harus dikem b ang kan . Pem anfaatan penan da m oleku lar seb agai alat b an t u selek si p ad a program pem uliaan di Indonesia m asih sangat sedikit dibandingkan dengan pemuliaan secara ko nvensio nal.
Keb er h asi lan p erb en i h an ik an k er ap u su n u d i h at ch eri san g at d ip en g aru h i o leh k on disi lin gk un g an (su hu , salin it as, variasi pakan , k andu ngan n utrisi, k epadatan larva) i n f ek s i p en y ak i t d an k ar ak t er g e n et i k , seh i n g g a ak an d i h asi l k an k u al i t as b en i h yang bervariasi. Berdasarkan beberapa hasil p en elit ian m en un j uk kan b ah wa p eran sifat g enet ik sang at berp en g aru h p ad a ku alit as b en ih sehin g g a b erd am p ak p ad a p ert u m - buhan, sintasan, ketahanan terhadap penyakit, dan p eru bahan ling kun gan . Oleh karena it u, peran an sifat g enetik sangat p enting unt uk m em peroleh in duk dan b enih yan g u ngg ul (Benz ie et al., 19 97; Sbo rdo ni et al., 19 87 ).
dan Pengem bangan Budidaya Laut Gondol- Bali sudah berhasil m engem bangkan pembenihan k erap u su n u h i n g g a m en g h asil k an b en ih dengan u kuran yan g sesuai u ntu k b udidaya. Walaup un dem ik ian, prod uk si benih b elum st ab i l o l eh k ar en a si n t asan yan g m asi h berfluktuasi.
Plect r opom us leopar dus. Balai Besar Penelitian
Kerap u m erup akan k om o dit as ikan laut yan g m em pu n yai n ilai ek o no m i ting g i dan m em pu nyai po ten si pasar yang cu kup besar di d unia. Salah sat u di an tara kerapu yang d i b u d i d ay ak an ad al ah k e r a p u s u n u ,
J. Ris. Akuakultur Vol. 7 No. 1 Tahun 2 012 : 1 -9 kelom pok ukuran kecil dan 10 ekor kelom pok uk uran besar. Kelo m pok uk uran k ecil m em - punyai panjang d an bobot rata- rata 13 ,95 cm d an 4 6 ,14 g sed an gk an k elo m p ok u k uran besar 25,5 cm dan 248,2 g. Sampel ikan kerapu s u n u y an g d i an al i s i s b e r asal d ar i sat u kelompok um ur yang sama.
Isolasi dan Purifikasi D NA
Table 1. Sequence of pr im er m icr osat ellit e (for war d and r ever se) used t o analyse gen
m ar ker of fast gr owt h Nama p rimer50
o
C. Hasil am p lif ikasi k em u dian d isep arasi m e n g g u n ak an ABI 3 1 0 0 Av i a n t Gen et i c
Analyzer d an d ilaksan ak an di labo rato rium
Gen et i k a Mo lek u ler Balai Besar Pen elit i an Bioteknologi dan Pem uliaan Tanam an Hut an (BBPBPTH - Jogjakarta). Pada saat elektroforesis m engg unakan genescan 4 00 HD (Rox ) size
st a n d a r d s eb ag ai m ar k e r u k u r an u n t u k
m en d et erm in asi u k u ran alel. Pro d u k PCR sebanyak 1- 2 µL untuk masing- m asing sampel dim asu kkan d alam cover plat e 96 r eact ion + 1 2 µ L (Genesca n 4 0 0 HD d an f or m a m i de
Tabel 1. Susunan basa pada prim er m ikrosatelit (for war d dan r ever se) yang digunakan dalam analisis gen penanda tum buh cepat
Pr i m er n a m e Peng ulang an seq uens
o
Repea t seq uen ce Urut an Basa ( 5’ - 3’ )
Seq uen ce of Ba ses (5’ -3’ )
PL-03 (CA)22 F : TTTGTAGTTCAGTTCAGAAGAGC R : AACTAAGGTTCAATCCAAGTCCAAT
PL-04 (CA)19....(TG)23 F : GAAAGTAAAAATACAGAGACGGAGG R : TCAAATACATCCCCCTATCTCCA
PL-08 (TG)9...(CT)5.....(CA)23 F : CCTCCTCTTCATTAGGGACATTTG R : GCCCAGCACCTACGCCAGTTTTAT
PL-L4 (GT)17 F : ACCCATCCACCTCCCATCCCTAA R : TGTCTGCGTGCTCCAATCTATCT
PL-L5 (CA)21 F : GCTGCCATTTATTTCGGCTTGA R : TTCAATTTAGCTCCACTTGCTT
PL-L12 (AC)19 F : CTTGATGACTCGGGCTCCTTTC R : GTGTTTGGCAGGACCTTGAGTG
C, d em ik ian j u ga u nt u k lok u s PL- L1 2 m eng - gu nak an suhu annealing yang berbeda yaitu
C selam a 5 m enit. Untu k lokus PL- L5, kondisi PCR ad alah sam a den gan lokus PL- 03; PL- 0 4; PL- 08; dan PL- L4 k ecu ali su h u ann eali ng yait u 6 0
DNA ikan kerapu sunu diisolasi dari bagian d ag in g d en g an m en g g u n ak an Nu cl eosp in
Hex d an Tet ) p ad a f or wa r d p r im er yan g
t issue kit (Macher ey-Nagel). Tah apan isolasi
d an pu rifik asi DNA sesu ai d en g an stan dar proto kol dari prod uk terseb ut. Ku ant itas d an kem urnian DNA d ari m asin g- m asin g sam p el d i u k u r d en g an m e n g g u n ak an s p ek t r o - fo tom eter pada pan jan g g elo m ban g 2 60 nm d an 2 8 0 n m . Kem u rn ian DNA d it et ap k an berdasarkan nilai rasio A
260
/ A
280
sekitar 1,8- 2,0 (Sam brook et al., 1989).
Analisis Marker Gen dengan Prim er M ik r os a t e lit
Ik an kerapu sun u h asil selek si feno tip ik (ukuran kecil dan besar) selanjutnya dianalisis un tuk m en dap atk an m ark er gen . Reaksi PCR d ilak u k an t erh ad ap sem u a sam p el m en g - gunakan enam set primer mikrosatelit (for war d dan r ever se). Susunan prim er yang digunakan disajikan dalam Tabel 1. Setiap pasang prim er diberi label dengan pewarna fluor escent (Fam ;
bertu juan un tuk m endetek si secara terpisah alel d ari set iap p rim er d alam sat u sam p el m engg unakan m esin (aut om at ic sequencer ). Am p li f i k asi t el ah d i lak u k an d al am 2 5 µ L vo lum e reaksi yang m engandu ng 2 5 n g DNA tem plate, 10 m M prim er, 10x Bu ffer, 2 ,5 m M dNTP, dan 0,5 u nit Taq p olym erase (MD-Bio). PCR m engikuti t her m al cycling un tuk 1 sik lus
o
95
o
C selam a 5 m enit, dilanju tkan d engan 35 siklus selam a 30 detik pad a 9 4
o
C, 30 det ik pada 5 6
o
C dan 30 det ik pad a 7 2
o
C, diikuti 1 siklu s suhu ext ent ion akhir 7 2
Penggunaan penanda genet ik t um buh cepat unt uk ..... (Sar i Budi Mor ia Sem bir ing)
J. Ris. Akuakultur Vol. 7 No. 1 Tahun 2 012 : 1 -9 TM deionized) dan dit ut up deng an Micr oAm p HASIL DAN BAHASAN Caps, kem u dian di- vor t ex dan di-f lushing.
Dari en am set p rim er yan g d ig u n ak an Selanjutnya dilakukan heat shock t em per at ur e
o o
u nt u k an alisis p enan da gen t um b uh cepat dari suh u 9 5 C selam a 2 m enit k e su hu 4 C d en g an p en an d a m ik r o sat elit set elah d i - selam a ± 1 5 m enit. Kem ud ian cover plat e sep ar asi m en g g u n ak an ABI 3 1 0 0 Av i a n t d i let ak k an d alam m esin ABI 3 1 0 0 Av ia nt
Gen et i c A n a l y z er d an d i an al i si s d e n g an Genet ic Analyzer . Hasil elekt rof oresis beru pa
perang kat lu nak (soft war e) gene m apper 3.5,
p ea k k em u d i an d i an ali si s m en g g u n ak an
nam paknya hanya 4 prim er yaitu PL- 03; PL- 08;
sof t war e Genescan. Selanjutnya data fragm en
PL- L4 ; d an PL- L5 yang dap at m en unj ukk an t e r se b u t d i p i n d ah k an k e p r o g r am g en e polim orfism e fragm en gen yang bertanggung
m apper 3.5 u ntuk m enganalisis uk uran dari
jawab pada tum buh cep at, sedan gkan p rim er set iap f rag m en t erseb ut . Hasil p em bacaan PL- 04 dan PL- L12 tidak m em berikan fr agm ent ukuran fragmen setiap prim er diinterpretasikan yang polim orfism e. sebag ai alel.
H as i l y an g d i p e r o l e h d ar i an al i s i s Untu k pem b uktian dan validasi pengu jian m ik ro - sat el it d en g an p r im er PL- 0 3 p ad a gen tumbuh cepat, m aka selanjutnya dilakukan kelom pok uk uran b esar yang terdet eksi ada an al i si s l ag i m el al u i seq u en ci n g . Dal am 8 0 % yan g m en u n j u k k an u k u r an 3 7 0 b p ,
seq u en ci n g t er s eb u t , d i p e r si ap k an h asi l
sedan gkan p ada uk uran kecil hanya sebesar am p lifik asi PCR dan purifikasi am plicon. Hasil 30% (Gambar 1).
sequencing d ian alisis m en ggu nak an p rog am
MEGA4 un tu k m eng et ah ui sim ilarit as ant ar Pad a l o k u s PL- 0 8 (Gam b ar 2 ), h as i l lokus m ik rosatelit yang d igunakan. polim orfism e DNA pada 342 bp m enunjukkan
A B A B B
Gambar 1. Hasil separasi PCR produk ikan kerapu sunu, P. leopar dus dengan prim er PL- 03 m enggunakan ABI 3100 Aviant Genetic Analyzer (A. ukuran besar; B. ukuran kecil)
Figur e 1. Result of separ at ion PCR pr oduct of cor al t r out gr ouper , P. leopardus wit h PL-03
pr im er using ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. big size; B. sm all size)2 0 % t e r d e t e k s i p ad a i k an k e r ap u s u n u k elo m po k uk u ran besar, sed ang k an u n tu k u k u ran k ecil seb esar 8 0 % t erd et ek si p ad a ukuran 306 bp, sehingga lokus ini juga belum dap at d igun akan seb agai pen ciri gen tum buh cep at .
Pada prim er PL- L4 jug a n am pak adan ya separasi DNA untuk sam pel kelom pok ukuran besar dan kecil. Dari kelom p ok uku ran besar yang dian alisis ad a 40 % yang m enunj ukk an ukuran 315 bp; 50% (305 bp) dan 20% (317 bp), sedang kan pada u ku ran k ecil 4 0% (30 5 bp dan 315 bp) dan 20% (317 bp) (Gam bar 3).
Pad a loku s PL- L5 (Gam bar 4 ), ik an kerapu su n u k elo m p o k u k u ran b esar t id ak d ap at terseparasi pada fr agm ent DNA dengan bobot m o lek ul 341 bp secara jelas dan sem p urn a, hal ini t erlihat dari “peak” yan g m uncul tid ak seperti pada lokus PL- 03, sem entara kelompok u k u ran k ecil h an ya 2 0 % yan g t erd et ek si .
Dengan dem ik ian nam pak nya lo kus terseb ut juga belum dapat dijadikan penciri gen tumbuh cep at .
Pad a lok us PL- 08; PL- 0 4; dan PL- L5, j uga terlihat adanya fragm en yang tidak terdeteksi, hal ini karena m un culnya band st ut t er yang d iseb ab k an o l eh sl ip p -st r a n d m i sp a i r i n g selam a proses PCR, d an band st ut t er akan cenderun g berku ran g d eng an m eningk atn ya p an jan g un it m ik ro sat elit. Sehin gg a k et ig a lo kus terseb ut m asih belum dap at d ijadik an lo ku s ku an t it at if u nt u k m en d et ek si secara aku rat dari sifat gen yang b ertan ggun g jawab p ad a t u m b u h cep at . Dari k eem p at lo k u s tersebut di atas, nampaknya primer PL- 03 lebih baik dan aku rat sebag ai pen ciri gen t um b uh cepat pada ikan kerap u sunu karena dilih at dari polim orfism e fr agm ent DNA pada 370 bp sebanyak 80% sam p el u kuran besar d ap at t erek sp resi p ad a alel t ersebu t , sed an g k an pada kelo m po k u kuran k ecil h anya 30 %. Gambar 2. Hasil separasi PCR produk ikan kerapu sunu, P. leopar dus dengan prim er PL- 08 m enggunakan ABI 3100 Aviant Genetic Analyzer (A. ukuran besar; B. ukuran kecil)
Figur e 2. Result of separ at ion PCR pr oduct of cor al t r out gr ouper , P. leopardus wit h PL-08
pr im er using ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. big size; B. sm all size) A B B APenggunaan penanda genet ik t um buh cepat unt uk ..... (Sar i Budi Mor ia Sem bir ing)
J. Ris. Akuakultur Vol. 7 No. 1 Tahun 2 012 : 1 -9
A B
Gambar 3. Hasil separasi PCR produk ikan kerapu sunu, P. leopar dus dengan prim er PL- L4 m enggunakan ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. ukuran besar; B. ukuran kecil)
Figur e 3. Result of separ at ion PCR pr oduct of cor al t r out gr ouper , P. leopardus wit h PL-L4
pr im er using ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. big size; B. sm all size)
D e n g an m e n g g u n ak an 4 p e n an d a m enyatak an b ahwa m ikrosatelit m eru pak an m i k r o s at el i t s aj a, t e r n yat a s u d ah d ap at al at b an t u y an g s a n g at ak u r at u n t u k m endet eksi perbedaan genet ik tum buh cepat m em bedak an g eno tip e, evaluasi k em u rnian pada ikan kerap u sunu . Hal ini m en unj ukk an turunan, pem etaan, dan seleksi genotipe untuk bahwa penanda m ikrosatelit dapat digu nakan karakter yang diinginkan. u nt u k m en det eksi variasi alel yan g tin g gi.
Un tuk valid asi dari loku s- loku s t ersebu t, Sel an j u t n ya Mo r g an t e & Ol i v i er i (1 9 9 3 ), dilaku kan sequencing sam pel u kuran b esar. m enyatakan bahwa penanda m ikrosatelit yang
Hasil sequencing dari am plicon PCR kelom pok m em i l i k i n i l ai “ Pol y m o r p h i c In f or m a t i on besar un tuk lo kus PL- 03; PL- L4 ; d an PL- L5
Cont ent ” (PIC) 8 7 d ap at d ig u n ak an u nt u k
set el ah d ian ali si s d en g an MEGA4 sep ert i m enyu sun pem etaan QTL (Quant it at ive Tr ait tertera p ada Tab el 2.
Loci ) d an d i k e m b an g k an u n t u k m en car i
penan da m ikrosatelit yan g b erp eran sebag ai Dari ket iga lo kus terseb ut terlih at bah wa MAS (Mar ker Assist ed Select ion). Selain it u, lokus PL- 03 m em berikan nilai kemiripan yang p e n g g u n aan l o k u s m i k r o sat el i t s eb ag ai paling tinggi pada kelompok ukuran besar yaitu
m ar ker g enetik dap at m en gek spresik an sif at m encapai 99%, sehingga lo kus PL- 03 dap at
ko dom inan, m en gik uti pola d asar k etu run an dijadikan sebagai lokus kuant itatif untuk sifat M e n d e l , r e p r o d u k t i b i l i t as y an g b ai k , tum buh cepat pada ikan kerapu sunu. Demikian m en g h asilk an al el yan g t er d et ek si d al am ju ga bila dilih at dari hasil kem iripan sequens t o t al n u cl eot i d e D NA i k an k er ap u su n u ju m lah b anyak dan m en gek spresikan variasi g en e t i k yan g l eb i h t i n g g i (M u k h er j ee & kelo m p ok uk uran b esar m enu nj ukk an n ilai N r i p e n d r an at h , 2 0 0 9 ). D e m i k i a n j u g a kem iripan yang tinggi dari lim a sam pel yang di Sc h l o e t t e r er & Pe m b er t o n (1 9 9 6 ) yan g seq uensing (Tabel 3).
Penggunaan penanda genet ik t um buh cepat unt uk ..... (Sar i Budi Mor ia Sem bir ing)
A B
Gambar 4. Hasil separasi PCR produk ikan kerapu sunu, P. leopar dus dengan prim er PL- L5 m enggunakan ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. ukuran besar; B. ukuran kecil)
Figur e 4. Result of separ at ion PCR pr oduct of cor al t r out gr ouper , P. leopardus wit h PL-L5
pr im er using ABI 3100 Aviant Genet ic Analyzer (A. big size; B. sm all size)
Tabel 2. Hasil sim ilaritas pada ikan kerapu sunu, P. leopar dus kelom pok ukuran besar dengan 3 lokus m ikrosatelit
Table 2. Result of sim ilar it y on big size of cor al t r out gr ouper , P. leopardus wit h 3 locus
m icr osat ellit e Ni lai T ing kat maksimum Aksesi Deskrip si Nil ai t o t al kemi ri p anMa xi m um Accessi on Descr ipt ion T ot a l scor e Sim il a r i t y scor e
( %) Plect r opom us leopar dus gi|254679483|FJ548641.1 562 5549
99 c lone PL-03 mic rosatellit e sequenc e
Plect r opom us leopar dus
gi|254679490|FJ549858.2 492 2424
85 c lone PL-L5 mic rosatellit e sequenc e
gi|253879959|6325758.1 Plect r opom us leopar dus 351 3049
90 c lone PL-L4 mic rosatellit e sequenc e
KESIMPULAN
t al Mar ine Biology and Ecology, 254: 1- 17.
Ma xim um scor e Nilai t o t al
Descr ipt ion Ni lai maksi mum
Accesion D eskrip si
Table 3. Sim ilar it y sequens of t ot al DNA nucleot ide on big size cor al t r out
gr ouper , P. leopardus in GenBank wit h sam e accession num ber Aksesiaksesi yang sam a
P. leopar dus kelom pok ukuran besar pada GenBank dengan nom or
FJ548641.1 8-1 311 314
99 FJ548641.1 8-5 304 306
Penggunaan penanda mikrosatelit untuk penciri gen tum buh cepat pada ikan kerapu sunu untuk seleksi diperoleh pada berat molekul 370 bp dengan prim er PL- 03. Primer PL- 03 dapat dijadikan lokus kuantitatif u n t u k t u m b u h c ep at d e n g an ad an ya p rediksi karak ter feno tip t um bu h cepat sebanyak 80%. Hasil sequencing untuk validasi ketiga lokus prim er m enunjukkan nilai kem iripan 99% pada lokus PL- 03.
99 FJ548641.1 7-1 309 314
Fishback, A.G., Danzman, R.G., Sakamoto, T., & Ferguson, M.M. 1999. Optimization of Semi- autom ated Microsatellite Multiplex Poly- m erase Chain Reaction System s for Rain- bow Trout (Oncor hynchus m ykiss). Aqua-
Lar v al Gr o w t h , Ju ve n i l e Si z e an d Heterozigosity in Laboratory Reared Mus- sel (Myt ilus edulis). Jour nal of Exper im en-
Sim il a r i t y ( %)
Del Rio- Portilla, M.A. & Beaum ont, A.R. 2000.
cultur e, 184(3- 4): 203- 219.
Bierne, N., Beuzart, I., Vonau, V., Bonhomm e, F., & Bédier, E. 2000. Microsatellite- Associated Heterosis in Hatchery- Propagated Stocks of the Shrim p Penaeus st ylir ost r is. Aqua-
Aquacultur e, 152: 49- 53.
Fijian Conditions. Aquaculture Resear ch, 32: 287- 296. Benzie, J.A.H., Kenway, M., & Trott, L. 1997. Es- tim ates for The Heritability of Size in Juve- nile P. m onodon from Half- sib Mattings.
Or eochr om is nilot icus (L.) Cultured under
98 FJ548641.1 7-4 305 309
99 FJ548641.1 7-5 301 305
99 J. Ris. Akuakultur Vol. 7 No. 1 Tahun 2 012 : 1 -9
Pe n c i r i g e n t u m b u h c e p a t d e n g an penan da m ikrosatelit p ada lo kus PL- 03 perlu diaplikasikan lebih lanju t d alam seleksi calon induk ikan kerapu sunu.
SARAN
T ot a l scor e T ing kat kemiri pan
UCAPAN TERIMA KASIH
Micro sat ell it e DNA Mark er Devek o p ed for Identifying Disease- resistant Population Tabel 3. Hasil tingkat kemiripan sequens total nucleotide DNA ikan kerapu sunu,
Morgante, M. & Olivieri, A.M. 1993. Am plified m icrosatellites as Markers in Plant Genet- ics. Plant Jour nal, 3: 175- 182. Mukherjee, K. & Nripendranath, M. 2009. A
cult ur e, 172: 247- 254.
2 00 1 . In d ividu al Het ero z yg o sit y Levels an d Rel at i ve Gr o w t h Per f o r m an ce i n
DAFTAR ACUAN Appleyard, S.A., Renwick, J.L., & Mather, P.B.
Ucap an t eri m a k asih k am i sam p ai k an kepada sem ua teknisi dan analis Laboratorium Bi o t ek n o l o g i Bal ai Be sar Pen el i t i an d an Pengem bangan Bu did aya Laut, Gon dol yang telah m em bantu dalam pelaksanaan penelitian i n i , ser t a t em an - t em an d i Lab o r at o r i u m Gen et i k a Mo lek u ler Balai Besar Pen elit i an Bioteknologi dan Pem uliaan Tanam an Hut an (BBPBPTH - Jogjakarta) yang sudah m em bantu dalam m enganalisis m ikrosatelit.
Hancock, J.M. 1999. Microsatellite and oyher Sim ple Sequence: Genom ic Contex t and Mutational Mechanisms. In Goldstein, D.B. and Schlottere, C. (Eds.). Microsatellites: Evolution and Applications. Oxfor d Univer - sit y Pr ess. o f Gian t Bl ack Ti g er Sh r im p , Pena eu s
monodon. Jour nal of The Wor ld Aquacult ur e Societ y, 40(2): 274- 280.
- 1 8
Sam brook, J., Fritsh, E.F., & Maniatis, T. 1989.
Molecular clo nin g . Cold Spr ing Har bor Labor at or y Pr ess, New York, p. 568- 500. Sb o rd o n i, V., De Mat t t h aei s, E., Co b o l li - Sbordoni, M., La Rosa, G., & Mattoccia, M.
1987. Bottleneck Effects and The Depres- sio n o f Gen et ic Variab ilit y in Hatch ery Stocks of Penaeus j aponicus (Crustacea: Decapoda). Aquacultur e, 57: 239- 251. Schloetterer, C. & Pem berton, J. 1996. The Use of Microsatellite for Genetics Analysis of
Nat ural Po p ulat ion . Paper on Eur opean
Un i o n Meet i n g “ Mol ec u l a r T o ol s f o r Biodiver sit y. Decem ber 14 t h
t h
19 96 , Vienna. Slettan, A., Olsaker, I., & Lie, O. 1993. Isolation an d Ch aract eriz at io n of Variab le (GT)n
Repetitive Sequences from Atlantic Salmon, Salm o-salar L. Anim Genet , 24: 195- 197. Xiong Ding, S., Zeng, H.S., Wang, Y., Pan, Y., &
Feng Shi, X. 2009. Characterization of eight p o lym o rp h ic m icro sat ellit e lo ci f o r t h e l eo p ar d co r al g r o u p er (Pl ect r op om u s leopar dus). Molecular Ecology Resources.
Blackwell Publishing Lt d.
Penggunaan penanda genet ik t um buh cepat unt uk ..... (Sar i Budi Mor ia Sem bir ing)