Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

KEMiRlPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM
DARl KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
I

OLEH :
SIT1 IFADATIN

PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2002

ABSTRACT
SIT1 IFADATIN. Genetic Similarity of Six Tall Coconut Populations from West
Kalimantan Based on RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Under the
supervision of ALEX HARTANA and SUHARSONO
The objectives of this research were to study genetic similarity of six tall
coconut populations from West Kalimantan [Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam
Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam
Parit Baru (DPB), and Dalam Peniti (DPT)] that were planted ex situ at IPPTP
Selakau. Number of plants analyzed from each population was 10 and their leaf

DNA's were amplified using ten random decamer primer (selected from 27
random decamer primer) in PCR therrned cycler machine. A total of 103 RAPD
bands were recorded, and 84 (81%) of them were polymorphic. Unweighted
Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) was applied to RAPD binary data using
Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 computer
program. Average genetic similarity within coconut population ranged from 8487%. and among population ranged from 73-84%. Based on 80% genetic
similarity six tall coconut population grouped in three clusters (DSD and DSR,
DPL and DPM, and DPB and DPT) and became one cluster at 77% genetic
similarity. The Principal Component Analysis using covariance matrix of RAPD
binary data had identified two significant principal components (PCs) and
explained 28% of variability data. Those 2 PCs identified 26 RAPD markers that
separated those tall coconut populations into three clusters. OPC-OH9 could be
used to distinguish DSD and DSR coconut populations from other populations.

Key words : genetic similarity, tall coconut, RAPD

ABSTRAK
SIT1 IFADATIN. Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic
DNA). Di bawah bimbingan ALEX HARTANA dan SUHARSONO

Analisis kemiripan genetik telah dilakukan pada enam populasi kelapa
Dalam dari Kalimantan Barat yaitu kelapa Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam
Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam
Parit Baru (DPB), dan Dalam Peniti (DPT) yang ditanam secara ex situ di IPPTP
Selakau. Setiap populasi tanaman kelapa yang dianalisis diwakili oleh 10 pohon
dan diamplifikasi menggunakan 10 primer yang diseleksi dari 27 primer acak.
Total pita DNA yang dihasilkan sebanyak 103 dan 84 (81%) diantaranya
merupakan pita polimorfik. Jumlah pita berkisar antara 5 dan 15 pita per primer
dan berukuran 350-3500 pasang basa (pb). Berdasarkan analisis data biner dari
pita RAPD dihitung nilai kemiripan genetik untuk membuat analisis
pengelompokan dengan metode UPGMA (Unweighted Pair-Group Method
Arithmetic) melalui program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate
System) versi 1.8. Rata-rata kemiripan genetik di dalam populasi berkisar antara
84-87% sedangkan rata-rata kemiripan genetik antar populasi berkisar antara 7384%. Kemiripan genetik antar populasi kelapa yang daerah asalnya berdekatan
tidak selalu lebih tinggi dibandingkan dengan antar populasi kelapa yang daerah
asalnya bejauhan. Keenam populasi kelapa Dalam menjadi satu kelompok
pada tingkat kemiripan 77% dan pada tingkat kemiripan 80% mengelompok ke
dalam tiga kelompok populasi yaitu kelompok populasi DSD dan DSR, kelompok
populasi DPL dan DPM, dan kelompok populasi DPB dan DPT. Analisis
komponen utama yang diturunkan dari matriks peragam (covariance matrix)

menghasilkan dua komponen utama (KU) yang menerangkan keragaman data
asal sebesar 28%. Kedua KU tersebut mengidentifikasi 26 pita RAPD yang
berperan dalam mengelompokkan keenam populasi kelapa Dalam menjadi tiga
kelompok populasi. Pita OPC-05#9 kemungkinan dapat digunakan untuk
membedakan kelompok populasi DSD dan DSR dari empat populasi lainnya.

Kata kunci : kemiripan genetik, kelapa Dalam, RAPD

SURATPERNYATAAN

Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis yang berjudul :
"KEMIRIPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM DARl
KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA RAPD (Random

Amplified Polymorphic DNA)"
adalah benar merupakan hasil karya saya sendiri. Semua sumber data dan
informasi yang digunakan telah dinyatakan dengan jelas dan dapat diperiksa
kebenarannya.

Bogor, April 2002

Siti lfadatin
NRP : 98267

KEMlRlPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM
DARl KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

SIT1 IFADATIN

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains pada
Program Studi Biologi

PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2002

Judul Tesis

: Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam
dari Kalimantan Barat Berdasarkan Penanda RAPD

(Random Amplified Polymorphic DNA)
Nama Mahasiswa

: Siti lfadatin

NRP

: 98267

Program Studi

: Biologi

Menyetujui,
1. Komisi Pembimbing

Dr. Ir. Alex Hartana. M ~ C
Ketua

Mengetahui,

2. Ketua Program Studi Biologi

fl;7v5
Dr. Ir. Dedv Durvadi Solihin

Tanggal Lulus : 25 April 2002

Dr. Ir. Suharsono, DEA
Anggota

Penulis dilahirkan di Keburnen, Jawa Tengah pada tanggal 27 Maret 1971
sebagai anak kedua dari tiga bersaudara, anak dari Bapak H. Muhammad Badri
dan lbu Surtinah.
Penulis rnenyelesaikan Sekolah Dasar tahun 1984, Sekolah Menengah
Pertarna tahun 1987, dan Sekolah Menengah Atas tahun 1990 di Keburnen.

Pada tahun 1998 penulis rnernperoleh gelar Sajana Sains dari Fakultas Biologi
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Penulis diterirna sebagai calon staf pengajar di Universitas Tanjungpura,
Pontianak pada tahun 1998 dan rnendapat kesernpatan untuk rnelanjutkan
pendidikan Pascasarjana di lnstitut Pertanian Bogor pada Program Studi Biologi
dengan biaya dari Proyek Pengembangan S1, Development Undergraduate
Education (DUE) Project. Pada tahun 2000 penulis diangkat sebagai staf
pengajar tetap di FKlP Universitas Tanjungpura.

PRAKATA

Puji syukur ke hadirat Allah SWT atas rahmat dan hidayah-Nya sehingga
penulis dapat menyelesaikan tesis ini.
Terima kasih yang tulus penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Ir. Alex
Hartana, MSc dan Bapak Dr. Ir. Suharsono, DEA atas segala bimbingan dan
saran yang diberikan dari mulai penelitian hingga selesainya penulisan tesis ini.
Kepada Direktur Perguruan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional
melalui Proyek Hibah Tim Penelitian Pascasarjana URGE No. 38lADDllURGE11997 a.n. Dr. Ir. Alex Hartana, MSc dengan judul Molecular Genetic
Analysis of Indonesian Coconut Germplasm for Crop Improvement in Breeding
Program, penulis mengucapkan terima kasih atas dana penelitian yang

diberikan.
Ucapan yang sama disampaikan kepada Proyek Pendidikan
Pascasarjana DUE 1111998 atas dana beasiswa yang diberikan.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada IPPTP Selakau, Bapak Oscar
Roboth, Bapak Ali Mohtar, dan Bapak Pijar yang telah membantu dalam
penyediaan sampel daun kelapa untuk penelitian ini. Ucapan yang sama penulis
sampaikan kepada Direktur Pusat Studi llmu Hayati IPB atas kemudahan
penggunaan fasilitas laboratorium.
Kepada Bapak Semuel, Pak Edy, Bu Dona, Pak Mar, Pak Ikhsan, Mbak
Lenda, Mbak Wati, Hayati, lin, Hanum, Ninik, dan Bapak Sutiyo penulis ucapkan
terima kasih atas bantuan dan kerjasama yang baik selama penelitian.
Terima kasih yang tulus penulis sampaikan kepada lbu, Bapak, Mas
Arbani, adikku Anis dan Fenti, atas segala doa, kasih sayang, dan dukungan
yang diberikan hingga penulis dapat menyelesaikan studi.
Akhirnya penulis berharap semoga tulisan ini dapat memberikan informasi
yang bermanfaat.

Bogor, April 2002
Siti lfadatin

DAFTAR IS1

Halaman
DAFTAR TABEL..........................................................................................
vi
DAFTAR GAMBAR......................................................................................

vii

DAFTAR LAMPIRAN...................................................................................

viii

PENDAHULUAN..........................................................................................
Latar Belakang
. . .....................................................................................
.................................................................................
Tujuan Penelit~an

1

1
3

TINJAUAN PUSTAKA..................................................................................
Botani dan Penyebaran Kelapa...........................................................
Plasma Nutfah Kelapa Indonesia.........................................................
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).....................................

4
4
6

BAHAN DAN METODE.............................................................................
Tempat dan Waktu
Penelitian..............................................................
..
..................................................................................
Bahan Penelit~an
lsolasi DNA Total Tanaman.................................................................
Random Amolified Polvmon~hicDNA (RAPD).....................................

Analisis Data........................................................................................

13
13
13
13
14
15

HASlL DAN PEMBAHASAN........................................................................
Profil Pita RAPD...............................................................................
Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan
Barat.....................................................................................................
Analisis Pita RAPD yang Berperan dalam Pengelompokan Enam
Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat....................................

17
17

KESIMPUIAN.......................................................................................

34

DAFTAR PUSTAKA.....................................................................................

35

IAMPIRAN.................................................................................................

38

~~

~

9

20
26

DAFTAR TABEL

Nomor
1.

2.
3.

Halaman

Jenis primer, susunan basa, dan jumlah pita RAPD enam populasi
kelapa Dalam dari Kalimantan Barat hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak.............................................................................................

18

Rata-rata kemiripan genetik di dalam dan antar populasi kelapa DSD,
DSR, DPL, DPM, DPB, dan DPT............................................................

20

Persen kehadiran pita RAPD pada 26 pita dengan nilai mutlak
komponen utama terbesar ...............................................................

28

DAFTAR GAMBAR

Nomor

Halaman

1.

Prinsip amplifikasi fragmen DNA pada mesin PCR................................

11

2.

Profil pita RAPD hasil amplifikasi DNA kelapa populasi DSD. DSR.
DPL, DPM, DPB, dan DPT menggunakan primer acak OPA-20............

19

Sketsa peta lokasi asal pengambilan 6 populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau.........

21

Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan koefisien Dice........................................

23

5.

Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DSD dan DSR...............

24

6.

Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPL dan DPM................

25

7.

Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPB dan DPT................

26

8.

Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan 103 karakter pita RAPD........................

27

Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan karakter 26 pita RAPD..........................

29

10. Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan 26 karakter pita RAPD..........................

32

3.
4.

9.

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor
1.

Halaman

Jenis primer
. dan
. pita DNA hasil amplifikasi yang digunakan dalam
menyeleksi primer..................................................................................

39

2.

Matriks kemiripan genetik populasi kelapa DSD, DSR, DPL, DPM.
DPB, dan DPT......................................................................................... 40

3.

Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DSD dan DSR..................................

41

Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DPL dan DPM................................

42

Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DPB dan DPT...................................

43

4.

5.

6. Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak dan persentase kehadiran pita pada populasi kelapa
DSD, DSR, DPL, DPM, DPB, dan DPT................................................

44

PENDAHULUAN

Latar belakang
Program perbaikan genetik tanarnan sangat bergantung pada sumber
keanekaragaman

genetika.

lndonesia

merupakan

salah

satu

pusat

keanekaragaman kelapa. Areal pertanaman kelapa di lndonesia meliputi lebih
dari 3 juta ha. Kelapa di lndonesia tumbuh dan dibudidayakan di sepanjang
kepulauan dari pinggir pantai sampai ke pedalaman dengan pedoklimat
beragam.
Sebagai salah satu pusat keanekaragaman kelapa, lndonesia memiliki
sejumlah kelapa lokal yang dapat dikembangkan untuk merakit kelapa unggul.
Kelapa hibrida lokal diharapkan lebih toleran terhadap berbagai lingkungan
tumbuh seperti tanah kering iklim basah, tanah kering iklirn kering, rawa pasang
surut, dan tanah asam. Oleh karena itu program eksplorasi dan koleksi kelapa
berpotensi yang tersebar di berbagai daerah di lndonesia sangat diperlukan.
Suwei plasma nutfah kelapa di lndonesia yang dilakukan oleh Balai
Penelitian Kelapa dan Palma Lain (BALITKA) telah mengoleksi sebanyak 113
populasi kelapa tipe Genjah dan Dalam dari 11 provinsi. Kelapa hasil koleksi ini
ditanam di lima Kebun Percobaan yaitu Kebun lnstalasi Penelitian (KIP)
Mapanget, KIP Pakuwon, KIP Bone-bone, lnstalasi Penelitian dan Pengkajian
Teknologi Pertanian (IPPTP) Makariki dan IPPTP Selakau (Novarianto, 1994).
Tujuan utama dari koleksi kelapa selain sebagai upaya pelestarian plasma nutfah
kelapa juga untuk mempelajari sifat dari setiap populasi kelapa yang selanjutnya
dapat diseleksi berdasarkan sifat yang diinginkan untuk perakitan kelapa hibrida.
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat telah dikoleksi dan ditanam sejak
tahun 1991 di IPPTP Selakau, Kabupaten Sambas yang meliputi 7 populasi

kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam lokal
dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi nama sesuai dengan daerah asalnya
yaitu Dalam Pelimpaan (DPL). Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Sungai Daun
(DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan Dalam Sungai
Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman (DPM) dan Dalam
Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak.

Kelapa Dalam yang dikoleksi ini

rnempunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari populasi kelapa
yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut dan relatif
tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Akan tetapi hubungan genetik
antar populasi kelapa yang dikoleksi ini belum pernah dievaluasi sehingga
menjadi kendala dalam menunjang program pemuliaan kelapa.
lnformasi kemiripan genetik plasma nutfah tanaman memiliki fungsi
penting dalam kegiatan seleksi. lnformasi hubungan genetik antar galur atau
populasi membantu pemulia untuk menentukan tetua persilangan untuk
mendapatkan kombinasi genetik yang baru. Penentuan hubungan genetika dari
sumber plasma nutfah spesifik juga berguna untuk menentukan galur dan
populasi yang dipertahankan untuk memaksimalkan keanekaragaman genetik
plasma nutfah (Thormann & Osborn 1992).
Koleksi dan konservasi plasma nutfah kelapa memerlukan biaya yang
tidak

sedikit,

karena

kelapa

perbanyakannya dengan biji,

merupakan tanaman

bertahunan

yang

dan pemeliharaan koleksi kelapa memerlukan

areal yang luas. lnformasi yang akurat dan cepat sangat diperlukan sehingga
rneningkatkan efisiensi dalam seleksi untuk rnemaksimalkan keanekaragaman
genetik plasma nutfah.
Saat ini terdapat beberapa metode yang dapat digunakan untuk
mempelajari hubungan genetika suatu populasi tanarnan. Penggunaan penanda
molekul DNA merupakan salah satu alternatif karena memiliki beberapa

keunggulan dibandingkan dengan pengamatan terhadap karakter rnorfologi,
sitologi dan biokimia. Penanda rnolekul DNA tidak dipengaruhi lingkungan dan
stadia perturnbuhan tanarnan sehingga meningkatkan efisiensi dalam kegiatan
seleksi terutama untuk tanaman bertahunan (Grattapaglia et al. 1992).
Penggunaan penanda rnolekul DNA telah banyak dikembangkan pada tanarnan
kelapa diantaranya adalah RAPD (Ashburner et al. 1997), RFLP ( Lebrun et a/.
1998), dan rnikrosatelit (Rivera et al. 1999).
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah salah satu penanda
DNA yang banyak digunakan untuk rnengkarakterisasi suatu populasi tanarnan.
Teknik RAPD didasarkan pada arnplifikasi fragmen DNA secara in vitro yang
rnelibatkan pengaturan ternperatur secara berulang menggunakan rnesin PCR
(Polymerase Chain Reaction). Dibandingkan penanda DNA yang lain RAPD
banyak dipilih karena alasan sebagai berikut : (1) tidak diperlukan pengetahuan
latar belakang genom tanaman yang dianalisis; (2) hasil RAPD dapat diperoleh
secara cepat dibandingkan dengan analisis rnolekul lain yang memerlukan
banyak tahapan, dan (3) primer acak mudah diperoleh dan dapat digunakan
untuk menganalisis genom semua jenis organisme (Tingey eta/. 1992).

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk rnengetahui kerniripan genetik enam
populasi kelapa Dalarn dari Kalimantan Barat yang ditanarn secara ex situ di
IPPTP Selakau menggunakan penanda RAPD.

TINJAUAN PUSTAKA

Botani dan Penyebaran Kelapa
Tanaman kelapa (Cocos nucifera L.) adalah satu-satuhya spesies dari
genus Cocos yang merupakan anggota dari subfarnili Cocoidae dan famili
Aracaceae (Palmaceae). Kelapa merupakan tanaman diploid yang mempunyai
jumlah kromosom 32 (2n=2x=32). Tanaman ini merupakan tanarnan bertahunan
(perennial) yang bersifat rnonoecious yaitu memiliki bunga jantan dan betina
pada tandan atau infloresensia yang sama (Santos et a/. 1992).
Penampilan kelapa yang ada sekarang merupakan perkembangan dari
tipe liarnya setelah terjadi seleksi secara terus-menerus. Seleksi yang terjadi
secara alami atau oleh manusia menghasilkan kelapa dengan karakteristik :
pertumbuhan tahunan (50-100 tahun), produksi buah sedikit (50-100 butir per
tahun), ukuran buah besar (1-2 kg), sabut tebal(> 70% berat basah), endosperm
tebal(200-300 gram) dan perkecarnbahan lambat (>200 hari) (Hanies 1978).
Secara umum tanaman kelapa dibedakan atas dua tipe yaitu tipe Dalam
(typica) dan tipe Genjah (nana).

Penggolongan atas kedua tipe ini terutama

didasarkan atas sifat munculnya pembungaan pertama, Cnggi tanaman,
komponen buah dan tipe penyerbukan.
Kelapa Dalam (typica) mernpunyai tinggi sekitar 15-18 meter, batang
kekar dengan dasar batang membengkak atau disebut bole. Bunga pertama
muncul

pada umur 6-10 tahun setelah tanarn tetapi urnur produktif dapat

mencapai 90 tahun.

Mahkota pohon rnempunyai 25-40 dam yang terbuka

penuh, dengan panjang daun sekitar 5-7 meter.

Urnurnnya kelapa Dalam

menyerbuk silang, dan dari penyerbukan sarnpai buah masak rnmerlukan w a W
sekitar 12 bulan, dengan jurnlah buah per tandan 6-12 butir. Ukuan buah besar

sehingga produksi kopra, minyak dan sabut umumnya berkualitas baik. Tipe
kelapa ini lebih toleran pada berbagai jenis tanah dan kondisi iklim.
Pohon kelapa tipe Genjah (nana) berpenampilan pendek sekitar 8-10
meter saat berumur 20 tahun, dengan batang agak kecil dan tanpa bole.
Daunnya terbuka penuh dengan panjang S 4 meter. Mulai berbunga 3-4 tahun
setelah tanarn, tetapi pernbungaannya tidak teratur. Umumnya kelapa genjah
menyerbuk sendiri, dengan waktu yang diperlukan dari penyerbukan sampai
buah masak 11-12 bulan. Produksi buah sekitar 10-30 butir per tandan dengan
ukuran buah kecil sehingga kualitas buah dan kopranya kurang baik. Produksi
akan mulai menurun setelah tanaman berumur 25 tahun.
Tanaman kelapa mempunyai dua tingkat keanekaragaman.

Pertama

adalah keanekaragaman antar populasi yang terjadi secara alamiah atau oleh
seleksi manusia.

Kedua adalah keanekaragaman yang merupakan hasil

penyerbukan silang (Foale 1992). Keanekaragaman genetik antar populasi yang
te Qadisecara alamiah dapat disebabkan oleh terpisahnya sejumlah kecil individu
kelapa dari induknya (founder effecfs) yang kemudian berkembang menjadi
populasi baru. Pada populasi baru tersebut terjadi pertukaran material genetika
akibat

adanya

penyerbukan silang

antar

individu tanaman

sehingga

menghasilkan keanekaragaman di dalam populasi tersebut (Ashburner et a/.
1997).
Tanaman kelapa tersebar luas ke berbagai belahan dunia terutama ke
berbagai daerah beriklim tropik yang terletak pada 20° LU sampai dengan 20°LS
dengan ketinggian 0-1000 m di atas permukaan laut. Negara-negara di Amerika
Tengah dan Selatan, Afrika Barat dan Timur, Asia Tenggara, Asia Timur dan
Kepulauan Pasifik merupakan daerah penyebaran tanaman kelapa yang utama.
Bukti terbaru menggunakan penanda RFLP rnenunjukkan bahwa penyebaran

kelapa bergerak dari Asia Tenggara menuju Pasifik dan Pantai Barat Amerika
(Lebrun et al. 1998).
Luasnya penyebaran tanaman kelapa membuat tidak jelasnya asal dari
tanaman kelapa. Penyebaran kelapa dapat terjadi oleh terbawanya buah kelapa
oleh air laut dan penyebarluasan oleh manusia.

Penemuan fosil Cocos

zeylandica di Selandia Baru, Cocos sahnii, Palmoxylon sundaran dan
Palmoxylon partharassathyi di India masih belum memberikan bukti yang jelas
tentang asal tanaman kelapa (Harries 1978).
Asia Tenggara yang mewpakan bagian dari lndo-Malaya merupakan
salah satu wilayah yang diduga sebagai asal tanaman kelapa, karena fakta
menunjukkan bahwa pada wilayah ini mempunyai keanekaragaman kelapa yang
tinggi, mempunyai lingkungan tumbuh yang sesuai untuk tanaman kelapa,
adanya hewan pemakan buah kelapa (Birgus latro), dan banyaknya nama lokal
untuk tanaman kelapa (Menon & Pandalai 1960).

Plasma Nutfah Kelapa Indonesia
Plasma nutfah adalah substansi yang terdapat pada setiap kelompok
makhluk hidup dan merupakan sumber sifat keturunan yang dapat dimanfaatkan
untuk merakit jenis atau varietas baru. Bentuk plasma nutfah dapat berupa sel
atau jaringan tanaman, tepung sari, biji, mata tempel, stek batang, dan dalam
bentuk tanaman.
Plasma nutfah merupakan materi dasar yang digunakan dalam program
pemuliaan tanaman sehingga pelestarian plasma nutfah menjadi faktor yang
sangat penting sebelum terjadinya erosi genetik. Pada tanaman kelapa erosi
genetik dapat disebabkan oleh peningkatan jumlah penduduk, penggunaan
teknologi baru seperti kelapa hibrida, penggantian dengan komoditas lain yang
dianggap lebih bernilai ekonomis, organisasi di bidang konservasi genetik kelapa

belum baik, umur kelapa yang dapat mencapai 100 tahun sehingga pelestarian
kurang diperhatikan, dan ahli pemuliaan kelapa masih sedikit (Novarianto, 1989).
Pelestarian plasma nutfah dapat dilakukan secara ex-situ dan in-situ.
Pelestarian secara ex-situ dilakukan dengan cara memindahkan individu
tanaman dari tempat asalnya untuk ditanam dan dipelihara di tempat lain.
Pelestarian secara in-situ dilakukan dengan memelihara individu atau populasi
tanaman di habitat aslinya.
lndonesia sebagai salah satu pusat keanekaragaman kelapa memiliki
potensi kelapa lokal yang dapat dikembangkan untuk merakit kelapa unggul.
Kelapa hibrida lokal diharapkan lebih toleran terhadap berbagai lingkungan
tumbuh. Oleh karena itu pelestarian plasma nutfah tanaman kelapa yang
tersebar di berbagai daerah di lndonesia perlu dilakukan.
Pelestarian plasma nutfah kelapa di lndonesia telah dilakukan baik secara
ex-situ maupun in-situ.

Pelestarian secara ex-situ mulai dilakukan untuk

i
nutfah kelapa di
menunjang program pemuliaan tanaman kelapa. S u ~ eplasma
lndonesia yang dilakukan oleh Balai Penelitian Kelapa dan Palma Lain
(BALITKA) telah mengoleksi sebanyak 113 populasi kelapa tipe Genjah dan
Dalam dari 11 provinsi.

Kelapa hasil koleksi ini ditanam di lima Kebun

Percobaan yaitu Kebun lnstalasi Penelitian (KIP) Mapanget, KIP Pakuwon, KIP
Bone-bone, lnstalasi Penelitian dan Pengkajian Teknologi Pertanian (IPPTP)
Makariki dan IPPTP Selakau (Novarianto 1994). Koleksi plasma nutfah secara
ex-situ akan memudahkan pemulia tanaman untuk melakukan evaluasi terhadap
populasi tanaman untuk selanjutnya diseleksi sebagai tetua dalam perakitan
kelapa hibrida. Akan tetapi pelestarian secara in-situ juga perlu dikembangkan
karena lebih menghemat biaya mengingat pemeliharaan koleksi tanaman kelapa
memerlukan areal yang cukup luas. Pemerintahan Daerah Tingkat II Jombang
telah menjadikan kelapa Genjah Jombang sebagai tanaman maskot Kabupaten

Jombang sehingga upaya ini diharapkan dapat mendukung usaha pelestarian
plasma nutfah kelapa secara in situ (Hayati et al. 2000).
Evaluasi terhadap beberapa populasi tanaman kelapa hasil koleksi telah
dilakukan berdasarkan karakter morfologi-agronomi (Randriani & Wardiana 1994;
Novarianto et a/. 1999), pola pita isozim (Novarianto et a/. 1993) dan analisis
RAPD (Lengkong et al. 1998; Hayati et a/. 2000; Matondang et al. 2001).
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat mulai dieksplorasi untuk dikoleksi
pada tahun 1991. Koleksi ditanam di IPPTP Selakau yang terletak di Kabupaten
Sambas. IPPTP Selakau mulai didirikan tahun 1983 dengan luas kebun 49,3 ha
yang merupakan lahan pasang surut. Populasi kelapa yang dikoleksi meliputi 7
populasi kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam
lokal dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi nama sesuai dengan daerah
asalnya yaitu Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam
Sungai Daun (DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan
Dalam Sungai Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman
(DPM) dan Dalam Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak. Kelapa Dalam yang
dikoleksi ini mernpunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari
populasi kelapa yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut
dan relatif tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Evaluasi terhadap
populasi tanaman kelapa hasil koleksi belum pemah dilakukan karena umur
tanaman yang masih muda sehingga belum berproduksi.
Program pemuliaan tanaman kelapa di Indonesia dilakukan dengan
tujuan mengembangkan dan menghasilkan kelapa yang berproduksi tinggi, cepat
berbuah, resisten terhadap penyakit, toleran pada lahan pasang surut dan iklim
kering, dan sesuai untuk bahan baku produk industri makanan dan bukan
makanan. Untuk menghasilkan kelapa dengan karakter yang diinginkan dapat
dilakukan persilangan antar tipe atau populasi kelapa. Kelapa hibrida dapat

Jombang sehingga upaya ini diharapkan dapat mendukung usaha pelestarian
plasma nutfah kelapa secara in situ (Hayati et a/. 2000).
Evaluasi terhadap beberapa populasi tanaman kelapa hasil koleksi telah
dilakukan berdasarkan karakter morfologi-agronomi (Randriani & Wardiana 1994;
Novarianto et a/. 1999), pola pita isozim (Novarianto et a/. 1993) dan analisis
RAPD (Lengkong eta/. 1998; Hayati et a/. 2000; Matondang eta/. 2001).
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat mulai dieksplorasi untuk dikoleksi
pada tahun 1991. Koleksi ditanam di IPPTP Selakau yang terletak di Kabupaten
Sambas. IPPTP Selakau mulai didirikan tahun 1983 dengan luas kebun 49,3 ha
yang merupakan lahan pasang surut. Populasi kelapa yang dikoleksi meliputi 7
populasi kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam
lokal dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi narna sesuai dengan daerah
asalnya yaitu Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam
Sungai Daun (DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan
Dalam Sungai Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman
(DPM) dan Dalam Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak. Kelapa Dalam yang
dikoleksi ini mempunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari
populasi kelapa yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut
dan relatif tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Evaluasi terhadap
populasi tanaman kelapa hasil koleksi belurn pernah dilakukan karena umur
tanaman yang masih muda sehingga belum berproduksi.
Program pemuliaan tanaman kelapa di Indonesia dilakukan dengan
tujuan mengembangkan dan menghasilkan kelapa yang berproduksi tinggi, cepat
berbuah, resisten terhadap penyakit, toleran pada lahan pasang surut dan iklim
kering, dan sesuai untuk bahan baku produk industri makanan dan bukan
makanan. Untuk menghasilkan kelapa dengan karakter yang diinginkan dapat
dilakukan persilangan antar tipe atau populasi kelapa. Kelapa hibrida dapat

dihasilkan dari persilangan antara kelapa tipe Genjah X Genjah, Genjah X
Dalam, dan Dalam X Dalam.

Indonesia telah menghasilkan kelapa hibrida

diantaranya adalah KHINA-1 (hasil silangan kelapa Genjah Kuning Nias dengan
kelapa Dalam Tenga), KHINA-2 (hasil silangan kelapa Genjah Kuning Nias
dengan kelapa dalam Bali), dan KHINA-3 (hasil silangan kelapa Genjah kuning
Nias dengan kelapa Dalam Palu).

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Analisis kemiripan genetik pada tanaman dapat dilakukan dengan
pengamatan karakter rnorfologi-agronomi, biokimia dan penggunaan penanda
seperti penanda protein maupun DNA.

Penggunaan karakter morfologi-

agronomi, merupakan metode yang banyak dilakukan karena kemudahan untuk
mengamati karakter tersebut secara langsung. Akan tetapi penggunaan metode
ini merniliki kelemahan terutama oleh adanya pengaruh faktor lingkungan dan
stadia pertumbuhan tanaman. Sedangkan penggunaan penanda molekul DNA
tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan stadia pertumbuhan tanaman dan
dapat memberikan polimorfisrne lebih tinggi dibandingkan dengan penanda
protein.
Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain teknik RAPD banyak
dipilih karena alasan sebagai berikut : (1) tidak memerlukan pengetahuan latar
belakang genom tanaman yang dianalisis; (2) hasil RAPD dapat diperoleh secara
cepat dibandingkan dengan analisis DNA lainnya yang memerlukan banyak
tahapan, dan (3) primer acak mudah diperoleh dan dapat digunakan untuk
menganalisis genom semua jenis organisme.
Analisis kemiripan genetik menggunakan penanda molekul DNA pada
prinsipnya menggunakan dua pendekatan. Analisis dapat dilakukan melalui
hibridisasi fragmen DNA dengan DNA pelacak (probe) pada teknik Restriction

Fragment Length Polymorphism (RFLP) atau dengan mengamplifikasi fragmen
DNA pada mesin PCR pada teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
(Weising et al. 1995).
Teknik RAPD mulai dikembangkan terutama sejak ditemukannya
polimerase DNA yang resisten pada suhu tinggi dan automatisasi peralatan
rnesin PCR. Penggunaan mesin PCR meningkat dengan pesat setelah
ditemukan teknik pelipatgandaan bagian dari genom pada beberapa lokus yang
berbeda dengan primer acak. Teknik tersebut dikembangkan secara terpisah
tetapi harnpir bersamaan oleh William dkk serta Welsh dan Mc Clelland pada
tahun 1990.
Teknik RAPD mendeteksi polimorfisme urutan nukleotida dari fragmen
DNA hasil amplifikasi PCR dengan menggunakan satu primer tunggal. Dalam
reaksi ini

satu jenis primer akan berikatan dengan pasangan sekuen

komplemennya di dua tempat yang berbeda pada dua utas yang berlawanan di
DNA genorn yang sebelumnya telah terdenaturasi. Jika penempelan primer yang
satu dengan yang lain berada pada jarak yang dapat diarnplifikasi maka
penggandaan fragmen DNA secara in-vitro dapat diperoleh (Gambar 1).
Amplifikasi sekuen DNA genom pada mesin PCR melibatkan pengaturan
temperatur yang terjadi secara berulang. Reaksi terdiri dari denaturasi DNA
menjadi utas tunggal (temperatur 94"C), penempelan primer (annealing) pada
sekuen DNA genom (temperatur 25%65"C), dan pemanjangan primer
(elongation) pada temperatur 72OC.

Pengulangan siklus 25-50 kali akan

meningkatkan jumlah fragmen DNA yang diarnplifikasi secara eksponensial
(Weising et al. 1995).
Rata-rata setiap primer akan secara bersamaan mengamplifikasi
beberapa lokus yang diskrit dalarn DNA genom sehingga fragmen DNA yang
terbentuk mencerminkan polimorfisme urutan nukleotida individu yang dianalisis.

Fragmen DNA yang diampl~fikasi

C
DNA cetakan
(utas ganda)

5
3

1 Siklus 1
Denaturasi DNA
5
&
Penernpelan primer 3

5

Pemanjangan
. primer

5'

.........................................................

3

4

3'

Siklus 2

5
Denaturasi DNA
&
Penernpelan primer

5'

3'

5'

-:::::::i:i:i:j:j:j:j:j:::::j:i:i:j:i:i:f:::::i:i:i:i:i:i:

Pernanjangan

Siklus 3

Garnbar 1. Prinsip arnplifikasi fragmen DNA pada mesin PCR

Pita RAPD dapat diidentifikasi berdasarkan ukurannya, biasanya ukuran pita
RAPD berkisar antara 200-2000 pasang basa (pb), kadang-kadang mencapai
5000 pb (Grattapaglia et a/. 1992; Tingey et a/. 1992). Jumlah fragmen DNA
yang dihasilkan bergantung pada kekompleksan genom yang didefinisikan
sebagai total panjang dari fragmen tidak berulang pada genom tersebut. Makin
kompleks suatu genom akan makin kompleks pita RAPD yang dihasilkan
(Grattapaglia et a/. 1992).
Keberhasilan amplifikasi DNA genom pada teknik RAPD bergantung pada
kemampuan polimerase DNA mengamplifikasi DNA cetakan, dNTP, suhu yang
sesuai, kemurnian dan banyaknya DNA cetakan, konsentrasi MgCI2, dan
konsentrasi enzim Taq polimerase DNA. Oleh karena itu perlu dioptimalkan
untuk menentukan kombinasi yang tepat dari faktor-faktor yang mempengaruhi
disamping standar pengerjaan yang baik. Analisis RAPD pada tanaman kelapa
telah dioptimalkan dan keberhasilan RAPD bergantung pada konsentrasi DNA
cetakan dan MgCI2.

Konsentrasi Taq polimerase DNA tidak berpengaruh

terhadap pola pita hasil amplifikasi dan hanya berpengaruh pada ketajaman pita
DNA. Konsentrasi Taq polimerase DNA yang tinggi rnemberikan intensitas pita
DNA yang lebih tajam dibandingkan hasil amplifikasi dengan konsentrasi enzim
Taq polimerase DNA yang lebih rendah (Lengkong et a/. 2001).
Penggunaan teknik RPAD untuk menganalisis keanekaragaman genetik
tanaman telah banyak diterapkan diantaranya pada tanarnan kentang (Paz &
Veilleux 1997), ubijalar (Ukoskit et a/. 1997, heliconia (Kurnar et a/. 1998). dan
kelapa (Ashburner et a/. 1997; Lengkong et a/. 1998; Hayati et a/. 2000;
Matondang eta/. 2001).

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Tumbuhan Pusat Studi
llmu Hayati lnstitut Pertanian Bogor yang berlangsung dari bulan April 2000
sampai Agustus 2001.

Bahan Penelitian
Bahan tanaman yang digunakan adalah daun muda kelapa populasi
Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR). Dalam Pelimpaan
(DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam Parit Baru (DPB), Dalam Peniti (DPT)
koleksi Kebun IPPTP Selakau. Masing-masing populasi dipilih 10 pohon secara
acak sehingga total pohon yang dianalisis adalah 60 pohon.

lsolasi DNA Total Tanaman
lsolasi DNA total tanaman dilakukan mengikuti prosedur isolasi DNA
tanaman kelapa dari Rohde et el. (1995) yang telah dimodifikasi. Sebanyak 1,5
gram daun kelapa yang masih muda digerus bersama dengan pasir kuarsa dan
larutan penyangga lisis (100 mM Tris-HCI pH 8; 2% (m/v) CTAB; 1,4 M NaCI; 20
mM EDTA; 0,2% P-mercaptoetanol) menggunakan mortar dan pestel. Larutan
kemudian diinkubasi pada suhu 65% selama 90 menit. Setelah didinginkan
pada suhu ruang larutan dibersihkan dari lemak dan kotoran dengan
menambahkan 1 volume kloroform dan dibolak-balik sampai homogen.
Selanjutnya larutan disentrifugasi pada suhu ruang dengan kecepatan 4000 rpm
(Hettich) selama 5 menit sehingga terbentuk dua fase cair. Fase cair bagian
atas dituang ke tabung baru dan ditambahkan 0,8 volume isopropanol, dibolak-

balik hingga terbentuk benang-benang DNA. DNA yang terbentuk diendapkan
dengan sentrifugasi pada suhu ruang dengan kecepatan 4000 rpm selama 15
menit. Supernatan dibuang dan endapan DNA dikeringkan pada suhu 37OC.
Setelah kering, ditambahkan 500 yl TE (10 mM Tris-HCI pH 7,4 dan 1 rnM EDTA
pH 8) dan 10 rnglml RNAse untuk mendegradasi RNA, diinkubasi selama 1 jam.
Setelah DNA melarut ditambahkan lagi 500 p1 TE dan 1000 pI fenol, dibolak-balik
pelan hingga homogen.

Larutan disentrifugasi dengan kecepatan 4000 rpm

selama 10 menit sehingga terbentuk dua fase cair.

Fase cair bagian atas

dipindahkan ke tabung eppendorf baru kemudian ditambahkan 0,l volume
sodium asetat dan 0,8 volume isopropanol, dibolak-balik hingga terbentuk
benang-benang DNA. Benang-benang DNA yang terbentuk diendapkan dengan
sentrifugasi pada kecepatan 4000 rprn selama 15 menit kemudian endapan
dikeringkan pada suhu 37OC. Endapan DNA yang telah dikeringkan dibersihkan
dengan etanol70% kemudian dilarutkan dalam larutan TE.
Pengujian kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menurut Sarnbrook et a/.
(1989).

Kemurnian DNA ditetapkan berdasarkan nilai absorbansi Azsonso

menggunakan UV-VIS spectrophotometer (Shimadzu, UV-1201).

DNA yang

digunakan untuk analisis RAPD adalah yang memiliki nilai absorbansi
A2~o~s~=1,7-2,0.Konsentrasi DNA ditetapkan dari nilai absorbansi A z 6 ~Nilai
.
absorbansi AzeO=lsetara dengan konsentrasi DNA 50 pglrnl. Untuk analisis
RAPD dibuat DNA cetakan dengan melarutkan DNA dalam akuabides sehingga
diperoleh konsentrasi DNA 10 nglpl.

Untuk melihat kualitas fragmen DNA

cetakan dilakukan elektroforesis pada gel agarose.

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
DNA tanaman kelapa diarnplifikasi menggunakan primer acak 10-rner
(Operon Alameda Tech). Seleksi primer dilakukan dengan mengamplifikasi DNA

dari masing-masing 1 pohon yang dipilih untuk mewakili populasinya. Primer
yang menghasilkan pita lebih dari dua dan polimorfik dipilih untuk
mengarnplifikasiseluruh sampel pohon yang dianalisis.
Amplifikasi DNA tanaman kelapa dilakukan mengikuti prosedur dari
Lengkong et a/. (2001). Komposisi reaksi PCR terdiri dari 1X larutan penyangga
(50 mM KCI, 10 mM Tris-HCI pH 9, 0,01% Triton X-loo), 2,5 mM MgCI2, 200 pM
dNTP, 0,4 pM primer, 1 unit Taq polimerase DNA dan 50 ng DNA genom dengan
volume final reaksi adalah 40 PI.

Amplifikasi DNA menggunakan mesin PCR

(GeneAmp PCR System 2400 Perkin Elmer) dilakukan sebanyak 38 siklus
setelah pra PCR selama 5 menit 94OC. Setiap siklus terdiri dari : 1 menit 94OC
untuk denaturasi, 1 menit 37OC untuk penempelan primer. 2 menit 72% untuk
pemanjangan fragmen DNA. Reaksi diakhiri dengan pasca PCR selama 5 menit
72OC.
Fragmen DNA hasil amplifikasi dielektroforesis bersama DNA standar 1

kb DNA ladder (Promega) pada gel agarose 0,8% dalam larutan penyangga TAE
1X (2 mM Tris standar, 0,017 M asam asetat glasial, 0,5 M EDTA pH 8).
Elektroforesis dilakukan selama 150 menit pada tegangan 70 volt, suhu ruang.
Setelah pewarnaan dengan 0,5 pglml etidium bromida selarna 25 menit, gel
direndam dalam akuades selama 15-20 menit. Pengamatan pita hasil amplifikasi
dilakukan menggunakan alat dokumentasi gel, dicetak pada kertas dokumentasi
gel dan direkam dalam disket.

Analisis Data
Profil pita RAPD diterjemahkan ke dalam data biner berdasarkan ada
atau tidak adanya pita.

Pita RAPD hasil amplifikasi pada laju elektroforess

tertentu atau pada ukuran yang sama diinterpretasikan sebagai satu lokus
homolog. Lokus tersebut diubah ke dalarn bentuk data biner dengan memberi

nilai satu ( I ) jika ada pita dan no1 (0)jika tidak ada pita. Data biner selanjutnya
diturunkan menjadi matriks kemiripan genetika menggunakan rumus koefisien
Dice (Nei & Li 1979) sebagai berikut :

Fab adalah koefisien kemiripan antara a dan b, a dan b adalah individu yang
dibandingkan, nabadalah jumlah pita DNA yang sarna posisinya pada individu a
dan b, nadan nb adalah jumlah pita pada masing-masing individu a dan b.
Analisis

pengelompokan

dan

pembuatan

fenogram

dilakukan

menggunakan metode Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic (UPGMA)
melalui program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System
(NTSYS-pc) versi 1,8 (Rohlf 1993).
Pita RAPD juga dianalisis menggunakan analisis komponen utama (AKU)
yaitu analisis yang mereduksi banyaknya peubah asal menjadi beberapa peubah
baru yang dapat menjelaskan keragaman data asal dengan program Minitab
versi 11.

HASlL DAN PEMBAHASAN

Profil Pita RAPD
lsolasi DNA yang dilakukan terhadap daun muda dari 60 pohon kelapa
yang berasal dari 6 populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat menghasilkan
DNA dengan kemurnian antara 1,7-2,O. Kemurnian DNA yang digunakan untuk
amplifikasi merupakan faktor yang harus diperhatikan karena akan berpengaruh
terhadap hasil amplifikasi. Adanya kontaminasi senyawa lain seperti senyawa
fenolik, polisakarida dan protein pada DNA cetakan menyebabkan pita DNA hasil
amplifikasi menjadi redup dan tidak jelas (Weeden et a/. 1992)
Seleksi primer dilakukan dengan rnengarnplifikasi DNA kelapa yang
diwakili oleh 1 pohon untuk setiap populasi.

Dari 27 primer yang diseleksi

dihasilkan 10 primer yang dapat menghasilkan pita RAPD lebih dari 2 dan
polimorfik (Tabel 1). Tujuh primer menghasilkan pita yang monomorfik
sedangkan 10 primer yang lain tidak menghasilkan pita yang berarti primer
tersebut tidak memiliki homologi dengan sekuen DNA genom tanaman kelapa
(Lampiran 1). Kesepuluh primer terseleksi selanjutnya digunakan untuk
mengamplifikasi DNA setiap individu pohon kelapa dari populasi kelapa Dalam
Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL),
Dalam Peniraman (DPM), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Peniti (DPT).
Amplifikasi DNA menggunakan 10 primer acak terhadap 60 individu
kelapa dari 6 populasi tersebut menghasilkan 103 pita dan 84 pita (81%)
diantaranya merupakan pita polimorfik (Tabel 1).

Banyaknya pita hasil

amplifikasi oleh setiap primer berkisar antara 5 (OPA-15) sampai 15 (OPC-II),
serupa dengan yang dihasilkan oleh Ashburner eta/. (1997) dan Lengkong ef a/.
(1998) yaitu berkisar antara 3-15 pita per primer. Primer OPA-18 dan OPA-20

(Gambar 2) menghasilkan pita dengan persentase polimorfisme paling besar
(91,6%) sedangkan primer OPA-15 menghasilkan pita dengan persentase
polimorfisme paling kecil (60%).

Primer OPC-11 menghasilkan pita paling

banyak yaitu 15 pita dengan jumlah pita polimorfik 12 pita (80%). Pita RAPD
yang dihasilkan berukuran antara 350-3500 pasang basa (pb). Ukuran pita ini
masih berada dalam kisaran ukuran basa yang dapat diamplifikasi pada
umumnya genom tanaman yaitu antara 200 pb sampai 5000 pb (Grattapaglia et
a/. 1992).

Tabel 1.

Jenis primer, susunan basa, dan jumlah pita RAPD enam populasi
kelapa Dalam dari Kalimantan Barat hasil amplifikasi menggunakan
10 primer acak

Pita RAPD terbentuk dari pemanjangan primer yang menempel pada
DNA cetakan yang tejadi secara berulang. Setiap pasang primer biasanya
dapat menghasilkan beberapa fragmen DNA secara serentak pada daerah
genom berbeda sehingga teramati beberapa pita dengan ukuran berbeda.
Jumlah dan ukuran pita RAPD bergantung pada sebaran situs penempelan
primer pada DNA genom sehingga menggambarkan kekompleksan genom
tanaman yang diamati (Grattapaglia et el. 1992).
tanaman dapat dilihat berdasarkan pita RAPD.

Kemiripan antar individu

DSD

DSR

DPL

DPM

I
DPB

Gambar 2.

DPT

Profil pita RAPD hasil amplikasi DNA populasi kelapa DSD, DSR,
DPL, DPM, DPB, dan DPT menggunakan primer acak OPA-20

Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat
Enarn populasi kelapa Dalarn dari Kalimantan Barat rnerupakan hasil
seleksi populasi kelapa yang berproduksi tinggi. Enam populasi tanarnan kelapa
hasil seleksi rnulai dikoleksi dan ditanarn di IPPTP Selakau sejak tahun 1991.
Penarnpilan secara rnorfologi koleksi tanarnan kelapa yang berurnur relatif rnuda
ini mirip sehingga sulit dibedakan antar populasi tersebut. Analisis hubungan
genetik antar populasi tanaman kelapa menggunakan penanda pada taraf
rnolekul DNA dapat mernberikan inforrnasi secara lebih rinci sehingga genotipe
antar individu tanaman kelapa dapat dibedakan.
Dari 6 populasi kelapa Dalarn yang dianalisis, rata-rata kerniripan genetik
di dalarn populasi berkisar antara 84-88% (Tabel 2).

Populasi kelapa DPM

merniliki rata-rata kerniripan genetik paling tinggi (88%) sedangkan populasi
kelapa DSR rnemiliki rata-rata kemiripan genetik paling rendah (84%).

Rata-

rata kemiripan genetik di dalarn populasi ini lebih tinggi dibandingkan dengan
rata-rata kerniripan genetik antar populasi yang berkisar antara 73-84%, diduga
karena beberapa pohon dalam satu populasi yang dikoleksi berasal dari pohon
induk yang sarna.
Tabel 2.

Rata-rata kerniripan genetik di dalarn dan antar populasi kelapa
DSD, DSR, DPL, DPM, DPB, dan DPT

Populasi tanaman kelapa yang dikoleksi berasal dari tiga kabupaten yang
terletak di sepanjang pesisir pantai barat Provinsi Kalimantan Barat (Gambar 3).

Populasi knlapa Dalam Pelirnpaan (DPL), Dalarn Parit Baru (DPB), dan Dalarn
Sungai Daun (DSD) berasal dari Kabupaten Sambas, populasi kelapa Dalarn
Sungai Rasau (DSR) berasal dari Kabupaten Bengkayang, dan populasi kelapa
Dalarn Penirarnan (DPM) dan Dalam Peniti (DPT) berasal dari Kabupaten
Pontianak. Rata-rata kerniripan genetik antar populasi yang berasal dari daerah
asal yang berdekatan tidak selalu lebih tinggi dibandingkan dengan antar
populasi dari daerah asal yang berjauhan. Populasi kelapa DPB dengan DSD
yang berasal dari daerah yang berdekatan memiliki rata-rata kerniripan genetik

75%, tidak lebih tinggi dibandingkan rata-rata kerniripan genetik antara populasi
DPL dan DPM (84%) atau antara populasi DPB dan DPT (83%) yang letaknya
lebih berjauhan.

Garnbar 3.

Sketsa peta lokasi asal pengambilan 6 populasi kelapa Dalarn dari
Kalirnantan Barat yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau

Hubungan genetik antar individu dari 6 populasi kelapa Dalam dapat
dilihat dari rnatriks kerniripan genetik (Larnpiran 2).

Berdasarkan matriks

kerniripan genetik dibuat analisis pengelornpokan yang dapat dilihat dalarn

bentuk tamp~lanienogram. Hasil anaiisis pengelompokan terhadap 6 populasi
kelapa Dalam memperlihatkan bahwa 6 populasi kelapa Dalam menjadi 1
kelompok pada tingkat kemiripan 77% (Gambar 4). Kemiripan genetik enam
populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat ini lebih rendah dibandingkan
dengan hasil analisis RAPD terhadap lima populasi kelapa Dalam dari Jawa
yang mempunyai kemiripan genetik sekitar 90% (Sumarsono, 2000).

Pada

kemiripan 80% 6 populasi kelapa Dalam terbagi ke dalam 3 kelompok populasi
yaitu populasi DSD dan DSR, dan populasi DPL dan DPM, populasi DPB dan
DPT.
Populasi kelapa DSD dan DSR menjadi satu kelompok pada kemiripan
genetik 80% (Gambar 4). Pada kelompok ini antara populasi DSD dan DSR
tidak secara tegas terpisah ke dalam populasinya masing-masing walaupun
terdapat kecenderungan beberapa individu dari satu populasi mengelompok.
Mengelompoknya populasi DSD dengan DSR dimungkinkan karena jarak
geografi tempat asalnya yang berdekatan sehingga kemungkinan untuk
penyebaran beberapa tanaman dari dua populasi pada dua lokasi tersebut
menjadi lebih mudah dibandingkan pada dua lokasi yang berjauhan.
Penyebaran tanaman kelapa ini terutama dilakukan oleh manusia yang
membawa benih tanaman kelapa untuk ditanam di tempat lain.
Berdasarkan hasil analisis komponen utama terhadap populasi DSD dan
DSR dihasilkan dua komponen utama (KU) yang memiliki akar ciri (eigenvalue)
lebih dari satu (Lampiran 3). Berdasarkan nilai KU1 dan KU2 dibuat diagram
pencar yang memetakan individu-individu populasi kelapa DSD dan DSR.
Sejalan dengan hasil analisis pengelompokan dalam bentuk fenogram, dari
diagram pencar juga dapat dilihat bahwa individu-individu dari kedua populasi
letaknya menyebar dan tidak mengelompok ke dalam populasinya (Gambar 5).

0.72

0.78

0.04

-

C
-

-

80%

79%

I
I

j

A

0.96

0.90

I

-i

DSDl
DSRZ
DSR3
DSDZ
DSD4
DSD6
DSD3
DSD9
DSD10
DSDB
DSR7
DSR4
DSRB
DSR9
DSDS
DSD7
DSRl
DSR10
DSRS
DSR6
DPLl

;

I !

83%

L

I

-, ,.,"

DPMB
DPM1

DPMS
DPM7

DPTZ
DPT3
DPT4
DPT5
DPB6
DPT6
DPT7
DPTlO
DPTB
DPT9

Gambar4.

Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan koefisien Dice

Komponen l

Gambar 5. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DSD dan DSR.

Populasi kelapa DPL dan DPM menjadi satu kelompok pada tingkat
kemiripan

83% (Gambar 4).

Kedua populasi mengelompok ke dalam

populasinya masing-masing kecuali individu kelapa DPMIO.

Kelapa Dalam

populasi DPL dari Kabupaten Sambas terletak pada jarak yang cukup berjauhan
dengan populasi DPM yang berasal dari Kabupaten Pontianak (Gambar 3).
Hasil ini mengindikasikan bahwa populasi DPL dan DPM kemungkinan berasal
dari populasi yang sama. Beberapa individu dari populasi tersebut kemudian
terpisah dan berkembang membentuk populasi baru di tempat lain.
Dari hasil analisis komponen utama terhadap populasi DPL dan DPM
diperoleh dua nilai komponen utama (KU) yang memiliki akar ciri (eigenvalue)
lebih dari satu (Lampiran 4). Dari dua nilai KU tersebut dibuat diagram pencar
yang memetakan individu-individu populasi kelapa DPL dan DPM.

Diagram

pencar yang dibuat dari hasil analisis komponen utama tersebut juga
menunjukkan bahwa individu-individu dari kedua populasi mengelompok ke
dalam populasinya masing-masing kecuali DPMIO yang terpencar pada kuadran
yang berbeda (Gambar 6).

F/
DPM

Komponen l

Gambar 6. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPL dan DPM.
Kelompok populasi DPB dan DPT mernbentuk satu kelompok pada
kemiripan genetik 82% (Gambar 4). Pada kemiripan genetik 85% kelompok ini
terbagi menjadi tiga kelompok kecil dan cenderung mengelompokkan individuindividu ke dalam populasinya masing-masing. Kelompok pertama terdiri dari
individu-individu populasi DPB kecuali DPB6, kelompok kedua dan ketiga terdiri
dari individu-individu populasi DPT.

Kelompok pertama (populasi DPB)

bergabung dengan kelompok kedua (sebagian individu DPT) pada kemiripan
genetik 83% dan kemudian bergabung dengan kelompok ketiga yang terdiri dari
individu-individu DPT7, DPT8, DPT9, dan DPT10 pada kemiripan genetik 82%.
Berdasarkan