Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda DNA Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data GenBank.

VARIASI GENETIK ROTAN BERDASARKAN PENANDA
DNA BARCODE matK, rbcL dan ITS PADA PANGKALAN
DATA GENBANK

MIRANTI ARUM PUTRI

DEPARTEMEN SILVIKULTUR
FAKULTAS KEHUTANAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Variasi Genetik Rotan
Berdasarkan Penanda DNA Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data
GenBank adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2015
Miranti Arum Putri
NIM E44100056

ABSTRAK
MIRANTI ARUM PUTRI. Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda DNA
Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data GenBank. Dibimbing oleh
ISKANDAR Z. SIREGAR.
Identifikasi jenis rotan biasa dilakukan dengan melihat karakteristik morfologi.
Seiring dengan berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, mulai diterapkan
ilmu biomolekuler sebagai alat pelengkap identifikasi jenis, salah satunya adalah
DNA barcoding. Pada tanaman kehutanan keduanya masih jarang diterapkan
sebagai komplementer karena keterbatasan data molekuler. Penelitian ini
bertujuan untuk menganalisis struktur genetik tanaman rotan berdasarkan tiga
penanda yang ada pada pangkalan data genetik (NCBI) yaitu matK, rbcL dan ITS.
Pengolahan data dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA dan DnaSP.
Dari hasil analisis diketahui bahwa penanda ITS memiliki sekuens yang lebih
panjang yaitu diatas 500 bp dan GC content (%) paling besar yaitu 63.1%.

Konstruksi filogenetik yang dilakukan belum menunjukkan penanda yang paling
akurat dalam mendiskriminasi spesies karena spesies yang berbeda masih
dikelompokkan dalam satu clade. Analisis variasi nukleotida dilakukan untuk
mengetahui lebih lanjut penanda yang mendekati akurat untuk membedakan
spesies. Secara keseluruhan belum dapat dipastikan penanda yang paling baik
untuk mendiskriminasi tanaman rotan.
Kata kunci: analisis molekuler, DNA Barcode, penanda genetik, rotan.

ABSTRACT
MIRANTI ARUM PUTRI. Genetic Variation of Rattan Based DNA Barcode
Marker matK, rbcL and ITS On Database GenBank. Supervised by ISKANDAR
Z. SIREGAR.
Species identification of rattan is usually done by assessing morphological
characteristics. Along with the development of science and technology,
biomolecular science began to be applied as a complementary tool identification,
one of which is DNA barcoding technique. In the forestry both are still rarely
applied as complementary to each other because of limited molecular data. This
study was aimed to analyze the genetic structure of various rattan by three DNA
Barcode markers that are available in the genetic database (NCBI), namely matK,
rbcL and ITS. Data processing was performed using software MEGA and DnaSP.

The results showed that markers of ITS have a longer sequence that is above 500
bp and higher GC content (%) 63.1% compared to the others. Constructed
phylogeny trees do not show the most accurate marker in discriminating species
because different species are still grouped into one clade. Nucleotide variation
analysis was conducted to determine more accurate marker based on genetic
variation approach to differentiate Calamus and non-Calamus. However,
uncertainty in discriminating species was still observed.
Keywords: DNA Barcode, genetic markers, moleculer analysis, rattan.

VARIASI GENETIK ROTAN BERDASARKAN PENANDA
DNA BARCODE matK, rbcL dan ITS PADA PANGKALAN
DATA GENBANK

MIRANTI ARUM PUTRI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Kehutanan
pada
Departemen Silvikultur

DEPARTEMEN SILVIKULTUR
FAKULTAS KEHUTANAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karuniaNya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam
penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Januari 2015 ini ialah DNA
BARCODING dengan judul Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda DNA
Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data GenBank.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Prof Dr Ir Iskandar Z. Siregar
MForSc selaku pembimbing. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan
kepada staff dan para peneliti di Laboratorium Silvikultur Bagian Genetika
Kehutanan yang telah memberi saran dan membantu dalam pelaksanaan penelitian
ini. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada angkatan Departemen
Silvikultur tahun 2010, teman-teman Fakultas Kehutanan 47, senior dan junior di
Fakultas Kehutanan atas dukungannya dan kepada ayah, ibu, seluruh keluarga dan
saudara Prehadi atas segala doa dan kasih sayangnya.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juli 2015
Miranti Arum Putri

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

PENDAHULUAN

1

Latar Belakang

1

Tujuan Penelitian

2

Manfaat Penelitian

2

METODE

3

Alat

3

Bahan

3

Prosedur Analisis Data

3

HASIL DAN PEMBAHASAN

4

Struktur Genetik

4

Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST

6

Hubungan filogenetik

6

Variasi nukleotida
SIMPULAN DAN SARAN

10
11

Simpulan

11

Saran

11

DAFTAR PUSTAKA

11

LAMPIRAN

13

RIWAYAT HIDUP

51

DAFTAR TABEL
1
2
3
4

Panjang sekuens basa (bp) pada ketiga penanda genetik
Persentase GC content (%) pada ketiga penanda genetik

Identifikasi efisiensi tiga penanda menggunakan BLAST
Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus pada ketiga
penanda

5
5
6
10

DAFTAR GAMBAR
1 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus matK
2 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus rbcL
3 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus ITS

7
8
9

DAFTAR LAMPIRAN
1 Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) rotan pada penanda

matK
13
2 Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) rotan pada penanda rbcL 26
3 Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) rotan pada penanda ITS 41

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Rotan termasuk ke dalam family Palmae yang tumbuh memanjat dan banyak
tersebar di beberapa daerah beriklim tropis sampai sub tropis seperti Afrika, India,
Srilanka, kaki pegunungan Himalaya, China bagian Selatan, Malaysia, Indonesia,
Pasifik bagian Barat sampai Fiji. Rotan yang ditemukan di seluruh dunia tersebut
digolongkan berdasarkan marga, saat ini terdapat 15 marga rotan.
Keanekaragaman jenis rotan di Indonesia sendiri mencapai sekitar 306 jenis
dimana terdapat 40 jenis rotan yang bernilai ekonomi penting. Beberapa jenis
rotan banyak dijumpai tumbuh liar di hutan Indonesia ataupun dibudidayakan oleh
manusia untuk kepentingan ekonomi (Dransfield dan Manokaran 1993). Rotan
yang umum dijumpai di Indonesia yaitu berasal dari marga Calamus, Calospatha,
Ceratolobus, Daemonorops, Korthalsia, Myrialepis, Plectocomia dan
Plectocomiopsis.
Identifikasi jenis rotan biasanya dilakukan dengan melihat karakteristik
morfologi berupa jumlah batang per rumpun, sistem perakaran, bentuk alat
pemanjat, bentuk perkembangan dari daun, bunga dan buah (Dransfield dan
Manokaran 1993). Terdapat kelemahan tersendiri dalam mengidentifikasi jenis
rotan melalui visual karakteristik morfologi yaitu diperlukan ahli taksonomi atau
sumberdaya manusia yang berpengalaman karena terdapat beberapa jenis rotan
yang memiliki karakteristik morfologi yang sama sehingga apabila identifikasi
dilakukan oleh pemula, hasil identifikasi cenderung subjektif. Seiring dengan
berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, mulai dikenal ilmu
biomolekuler untuk makhluk hidup, salah satunya yang banyak dikembangkan
adalah DNA barcoding. DNA Barcoding adalah penggunaan region DNA standar
berukuran pendek, sebagai penanda untuk identifikasi spesies yang cepat dan
akurat (Valentini 2009). Teknik DNA barcoding dapat mengidentifikasi dan
membedakan suatu organisme mulai tahap spesies hingga sub spesies.
Keunggulan teknik DNA barcoding yaitu dapat digunakan untuk identifikasi dan
karakterisasi berbagai spesies yang tidak dapat dibedakan secara morfologi
(Tudge 2000). Teknik DNA barcoding dapat digunakan utuk identifikasi suatu
organisme walaupun DNA dari organisme tersebut tidak dalam bentuk murni atau
utuh, bahkan DNA yang sudah mengalami degradasi dan proses pengolahan pun
dapat digunakan untuk analisis DNA barcoding (Hajibabaei et al. 2006).
Pengenalan berbagai tanaman dapat dilakukan dengan hanya mengambil sedikit
bagian saja dari tubuh tanaman, tanpa harus mengamati morfologinya. Cara ini
dianggap cukup sederhana karena tidak diperlukan banyak spesimen dari lapang,
akan tetapi dibutuhkan keterampilan pada saat melakukan analisis di laboratorium.
Analisis rotan secara genetik dilakukan dengan menggunakan penanda
molekuler. Penanda molekuler merupakan fragmen sekuen DNA yang
berhubungan dengan bagian genom pembawa gen yang bertanggung jawab
terhadap suatu karakter tertentu (Bagali et al 2010). Penanda molekuler bekerja
dengan cara memberi tanda pada bagian sekuen DNA yang mengalami
polimorfisme atau bentuk lain dari individu yang berlainan. Perbedaan tersebut
meliputi insersi, delesi, translokasi, duplikasi dan mutasi titik. Penanda molekuler

2
ini bersifat stabil, dapat terdeteksi pada semua jaringan tanpa dipengaruhi oleh
status pertumbuhan, diferensisai, perkembangan maupun sistem pertahanan sel
(Mondini et al 2009).
Menurut Yu et al (2011), kesulitan dalam memilih gen spesifik untuk
digunakan sebagai DNA barcoding tanaman disebabkan oleh ketidaksempurnaan
dari setiap gen pada tanaman, baik kloroplas, mitokondria atau inti genom. Gen
yang terdapat pada mitokondria tanaman perkembangannya lambat, sehingga
tidak efektif untuk membedakan antar spesies tanaman yang berbeda. CBOL
(Consortium Barcode of Life) dari kelompok kerja tanaman merekomendasikan
pemakaian gen pada kloroplast yaitu ribulosa-1, 5-bifosfat karboksilase
oksigenase subunit besar (rbcL) dan maturase K (matK) sebagai barcode standar
pada tanaman (CBOL 2009). Penanda genetik yang biasa digunakan peneliti
untuk tanaman adalah marka rbcL (ribulose 1,5-biphospate carboxylase large
subunit), matK (megakaryocyte-associated tyrosine kinase) dan ITS (internal
transcribed spacer).
Sejauh ini sudah tersedia database tanaman rotan yang terdapat di GenBank,
khususnya penanda rbcL, matK maupun ITS yang berfungsi sebagai DNA
Barcode. Walaupun demikian masih terdapat masalah dari ketiga penanda
tersebut yaitu belum diketahui jenis penanda yang paling baik dan tepat untuk
mendiskrimasi suatu spesies.
Penelitian ini mencakup kegiatan koleksi dan pengolahan seluruh data genetik
rotan yang ada pada GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Data genetik
tersebut akan diolah untuk mendapatkan suatu pohon filogeni berdasarkan
masing-masing penanda sehingga dapat dilakukan analisis penanda yang baik
untuk mendiskriminasi spesies.

Tujuan Penelitian
1.
2.

Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk:
Mengeksplorasi ketersediaan DNA Barcode (matK, rbcL dan ITS) untuk tanaman
rotan pada pangkalan data GenBank.
Menganalisis variasi genetik berdasarkan ragam parameter pada masing-masing
penanda tersebut untuk diskriminasi spesies.

Manfaat Penelitian
1.
2.

Manfaat dilakukannya penelitian ini adalah:
Memberikan informasi tentang ketersediaan data sekuens rotan yang terdapat pada
pangkalan data GenBank.
Memberikan informasi mengenai penanda yang baik untuk diskriminasi spesies
rotan.

3

METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian dilakukan pada Bulan Januari-April 2015. Analisis dan
pengolahan data dilakukan di Laboratorium Silvikultur, Bagian Genetika Hutan,
Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan, Institut Pertanian Bogor.

Alat
Alat yang digunakan dalam penelitian ini berupa perangkat lunak MEGA
(Molecular Evolutionary Genetic Analysis) 6.0 dan DnaSP (DNA Sequence
Polymorphism) (Tamura et al. 2011).

Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini berupa koleksi data genetik
rotan (matK, rbcL dan ITS) yang berada pada pangkalan data GenBank
Internasional (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Data yang diambil adalah data rotan
dari genus Calamus, Ceratolobus, Daemonorops, Korthalsia, Myrialepis dan
Plectocomia. Data sekuens masing-masing penanda terlampir pada Lampiran 1, 2
dan 3.

Prosedur Analisis Data
Struktur Genetik
Analisis dilakukan pada data tanaman rotan yang didapatkan dari database
GenBank. Data yang digali (data mining) merupakan data hasil DNA barcoding
tiga penanda genetik yang dapat digunakan pada tanaman yaitu matK, rbcL dan
ITS. Data yang didapatkan diolah menggunakan program MEGA (Molecular
Evolutionary Genetic Analysis) 6.0. Program MEGA memiliki tools yang mampu
bekerja dalam pembacaan urutan DNA, analisis statistik DNA baik urutan basa
nukleotida atau protein dan penjajaran urutan satu sampel dengan sampel lainnya
menggunakan ClustalW (Kumar et al. 2008).
Terlebih dahulu dilakukan alignment atau penyejajaran seluruh sekuens
basa untuk dapat memudahkan dilakukan trim atau pemotongan basa yang tidak
diperlukan. Kemudian sekuens basa dianalisis panjang basa (bp) dan juga
komposisi nukleotidanya menggunakan tools > analysis models > compute
nucleotide composition pada perangkat lunak MEGA 6.0.

4
Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST
Identifikasi efisiensi penanda dilakukan untuk mengetahui keakuratan
suatu penanda dalam membedakan spesies. Analisis ini dilakukan dengan
menggunakan tools yang terdapat pada pangkalan data NCBI (National Center for
Biodtechnology Information) yaitu BLAST (Basic Local Alignment Search Tools)
dengan memasukkan data sekuens setiap spesies ke dalam kolom yang terdapat
pada laman web BLAST yang kemudian akan terverifikasi persen kekerabatan
suatu spesies.
Hubungan filogenetik
Rekonstruksi filogenetik mampu menganalisa jarak gen melalui variasi
DNA dengan metode Neighbor Joining Tree yang mampu memperhitungkan
jarak kedekatan yang ditunjukkan dengan nilai bootstrap (Ward et al. 2008).
Analisis dilakukan menggunakan program MEGA 6.0 dengan menggunakan tools
> analysis phylogeny > construct/test Neighbor Joining Tree(s).
Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus
Analisis ini dilakukan untuk mengetahui keragaman pada masing-masing
penanda agar dapat diketahui penanda yang baik untuk diskriminasi spesies.
Program yang digunakan adalah DnaSP 5 (DNA Sequence Polymorphism).

HASIL DAN PEMBAHASAN
Struktur Genetik
Hasil analisis data genetik penanda molekuler matK, rbcL dan ITS pada
database GenBank, didapatkan sebanyak 43 spesies dari 89 individu pada lokus
matK, 50 spesies dari 95 individu pada lokus rbcL dan 24 spesies dari 58 individu
pada lokus ITS. Sekuens basa tiap individu kemudian dikelompokkan berdasarkan
spesies terlebih dahulu, kemudian dikelompokkan lagi berdasarkan masingmasing genus untuk memudahkan analisis pada software. Data tersebut diolah
menggunakan aplikasi perangkat lunak MEGA (Molecular Evolutionary Genetic
Analysis) 6.0, dengan terlebih dahulu dilakukan alignment untuk menyejajarkan
urutan basa semua individu dan untuk memudahkan dilakukan trim yaitu
pemotongan atau penghapusan basa.
Proses alignment dan trim menghasilkan urutan rantai basa nukleotida ratarata pada lokus matK sebesar 501.2 bp, 512.9 bp pada lokus RbcL dan 679.2 bp
pada lokus ITS. Data panjang sekuens basa yang didapat dari hasil pengolahan
program MEGA 6.0 kemudian dibuat ke dalam Microsoft excel dan dibuat tabel.
Data panjang sekuens basa ketiga penanda disajikan pada Tabel 1.

5
Tabel 1 Panjang sekuens basa (bp) pada ketiga penanda genetik
matK
rbcL
No.
Genus
n
bp
n
bp
1
Calamus
82
462.1
84
507.8
2
Ceratolobus
1
496.0
1
514.0
3
Daemonorops
0
1
514.0
4
Korthalsia
1
523.0
2
514.0
5
Myrialepis
0
1
514.0
6
Plectocomia
4
523.0
5
514.0
Rata-rata
14.7
501.2
15.7
512.9

ITS
n
20
2
16
11
2
6
9.5

bp
690.6
751.0
598.2
668.3
696.0
671.2
679.2

Keterangan: n = jumlah sekuens
bp= base pair atau jumlah pasang basa

Tabel 1 menunjukkan pada penanda matK tidak terdapat data genus
Daemonorops dan Myrialepis. Penanda matK memiliki rata-rata panjang sekuens
lebih kecil dibanding kedua penanda lainnya. Panjang basa pada rbcL keseluruhan
tidak berbeda secara signifikan, ini disebabkan pada masing-masing genus hanya
terdapat satu sekuens individu sehingga rata-rata sekuens genus sama dengan
panjang sekuens individu tersebut. Penanda ITS memiliki rata-rata panjang
sekuens basa paling besar diantara penanda lainnya yaitu di atas 500 bp. Panjang
sekuens ini berkorelasi dengan komposisi basa nukleotida pada sekuens basa.
GC content atau komposisi basa guanine (G) dan cytocyn (C) berpengaruh
terhadap sekuens basa. Ikatan pada basa G+C lebih kuat dibanding ikatan pada
basa A+T (adenine+thymyn). Ikatan pada basa GC adalah tiga ikatan hidrogen
sedangkan pada AT adalah dua ikatan hidrogen, sehingga kemungkinan terjadinya
pelepasan basa pada GC lebih kecil dibanding pada AT karena ikatannya lebih
kuat. Semakin banyak persentase GC content maka sekuens basa semakin panjang
karena kemungkinan terjadinya stop kodon yang menyebabkan translasi basa
terhenti pun semakin kecil (Oliver 1996). Persentase GC content pada ketiga
penanda ditampilkan pada Tabel 2.
Tabel 2 Persentase GC content (%) pada ketiga penanda genetik
GC Content (%)
No.
Genus
Rata-rata
matK
rbcL
ITS
40.8
1
Calamus
35.8
43.9
42.7
54.6
2
Ceratolobus
64.3
43.7
55.8
58.0
3
Daemonorops
43.7
72.3
59.8
4
Korthalsia
65.0
43.9
70.5
54.3
5
Myrialepis
43.9
64.7
58.2
6
Plectocomia
64.6
43.9
66.1
Rata-rata

58.6

43.9

63.1

6
Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST
Keakuratan identifikasi spesies dapat diketahui salah satunya dengan
metode BLAST (Basic Local Alignment Search Tools). Data sekuens basa yang
didapat kemudian diinput ke dalam toolbox pada laman web BLAST dan akhirnya
akan muncul spesies yang memiliki kekerabatan dengan spesies yang dimaksud.
Data kekerabatan masing-masing genus dihasilkan dalam bentuk presentase.
Semakin tinggi presentasenya atau mendekati 100% maka kekerabatannya
semakin dekat, sedangkan semakin rendah presentasenya berarti kekerabatan
semakin jauh atau berbeda sama sekali. Data hasil BLAST ketiga penanda
disajikan pada Tabel 3.
Tabel 3 Identifikasi efisiensi tiga penanda menggunakan BLAST
Ketepatan Identifikasi (%)
Tingkatan
Nama
taksa
matK
rbcL
Calamus
Spesies
91.8
83.6
Genus
99.9
91.7
Ceratolobus
Spesies
100
100
Genus
100
100
Daemonorops
Spesies
100
Genus
100
Korthalsia
Spesies
100
97.7
Genus
100
98.4
Myrialepis
Spesies
100
Genus
100
Plectocomia
Spesies
98.7
88.6
Genus
100
97.7

ITS
79.7
84.6
99
99
91.7
96.6
96.2
99.3
100
100
92.6
98.7

Tabel 3 menunjukkan tingkat keakuratan masing-masing penanda matK,
rbcL dan ITS dalam membedakan spesies. Penanda ITS terlihat memiliki hasil
yang bervariasi untuk masing-masing genus sedangkan pada penanda matK dan
rbcL tingkat keakuratan hampir 100%. Data yang didapat pada penanda matK dan
rbcL belum dapat dikatakan akurat sepenuhnya karena ketika melakukan BLAST
banyak individu yang kekerabatannya 100% meskipun tertulis spesies yang
berbeda, ini disebabkan kemungkinan terjadinya kesalahan pada saat identifikasi
morfologi sehingga data spesies yang diinput kurang tepat. Selain itu karena
jumlah spesies pada ITS lebih bervariasi dibanding matK dan rbcL menyebabkan
nilai rata-rata keakuratan penanda pun bervariasi.
Hubungan Filogenetik
Analisis filogeni hasil penjajaran urutan nukleotida dilakukan dengan
menggunakan metode Kimura-2-parameter yaitu metode yang menggunakan
parameter transisi dan transversi untuk menghitung persentase besarnya
perbedaan jarak genetik antar sampel (Nei dan Kumar 2000). Metode yang

7
digunakan adalah Neighbor Joining (NJ) dengan nilai bootstrap sebesar 1000x
karena metode ini efektif untuk melakukan perhitungan tingkat kesamaan dalam
identifikasi spesies melalui kekerabatan (Ward et al. 2008).

Gambar 1 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus matK
Gambar 1 menggambarkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus
matK. Sekuens atau urutan basa dapat diketahui spesiesnya melalui percabangan
yang membentuk kelompok atau clade. Terdapat nilai bootstrap skala 1-100%
untuk mengetahui tingkat akurasi percabangan filogeni. Semakin tinggi nilai
bootstrap maka tingkat akurasi dan ketetapan posisi percabangan pohon filogeni
semakin tinggi.
Spesies outgroup diperlukan dalam konstruksi filogeni sebagai pembanding
dalam menentukan spesies. Spesies outgroup diperoleh dari GenBank dengan
taksa yang tidak terlalu jauh atau terlalu dekat. Pembanding ditujukan agar
filogenetik yang terbentuk jelas dan kuat untuk mengklasifikasikan suatu
kekerabatan antar individu dan spesies.

8
Gambar 1 menggambarkan hasil terbentuknya 29 kelompok besar atau clade
pada rotan berdasarakan lokus matK serta 1 clade dari spesies outgroup yang
diambil dari genus Bambusa. Akan tetapi dari konstruksi filogeni yang terlihat,
matK belum bisa membedakan spesies yang berbeda dengan baik, terbukti dengan
banyaknya spesies yang berbeda yang dikelompokkan menjadi satu clade.
Contohnya pada clade berwarna biru di kanan atas, Calamus aruensis, C. erectus,
C. hookerianus, C. rhabdocladus, C. tetradactylus dan C. yunnanensis berada
dalam satu clade meskipun semuanya merupakan spesies yang berbeda.

Gambar 2 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus rbcL
Gambar 2 menggambarkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus
rbcL. Konstruksi filogenetik yang terbentuk menghasilkan 12 clade rotan serta 1
spesies outgroup. Seperti pada penanda matK, pada penanda rbcL pun masih
terdapat beberapa spesies yang dianggap mirip dengan spesies yang lainnya. Hal
ini ditunjukkan dari clade berwarna coklat di bagian kanan, dimana Calamus
guruba, C. henryanus, C. karinensis, C. erectus, C. rhabdocladus, C. brandisii, C.
hookerianus, C. khasianus, C. moti, C. peregrinus, C. baratangensis, C.
stoloniferus, C. travancoricus, C. tenuis, C. karnatakensis, Korthalsia debilis,

9
Myrialepis paradoxa, Plectocomia himalayana dan Plectocomia elongate
dikelompokkan menjadi satu clade. Penanda rbcL pun belum dapat
mendiskriminasi spesies dengan baik.

Gambar 3 Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus ITS
Gambar 3 menunjukkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus ITS.
Terbentuk 11 clade rotan dan 1 spesies outgroup. Seperti kedua penanda lainnya,
pada penanda ITS pun masih ada spesies berbeda yang dikelompokkan ke dalam
satu clade. Daemonorops manii, D. rarispinosa, D. kurziana, D. jenkinsiana, D.
aurea dikelompokkan ke dalam satu clade berwarna coklat bagian bawah pada
Gambar 3.
Ketiga gambar tersebut menunjukkan penanda yang digunakan masih
belum cukup akurat dalam membedakan jenis karena spesies yang berbeda masih
dikelompokkan menjadi satu clade yang berarti tidak ada perbedaan genetik antar
spesies tersebut. Kemungkinan lainnya adalah adanya kesalahan pada saat

10
identifikasi secara morfologi masing-masing spesies sehingga kemungkinan
spesies yang sebenarnya adalah sama dianggap spesies yang berbeda.
Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus pada ketiga penanda
Variasi nukleotida dianalisis untuk mengetahui akurasi penanda dalam
membedakan spesies dengan melihat perubahan struktur genetik yang terjadi pada
sekuens. Parameter yang dapat dianalisis untuk mengetahui variasi nukleotida
diantaranya adalah jumlah site yang tersegregasi (S), jumlah insersi-delesi (indel),
jumlah haplotype (H), haplotype diversity (Hd) dan nucleotide diversity (π).
Analisis ini dilakukan dengan menggunakan software DnaSP 5 (Librado dan
Rozas 2009). Hasil analisis disajikan pada Tabel 4 untuk jenis Calamus dan Non
Calamus.
Tabel 4 Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus pada ketiga penanda
Lokus

Spesies

L/Ls (bp)

n

S

Indel

H

Hd

πt

πs

πa

Calamus
Non
Calamus
Calamus
Non
Calamus

462.1 / 343

82

23

2.6

18

0.733

0.00308

0.00307

0.00308

514 / 422

6

13

3

4

0.800

0.00869

0.01067

0.01071

507.8 / 435

84

11

2.5

12

0.813

0.00273

0.00273

0.00273

514 / 437

10

9

1.6

5

0.756

0.00404

0.00405

0.00405

cpDNA
matK

rbcL

nDNA
690.6 /
20 323 0.4
7 0.76316 0.14815 0.16505 0.14815
573.2
Non
676.94 /
37 348 10.1 12 0.79429 0.55069 0.99389 0.55069
Calamus
581.1
Keterangan: L/LS= panjang sekuens dengan gaps/jumlah silent site tanpa gaps; N= jumlah
sekuens;S= jumlah segregating site; Indel= jumlah terjadinya insersi-delesi; H=
jumlah haplotype; Hd= haplotype diversity; πt= beda jumlah nukleotida per total site
dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969) ; πs= beda jumlah nukleotida per silent
site dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969); πa= beda jumlah nukleotida per
nonsynonymous site dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969).
ITS

Calamus

Tabel 4 menunjukkan bahwa pada ketiga penanda terjadi segregasi dan
ditemukan indel. Segregasi yang terbesar ditemukan pada penanda lokus ITS
sebesar 323 pada genus Calamus dan 348 pada Non Calamus. Nilai nucleotide
diversity atau keragaman nukleotida yang disimbolkan dengan πt terbesar
ditemukan juga pada lokus ITS yaitu 0.14815 untuk genus Calamus dan 0,55069
untuk genus Non Calamus. Sedangkan pada penanda matK dan rbcL nilai πt
kurang dari 0,1 yang berarti penanda tersebut menganggap kekerabatan antar
spesies dekat atau mirip. Baik atau tidaknya penanda dapat dilihat dari nilai
terjadinya indel (insersi-delesi), karena nilai indel menunjukkan ada atau tidaknya
mutasi yang terjadi pada basa. Nilai indel yang terkecil adalah 0,4 dan terbesar
adalah 10,1, keduanya ditemukan pada lokus ITS. Ini menunjukkan bahwa
penanda ITS mampu membedakan spesies lebih baik dibanding kedua penanda
lainnya karena nilai indelnya kecil dalam satu genus Calamus, sedangkan nilai
indel yang besar pada genus Non Calamus disebabkan karena dalam kelompok

11
tersebut terdapat berbagai macam spesies yang berasal dari genus berbeda. Data
tersebut diatas menunjukkan bahwa penanda ITS memiliki potensi untuk
mendiskriminasi spesies lebih baik dibanding kedua penanda lainnya.
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Data GenBank berupa sekuens dari 6 genus tanaman rotan menunjukkan
lokus ITS memiliki sekuens yang lebih banyak dan lebih panjang dibanding lokus
matK dan rbcL. Panjang sekuens dari yang terpanjang hingga terpendek berturutturut adalah 679.2 bp pada ITS, 512.9 bp pada rbcL dan 501.2 bp pada matK.
Nilai persentase GC content dari mulai terbesar hingga terkecil adalah 63.1% pada
ITS, 58.6% pada matK dan 43.9% pada rbcL. Berdasarkan hasil pohon
filogenetik, ketiga penanda masih belum akurat dalam membedakan spesies
karena spesies yang berbeda masih dikelompokkan ke dalam satu clade. Dari hasil
analisis variasi nukleotida diketahui bahwa penanda ITS merupakan penanda yang
memperlihatkan parameter genetik yang lebih bervariasi dibanding kedua penanda
lainnya.
Saran
Dari ketiga penanda genetik tersebut masih belum dapat dipastikan yang
paling baik untuk membedakan spesies, maka dari itu perlu eksplorasi lebih lanjut
terhadap ketiga penanda tersebut. Data yang terdapat pada GenBank kurang
bervariasi, hanya terpusat pada beberapa spesies saja. Penelitian lebih lanjut
terhadap rotan yang terdapat di Indonesia dapat dilakukan agar database pada
GenBank lebih bervariasi dan bisa dijadikan referensi selanjutnya.
DAFTAR PUSTAKA
Bagali PG, Prabhu PDAH, Raghaedra K, Hittalmani S, Vadivelu JS. 2010.
Application of Molecular Markers in Plant Tissue Culture. Asia-Pacific
Journal of Molecular Biology and Biotechnology 18 (1): 85-87.
CBOL-Plant Working Group. 2009. A DNA barcode for land plants. Proc Natl
Acad Sci USA. 106: 12794-12797.
Dransfield J, Manokaran N. 1993. Plant resources of South-East Asia 6: Rattans.
Wageningen, the Netherlands, Pudoc.
Hajibabaei M et al. 2006. A minimalist barcode can identify a specimen whose
DNA is degraded. J Compilation Blackwell Publishing. 6: 959-964.
Jukes TH, Cantor CR. 1969. Evolution of protein molecules In: Munro HN (ed)
Mammalian protein metabolism. Academic Press, New York, pp 21-132.
Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K. 2008. MEGA: a biologistcentrisc software
for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Brief Bioinform.
9:299-306.
Librado P, Rozas J. 2009. DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of
DNA Polymorphism data. Bioinformatics 25:1451-1452.

12
Mondini L, Noorani A, Pagnotta MA. 2009. Review: Assessing Plant Genetic
Diversity by Molecular Tools. Diversity 1:19-35. DOI :
10.3390/d1010019.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York:
Oxford University Press.
Oliver JL, Marin A. 1996. A Relationship Between GC Content and CodingSequence Length. J Mol Evol 43:216-223.
Tamura K., Nei M., and Kumar S. 2004. Prospects for inferring very large
phylogenies by using the neighbor-joining method. Proceedings of the
National Academy of Sciences (USA) 101:11030-11035.
Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5:
Molecular Evolutionary Genetics Analysis using maximum likelihood,
Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods. Mol Biol
Evol.24:1596-1599.
Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. 2013. MEGA6:
Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology
and Evolution30: 2725-2729.
Tudge C. 2000. The Variety Of Life. New York: Oxford University Press.
Valentini A, Pompanon F, Taberlet P. 2009. DNA Barcoding for Ecologists.
Trends in Ecology and Evolution (24)2:110-117.
Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR. 2008. DNA barcoding Australasian
chondrichtyans: results and possible use in conservation. Mar. Freshwater
Res. 59, 57-71.
Yu J, Xue JH, Zhou SL. 2011. New universal matK primer for dna barcoding
angiosperms. Journal of Systematics and Evolution. 49 (3): 176-181.

13
Lampiran 1 Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) rotan pada penanda
matK
#Calamus yunnanensis var. intermedius gi406827892
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis var. intermedius gi406827890
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis var. intermedius gi406827888
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis var. densiflorus gi406827896
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis var. densiflorus gi406827894
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis gi406827870
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

14
#Calamus yunnanensis gi406827868
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis gi406827866
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis gi406827864
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus yunnanensis gi406827862
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus viminalis var. fasciculatus gi406827910
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus viminalis var. fasciculatus gi406827912
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus viminalis var. fasciculatus gi406827908
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA

15
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus viminalis gi619326562 Cambodia
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus viminalis gi402770127
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus viminalis gi386430650
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATTCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCAGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus vattayila gi402705015
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTTATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus unifarius gi402770129
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus travancoricus gi402705025
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTAAATTTCTGGCAATATCATTTTAACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA

16
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus thwaitesii gi402704993
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus tetradactylus gi619328393 Cambodia
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus tetradactylus gi619326548 Cambodia
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus tetradactylus gi402770133
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGAGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus tenuis gi402705023
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus stoloniferus gi402705013
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

17
#Calamus sp. KYUM-2014 gi619328502 Cambodia
CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC
#Calamus sp. KYUM-2014 gi619326504 Cambodia
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus salicifolius gi619326159 Cambodia
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus rotang gi402704991
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus rhabdocladus gi406827832
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus rhabdocladus gi406827830
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus rhabdocladus gi406827828
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT

18
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus platyacanthus var. longicarpus gi406827836
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus platyacanthus var. longicarpus gi406827834
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus peregrinus gi402770151
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGTATCCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATAATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus palustris gi402705011
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGGCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827880
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827878
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

19
#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827876
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827874
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827872
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. menglongensis gi406827886
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. menglongensis gi406827884
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. menglongensis gi406827882
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#Calamus nambariensis var. alpinus gi406827848
CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT
TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA
ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT

20
ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA
AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA
TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC
ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC
#C