PENDAHULUAN Ragam Alel Induk Anakan Kelapa Sabut Merah (Cocos nucifera L.) da Kekerabatannya Berdasarkan Penanda DNA Mikrosatelit.

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014 “Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia” 748 | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 DNA telah digunakan juga untuk pelacakan tetua pada tanaman kelapa Pandin, dkk. 2008. Penelitian untuk menentukan keragaman genetik antar aksesi atau populasi kelapa juga dilakukan oleh Rajesh et al. 2008, Dasanayaka et al. 2009, Manimekalai dan Nagarajan 2010, Kumar et al. 2011, Liu, et al 2011, Kriswiyanti et.al 2012, Xiao, et al 2013, dan Kriswiyanti et.al 2013. Kelapa sabut merah merupakan salah satu bahan penting yang diperlukan untuk keberlanjutan budaya upacara dan usada di masyarakat Bali, dan keberadaannya populasi sedikit. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui ragam alel dan hubungan kekerabatan induk dan anakan kelapa sabut merah di Bali. Ragam dan kombinasi alel-alel dari lokus mikrosatelit DNA yang diperoleh dari induk dan anakannya dapat digunakan sebagai dasar pemuliasilangan dalam usaha konservasi plasma nutfah kelapa sabut merah di Bali.

2. BAHAN DAN METODE

Sampel daun muda kelapa sabut merah didapatkan dari hasil eksplorasi di daerah Br Babung dan Pikat Kabupaten Klungkung, Jelekungkang, Tambahan, Kubu kabupaten Bangli, dan Tulikup dan Pejeng kabupaten Gianyar. Ekstraksi, PCR dan elektroforesis dilakukan di laboratorium Forensik dan Primata Universitas Udayana. Penelitian dilakukan dari bulan Mei – Oktober 2013. Sampel penelitian adalah daun muda dari 16 individu induk dan anakan. Isolasi DNA dari sampel daun muda dengan metoda CTAB N-Cetyl-N, N, N-Trimetyl Amonium Bromide ditambah 2 merkaptoetanol Doyle dan Doyle, 1987. DNA hasil ekstraksi ditentukan dengan elektroforesis pada gel agarosa 0.8 dalam buffer TAE selama 30 menit Sambrook et al., 1989 dan dengan membandingkan dengan lambda DNA dengan konsentrasi yang diketahui. Enam pasang primer mikrosatelit untuk tanaman kelapa yang digunakan : CnCirB3, CnCirC3, CNZ01, CNZ09, CNZ21 dan CNZ51 Pandin et al., 2008; Kumar et al, 2011. Mikrosatelit diamplifi kasi dengan PCR Pengamatan hasil PCR dilakukan dengan elekroforesis pada gel poliakrilamide PAGE 6 Sambrook et al., 1989, dan visualisasi pita-pita DNA pada gel diwarnai dengan perak nitrat Tegelstorm, 1986. Panjang DNA amplikon ditentukan dengan memplot jarak migrasinya pada kertas semilog Hutchinson, 2001. Frekuensi alel dan heterozigositas keragaman genetik dihitung berdasarkan rumus Nei 1987, kemudian dendogram dibuat dengan UPGMA program Mega 5.2.2

3. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1. HASIL

Dari hasil eksplorasi kelapa sabut merah termasuk kelapa dalam, didapat 4 ragam : kelapa udang 3 individu, mulung 3 individu, kelapa brahma 1 individu dan 1 individu kelapa macan. Ditambah 8 individu anakannya jadi seluruh sampel yang diekstraksi adalah 16 individu. Hasil ekstraksi tidak semua dapat teramplifi kasi, kecuali pada CNZ51 semua sampel individu teramplifi kasi, pada primer CNZ01 yang teramplifi kasi 10 individu, CnCirB3 yang teramplifi kasi 14 individu dan CnCirC3 yang teramplifi kasi 10 CNZ09 yang teramplifi kasi 10 individu, CNZ21 yang teramplifi kasi 8 individu. Dengan ragam alel, panjang dan frekuensi alel sebagai berikut Tabel 1 dan 2. Ragam alel kelapa sabut merah Pada primer CNZ51 didapatkan ragam alel dengan panjang 124-170 bp, frekuensi tertinggi pada panjang alel 144 bp 0.375. Pada primer CNZ01 ragam alel dengan panjang 100-130 bp, CnCirB3 ragam alel dengan panjang 115-190 bp, dan CnCirC3 ragam alel dengan panjang 130-155 bp frekuensi tertinggi pada panjang alel 155 bp 0.55, CNZ09 ragam alel dengan panjang 130-170 bp frekuensi tertinggi pada panjang alel 150 bp 0.6, CNZ21 ragam alel dengan panjang 240-280 bp frekuensi tertinggi pada panjang alel 270 bp 0.5. Ragam alel banyak terdapat pada primer CNZ51 dan CnCirB3, frekuensi tertinggi pada panjang alel 150 bp 0.6 pada CNZ09. SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014 “Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia” Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 | 749 Tabel 1. Ragam alel induk, anakan kelapa sabut merah pada enam primer: Nama dan asal kelapa CNZ51 CNZ01 CnCirB3 CnCirC3 CNZ09 CNZ21 1.Induk Udang KlungkungBabung 140, 140 120,130 130, 130 2.Anak udang KlungkungBabung 140, 140 120,130 130, 130 3.Induk Udang Bangli Jelekungkang 145,145 100,110 120, 120 155, 155 260,280 4.anak Udang Bangli Jelekungkang 130, 145 100,110 120, 120 155, 155 260,280 5.Induk Udang KlungkungPikat 145, 170 120, 115 155, 155 150,170 240,260 6.anak Udang KlungkungPikat 145, 145 115, 115 155, 155 150,170 240,260 7.Induk Mulung BangliJelekungkang 145, 170 170,180 130, 130 8.anak Mulung Bangli Jelekungkang 145, 170 170,180 130, 130 9.Induk Mulung GianyarPejeng 145, 170 110,120 180,180 155, 155 150,170 270,270 10.anak Mulung GianyarPejeng 145, 170 110,120 180,180 155, 155 150,170 270,270 11.Induk Mulung GianyarTulikup 145, 170 110,120 180,180 130,130 12.anak Mulung GianyarTulikup 145, 170 110,120 180,180 130,130 13.Induk Macan BangliTambahan 170,170 140, 140 150,150 270,270 14.anak Macan Bangli Tambahan 155, 170 140, 140 150,150 270,270 15.Induk Brahma BangliKubu 140,125 100,115 190,180 150,150 16.anak Brahma BangliKubu 140,125 100,115 190,180 150,150 Alel anakan sama dengan induknya 83.3 Heterozigositas Heterozigositas harapan He dan heterozigositas teramatiobserved Ho secara umum anakan lebih tinggi daripada induk, rerata He induk 0.691±0.08 0.589-0.8, anakan 0.72±0.07 keduanya tertinggi pada primer CNZ01. Rerata Ho induk 0.49 0.0-1.0, pada anakan 0.56 0.28-1.0 keduanya tertinggi pada primer CNZ09 table 3. Hubungan kekerabatan induk anak kelapa sabut merah Hasil dendogram menunjukan bahwa hubungan kekerabatan ada 2 kelompok : kelompok I terdiri dari kelapa brahma dari kabupaten Bangli dekat hubungannya dengan kelapa udang Bangli dan Klungkung Pikat. Kelompok II menunjukan bahwa kelapa udang Klungkung dari Br Babung hubungannya lebih dekat dengan macan dan mulung dari Bangli serta Gianyar Gambar 1.