IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rRNA

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u

b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i

l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u

b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.

.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id

.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.

j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d

aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t

t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/

/
p

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
nej.
nej. PAPUMA JEMBER
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
IDENTIFIKASI
ISOLAT
BAKTERI
DARI
PANTAI
i
i
i
l
l
l
i
i
i
ili
idgigili
idgigPENGKODE
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
BERDASARKAN
SEKUEN
DNA
16S rRNA
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
hthttp
hthttp
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhSKRIPSI
tt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
Oleh
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.idNIM 061810401098 j.aca.cid.id
a
.
j
e
e
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/
/
:
:
/
/
/
/
p
p
t
t
hthttp
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
d
d
aj.ca.ci .idJURUSAN BIOLOGI ej.aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
j
j
e
e
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
FAKULTAS
MATEMATIKA
DAN
ILMU
PENGETAHUAN
ALAM
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
UNIVERSITAS
JEMBER
t
t
t
t
t
t
hhtt
hhtt
hhtt
2011

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

Ratno Dwinanto

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
nej.
nej. PAPUMA JEMBER
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
IDENTIFIKASI
ISOLAT
BAKTERI
DARI
PANTAI
i
i
i
l
l
l
i
i
i
ili
idgigili
idgigPENGKODE
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
BERDASARKAN
SEKUEN
DNA
16S rRNA
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
hthttp
hthttp
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
j.
n
nej.
nej. salah satu syarat
nemelengkapi
.bu.n
.bu.n
.bu.guna
u
u
u
b
b
b
i
i
i
Diajukan
tugas
akhir
dan
memenuhi
l
l
l
i
i
i
ili Biologi (S1)
idgigili
idgigStudi
idgigili untuk menyelesaikan Program
/:d
/:d
/:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p Sarjana Sains
hthttp
hthttgelar
hthttp
dan mencapai

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
SKRIPSI
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt
Oleh

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id Ratno Dwinanto
ca.cid.id
a
a
.
.
j
j
e
e
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
NIM
061810401098
i
i
l
l
i
i
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/
/
:
:
/
/
/
/
p
p
t
t
hthttp
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
j
j
j
e
e
e
JURUSAN BIOLOGI
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
idgigil MATEMATIKA DAN
idgigil
idgigil PENGETAHUAN ALAM
FAKULTAS
ILMU
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
UNIVERSITAS
JEMBER
hhtt
hhtt
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
i
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

2011

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
ne
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
Skripsi ini sayailipersembahkan
untuk:
b
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
1.
Ibunda
Robianah
dan
Ayahanda
Umbaran
yang
telah
memberikan
kasih
t
t
t
p
hhttp sayang,
hhttp
hhttp

h

ca.cid.id 2.
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
3.
p

PERSEMBAHAN

pengorbanan dan doa yang tiada henti-hentinya.
semua keluarga yang.atelah
c.cid.idmendukung dan memberi.amotivasi
c.cid.id dalam menempuh

ca.cid.id
a
.
j
j
j
a
a
e
e
e
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
pendidikan.
i
i
i
l
l
l
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
thttp yang tak
semua
hthttp guru-guru yang telah mendidik
hthttp dan mengajarku, terimahkasih

h

terhingga atas ilmu yang kalian berikan.

d
d
.cid.id Pengetahuan Alam .ac.cid.id
aj.ca.ci .id 4. Almamater Jurusanej.Biologi
aj.ca.ci .id Fakultas Matematika edan
aj.caIlmu
.
.
jej.a
j
j
e
e
n
n
n
n
e
e
e
u
u
u
u
n
n
n
n
.
.
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
.
.
.
.
i
i
i
i
Universitas
Jember.
idgiigl ilib
idgiigl ilib
idgiigl ilib
idgiigl ilib
d
d
d
/
/
/
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
hthtp
hthtp
hthtp
ttp:
ttp:
ttp:

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
ii ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
j
j
j
e
e
e
n
ne
ne
ne diantaramu dan ilib.bu.n
.bu.n
.bu.beriman
u
u
u
“Allahiliakan
meninggikan
orang-orang iyang
b
b
i
l
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
/:d
:p//:d
:p//:d
:p/pengetahuan
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
orang-orang
yang
diberi
ilmu
beberapa
derajat.”
t
t
t
hhtt
hhtt
hhtt

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

MOTTO

(Terjemahan Surat Al-Mujaadilah ayat 11)

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
j.
j.
n
u.n
nej.
nepandai
nenamun
nej.
.bu.n
.btetap
.builmu,
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
“Seseorang
akan
selama
dia
menuntut
jika
ia
menganggap
.
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttp dirinya telah berilmu (cepat
hthttppuas) maka berarti ia bodoh.”
hthttp

h

( Sofyan bin Ayyinah )

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
iii ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

.cid.id yang berjudul .ac.cid.id
bahwa karya.acilmiah
ca.cid.id menyatakan dengan j.asesungguhnya
ca.cid.id
a
.
j
j
jej.a
a
e
e
e
e
j.
j.
j.
n
n
n
n
e
e
e
u
u
u
u
n
n
n
n
.
.
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
”IdentifikasigIsolat
Jember
Berdasarkan Sekuen
.
liilib.
idgiigliilib.
idiigliilib.Bakteri Dari Pantai :Papuma
idgiigliilib
idgiigDNA
d
d
d
/
/
/
//:d
/
/
/
:
:
/
/
:// dalam
Pengkode
p //
hthtp
hthtp
hthtp
ttp:/16S rRNA” adalah benar-benar
ttp:/ hasil karya sendiri, kecuali
ttpjika

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

PERNYATAAN

d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
j
j
e
e
u.n
ne tangan di bawah inii:lib.bu.n
ne
.bbertanda
u
u
Saya yang
b
i
l
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
p
p
t
t
nama
:
Ratno
Dwinanto
t
t
hhtt
hhtt
NIM

: 061810401098

pengutipan substansi disebutkan sumbernya, dan belum pernah diajukan pada

d
d
id
bagian dari j.ac.cid
ca.cid.idkarya jiplakan. Penelitian
ca.cid.merupakan
aj.ca.ci .id institusi mana pun, serta
ajbukan
aj.ini
.
.
.
j
j
j
a .i
.
.
e
e
e
e
j
n
n
n
n
e
e
e
e
bli.bu.un
.un “ Studi Molekuler
proyek penelitian
Diversitas
lidari
liibli.bu.un
liibli.buberjudul
liibli.bu.un dan Aktivitas Bakteri
i
i
i
i
g
g
g
g
i
i
i
i
i
//d ig
://:d
://d
://d/dig
//dig
//dig Watu Ulo Jember: hUpaya
thtp
thtp
Perairan
p://d
hthtp
ttpMengatasi
ttp:Pantai
ttp:/Pemanfaatan Potensinya huntuk

h

.cid.id Dr.rer.nat. Kartika .ac.cid.id
ca
ca.cid.idUniversitas Jember atas
ca.cid.id Batch I 2009 DIKTI,j.aDIPA
nama
a
a
.
.
jej.a
j
j
e
e
e
e
j.
j.
j.
n
n
n
n
e
e
e
u
u
u
u
n
n
n
n
.
.
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
Senjarini, S.igSi.,
igliilib.
igliilM.
ib. Si. Saya bertanggung jawab
lib. keabsahan dan kebenaran
idgiisinya
idgiigliiatas
idgiigliilib.
d
d
d
i
/
/
/
/
/
/
//:d
d
:
:
:
/
/ tinggi.
p
p //
sesuai
tp:// sikap ilmiah yang harus
hthtp
hthtdijunjung
hthtp
ttp:/
ttp:/
tdengan

h

Masalah Permasalahan Lingkungan” dan dibiayai program Hibah Strategis Nasional

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya, tanpa adanya tekanan

d
dd
.cid.id
ca.cid.idpun serta bersedia mendapat
akademik jika j.ac
aj.ca.ci .id dan paksaan dari pihak
aj.ca.ci .isanksi
aj.mana
.
.
.
j
j
j
a
.
e
e
e
e
nej
ne
ne pernyataan ini tidak benar.
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
ternyata
di
kemudian
hari
i
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
p
hhttp
hhttp
hhttp

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

.cid.id 7 Juni 2011
ca.cid.id
caJember,
a
a
.
.
j
j
e
e
nej.
nej. Yang menyatakan, ilib.bu.n
.bu.n
u
u
b
i
l
i
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/
/
:
:
/
/
/
/
p
p
t
t
hthttp
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
id.id Dwinanto
aj.ca.ci .id
aj.ca.cRatno
.
.
j
j
e
e
ne
ne NIM 061810401098ilib.bu.n
.bu.n
u
u
b
i
l
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
p
p
t
t
t
t
hhtt
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
iv ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
j
j
j
e
e
e
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil ISOLAT BAKTERI
idgigil PANTAI PAPUMA JEMBER
IDENTIFIKASI
DARI
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
hhtt
hhtt BERDASARKAN SEKUEN
hhtt DNA PENGKODE 16S rRNA

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
d
Oleh
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
j
j
e
e
ne
ne
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
Ratno
Dwinanto
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
NIM t061810401098
/
/
/
/
p
p
t
t
t
hhtt
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt Pembimbing Utama
Dosen

d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
j
j
e
e
ne
ne
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
p
p
t
t
t
t
t
hhtt M. Si.
hh: tDr.rer.nat.
Kartika Senjarini S. Si.,

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

Dosen Pembimbing Anggota

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
v ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

SKRIPSI

Pembimbing :

: Sattya Arimurti, S. P., M. Si

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

PENGESAHAN

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
Skripsi berjudul “Identifikasi
Isolat Bakteri Dari Pantai
ne
ne
ne
nePapuma Jember Berdasarkan
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
i
il disahkan pada:
idgigil
idgigil
idgiPengkode
idgigdan
gil
/:d
//:d
//:d
//:d
/diuji
Sekuen
DNA
16S rRNA” telah
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
p
hhttp
hhttp
hhttp
hari, tanggal :

h

tempat
: Fakultas Matematika
dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Jember
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
nej.
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
Tim
Penguji:
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttp
hthttp
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

Sattya Arimurti,
S.P., M.Si
d.id M.Si
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.ciS.Si.,
ca.cid.id Dr.rer.nat. Kartika Senjarini,
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
NIP 197509132000032001
NIP197403311999032001
e
e
e
e
nej.
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttp
hthttp
hthttp

h

.cid.id Ketua,
c
ca.cid.id
a
a
.
.
j
j
a
.
.
e
e
nej
nej
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
//:d
//:d
:
/
/
/
/
p
t
t
p
hhttp

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

Sekretaris,
.idd

je.aj.cac.i
e
n
liibli.bu.un
i
g
i
://d/dig
hthtp
ttp:/

Anggota I

Anggota II

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

Prof. Dr. Bambang Sugiharto, M.Agr., Sc

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

Dr. Kahar Muzakhar, S.Si

NIP 196805031994011001
ca.cid.id
ca.cid.id NIP 195510221982121001
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
nej.
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
Mengesahkan,
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
tp
hthttp
hthttp
hthtDekan,

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

h

h

d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
j
j
e
e
ne
ne
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
p
p
t
t
t
t
hhtt
hhKusno,
tt
Prof. Drs.
DEA, Ph. D

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
neej.
vi ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

NIP 196101081986021001

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
ne
ne
ne Dari Pantai Papuma
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
Identifikasi Isolat
Bakteri
Jember
Berdasarkan Sekuen
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
DNA
Pengkode
16S
rRNA;
Ratno
Dwinanto,
061810401098;
2011:
38
halaman;
t
t
t
p
hhttp
hhttp
hhttp

h

RINGKASAN

Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas

ca.cid.id Jember.
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
nej.
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
pada
p
p rRNA merupakan salah
p RNA ribosomal yanghthterdapat
hthtt16S
hthttsatu
ttp
prokariot, di samping 5S dan 23S rRNA (Pangastuti, 2006). Sekuen 16S rRNA telah

d
dd
.cid.id identifikasi prokariota .dan
d
telah j.ac.cid
aj.ca.ci .id sering digunakan sebagai
aj.cadasar
aj.ca.ci .ikeberhasilannya
.
.
j
j
j
a .i
.
e
e
e
e
j
n
n
n
n
e
e
e
e
telah banyakgdilaporkan.
liibli.bu.un
liibli.bu.un
liibli.bu.un Lebih jauh, metodeigidentifikasi
liibli.bu.un bakteri mengunakanigsekuen
i
i
i
i
g
i
i
//d ig
://d/dig
://ddig
://d/dig dibandingkan dengan
p
16Shthtp
p://d
tp:// memiliki beberapahthtkeunggulan
hthtp
ttp:/ metode
trRNA,
ttp:/

h

konvensional diantaranya karena kecepatan dan keakuratan hasilnya. Penelitian

id.id (2010) terhadap sampelabakteri
ca.cid.id dari perairan Pantai j.aca.cid.id
ca.cHuda
ca.cid.id sebelumnya yang dilakukan
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
e
j.
j.
n
nej.
nebakteri
neberhasil
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
.
i
i
i
i
l
l
l
l
Papuma,
Jember
telah
mengisolasi
4
isolat
dari
Pantai
Papuma
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
Jember,
hthttp Keempat
hthttp WU 021015*, dan WU 021042.
hthttpyaitu WU 021004, WU 021009,

h

isolat tersebut terbukti memiliki aktivitas hidrolitik dalam mendegradasi beberapa

d
d
did dilakukan proses
.cid.id tween 40 dan 80 sehingga
aj.ca.ci .id jenis polimer, diantaranya
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .perlu
aj.caadalah
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
n
ne
ne
ne lanjutan.
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.langkah
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
identifikasi
sebagai
i
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
p
p
tp perairan
tp
ini bertujuan untuk
4 isolat bakteri
hhtdari
hhtmengidentifikasi
hhttPenelitian

h

Pantai Papuma Jember secara molekuler berdasarkan sekuen DNA pengkode 16S

ca.cid.id hubungan filogenetiknya.
ca.cid.id rRNA serta untuk mengetahui
ca.cid.idIsolat bakteri yang j.aca.cid.id
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
e
n
nej.
nej.Papuma Jember yaituiliWU
nej.bakteri yang berasal idari
nej.
.b4u.n
.bu.n
.bu.n
.buPantai
u
u
u
u
b
b
b
b
.
i
i
i
l
l
l
i
i
digunakan
yaitu
isolat
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttpWU 021009, WU 021015*,hthdan
hthttpmempunyai
021004,
ttpWU 0210042 yang berpotensi

h

aktifitas hidrolitik.

did
d
ca.cid.id DNA genom yang j.aca.cid.id
aj.ca.ci .dengan
aj.ca.ci .id
ajIsolasi
Penelitian dilakukan
tahap-tahap yaitu:
.
.
.
j
j
j
.
e
e
e
e
n
n
n
n
ej.
e
e
e
u
u
u
u
n
n
n
n
.
.
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
.
.
.
.
i
i
i
i
igl ilib
igl ilib
dilakukan ddengan
dan stabilitas profil
idgiigl ilibmetode frezee and thaw.
idgiigl ilib
idggenom
idgKemurnian
d
d
i
i
/
/
/
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
tp :
p:
p
hthtp
hthtp
ttp: dengan
ttdapat
isolat
ditentukan dengan htBOX
http PCR. Identifikasi dilakukan

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

h

h

mensekuensing DNA hasil purifikasi produk PCR 16S rRNA. Alignment sekuen 16S

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
vii ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

rRNA dari masing-masing isolat dibandingkan dengan database gen 16S rRNA

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id menggunakan BLAST.ej.aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
j
j
j
e
e
e
e
ne
ne
nberhasil
nedigunakan sebagai template
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
DNAilgenom
diisolasi dan selanjutnya
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
dalam
proses
PCR.
Hasil
BOX
PCR
menunjukkan
bahwa
hanya
isolat
bakteri
WU
t
t
t
p
hhttp
hhttp
hhttp

h

021004 yang memiliki profil pita DNA yang sama dengan profil pita DNA WU

id.id
d
Hal ini menunjukkan
profil genetik
ca.cid.id 021004 hasil pengujianj.Huda
ca.cid.i(2010).
ca.ckestabilan
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
e
j.
nej.
nekemurnian
nej. WU 021004 selanjutnya
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
yang
mengindikasikan
isolat
tersebut.
Isolat
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
diidentifikasi
p
hthttp dengan mengamplifikasi
hthsekuen
hthttp Proses
ttp DNA pengkode 16S rRNA-nya.

h

PCR sekuens 16S rRNA menggunakan 2 pasang primer dengan tujuan untuk

d
d.id
.cid.id Identifikasi sekuen .ac.cid.id
16S rRNA secara
aj.ca.ci .id mendapatkan sekuen eDNA
aj.ca.cipengkode
aj.cautuh.
.
.
.
jej.a
j
j
j
e
e
e
n
n
n
n
e
e
e
u
u
u
u
n
n
n
n
.
.
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
.
.
.
.
i
i
i
i
DNA
pengkode
16S
rRNA
ditentukan
dengan
urutan
nukleotidanya
melalui
proses
idgiigl ilib
idgiigl ilib
idgiigl ilib
idgiigl ilib
d
d
d
/
/
/
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
tp
sekuensing.
dengan program Bioedit
p
hthtp
hthtp
ttp: Software
ttp: Proses sekuensing danhthpengeditan
ttp:

h

menghasilkan data sekuen DNA pengkode 16S rRNA sepanjang 902 pasang basa

d
id
ca.cid.analisa
ca.cid.id BLAST. Berdasarkan j.hasil
ca.cid.id untuk dianalisa denganj.program
sekuen dengan j.ac.ci .id
a
a
a
.
j
a
e
e
e
e
j.
j.
nej.
ne16S
neBLAST,
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
menggunakan
program
sekuen
DNA
pengkode
rRNA
isolat
bakteri
WU
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
p
021004
sekuen DNA pengkode
hthttp16S rRNA
hthttdengan
hthttpmemiliki kemiripan tertinggi

h

bakteri Pseudomonas alcaliphila strain D11 dengan prosentase kemiripan 99%.

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
viii ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
n
e yang telah melimpahkan
ne
ne
ne panjatkan ke hadiratiliAllah
nSWT
.bu.n
.bu.n
.bu.penulis
.bu.n
u
u
u
u
Puji syukur
b
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
rahmat
dan
karunia-Nya,
sehingga
penulis
dapat
menyelesaikan
penyusunan
t
t
t
p
hhttp skripsi
hhttp
hhttp

h

Skripsi ini disusun.a
untuk
id
ca.cid.id Sekuen DNA Pengkodej.a16S
ca.cid.rRNA”.
ca.cid.idmemenuhi salah satu j.aca.cid.id
a
.
j
j
e
e
e
e
j.
u.n
nej.
nej.
ne(S1)
nej.
.bu.n
.bu.n
.bsatu
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
syarat
untuk
menyelesaikan
pendidikan
Strata
pada
Jurusan
Biologi
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
Fakultas
p
hthttpMatematika dan Ilmu Pengetahuan
hthttp Alam Universitas Jember.hthttp

h

PRAKATA

yang berjudul: ”Identifikasi Isolat Bakteri Dari Pantai Papuma Jember Berdasarkan

Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, oleh karena itu

d
d
d.id hormat dan terima kasih kepada
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id penulis ingin menyampaikan
aj.ca.cirasa
aj.ca.ci .id :
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
ne
ne
neSenjarini, S. Si., M. Si.,
ne Arimurti, S. P., M.ilibSi.,
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
i
i
i
1.
Dr.rer.nat.
Kartika
dan
Sattya
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
p
p
hhttmemberikan
hselaku
http Dosen Pembimbing hyang
http dengan penuh kesabaran
pengarahan, bimbingan, saran serta motivasi dalam penulisan skripsi ini;

ca.cid.id 2.
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

3.

d
d
ca.cid.id
a
.
j
a
a
neej.
neej.
neej.
iibli.bu.un
liibli.bu.un kritik dan saranigilyang
liibli.bu.unyang telah banyak igmemberikan
Dosen ig
Penguji,
i
i
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/dig
/dig
/dig dalam penulisan skripsi
/
/
/
p
p
t
t
t
t
thtp
ini;
t
t
t
h
h
hmembangun
t
ht
ht
i
.i id
Prof. Dr. BambangjSugiharto,
S. Si selaku
.ac.c.id M. Agr., Sc, dan Dr. Kahar
j.ac c.Muzakhar,

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
6.
i
idgigil
//:d
/
/
p

h

Dra. Dwi Setyati, M.Si. selaku Dosen Pembimbing Akademik yang telah

d
d
ca.cid.id
a
.
j
.
.
.
e
e
e
u.n
nej
nej
nej
.bu.n
.bu.n
.bpenyusunan
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
penyelesaian
skripsi
ini;
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
4. hBapak
dan
hhtt staf di lingkungan Fakultas hMatematika
htt
htt dan Ibu Dosen, serta seluruh

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
5.
idgigili
//:d
p //

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

h

.i
.i id motivasi dalam masa .perkuliahan
memberikan bimbingan
sampai dengan
j acac.id
j.acac.dan

h

Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, atas segala keikhlasan hati

id

ca.cid.id
a
.
j
e
e
e
ej.
nej.
nHuda,
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
rekan kerja
dan
teman-teman
seperjuangan
Nurul
Herawati,
Dina,
Bernet,
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
thttp Ryza, Ratna, Lusi, Dewi
tp Esti, teman-teman dari
hHilda,
hthLaboratorium
hthtRiska,
ttp
id

. d
d
membantu penulis jselama
masa perkuliahan; j.ac
.aca.c.idalam
ac.i

h

Mikrobiologi serta Fakultas Kedokteran , terima kasih atas kerjasama, dukungan

id

ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
.
.
j
j
.
.
e
e
nej
nej
nej
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
teman-teman
di
jurusan
Biologi
FMIPA
Universitas
Jember
angkatan
2006,
2005
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
t
hdan
hhtberbagi
hhtt
persaudaraan dan tempat
suka
htt 2004 terima kasih atas kebersamaan,
serta bantuan yang
.a.ca.c.id selama penelitian;
ejdiberikan

dan duka;

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
ix ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

7.

semua saudara/i seperjuangan di Nurul Haq dan Nurul Muttaqin yang telah

d
d.id
menjadi tempat diskusi,
ilmu, dan menempaadiri
perkuliahan;
id
ca.cid.id
ca.cid.selama
a
aj.ca.ci .id
aj.ca.cimenimba
.
.
.
.
j
j
j
j
.
.
e
e
e
e
e dapat disebutkan satubper
nej
ne
ntidak
nej
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
8. semua pihak
yang
satu.
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
Semoga
do’a,
bimbingan
dan
semangat
yang
telah
diberikan
semua
pihak
t
t
t
p
hhttp kepada
hhttp
hhttp

h

penulis mendapatkan balasan dari Allah SWT. Penulis sangat mengharapkan segala

pihak
ca.cid.id masukan yang bersifatj.akritik
ca.cid.iddan saran dari semuaj.a
ca.cid.iddemi kesempurnaan j.aca.cid.id
a
.
j
e
e
e
e
j.
nej.
nej.
neskripsi
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
penulisan
skripsi
ini.
Akhirnya
penulis
berharap,
semoga
ini
dapat
bermanfaat
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
bagihtkita
p
hthttp
hthttp
httpsemua.

h

d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id Penulis
.
.
j
j
e
e
ne
ne
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
p
p
t
t
t
t
hhtt
hhtt

h

d
d
aj.ca.ci .id Jember, Juni 2011 ej.aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
ne
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
//:d
//:d
:
/
/
/
/
p
t
t
p
hhttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
x ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
n e
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
Halamanilibi.bu.un
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
HALAMAN
JUDUL
.................................................................................
t
t
t
p
hhttp i
hhttp
hhttp

h

DAFTAR ISI

HALAMAN PERSEMBAHAN ...............................................................

ii

iii
ca.cid.id HALAMAN MOTTOj...............................................................................
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
a
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
e
nej.
nej.
nej.
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
HALAMAN
PERNYATAAN
..................................................................
iv
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
//:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
HALAMAN
p
hthttp PEMBIMBINGAN .............................................................
hthttp
hthttp v
HALAMAN PENGESAHAN ..................................................................

vi

d
d
d
d
vii
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id RINGKASAN ...........................................................................................
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
ne
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
PRAKATA
.................................................................................................
ix
l
l
l
l
i
i
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
p
DAFTAR
hhttp xi
hhttp ISI ..............................................................................................
hhttp
DAFTAR TABEL .....................................................................................

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

h

xiii

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id DAFTAR GAMBAR .................................................................................
xiv
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
j.
nej.
nej.
ne.............................................................................
nej.
.bu.n
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
DAFTAR
LAMPIRAN
xv
i
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
//:d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
DAFTAR
hthttp xvi
hthttp ...............................................
hthttp ISTILAH DAN SINGKATAN
BAB 1. PENDAHULUAN .......................................................................

h

h

1

d
d
ca.cid.id
1
a
.
j
.
.
.
e
e
e
n ej
nej
nej
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
liibli.bu.un Masalah .............................................................
1.2igRumusan
3
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
dig
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
3
hhtt
hhtt
hhtt 1.3 Batasan Masalah ................................................................
.i
.i
1.1 Latar Belakang
j.acac.id
j.acac.id...................................................................

1.4 Tujuan Penelitian ...............................................................

3

ca.cid.id .............................................................
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
1.5
Manfaat
Penelitian
3
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
u.n
u.n
u.n
nej.
nej.
nej.
nej.
.
.bu.n
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
b
b
b
BAB 2. TINJAUAN
idgigili PUSTAKA ..............................................................
idgigili
idg4igili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
//:d
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttp2.1 16S rRNA Sebagai Basis
hthttp
hthIdentifikasi
Dan
ttp
Menentukan Pohon Filogeni ...............................................

h

h

4

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
d
d
aj.ca.ci .id..................................................................
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
2.2 Analisis eFilogeni
8
.
.
.
j
j
j
e
e
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
2.3
Sekuensing
DNA...................................................................
10
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
hhtt 2.4 BOX PCR...............................................................................
hhtt 15
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
xi ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

BAB 3. METODE PENELITIAN ...........................................................

17

17
ca.cid.id
a
.
j
j
j
a
a
.
.
.
e
e
e
j
n ej
n
neBahan
nej
.budan
.bu.n
u
u
b
b
3.2 Alat
...................................................................
17ilibi.bu.un
.
i
i
l
l
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
3.2.1
Alat
...............................................................................
t
t
t
hhtt 17
hhtt
hhtt

id
3.1 Waktu dan
c.cid.id Penelitian ..........................................
.aTempat
.ac.c.id

3.2.2 Bahan ...........................................................................

17

id
id
3.3 Prosedur Penelitian
.ac.c.id ..............................................................
.ac.c.id

18
ca.cid.id
a
.
j
j
j
a
a
e
e
e
n
nej.DNA Genom .....................................................
nej.
nej.
.bu.Isolasi
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
3.3.1
18
i
i
i
l
l
l
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
thttp Kemurnian dan
hthttp 3.3.2 BOX PCR UntukhMenjaga
hthttp
Stabilitas Profil Genom Isolat ......................................

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

h

19

19
ca.cid.id
a
.
j
a
a
.
.
.
e
e
e
n
nej
nej DNA Hasil PCR i.........................................
nej
.bu.n
.bu.Purifikasi
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
3.3.4
20
l
l
l
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
:
:p//:d
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
3.3.5 Analisis Sekuen h
16S
.........................................
p
hhttp 21
hhtt
httrRNA

.id
3.3.3 Amplifikasi
c.cid.id
j.ac c.idDNA Pengkode 16S rRNA
j.a......................

BAB 4. HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................

Untuk Menentukan Kemurnian Isolat ............................

h

22

.cid.id Isolat Bakteri WU 021004,
ca.cid.id
ca.cid.id
caGenom
4.1. Isolasi DNA
a
a
a
.
.
.
j
j
j
e
e
e
u.n
nej.
nej.........................
nej. WU 021015* dan WU
.bu.n
.bu.n
.b021009,
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
WU
021042
22
i
i
i
idgigili
idgigili
idgigili
/:d
/:d
/:d
/
/
/
:
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
BOX PCR
tp
hthttp
hthtMelalui
hthttp4.2. Stabilitas Profil Genetik

h

23

d
d
ca.cid.id
24
a
.
j
.
.
.
e
e
e
n ej
nej
nejHasil PCR ....
.bu.n
.bu.n
u
u
b
b
i
i
l
l
liibli.bu.un DNA Isolat BakteriiWU
4.4.igPurifikasi
021004
27
i
i
i
i
i
g l
idgigil
digi
dig
:p//:d
:p//:d
:p//:d
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
t
t
t
hhtt 28
hhtt Isolat Bakteri WU 021004.....
hhtt 4.5. Analisis Sekuen 16S rRNA
.i
ca.ci .idPengkode 16S rRNA ...............................
4.3. Amplifikasi
j.acac.id
j.aGen

BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................. …..

LAMPIRAN ...............................................................................................

h

34

ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
ca.cid.id
5.1
Kesimpulan
............................................................................
34
a
a
a
a
.
.
.
.
j
j
j
j
e
e
e
e
u.n
u.n
u.n
nej.
nej.
nej.
nej.
.
.bu.n
.
.
u
u
u
u
b
b
b
b
i
i
i
i
l
l
l
l
i
i
i
i
b
b
b
5.2ig
Saran
......................................................................................
idgigili
idg34
idgigili
igili
igili
/:d
/:d
/:d
/
//:d
/
/
d
:
:
:
/
/
/
/
/
/
/
/
p
p
p
t
t
t
p
hthttp PUSTAKA ................................................................................
hthttp 35
hthttp
DAFTAR

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

h

h

39

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
neej.
xii ilibi.bu.un
idgigil
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

idgiigliilib.
//:d
p //

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

giigliilib.
i
d
/
/
: /d
hthtp
ttp:/

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
Halaman
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

DAFTAR TABEL

d
d
d
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
aj.ca.ci .id
.
.
.
j
j
j
e
e
e
ne
ne
ne
.bu.n
.bu.n
.bu.n
u
u
u
b
b
b
i
i
i
l
l
l
i
i
i
i
i
i
idgigil
idgigil
idgigil
//:d
//:d
//:d
:
:
/
/
/
/
/
/
p
p
t
t
4.1
Enam
Belas
Bakteri
Yang
Memiliki
Kemiripan
Terdekat
t
t
p
hhttp
hhttp

Dengan Isolat Bakteri WU 021004 Berdasarkan Urutan
Sekuen 16S rRNA..........................................................................

30

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
:p//:d
/
/
p
t
t
hhtt

h

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
//:d
/
/
p

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

ca.cid.id
a
.
j
e
nej.
.bu.n
u
b
i
l
i
idgigili
/:d
/
:
/
/
p
t
hthttp

h

d
aj.ca.ci .id
.
j
e
ne
.bu.n
u
b
i
l
i
i
idgigil
//:d
/
/
p

d
aj.ca.ci .