Keragaman Gen Prolaktin Ekson Empat pada Itik Peking, Itik Mojosari Putih dan Itik PMp serta Asosiasinya dengan Sifat Reproduksi

KERAGAMAN GEN PROLAKTIN EKSON EMPAT PADA
ITIK PEKING ITIK MOJOSARI PUTIH DAN ITIK PMP
SERTA ASOSIASINYA DENGAN SIFAT REPRODUKSI

MARLINDA INDRIATI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI TESIS
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Keragaman Gen Prolaktin
Ekson Empat pada Itik Peking, Itik Mojosari Putih dan Itik PMp serta Asosiasinya
dengan Sifat Reproduksi adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.
Bogor, Oktober 2014
Marlinda Indriati
NIM D151120061

2

RINGKASAN
MARLINDA INDRIATI. Keragaman Gen Prolaktin Ekson Empat pada Itik
Peking, Itik Mojosari Putih dan Itik PMp serta Asosiasinya dengan Sifat
Reproduksi. Dibimbing oleh CECE SUMANTRI dan TRIANA SUSANTI.
Prolaktin merupakan hormon polipeptida yang disekresikan oleh kelenjar
pituitary anterior dan memiliki berbagai dampak terhadap aktifitas dan fungsi
biologis semua hewan bertulang belakang (vertebrata). Tujuan dari penelitian ini
adalah untuk menganalisis polimorfisme wilayah gen prolaktin ekson empat dan
sebagian intron 3 dan 4 serta mengasosiasikan polimorfisme gen tersebut dengan
sifat-sifat reproduksi itik. Ekstraksi yang dilakukan pada sampel darah
menggunakan Genomic DNA Mini Kit (GeneAidTM DNA Isolation Kit) dimana
sampel darah diperoleh dari 168 itik yang terdiri dari 19 ekor itik Peking, 36 ekor
itik Mojosari putih dan 113 ekor itik silangan Peking Mojosari putih. Sepasang

primer ekson 4 disusun berdasarkan database sekuens genom yang telah
terpublikasi di Genbank dengan kode akses AB158611.
Analisis pensejajaran terhadap sekuens DNA didapat enam SNP yang terdiri
dari dua mutasi transversi yaitu T3941G dan C3975A, satu mutasi transisi yaitu
T4110C, dua delesi basa adenin pada posisi pada posisi 3724 pb (INDEL 3724A)
dan 4031 pb (INDEL 4031A) dan insersi pada posisi 3939 pb (INDEL 3939A).
Khusus untuk INDEL 3939A terjadi pada semua sampel itik penelitian.
Hasil analisis frekuensi alel menunjukan bahwa pada titik mutasi INDEL
3724A, T3941G, C3975A, INDEL 4031A dan T4110A pada itik sampel adalah
polimorfik karena terdapat dua alel yang berbeda dengan frekuensi alel < 99%.
Lain halnya dengan titik mutasi INDEL 3939A dimana hanya ditemukan satu
jenis alel dengan hasil perhitungan frekuensi alel sebesar 100% dengan kata lain
bahwa dalam populasi itik sampel INDEL 3939A adalah monomorfik.
Analisis statistik chi square mengenai perbedaan SNP terhadap jenis itik
yang berbeda menunjukan bahwa tidak ada hubungan antara perbedaan jenis SNP
yang ditemukan dengan ketiga jenis itik Peking, Mojosari putih dan PMp,
sedangkan analisis asosiasi SNP terhadap sifat-sifat reproduksi itik dapat
menunjukan bahwa lima titik mutasi yang ditemukan pada sekuens gen prolaktin
yaitu INDEL 3724A, T3941G, C3975A, INDEL 4031A dan T4110C berpengaruh
secara signifikan terhadap sifat produksi telur, persentase fertilitas dan daya tetas

telur itik.
Kata kunci: gen prolaktin, gen, itik, SNP, Mutasi,

3
SUMMARY
MARLINDA INDRIATI. Prolactin Gene Diversity Exon 4 in Peking, White
Mojosari and Peking Mojosari Duck Crossbred and Its Association with
Reproduction Traits. Supervised by CECE SUMANTRI dan TRIANA SUSANTI
Prolactin is a polypeptide hormone secreted by the anterior pituitary gland
and show has a variety of effects on biological activity and function in all
vertebrates. The aim of this study was to characterize the polymorphism in intron
regions and coding region of exon four of prolactin gene and gene polymorphisms
associate with reproductive traits of ducks. Extraction is performed on a blood
sample using the Genomic DNA Mini Kit (GeneAidTM DNA Isolation Kit) where
blood samples obtained from 168 ducks consisting of 19 Peking, 36 White
mojosari and 113 Peking white mojosari ducks crossbreeds. Primer pair exon 4
have been prepared on the genome sequence databases have been published in
GenBank with accession number AB158611.1.
Alignment analysis resulted 6 SNP there are two transverse mutation
T3941G and C3975A and one transition mutation is T4110C. Deletion adenine

base at position 3724 bp (INDEL 3724A) and 4031 bp (INDEL 34031). An
insertion adenine base at position 3939 bp (INDEL 3939) occured in all duck
samples.
Analysis allele frequency result showed that mutation of INDEL 3724A,
T3941G, C3975A, INDEL 4031A and T4110A in duck samples are polymorphic
because there are two different allele with frequency of allele < 99%. Another
mutation of INDEL 3939A only founded one type of allele with resulted
calculation of frequency allele is 100%, so that we can sugest that INDEL 3939A
is monomorphic.
Statistical analysis of SNP and different types of ducks showed there was no
significant relationship between the various types of SNP are found with three
different types of duck, whereas analysis association SNP with duck reproduction
traits can be shown that five SNPs were found in prolactin gene there are INDEL
3724A, T3941G, C3975A, INDEL 4031A and T4110C significantly was
associated with reproductive traits of egg production, fertility and percentages
hatchability egg (P