19
BAB III METODOLOGI PENELITIAN
A. Bahan
Pada penelitian ini menggunakan protokol yang telah dikembangkan dan divalidasi oleh Setiawati, et al. 2014, struktur tiga dimensi Quinocide diperoleh dari
zinc.docking.org dengan kode ZINC01682298, perangkat lunak penambatan PLANTS 1.2 Korb et al. 2006 untuk simulasi penambatan molekuler, PyPLIF Radifar, et al.,
2013 untuk identifikasi protein-ligan interaction fingerprint, R 3.0.1 R Development Core Team 2013 untuk perhitungan dan analisis statistik dan PyMol 1.2rl Lill dan
Danielson, 2010 untuk visualisasi pose ikatan quinocide.
B. Alat
Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan alamat IP 6103.247.10.66 dengan sistem operasi Ubuntu 12.04 LTS, ASUS
Intel® Atom™ CPU 2600 1.60 GHz, RAM 2.00 GB, 64-bit Operating system, dan sistem operasi Linux
Ubuntu 16.04 LTS. C.
Prosedur penelitian 1.
Pengunduhan struktur senyawa quinocide
Struktur quinocide diunduh dari zinc.docking.org dengan kode ZINC01682298
dan disimpan dengan format .mol2. 2.
Preparasi senyawa quinocide secara molekuler
Struktur quinocide yang telah diunduh dan disimpan dalam format .mol2, dipreparasi dengan menggunakan aplikasi SPORES modul : settypes agar
selanjutnya dapat digunakan untuk ditambatkan pada target virtual menggunakan aplikasi PLANTS 1.2.
3. Penambatan molekuler senyawa quinocide
Luaran dari SPORES ditambatkan menggunakan aplikasi PLANTS 1.2 dengan konfigurasi mengacu pada protokol yang telah dikembangkan Setiawati et al 2014 .
Pada setiap satu kali penambatan 1 run, dilakukan tiga kali iterasi penambatan molekuler yang masing -masing menghasilkan 50 pose. Pada setiap iterasi diambil
salah satu pose terbaik dan dilakukan analisis IFP dengan PyPLIF. Luaran dari setiap run adalah 3 pose berupa skor ChemPLP dan data bitstring PLIF yang selanjutnya
diambil salah satu pose dengan nilai ChemPLP terbaik. Pada penelitian ini dilakukan seribu kali run yang bertujuan untuk memperoleh data seribu pose terbaik untuk setiap
replikasi yang dilakukan Fraulein 2015. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
20
D. Analisis Hasil
Analisis hasil dilakukan menggunakan perangkat lunak statistik R versi 3.0.2 R Development Team, 2015 dan dengan protokol analisis yang telah dikembangan
oleh Istyastono 2015. Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIF bitstring yang selanjutnya dimasukkan pada decision tree melalui metode RPART dengan
aplikasi statistik R 3.0.2 R Development Team, 2015. Data dari hasil analisis akan menampilkan senyawa quinocide aktif sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka
1 atau tidak aktif sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka 0.
Selanjutnya visualisasi pose senyawa quinocide pada reseptor estrogen alfa menggunakan PyMOL 1.2 Lill dan Danielson, 2011 dilakukan dengan memilih pose
ikatan dengan kriteria : 1.
Pose dengan bitstring 320 aktif dan skor ChemPLP terkecil. 2.
Pose dengan skor ChemPLP terkecil. 3.
Jika tidak ada pose ikatan yang aktif pada bitstring 320, dipilih pose ikatan dengan skor ChemPLP terkecil