Text Steganography in Fasta-formatted File of DNA using Recombinant DNA Method

STEGANOGRAFI TEKS PADA FILE DNA BERFORMAT
FASTA DENGAN METODE DNA REKOMBINAN

ARIF RAMADHAN

DEPARTEMEN ILMU KOMPUTER
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2010

STEGANOGRAFI TEKS PADA FILE DNA BERFORMAT
FASTA DENGAN METODE DNA REKOMBINAN

ARIF RAMADHAN

Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Komputer pada
Departemen Ilmu Komputer

DEPARTEMEN ILMU KOMPUTER
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2010

ABSTRACT
ARIF RAMADHAN. Text Steganography in Fasta-formatted File of DNA using Recombinant
DNA Method. Under the guidance of SHELVIE NIDYA NEYMAN and DIMAS ANDRIANTO.
Steganography is a technique of inserting information into a media. This technique focuses on
removing suspicion of storage media messages. Hiding information with this technique usually is
performed in media images, sounds, and text documents. Those media are already common for use as
storage media messages, which has low capacity and stood by people. This is a problem that will lead
to greater suspicion on such media.The solution is then offered to find new media that has a high level
of random, hard to understand and has a large capacity. This study discussed the application of
steganography in the media Fasta-formatted file of DNA using recombinant DNA. Insertion was done
by replacing certain parts of DNA sequences of DNA on file with the message. The message that
would be inserted first converted into the form of DNA sequences.The performance of the insertion of
messages with recombinant DNA method was tested by analyzing the properties of steganography
that were imperceptible, fidelity, recovery and analysis of safety. Testing the quality of a DNA file

was done by using BLAST as a tool to determine the similarity of DNA sequences located on the
internet. The results showed that the insertion of recombinant DNA method provides a vague presence
of a message, to make the process of extracting the message and producing good quality media. Thus
steganography in Fasta-formatted file of DNA using recombinant DNA method is a good solution as
the new media that has a high level of random.
Keywords: steganography, fasta, DNA recombinant, BLAST

Judul
Nama
NIM

: Steganografi pada File DNA Berformat Fasta dengan Metode DNA Rekombinan
: Arif Ramadhan
: G64063186

Menyetujui:
Pembimbing I

Pembimbing II

Shelvie Nidya Neyman, S.Kom., M.Si.
NIP 19770206 200501 2 002

Dimas Andrianto, S.Si., M.Si.
NIP 19831119 200912 1003

Mengetahui:
Ketua Departemen Ilmu Komputer,

Dr. Ir. Sri Nurdiati, M.Sc.
NIP. 19601126 198601 2 001

Tanggal Lulus:

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan pada tanggal 4 Mei 1988 di Jakarta sebagai anak pertama dari dua
bersaudara dari Nurbaiti. Pada tahun 2003, penulis menempuh pendidikan menengah atas di SMA
Negeri 5 Tangerang dengan masuk pada program IPA dan lulus tahun 2006. Pada tahun yang sama
penulis diterima sebagai mahasiswa Departemen Ilmu Komputer, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru

(SPMB). Pada tahun 2008, penulis pernah menjadi juara lomba film pada acara G-ACTION dan juga
pernah menjadi koordinator seksi acara pada acara IT TODAY 2008. Pada tahun 2009, penulis
melaksanakan kegiatan praktik kerja lapangan di Mabes Polri dengan judul “Pembuatan Website
Polri”.

PRAKATA
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan
karuniaNya sehingga penulis dapat meyelesaikan tulisan ini. Tidak lupa shalawat dan salam penulis
ucapkan kepada junjungan besar kita Nabi Muhammad SAW yang telah memberikan banyak teladan
bagi penulis,
Tulisan ini dapat diselesaikan olah penulis setelah melalui banyak hambatan. Karena itu, penulis
ingin mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu penulis, diantaranya :
1

Ibu, Adik dan seluruh keluarga besar atas doa, dukungan, motivasi dan pengorbanan yang
diberikan

2

Ibu Shelvie Nidya Neyman, S. Kom., M. Si. dan Bapak Dimas Andrianto S.Si., M.Si. atas

bimbingan dan arahan yang diberikan selama pengerjaan tugas akhir ini

3

Bapak Hendra Hermawan S.Kom., M.T. sebagai mederator seminar dan dosen penguji
pada ujian akhir penulis

4

Seluruh responden atas kesediaannya mengisi kuisioner penulis

5

Doris, Reddy, Inez, Dewi, Syamsul sebagai teman bimbingan bersama dan tempat
bertukar pikiran

6

Seluruh teman-teman ilkomerz 43. Terima kasih untuk semua saat yang menyenangkan
yang diberikan kepada penulis

7

Musthofa, Wildan, Arief, Rendy, Hendro, Akbar, Doris, Hizry, Aan, Eko sebagai teman
dota bersama, bermain bersama, sekaligus sahabat terbaik penulis

8

Keluarga besar cemara, Ade, Farid, Roy, Danan, Fiul. Terima kasih telah menjadi teman
dan sahabat penulis

Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu selama
pengerjaan penyelesaian tugas akhir ini yang tidak dapat disebutkan satu per satu. Semoga penelitian
ini bermanfaat.

Bogor, November 2010

Arif Ramadhan

DAFTAR ISI

Halaman
DAFTAR TABEL....................................................................................................................................v
DAFTAR LAMPIRAN............................................................................................................................v
PENDAHULUAN
Latar Belakang ....................................................................................................................................1
Tujuan Penelitian ................................................................................................................................1
Manfaat Penelitian...............................................................................................................................1
Ruang Lingkup ....................................................................................................................................1
TINJAUAN PUSTAKA
Steganografi.........................................................................................................................................1
Deoksiribose Nukleic Acid (DNA).......................................................................................................2
DNA Rekombinan...............................................................................................................................2
Enzim...................................................................................................................................................2
Sequence Alignment.............................................................................................................................3
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)....................................................................................3
Fasta.....................................................................................................................................................3
Linear Congruential Generator (LCG)...............................................................................................4
METODE PENELITIAN
Tahap Penyisipan Pesan.......................................................................................................................5
1 Pencarian Fragmen.....................................................................................................................4

2 Pengonversian Pesan..................................................................................................................5
3 Penghitungan Jumlah Fragmen Terpakai...................................................................................5
4 Pembangkitan Nilai Acak Awal.................................................................................................5
5 Pembuatan Marker Pesan...........................................................................................................5
6 Pengacakan Posisi Fragmen.......................................................................................................5
7 Pemotongan Pesan.....................................................................................................................5
8 Pembuatan Fragmen Terakhir....................................................................................................5
9 Pembuatan Fragmen Pesan........................................................................................................6
10 Penyisipan Fragmen Pesan.......................................................................................................6
Tahap Ekstraksi Pesan.........................................................................................................................6
1 Pembangkitan Marker................................................................................................................6
2 Pencarian Fragmen.....................................................................................................................6
3 Pembangkitan Urutan Fragmen.................................................................................................6
4 Penyatuan Pesan.........................................................................................................................6
5 Pengonversian Sekuen DNA menjadi Pesan.............................................................................7

iv

HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Imperceptible.........................................................................................................................7

Analisis Fidelity ..................................................................................................................................8
Analisis Recovery.................................................................................................................................9
Analisis Keamanan..............................................................................................................................9
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan........................................................................................................................................10
Saran..................................................................................................................................................10
DAFTAR PUSTAKA.............................................................................................................................10

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1 Skema Proses Steganografi...................................................................................................................2
2 Rekombinan DNA dengan Plasmid......................................................................................................2
3 Struktur Enzim HaeIII...........................................................................................................................3
4 Tahap Penyisipan Pesan........................................................................................................................4
5 Tahap Ekstraksi Pesan...........................................................................................................................6
6 Diagram Hasil Kuisioner.......................................................................................................................8
7 Grafik Jumlah Karakter Terhadap Nilai Query Coverage....................................................................8

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman

1 Contoh Tahap Penyisipan Pesan.........................................................................................................12
2 Contoh Tahap Ekstraksi Pesan............................................................................................................13
3 Kuisioner.............................................................................................................................................14

v

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Informasi, khususnya yang hanya dapat
diakses oleh orang-orang tertentu, merupakan
hal yang penting dan dijaga kerahasiaanya.
Demi menjaga kerahasiaan informasi, perlu
dilakukan pengamanan. Salah satu cara yang
dilakukan untuk mengamankan informasi
adalah
dengan
teknik
steganografi.
Steganografi merupakan teknik pengamanan
informasi dengan menyisipkan informasi ke

dalam sebuah media tanpa menimbulkan
kecurigaan. Pada umumnya steganografi
dilakukan pada media gambar, musik, video
dan teks.
Penyembunyian pada media digital pernah
diteliti sebelumnya oleh Andiniarti pada tahun
2009
yang
berjudul
“Implementasi
Steganografi pada Media Teks dengan Metode
Line-Shift Coding dan Metode Centroid”.
Penelitian tersebut menggunakan file berformat
postscript
(*.ps)
sebagai
tempat
penyimpanannya. Namun, penelitian tersebut
memiliki kelemahan
yaitu mempunyai
kapasitas yang rendah. Pada penelitiannya,
Andiniarti hanya bisa menyisipkan bit pesan
sebanyak
baris
genap
pada
media
penyimpanan. Selain masalah kapasitas,
keumuman suatu media sebagai tempat
penyimpanan dan pemahaman suatu file juga
merupakan suatu masalah lain. Pemahaman
tentang suatu file
dan keumuman file
merupakan salah satu alasan seseorang
mencurigai media penyimpanan. Oleh karena
itu, perlu dilakukan penyembunyian di media
baru. Media yang diharapkan adalah media
yang memiliki tingkat acak yang tinggi,
mempunyai kapasitas yang tinggi dan tidak
mudah untuk seseorang menyadari perbedaan
asli dan tidaknya. Media tersebut adalah file
berformat fasta. Fasta merupakan format file
yang berisi sekuen DNA. Sekuen DNA
merupakan sesuatu yang sifatnya sangatlah
acak dan secara visual terlalu sulit untuk orang
menyadari asli atau tidaknya.
Penelitian
ini
berfokus
pada
penyembunyian informasi dengan file DNA
sebagai media penyimpanannya. Penyisipan
informasi ke dalam file berformat fasta
dilakukan dengan menerapkan metode DNA
Rekombinan. Untuk mensimulasikan konsep
ini, dibuat juga sebuah program penyisipan dan
pengekstraksian pesan.

Tujuan Penelitian
1

Mengimplementasikan teknik steganografi
pada media file DNA berformat fasta

2

Menerapkan metode DNA rekombinan
sebagai metode penyisipan pesan dalam
file DNA

3

Membandingkan mutu file DNA sebelum
dan sesudah disisipkan pesan

4

Menghitung
kapasitas
ditampung suatu file DNA

5

Mengetahui tingkat kecurigaan terhadap
file DNA yang telah disisipi pesan

yang

dapat

Manfaat Penelitian
Manfaat dari penelitian ini adalah
mengetahui kinerja dari metode penyisipan
pesan dengan DNA rekombinan pada media
file DNA
berformat fasta serta diharapkan
dapat menjadi sebuah metode baru dalam
penyisipan pesan.
Ruang Lingkup
1. Data DNA telah terekstraksi dan berbentuk
file berformat fasta yang didapatkan dari
situs
resmi
National
Center
for
Biotechnology
Information
(www.ncbi.nlm.nih.gov)
2. File DNA berformat fasta dengan struktur
berstandar internasional
3. Teknik yang digunakan untuk penyisipan
pesan adalah metode DNA Rekombinan
4. Metode DNA Rekombinan yang dilakukan
tidak mempertimbangkan efeknya kepada
organisme secara langsung, melainkan
hanya menerapkannya pada file DNA
5. Enzim yang digunakan dalam metode DNA
Rekombinan adalah HaeIII
6. Pesan yang dapat disembunyikan berupa
teks berformat ASCII

TINJAUAN PUSTAKA
Steganografi
Steganografi adalah seni dan ilmu
menyembunyikan
informasi
dengan
menyisipkan pesan ke dalam pesan lainnya
yang nampaknya tidak berbahaya. Steganografi
berarti "tulisan tersembunyi" dalam bahasa
Yunani. Tujuan dari steganografi adalah

1

menyembunyikan keberadaan dari sebuah
pesan dan membuat sebuah komunikasi
tersembunyi. Berdasarkan tujuannya, dapat
dikatakan bahwa steganografi adalah kebalikan
dari kriptografi yang tujuannya adalah
menyembunyikan isi dari pesan (Cachin 2005).
Ada beberapa properti yang digunakan
dalam steganografi, yaitu:
1

Embedded message (hidden text) : pesan
yang
disembunyikan

2

Cover-object (cover text) : pesan yang
digunakan
untuk
menyembunyikan
embedded message

3

Stego-object (stego text) : pesan yang
sudah berisi pesan embedded message

4

Stego-key: kunci yang digunakan untuk
menyisipan pesan dan mengekstraksi
pesan
dari stego text

Properti tersebut masuk dalam proses
steganografi secara langsung. Skema proses
steganografi dapat dilihat pada Gambar 1.
Key
Cover
object

Key

Deoksiribose Nukleic Acid (DNA)
Seluruh bagian kehidupan, termasuk
manusia, mengandung sebuah molekul yang
membawa kode genetik dari kehidupan,
molekul tersbut adalah DNA. Molekul DNA
berupa helix ganda yang terbuat dari dua untai
dari empat dasar yaitu Adenin, Guanin, Sitosin
(Cytosine) dan Timin. Bentuk dari molekul
DNA, ditemukan pada tahun 1953 oleh Watson
dan Crick (Wendell 2003).
DNA Rekombinan
DNA rekombinan merupakan bagian DNA
yang dibentuk secara buatan dan berasal dari
dua atau lebih sumber yang kemudian
disatukan menjadi sebuah molekul tunggal. Di
lain pihak, teknologi DNA rekombinan adalah
sebuah teknik untuk membuat DNA
rekombinan. (Tortora 2005)
Metode DNA rekombinan dimulai dengan
mengambil DNA dari kedua sumber yang
memiliki endonuklease yang sama. Enzim
restriksi memotong fragmen pada ujungnya.
Fragmen tersebut kemudian digantikan dengan
fragmen baru yang diapit enzim yang sama.
Proses tersebut dapat dilihat pada Gambar 2.

Stego-text
Fungsi
Penyisipan

Embedded text

Fungsi
Ekstraksi

Embedded text

Gambar 1 Skema Proses Steganografi.
(Pfitzmann 1996)
Sebuah informasi disisipkan ke dalam
cover-object dengan fungsi penyisipan. Fungsi
penyisipan dilakukan dengan menggunakan
key tertentu sehingga menjadi stego-object.
Untuk mendapatkan kembali informasi pada
stego-object dibutuhkan fungsi ekstraksi dan
sebuah key.
Suatu steganografi dikatakan baik apabila
memenuhi syarat-syarat sebagai berikut:
1

Imperceptible, di saat keberadaan pesan
rahasia tidak dapat dipersepsi oleh indrawi

2

Fidelity, di saat mutu cover-object tidak
jauh berubah akibat embedded

3

Recovery yang berarti data yang
disembunyikan harus dapat diungkapkan
kembali

Gambar 2 Rekombinan DNA dengan
Plasmid.
(Saeb et al 2007)
Enzim
Enzim adalah pemercepat sebuah reaksi
yang terjadi tanpa melibatkan adanya
perubahan kimia secara permanen. Enzim tidak
dapat habis dalam reaksi dan tidak muncul
dalam produk hasil reaksi. Ada beberapa jenis
enzim, salah satunya adalah enzim restriksi.
Enzim restriksi adalah enzim yang menyerupai
sebuah gunting molekuler yang memotong
DNA menjadi bagian-bagian pada daerah
tertentu dalam rangkaian. Enzim menurunkan
DNA asing dengan memotong area yang
mengandung rangkaian tertentu dari nukleotid.
Sebuah
enzim
restriksi
melakukan
pengamatan jarak dari sebuah molekul DNA.
2

Ini dilakukan untuk mencari pola dari nukleotid
yang merupakan rangkaian pengenalan pada
enzim. Ketika menemui sekuen tertentu yang
dikenali oleh enzim, biasanya empat hingga
enam nukleotid, enzim akan mengikatnya ke
molekul DNA dan melakukan pemotongan di
tiap dua gula fosfat pada helix ganda. Ketika
pemotongan telah dilakukan, molekul DNA
akan terpotong menjadi bagian-bagian. Sebuah
enzim restriksi selalu memotong DNA pada
rangkaian yang ia kenali (Vento,Gillum 2005).
HaeIII merupakan salah satu enzim
restriksi. Enzim ini berasal dari bakteri
Haemophilus aegypticus. HaeIII memiliki
struktur
yang
sederhana
sehingga
keberadaannya mudah ditemukan di berbagai
rangkaian DNA. HaeIII memiliki struktur
GG*CC. Struktur HaeIII dapat dilihat pada
Gambar 3.

Gambar 3 Struktur Enzim HaeIII.
(Hunt 2003)
Sequence Alignment
Dalam bioinformatika, Sequence alignment
adalah sebuah cara mengurutkan sekuen DNA,
RNA atau protein untuk mengidentifikasi
daerah kemiripan yang mungkin menjadi
sebuah konsekuensi hubungan fungsional,
struktural atau evolusioner antar sekuen.
Aligned sequence sisa dari nukleotida dan asam
amino merepresentasikan baris dari sebuah
matriks. Celah yang terbentuk dimasukkan
antar sisa sehingga kemiripan karakter
disejajarkan dalam kolom yang sesuai (Lesk
2002).

database sekuen publik,
dan kemudian
memasukkan sekuen ke dalam textbox pada
situs BLAST. Pencarian dilakukan di NCBI
database dan server, dan hasilnya ditampilkan
pada browser dalam format yang telah
ditentukan.
Penemuan sebuah sekuen yang mirip dari
query dalam database, berguna untuk
mendapatkan beberapa kemungkinan apakah
alignment
tersebut baik dan apakah
menggambarkan sebuah hubungan biologikal
yang mungkin terjadi, atau apakah kemiripan
yang diamati adalah diakibatkan oleh
kemungkinan
itu
sendiri.
BLAST
menggunakan
teori
statistik
untuk
menghasilkan sebuah bit angka dan expected
value (e-value) untuk tiap pasangan alignment.
E-value (nilai harapan) mengindikasikan
arti statistik sebuah pasangan alignment dan
merefleksikan ukuran dari database dan
penilaian sistem yang digunakan. Jumlah dari
alignment dengan nilai yang ekuivalen atau
lebih baik dari nilai yang didapat dari proses
alignment secara kasar, yang mengharapkan
angka pada database dapat dicari oleh
kemungkinan. Semakin rendah nilai dari evalue, maka semakin besar kemiripan yang
terjadi.
Selain e-value, BLAST juga menghasilkan
nilai query coverage. Nilai ini merupakan nilai
yang dihasilkan dari pembandingan antara
query atau file inputan dengan hasil yang
ditemukan dari database server. Query
coverage adalah persentase dari query yang
sama dengan yang ada di database.
Sebuah sekuen DNA dikatakan sama
apabila query coverage bernilai 100 % dan evalue bernilai 0,0. Sebuah sekuen DNA
dikatakan semakin mirip apabila query
coverage bernilai mendekati 100% dan e-value
mendekati 0,0.

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)

Fasta

Basic Local Alignment Search Tool adalah
sebuah alat yang paling sering digunakan untuk
menghitung kemiripan suatu sekuen. BLAST
ada dalam berbagai variasi penggunaan dengan
perbedaan query sekuen terhadap database
yang berbeda (Maden 2003).

Fasta merupakan algoritme pertama yang
digunakan secara luas untuk mencari kemiripan
sekuen protein dan DNA pada database. Fasta
juga berarti sebuah format file untuk sebuah
sekuen asam nukleotida atau protein (NCBI
2010).

Cara yang paling banyak digunakan dalam
penggunaan
BLAST
adalah
dengan
memasukkan sebuah sekuen nukleotida atau
protein sebagai query terhadap seluruh

Fasta merupakan sebuah format file yang
berisi sekuen nukleotida atau protein. Struktur
format file ini terdiri atas dua bagian. Bagian
pertama merupakan bagian header file yang
3

berisi keterangan dari sekuen DNA berupa
karakter angka, karakter huruf kecil dan
karakter huruf besar. Bagian ini dimulai dengan
simbol > dan dipisahkan dengan simbol | dan
berjumlah satu baris. Header file tersebut
digunakan sebagai identitas bagi suatu struktur.
Bagian kedua merupakan bagian isi yang
terdiri dari 70 pasang basa setiap barisnya.
Pasang basa yang dimaksud pada file berformat
ini berupa karakter A,C,G, atau T.

dengan memberikan masukan berupa file DNA
dan pesan
teks. Secara garis besar ada
beberapa langkah yang dilakukan dalam
melakukan tahapan ini yaitu pencarian
fragmen, pembuatan fragmen pesan, dan
penyisipan pesan. Tahapan penyisipan pesan
dapat dilihat pada Gambar 4.
File DNA
Pesan

Linear Congruential Generator (LCG)
Linear Congruential Generator (LCG)
merupakan suatu metode pembangkitan
bilangan acak yang paling banyak digunakan di
dunia, tapi sudah mulai digantikan dengan
metode baru. Kekuatan dari pembangkitan
dengan metode ini adalah kecepatannya dalam
melakukan
pemrosesan
karena
hanya
menggunakan sedikit langkah. Hal inilah yang
membuat metode ini banyak digunakan dalam
aplikasi penyisipan (Lomont 2008).

Pencarian
Fragmen

Konversi
Pesan

Penghitungan Jumlah
Fragmen Terpakai

Pembangkitan
Nilai Acak Awal

Rumus dari metode ini yaitu :

X n1=a X nb mod m
Xn+1 :

Pembuatan Marker
Pesan

angka random

Xn

: angka random sebelumnya

a

: pengali

b

: penambah

m

: modulus

X0

: nilai awal

Pengacakan Posisi
Fragmen

Pemotongan Pesan

Pembuatan Fragmen
Terakhir
METODE PENELITIAN

Metodologi yang digunakan pada penelitian
ini terdiri atas lima tahap. Penelitian diawali
dengan studi pustaka, penentuan topik,
kemudian dilanjutkan dengan perumusan
masalah. Pada tahap perumusan masalah,
penelitian yang akan dilakukan adalah
mengenai steganografi pada file DNA
berformat fasta dengan menggunakan metode
DNA rekombinan. Setelah itu, penelitian
dilanjutkan dengan tahap implementasi dan
analisis hasil.
Tahap Penyisipan Pesan
Dalam tahapan ini pesan (embedded
message) yang berupa teks disisipkan ke dalam
file DNA (cover object). Penyisipan dilakukan

Pembuatan Fragmen
Pesan

Penyisipan Pesan

Stego object

Key

Gambar 4 Tahap Penyisipan Pesan.
1 Pencarian Fragmen
Pada cover-object (file DNA) dilakukan
pencarian fragmen yang diapit oleh enzim
restriksi HaeIII. Fragmen dicari berdasarkan
4

pola E--E. E merepresentasikan struktur enzim
restriksinya. Simbol -- merupakan isi dari
fragmen.
Contoh fragmen :
GGCCAGCGTGCGTGGCGTGGGCC
2 Pengonversian Pesan
Pesan dan sekuen DNA memiliki bentuk
yang berbeda sehingga pesan
tidak bisa
langsung disisipkan ke dalam file DNA. Oleh
karena itu, pesan harus diubah terlebih ke
dalam bentuk DNA dengan aturan konversi
sebagai berikut:
00 : G
01 : A
10 : T
11 : C
Pesan yang berupa teks dipisah menjadi
karakter yang kemudian diubah menjadi bentuk
biner sesuai dengan kententuan ASCII. Kode
biner tersebut yang kemudian diubah menjadi
pasang basa dengan aturan konversi seperti
disebutkan sebelumnya.
3 Penghitungan Jumlah Fragmen Terpakai
Jumlah fragmen terpakai merupakan hal
yang penting karena nilai tersebut akan
digunakan sebagai batas atas rentang untuk
melakukan pengacakan nilai pada proses
selanjutnya. Nilai ini disesuaikan dengan
panjangnya pesan.
Proses penghitungan hanya merupakan
simulasi pemasukan pesan ke dalam fragmen.
Proses tersebut dilakukan hanya untuk
mendapatkan nilai jumlah fragmen tanpa
benar-benar memasukkan pesan. Penghitungan
kapasitas fragmen dapat dilakukan karena
panjang marker
dan panjang pesan per
karakter yang selalu tetap. Panjang marker
selalu bernilai 8 dan panjang pesan per karakter
selalu bernilai 4.
4 Pembangkitan nilai acak awal
Nilai acak awal merupakan nilai yang
penting. Nilai ini digunakan sebagai nilai awal
untuk membangkitkan nilai-nilai selanjutnya
pada proses pengacakan. Nilai ini juga
berfungsi sebagai key pada proses ekstraksi
pesan. Nilai acak awal didapatkan dari
pembangkitan nilai acak oleh fungsi random
pada .Net Framework. Nilai ini dibangkitkan

berdasarkan jumlah fragmen yang didapat pada
tahap ketiga sebagai batas atasnya.
5 Pembuatan Marker Pesan
Marker pesan merupakan sebuah sekuen
DNA yang terdiri atas 8 pasang basa. Adanya
marker pada sebuah fragmen merupakan tanda
bahwa pada fragmen tersebut terdapat pesan.
Marker terdiri atas dua jenis yaitu pada bagian
awal fragmen yang disebut sebagai header dan
pada akhir fragmen yang disebut sebagai
footer. Header dan Footer memiliki susunan
sekuen DNA yang sama. Penambahan marker
pada
tiap
fragmen
pesan
membuat
kemungkinan tingkat keunikan fragmen
menjadi lebih tinggi. Marker pesan tersebut
dibangkitkan
secara
acak.
Pengacakan
menggunakan metode linear congruential
generator (LCG). Metode ini digunakan karena
kecepatannya dalam pemrosesan.
Nilai a dan nilai b merupakan nilai
konstanta yang sama dengan nilai konstanta
yang dipakai oleh .Net Framework dalam
melakukan fungsi pengacakan. Nilai a yaitu
214013 dan nilai b yaitu 2531011.
Pola yang akan terbentuk pada fragmen
dengan menambahkan marker yaitu EH--FE.
E merepresentasikan enzim restriksinya.
Simbol -- merepresentasikan pesannya, H
merupakan header pesannya, dan F sebagai
footer pesannya.
6 Pengacakan Posisi Fragmen
Pada tahap ini, fragmen yang telah
didapatkan pada proses pencarian fragmen,
diacak posisinya. Pengacakan dilakukan
dengan menggunakan metode yang sama
dengan pembuatan marker pesan. Tujuannya
adalah agar tingkat keamanan pesan menjadi
lebih baik.
7 Pemotongan Pesan
Ukuran panjang fragmen yang didapatkan
tidak selalu sama dengan panjang pesan. Hal
ini mengharuskan pesan dipotong terlebih
dahulu sesuai panjang tiap fragmen.
Pemotongan pesan dilakukan berurutan mulai
dari awal pesan hingga seluruh pesan.
8 Pembuatan Fragmen Terakhir
Fragmen terakhir merupakan fragmen yang
berubah panjangnya ketika digantikan dengan
pesan. Hal ini terjadi dikarenakan panjang

5

pesan tidak selalu sama dengan panjang
fragmen.
Penambahan sekuen DNA setelah pesan,
dilakukan agar panjang fragmen menjadi sama
dengan panjang pesan. Sekuen DNA yang
ditambahkan yaitu sekuen yang dapat
diabaikan pada saat ektraksi pesan dan dapat
dianggap sebagai bukan pesan. Sekuen yang
ditambahkan adalah sekuen GGGG
yang
kemudian dilanjutkan dengan sekuen asli.
Sekuen GGGG memiliki arti nilai null pada
karakter ASCII. Sekuen GGGG digunakan
karena dapat berfungsi sebagai pembatas
bahwa pesan teks telah berakhir.
9 Pembuatan Fragmen Pesan
Setelah seluruh pesan telah siap,
dibentuklah fragmen yang sesuai panjangnya
dengan struktur EH--FE. E merupakan enzim,
H merupakan header, F merupakan footer, dan
simbol -- merupakan pesan. Fragmen dibentuk
hingga seluruh pesan masuk ke dalam fragmen.
10 Penyisipan Fragmen Pesan
Fragmen pada cover-object yang telah
terpilih diganti dengan fragmen pesan.
Penggantian dilakukan dengan cara mencari
fragmen asli yang kemudian digatikan dengan
fragmen pesan.
Dengan melakukan seluruh tahap tersebut,
maka akan menghasilkan file DNA yang telah
tersisipi pesan (stego-object) dan key untuk
ekstraksi pesan. Key merupakan nilai awal
yang dibangkitkan pada tahap 4. Key ini akan
digunakan untuk membangkitkan kembali
header pesan dan urutan asli fragmen. Contoh
langkah penyisipan dapat dilihat pada
Lampiran 1.
Tahap Ekstraksi Pesan
Dalam tahapan ini, pesan diambil dari
stego-object. Untuk dapat mengekstraksi pesan
dibutuhkan stego-key yang didapat dari
penyisipan pesan sebelumnya. Langkah yang
dilakukan dalam pengekstaksian pesan dapat
dilihat pada Gambar 5.
1 Pembangkitan Marker
Marker pesan dibangkitkan berdasarkan
nilai key yang didapat. Pembangkitan
dilakukan dengan metode yang sama pada saat
penyisipan.

2 Pencarian Fragmen
Fragmen dicari berdasarkan pola EH--FE.
E merupakan enzim, H merupakan header, F
merupakan footer dan -- merupakan isi
fragmen.
File DNA
Key

Pembangkitan Marker

Pencarian Fragmen

Bangkitkan Urutan
Fragmen

Penyatuan Pesan

Konversi Sekuen DNA

File DNA

Pesan

Gambar 5 Tahap Ekstraksi Pesan.
3 Pembangkitan Urutan Fragmen
Fragmen yang didapat dari proses pencarian
merupakan fragmen dalam urutan acak. Oleh
karena itu, proses pembangkitan urutan
fragmen
harus
dilakukan.
Dengan
menggunakan key yang didapat dari tahap
sebelumnya, maka fragmen dapat dibentuk
kembali dengan metode pembangkitan
bilangan acak yang sama pada proses
penyisipan.
4 Penyatuan Pesan
Seluruh fragmen yang telah terurut tersebut
kemudian disatukan. Agar pesan pada fragmen
tersebut dapat diperoleh, marker dan enzim
yang melekatnya harus dibuang terlebih dahulu
dibuang, sehingga menghasilkan pesan yang
berbentuk sekuen DNA.

6

5 Pengkonversian Sekuen DNA menjadi Pesan
Pesan yang telah disatukan pada tahap
sebelumnya masih belum berupa pesan yang
sesungguhnya. Pesan masih berupa struktur
DNA. Oleh karena itu perlu dilakukan
pengonversian pesan. Aturan konversi pada
tahap ekstraksi merupakan kebalikan dari
konversi pada tahap penyisipan. Contoh
langkah pengektraksian dapat dilihat pada
Lampiran 2.
Setelah tahap penyisipan dan ektraksi pesan
dilakukan, maka selanjutnya adalah analisis
terhadap hasil yang diperoleh. Analisis
dilakukan dengan dua pandangan, yaitu dengan
file DNA sebagai cover-object dan DNA
manusia yang sesungguhnya yang menjadi
cover-object. Analisis yang dilakukan yaitu
analisis imperceptible, analisis fidelity, analisis
recovery, dan analisis keamanan.

HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Imperceptible
Proses penyisipan pesan pada penelitian ini
menghasilkan sebuah file DNA berformat fasta.
File tersebut berisi sekuen DNA yang secara
umum sulit untuk diketahui asli atau tidaknya.
Analisis tahap ini dilakukan untuk menguji
tingkat kecurigaan seseorang berdasarkan
indera penglihatan manusia.
Analisis imperceptible dilakukan dengan
menyebarkan kuisioner yang bertujuan untuk
mencari tahu apakah seseorang dapat
mengetahui keberadaan pesan di dalam suatu
file DNA. Kuisioner diberikan kepada 30
responden dari bidang ilmu yang berbeda.
Sepuluh responden berasal dari Departemen
Ilmu Komputer, sepuluh responden berasal dari
Departemen Biologi dan sepuluh responden
berasal dari Departemen Biokimia. Perbedaan
latar belakang bidang ilmu pada responden
membuat mereka melihat sekuen DNA dengan
cara pandang yang berbeda. Hal tersebut
dilakukan agar pengecekan keberadaan pesan
dilakukan oleh orang yang kurang lebih
mengerti tentang sekuen DNA atau tentang
steganografi.
Kuisioner berisi dua sekuen DNA dan dua
pertanyaan. Salah satu sekuen tersebut telah
disisipkan pesan. Sekuen pertama terdiri atas
1067 pasang basa dan sekuen kedua terdiri atas
1330 pasang basa. Kedua sekuen dipilih karena

memiliki panjang yang wajar untuk dilihat
secara visual manusia. Pertanyaan yang
diberikan berjumlah dua soal pilihan ganda.
Pertanyaan pertama terkait dengan keberadaan
pesan dalam ke dua sekuen DNA. Jika
responden mengetahui adanya pesan maka
responden memilih sekuen yang telah berubah,
tidak sesuai, atau terlihat aneh secara visual
manusia. Di lain pihak, pada pertanyaan kedua,
responden yang dirasa mengetahui bahwa ada
yang aneh pada salah satu atau kedua sekuen
DNA tersebut, untuk menyertakan alasan
mengapa mereka menganggapnya aneh.
Contoh kuisioner dapat dilihat pada Lampiran
3.
Kuisioner dinilai berdasarkan dua kriteria
utama, yaitu benar dalam menjawab dan salah
dalam menjawab. Responden yang menjawab
secara salah ataupun tidak tahu dan menjawab
secara benar dengan alasan yang tidak tepat
diartikan bahwa responden tersebut tidak
mengetahui keberadaan pesan. Responden jenis
ini dikategorikan menjawab salah. Di lain
pihak, responden yang menjawab secara benar
dengan alasan yang tepat diartikan responden
mengetahui bahwa ada yang janggal pada
sekuen DNA tersebut. Responden jenis ini
dikategorikan menjawab benar. Hasil kuisioner
untuk analisis imperceptible dapat dilihat pada
Tabel 1.
Tabel 1 Hasil Kuisioner untuk Analisis Sifat
Imperceptible
Bidang Ilmu

Pilihan Jawaban
Salah

Benar

Ilmu
Komputer

9 orang

1 orang

Biokimia

9 orang

1 orang

Biologi

9 orang

1 orang

Total

27 orang

3 orang

Berdasarkan pada Tabel 1, dapat dilihat
bahwa bahwa 9 responden dari masing-masing
bidang ilmu tidak mengetahui secara pasti atau
tidak mengetahui adanya pesan dalam sekuen
DNA. Hanya 3 orang dari keseluruhan jumlah
responden
yang
berpendapat
mereka
mengetahui adanya perbedaan dan memberikan

7

Jumlah Pemilih

alasan yang tepat. Grafik hasil kuisioner dapat
dilihat pada Gambar 6.
100.00%
90.00%
80.00%
70.00%
60.00%
50.00%
40.00%
30.00%
20.00%
10.00%
0.00%

muncul suatu sekuen DNA baru pada coverobject.
Sekuen baru
yang terbentuk
dikhawatirkan akan mengurangi kualitas
cover-object.
Proses analisis ini dilakukan dengan cara
mencari nilai e-value dan query coverage yang
dihasilkan dari file DNA. Untuk mendapatkan
nilai tersebut, digunakan alat yang sudah
disediakan di situs www.ncbi.nlm.nih.gov. Alat
bantu yang digunakan bernama BLAST.

Biologi
Biokimia
Ilmu
Komputer

Salah

BLAST menerima input berupa file DNA
yang telah disisipi pesan. File tersebut yang
kemudian dihitung tingkat kemiripannya secara
otomatis oleh BLAST sehingga didapatkan
daftar sekuen DNA berserta nilai e-value dan
query coverage yang dihasilkan.

Benar

Jawaban

Gambar 6 Diagram Hasil Kuisioner.

Percobaan dilakukan sebanyak 16 kali
dengan menginputkan file DNA yang berbeda
dan telah berisi pesan di dalamnya. Dari tiap
percobaan tersebut, media penyimpanan yang
digunakan sama yaitu file DNA yang terdiri
atas 6498 pasang basa dan berukuran 6,4 Kb.
Masing-masing dari file DNA disisipkan pesan
dengan banyaknya karakter sebanyak kelipatan
50 beserta kapasitas maksimalnya. Jumlah
karakter mulai dari 0 hingga 700 dan 702
karakter (kapasitas maksimal). Nilai query
coverage yang dihasilkan dari setiap percobaan
dapat dilihat pada Gambar 7.

Pada Gambar 6 terlihat bahwa sebagian
besar atau 90% responden tidak mengetahui
keberadaan pesan. Hanya 10% responden yang
berpendapat bahwa mereka mengetahui dan
menjawab dengan alasan yang tepat.
Hasil kuisioner menunjukkan bahwa
sebagian besar orang tidak mengetahui bahwa
ada pesan dalam sekuen DNA yang telah
disisipkan pesan atau dengan kata lain sebagian
besar orang tidak curiga terhadap sekuen
tersebut. Jadi, dapat disimpulkan bahwa teknik
steganografi pada file DNA berformat fasta
telah memenuhi salah satu kriteria utama yaitu
imperceptible.

Pengaruh Jumlah Karakter terhadap Nilai Query Coverage

Query Coverage

100.00%
80.00%
60.00%
40.00%
20.00%
0.00%
0

100

200

300

400

500

600

700

800

Jumlah Karakter
Gambar 7 Grafik Pengaruh Jumlah Karakter terhadap Nilai Query Coverage.
Analisis Fidelity
Penyisipan suatu pesan ke dalam media file
DNA akan mengubah sekuen DNA tersebut.
Perubahan tersebut akan mengubah mutu
cover-object.
Pada
proses
penyisipan,
perubahan struktur DNA dilakukan pada
fragmen tertentu yang telah terpilih. Fragmen
yang telah terpilih tersebut diganti dengan
fragmen baru yang berisi pesan, sehingga

Pada Gambar 7 terlihat bahwa terjadi
penurunan nilai query coverage. Penurunan
terus terjadi seiring dengan penambahan
jumlah
karakter.
Penurunan
tersebut
mengakibatkan penurunan tingkat kemiripan
antara stego-object dengan cover-object-nya.
Penurunan
query
coverage
tersebut
menandakan adanya perubahan yang terjadi
dan bukan menandakan mutu pada file DNA.

8

Penilaian mutu file DNA dilihat dari nilai evalue yang dihasilkan.
Nilai e-value yang dihasilkan selalu bernilai
0,0. Nilai e-value 0,0 berarti kemiripannya
dengan suatu DNA tinggi. Jadi, berdasarkan
percobaan tersebut, dapat disimpulkan bahwa
file yang telah dilakukan penyisipan masih
memiliki mutu yang baik dan masih dianggap
sebagai suatu DNA, sehingga teknik
steganografi ini dapat dikatakan memenuhi
kriteria fidelity.
Analisis Recovery

a = 12
b=4
c = 1/b = 1/4
p = ca =(1/4)12 = 5,7 x 10-7
Peluang kegagalan sebesar 5,7 x 10 -7
berarti kecil kemungkinan untuk proses
ekstraksi gagal dilakukan. Jadi, dapat
disimpulkan bahwa metode ini dapat
diekstraksi dan memenuhi kriteria sifat
recovery.
Analisis Keamanan

Proses penyisipan pesan menghasilkan
sebuah file DNA baru yang telah disisipi pesan.
Keberhasilan dalam pengambilan kembali
pesan tersebut menandakan ektraksi pesan atau
recovery dapat dilakukan.
Analisis ini dilakukan dengan cara
mengekstraksi pesan yang telah disisipkan pada
percobaan tahap analisis fidelity sebelumnya.
Percobaan dilakukan sebanyak 16 kali
pengekstraksian pesan.
Pada seluruh percobaan mengekstraksi
pesan, mendapatkan hasil bahwa seluruh pesan
dapat diekstraksi. Pesan yang terekstraksi
merupakan pesan yang benar dan sesuai.
Berdasarkan
hasil
percobaan,
peluang
kemungkinan pesan dapat diekstraksi adalah
100 %. Hasil ini menandakan bahwa proses
ektraksi dapat dilakukan.
Namun,
secara
teoritis
peluang
kemungkinan kegagalan hasil masih mungkin
terjadi. Hal ini dapat terjadi karena
ditemukannya struktur yang sama dengan
marker dan enzim pada fragmen pesan,
sehingga terjadi kesalahan pencarian fragmen
pada tahap ektraksi pesan. Hal ini
mengakibatkan pesan tidak dapat terekstraksi.
Peluang kemungkinan kegagalan dapat terjadi
dapat dihitung dengan penghitungannya
sebagai berikut:
p = ca
a : jumlah pasang-basa sekuen marker dan
enzim
b : banyaknya kejadian yang mungkin dari
tiap pasang-basa
c : kemungkinan tiap pasang-basa untuk
terjadi

Analisis imperceptible telah menandakan
keamanan yang diberikan yaitu dari segi visual.
Jika seseorang tidak mencurigai bahwa di
dalam file DNA tersebut ada pesan, maka
secara visual dapat dikatakan aman.
Keamanan yang diberikan pada metode ini
tidak hanya dari segi visual saja, tetapi juga
dari adanya fungsi pembangkit bilangan secara
acak.
Tingkat
keamanan
pengacakan
bergantung pada metode yang digunakan,
dalam hal ini adalah metode LCG.
Seseorang yang dapat mendeteksi pesan,
belum dapat mengetahui isi pesannya karena
masih berbentuk sekuen DNA dan fragmennya
masih dalam urutan acak. Untuk dapat
mengetahui pesannya harus dibangkitkan
urutannya dan dikonversikan terlebih dahulu.
Ketahanan informasi dengan metode ini
dinilai kurang baik. Informasi yang disisipkan
dapat menjadi rusak apabila seseorang
mengubah fragmen pesan. Jika hal tersebut
terjadi, maka pesan yang disembunyikan pada
media menjadi tidak sesuai lagi.
Berdasarkan uraian di atas dapat
disimpulkan bahwa teknik steganografi dengan
metode DNA rekombinan dikatakan aman
karena memiliki beberapa sistem keamanan.

KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Dari hasil percobaan yang dilakukan pada
penelitian ini diperoleh beberapa kesimpulan:
1 Metode DNA rekombinan dapat dilakukan
untuk menyisipkan pesan ke dalam file
DNA

p : kemungkinan untuk tiap karakter
membentuk sekuen marker dan enzim
9

2 File DNA sebelum dan sesudah penyisipan
pesan memiliki mutu yang hampir sama
dengan mutu file DNA sebelum disisipkan
pesan dengan e-value bernilai 0,0
3 Jumlah karakter yang mampu disisipkan ke
dalam file DNA bergantung pada
banyaknya fragmen dan panjangnya
fragmen pada pesan
4 Peluang kemungkinan terjadi kegagalan
proses ektraksi adalah sebesar 5,7 x 10-7
5 Kemanan pesan dengan metode ini
bergantung pada kemanan secara visual dan
metode pengacakan yang digunakan
Saran
Penelitian masih memiliki peluang untuk
dikembangkan lebih lanjut, yaitu:
1 Perlu dilakukan pengenalan suatu fragmen
yang lebih baik dari pengidentikan dengan
marker dikarenakan kemungkinan untuk
terjadi kesalahan pengekstraksian masih ada
2 Perlu dipertimbangkannya penyisipan pesan
pada bagian yang tidak mempengaruhi
replikasi DNA dan sintesis protein
3 Perlu dilakukan kompresi pesan agar
kapasitas penyimpanan pesan meningkat

DAFTAR PUSTAKA
Andiniarti I. 2009, Klasifikasi Dokumen Teks
Berbahasa Indonesia Menggunakan Minor
Component Analysis [Skripsi]. Bogor:
Departemen Ilmu Komputer, IPB.
Cachin C. 2005. Digital Steganography.
Ruschlikon, Switzerland : Zurich Research
Laboratory.

Maden T. 2003. The BLAST Sequence Analysis
Tool.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f
cgi?book=handbook&part=ch16#A611 [29
Juni 2010].
NCBI
2010.
Glossary.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f
cgi?book=handbook&part=A1237#app53
[6 Juli 2010]
Lesk,
A.M.
2002.
Introduction
to
Bioinformatics. Oxford : Oxford University
Press.
Pfitzman B. 1996. Information Hiding
Terminology,
Proceeding
of
First
International
Workshop
Information
Hiding. Cambridge : Lecture Note In
Computer Science. Hlm 347-356.
Saeb M, El-abd E, dan El-Zanaty M.E. 2007.
On Covert Data Communication Channels
Employing
DNA
Recombinant
and
Mutagenesis-based
Steganographic
Techniques. Egypt : Alexandria University.
Tortora, G.J. 2004 dan 2007. Microbiology An
Introduction 8th and 9th ed. San Francisco.
Vento Amy B. dan Gillum David R. 2002.
Recombinant DNA Such as Plasmids and
Viral Vectors, and the Application of
Recombinant
DNA
Techniques
in
Molecular Biology. University of New
Hampshire.
Wendell M. Smith. 2003. DNA Based
Steganography for Security Marking.
Montreux : Xix International Security
Printers Conferences.

Engle S. 2003. Current state of steganography:
uses, limits, & implications. California,
America: University of California.
Gehani A, LaBaen T, dan Reif H. John. 2004.
DNA-based Cryptography. Durham : Duke
University.
Heider D dan Barnekow A. 2007. DNA-based
watermarks
using
the
DNA-Crypt
algorithm. Muenster, Germany.
Hunt E. 2003. Genetic Engineering and
Genomics ch 4.

10

LAMPIRAN

Lampiran 1 Contoh Tahap Penyisipan Pesan
>gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic
18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence
GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCCATTCGGGT
AGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT
TGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC
GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG
TGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAAC
GAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGC
Pencarian Fragmen yang diapait oleh GGCC
[1]
GGCCCATTCGGGTAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT
TGAACTT
TGGGCC
[2] GGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCC
[3]
GGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACGAAGTTTGAGGCAA
TAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCC
Pesan : Steganografi DNA, Arif Ramadhan, IPB
Pesan dalam DNA :
AAGCACAGATAAATACATGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGA
ACGTATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGT
Jumlah Fragmen Terpakai : 3
Nilai Pembangkit Acak Awal : 2
Marker : GCGAAGCA
Pengacakan Posisi Fragmen
[1] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC
[2]
GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT
TGCGAAGCAGGCC
[3]
GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG
GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC
Stego-text
>gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic
18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence
GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCGCGAAGCAG
AATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAG
CAGGCCCGGTTGGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC
GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG
TGGTGCATGGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTG
GAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCCGCACGCGCGC

12

Lampiran 2 Contoh Tahap Ekstraksi Pesan
Stego-text
>gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic
18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence
GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCGCGAAGCAG
AATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAG
CAGGCCCGGTTGGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC
GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG
TGGTGCATGGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTG
GAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCCGCACGCGCGC
Bangkit Marker dengan key = 2
Marker : GCGAAGCA
Pencarian Fragmen
[1]
GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT
TGCGAAGCAGGCC
[2] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC
[3]
GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG
GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC
Urut Fragmen
[1] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC
[2]
GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT
TGCGAAGCAGGCC
[3]
GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG
GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC
Penyatuan Pesan
GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCGGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGA
ATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAGCAGGCCGGCCGCGAAGCATTAATATGT
GGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGT
TCTGGCGAAGCAGGCC
Pembuangan Karakter Bukan Pesan
AAGCACAGATAAATACATGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGA
ACGTATTTTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGT
Pesan : Steganografi DNA, Arif Ramadhan, IPB

13

Lampiran 3 Kuisioner

KUISIONER
Pengidentifikasian Keberadaan Informasi pada Sebuah Struktur DNA
Arif Ramadhan
Departemen Ilmu Komputer Institut Pertanian Bogor
2010
Nama Responden : ……………………………………………………………………………………
Umur

: ………

Pekerjaan

: ……………………………………………………………………………………

Departemen

: …………………………………………………………………………………

Perhatikan Kedua sekuen DNA di bawah ini
Sekuen DNA 1 :
>gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic
18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence
GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCACTGACTGA
GTAATCTACGCACAGATTAACAGACAAACAGGTGGAAGGATAAACGTACAGATGAATCTATTAATGAATC
TGTGGAGGTATCCATACATCCACGTGTCGGTGGGCGTGCGGGCGAGCGGGGGGAGCTCGTAGTTACTGAC
TGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC
TTGAGTCCTTGTGGCTCTTGGCGAACCGGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGT
ATTGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACC
ATCGTAATGATTAATAGGGACGGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTA
TTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGACGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGAT
CGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGTGGTGTTTTTT
TAATGACCCACTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAAGGC
TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACG
GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG
TGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAAC
CTACTAAATAGTGGTGCTAGCATTTGCTGGTTATCCACTTCTTAGAGGGACTATCGGTTTCAAGCCGATG
GAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGC

Sekuen DNA 2 :
>gi|303286278|ref|XM_003062383.1| Micromonas pusilla CCMP1545 proteasomal
ATPase, mRNA
ATGGGCGTCCTCGTGGAGACCTCCCAACCCGCGAAGGATGGCCTTCGCGGGTACTACAGCGCGAAGATCG
AGGAGTACGAGATCGCCGTCAGGGATAAGACGCAGAACCTCCGGCGGTTGGAGGCGCAGCGGAACGAGCT
GAACCACAAGGTCCGGATGCTTCGCGAGGAGATCCAGCTCCTGCAAGAGCCCGGATCGTACGTCGGTGAA
GTCGTGAAGGTGATGGGGAAGACGAAGGTCCTCTGCAAGGCGCGTCTCGTTCACCCCGAGGGTAAATACG
TCGTGGACATCGCGAAGGACATAGACATCAACACGCTCACCACCGGCGCGCGCGTCGCGCTGAAGAACGA
CAGCTACGCGCTCCATCTCATCCTCCCGTCGCTCGTGGACCCGCTCGTGTCGCTCATGAAGGTGGAGAAA
GTGCCGGACTCCACGTTCGACATGATCGGCGGCCTGGACGAGCAGGTGAAGGAGATCAAAGAGGTGGTGG
AGCTCCCGATCAAACACCCGGAGCTGTTCGAGTCGCTGGGGATCGCGCAGCCGAAGGGGGTGATCTTGTA
CGGACCTCCGGGGACGGGGAAGACGTTGCTGGCGCGAGCCGTCGCGCACCACACCGACTGCTGCTTCATC
CGCGTCAGCGGGTCGGAGCTCGTGCAGAAGTACATCGGCGAGGGCGCGCGGATGGTGCGCGAGCTGTTCG
TGATGGCGCGGGAGAACGCGCCGGCGATTCTGTTCATGGACGAGGTGGACTCGATCGGGTCGGCGCGAGG
GAGCGGCGGCGGCGACAGCGAAGTCCAGCGCACGATGCTGGAGCTTTTGAACCAGCTCGACGGGTTCGAG
GCGTCGAACAAGATCAAGGTGATCATGGCGACGAACCGCCTCGATATCCTCGACAGC