B. Molecular Characterization of Resistance Banana Cultivars to Panama Wilt Disease Caused by Fusarium oxysporum f.sp. cubense

Dengan menggabungkan primer-primer SNAP terpilih dari ketiga kelompok gen yang diperoleh dari penelitian ini, yaitu RGA MNBS, β-1,3- glucanase dan chitinase, diperoleh pengelompokkan kultivar berdasarkan karakter ketahanan terhadap FOC yang lebih baik, seperti terlihat pada Gambar 49A dan 49B. Gambar 49A adalah melibatkan primer SNP1_MGlu sedangkan Gambar 49B tanpa melibatkan primer SNP1_MGlu. Dendogram yang dihasilkan baik tanpa atau dengan melibatkan primer SNP1_MGlu dapat mengelompokkan kultivar berdasarkan ketahanan terhadap FOC. Namun demikian dengan tanpa melibatkan primer SNP1_MGlu pengelompokkan yang diperoleh menjadi lebih baik Gambar 49B karena dapat memisahkan cabang kelompok kultivar rentan dengan kultivar tahan pada koefisien kemiripan 83 . Oleh karena itu untuk pengujian marka menggunakan kultivaraksesi lain, tanpa melibatkan primer SNP1_MGlu. Evaluasi marka SNAP pada 10 kultivaraksesi yang belum diketahui karakter ketahanan terhadap FOC. Dendogram hasil evaluasi yang dilakukan menggunakan DNA genom 10 kultivaraksesi yang belum diketahui karakter ketahanan terhadap FOC bersama dengan 10 kultivar referensi, ditampilkan pada Gambar 50. Berdasarkan koefisien kemiripan sebesar 80 , kultivaraksesi tersebut dibagi menjadi 3 kelompok besar, yaitu R-I kultivar resisten I yang terdiri atas 3 kultivar, 2 kultivar adalah Rejang dan Calcuta-4 yang tahan FOC dan satu aksesi AMB-01 Tongka Langit dari Maluku. Kelompok kedua adalah R-II kultivar resisten II yang terdiri atas 10 kultivaraksesi. Yang termasuk dalam kelompok ini adalah Klutuk Wulung, Kepok, Jawaka dan Awak yang diketahui tahan FOC, dan beberapa kultivar seperti Muli, MDO-01, MBO-04, MLU-07, SUM-04 serta satu spesies liar HlbS-01. Kelompok ketiga adalah S rentan yang beranggotakan beberapa kultivar rentan seperti Ambon Hijau, Ambon Kuning, Barangan dan yang rentan sampai tahan yaitu Ketan. Kultivar Ketan sebetulnya termasuk kultivar yang toleran atau mempunyai ketahanan terhadap FOC sedang. Namun demikian hal ini juga mengkonfirmasi hasil Percobaan 1 BAB II bahwa meskipun Ketan dikategorikan kultivar tahan Tabel 2, tetapi sebanyak 42 . tanaman menunjukkan gejala RDI dan LSI sedang LSI= 2-3 dan RDI= 2-3, jadi sebetulnya Ketan adalah kultivar yang mempunyai tingkat ketahanan rentan sampai tahan terhadap FOC. Dalam kelompok ketiga ini juga terdapat satu spesies liar Slk-29 dan 2 kultivar SUM-01 dan HyKC. Walaupun berdasarkan hasil analisis filogenetik marka SNAP terpilih bisa mengelompokkan kultivar berdasarkan ketahanan terhadap FOC, tetapi marka- marka tersebut perlu diuji pada populasi bersegregasi. Selain itu untuk validasi marka, diperlukan pengujian lebih lanjut terhadap aksesi-aksesi lain yang juga diuji ketahanannya terhadap cendawan FOC. Namun demikian metode ini merupakan tahapan awal pada pemilihan marka SNAP berdasar situs SNP yang terdapat dalam gen yang bertanggung jawab pada ketahanan dan pertahanan tanaman terhadap patogen. Selain itu, dari penelitian ini dapat diketahui bahwa terdapat perbedaan susunan basa nukleotida antara kultivar pisang yang rentan dan tahan terhadap penyakit layu FOC, dan perbedaan nukleotida tersebut bisa merubah residu asam amino. Gambar 50 Dendogram hasil analisis filogenetik pengelompokkan kultivar referensi dan 10 kultivaraksesi lain berdasarkan hasil amplifikasi PCR menggunakan primer SNP4_MNBS, SNP2_MChi, SNP6_MChi, SNP8_MChi, SNP10_MChi dan SNP11_MChi. R1= kultivar tahan I, R2= kultivar tahan II, S= kultivar rentan Simpulan Pada fragmen RGA MNBS asal pisang yang berukuran 524 pb, berhasil diidentifikasi adanya 30 situs SNP, tetapi hanya sebanyak 8 SNP saja yang bisa digunakan untuk mendisain primer SNAP. Selanjutnya dari 8 SNP terpilih, hanya 7 SNP saja yang dapat menghasilkan primer sebanyak 14 pasang untuk pengembangan marka SNAP. Pada fragmen gen β-1,3-glucanase yang berukuran 788 pb diidentifikasi sebanyak 8 situs SNP, tetapi hanya 3 SNP saja yang digunakan untuk pengembangan marka SNAP dan menghasilkan 6 pasang primer SNAP, sedangkan dari fragmen gen chitinase MaChi yang berukuran 596 pb berhasil diidentifikasi 22 situs SNP dan sebanyak 11 situs yang menghasilkan 22 pasang primer digunakan untuk pengembangan marka SNAP. Sebanyak 14 pasang primer yang didapat dari fragmen MNBS, 10 pasang primer yang terbukti efektif untuk mengamplifikasi PCR dengan menggunakan genom pisang Klutuk Wulung dan Barangan. Begitu juga dengan 6 pasang primer SNAP yang berasal dari fragmen gen β-1,3-glucanase dan 22 pasang primer asal fragmen gen chitinase, telah terbukti efektivitasnya dalam mengamplifikasi produk PCR asal kedua kultivar pisang tersebut. Penggunaan secara bersama-sama marka SNP4_MNBS dengan SNP2_ MChi, SNP6_ MChi, SNP8_ MChi, SNP10_ MChi dan SNP11_MChi dapat mengelompokkan kultivar pisang berdasarkan taraf ketahanannya terhadap penyakit layu FOC. Coefficient 0.76 0.82 0.88 0.94 1.00 Rejang Calcuta-4 AMB-01 Klutuk_Wlg MDO-01 MND-04 MLU-07 SUM-04 Kepok Jawaka Awak HlbS-01 Muli Ketan Amb_Hj Amb_Kng SUM-01 Barangan Slk-29 HyKC R1 R2 S