Isolasi dan Karakterisasi Senyawa Antibakteri dari Bakteri Endofit Tanaman Miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.)

ISOLASI DAN KARAKTERISASI SENYAWA
ANTIBAKTERI DARI BAKTERI ENDOFIT TANAMAN
MIANA (Coleus scutellariodes [L.] Benth.)

DWI ENDAH KUSUMAWATI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Isolasi dan Karakterisasi
Senyawa Antibakteri dari Bakteri Endofit Tanaman Miana (Coleus scutellariodes
[L.] Benth.) adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta
dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.

Bogor, Agustus 2014

Dwi Endah Kusumawati
NIM G851130436

RINGKASAN
DWI ENDAH KUSUMAWATI. Isolasi dan Karakterisasi Senyawa Antibakteri
dari Bakteri Endofit Tanaman Miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.
Dibimbing oleh MARIA BINTANG dan FACHRIYAN HASMI PASARIBU.
Coleus scutellariodes [L.] Benth. merupakan tanaman obat yang
mengandung senyawa antidiare dan antimikroba. Pengambilan senyawa bioaktif
dari tanaman membutuhkan banyak biomassa. Cara efisien untuk memperoleh
senyawa bioaktif tersebut adalah menggunakan bakteri endofit. Bakteri endofit
merupakan mikroorganisme simbiotik yang hidup di dalam jaringan tanaman dan
tidak menimbulkan efek negatif pada tanaman inangnya. Beberapa genus dari
bakteri endofit diketahui mampu menghasilkan senyawa metabolit sekunder
seperti antibiotik, antikanker, antifungi, antivirus dan antimalaria.
Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri
endofit dari tanaman miana (C. scutellariodes [L.] Benth.) serta menganalisis

senyawa antibakteri yang dihasilkan oleh isolat bakteri endofit potensial
menggunakan Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). Penelitian ini
diawali dengan isolasi bakteri endofit dari tanaman miana. Isolat yang didapatkan
kemudian diuji aktivitas antibakterinya terhadap Staphylococcus aureus,
Escherichia coli, Bacillus cereus dan Salmonella enteritidis. Isolat yang mampu
menghambat semua bakteri patogen yang diujikan dinamakan isolat potensial.
Identifikasi spesies dari isolat potensial dilakukan menggunakan analisis sekuen
16S rRNA. Selanjutnya, analisis senyawa antibakteri yang dihasilkan oleh bakteri
endofit dilakukan dengan menggunakan GC-MS.
Sebanyak 22 isolat bakteri endofit diperoleh dari C. scutellariodes [L.]
Benth. Berdasarkan hasil uji antivitas antibakteri, isolat bakteri endofit DM6
mampu menghambat pertumbuhan semua bakteri patogen. Analisis sekuen 16S
rRNA menggunakan BLAST menunjukkan isolat DM6 memiliki presentase
kemiripan dengan Brevibacillus brevis strain DZBY11 sebesar 98%. Hasil GCMS menunjukkan bahwa senyawa aktif yang diduga berperan sebagai antibakteri
dari ekstrak kloroform DM6 diantaranya: 1-Octadecene (CAS).alpha.Octadecene,Hexanedioic acid, dioctyl ester (CAS) Dioctyl adipate, Phenol, 3,5bis(1,1-dimethylethyl)- (CAS) 3,5-Di-tert-butylphenol, dan 1,4-diaza-2,5dioxobicyclo[4.3.0]nonane.
Kata kunci:

Bakteri endofit, Brevibacillus brevis, Coleus scutellariodes [L.]
Benth., GC-MS, 16S rRNA

SUMMARY
DWI ENDAH KUSUMAWATI. Isolation and Characterization of Antibacterial
Compounds from Coleus scutellariodes [L.] Benth.’s Endophytic Bacteria.
Supervised by MARIA BINTANG and FACHRIYAN HASMI PASARIBU.
Coleus scutellariodes [L.] Benth. known as medicinal plant which contains
antidiarhea and antimicrobial compounds. Utilization of bioactive compound from
plant’s extract is not efficient because we need a large of biomass, so one of the
appropiate ways is using endophytic bacteria. Endophytic bacteria is a symbiotic
microorganism which live inside plant tissues and not harm to their host. Several
genera from endophytic bacteria known to produce secondary metabolite
compounds like antibiotics, anticancer, antifungal, antiviral and antimalarial.
The objectives of this research are to isolate and characterize endophytic
bacteria from C. scutellariodes [L.] Benth.and analysis antibacterial compounds
from potential isolate using Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS).
This research started with isolation of endophytic bacteria from C. scutellariodes
[L.] Benth. The isolate were tested antibacterial activity against Staphylococcus
aureus, Escherichia coli, Bacillus cereus and Salmonella enteritidis. The isolate
which able to inhibit the growth of all pathogenic bacteria called potential isolate.
Identification of potential isolate spesies using analysis of 16S rRNA sequence.
Analysis of antibacterial compounds which produced by endophytic bacteria are

using GC-MS.
A total of 22 isolates of endophytic bacteria were obtained from C.
scutellariodes [L.] Benth. Based on antibacterial activity test, endophytic bacteria
isolate DM6 from C. scutellariodes [L.] Benth. leaves had the ability to inhibit the
growth of all pathogenic bacteria. Analysis of 16S rRNA sequence using BLAST
showed that DM6 isolate was related to Brevibacillus brevis strain DZBY11 with
98% identity. The result of GC-MS analysis showed that active compound which
estimated as antibacterial from chloroform extract of DM6 are: 1-Octadecene
(CAS).alpha.-Octadecene, Hexanedioic acid, dioctyl ester (CAS) Dioctyl adipate,
Phenol, 3,5-bis(1,1-dimethylethyl)- (CAS) 3,5-Di-tert-butylphenol, and 1,4-diaza2,5-dioxobicyclo [4.3.0]nonane.

Keywords: Brevibacillus brevis, Coleus scutellariodes [L.] Benth., endophytic
bacteria, GC-MS, 16S rRNA

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2014
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan

IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

ISOLASI DAN KARAKTERISASI SENYAWA
ANTIBAKTERI DARI BAKTERI ENDOFIT TANAMAN
MIANA (Coleus scutellariodes [L.] Benth.)

DWI ENDAH KUSUMAWATI

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biokimia

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Syamsul Falah, S Hut, MSi

Judul Tesis : Isolasi dan Karakterisasi Senyawa Antibakteri dari Bakteri Endofit
Tanaman Miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.)
Nama
: Dwi Endah Kusumawati
NIM
: G851130436

Disetujui oleh
Komisi Pembimbing

Prof. Dr Drh Maria Bintang, MS
Ketua

Prof. Dr Drh Fachriyan H Pasaribu
Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi
Biokimia

Dekan Sekolah Pascasarjana

Prof. Dr Drh Maria Bintang, MS

Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian:

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Bismillahirrahmanirrahim
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala nikmat dan
karunia-Nya, sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Penelitian ini
dilakukan sejak bulan Januari – Agustus 2014, dengan judul “Isolasi dan
Karakterisasi Senyawa Antibakteri dari Bakteri Endofit Tanaman Miana (Coleus

scutellariodes [L.] Benth.)”
Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada segala pihak yang telah
membantu selama proses penyusunan tesis ini, khususnya kepada:
1. Prof. Dr Drh Maria Bintang, MS selaku ketua komisi pembimbing yang
telah banyak membantu penulis, baik dari segi dana, motivasi, arahan
dan semangat dalam menyelesaikan kuliah dan tesis ini.
2. Prof. Dr Drh Fachriyan H. Pasaribu selaku pembimbing yang telah
membantu penulis, baik dari segi fasilitas laboratorium, arahan serta
motivasi selama penelitian dan penyelesaian tesis.
3. Orang tua, Mba Wulan, A Pudin, dan Athaya atas segala doa, perhatian,
dukungan dan semangat untuk menyelesaikan kuliah dan penelitian.
4. Sahabat akselarasi (SINERGI S1-S2) Biokimia angkatan I (Ira, Novi,
Lusi, dan Andin), spesial untuk Ira atas kebersamaan dalam menjalani
semua proses akademik sejak masih duduk di bangku S1 hingga saat ini.
Mas Adhi dan teman sekamarku (Diana) atas perhatian, semangat, dan
motivasinya.
5. Staf Laboratorium (Pak Agus Sumantri, Mba El, Pak Jaka) yang banyak
membantu penulis selama penelitian.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Agustus 2014

Dwi Endah Kusumawati

DAFTAR ISI
DAFTAR ISI
DAFTAR LAMPIRAN

v
vi

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
Hipotesis
Manfaat Penelitian

1
2

2
2
2
2

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Bahan
Alat
Prosedur Penelitian

3
3
3
3
3

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi Bakteri Endofit
Aktivitas Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit terhadap Patogen

Analisis sekuen 16S rRNA
Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit
Potensial
Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS

5
5
6
7
8
8

4 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran

9
9
9

DAFTAR PUSTAKA

10

LAMPIRAN

13

RIWAYAT HIDUP

21

DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4

Tanaman miana
Presentase bakteri endofit yang diisolasi dari miana.
Zona bening yang dihasilkan isolat bakteri endofit terhadap S. aureus
Zona bening hasil uji antibakteri ekstrak kloroform DM6 terhadap S.
aureus

5
5
6
8

DAFTAR LAMPIRAN
1 Bagan alir penelitian
2 Data morfologi seluruh isolat bakteri endofit dari tanaman miana
3 Diameter zona bening isolat bakteri endofit miana terhadap bakteri
patogen
4 Sekuen 16S rRNA isolat DM6
5 Sekuen 16S rRNA isolat DM6 hasil pensejajaran
6 Hasil BLAST Sekuen 16S rRNA isolat DM6 hasil pensejajaran
7 Kondisi operasional alat GC-MS
8 Kromatogram hasil identifikasi komponen kimia ekstrak kloroform
isolat DM6

13
14
15
16
17
18
19
20

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Bakteri patogen merupakan salah satu agen penyebab penyakit. Upaya
yang sering dilakukan untuk menanggulangi penyakit infeksi akibat bakteri
patogen adalah menggunakan antibiotik sintetis. Penggunaan antibiotik dalam
dosis kecil dan berkepanjangan ternyata memiliki efek buruk, yaitu menyebabkan
resistensi pada bakteri patogen dan dapat mematikan bakteri yang bersifat baik.
Perlu adanya inovasi pemanfaatan bahan alami yang memiliki sifat antibakteri,
sehingga dapat dijadikan alternatif pengganti antibiotik sintetis. Selain memiliki
efek samping yang lebih rendah, penggunaan bahan alami lebih mudah terurai di
perairan sehingga dinilai lebih ramah lingkungan (Marpaung 2004).
Indonesia merupakan negara yang kaya akan sumber daya alam, termasuk
tumbuhan obat. Salah satu tumbuhan obat yang belum dimanfaatkan secara
optimal adalah miana atau jawer kotok (C. scutellariodes [L.] Benth.).Tidak
semua jenis miana berkhasiat sebagai obat. Hanya miana dengan daun berwarna
merah kecoklatan atau kehitaman dengan tepian bergerigi yang dapat
dimanfaatkan sebagai obat (Rahmawati 2008). Beberapa penelitian melaporkan
bahwa miana termasuk ke dalam 64 dari 117 tanaman yang secara tradisional
digunakan oleh masyarakat sebagai obat diare karena mengandung zat kimia yang
bersifat antidiare dan daunnya mengandung alkaloid, flavonoid serta polifenol
yang bersifat antibakteri (Sundari & Winarno 1996).
Menurut Winarto (2007) penggunaan daun miana oleh masyarakat
umumnya dalam bentuk segar seperti tumbukan, perasan, seduhan, dan rebusan.
Daun miana biasanya digunakan untuk mengobati asma, bronchitis, batuk,
melancarkan siklus menstruasi, menetralisir racun, penambah nafsu makan,
mempercepat pematangan bisul, diare, dan cacingan. Masyarakat Manado
menggunakan daun miana sebagai obat malaria dengan dicampur madu dan buah
sirih (Lisdawati 2008), air rebusan daun miana juga digunakan sebagai obat batuk,
wasir dan kencing manis (Julianus et al. 2011).
Pengambilan senyawa bioaktif dari tanaman membutuhkan banyak
biomassa. Cara efisien untuk memperoleh senyawa bioaktif tersebut adalah
menggunakan mikroba endofit. Endofit diketahui mampu menghasilkan sejumlah
senyawa bioaktif, sehingga kita tidak harus mengekstrak senyawa bioaktif
tersebut dari tanaman inangnya (Simarmata et al. 2007). Bakteri endofit
merupakan mikroorganisme simbiotik yang hidup di dalam jaringan tanaman dan
tidak menimbulkan efek negatif pada tanaman inangnya (Mano & Morisaki 2008).
Umumnya, bakteri endofit masuk ke dalam jaringan tanaman melalui akar,
stomata dan lentikula (Mano et al. 2007).
Keberadaan bakteri endofit di dalam jaringan tanaman juga diketahui
dapat memicu pertumbuhan tanaman dan berperan sebagai agen pengendali hayati.
Selain itu, senyawa yang dihasilkan oleh bakteri endofit tertentu berpotensi untuk
dikembangkan dalam bidang medis, pertanian, dan industri (Ryan et al. 2007).
Beberapa genus dari bakteri endofit diketahui mampu menghasilkan metabolit
sekunder, contohnya: Pseudomonas viridiflava yang mampu menghasilkan
ekomisin b dan c sebagai senyawa antimikroba (Miller et al. 1998), Streptomyces

2
NRRL 30562 yang mampu menghasilkan antibiotik seperti munumbisin (Castillo
et al. 2002), dan Taxomyces andreanae yang mampu menghasilkan taxol sebagai
senyawa antikanker (Strobel et al. 1993).
Penelusuran dan pemanfaatan senyawa aktif dari bakteri endofit asal
tanaman miana terhadap bakteri patogen sejauh ini belum dilaporkan. Besar
kemungkinan bakteri endofit yang menetap di tanaman tersebut memiliki
kemampuan untuk mensintesis senyawa antibakteri yang sama seperti tanaman
inangnya.
Perumusan Masalah
Miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.) khususnya bagian daun
diketahui memiliki spektrum antibakteri yang luas, sehingga berpotensi dijadikan
sebagai sumber antibiotik alami. Besar kemungkinan senyawa antibakteri tersebut
juga dihasilkan oleh bakteri endofit yang hidup di dalam tanaman miana. Hingga
saat ini, belum ada pembuktian ilmiah mengenai aktivitas antibakteri dan
karakterisasi senyawa antibakteri dari bakteri endofit tanaman miana terhadap
bakteri patogen (S. aureus, E. coli, B. cereus, dan S. enteritidis).

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri endofit
dari tanaman miana (C. scutellariodes [L.] Benth.) serta menganalisis senyawa
antibakteri yang dihasilkan oleh isolat bakteri endofit potensial menggunakan Gas
Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS).

Hipotesis
Bakteri endofit dari tanaman miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.)
dapat diisolasi dan memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri patogen (S.
aureus, E. coli, B. cereus, dan S. enteritidis) serta isolat potensialnya dapat
dikarakterisasi secara molekuler menggunakan analisis sekuen 16S rRNA. Selain
itu, senyawa aktif dari bakteri endofit miana yang berperan dalam aktivitas
antibakteri dapat dianalisis menggunakan GC-MS.
Manfaat Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai tambahan
informasi tentang cara isolasi, jenis bakteri endofit dan jenis senyawa antibakteri
yang berasal dari bakteri endofit tanaman miana (Coleus scutellariodes [L.]
Benth.).

3

2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini telah dilaksanakan selama delapan bulan (Januari-Agustus
2014) dan bertempat di tiga lokasi, yaitu Laboratorium Bakteriologi Fakultas
Kedokteran Hewan-IPB, Laboratorium Biokimia FMIPA-IPB dan Laboratorium
Pengujian Hasil Hutan P3KKPHH Bogor.
Bahan
Bahan yang digunakan antara lain: tanaman miana (C. scutellariodes [L.]
Benth.), etanol 70%, media Nutrient Agar (NA) dan Nutrient Broth (NB), Nahipoklorit 5.25%, nistatin, kultur bakteri patogen (S. aureus, E. coli, B. cereus,
dan S. enteritidis), primer (27F, 1492R, 518F dan 800R), larutan garam steril,
InstaGene Matrix (Bio-Rad, USA), Montage PCR Clean up kit (Milipore), Big
Dye terminator cycle sequencing kit (Applied BioSystems, USA), kloroform,
tetrasiklin dan aseton.
Alat
Alat yang digunakan diantaranya: tabung reaksi, vorteks, Erlenmeyer,
cawan Petri, ose, tabung sentrifugasi, mesin sentrifus, corong pisah, mesin
Polymerase Chain Reaction (PCR), Applied Biosystems model 3730XL automated
DNA sequencing system (Applied BioSystems, USA) dan mesin GC-MS
(Shimadzu Type GCMS-QP2010).
Prosedur Penelitian
Isolasi bakteri endofit (modifikasi Desriani et al. 2013)
Sampel berupa beberapa bagian dari tanaman miana seperti: akar, batang,
dan daun dalam kondisi segar. Sampel dicuci dengan air mengalir hingga bersih
lalu dipotong dengan ukuran 1-3 cm, kemudian dilakukan proses sterilisasi
permukaan. Potongan sampel direndam etanol 70% selama 1 menit. Setelah itu,
cairan perendam dibuang dan diganti dengan Na-hipoklorit 5.25% lalu didiamkan
selama 5 menit. Cairan perendam dibuang kembali dan sampel dibilas dengan
etanol 70% sebanyak tiga kali. Sampel yang telah steril dicacah secara steril lalu
ditanam pada media NA yang telah ditambahkan nistatin (0.01 % b/v) dan
diinkubasi di ruang gelap pada suhu ruang dan diamati hingga terdapat koloni
yang tumbuh. Pemurnian dilakukan dengan memindahkan koloni yang tumbuh ke
cawan Petri yang berisi NA. Setelah diperoleh biakan murni, bakteri endofit
disimpan dalam agar miring NA.
Aktivitas Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit terhadap Patogen
(Simarmata et al. 2007)
Satu ose bakteri patogen diregenerasikan ke dalam 5 mL media NB dan
bakteri endofit yang berasal dari stok agar miring diinokulasikan ke media NA
baru, lalu diinkubasi pada suhu 28 – 30 oC selama 24 jam. Sebanyak 0.4 mL

4
kultur bakteri patogen ditambahkan ke 80 mL NA cair yang bersuhu ± 40 oC, lalu
dikocok dan dituang ke dalam cawan Petri sebanyak ± 20 mL. Isolat bakteri
endofit diinokulasikan ke media yang telah mengandung patogen dengan
menggunakan ose, lalu diinkubasi pada suhu ruang selama 1-2 hari. Zona bening
yang terbentuk menandakan adanya senyawa antibakteri yang dihasilkan oleh
bakteri endofit.
Analisis Sekuen 16S rRNA
Preparasi DNA cetakan dari isolat DM6. Koloni isolat DM6
disuspensikan ke dalam 0.5 mL larutan garam steril pada tabung sentrifugasi yang
berukuran 1.5 mL, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama
10 menit. Pelet lalu diresuspensi dengan penambahan 0.5 mL InstaGene Matrix
(Bio-Rad, USA). Setelah itu, diinkubasi pada suhu 56 oC selama 30 menit, lalu
dipanaskan 100 oC selama 10 menit. Setelah proses pemanasan, supernatan yang
berisi DNA cetakan siap untuk digunakan pada proses selanjutnya.
Amplifikasi DNA dan penentuan urutan basa DNA untuk sekuen 16S
rRNA. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan mesin PCR (Polymerase
Chain Reaction). Primer yang digunakan pada penelitian ini adalah 27F dan
1492R. Volume DNA cetakan yang ditambahkan adalah 1 μL dari 20 μL total
larutan reaksi. Amplifikasi yang dilakukan sebanyak 35 siklus, dengan kondisi
PCR sebagai berikut: denaturasi 94 oC selama 45 detik, annealing 55 oC selama
60 detik dan elongasi pada suhu 72 oC selama 60 detik. Selanjutnya dilakukan
purifikasi produk PCR menggunakan Montage PCR Clean up kit (Milipore). Hasil
PCR kemudian ditentukan urutan basa DNAnya (sequencing) menggunakan dua
primer (518F dan 800R) dan Big Dye terminator cycle sequencing kit (Applied
BioSystems, USA) kemudian dianalisis menggunakan Applied Biosystems model
3730XL automated DNA sequencing system (Applied BioSystems, USA).
Analisis hasil sequencing. Hasil sequencing berupa urutan DNA
kemudian disejajarkan menggunakan program BioEdit Sequence Alignment Editor
versi 7.2.0 lalu dianalisis lebih lanjut menggunakan program BLAST.
Fermentasi dan ekstraksi senyawa antibakteri dari isolat bakteri endofit
potensial (modifikasi Melliawati et al. 2006).
Sebanyak satu ose isolat DM6 ditumbuhkan ke dalam 50 mL media NB
lalu diinkubasi pada suhu 28-30 ºC dengan kecepatan 150 rpm selama 48 jam.
Hasil fermentasi lalu disentrifugasi pada kecepatan 5500 rpm selama 60 menit
untuk memisahkan antara media dengan sel bakteri. Supernatan yang dihasilkan
selanjutnya diekstraksi dengan kloroform (1:1 v/v) menggunakan corong pisah
lalu pelarutnya diuapkan kemudian ditimbang bobot keringnya. Ekstrak kloroform
tersebut sebagian dilarutkan dengan Tween 80% untuk diuji daya antibakterinya
terhadap bakteri patogen dan sisanya digunakan untuk analisis komponen kimia
menggunakan GC-MS.
Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS
Ekstrak kloroform dilarutkan dengan aseton lalu diinjeksikan ke alat GCMS. Proses GC-MS menggunakan kolom kapiler tipe Phase Rtx-5MS dengan
panjang 60 m dan diameter 0.25 mm (Lampiran 6).

5

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi bakteri endofit
Pemanfaatan bakteri endofit dari tanaman obat merupakan cara baru untuk
mendapatkan senyawa antibakteri tanpa harus mengekstraksi secara langsung dari
tanaman obat tersebut. Pemilihan tanaman miana dengan daun berwarna merah
kecoklatan dan tepian bergerigi sebagai sumber bakteri endofit yang akan diisolasi
dikarenakan jenis tanaman ini telah diketahui berkhasiat sebagai obat (Rahmawati
2008), dan mengadung zat antibakteri (Sundari & Winarno 1996) (Gambar 1).

Gambar 1 Tanaman miana
Sebanyak 22 isolat bakteri endofit berhasil diisolasi dari tanaman miana,
yaitu: 6 isolat dari akar (AM), 6 isolat dari daun (DM) dan 10 isolat dari batang
(BM) dengan sebaran seperti pada Gambar 2. Hal ini sesuai dengan pernyataan
Tarabily et al. (2003) yaitu bakteri endofit dapat diisolasi dari akar, batang, daun,
permukaan benih, dan biji yang steril. Penggunaan sodium hipoklorit pada proses
isolasi bakteri endofit berfungsi untuk sterilisasi permukaan, yaitu mematikan
mikroba pada permukaan sampel sehingga dipastikan bahwa bakteri yang tumbuh
selama masa inkubasi adalah bakteri endofit (Barac et al. 2004). Selain itu, pada
media isolasi juga ditambahkan nistatin yang berfungsi sebagai antifungi (Kumala
& Siswanto 2007).
27%

27%
Akar
Batang
Daun
46%

Gambar 2 Presentase bakteri endofit yang diisolasi dari miana
Penelitian kali ini didapatkan jumlah bakteri endofit yang lebih banyak
pada batang daripada akar. Secara umum, bakteri endofit banyak terdapat di akar
dan semakin menurun jumlahnya pada batang dan daun (Lamb et al. 1996),
namun terkadang jumlah bakteri endofit lebih banyak di batang daripada di akar
(Koomnok et al. 2007). Hal ini dapat disebabkan oleh adanya aliran produk

6
fotosintesis yang berasal dari daun ke seluruh bagian tanaman melalui floem,
sehingga dapat dimanfaatkan oleh bakteri endofit sebagai sumber nutrisi
(Koomnok et al. 2007).
Keragaman bakteri endofit dapat diketahui dengan melakukan
karakterisasi dari bakteri endofit yang telah diisolasi. Karakterisasi awal dari isolat
yang diperoleh dari miana dilakukan secara morfologi. Secara kasat mata, koloni
isolat endofit memiliki bentuk dan warna yang bervariasi, namun umumnya
koloni tunggal hasil pemurnian bakteri endofit berwarna putih susu dan putih
kekuningan, tepian rata dan licin dengan elevasi cembung (Lampiran 2).
Aktivitas Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit terhadap Patogen
Penapisan isolat bakteri endofit yang mampu menghambat pertumbuhan
bakteri patogen dilakukan menggunakan metode inokulasi titik. Terbentuknya
zona bening menandakan bahwa bakteri endofit tersebut memiliki kemampuan
untuk memproduksi senyawa ekstraseluler yang bersifat antibakteri (Gambar 3).
Sebanyak 15 isolat bakteri endofit mampu menghambat pertumbuhan S. aureus,
13 isolat mampu menghambat E. coli, 10 isolat positif menghambat B. cereus dan
17 isolat mampu menghambat pertumbuhan S. enteritidis. Isolat bakteri endofit
yang mampu menghambat keempat jenis patogen tersebut berjumlah lima isolat.
Isolat tersebut diantaranya: AM1, AM2, AM3, DM6, dan BM9. Data seluruh
isolat bakteri endofit yang mampu menghasilkan zona bening dapat dilihat pada
Lampiran 3.

Gambar 3 Zona bening yang dihasilkan isolat bakteri endofit terhadap S. aureus
Hasil tersebut menandakan bahwa kemungkinan besar senyawa antibakteri
yang dihasilkan oleh bakteri endofit tersebut memiliki spektrum yang luas, karena
mampu menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif dan Gram negatif.
Perbedaan diameter zona bening yang terbentuk kemungkinan disebabkan
perbedaan jenis senyawa antibakteri yang dihasilkan tiap isolat bakteri endofit.
Beberapa isolat bakteri endofit tidak menunjukkan aktivitas penghambatan pada
kedua bakteri patogen yang diujikan. Bakteri endofit tersebut kemungkinan
mampu menghasilkan senyawa antibakteri namun dalam jumlah yang sangat
sedikit atau menghasilkan senyawa aktif lain yang belum diketahui (Son & Cheah
2002).
Hasil penelitian ini membuktikan bahwa bakteri endofit yang diisolasi dari
tanaman miana juga memiliki aktivitas antibakteri seperti ekstrak tanaman
inangnya. Penelitian terkait senyawa antibakteri dari tanaman miana diantaranya:

7
ekstrak aseton daun miana dapat menghambat pertumbuhan bakteri S.aureus,
Staphylococcus epidermidis, E. coli, dan S. enteritidis, selain itu senyawa
antibakteri dari ekstrak aseton daun miana diketahui mengandung derivat asam
ftalat sebesar 67.368% (Rahmawati 2008). Penelitian lainnya juga menyatakan
bahwa ekstrak etanol daun miana memiliki aktivitas antibakteri terhadap S.
enteritidis (Ariyanti et al. 2007). Selain itu, ekstrak metanol daun miana juga
mampu meghambat pertumbuhan S. enteritidis (Poelongan 2009). Ekstrak etanol
daun miana pada konsentrasi 10% dan 20% memiliki daya antibakteri terhadap S.
aureus, E. coli, Bacillus subtilis, dan Salmonella paratyphosa (Kumala & Desi
2009). Berdasarkan hal tersebut, besar kemungkinan bakteri endofit yang menetap
di tanaman miana memiliki kemampuan untuk mensintesis senyawa antibakteri
seperti tanaman inangnya, sehingga diperlukan penelitian lebih lanjut untuk
membuktikannya.
Pemilihan isolat potensial dilakukan dengan memilih isolat yang
membentuk zona bening paling besar dan jernih pada keempat bakteri patogen
yang diujikan. Berdasarkan hasil penelitian, DM6 merupakan isolat potensial
untuk dianalisis lebih lanjut.
Analisis sekuen 16S rRNA
Karakterisasi molekuler merupakan tahap penting untuk mengidentifikasi
isolat bakteri endofit. Salah satu caranya adalah dengan analisis sekuen 16S rRNA.
16S rRNA adalah subunit kecil penyusun ribosom pada semua organisme
prokariot, sehingga dapat digunakan untuk mengidentifikasi bakteri (Madigan et
al. 2009). Sekuen 16S rRNA dianggap mampu mewakili seluruh informasi
filogenetik dan lebih praktis. Gen 16S rRNA terdapat di semua organisme
prokariot yaitu berupa sekuen konservatif dan sekuen variatif yang dapat
digunakan untuk mengidentifikasi bakteri melalui perbedaan dan variasi urutan
pasang basanya (Bottger 1996).
Berdasarkan hasil uji sebelumnya, DM6 merupakan isolat potensial untuk
dikarakterisasi secara molekuler menggunakan marka 16S rRNA. Identifikasi
spesies atau genus dari suatu organisme ditentukan dari presentase kesamaan
sekuen 16S rRNA dari sampel yang kita miliki dengan sekuen 16S rRNA yang
tersedia dalam GenBank. Hasil sekuensing isolat DM6 yang telah disejajarkan
menunjukkan bahwa gen 16S rRNA pada isolat tersebut berukuran 1545pb
(Lampiran 5). Berdasarkan hasil analisis sekuen 16S rRNA menggunakan
program BLAST, isolat DM6 memiliki presentase kemiripan dengan
Brevibacillus brevis strain DZBY11 sebesar 98% (Lampiran 6).
Bacillus adalah genus bakteri yang banyak terdapat di tanah dan beberapa
spesies diketahui mampu memproduksi antibiotik dengan struktur kimia yang
berbeda-beda (Wu et al. 2005). Hal ini memberikan keterangan bahwa isolat
bakteri endofit DM6 kemungkinan besar berasal dari tanah dan masuk ke dalam
tanaman melalui akar. Senyawa antibiotik yang diproduksi oleh Bacillus
umumnya berupa peptida dan kebanyakan dihasilkan oleh Bacillus subtilis dan
Bacillus brevis (Kleinkauf & Dӧhren 1990). Brevibacillus parabrevis atau yang
disebut juga Bacillus brevis merupakan bakteri Gram positif yang mampu
memproduksi berbagai jenis antibiotik berupa oligo-peptida dan lipopeptida.
Diketahui bahwa B. brevis mampu mensintesis dua jenis antibiotik peptida:
tirosidin siklopeptida dan gramisidin linier (Zuber et al. 1993). Antibiotik yang

8
diproduksi oleh Bacillus umumnya efektif terhadap bakteri Gram positif (Wu et al.
2005).
Fermentasi dan ekstraksi senyawa antibakteri dari isolat bakteri endofit
potensial
Isolasi senyawa aktif yang berperan dalam menghambat pertumbuhan
bakteri patogen dilakukan dengan menumbuhkan isolat potensial (DM6) ke dalam
media NB guna memperbanyak jumlah selnya. Setelah 48 jam, dilakukan
sentrifugasi guna memisahkan antara sel bakteri dengan media NB. Senyawa
antibakteri yang dihasilkan oleh DM6 diduga tergolong dalam senyawa
ekstraseluler, sehingga supernatan tersebut digunakan untuk analisis lebih lanjut.
Supernatan kemudian diekstraksi dengan pelarut non-polar yaitu
kloroform menggunakan corong pisah. Hasil ekstraksi kemudian dirotavapor
untuk menghilangkan pelarutnya. Ekstrak kloroform DM6 selanjutnya diujikan
kembali terhadap bakteri patogen (S. aureus). Berdasarkan hasil uji terlihat bahwa
ekstrak kloroform DM6 memiliki aktivitas antibakteri seperti kontrol positif
(tetrasiklin), namun dengan diameter zona bening yang lebih kecil (Gambar 4).

Gambar 4

Zona bening hasil uji antibakteri ekstrak kloroform DM6
terhadap S. aureus. Keterangan: K = Kontrol positif EK =
Ekstrak Kloroform

Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS
Identifikasi komponen kimia yang terkandung di dalam ekstrak kloroform
DM6 dilakukan dengan analisis GC-MS. Hasil analisis berupa bobot molekul dan
pola fragmentasi yang kemudian dibandingkan dengan basis data untuk
mengetahui tingkat kemiripan dengan jenis senyawa terdekat (Silverstein et al.
1991). Hasil analisis GC-MS menunjukkan bahwa di dalam ekstrak kloroform
DM6 terdapat berbagai macam senyawa, namun diantara senyawa-senyawa
tersebut, terdapat senyawa dengan konsentrasi tinggi yaitu: 1-Octadecene
(CAS).alpha.-Octadecene yang ditunjukkan pada peak dengan waktu retensi
19.096 (12.62%) dan peak dengan waktu retensi 20.443 (9.63%), Hexanedioic
acid, dioctyl ester (CAS) Dioctyl adipate (10.83%), 3-Octadecene, (E)- (CAS)
(9.67%), Phenol, 3,5-bis(1,1-dimethylethyl)- (CAS) 3,5-Di-tert-butylphenol
(9.31%), 1,4-diaza-2,5-dioxobicyclo[4.3.0]nonane (6.43%), 1-TRICOSENE yang
ditunjukkan pada peak dengan waktu retensi 21.783 (5.97%) dan peak dengan
waktu retensi 23.339 (3.95%) (Lampiran 8).
Beberapa senyawa tersebut diduga berperan dalam aktivitas antibakteri
patogen dari isolat DM6. Senyawa 1-Octadecene yang dihasilkan oleh alga dan
tanaman menunjukkan aktivitas antimikroba (Mishra & Sree 2007). Hexanedioic

9
acid merupakan golongan senyawa yang juga memiliki aktivitas antibakteri yang
efektif menghambat pertumbuhan bakteri patogen seperti S. aureus, Klebsiella
pneumonia dan Shigella dysenteriae (Choi & Jiang 2014).
3-Octadecene juga termasuk senyawa yang dihasilkan oleh isolat DM6
dalam konsentrasi yang cukup tinggi, namun belum ada laporan ilmiah terkait
perannya sebagai senyawa antibakteri. 3-Octadecene dan senyawa 1-Tricosane
dilaporkan terkandung dalam ekstrak etanol bunga tanaman obat Calotropis
gigantea (Dhivya & Manimegalai 2013). Selain itu, senyawa 3-Octadene juga
terkandung dalam ekstrak etanol umbi akar tanaman obat Amorphophallus
campanulatus (Basu et al. 2013).
Senyawa fenol dan turunannya juga diketahui memiliki aktivitas
antimikroba, penelitian terkait senyawa fenol yang dilakukan oleh Vaquero et al.
(2007) menunjukkan bahwa senyawa fenol dari minuman anggur memiliki
aktivitas antimikroba terhadap E. coli. Senyawa turunan fenol lainnya yaitu
Phenol, 2, 4- 14 22Bis (1, 1-Dimethyl ethyl) yang diisolasi dari biji mangga
Malaysia juga memiliki aktivitas antibakteri (Abdullah et al. 2011). Senyawa
turunan
fenol,
asam
heksadekanoat,
dan
3-benzyl
1,4-diaza-2,5dioxobicyclo[4.3.0]nonane dari ekstrak etil asetat bakteri Burkholderia cepacia
memiliki aktivitas penghambatan terhadap bakteri patogen ikan seperti:
Aeromonas hydrophyla, Edwardsiella tarda dan Vibrio ordalli (Gohar et al. 2010).
Apabila dibandingkan dengan kemampuan tanaman miana dalam
menghasilkan senyawa antibakteri, Rahmawati (2008) telah menyatakan bahwa
ekstrak aseton daun miana mampu menghasilkan senyawa asam
adipat/hexanedioic acid, bis (2-ethylhexyl) yang diduga memiliki aktivitas
antibakteri patogen. Selain itu, Winarto (2007) juga menyatakan bahwa daun
miana mengandung fenol. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri endofit yang
menetap pada tanaman miana juga mampu mensintesis senyawa antibakteri yang
sama dengan yang dihasilkan oleh tanaman inangnya.

4 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Bakteri endofit dapat diisolasi dari tanaman miana (C. scutellariodes [L.]
Benth.). DM6 merupakan isolat bakteri endofit potensial yang mampu
menghambat pertumbuhan keempat jenis bakteri patogen yang diujikan.
Berdasarkan analisis sekuen 16S rRNA, isolat DM6 memiliki presentase
kemiripan dengan Brevibacillus brevis strain DZBY11 sebesar 98%. Hasil GCMS menunjukkan bahwa senyawa aktif yang diduga berperan sebagai antibakteri
dari ekstrak kloroform DM6 diantaranya: 1-Octadecene (CAS).alpha.-Octadecene,
Hexanedioic acid, dioctyl ester (CAS) Dioctyl adipate, Phenol, 3,5-bis(1,1dimethylethyl)- (CAS) 3,5-Di-tert-butylphenol, dan 1,4-diaza-2,5-dioxobicyclo
[4.3.0] nonane.
Saran
Diperlukan penelitian lebih lanjut terkait mekanisme kerja dari senyawa
antibakteri tersebut dalam menghambat bakteri patogen.

10

DAFTAR PUSTAKA
Abdullah ASH, Mirghani MES, Jamal P. 2011. Antibacterial activity of
Malaysian mango kernel. African Journal of Biotechnology 10(81):1873918748.
Ariyanti T, Fazrina RI, Darmono. 2007. Pengaruh ekstrak etanol daun iler (Coleus
atropurpureus L. Benth.) terhadap infeksi Salmonella enteritidis pada
mencit (Mus musculus). Seminar Nasional Teknologi Peternakan dan
Veteriner.799-806.
Barac T, Taghavi S, Borremans B, Provoost A, Oeyen L, Colpaert JV,
Vangronsveld J, Ledie VD. 2004. Engineered endophytic bacteria improve
phytoremediation of water-soluble, volatile, organic pollutants. Nat
Biotechnol. 22:583–588.
Basu S, Choudhury UR, Das M, Datta G. 2013. Identification of bioactive
components in ethanolic and aqueous extracts of Amorphophallus
campanulatus tuber by GC-MS analysis. International Journal of
Phytomedicine 5:243-251.
Bottger EC. 1996. Approachs for identification of microorganisms. ASM News 62:
227-250.
Choi WH, Jiang M. 2014. Evaluation of antibacterial activity of hexanedioic acid
isolated from Hermentia illucenc larvae. Journal of Applied Biomedicine
12(3):179-189.
Castillo et al. 2002. Munumbicins, wide-spectrum antibiotics produced by
Streptomyces
NRRL 30562, endophytic on Kennedia nigriscans.
Microbiology 148:2675–2685.
Desriani et al. 2013.Potential endophytic bacteria for increasing paddy var
rojolele productivity. IJASEIT 3(1):76-78.
Dhivya R, Manimegalai K. 2013. Preliminary phytochemical screening and GCMS profiling of ethanolic flower extract of Calotropis gigantean Linn.
(Apocyanaceae). Journal of Pharmacognosy and Phytochemistry 2(3):2832.
Gohar YM, El-Naggar MMA, Soliman MK, Barakat KM. 2010. Characterization
of marine Burkholderia cepacia antibacterial agents. I Journal of Natural
Products 3:86-94.
Julianus et al. 2011. Tumbuhan Obat Tradisional di Sulawesi Utara. Ed ke-2.
Manado: Balai Penelitian Kehutanan Manado.
Kleinkauf H, von Dӧhren H. 1990. Nonribosomal biosynthesis of peptide
antibiotics. Euro. J. Biochem. 192(1):1-15.
Koomnok C, Teaumroong N, Rerkasem B, Lumyong S. 2007. Diazotroph
endophytic bacteria in cultivated and wild rice in Thailand. Science Asia
33: 429-435.
Kumala S, Desi. 2009. Aktivitas antibakteri ekstrak daun iler (Coleus
atropurpureus Benth.) terhadap beberapa bakteri Gram (+) dan bakteri
Gram (-). Jurnal Bahan Alam Indonesia. 7(1):12-14.
Kumala S, Siswanto EB. 2007. Isolation and screening of endophytic microbes
from Morinda citrifolia and their ability to produce anti-microbial
subtances. Microbiol Indones. 1:145-148.

11
Lamb TG, Tonkyn DW, Kluepfel DA. 1996. Movement of Pseudomonas
aureofaciens from the rhizosphere to aerial plant tissue. Can. J.Microbiol.
42:1112–1120.
Lisdawati Vivi. 2008. Karakterisasi daun miana (Plectranthus scuntellaroides L.
R.Bth) dan buah sirih (Piper betle L.) secara fisiko kimia dari ramuan
lokal antimalaria daerah Sulawesi Utara. Media Litbang Kesehatan, Badan
Litbangkes.
Madigan MT, Martinko JM, Dunlap PV, & Clark DP. 2009. Microbiology of
Microorganism. USA: Pearson Benjamin Cummings.
Mano H, Tanaka F, Nakamura C, Kaga H, Morisaki H. 2007. Culturable
endophytic bacterial flora of the maturing leaves and roots of rice plants
(Oryza sativa) cultivated in a paddy field. Microbes and Environments 22:
175-185.
Mano H, H Morisaki. 2008. Minireview: Endophytic bacteria in the rice plant.
Microbes and Environments 23: 109-117.
Marpaung EL. 2004. Flavonoid dari buah Sonneratia caseolaris Engl. dan
kegunaannya sebagai antibakterial: Studi laboratorium infeksi Vibrio
harveyi pada udang windu, Penaeus monodon Fab. [Tesis]. Bogor: FPIK,
IPB.
Miller CM, Miller RV, Garton-Kenny D, Redgrave B, Sears J, Condron MM,
Teplow DB, Strobel GA. 1998. Ecomycins, unique antimycotics from
Pseudomonas viridiflava. J Appl Microbiol 84: 937–944.
Mishra PM, Sree A. 2007. Antibacterial activity and GCMS analysis of the extract
of leaves of Finlaysonia obovata (a mangrove plant). Asian Journal of
Plant Sciences 6:168-172.
Poelongan M. 2009. Uji aktivitas antibakteri ekstrak metanol daun miana (Coleus
scutellariodes [L.] Benth.) terhadap bakteri Salmonella enteritidis dan
Staphylococcus aureus. Jurnal Biotika. 7(2):61-68.
Rahmawati F. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Senyawa Antibakteri Ekstrak Daun
Miana (Coleus scutellariodes L. Benth.) [Tesis]. Bogor: Institut Pertanian
Bogor.
Ryan RP, Germaine K, Franks A, Ryan DJ, Dowling DN. 2008. Minireview:
Bacterial endophytes: recent development and application. FEMS
Microbiol Lett 278: 1-9.
Silverstein RM, Bassler GC, Mossil TC. 1991. Spectrometric Identification of
Organic Compound. New York (US): John Wiley & Sons.
Simarmata R, Lekatompessy S, Sukiman H. 2007. Isolasi mikroba endofitik dati
tanaman obat sambung nyawa (Gymura procumbens) dan analisis
potensinya sebagai antimikroba. Berk Penel Hayati 13 : 85-90.
Son R, Cheah YK. 2002. Preliminary screening of endophytic fungi from medical
plants in Malaysia for antimicrobial and antitumor activity. Malaysian
Journal of Medical Sciences 9(2): 23–33.
Strobel GA, Stierle A, Stierle D, Hess WM. 1993. Taxomyces andreanae a
proposed new taxon for a bulbilliferous hyphomycete associated with
Pacific yew. Mycotaxon. 47:71–78.
Sundari D, Winarno MW. 1996. Pemanfaatan tumbuhan sebagai obat diare di
Indonesia. Cermin dunia kedokteran 109: 25-32.

12
Tarabily K, Nassar AH, Sivasithamparam K. 2003. Promotion of plant growth by
an auxin-producing isolate of the yeast Williopsis saturnus endophytic in
maize roots. The Sixth UAE Universty Research Conference: 60-69.
Vaquero MJR, Alberto MR, de Nadra MCM. 2007. Antibacterial effect of
phenolic compounds from different wines. Food Control 18(2):93-101.
Winarto WP. 2007. Tanaman Obat Indonesia untuk Pengobatan Herba. Ed ke-1.
Jakarta: Karyasari Herba Media.
Wu S, Jia S, Sun D, Chen M, Chen X, Zhong J, Huan L. 2005. Purification and
characterization of tow novel antimicrobial peptides Subpeptin JM4-A and
Subpeptin JM4-B produced by Bacillus subtilis JM4. Curr. Microbiol.
51(5):292-296.
Zuber P, Nakano MM, Marahiel MA. 1993. Peptide antibiotics,” in Bacillus
subtilis and Other Gram-Positive Bacteria, ed Sonenshein AL, Hoch JA,
Losick R. Washington DC: American Society for Microbiology.

13
Lampiran 1 Bagan Alir Penelitian
Tanaman miana
Isolasi bakteri endofit

Isolat bakteri patogen

Isolat bakteri endofit

Regenerasi bakteri
patogen dan bakteri
endofit

Uji aktivitas antibakteri bakteri
endofit terhadap bakteri patogen

Analisis sekuen16S
rRNA

Isolat Potensial

Fermentasi
Spesies bakteri
endofit
Sentrifugasi
Pelet

Supernatan
Uji antibakteri terhadap
bakteri patogen

Ekstraksi dengan
kloroform (1:1 v/v)
Analisis GC-MS
Senyawa antibakteri

Ekstrak Kloroform

Ekstrak air

Uji antibakteri terhadap
bakteri patogen

14
Lampiran 2 Data morfologi seluruh isolat bakteri endofit dari tanaman miana
Ciri morfologi

Kode
Isolat

Warna

Konsistensi

Tepian

Elevasi

AM1

Putih susu

KB

Seperti kapas

Datar

Kecepatan
Pertumbuhan
+++

AM2

Putih

TB

Bergerigi

Datar

++

AM3

Putih

TB

Bergerigi

Datar

+++

AM4

Putih susu

B

Rata

Datar

++

AM5

Krem

KB

Bergerigi, licin

Timbul

++

AM6

Krem

KB

Rata, Licin

Datar

+++

DM1

B

+++

Timbul

++

B

Rata, Licin
Bergerigi,
Licin
Rata, Licin

Timbul

DM3

Putih susu
Putih
kekuningan
Putih susu

Datar

++

DM4

Putih susu

B

Bergerigi

Timbul

+++

DM5

Putih susu

B

Rata, Licin

Timbul

+++

DM6

Putih susu
Kuning
muda
Kuning
muda
Krem
Putih
kekuningan
Putih
kekuningan
Putih
kekuningan

TB

Datar

+

Timbul

+++

Cembung

++

KB

Rata, Licin
Bergerigi,
Licin
Bergerigi,
Licin
Rata

Datar

++

KB

Rata, Licin

Timbul

+++

KB

Rata, Licin

Cembung

+++

Timbul

++

DM2

BM1
BM2A
BM2B
BM3
BM4

B

KB
B

BM6

Putih susu

B

BM7

Putih susu

B

Bergerigi,
Licin
Bergerigi,
Licin
Rata, Licin

BM8

Kuning

TB

Rata, Licin

Timbul

++

BM9

Putih susu

TB

Rata, Licin

Datar

+

BM5

KB

Ket : KB = Kurang Berlendir
+ = Lambat

B = Berlendir
++ = Sedang

Timbul

++

Cembung

++

TB = Tidak Berlendir
+++ = Cepat

15
Lampiran 3 Diameter zona bening isolat bakteri endofit miana terhadap bakteri
patogen
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22

Kode Isolat
AM1
AM2
AM3
AM4
AM5
AM6
DM1
DM2
DM3
DM4
DM5
DM6
BM1
BM2A
BM2B
BM3
BM4
BM5
BM6
BM7
BM8
BM9

S. aureus
2
2
2
7
6
2
2
7
4
4.5
5.5
0.5
1.5
0.5
4.5

Diameter zona bening (mm)
B. cereus
S. enteritidis
2
1
4
2
3
3.5
1
1
1
1
1
1
1
2.5
1
1
2
1
5.5
3
7
8.5
7.5
3
10
2
3

E. coli
1
3
2
1
2
1
2
1
1
3.3
1
2
2

16
Lampiran 4 Sekuen 16S rRNA isolat DM6
>dm6_518F
GGGGTTGCGTTGGTCGGATTATTGGGCGTAAGCGCGCGCAGGCGGCTATGTGAGTCTGGTGTTAAA
GCCCGGAGCTCAACTCCGGTTCGCATCGGAAACTGTGTAGCTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGCGGTA
TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGG
TCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCAC
GCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGTTTCAATACCCTCAGTGCCGCAGCTAACGCAATAA
GCACTCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG
CGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGCTGA
CCGCTCTGGAGACAGAGCTTCCCTTCGGGGCAGCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC
GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGCCAGCATTCA
GTTGGGCACTCTAGAGAGACTGCCGTCGACAAGACGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCA
TGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTTGGTACAACGGGATGCTACCTCGCGAG
GGGACGCCAATCTCTGAAAACCAATCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTC
GGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACACCACGGGAGTTTGCAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCGCAAGGAGCCAGCCGCCGA
AGGTGGGGTAGATGACTGGGGTGAATCGTAACAGGGGGTAACCGTAAATGGGCCTTTTAAAAACAC
AAAGCC

>dm6_800R
GGGCGTTTTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTC
CACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATACCGCTTTCCTCTTCTGCACTCAAGCTACAC
AGTTTCCGATGCGAACCGGAGTTGAGCTCCGGGCTTTAACACCAGACTTACATAGCCGCCTGCGCG
CGCTTTACGCCCAATAAATCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTA
GTTAGCCGTGGCTTTCTCGTCAGGTACCGTCAAGGTACCGCCCTATTCGAACGGTACGTGTTCGTC
CCTGACAACAGAACTTTACAATCCGAAGACCTTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCATCAGACTTT
CGTCCATTGTGGAAAATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGT
GTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCCACCAACTA
GCTAATGCGCCGCAGGCCCATCTCCCAGTGATAGCGAAAAGCCATCTTTTCTTTTCGGATCATGCA
ATCCAAAAACCTATCCGGTATTAGCATAAGTTTCCCTATGTTATCCCGGTCTGAGAGGCAGGTTGC
CTACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAGGGTCTTAAAAACCCTCGCTCGACTTGCAGGTATAAGG
CACGCCGCCACCGTTCGTCCTGAGCCTGTTTAAAAACTTAAAAAAGGCGGGGC

17
Lampiran 5 Sekuen 16S rRNA isolat DM6 hasil pensejajaran
>dm6_Consensus (1545 pb)
GCCCCGCCTTTTTTAAGTTTTTAAACAGGCTCAGGACGAACGGTGGCGGCGTGCCTTATACCTGCA
AGTCGAGCGAGGGTTTTTAAGACCCTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTAGGCAACCTGCCTCT
CAGACCGGGATAACATAGGGAAACTTATGCTAATACCGGATAGGTTTTTGGATTGCATGATCCGAA
AAGAAAAGATGGCTTTTCGCTATCACTGGGAGATGGGCCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGT
AACGGCCTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGA
CACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCCACAATGGACGAAAGTCTGATGGA
GCAACGCCGCGTGAACGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGTTCTGTTGTCAGGGACGAACACGTAC
CGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTGACGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAG
CCGCGGTAATACGTAGGKGGSWWGCGTTGKYCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGCT
ATGTRAGTCTGGTGTTAAAGCCCGGAGCTCAACTCCGGTTCGCATCGGAAACTGTGTAGCTTGAGT
GCAGAAGAGGAAAGCGGTATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGT
GGCGAAGGCGGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAAARCGYSSGGAGCAAACAGGA
TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGTTTCAATACCCTCA
GTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGA
ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC
CAGGTCTTGACATCCCGCTGACCGCTCTGGAGACAGAGCTTCCCTTCGGGGCAGCGGTGACAGGTG
GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTT
ATCTTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAGAGAGACTGCCGTCGACAAGACGGAGGAAGGC
GGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTTGGTAC
AACGGGATGCTACCTCGCGAGGGGACGCCAATCTCTGAAAACCAATCTCAGTTCGGATTGTAGGCT
GCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTT
CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGGGAGTTTGCAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAA
CCGCAAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGGTAGATGACTGGGGTGAATCGTAACAGGGGGTAACCGT
AAATGGGCCTTTTAAAAACACAAAGCC

18
Lampiran 6 Hasil BLAST Sekuen 16S rRNA isolat DM6 hasil pensejajaran

19
Lampiran 7 Kondisi operasional alat GC-MS
Merk
Gas
Detektor
Kolom
Suhu kolom
Inlet Press
Column Flow
Split Ratio
SPL Temperature
MS Interface
Ion Source
Pyrolysis Temperature

: Shimadzu Type GCMS-QP2010
: Helium
: MS (Mass Spectrometer)
: Capiler Type Phase Rtx-5MS ; 60 m ; 0.25 mmID
: 50 oC
: 0.85 kPa
: 0.85 mL/menit
: 112.3
: 280 oC
: 280 oC
: 200 oC
: 280 oC

20
Lampiran 8 Kromatogram hasil identifikasi komponen kimia ekstrak kloroform
isolat DM6

21

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 5 Februari 1991 dari pasangan
Tukimin dan Kasini. Penulis merupakan putri kedua dari dua bersaudara. Tahun
2009 penulis lulus dari SMAN 3 Depok dan pada tahun yang sama lulus seleksi
masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) di Departemen
Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Juli 2013 penulis mendapat kesempatan menjadi pemakalah pada Seminar
Nasional X bertema “Biologi, Sains, Lingkungan dan Pembelajarannya” di
Universitas Sebelas Maret dengan judul makalah “Deteksi Enzim Cellobiose
Dehydrogenase (CDH) dari fungi Trametes versicolor”. Agustus 2013 penulis
menyelesaikan program S1 di IPB Departemen Biokimia dengan judul skripsi
“Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Padi Varietas Rojolele
yang Berpotensi sebagai Biokontrol”. Tahun yang sama, penulis diterima di
Sekolah Pascasarjana IPB melalui program akselarasi (SINERGI S1-S2) di
Departemen Biokimia-FMIPA IPB.
November 2013 penulis mendapat kesempatan menjadi pemakalah di
Seminar Nasional Himpunan Kimia Indonesia di Universitas Mulawarman
Kalimantan Timur dengan judul makalah “Pupuk Hayati Berbasis Bakteri Endofit”
dan Seminar Internasional “Brawijaya International Agriculture” 2013 di
Universitas Brawijaya Malang dengan judul makalah “Potential of Biofertilizer
Industry Based on Endophytic Bacteria to Increase Plant Health”. Tahun 2014
penulis berkesempatan kembali menjadi pemakalah pada beberapa Seminar
Internasional, diantaranya: ISFAS 2014 di Tokyo-Jepang dengan judul makalah
““Future Development of Endophytic Bacteria from Coleus scutellariodes [L.]
Benth. to Produce Antimicrobial Compounds”. AEBS 2014 di Phuket-Thailand
dengan judul makalah “Analysis of 16S rRNA Sequence of Endophytic Bacteria
Isolate DM6 from Coleus scutellariodes [L.] Benth. Leaves”dan GIPI II UGM di
Yogyakarta-Indonesia dengan judul makalah “Antimicrobial Activity of
Endophytic Bacteria from Coleus scutellariodes [L.] Benth. Against Pathogenic
Bacteria”.