Karakterisasi daerah putative esti QTL sting-2 pada lebah Apis cerana
KARAKTERISASI DAERAH PUTATIVE EST1 QTL sting-2
PADA LEBAH Apis cevana
MITA ADITAMA
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2008
ABSTRAK
MITA ADITAMA. Karakterisasi Daerah Putative ESTl QTL stiiig-2 pada Lebah Apis cerana.
Dibimbing oleh RIKA RAFFIUDIN dan ACHMAD FARAJALLAH.
Perilaku defensif mempakan salah satu perilaku lebah yang dikendalikan oleh gen.
Quantitative Trait Loci (QTL) sting-2, diietahui mempenga~hiperilaku defensif pada lebah Apis
ntellifea. QTL sting-2 memiliki 13 gen putative dan dua daerah Expressed Sequence Tag (EST)
yang diekspresikan di otak lebah. Pada A. cerana belum ada data tentang daerah EST sebagai
bagian dari QTL sting-2. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi daerah ESTl dari QTL
sting-2 pada lebah pekeja A. cerana. Primer untuk mengamplifikasi daerah ESTl A. cerana
disusun berdasarkan cDNA ESTl A. mellifera. Penelitian ini berhasil mengkarakterisasi daerah
putative ESTl A. ceraiza sepanjang 492 pb dengan kandungan GC sebesar 38.62%. Analisis
homologi menunjukkan daerah putative ESTl A. cerana memiliki kesamaan dengan cDNA ESTl
A. nrellifra sebesar 81%. Hasil alignment daerah putative ESTl A. cerana berdasarkan data
genom A. n~ellifeamenunjnkkan daerah ini menempati posisi basa ke-80642 sampai basa ke81128 dalam data genom A. nrellifera. Selain itu daerahputative ESTl A. cerana juga berada pada
posisi yang sama dengan posisi cDNA ESTl A. mellifera dalam genom A. mellifea sehingga
daerahputative ESTl mempakan bagian dari QTL sting-2 A. ccraita.
ABSTRACT
MITA ADITAMA. Characterization of Putative ESTl QTL sting-2 in Apis cerana. Supervised by
RIKA RAFFIUDIN and ACHMAD FARAJALLAH.
Insect behaviors are dominated by largely unmodifiable inherited instincts. Defensive
response is one of honey bee behavior which is controlled by genes expression. Apis nzellifea
Quantitative Trait Loci (QTL) stbzg-2, was characterized and influenced its defensive behavior. A.
mellifera QTL sting-2 has 13 putative genes and 2 Expressed Sequence Tag (EST) that were
presented in honey bee brain database. There is lack of information about EST region as part of
QTL sting-2 in A. cerana. Hence, the aim of this research was to characterize ESTl region of QTL
sting-2 in A. cerana worker bee. Nucleotide primers were designed based on ESTl cDNA of A.
mellifea. ESTl putative region of A. cerana with total 492 bp was obtained with 38.62% GC
content. This region showed 81% homology with ESTl cDNA of A. nrellifera. This region was
aligned at nucleotide number 80642-81 128 based on A. ntellifera genome and in the same position
as ESTl cDNA of A. mellifera in the genome of A. ntellifeua. Therefore, ESTl putative region of
A. ceraila is a part of QTL sting-2 A. cerana.
KARAKTERISASI DAERAH PUTATIVE EST1 QTL sting-2
PADA LEBAH Apis cerana
MITA ADITAMA
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains pada
Departemen Biologi
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2008
Judul
: Karakterisasi Daerah Putative EST1 QTL sting-2 pada Lebah
Nama
NIM
Apis cerana
: Mita Aditama
: G34104036
Menyetujui:
Pembimbing 11,
Pembimbing I,
\
Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si
NIP. 131 878 947
Dr. Ir. Rika Raffiudin, M.Si
NIP. 131 999 583
Mengetahui:
Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
PADA LEBAH Apis cevana
MITA ADITAMA
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2008
ABSTRAK
MITA ADITAMA. Karakterisasi Daerah Putative ESTl QTL stiiig-2 pada Lebah Apis cerana.
Dibimbing oleh RIKA RAFFIUDIN dan ACHMAD FARAJALLAH.
Perilaku defensif mempakan salah satu perilaku lebah yang dikendalikan oleh gen.
Quantitative Trait Loci (QTL) sting-2, diietahui mempenga~hiperilaku defensif pada lebah Apis
ntellifea. QTL sting-2 memiliki 13 gen putative dan dua daerah Expressed Sequence Tag (EST)
yang diekspresikan di otak lebah. Pada A. cerana belum ada data tentang daerah EST sebagai
bagian dari QTL sting-2. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi daerah ESTl dari QTL
sting-2 pada lebah pekeja A. cerana. Primer untuk mengamplifikasi daerah ESTl A. cerana
disusun berdasarkan cDNA ESTl A. mellifera. Penelitian ini berhasil mengkarakterisasi daerah
putative ESTl A. ceraiza sepanjang 492 pb dengan kandungan GC sebesar 38.62%. Analisis
homologi menunjukkan daerah putative ESTl A. cerana memiliki kesamaan dengan cDNA ESTl
A. nrellifra sebesar 81%. Hasil alignment daerah putative ESTl A. cerana berdasarkan data
genom A. n~ellifeamenunjnkkan daerah ini menempati posisi basa ke-80642 sampai basa ke81128 dalam data genom A. nrellifera. Selain itu daerahputative ESTl A. cerana juga berada pada
posisi yang sama dengan posisi cDNA ESTl A. mellifera dalam genom A. mellifea sehingga
daerahputative ESTl mempakan bagian dari QTL sting-2 A. ccraita.
ABSTRACT
MITA ADITAMA. Characterization of Putative ESTl QTL sting-2 in Apis cerana. Supervised by
RIKA RAFFIUDIN and ACHMAD FARAJALLAH.
Insect behaviors are dominated by largely unmodifiable inherited instincts. Defensive
response is one of honey bee behavior which is controlled by genes expression. Apis nzellifea
Quantitative Trait Loci (QTL) stbzg-2, was characterized and influenced its defensive behavior. A.
mellifera QTL sting-2 has 13 putative genes and 2 Expressed Sequence Tag (EST) that were
presented in honey bee brain database. There is lack of information about EST region as part of
QTL sting-2 in A. cerana. Hence, the aim of this research was to characterize ESTl region of QTL
sting-2 in A. cerana worker bee. Nucleotide primers were designed based on ESTl cDNA of A.
mellifea. ESTl putative region of A. cerana with total 492 bp was obtained with 38.62% GC
content. This region showed 81% homology with ESTl cDNA of A. nrellifera. This region was
aligned at nucleotide number 80642-81 128 based on A. ntellifera genome and in the same position
as ESTl cDNA of A. mellifera in the genome of A. ntellifeua. Therefore, ESTl putative region of
A. ceraila is a part of QTL sting-2 A. cerana.
KARAKTERISASI DAERAH PUTATIVE EST1 QTL sting-2
PADA LEBAH Apis cerana
MITA ADITAMA
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains pada
Departemen Biologi
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2008
Judul
: Karakterisasi Daerah Putative EST1 QTL sting-2 pada Lebah
Nama
NIM
Apis cerana
: Mita Aditama
: G34104036
Menyetujui:
Pembimbing 11,
Pembimbing I,
\
Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si
NIP. 131 878 947
Dr. Ir. Rika Raffiudin, M.Si
NIP. 131 999 583
Mengetahui:
Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam