Pemetaan Quantitative Trait Loci (QTL) sifat pertumbuhan pada populasi domba silang balik ekor tipis dan merino
PEMETAAN QUANTITATIVE TRAIT LOCI (QTL) SIFAT
PERTUMBUHAN PADA POPULASI DOMBA SILANG BALIK
EKOR TIPIS DAN MERINO
ENDANG TRI MARGAWATI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2005
PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi berjudul Pemetaan Quantitative
Trait Loci (QTL) Sifat Produksi pada Populasi Domba Silang Balik Ekor Tipis dan
Merino adalah karya saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini.
Bogor, September 2005
Endang Tri Margawati
NIM 04600013
ABSTRAK
ENDANG TRI MARGAWATI. Pemetaan Quantitative Trait Loci (QTL) Sifat
Pertumbuhan pada Populasi Domba Silang Balik Ekor Tipis dan Merino. Dibimbing
oleh HARIMURTI MARTOJO, MULADNO, SUBANDRIYO dan HERMAN W.H.
RAADSMA
Penelitian dimaksudkan untuk mengestimasikan lokasi quantitative trait loci
(QTL) dan gen kandidat sifat pertumbuhan pada domba. Sifat pertumbuhan yang
diteliti yaitu berat lahir (BL), berat umur 90 (BB90), umur 180 (BB180), umur 270
(BB270) dan umur 360 (BB360) pada populasi domba. Empat keluarga acuan half-sib
telah dirancang yang terdiri dari 381 ekor. Sebagain besar populasi didominasi oleh
domba silang balik dari persilangan domba F1 jantan (persilangan domba Ekor Tipis
Indonesia dan Merino) kemudian disilang balikkan dengan tetuanya (sejumlah
Merino betina) dan sebagian populasi adalah F2. Penelitian ini memanfaatkan
perbedaan penampilan berat badan antara domba ekor tipis dan Merino. Sebanyak
136 penciri mikrosatelit telah digunakan dalam perunutan genom yang mencakup 26
pasang kromosom autosomal. Analisis QTL dilakukan secara elektronik dengan
perangkat lunak program QTL Express. Lokasi QTL, jarak QTL dan penciri apit
(flanking markers) pada kromosom diperoleh dari basic analysis. Sedangkan
significance threshold dilakukan dengan uji Permutate Experiment Wide dan
Permutate Chromosome Wide pada taraf 5% (p
PERTUMBUHAN PADA POPULASI DOMBA SILANG BALIK
EKOR TIPIS DAN MERINO
ENDANG TRI MARGAWATI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2005
PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi berjudul Pemetaan Quantitative
Trait Loci (QTL) Sifat Produksi pada Populasi Domba Silang Balik Ekor Tipis dan
Merino adalah karya saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini.
Bogor, September 2005
Endang Tri Margawati
NIM 04600013
ABSTRAK
ENDANG TRI MARGAWATI. Pemetaan Quantitative Trait Loci (QTL) Sifat
Pertumbuhan pada Populasi Domba Silang Balik Ekor Tipis dan Merino. Dibimbing
oleh HARIMURTI MARTOJO, MULADNO, SUBANDRIYO dan HERMAN W.H.
RAADSMA
Penelitian dimaksudkan untuk mengestimasikan lokasi quantitative trait loci
(QTL) dan gen kandidat sifat pertumbuhan pada domba. Sifat pertumbuhan yang
diteliti yaitu berat lahir (BL), berat umur 90 (BB90), umur 180 (BB180), umur 270
(BB270) dan umur 360 (BB360) pada populasi domba. Empat keluarga acuan half-sib
telah dirancang yang terdiri dari 381 ekor. Sebagain besar populasi didominasi oleh
domba silang balik dari persilangan domba F1 jantan (persilangan domba Ekor Tipis
Indonesia dan Merino) kemudian disilang balikkan dengan tetuanya (sejumlah
Merino betina) dan sebagian populasi adalah F2. Penelitian ini memanfaatkan
perbedaan penampilan berat badan antara domba ekor tipis dan Merino. Sebanyak
136 penciri mikrosatelit telah digunakan dalam perunutan genom yang mencakup 26
pasang kromosom autosomal. Analisis QTL dilakukan secara elektronik dengan
perangkat lunak program QTL Express. Lokasi QTL, jarak QTL dan penciri apit
(flanking markers) pada kromosom diperoleh dari basic analysis. Sedangkan
significance threshold dilakukan dengan uji Permutate Experiment Wide dan
Permutate Chromosome Wide pada taraf 5% (p