Keragaman genetik dan pengembangan metode deteksi cepat penyebab pustul bakteri (Xanthomonas axonopodis pv. Glycines) pada kedelai

g p p

n

8agC
9ZZZ

' Q s s
E E 3

I X X S1 Q
IT

'QSS((1

C b 3 Z r )

z k 9 tD~ ;
5 3 . gn

ssg;.s

QG.as

Q

~

Q

9 ~ f 4 5
S,QG
j c S* E: c
S

4

3 cs. o
Q
. 3c 9

2

~

a4

S'Q

xsIg5
%%',Q

Q

m 3 Q - Q

0-0

ir
-.
e., z
=o 2- 3 g

Z)

g. € ?
o

0S P" ~E LQ S
p 9 2

'El

m

5 i a

J

g

=-.

-2.
v.

Q

I

g

3 Q

@$

:;

$ 3

:9

K

Q

,,
3 3
an,

'3

ss

ea $:
Q

X
s

Z E
=3

50-

39

g .i
8g I=-.
e

3

g
c
n

'El

!

AND1 KHAERUNI R. Keragaman Genetik dm Pengembangan Metode Deteksi
Cepat Penyebab Pustul Bakteri (Xanthomonas uxonopodis pv. glycines) pada

Kedelai. Dibimbing oleh BUD1 TJAHJONO, ANTONIUS SUWANTO, dan
MEITY SURADJI SINAGA.
Penyakit pustul bakteri yang disebabkan oleh Xanthomonas axonopodis pv.
glycines merupakan salah satu penyakit bakterial penting pada tanaman kedelai
yang belum tertangani dengan baik. Oleh karena itu, pemahaman tentang
virulensi dan keragaman genetik dari patogen ini serta pengembangan metode
deteksi yang cepat clan akurat sangat diperlukan dalam pengembangan strategi
pengendalian penyakit tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk : ( I ) menelaah
vimlensi dan keragaman genetik X monopodis pv. glycines Xag asal edamume
menggunakan teknik PCR-RFLP hasil amplifikasi gen 16s-rRNA (ARDRA),
teknik ISR 16s-23S-rRNA dm teknik MFLPPFGE, (2) rnengembangkan metode
deteksi cepat clan akurat untuk mendeteksi penyakit pustul bakteri pada daun dan
benih kedelai secara serologi d m molekular
Telah terkoleksi sebanyak 29 isolat X monopodis pv. gbcines dari
berbagai pertanaman edamame di Jember, Cipanas, Ciawi dan Bogor. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa isolat-isolat tersebut memiliki tingkat virulensi
yang berbeda. Virulensi semua isolat lebih tinggi jika diinokulasi pada tanaman
edcrrname dibanding Wilis atau Orba. Berdasarkan hasil keragaman genetik
menggunakan teknik ARDRA, ISR dan MFLP secara berturut-turut diperoieh 6
profrl, 7 profil dan 13 profil DNA yang berbeda. Oleh karena itu diperoieh

minimal 13 strain X mnopodis pv. glycines yang menginfeksi edamame. Isolat
CP1 dm JA4 dari Cipanas dan Jember merupakan isolat yang memiliki profil
DNA spesifik karena hubungan kekerabatan genetiknya yang cukup jauh dari
isolat-isolat lainnya.
Antiserum poliklonal YR32 (APYR32) dari Kelinci, dapat digunakan untuk
mendeteksi X mono odis pv. glycines dengan kespesifikan yang cukup tinggi
pada konsentrasi 10Psel rnl-', walaupun masih terjadi reaksi silang dengan X
campestris pv. compestris pada konsentrasi 1o4 sel ml-' . Teknik I-ELISA
rnemperlihatkan kepekaan yang tinggi mendeteksi X uxonopodis pv. glycines
dari ekstrak daun dan benih kedelai. Analisis Western blot menunjukkan adanya
3 determinan antigen X. monopodis pv. glycines (66, 30, 22 KDa) yang bereaksi
dengan APYR32.
Teknik PCR dengan primer (XAG-F&XAG-R) spesifik rnenghasi 1kan
amplikon 490 pasang basa dari genom Xag yang diuji. Tidak diperoleh amplikon
yang sama pada pathovar atau spesies lain dari X, axonopodis pv. glycines. Primer
tersebut juga dapat rnendeteksi keberadaan X axonopodis pv. glycines pada dam
yang terinfeksi secara alamiah atau hasil inokulasi pada daun. Untuk mendeteksi
X uxonopodis pv . glycines dari benih kedelai telah berhasil dikernbangkan
metode deteksi cepat dengan kepekaan dan kespesifikan yang tinggi melalui
kombinasi teknik immunocapture dan PCR. Metode tersebut secara keseluruhan

dapat digunakan untuk keperluan deteksi X axonopodis pv. glycines pada jaringan
tanaman dan benih, dan lebih efektif dibandingkan dengan metode deteksi
konvensional. Oleh karena itu sangat bermanfaat untuk deteksi cepat pada benih
untuk keperluan karantina, sertifikasi benih sehat dan memantau penyakit pustul
bakteri di lapang, serta kepentingan deteksi cepat lainnya.