Identifikasi dan Pencirian Isolat Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

IDENTIFIKASI DAN PENCIRIAN ISOLAT BAKTERI
PENDEGRADASI HIDROKARBON

NUR ZAMILAH

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012

ABSTRAK
NUR ZAMILAH. Identifikasi dan Pencirian Isolat Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon.
Dibimbing oleh CHARLENA dan HADIATI AGUSTINE.
Biodegradasi metode bioremediasi dilakukan dengan memanfaatkan bakteri yang
dapat bertahan hidup pada tanah tercemar dan menunjukkan kemampuan metabolisme
terhadap pencemar sebagai sumber karbon. Identifikasi dan pencirian diperlukan untuk
menentukan nama genus dari isolat bakteri tersebut. Metode konvensional lazim
digunakan, yaitu dengan mengamati sifat morfologi, sifat fisiologi, dan aktivitas
biokimianya. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi dan mencirikan suatu isolat
bakteri pendegradasi hidrokarbon yang diisolasi dari tanah yang tercemari minyak bumi.

Identifikasi dilakukan pada suhu 27, 37, dan 40 °C dalam media yang diperkaya mineral.
Identifikasi terdiri atas 4 tahap, yaitu regenerasi (peremajaan kembali) isolat bakteri; uji
morfologi isolat yang ditumbuhkan dalam cawan petri selama 24 jam, meliputi bentuk
koloni, elevasi, warna, dan permukaan koloni; uji fisiologi isolat bakteri meliputi
pewarnaan sederhana, pewarnaan Gram, pewarnaan spora dan kapsul; serta uji aktivitas
biokimia yang meliputi uji fermentasi karbohidrat, uji hidrolisis (pati, lemak, kasein, dan
gelatin), analisis IMViC, oksidase-katalase, motilitas, analisis H2S dan reduksi nitrat.
Hasil identifikasi dan pencirian dibandingkan dengan panduan Bergey’s Manual of
Determinative Bacteriology dan menunjukkan bahwa isolat dengan kode MY 1, MY 3,
MY 6, MY 8, MY 9, dan MY FLR adalah genus Bacillus, MY 10 dan MY 11 adalah
golongan Enterobacter, sedangkan MY 12 adalah Pseudomonas sp.

ABSTRACT
NUR ZAMILAH. Identification and Characterization of Hydrocarbon-Degrading
Bacteria Isolates. Supervised by CHARLENA and HADIATI AGUSTINE.
Biodegradation with bioremediation method is performed by utilizing bacteria that
can survive in contaminated soil and shows metabolic capabilities towards pollutants as
carbon sources. Identification and characterization are needed to determine the genera
name of the bacterial isolates. Conventional methods is commonly used, that is by
observing the morphological and physiological properties as well as the biochemical

activities. This research was aimed to identify and characterize several hydrocarbondegrading bacteria already isolated from the soil contaminated with petroleum
waste. Identification were performed at 20, 30, and 37 °C in a mineral-enriched
medium. Identification consisted of 4 steps, namely regeneration of bacterial isolates;
morphology test of isolates grown in petri dish for 24 hours, including the form, edge,
color, and surface of the colony; physiology test of isolates, including simple coloring,
Gram coloring , spore and capsule staining; and biochemical activity test including
carbohydrate fermentation test, hydrolysis test (starch, fat, casein, and gelatin), IMViC
analysis, oxidase-catalase test, motility, hydrogen sulfide and nitrate reduction analysis.
The identification and characterization results were compared with guidance in Bergey's
Manual Determinative of Bacteriology and showed that isolate coded MY 1, MY 3, MY
6, MY 8, MY 9, and MY FLR were Bacillus genera, MY 10 and MY 11 were
Enterobacter group, and isolate MY12 was Pseuodomonas sp.

IDENTIFIKASI DAN PENCIRIAN ISOLAT BAKTERI
PENDEGRADASI HIDROKARBON

NUR ZAMILAH

Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains pada
Departemen Kimia

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012

Judul Skripsi

: Identifikasi

dan

Pencirian

Isolat

Bakteri

Pendegradasi

Hidrokarbon
: Nur Zamilah

Nama
NIM

: G44076009

Disetujui
Pembimbing I

Pembimbing II

Dr Charlena, MS
NIP 19671222 199403 2 002

Dra Hadiati Agustine

NIP 19570817 198103 2 002

Diketahui
Ketua Departemen Kimia

Prof Dr Ir Tun Tedja Irawadi, MS
NIP 19501227 197603 2 002

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-Nya
sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Penelitian dilaksanakan sejak
bulan April 2010, dengan judul Identifikasi dan Pencirian Isolat Bakteri
Pendegradasi Hidrokarbon.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Ibu Dr Charlena, MS dan Ibu Dra
Hadiati Agustine selaku pembimbing, yang telah banyak memberi arahan,
dorongan, saran, dan waktunya. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada
Ibu Etty, Ibu Esih beserta staf dari Laboratorium Mikrobiologi Smakbo; Ibu Ella,
staf dari Laboratorium PKT 2; Ibu Sulistiowati yang telah memberikan izin

penggunaan tempat kepada penulis dalam melaksanakan penelitian; serta Ibu drh
Tati dari Laboratorium Mikrobiologi balitvet, yang telah membantu selama
pengumpulan data. Ungkapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada ayah,
ibu, serta seluruh keluarga atas segala do’a, kasih sayangnya serta dukungan
material maupun spiritual selama penulis melaksanakan penelitian.
Akhir kata semoga karya ilmiah ini bermanfaat bagi perkembangan ilmu
pengetahuan.

Bogor, Januari 2012

Nur Zamilah

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 19 September 1980 dari Ayah M.
Godjali dan Ibu Siti Aisyah. Penulis adalah putri keempat dari enam bersaudara.
Tahun 2002 penulis lulus dari Diploma 3 Analisis Kimia, Institut Pertanian
Bogor. Pada Desember 2003, penulis diterima di Sekolah Menengah Analis Kimia
Bogor (SMAKBo) sebagai teknisi laboratorium.
Selama bekerja di SMAKBo, penulis menjadi asisten praktikum Kimia
Analisis pada tahun 2003/2004, Analisis Mikrobiologi pada tahun 2004/2005

hingga 2005/2006, dan Analisis Kimia Terpadu 4 sejak tahun 2006/2007 hingga
sekarang.

DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL ........................................................................................ vii
DAFTAR GAMBAR ................................................................................... viii
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................. viii
PENDAHULUAN ......................................................................................... 1
BAHAN DAN METODE
Alat dan Bahan ..........................................................................................
Metode Penelitian .....................................................................................
Regenerasi Isolat Bakteri .........................................................................
Uji Morfologi ...........................................................................................
Uji Fisiologi .............................................................................................
Uji Biokimia .............................................................................................

1
2
2

2
2
2

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Regenerasi Kultur Murni ................................................................
Morfologi Isolat Bakteri ...........................................................................
Fisiologi Isolat Bakteri .............................................................................
Aktivitas Biokimia Isolat Bakteri ...........................................................

3
4
4
5

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan ................................................................................................. 11
Saran ........................................................................................................ 11
DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 11
LAMPIRAN .................................................................................................... 13

vi

DAFTAR TABEL
Halaman
1 Morfologi koloni ............................................................................................ 4
2 Sifat-sifat fisiologi sel ................................................................................... 5
3 Fermentasi karbohidrat.................................................................................... 6
4 Hasil uji hidrolisis pati ................................................................................... 6
5 Hasil uji hidrolisis lemak ............................................................................... 7
6 Hasil uji hidrolisis gelatin ............................................................................... 7
7 Hasil uji hidrolisis kasein ............................................................................... 7
8 Hasil uji produksi indol .................................................................................. 8
9 Hasil uji MR-VP (methyl red – Voges Proskauer).......................................... 8
10 Hasil uji Kosser sitrat ..................................................................................... 9
11 Hasil uji oksidase dan katalase....................................................................... 9
12 Hasil uji motilitas ........................................................................................... 10
13 Hasil uji H2S................................................................................................... 10
14 Hasil uji reduksi nitrat .................................................................................... 10
15 Karakteristik isolat bakteri berdasarkan aktivitas biokimia .......................... 11

vii

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1 Hasil regenerasi isolat bakteri .......................................................................... 4
2 Isolat koloni bakteri MY FLR .......................................................................... 4
3 Isolat bakteri Gram positif dan Gram negatif .................................................. 4
4 Isolat koloni bakteri Gram negatif ................................................................... 5
5 Isolat bakteri penghasil spora ........................................................................... 5
6 Isolat bakteri tanpa pelindung kapsul .............................................................. 5
7 Fermentasi karbohidrat (glukosa, laktosa, dan sukrosa) isolat bakteri ............ 6
8 Hidrolisis pati pada isolat bakteri ..................................................................... 6
9 Hidrolisis lemak pada isolat bakteri ................................................................. 7
10 Hidrolisis gelatin pada isolat bakteri (setelah direndam dalam air es)............. 7
11 Hasil pengamatan IMViC isolat bakteri........................................................... 8
12 Hasil pengamatan VP isolat bakteri ................................................................ 8
13 Hasil pengamatan oksidase dan katalase isolat bakteri ................................... 9
14 Hasil pengamatan motilitas isolat bakteri ....................................................... 9
15 Hasil pengamatan uji reduksi nitrat ................................................................ 10

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman

1 Komposisi media pertumbuhan bakteri .......................................................... 14
2 Komposisi pereaksi kimia yang digunakan .................................................... 15
3 Diagram alir penelitian .................................................................................. 16
4 Bagan alir identifikasi bakteri batang Gram positif dan Gram negatif ........... 17-18
5 Bagan alir identifikasi bakteri Bacillus spp .................................................... 19
6 Bagan alir identifikasi famili Enterobactericeae ........................................... 20
7 Bagan alir identifikasi bakteri menurut Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology... ................................................................................................ 21

viii

1
 

PENDAHULUAN
Hidrokarbon adalah senyawa yang
mengandung unsur hidrogen dan karbon (H
dan C), terdiri atas alkana, alkena, dan alkuna.
Senyawa hidrokarbon dalam minyak bumi
atau lumpur minyak bumi merupakan salah
satu cemaran yang relatif sulit didegradasi.
Selain senyawa hidrokarbon, minyak bumi
juga mengandung unsur nitrogen, sulfur, dan
oksigen.
Degradasi
minyak
bumi
menghasilkan bentuk senyawa lain, misalnya
alkohol, aldehida, fenol, asam karboksilat,
H2O, dan CO2 (Atlas 1981). Masalah
pencemaran lingkungan dapat terjadi karena
sifat produk minyak bumi yang sulit
didegradasi (Udiharto 1996).
Pencemaran oleh minyak bumi tidak
hanya diakibatkan oleh kecelakaan seperti
kapal tanker terbentur batu karang, tetapi
dapat juga berasal dari aktivitas pengeboran
minyak, produksi, pengilangan, transportasi,
maupun akibat adanya perembesan dari tangki
reservoir. Lingkungan darat maupun air dapat
tercemari oleh senyawa organik maupun oleh
bahan kimia yang bersifat toksik dan sulit
didegradasi dan dapat menggangu kehidupan
tanaman maupun organisme lain (Alexander
1999).
Penanganan kondisi lingkungan yang telah
tercemari minyak bumi dapat dilakukan
dengan metode biologi. Metode ini relatif
lebih
ramah
lingkungan.
Penanganan
dilakukan menggunakan teknik bioremediasi
dengan
memanfaatkan
mikroorganisme
(bakteri atau kapang) atau tanaman untuk
menghilangkan cemaran. Mikroorganisme
dapat berfungsi sebagai bahan pengurai alami
sesudah diadaptasikan dengan senyawa
limbah. Hanya mikrob yang dapat beradaptasi
dengan minyak bumi dapat melakukan
biodegradasi. Di alam, mikroorganisme
jarang dijumpai sebagai kultur atau biakan
murni, dan biasanya berinteraksi dengan
mikroorganisme lain atau dengan organisme
inang (Widyastuti 2003).
Bakteri yang umum dan telah diketahui
mampu mendegradasi hidrokarbon berasal
dari genus Achromobacter, Actinobacter,
Alcaligenes,
Arthrobacter,
Bacillus,
Flavobacterium, Nocardia, dan Pseudomonas
spp (Leahy & Colwell 1990). Pseudomonas
dapat mengurai senyawaan polutan seperti
benzena, toluena, xilena, etilbenzena, stirena,
dan
asam
klorobenzoat,
sedangkan
Enterobacter agglomerans dapat mengurai
campuran benzena, etilbenzena, dan xilena.
Pada penelitian ini digunakan isolat bakteri

yang diisolasi dari tanah tercemari minyak
bumi. Identifikasi dan pencirian dilakukan
untuk mengetahui lebih lanjut kemampuan
atau potensi bakteri tersebut dalam mengurai
cemaran hidrokarbon.
Identifikasi bertujuan menentukan nama
spesies mikroorganisme dalam isolat baru.
Berbagai metode dapat dipakai, bergantung
pada fasilitas laboratorium yang tersedia,
mulai dari metode konvensional hingga
modern (tingkat molekular). Identifikasi
dalam penelitian meliputi uji morfologi,
fisiologi, dan aktivitas biokimia. Berdasarkan
data identifikasi, dilakukan pencirian isolat
bakteri tersebut (Widyastuti 2003). Pada
penelitian ini, pencirian dilakukan hanya
sampai tingkat genus.

BAHAN DAN METODE
Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan antara lain
tabung Durham, mikropipet, inkubator, oven,
autoklaf, pipet serologi 1 mL, neraca analitik,
colony counter, mikroskop, desikator, ruang
laminar dan alat-alat yang lazim di
laboratorium.
Isolat bakteri yang digunakan berasal dari
limbah tercemari minyak bumi dengan kode
MY1, MY3, MY6, MY8, MY9, MY10,
MY11, MY12 dan MY FLR. Bahan-bahan
yang digunakan antara lain media mineral air
laut (marine agar), larutan garam fisiologis
(NaCl 0.85%), agar nutrien (NA) atau plate
count agar (PCA), kaldu nutrien (NB), triple
sugar iron agar (TSIA), media Kosser sitrat,
media pepton cair 1%, media gelatin, media
tripton 1%, Na-tiosulfat, media selektif
(McConkey, centrimade agar, brilliant green
lactose broth (BGLB), dan mannitol salt agar
(MSA), media motilitas, media merah metil Voges Proskauer (MR-VP), kaldu glukosa,
kaldu laktosa (LB), dan sukrosa (Lampiran 1),
reagen Kovacs, reagen Erlich, H2O2 3%
(reagen katalase), KOH
40%, α-naftol,
indikator merah metil 1%, indikator biru
bromtimol (BTB), reagen oksidase, larutan
terusi 30%, indikator feri amonium sulfat,
akuades, alkohol 70%, zat warna kristal violet,
safranin, karbol fuchsin, lugol, terusi, asam
alkohol, aseton-iodin, air suling, hijau malasit,
asam sulfanilat 1%, dan α-naftilamina 1%
(Lampiran 2).

2
 
Metode Penelitian
Digunakan metode konvensional diawali
dengan regenerasi isolat (peremajaan)
dilanjutkan dengan identifikasi dan pencirian
isolat bakteri berdasarkan Bergey’s Manual of
Determinative Bacteriology yang meliputi
sifat morfologi, fisiologi, dan aktivitas
biokimianya. Analisis meliputi pengamatan
bentuk, elevasi, warna, dan permukaan koloni.
Pengamatan juga dilakukan terhadap bentuk
sel, pewarnaan Gram, kapsul dan spora, uji
fermentasi karbohidrat (uji glukosa, laktosa,
dan sukrosa), hidrolisis pati, hidrolisis gelatin,
hidrolisis lemak, uji Indol, uji merah metilVoges Proskauer, uji motilitas, uji oksidasekatalase, uji H2S dan reduksi nitrat. Diagram
alir penelitian dapat dilihat pada Lampiran 3
(Aryantha et al. 2000).
Regenerasi Isolat Bakteri
Media agar miring steril disiapkan, isolat
biakan murni diinokulasikan secara aseptik
kemudian diinkubasi dalam inkubator pada
suhu 37 oC selama 24 jam (LabOps 2004).
Uji Morfologi
Hasil regenerasi isolat bakteri masa
inkubasi 24 jam diamati secara visual mulai
dari bentuk, elevasi, warna, dan permukaan
koloni.
Uji Fisiologi (Hadioetomo 1993)
Uji
fisiologi
meliputi
pewarnaan
sederhana, pewarnaan Gram, pewarnaan
spora, dan pewarnaan kapsul.
Pewarnaan
sederhana
bertujuan
mengamati morfologi sel. Kaca objek
dibersihkan dengan kapas beralkohol. Larutan
fisiologis diteteskan sebanyak 2–3 tetes, lalu
secara aseptik diambil 1 ose isolat bakteri,
diratakan, dan dikeringkan dengan difiksasi
dekat nyala api Bunsen. Pewarna safranin
diteteskan lalu dibiarkan ±1 menit. Kelebihan
pewarna dicuci dengan air suling, kemudian
preparat dikeringkan dengan kertas saring dan
bentuk sel diamati dengan mikroskop pada
perbesaran 1000×, dengan ditetesi minyak
imersi secara perlahan-lahan. Preparat
dibersihkan dan direndam dalam larutan asam
kromat.
Pewarnaan Gram bertujuan melihat
pengelompokan
bakteri
berdasarkan
perbedaan komponen dinding sel. Kaca objek
disterilkan
dengan
kapas
beralkohol.
Sebanyak 2–3 tetes larutan fisiologis
diteteskan, lalu 1 ose isolat bakteri diambil
secara aseptik, diratakan, dan ditambahkan
pewarna dasar kristal violet, dibiarkan

kembali 1–2 menit. Kelebihan zat warna
dicuci dengan air mengalir kemudian preparat
ditambahkan lugol atau campuran asetoniodin, dibiarkan kembali selama 1-2 menit.
Setelah itu, preparat direndam dalam alkohol
96% selama 30 detik, dicuci dengan air
mengalir, dan diwarnai dengan safranin
sebagai warna standar. Preparat dicuci
kembali dan dikeringkan, kemudian diamati di
bawah mikroskop dengan perbesaran 1000×.
Pewarnaan spora bertujuan mengamati
struktur khusus endospora. Kaca objek
dibersihkan dengan kapas beralkohol lalu
ditetesi 2–3 tetes larutan fisiologis. Secara
aseptik diambil 1 ose isolat bakteri berumur
36 jam. Preparat ditutup dengan kertas saring
sambil diteteskan hijau malasit di atas
penangas air, terus menerus hingga ±5 menit.
Kelebihan zat warna dicuci dengan air
mengalir lalu preparat ditetesi safranin selama
30 detik, dan diamati di bawah mikroskop.
Pewarnaan kapsul bertujuan mengamati
struktur khusus lapisan pelindung kapsul.
Pada kaca objek yang telah disterilkan dengan
kapas beralkohol, diteteskan 2–3 tetes larutan
fisiologis, lalu ditambahkan 1 ose isolat
bakteri berumur 36 jam, diratakan dan diberi
kristal violet, dibiarkan terendam selama 5–7
menit. Kelebihan warna dicuci dengan terusi
20% dikeringkan, lalu diamati di bawah
mikroskop dengan perbesaran 1000×.
Uji Biokimia (Prescott 2002)
Uji biokimia mikrob meliputi fermentasi
karbohidrat (glukosa, laktosa, dan sukrosa),
hidrolisis (pati, lemak, gelatin, dan kasein),
analisis IMViC (indol, MR-VP, sitrat),
oksidase-katalase, motilitas, H2S, dan reduksi
nitrat.
Fermentasi Karbohidrat
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam tabung
berisi media steril (glukosa dan sukrosa),
dengan indikator merah fenol. Satu tabung
lain digunakan sebagai kontrol tanpa
penambahan
isolat
bakteri,
keduanya
diinkubasi pada suhu 37 °C selama 48 jam.
Untuk media agar laktosa, diinkubasi pada
suhu 37 oC selama 24 jam.
Hidrolisis Pati
Cawan petri steril dibagi menjadi 4 daerah,
diberi nama bakteri yang akan diinokulasikan
beserta tanggal inokulasi. Media pati steril
dituang hingga menutupi permukaan cawan,
diputar perlahan hingga homogen dan beku.
Sebanyak satu ose bakteri diinokulasikan
masing-masing ke 4 daerah tersebut secara

3
 
aseptik lalu diinkubasi selama 36 jam pada
suhu 27 °C. Setelah terlihat pertumbuhan
bakteri, ditetesi lugol di sekitar biakan dan
dibiarkan ±5 menit. Pengamatan dilakukan
pada bagian berwarna biru dan tidak
berwarna, dicatat hasilnya.
Hidrolisis Lemak
Cawan petri steril dibagi menjadi 4 daerah,
diberi nama bakteri yang akan diinokulasikan
beserta tanggal inokulasi. Media agar lemak
steril dituang hingga menutupi permukaan
cawan, diputar perlahan hingga beku. Bakteri
diinokulasikan ke 4 daerah, dan dinkubasi
pada suhu 30 °C selama 48 jam. Setelah
terlihat pertumbuhan bakteri, terusi 5%
diteteskan di sekitar biakan, dibiarkan 10–15
menit dan diamati hasil yang terbentuk.
Hidrolisis Gelatin
Sebanyak 4 tabung media agar gelatin
steril disiapkan. Tiga tabung diinokulasi
bakteri, 1 tabung sebagai kontrol. Keempatnya
dinkubasi pada suhu 37 °C selama 2–7 hari.
Pengamatan dilakukan dalam wadah berisi es.
Hidrolisis Kasein
Cawan petri steril dibagi menjadi 4 daerah,
diberi nama bakteri yang akan diinokulasikan
beserta tanggal inokulasi. Media agar susu
steril dituang hingga menutupi permukaan
cawan, diputar perlahan hingga beku, lalu 1
ose bakteri diinokulasikan pada keempat
daerah. Inkubasi dilakukan pada suhu 37 °C
selama 3–7 hari, hasil yang terbentuk diamati
perubahannya.
Uji Indol
Sebanyak 2 tabung berisi kaldu tripton 1%
dan 1 tabung berisi kaldu tripton 1% +
glukosa 1% diinokulasi dengan biakan
bakteri. Satu tabung lainnya berisi kaldu
tripton tanpa penambahan biakan (kontrol).
Keempat tabung diinkubasi pada suhu 37 °C
selama 2–7 hari. Setelah masa inkubasi
selesai, tabung berisi biakan dan tabung
kontrol ditambahkan pereaksi Kovacs,
dikocok perlahan hingga terlihat adanya
lingkaran merah (positif).
Uji Merah Metil dan Voges Proskauer
Sebanyak 1 ose bakteri diinokulasi ke
dalam media MR–VP cair, diinkubasi pada
suhu 35 °C selama 48 jam. Kira-kira 2 mL
suspensi kultur dipindahkan ke tabung steril
untuk uji merah metil (MR) dan diberi 5 tetes
indikator MR. Untuk uji Voges Proskauer
(VP), sebanyak 5 mL sisa kultur dituang ke

dalam tabung steril, ditambahkan berturutturut 10 tetes larutan KOH 40% dan 15 tetes
reagen α-naftol 1%. Campuran dikocok
hingga larut sempurna dan dibiarkan selama
30 menit. Perubahan yang terjadi diamati.
Uji Kosser Sitrat
Agar Kosser sitrat diinokulasi dengan
isolat bakteri, lalu diinkubasi dalam suhu 35
°C selama 48 jam. Hasil positif ditandai
dengan terbentuknya warna biru pada
medium.
Uji Oksidase dan Katalase
Untuk uji oksidase, isolat bakteri yang
tumbuh di permukaan agar ditambahkan 1–2
tetes reagen oksidase, lalu terbentuknya warna
biru pada media diamati selama 30 detik.
Untuk uji katalase, pada koloni bakteri
diteteskan 1–2 tetes H2O2 3%, diamati
terbentuk atau tidaknya gelembung udara.
Motilitas
Isolat bakteri ditanam dalam agar tegak
dengan metode stab (tusuk) kurang lebih ¾
tinggi tabung, tetapi tidak sampai menyentuh
dasar tabung. Kultur diinkubasi pada suhu 37
°C selama 24 jam, kemudian hasilnya diamati.
Uji H2S
Pada 2 tabung yang berisi media TSIA
steril, diinokulasikan 1 ose isolat bakteri
dengan metode tusuk, lalu diinkubasi pada
suhu 37 °C selama 48 jam. Diamati terbentuk
atau tidaknya blackening/area hitam pada
media di daerah inokulasi bakteri.
Reduksi Nitrat
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam tabung
berisi media NB steril, dan satu tabung media
disiapkan sebagai kontrol. Kedua tabung
diinkubasi pada suhu 37 °C selama 48 jam.
Untuk uji nitrit, pada masing-masing tabung
ditambahkan 1 mL asam sulfanilat dan αnaftilamina lalu dikocok dan diamati hasilnya.

 

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Regenerasi Kultur Murni
Mikrob yang berasal dari isolat kultur
murni diremajakan menggunakan media agar
laut. Komposisi media disesuaikan dengan
lingkungan atau area yang akan didegradasi
oleh mikroorganisme tersebut. Media agar
laut dipilih karena mengandung mineral yang
dibutuhkan dalam pertumbuhan mikrob. Hal

4
 
ini dimaksudkan agar bakteri yang tumbuh
merupakan bakteri yang berperan dalam
proses
degradasi
limbah
hidrokarbon
(Dwipayana & Herto 2010).
Regenerasi isolat ini dilakukan pada suhu
30 °C selama 24 jam. Regenerasi diawali
dengan pengenceran sampel isolat dilanjutkan
dengan penanaman sampel ke dalam media
NA. Pengenceran bertujuan agar koloni yang
tumbuh tidak terlalu padat sehingga
memudahkan dalam identifikasi selanjutnya
(Dwipayana & Herto 2010). Hasil regenerasi
dapat dilihat pada Gambar 1.

4). Isolat MY 12 bentuk, elevasi, dan
permukaannya sama, tetapi warna koloninya
agak kuning. Warna koloni ini dimiliki oleh
golongan Pseudomonas sp. Sementara isolat
MY FLR memiliki tepian dan permukaan
koloni yang berbeda, yaitu elevasi datar,
permukaan berserabut halus yang lazim
dijumpai pada golongan kapang (Gambar 2).

Gambar 2 Isolat koloni bakteri MY FLR.

Gambar 1 Hasil regenerasi isolat bakteri.
Morfologi Isolat Bakteri
Pengamatan morfologi bakteri dilakukan
terhadap isolat bakteri berumur 24 jam.
Morfologi yang diamati meliputi bentuk,
elevasi, warna, dan permukaan koloni.
Pengamatan
dilakukan
secara
visual.
Pengamatan ini penting dilakukan sebagai
dasar
pengujian
selanjutnya.
Hasil
pengamatan morfologi koloni isolat bakteri
dapat dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1 Morfologi koloni
Isolat

Bentuk

Elevasi

Warna

MY 1

Bulat

Naik

Krem

MY 3

Bulat

Naik

Krem

MY 6

Bulat

Naik

Krem

MY 8

Bulat

Naik

Krem

MY 9

Bulat

Naik

Krem

MY 10

Bulat

Naik

Krem

MY 11

Bulat

Naik

Krem

MY 12

Bulat

Naik

Agak
kuning

MYFLR

Bulat

Datar

Krem

Permukaan
Halus
mengilat
Halus
mengilat
Halus
mengilat
Halus
mengilat
Halus
mengilat
Halus
mengilat
Halus
Mengilat
Halus
mengilat
Berserabut
halus

Tabel 1 memperlihatkan bahwa isolat
dengan kode MY 1, MY 3, MY 6, MY 8,
MY 9, MY 10, dan MY 11 memiliki ciri
morfologi yang serupa, yaitu bentuk bulat,
elevasi naik, warna krem, dan permukaan
halus mengilat (Gambar 1) sehingga diduga
masuk ke dalam genus Bacillus sp (Lampiran

Fisiologi Isolat Bakteri
Mikroorganisme mempunyai morfologi,
struktur, dan sifat-sifat yang khas, begitu pula
dengan bakteri. Bakteri hidup hampir tidak
berwarna dan kontras dengan air tempat selsel bakteri tersebut disuspensikan. Salah satu
cara mengamati bentuk sel bakteri sehingga
mudah diidentifikasi ialah dengan metode
pewarnaan. Pengamatan meliputi pewarnaan
sederhana, pewarnaan Gram, pewarnaan spora
dan kapsul. Pewarnaan Gram merupakan
suatu metode empiris untuk membedakan
spesies bakteri menjadi 2 kelompok besar,
yaitu Gram positif dan Gram negatif
berdasarkan sifat kimia dan fisik dinding sel
bakteri.
Berdasarkan pewarnaan Gram, isolat
dengan kode MY 1, MY 3, MY 6, MY 8, dan
MY 9 tergolong Gram positif yang ditandai
dengan sel berwarna ungu (Gambar 3).
Bakteri Gram positif dapat menahan
senyawaan kompleks kristal violet, sedangkan
bakteri Gram negatif tidak mampu
menahannya dan karena itu, terwarnai oleh
pewarna
kedua
(Hadioetomo
1993),
(Lampiran 5).

Gambar 3 Isolat bakteri Gram positif (kiri)
dan Gram negatif (kanan).
Isolat MY 10, MY 11 dan MY FLR
diduga bersifat Gram negatif yang ditandai
dengan sel berwarna merah (Gambar 3). Isolat
dengan kode MY 12 berdasarkan ciri-cirinya,
yaitu bentuk sel batang panjang, warna koloni

5
 
krem agak kuning (MY12), dan bersifat Gram
negatif (sel berwarna merah), diduga adalah
Pseudomonas (Gambar 4). Keseluruhan hasil
pengamatan fisiologi isolat bakteri dapat
dilihat pada Tabel 2.

diwarnai dengan warna pembanding, yaitu
safranin (merah muda), sehingga spora tetap
berwarna hijau dan sel vegetatif berwarna
merah (Gambar 5).

Gambar 5 Isolat bakteri penghasil spora.
Gambar 4 Isolat koloni bakteri Gram negatif.
Tabel 2 Sifat-sifat fisiologi sel
Isolat
MY 1
MY 3

Bentuk
Batang
Batang

Gram
Positif
Positif

MY 6

Batang

Positif

MY 8

Batang

Positif

MY 9

Batang

Positif

MY 10
MY 11
MY 12
MY
FLR

Batang
Batang
Batang
Batang

Negatif
Negatif
Negatif
Negatif

Spora
Ada
Ada
Tidak
ada
Tidak
ada
Tidak
ada
Ada
Ada
Ada
Tidak
terlihat

Kapsul
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada

Berdasarkan sifat fisiologi dan morfologi,
isolat MY 1, MY 3, MY 6, MY 8, dan MY 9
diduga masuk ke dalam genus Bacillus sp
(Fardiaz 1998), sedangkan isolat MY 10, MY
11, dan MY FLR diduga genus Bacillus sp,
tetapi dengan sifat Gram negatif. Isolat
dengan kode MY 12 berdasarkan cirinya,
yaitu bentuk sel batang panjang, warna koloni
krem agak kuning, dan Gram negatif diduga
termasuk genus Pseudomonas sp. Secara
umum, Dharmawibawa (2004) (dalam
Darmayasa 2008) mengungkapkan bahwa
genus Bacillus sp dan Pseudomonas sp
mampu merombak hidrokarbon minyak bumi.
Pewarnaan
spora dilakukan untuk
mengamati kemampuan suatu bakteri
menghasilkan
spora
yang
berfungsi
melindungi sel vegetatif dari kondisi ekstrem
di luar sel yang dapat membahayakannya
(Hadioetomo 1993). Endospora sel memiliki
lapisan khusus yang sulit ditembus zat
pewarna, maka dilakukan pemanasan dalam
preparasi preparat selama proses pengikatan
warna dasar (malasit hijau). Pemanasan
bukan hanya membuat spora yang terwarnai
hijau, melainkan juga sel vegetatif. Oleh
karena itu, pencucian dengan air mengalir
diperlukan untuk menghilangkan kelebihan
zat warna yang menempel pada dinding sel.
Dinding sel yang tidak berwarna ini kemudian

Hasil penelitian (Tabel 2) menunjukkan
bahwa isolat dengan kode MY 1, MY 3, MY
10, MY 11, dan MY 12 memiliki endospora
yang terletak di ujung dan subujung (Gambar
5). Sementara pada isolat MY 6, MY 8, MY 9,
dan MY FLR tidak ditemukan endospora.
Endospora dapat bersifat dorman untuk
waktu yang cukup lama. Selain itu, endospora
sangat tahan terhadap panas tinggi, radiasi
gelombang pendek, dan bahan kimia beracun
(Anonim 2000). Dengan sifat tersebut,
endospora diharapkan dapat membantu
mendegradasi cemaran limbah hidrokarbon.
Pewarnaan kapsul dilakukan untuk
mengamati keberadaan struktur khusus
lapisan pelindung kapsul pada bakteri. Dari
hasil identifikasi, tidak terdapat isolat yang
memiliki lapisan pelindung kapsul (Gambar
6).

Gambar 6 Isolat tanpa pelindung kapsul.
Berdasarkan
pengamatan
pewarnaan
kapsul diduga isolat bakteri mudah diberi
perlakuan karena tidak ada pelindung kapsul
yang membungkus sel. Karena itu, bakteri ini
diharapkan memiliki potensi dalam merombak
hidrokarbon.
Aktivitas Biokimia
Bakteri memperlihatkan aktivitas biokimia
(pertumbuhan dan perbanyakan) dengan
menggunakan bahan baku (nutrisi) dari
lingkungan
sekitarnya.
Setiap
bakteri
memiliki enzim yang dapat mengurai
karbohidrat, lemak, protein, atau asam amino.
Metabolisme atau penggunaan molekul
organik ini biasanya menghasilkan produk
yang dapat digunakan untuk identifikasi dan
pencirian bakteri. Karena itu pengamatan

6
 
aktivitas
biokimia
atau
metabolisme
mikroorganisme digunakan untuk identifikasi
dan
pencirian
mikroorganisme
dalam
penelitian ini (Djide & Sartini 2006).
Fermentasi Karbohidrat
Fermentasi karbohidrat merupakan proses
oksidasi karbohidrat secara biologis dalam
keadaan anaerob. Hasil fermentasi berbedabeda, bergantung pada jenis bakterinya. Pada
penelitian ini digunakan 3 media karbohidrat,
yaitu glukosa, sukrosa, dan laktosa (Djide &
Sartini 2006). Tabel 3 menunjukkan
perbandingan hasil fermentasi karbohidrat ke9 isolat bakteri dengan kontrol.
Tabel 3 Fermentasi karbohidrat
Isolat
MY1
MY3
MY6
MY8
MY9
MY10
MY11
MY12
MYFLR
Kontrol

Glukosa
+
+
+
+
+
+
-

Fermentasi
Laktosa
+
+
+
+
+
-

Sukrosa
+
+
+
+
+
+
-

Hasil ini dipengaruhi oleh sifat mikrob di
dalamnya, media biakan yang digunakan,
serta faktor lingkungan seperti suhu dan pH
(Reynolds 2009). Berdasarkan kemampuan
memfermentasi ketiga jenis karbohidrat,
diduga isolat MY 1, MY 3, MY 9, dan MY 11
termasuk ke dalam golongan Bacillus sp
(Lampiran 6). Menurut Djide dan Sartini
(2006), umumnya spesies Bacillus mampu
memfermentasikan glukosa dan laktosa. MY
12 yang inaktif terhadap laktosa diduga
termasuk
golongan
Pseudomonas
sp,
sedangkan isolat MY FLR memberikan hasil
negatif untuk ketiga jenis gula.
Sifat Hidrolisis
Hidrolisis Pati. Salah satu polisakarida
yang dapat dihidrolisis oleh mikroorganisme
adalah pati (amilum) dengan hasil akhir
dekstrin. Hidrolisis ini terjadi karena adanya
enzim amilase yang dapat dihasilkan oleh
mikroorganisme tertentu. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa seluruh isolat mampu
menghidrolisis pati terlihat dari perubahan
warna di sekitar isolat (Gambar 8).

Keterangan: (+) perubahan warna larutan merah menjadi
kuning; (-) tidak terjadi perubahan warna

Pada uji fermentasi karbohidrat, hasil
positif dilihat dari perubahan warna larutan
media dari merah menjadi kuning serta
pembentukan gas yang terlihat dalam tabung
Durham terbalik. Perubahan warna media
disebabkan oleh adanya indikator merah fenol
dalam media mengalami penurunan pH dalam
keadaan aerob. Hasil positif tersebut
ditunjukkan oleh isolat MY 1, MY 3, MY 9,
dan MY 11 untuk semua jenis karbohidrat
(Gambar 7).

Gambar 8 Hasil uji hidrolisis pati isolat
bakteri.
Zona bening (area sekitar biakan tidak
menjadi biru) menandakan pati telah
terhidrolisis, sedangkan daerah berwarna biru
menandakan masih terdapat butir-butir pati.
Tabel 4 menunjukkan adanya zona bening di
sekitar biakan bakteri pada uji hidrolisis pati,
kecuali isolat MY FLR.
Tabel 4 Hasil uji hidrolisis pati

Gambar 7 Fermentasi karbohidrat (glukosa,
sukrosa, dan laktosa).
Isolat dengan kode MY 6 dan MY FLR
tidak mampu memfermentasikan semua jenis
karbohidrat yang diujikan. MY 8 tidak mampu
memfermentasi glukosa dan laktosa, MY 10
tidak mampu memfermentasi sukrosa, dan
MY 12 tidak mampu memfermentasi laktosa.

Isolat
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR

Zona bening
+
+
+
+
+
+
+
+
-

Keterangan
+ :terbentuk zona
bening
– :tidak terbentuk
zona bening

Berdasarkan kemampuan menghidrolisis
pati, diduga isolat bakteri termasuk golongan
Bacillus
(Reynolds
2009).
Dengan
kemampuan menghidrolisis pati, bakteri
diharapkan juga mampu menghidrolisis

7
 
ikatan-ikatan hidrokarbon dalam cemaran
limbah.
Hidrolisis Lemak. Hidrolisis mengurai
molekul lemak menjadi gliserol dan asam
lemak. Asam lemak ini kemudian dibentuk
menjadi lemak bakteri atau komponen sel atau
sebagai energi. Dari hasil percobaan, hanya
isolat MY6 yang mampu menghidrolisis
lemak (Tabel 5), dan karena itu diduga
termasuk genus Bacillus (Reynolds 2009).
Hasil positif ditandai dengan terbentuknya
butiran berwarna hijau di sekitar biakan
koloni (Gambar 9).
Tabel 5 Hasil uji hidrolisis lemak
Isolat
MY 1

Hasil
-

MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

+
-

Keterangan
+ : terbentuk butiran berwarna
hijau di sekitar biakan
- : tidak terbentuk butiran
hijau di sekitar biakan
koloni

Berdasarkan hasil penelitian, seluruh
isolat tidak mampu menghidrolisis gelatin.
Media tetap membeku ketika diletakkan
dalam wadah berisi es batu (Gambar 10).

Gambar 10

Umumnya
golongan Bacillus mampu
menghidrolisis gelatin, tetapi identifikasi di
atas
menunjukkan
hasil
berbeda.
Kemungkinan hal tersebut terjadi karena isolat
bakteri tidak mampu membuat enzim
gelatinase yang terbentuk karena pemadatan
dan pencairan.
Hidrolisis Kasein. Kasein adalah protein
pokok
susu,
suspensi
koloid
yang
menyebabkan susu berwarna putih mengilat.
Apabila mikrob mampu menghidrolisis
protein ini, maka akan tampak zona bening di
sekitar koloni mikrob. Pengamatan hidrolisis
kasein terhadap isolat bakteri dapat dilihat
pada Tabel 7.

Gambar 9 Hidrolisis lemak isolat bakteri.

Isolat
MY 1

Hidrolisis Gelatin. Gelatin adalah protein
yang diperoleh dari hidrolisis kolagen.
Kolagen adalah salah satu komponen dalam
jaringan penghubung dan otot pada hewan.
Gelatin merupakan substrat yang baik untuk
menguji adanya enzim proteolitik yang
dihasilkan mikrob. Larutan gelatin yang
digunakan sebagai medium bersifat cair dalam
suhu kamar dan padat dalam suhu es (0–4 °C).
Hasil pengamatan hidrolisis gelatin oleh isolat
bakteri ditunjukkan pada Tabel 6.

MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

Tabel 6 Hasil uji hidrolisis gelatin
Isolat
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

Hidrolisis gelatin pada isolat
bakteri (setelah direndam
dalam air es)

Hasil
-

Keterangan
+: media tetap cair meski
direndam
dalam
bongkahan es
- : media membeku
kontrol: media tetap beku

Hasil
+:
-

Keterangan
media menjadi tidak
berwarna/bening
–: media membeku
kontrol: media putih susu

Tabel 7 Hasil uji hidrolisis kasein

Analisis IMViC
Uji produksi indol dilakukan untuk
mengetahui mikroorganisme yang dapat
menggunakan asam amino baik sebagai
komponen protein, komponen sel, atau
kadangkala sebagai sumber energi. Asam
amino ini dimodifikasi dengan berbagai cara
sewaktu metabolisme. Asam amino triptofan
lazim terdapat dalam protein dan dapat
dengan
mudah
digunakan
oleh
mikroorganisme. Hidrolisis oleh enzim
triptofanase akan menghasilkan indol dan
asam piruvat (Djide & Sartini 2006). Pada

8
 
penelitian ini digunakan media cair kaya
triptofan dalam bentuk tripton 1%. Indol yang
terbentuk, dengan penambahan reagen Kovacs
akan
menghasilkan
senyawa
paminobenzaldehida yang tidak larut dalam air
dan membentuk warna merah pada permukaan
media (Gambar 11a).

a.

Indol

b.Merah metil

Tabel 9 Hasil uji MR-VP
Isolat

Hasil
MR
+
+
+
+
+
-

VP
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol
Keterangan:
+: larutan berwarna merah
–: larutan berwarna sindur atau jernih

c. Sitrat

Gambar 11 Hasil pengamatan IMViC isolat
bakteri.
Hanya pada sampel MY 11 terbentuk
cincin merah di sekitar permukaan media,
sampel lainnya tidak (Tabel 8). Hal ini
menunjukkan bahwa sampel MY 11 adalah
bakteri penghasil indol yang umumnya dari
genus Enterobacter atau Pseudomonas. Uji
dengan reagen Kovacs harus segera dilakukan
setelah inkubasi. Waktu inkubasi yang terlalu
lama dapat menyamarkan hasil (hasil yang
didapat tidak sesuai dengan yang sebenarnya).

Uji Voges–Proskueur juga digunakan
untuk mengidentifikasi mikroorganisme yang
dapat melakukan fermentasi tetapi dengan
hasil akhir 2,3-butanadiol. Pada uji ini
ditambahkan larutan KOH 40% dan α-naftol
1% yang dapat menentukan adanya asetoin,
senyawa pemula dalam sintesis 2,3
butanadiol. Dengan larutan KOH 40%, asetoin
memunculkan warna merah yang dipertegas
oleh beberapa tetes larutan α-naftol 1%. Pada
uji VP ini, isolat yang diuji menunjukkan hasil
negatif, artinya tidak dapat menghasilkan
asetoin, asetil, metil karbinol dan etanol
(Gambar 12). Ciri ini umum dimiliki oleh
bakteri golongan Bacillus sp.

Tabel 8 Hasil uji produksi indol
Isolat
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

Hasil
+
-

Keterangan
terbentuk cincin merah atau
lingkaran
merah
diatas
permukaaan media setelah
penambahan
pereaksi
Kovacs
-: tidak terbentuk cincin merah
kontrol: tidak berwarna
+:

Uji merah metil digunakan untuk
menentukan terjadinya fermentasi yang
menghasilkan campuran asam. Beberapa
bakteri dapat memfermentasi glukosa dan
menghasilkan berbagai produk asam organik
sederhana yang menurunkan pH media
pertumbuhan.
Indikator
merah
metil
digunakan sebagai penunjuk terjadinya
perubahan pH dan akan menjadi merah pada
suasana asam (pH sekitar 4.4) dan kuning
pada suasana basa (pH sekitar 6.2) (Gambar
11b). Hasil positif ditunjukkan oleh isolat
dengan kode MY 1, MY 3, MY 8, MY 11 dan
MY 12 yang merupakan ciri golongan
Bacillus sp dan Pseudomonas sp (Tabel 9).

Gambar 12

Hasil pengamatan VP isolat
bakteri.

Uji sitrat digunakan untuk melihat
kemampuan mikroorganisme menggunakan
sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan
energi. Penelitian ini menggunakan medium
sintetik Kosser sitrat dengan natrium sitrat
sebagai sumber karbon, amonia sebagai
sumber nitrogen, dan indikator pH. Bila
mikrob mampu menggunakan sitrat, maka
asam akan dihilangkan dari medium biakan,
pH meningkat, dan warna medium berubah
dari tak berwarna menjadi biru (Gambar 11c).
Hasil identifikasi ditunjukkan pada Tabel 10.

9
 
Tabel 10 Hasil uji Kosser sitrat
Isolat
MY 1

Hasil
-

MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10

-

MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

-

Keterangan
+: larutan berwarna biru
- : larutan tidak berwarna
kontrol:
larutan
tidak
berwarna

Tidak adanya perubahan warna media,
berarti
isolat
bakteri
tidak
mampu
menggunakan sitrat sebagai sumber karbon.
Ciri ini lazim dimiliki oleh bakteri golongan
Enterobacter (Lampiran 6).
Oksidase-Katalase
Oksidase umumnya bekerja pada respirasi
aerob menghasilkan CO2 dan H2O dengan
tujuan akhir akumulasi energi, untuk aktivitas
mikroorganisme
maupun
proses-proses
biologis lainnya (Djide & Sartini 2006). Uji
oksidase positif ditunjukkan dengan warna
koloni keunguan sekitar 2 menit setelah
penambahan reagen oksidase (Gambar 13a).

a. uji oksidase

b. uji katalase

Gambar 13 Hasil pengamatan oksidase dan
katalase isolat bakteri.
Uji katalase dilakukan untuk mengetahui
aktivitas katalase pada bakteri. Enzim ini
memecah H2O2 (peroksida) menjadi H2O dan
O2 karena itu, uji katalase positif ditunjukkan
oleh
gelembung-gelembung
O2
hasil
pemecahan H2O2 (Gambar 13b). Hidrogen
peroksida merupakan salah satu produk
respirasi aerob bakteri yang toksik sehingga
dapat menghambat pertumbuhan bakteri itu
sendiri dan harus diurai (Todar 2008). Hasil
keseluruhan uji oksidase dan katalase
ditunjukkan pada Tabel 11.

Tabel 11 Hasil uji oksidase-katalase
Isolat
MY 1

Oksidase
-

Katalase
+
-

MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol
Keterangan: (+) oksidase: warna koloni keunguan setelah
ditambah reagen (10–15 detik). (+) katalase:
timbulnya gelembung udara.

Uji oksidase umumnya digunakan untuk
membedakan golongan Pseudomonas dan
Enterobacter (Reynolds 2009). Tidak ada
isolat yang menunjukkan hasil positif. Hal ini
dapat terjadi karena produksi sitokrom
oksidase oleh isolat bakteri tersebut dihambat
oleh produksi asam atau bakteri dalam isolat
tidak mampu memproduksi sitokrom oksidase
atau telah terkontaminasi nitrat sehingga
memberikan hasil yang berbeda. Dapat pula
terjadi, reagen oksidase telah kehilangan
aktivitasnya atau kedaluwarsa.
Katalase dilakukan untuk mengidentifikasi
kelompok bakteri bentuk kokus. Hasil positif,
yaitu gelembung udara di sekitar koloni
setelah ditambahkan H2O2 3%, hanya
ditunjukkan oleh isolat MY 6 (Gambar 13b).
Motilitas
Motilitas adalah salah satu ciri makhluk
hidup, begitu juga mikroorganisme, namun
dengan alat gerak yang sederhana berupa silia
atau flagela. Pada percobaan ini, motilitas
ditandai dari gerak pertumbuhan dalam agar
tegak (bekas tusukan pada media, yang telah
diinokulasi oleh biakan dan diinkubasi),
ditunjukkan pada Gambar 14.

Gambar 14 Hasil pengamatan motilitas
isolat bakteri.

10
 
Tabel 12 menunjukkan hasil pengamatan
motilitas isolat bakteri. Sifat motil ini
umumnya dimiliki oleh bakteri golongan
Bacillus (Hadioetomo 1993).
Tabel 12 Hasil motilitas isolat bakteri
Nama
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

Hasil
+

Keterangan
+:
Ada pertumbuhan
bakteri melebar ke
samping
daerah
sekitar tusukan atau
melebar di atas
permukaan agar

+
+
+
+
+
+
+
+
-

Analisis H2S
H2S diproduksi oleh beberapa jenis
mikroorganisme melalui pemecahan asam
amino yang mengandung unsur belerang
seperti sistein dan metionin. Keberadaan H2S
ditandai dengan terbentuknya sulfida yang
berwarna hitam. Uji ini lazim digunakan
untuk
membedakan
bakteri
golongan
Enterobacter (Djide & Sartini 2006). Tabel
13 menunjukkan tak satu pun isolat mampu
menghidrolisis sulfur yang terdapat dalam
medium.
Tabel 13 Hasil uji H2S
Isolat
MY 1

Hasil
-

MY 3
MY 6
MY 8

-

MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

-

Keterangan
terbentuk warna
hitam di sekitar
tusukan
-: tidak terbentuk

+:

Reduksi Nitrat
Reduksi nitrat dilakukan untuk menguji
kemampuan bakteri mengubah nitrat menjadi
nitrit, umumnya dimiliki oleh golongan
Pseudomonas (Reynolds 2009). Tabel 14
menunjukkan, isolat dengan kode MY 1, MY
6, MY 8, MY 9, MY 10, MY 12 dan MY FLR
menunjukan kemampuan bakteri mengubah
nitrat (merah) menjadi nitrit (kuning) yang
ditandai
dengan
perubahan
kondisi
lingkungan dalam media (Gambar 15). Isolat
MY 11 memperlihatkan perubahan kondisi
lingkungan, tetapi tanpa disertai timbulnya
gas, dan isolat MY 3 tidak menunjukkan
perubahan.

Gambar 15 Pengamatan uji reduksi nitrat.
Tabel 14 Hasil uji reduksi nitrat
Isolat
MY 1
MY 3
MY 6
MY 8
MY 9
MY 10
MY 11
MY 12
MY FLR
Kontrol

Hasil
A
O
AG
AG
AG
AG
A
AG
AG
-

Keterangan
(A): Larutan berubah asam
(AG): Larutan berubah asam
disertai timbulnya gas
(O): Tidak menunjukkan
Perubahan

Berdasarkan hasil uji biokimia (Tabel 15),
isolat bakteri MY 1, MY 3, MY 6, MY 8, MY
9, dan MY FLR diduga termasuk golongan
Bacillus, kode MY 10 dan MY 11 termasuk
Enterobacter, dan MY 12 Pseudomonas.
Dugaan ini berdasarkan identifikasi bakteri
teknik konvensional, yaitu membandingkan
dengan bakteri yang telah diidentifikasi
sebelumnya dalam Bergey’s Manual of
Determinative Bacteriology. Bagan alir
identifikasi selengkapnya ditunjukkan pada
Lampiran 7.
Bila tidak terdapat bakteri yang ciricirinya 100% serupa, maka dilakukan
pendekatan terhadap bakteri yang memiliki
ciri-ciri
paling
menyerupai.
Teknik
identifikasi dengan metode konvensional ini
akan selalu menghasilkan bakteri tertentu
yang sudah teridentifikasi sebelumnya dan
tidak dapat menemukan spesies baru (Cowan
1974 dalam Dwipayana & Herto 2004).
Bakteri yang didentifikasi dari cemaran
limbah minyak bumi kemungkinan besar
turut berperan dalam proses degradasi limbah
minyak bumi secara biologi. Penelitian
Nugroho 2006, Saidi et al. (1999) dan
Nababan (2008) mengidentifikasi bahwa
isolat bakteri dari cemaran limbah minyak
bumi merupakan genus Bacillus, Enterobacter
dan Pseudomonas. Bakteri tersebut bertahan
hidup dalam cemaran hidrokarbon dengan
mendegradasi hidokarbon dalam limbah
sebagai sumber karbon.

11
 
Tabel 15 Karakteristik isolat bakteri berdasarkan aktivitas biokimia
F
Isolat

IMViC
H

O-K
M
S
M
G
L S
I
C
V
MY 1
+
+
+
+
-+
MY 3
+
+
+
+
-+
MY 6
+
-+
MY 8
+
+
-+
MY 9
+
+
+
-+
MY 10 +
+
-+
+
MY 11 +
+
+
+
+
-+
+
MY 12 +
+
+
-+
MY
-+
FLR
kontrol
-Keterangan: F = fermentasi G=Glukosa L=Laktosa S=Sukrosa
H = Hidrolisis
IMViC I=Indol M=merah metil V= Voges Proskauer C= Sitrat
O – K = Oksidasi katalase
M = Motilitas
S = uji H2S
N= uji nitrit

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Berdasarkan hasil identifikasi dan
karakterisasi sifat morfologi, fisiologi dan
aktivitas biokimia setelah dibandingkan
dengan panduan menurut Bergey’s Manual
Determinative of Bacteriology, isolat bakteri
MY 1, MY 3, MY 6, MY 8, MY 9, MY FLR
diduga termasuk golongan Bacillus, MY 10
dan MY 11 diduga golongan Enterobacter,
dan isolat MY 12 diduga golongan
Pseudomonas.
Saran
Perlu dilakukan pencirian lebih lanjut
isolat bakteri sampai tingkat molekular untuk
memastikan genus dan spesies bakteri
tersebut.
Bakteri
juga
perlu
diuji
kemampuannya dalam mendegradasi senyawa
hidrokarbon alifatik atau aromatik.

 

DAFTAR PUSTAKA
Alexander M. 1999. Biodegradation and
Bioremediation. London: Academic Pr.

N

Bergey’s Manual

-

Bacillus

-

Bacillus

-

Bacillus

-

Bacillus

-

Bacillus

-

Enterobacter

-

Enterobacter

-

Pseudomonas

-

Bacillus

-

-

Anonim. 2000. Lesson 19; Endospore
Forming Bacteria. New Delhi: Rai
University Pr.
Aryantha N, et al. 2000. Penuntun
Mikrobiologi Praktik. Bandung: Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan AIam,
Institut Teknologi Bandung.
Atlas RM. 1981. Microbial degradation of
petroleum hydrocarbon: An environmental
perspective. Microbiol Rev 45:180-209.
Darmayasa IBG. 2008. Isolasi dan identifikasi
bakteri pendegradasi lipid (lemak), pada
beberapa tempat pembuangan limbah dan
estuari dam denpasar. Bumi Lestari 8:122127.
Djide N, Sartini. 2006.
Mikrobiologi. Makassar:
Mikrobiologi
Farmasi,
Hasanuddin.

Dasar-Dasar
Laboratorium
Universitas

Dwipayana, Herto DA. 2009. Identifikasi
keberagaman bakteri pada lumpur hasil
pengolahan limbah cat dengan teknik
konvensional. J. Teknol Lingkungan
volume 7:1-11

12
 
Fardiaz S. 1998. Fisiologi Fermentasi. Bogor:
PAU dan Lembaga Sumber Data
Informasi, Institut Pertanian Bogor.
Hadioetomo RS. 1993. Mikrobiologi Dasar
dalam Praktek. Jakarta: Gramedia Pustaka
Utama.
LabOps(Laboratory Operation). 2004. Tes
304: Elemen 2, Cara Pembuatan Media
Perbenihan :AusAID.
Leahy JG, Colwell RR. 1990. Microbial
degradation of hydrocarbons in the
environment. Microbiol Rev 54:305-315.
Nababan B. 2008. Isolasi dan uji potensi
bakteri pendegradasi minyak solar dari
laut Belawan [tesis]. Medan: Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Biologi. Universitas Sumatera Utara.
Nugroho A. 2006. Biodegradasi sludge
minyak bumi dalam skala mikrokosmos. J
Ilmu Tanah dan Lingkungan 10:82-89.
Prescott H. 2002. Laboratory Exercise in
Microbiology. New York: Mc-Graw Hill.
Reynolds J. 2009. Lab. Manual: Identification
of Microbiology. Texas: Richland Coll.
Saidi D, Anas I, Hadi N, Santoso DA. 1999.
Kemampuan bakteri dari ekosistem air
hitam
Kalimantan
tengah
dalam
merombak minyak bumi dan solar. J Ilmu
Tanah dan Lingkungan 2:1-7.
Todar K. 2008. Todar Online Textbook of
Bacteriology. http://www.textbook of
bacteriology.net [20 Jun 2011].
Udiharto. 1996. Bioremediasi minyak bumi.
Di dalam: Peranan Bioremediasi dalam
Pengelolaan
Lingkungan.
Prosiding
Pelatihan dan Lokakarya; Cibinong, 24-28
Jun 1996. Cibinong: LIPI-BPPT HSF, hlm
24-28
Widyastuti
Y.
2003.
Dasar-Dasar
Mikrobiologi. Di dalam: Pengajaran Mata
Diklat Mikrobiologi untuk Guru. Pelatihan
dan Lokakarya Tenaga Pengajar Biologi.
Bogor. 24-28 Mar 2002. Bogor: PuslitBiologi, LIPI

 
 

13
 

LAMPIRAN
 

14
 
Lampiran 1 Komposisi media pertumbuhan bakteri

No

Media

1

Media gelatin

2

Media Kosser sitrat

3

Kaldu laktosa (LB)

5

Kaldu nutrien (NB)

6

Media MR-VP

7

Media mo