Untuk memperkuat kerja sama umat Islam tersebut maka MIAI mengadakan kongres yang berlangsung sampai tiga kali. Kegiatan MIAI yang sangat menonjol adalah membentuk
baitul mal Lembaga Perbendaharaan Negara pusat.Setelah penyerbuannya pada tahun 1942, Jepang merasa membutuhkan hidupnya organisasi MIAI.Oleh karena itu Jepang masih
memberi hak hidup terhadap MIAI dalam melakukan kegiatannya. Walaupun Jepang masih member hak hidup akan tetapi MIAI tidak dapat diharapkan bahkan dianggap sebagai
kendala terhadap keinginan Jepang. Hal ini dikarenakan MIAI dibentuk atas inisiatif kaum muslimin dan perhatiannya banyak tertuju pada masalah politik dan akan menolak segala
bentuk kolonisasi. Karena organisasi ini dianggap kurang memuaskan Jepang maka pada bulan Oktober 1943 dibubarkan oleh Jepang diganti organisasi baru yakni Majelis Syura
Muslimin Indonesia MASYUMI yang disahkan oleh Gunseikan pada tanggal 22 November 1943.
3. Perjuangan Melalui Gerakan Bawah Tanah
Selain melalui taktik kerja sama dengan Jepang, para pejuang melakukan perjuangan secara rahasia gerakan bawah tanah atau ilegal. Beberapa contoh perjuangan bawah tanah
antara lain sebagai berikut a. Gerakan Kelompok Sutan Syahrir
Kelompok ini merupakan pendukung demokrasi parlementer model Eropa barat dan menentang Jepang karena merupakan negara fasis. Pengikut dari kelompok ini terutama para
pelajar dari kota Jakarta, Surabaya, Cirebon, Garut, Semarang dan lain-lain. Mereka berjuang dengan cara sembunyi-sembunyi atau dengan strategi gerakan ”bawah tanah”.
b. Gerakan Kelompok Amir Syarifuddin Menjelang kedatangan Jepang di Indonesia, Amir Syarifuddin berhubungan erat
dengan P.J.A. Idenburg pimpinan departemen pendidikan Hindia Belanda. Melalui Dr. Charles Van der Plas, P.J.A. Idenburg membantu uang sebesar 25.000 gulden kepada Amir
Syarifuddin guna mengorganisir gerakan bawah tanah melawan Jepang. Oleh karena itu kelompok ini anti fasis dan menolak kerja sama dengan Jepang. Karena sangat keras dalam
mengkritik Jepang maka Amir Syarifuddin ditangkap dan dijatuhi hukuman mati oleh Jepang pada tahun 1944. Atas bantuan Ir. Soekarno, hukumannya diubah menjadi hukuman seumur
hidup akan tetapi setelah Jepang menyerah dan Indonesia merdeka, ia terbebas dari hukuman.
c. Golongan Persatuan Mahasiswa Golongan ini sebagian besar berasal dari mahasiswa Ika Daigaku Sekolah
Kedokteran di Jalan Prapatan 10 dan yang terhimpun dalam Badan Permusyawaratan Pelajar-Pelajar Indonesia BAPERPI di Cikini Raya 71.Di antara tokoh BAPERPI yang
terkenal adalah Supeno Ketua, Burhanuddin Harahap, dan Kusnandar.Sejumlah tokoh- tokoh mahasiswa pelajar yang terkenal antara lain Djohar Noer, Sayoko, Syarif Thayeb,
Darwis, Eri Sadewo, Chairul Saleh, Kusnandar, Subadio Sastrosatomo, Wahidin Nasution, dan Tadjuludin.Kelompok Persatuan Mahasiswa ini anti Jepang dan sangat dekat dengan
jalan pikiran Sutan Syahrir.
d. Kelompok Sukarni Kelompok ini sangat berperan di sekitar proklamasi kemerdekaan. Tokoh-tokoh yang
tergabung dalam kelompok Sukarni antara lain Adam Malik, Pandu Kartawiguna, Chaerul Saleh, dan Maruto Nitimihardjo
e. Kelompok Pemuda Menteng 31 Kelompok ini dibentuk oleh sejumlah pemuda yang bekerja pada bagian propaganda
Jepang Sendenbu.Tokoh-tokoh terkenal dari kelompok ini antara lain Sukarni, Chaerul Saleh, A.M. Hanafi, Adam Malik, Pandu Kartawiguna, Maruto Nitimihardjo, Khalid Rasjidi
dan Djamhari.Kelompok ini bermarkas di gedung Menteng 31 Jakarta.Secara resmi pendirian asrama ini dibiayai Jepang dengan maksud menggembleng para pemuda untuk menjadi alat
mereka.Akan tetapi tempat ini oleh pemuda dimanfaatkan secara diam-diam untuk menggerakkan semangat nasionalisme.
f . Golongan Kaigun