Struktur Komunitas Perifiton Di Perairan Cekungan Karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat

STRUKTUR KOMUNITAS PERIFITON DI PERAIRAN
CEKUNGAN KARST CILEUNGSI, KABUPATEN BOGOR,
JAWA BARAT

AGUNG SUTRIANSYAH

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Struktur Komunitas
Perifiton di Perairan Cekungan Karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat
adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum
diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta

dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.

Bogor, September 2015

Agung Sutriansyah
NIM C24110054

ABSTRAK
AGUNG SUTRIANSYAH. Struktur Komunitas Perifiton di Perairan Cekungan
Karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Dibimbing oleh NIKEN
TUNJUNG MURTI PRATIWI dan INNA PUSPA AYU.
Kawasan karst merupakan topografi unik yang terbentuk akibat endapan
aliran air pada bebatuan karbonat (berupa kapur, dolomit, atau marmer).
Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan struktur komunitas perifiton dan
keterkaitannya dengan kualitas fisika-kimia air di cekungan karst Cileungsi,
Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Penelitian ini dilakukan pada bulan Februari
hingga Maret dengan interval waktu pengambilan contoh 2 minggu. Komunitas
perifiton di cekungan karst Cileungsi terdiri atas 5 kelas, yaitu Bacillariophyceae
(9 genera), Cyanophyceae (7 genera), Chlorophyceae (6 genera), Dinophyceae (1
genus), dan Euglenophyceae (1 genus). Perbedaan diversitas total ( ) di

cekungan karst Cileungsi lebih ditentukan oleh komponen rich atau nestedness
dibandingkan dengan -3 (turnover). Hal ini disebabkan stasiun yang memiliki
diversitas yang rendah tersusun atas stasiun yang memiliki diversitas yang tinggi.
Pada Stasiun 1 parameter yang berpengaruh nyata terhadap perifiton adalah nitrat,
ortofosfat, alkalinitas, pH, dan kekeruhan. (R²= 99%), sedangkan pada Stasiun 2
parameter yang berpengaruh nyata terhadap perifiton adalah nitrat, ortofosfat,
alkalinitas, pH, dan kekeruhan. (R²= 99%).
Kata kunci: cekungan karst, diversitas, kualitas air, komunitas perifiton

ABSTRACT
AGUNG SUTRIANSYAH. Community Structure of Peryphiton in Karst
Sinkhole Cileungsi, Bogor, Jawa Barat. Supervised by NIKEN TUNJUNG
MURTI PRATIWI and INNA PUSPA AYU.
Karst is a unique topography formed by the deposit of water flow on
carbonate rocks (limestone, dolomite, or marble). This study aim to describe the
community structure of periphyton related to water quality in karst sinkhole
Cileungsi, Bogor, Jawa Barat. This research was conducted from February to
March with biweekly sampling. Community structure of periphyton in karstic
sinkhole consist of Bacillariophyceae (9 genera), Cyanophyceae (7 genera),
Chlorophyceae (6 genera), Dinophyceae (1 genus), and Euglenophyceae (1

genus). Differences in total diversity ( ) in the waters of karst Cileungsi more
determined by rich or nestedness than -3 (turnover). High value of nestedness
component ( rich) showed that the species composition in poorer locatity was
subset of the richer locality. In the Station 1, the parameters that significantly
affected to periphyton were nitrate, orthophosphate, alkalinity, pH, and turbidity
(R²=99%), whereas at the Station 2 parameters that significantly affected to
periphyton were nitrate, orthophosphate, alkalinity, pH, and turbidity (R²=99%).
Keywords: diversity, karst lake, periphyton community, water quality

STRUKTUR KOMUNITAS PERIFITON DI PERAIRAN
CEKUNGAN KARST CILEUNGSI, KABUPATEN BOGOR,
JAWA BARAT

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PRAKATA
Puji syukur Penulis panjatkan kepada Allah SWT, karena atas limpahan
rahmat dan hidayah-Nya Penulis dapat menyelesaikan penyusunan karya ilmiah
yang berjudul “Struktur Komunitas Perifiton di Perairan Cekungan Karst,
Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat”. Karya ilmiah ini disusun sebagai salah
satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi
Manajemen Sumberdaya Perairan. Pelaksanaan penelitian dan penulisan karya
ilmiah ini tidak lepas dari bantuan dan dukungan dari banyak pihak. Oleh karena
itu, penulis menyampaikan terima kasih kepada:
1.

Institut Pertanian Bogor (IPB) yang telah memberikan kesempatan kepada
penulis menjadi mahasiswa S1 IPB.
2. Yayasan Karya Salemba Empat atas dukungan beasiswa penulis selama
empat tahun.

3. Direktorat jenderal pendidikan tinggi atas bantuan dana penelitian BOPTN
skim Penelitian Unggulan dengan judul penelitian “Potensi Ekologis Serta
Pemanfaatan Air Karst Sebagai Media Tumbuh Kaya Mineral bagi
Mikrobiota Akuatik”.
4. Inna Puspa Ayu, SPi, MSi selaku pembimbing akademik yang telah
memberikan saran dan masukan selama kegiatan perkuliahan di MSP-IPB.
5. Dr Ir Niken TM Pratiwi, MSi dan Inna Puspa Ayu, SPi, MSi selaku dosen
pembimbing skripsi yang telah memberikan bimbingan, masukan dan arahan
sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
6. Dr Majariana Krisanti, SPi MSi selaku penguji luar komisi yang telah
memberikan bimbingan dalam menyelesaikan studi dan saran dalam
penyempurnaan tulisan ini.
7. Keluarga (Bapak Sutoto, Ibu Lisma Chairunnisa, Ratih Elsa Mardiana, Idham
Suprastyo, Hilda Rahmawati) atas dukungan materil, motivasi serta doa.
8. Seluruh staf departemen MSP dan staf laboratorium biologi mikro (Ibu Siti
Nursiyamah), yang telah membantu dalam pelaksanaan kegiatan perkuliahan
dan penelitian.
9. Ka dede, Bang zulmi, Ka Aliati, dan Bang Apri atas saran, masukan, dan
bimbingannya.
10. Tim penelitian karst Cileungsi (Muhamad Radifa, Pedryn Dirgantara, Ridho

Fatreza, Ida Nurokhmah, Bang dudi).
11. Teman-teman MSP 48 yang tidak bisa disebutkan satu per satu.
12. Prahesti Widya Ari Nugraheni atas saran, motivasi, dan membantu selama
penyusunan skripsi ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, September 2015
Agung Sutriansyah

DAFTAR ISI
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR LAMPIRAN
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
METODE
Waktu dan Tempat
Metode pengambilan contoh

Analisis Data
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Pembahasan
KESIMPULAN
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN

viii
ix
ix
ix
1
1
1
2
3
3
4
5

9
9
14
16
17
20

DAFTAR TABEL
1 Parameter fisika-kimia yang diukur (APHA, AWWA, WEF 2005)
2 Karakteristik cekungan karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat
3 Nilai indeks keanekaragaman (H’), keseragaman (E), dan dominansi (C)
fitoperifiton di cekungan karst cileungsi pada Februari-Maret 2015
4 Karakteristik fisika-kimia perairan cekungan karst Cileungsi Kabupaten
Bogor Jawa Barat
5 Diversitas fitoperifiton di perairan karst Cileungsi antar substasiun

5
9
11
11

13

DAFTAR GAMBAR
1 Diagram alir struktur komunitas perifiton di cekungan karst, Cileungsi
Kabupaten Bogor Jawa Barat
2 Peta lokasi pengambilan contoh cekungan karst
3 Persentase komposisi jumlah jenis dan kelimpahan perifiton di cekungan
karst Cileungsi Kabupaten Bogor Jawa Barat
4 Kelimpahan total fitoperifiton di perairan cekungan karst Cileungsi
Kabupaten Bogor Jawa Barat pada Februari-Maret 2015
5 Pengelompokan habitat berdasarkan kelimpahan fitoperifiton
6 Pengelompokan habitat berdasarkan kualitas air
7 Biplot rata-rata parameter kualitas air dan kelimpahan fitoperifiton
8 Nilai diversitas alfa dan gamma fitoperifiton di cekungan karst, Cileungsi,
Kabupaten Bogor, Jawa Barat

2
3
10
10

12
12
13
15

DAFTAR LAMPIRAN
1 Dokumentasi lokasi penelitian cekungan Karst Cileungsi Kabupaten
Bogor Jawa Barat
20
2 Jenis-jenis perifiton selama pengamatan menggunakan mikroskop
Triokuler Zeiss Primo Star yang dilengkapi perangkat lunak Axio Vision
Rel 4.8
20
2
3 Total rata-rata total kelimpahan fitoperifiton (sel/cm ) di cekungan karst
Cileungsi selama penelitian
21
2
4 Total rata-rata kelimpahan zooperifiton (sel/cm ) di cekungan karst selama
penelitian

22
5 Akar ciri dan korelasi parsial analisis komponen utama
22
6 Diversitas fitoperiton di cekungan karst Cileungsi
24
7 Regresi linier berganda antara parameter fisika kimia dengan
fitoperifiton
24

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang

Kawasan karst adalah suatu bentang alam atau morfologi suatu wilayah yang
biasanya terbentuk oleh batuan karbonat (batu gamping atau batu kapur). Istilah
karst berasal dari kata krast yang merupakan nama suatu kawasan di perbatasan
antara daerah Dinaric, mantan negeri Yugoslavia (Kroasia, Bosnia,-Herzegowina,
Slovenia) dengan Italia Utara (Soenarto 2006). Batuan karbonat di alam terbentuk
secara kimiawi (berupa larutan), sehingga tidak ada batuan karbonat yang terbentuk
oleh butiran (detritus) asal daratan (Samodra 2006). Pembentukannya juga
dipengaruhi oleh organisme asal laut, sehingga batuan karbonat umumnya
mengandung fosil. Kehadiran Fosil ini digunakan untuk merunut kembali kapan
dan di mana batu gamping diendapkan (Samodra 2006). Kawasan karst yang
terletak di pegunungan kapur Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat memiliki
beberapa perairan atau cekungan. Hal ini sangat berpengaruh terhadap
karakteristik perairan cekungan pada parameter fisika, kimia dan biologi.
Karakteristik parameter fisika-kimia yang khas di perairan tersebut akan
memunculkan struktur komunitas biota yang khas pula. Perairan karst memiliki
sedimen yang mengandung mineral tinggi dan mudah terlarut dalam air. Unsur
kimia utama sedimen karst adalah kalsium, magnesium, karbon, dan oksigen.
Beberapa kation yang dikandung, dalam jumlah sedikit adalah Fe, Mn, dan Zn.
Anion utama adalah CO32- dengan anion lain berupa SO42-, OH, F-, dan Cl yang
hadir dalam jumlah sedikit. Selanjutnya, unsur kelumit yang dikandung adalah B,
Ba, P, Mg, Ni, Cu, Fe, Zn, Mn, V, Na,U, Sr, Pb, dan K (Surono 2006). Unsur kimia
pada sedimen tersebut sangat mempengaruhi kualitas air di ekosistem karst,
sehingga dapat memunculkan komunitas perifiton dengan struktur tertentu.
Perifiton adalah sekelompok organisme mikroskopis yang hidup menempel
pada substrat yang terendam (Wetzel 2001). Perifiton memiliki peranan penting
dalam perairan, yaitu sebagai sumber makanan dan penghasil oksigen di perairan
(Spoljar et al. 2011). Substrat yang terendam adalah sedimen, batu, maupun
organisme hidup. Substrat dari benda hidup sering bersifat sementara, karena
adanya proses pertumbuhan dan kematian sehingga akan mengalami pembusukan,
sedangkan substrat benda mati tidak bersifat sementara (Ruttner 1974). Tipe
substrat dapat menentukan kolonisasi dan komposisi perifiton (Muharram 2006).
Substrat pada cekungan yang berada pada kawasan karst diduga akan memiliki
struktur komunitas perifiton yang berbeda dengan perairan lainnya.

Perumusan Masalah
Kawasan karst Cileungsi adalah suatu bentang alam berupa pegunungan
kapur yang terbentuk dari batuan karbonat seperti kapur dan dolomit. Karst
Cileungsi dimanfaatkan sebagai daerah penambangan kapur yang dilakukan oleh
masyarakat dan perusahaan. Akibat dari aktivitas tersebut terbentuklah cekungan.
Cekungan tersebut akan terisi air oleh aktivitas hidrologi. Karst yang terisi air dan

2
memiliki luasan yang cukup besar dapat disebut sebagai cekungan. Air tanah, air
hujan, dan limpasan di lingkungan karst melarutkan berbagai senyawa kapur. Di
samping itu, karena kawasan karst merupakan tempat penyimpanan air paling baik,
banyak bahan organik yang tersimpan, baik dari berbagai aktivitas antropogenik,
serasah, atau sisa metabolisme biota (Maulana 2011). Hal tersebut dapat
berpengaruh terhadap kualitas air yang juga mempengaruhi keberadaan biota yang
hidup di dalamnya, terutama perifiton.
Lingkungan karst yang khas diduga akan memunculkan komunitas perifiton
yang khas pula. Oleh karena itu, perlu dilakukan penentuan struktur komunitas
perifiton agar dapat mendeskripsikan karakteristik khas perifiton di perairan
cekungan karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Penentuan struktur
komunitas dapat dilihat dari kelimpahan dan komposisi perifiton (Gambar 1).

1. Hidrologi
2. Kualitas FisikaKimia Perairan
3. Substrat Batuan Karst
4. Perifiton

Kelimpahan dan
Komposisi perifiton &
Kualitas fisika-kimia air

Hubungan
parameter fisikakimia perairan
cekungan karst
terhadap struktur
komunitas perifiton

Karakteristik
struktur komunitas
perifiton khas pada
perairan cekungan
karst Cileungsi

Gambar 1 Diagram alir struktur komunitas perifiton di perairan cekungan karst Cileungsi, Kabupaten
Bogor, Jawa Barat
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan struktur komunitas perifiton
dan keterkaitannya dengan karakteristik kualitas fisika-kimia air di perairan
cekungan karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat.

Manfaat Penelitian
Hasil penelitian mengenai struktur komunitas perifiton ini dapat
memberikan informasi tentang perifiton dan kualitas fisika-kimia air karst yang
selanjutnya digunakan untuk mengoptimalkan potensi dan daya guna perairan karst
sehingga dapat dijadikan acuan dalam pengelolaan sumberdaya perairan di
cekungan karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat.

3

METODE
Waktu dan Tempat

Penelitian dilakukan di lapangan pada tanggal 1 Februari sampai 1 Maret
2015. Penelitian lapangan bertempat di cekungan karst, Kecamatan Klapanunggal,
Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Contoh yang didapatkan di lapangan,
kemudian dianalisis di Laboratorium Biologi Mikro I dan Laboratorium Fisika dan
Kimia Lingkungan Bagian Produktivitas dan Lingkungan Perairan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Peta lokasi penelitian dapat
dilihat pada Gambar 2.

Gambar 2 Peta lokasi pengambilan contoh perairan cekungan karst

4
Metode pengambilan contoh
Lokasi pengambilan contoh meliputi dua stasiun yang berada di wilayah karst
(Gambar 2 dan 3) dan Lampiran 1. Setiap stasiun memiliki dua substasiun
pengambilan contoh, yaitu Substasiun pinggir dan tengah. Stasiun pada cekungan
yang pertama ditentukan berdasarkan ada dan tidaknya tumbuhan air. Substasiun
pada bagian pinggir tidak terdapat tumbuhan air (1P), Substasiun pada bagian
tengah terdapat tumbuhan air (1T). Substasiun pada Stasiun 2 tidak ditentukan
secara khusus, karena kondisi cekungan cenderung homogen, sehingga diambil
substasiun pada bagian pinggir (2P) dan tengah (2T). Koordinat lokasi
pengambilan contoh diketahui menggunakan Global Positioning System (GPS).
Metode pengumpulan data

Contoh perifiton dan air diambil sebanyak dua ulangan pada setiap
substasiunnya. Contoh perifiton yang diambil adalah perifiton tipe epilitik
(kelompok perifiton yang menempel pada bebatuan). Perifiton diambil dengan cara
mengerik substrat batu menggunakan kuas, dengan luasan pengerikan 5×10 cm2.
Hasil pengerikan dimasukkan ke dalam botol polietilen 100 ml yang telah diisi
akuades sebanyak 50 ml. Contoh perifiton yang wberada dalam botol, diawetkan
dengan larutan Lugol 1%, dan diamati di laboratorium. Pengambilan contoh air
untuk pengamatan parameter fisika-kimia air karst dilakukan pada lapisan
permukaan, dengan menggunakan botol polietilen 1000 mL. Contoh air di dalam
botol polietilen tersebut kemudian dimasukan ke dalam cool box, yang bertujuan
sebagai pengawetan. Metode pengambilan dan penanganan contoh merunut
(APHA AWWA WEF 2005).
Kelimpahan Perifiton
Kelimpahan perifiton didefinisikan sebagai jumlah individu atau sel per
satuan (cm²) yang didapatkan dari hasil pencacahan terhadap contoh. Kelimpahan
perifiton dihitung berdasarkan jumlah jenis. Jumlah individu atau sel dihitung
dengan rumus yang disajikan dalam APHA AWWA WEF (2005) sebagai berikut.
N = Fp ×

n ×A ×V
AC × VS × AS

Keterangan
N
: kelimpahan perifiton (sel/cm²)
n
: jumlah perifiton yang diamati
AS
: luas substrat yang dikerik untuk perhitungan perifiton (cm)2
At
: luas penampang permukaan cover glass (mm²)
AC
: luas amatan (mm²)
Vt
: volume botol sampel (50 ml)
VS
: volume sampel (ml)
Fp
: faktor pengencer

5
Pengamatan contoh perifiton dilakukan untuk menentukan struktur
komunitas perifiton. Pengamatan contoh perifiton meliputi fitoperifiton dan
zooperifiton. Pengamatan terhadap perifiton dilakukan melalui pencacahan dan
identifikasi contoh perifiton dengan menggunakan Mikroskop binokuler model
Olympus dan Sedgwick-Rafter Cell (SRC) dengan ukuran volume 1 ml. Identifikasi
perifiton juga menggunakan buku identifikasi Mizuno (1979). Data kualitas fisikakimia air didapatkan dari analisis yang dilakukan di laboratorium. Prosedur analisis
kualitas fisika-kimia perairan mengacu kepada APHA, AWWA, WEF (2005).
Metode dan alat yang digunakan untuk analisis fisika-kimia perairan dapat dilihat
pada Tabel 1.
Tabel 11Parameter fisika-kimia yang diukur (APHA-AWWA-WEF 2005)
Parameter
Satuan
Alat ukur
Fisika
Kedalaman
Meter
Tali berskala
Kecerahan
Meter
Secchi disk
Kekeruhan
NTU
Turbidi meter
0
Suhu
Termometer
C
DHL
µmhos/cm
SCT meter
TSS
mg/L
Gravimetrik
TDS
mg/L
SCT meter
Kimia
pH
pH meter
DO
mg/L
Titrasi
Alkalinitas
mg/L CaCO3
Titrasi
Kesadahan
mg/L CaCO3
Titrasi
Nitrat
mg/L
Spektrofotometer
mg/L
Spektrofotometer
Nitrit
Ortofosfat
mg/L
Spektrofotometer
Silika
mg/L
Atomic Absortion
Spektrofotometer
Analisis Data

Struktur komunitas perifiton dapat diketahui melalui indeks keanekaragaman
(H’), keseragaman (E), dan dominansi (C) dari fitoplankton (Odum 199γ). Indeksindeks tersebut didapatkan melalui perhitungan yang menyertakan kelimpahan
perifiton. Hubungan parameter fisika-kimia khas perairan karst terhadap struktur
komunitas perifiton, dinyatakan melalui regresi linier berganda. Karakteristik
cekungan karst Cileungsi dapat digambarkan melalui indeks Canberra, Bray-Curtis,
diversitas alfa beta gamma dan analisis komponen utama.
Indeks diversitas (H’)
Diversitas atau keanekaragaman biota dapat ditentukan dengan informasi
Shannon Wiener (H’). Keanekaragaman komunitas adalah fungsi dari jumlah jenis

6
dan distribusi individu tersebut dalam jenis (Pryfogle and Lowe 1979). Persamaan
indeks tersebut adalah sebagai berikut (Krebs 1972).
�

′

H = − ∑ p ln p
�=

Keterangan:
H’
: Indeks keanekaragaman
pi
: proporsi jumlah jenis ke-i terhadap total seluruh populasi
s
: Jumlah individu dari jenis ke-i
Indeks keseragaman
Keseragaman adalah komposisi individu tiap jenis yang terdapat dalam suatu
komunitas (Krebs 1972). Indeks keseragaman dinyatakan dengan persamaan
sebagai berikut.
E=

Keterangan:
E
: indeks keseragaman
H’
: indeks keanekaragaman
Hmax
: ln s
s
: jumlah taksa

H

H′
a

Indeks keseragaman berkisar antara 0-1 (Odum 1971). Semakin kecil nilai
E, semakin kecil pula keseragaman populasi, artinya penyebaran jumlah individu
setiap jenis tidak sama sehingga ada kecenderungan suatu jenis mendominasi.
Sebaliknya, semakin besar nilai E (mendekati 1) maka penyebaran jumlah individu
dapat dikatakan sama atau tidak jauh berbeda sehingga tidak ada jenis yang
mendominasi (Legendre dan Legendre 1983).
Indeks dominansi
Untuk mengetahui adanya jenis tertentu yang mendominasi pada suatu
komunitas digunakan Indeks Dominansi Simpson (Odum 1971) sebagai berikut.
n
C= ∑
N
Keterangan :
C
: indeks Dominansi Simpson
ni
: jumlah individu ke-i
N
: jumlah total individu

=

Kisaran indeks dominansi adalah antara 0-1. Semakin mendekati nol maka
tidak ada yang mendominansi, sebaliknya apabila nilai mendekati nilai 1,
menunjukkan adanya dominansi.

7
Pengelompokan stasiun berdasarkan kelimpahan perifiton
Untuk pengelompokan berdasarkan kelimpahan perifiton menggunakan
indeks kesamaan Bray-Curtis (Brower et al. 1990) sebagai berikut:

Keterangan:
IBC
Xi-Yi
n

B=

∑ = |X − Y |
∑= X +Y

: indeks kesamaan Bray-Curtis
: nilai kelimpahan genus-i pada stasiun yang berbeda
: jumlah genus yang dibandingkan

Pengelompokan stasiun berdasarkan parameter fisika-kimia perairan
Analisis ini dilakukan untuk melihat pengelompokan atas dasar kesamaan
sifat fisika-kimia perairan antar lokasi pengamatan. Analisis pengelompokan
habitat menggunakan Indeks Canberra (Krebs 1989) yaitu;
C=

|X − Y |
1
]
[∑
X + Y
n
=

Keterangan :
IC
: indeks kesamaan Canberra
Xi-Yi
: nilai parameter fisika-kimia perairan pada stasiun berbeda
n
: jumlah parameter yang dibandingkan
Analisis komponen utama
Untuk menentukan variasi parameter fisika-kimia antar stasiun dan waktu
pengamatan, digunakan suatu pendekatan analisis statistik multivariabel didasarkan
pada Analisis Komponen Utama (Principle Component Analysis, PCA) (Legendre
dan Legendre 1983). Matriks data yang diterjemahkan terdiri dari stasiun dan
waktu pengamatan sebagai individu statistik (aksis atau baris) dan variabel
parameter fisika-kimia perairan (ordinat atau kolom) sebagai variabel kuantitatif
(Legendre dan Legendre 1983). Hasil analisis komponen utama divisualisasikan
dalam bentuk grafik biplot. Sumbu utama grafik biplot menjelaskan keragaman
total data.
Analisis keterkaitan antara kelimpahan perifiton dan kualitas air
Persamaan regresi berganda adalah persamaan regresi dengan satu peubah tak
bebas (Y) dengan lebih dari satu peubah bebas (X1, X2, X3, …, Xp). Nilai
kelimpahan perifiton dan kualitas air ditransformasikan terlebih dahulu kedalam
logaritma natural Krebs (1999). Hubungan antara peubah-peubah tersebut dapat
dirumuskan dalam bentuk persamaan (Mattjik dan Sumertajaya 2006) sebagai
berikut.

8
Yi =

0+

1lnX1i + 2lnX2i

Bentuk hipotetis yang diuji adalah:
H0 : 1 = 2 = 3 =…= p = 0
H1 : sekurang-kurangnya terdapat satu

p

+

3lnX3i +…. +

plnXpi + εi

yang tidak sama dengan 0

Hipotesis nol ditolak jika nilai F-hitung > Fα(p,(n-p-1)) atau jika nilai peluang
nyata (p) kurang dari nilai taraf nyata (α). Jika hipotesis nol ditolak, berarti
setidaknya terdapat satu peubah bebas yang berpengaruh terhadap peubah tak
bebas. Peubah bebas dalam penelitian ini adalah kelimpahan perifiton, sedangkan
peubah tak bebas adalah parameter kualitas air, yaitu nitrat, ortofosfat, dan
alkalinitas.
Penentuan diversitas alfa, beta, dan gamma
Diversitas alfa, beta, dan gamma digunakan untuk menentukan pengukuran
biodiversitas dalam skala spasial (Whittaker 1972). Jumlah jenis pada setiap
lokalitas (perairan) disebut diversitas alfa (α). Diversitas alfa (α) didapatkan dari
richness pada setiap stasiun.
Diversitas gamma ( ) merupakan seluruh
keanekaragaman di setiap lokalitas atau antar lokalitas yang didapatkan dari jumlah
total jenis pada kedua stasiun. Diversitas beta ( ) adalah perbandingan jumlah jenis
yang hanya ditemukan antar lokalitas. Berikut merupakan perhitungan diversitas
beta berdasarkan Calvarho et al. (2012):
cc =

[(b+c)/(a+b+c)], atau
-3 =

cc

=

-3+

rich

2* [(min(b,c)/(a+b+c)]
rich =

[(b-c)/(a+b+c)]

Keterangan :
Βcc
-3
rich

a
b
c

: Perbedaan diversitas total antar lokalitas
: Turnover antar lokalitas
: Proporsi perbedaan diversitas antar lokalitas (nestedness)
: Jumlah jenis yang ditemukan diseluruh lokalitas
: Jumlah jenis yang ditemukan hanya di lokalitas satu
: Jumlah jenis yang ditemukan hanya di lokalitas dua

9

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Kondisi perairan cekungan karst Cileungsi
Cekungan karst pada Stasiun 1 memiliki umur perairan lebih dari lima
tahun, sedangkan Stasiun 2 memiliki umur perairan satu tahun. Karakteristik pada
Stasiun 1, yaitu memiliki tumbuhan air, ikan, bentos, udang, substrat berupa lumpur
dan ketersediaan air permanen. Hal ini berbeda dengan Stasiun 2 yang memiliki
substrat berupa batu, ketersediaan air bersifat temporer dan tidak terdapatnya
tumbuhan air, ikan, dan bentos.
Tabel 2 Karakteristik cekungan karst Cileungsi Kabupaten Bogor Jawa Barat
Karakteristik

√/ ̶

Tumbuhan Air

√

Ikan

√

Bentos & Udang

√

Substrat

√

Stasiun 1
Keterangan
2 jenis tumbuhan
air tenggelam
Beberapa jenis ikan
(Mas, lele, dan lain-lain)
Beberapa jenis
(Keong mas, dan lain-lain)
Lumpur

√/ ̶

Stasiun 2
keterangan

̶

̶
̶

̶

̶

̶

√

Batu

Umur
√
> 5 tahun
√
Hidrologi
√
Permanen
√
(Ketersediaan air)
Sumber : Hasil wawancara perairan karst Cileungsi Oktober 2014 dan Maret 2015

± 1 tahun
Temporer

Komposisi jumlah jenis

Komposisi jumlah jenis fitoperifiton di perairan cekungan karst Cileungsi
100%
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
1P

Cyanophyceae

1T

Euglenophyceae

2P
Stasiun
Substasiun
Dinophyceae

2T

Bacillariophyceae

Chlorophyceae

Gambar 3 Persentase komposisi jumlah jenis fitoplankton pada setiap stasiun
pengamatan di cekungan karst Cileungsi selama penelitian

10

Komposisi kelimpahan (%)

Hasil pengamatan perifiton di seluruh stasiun pengamatan cekungan Karst
Cileungsi terdiri atas 5 kelas, yaitu Bacillariophyceae (9 genera), Cyanophyceae
(7 genera), Chlorophyceae (6 genera), Dinophyceae (1 genus), dan Euglenophyceae
(1 genus). Fitoperifiton untuk kelas Bacillariophyceae merupakan kelompok yang
mendominasi disetiap stasiun, baik berdasarkan komposisi jenis maupun
kelimpahan jenis (Gambar 3 dan 4). Hasil dokumentasi fitoperifiton disajikan pada
Lampiran 2.
100%
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
1P

Cyanophyceae

1T

2P

Substasiun
Euglenophyceae Dinophyceae

2T

Bacillaria / Diatom

Chlorophyceae

Kelimpahan perifiton (sel/cm²)

Gambar 4 Persentase komposisi kelimpahan perifiton pada setiap stasiun
pengamatan di cekungan karst Cileungsi selama penelitian
25000
20000
15000
10000
5000
0
1P

1T

2P

2T

Substasiun

Gambar 5 Kelimpahan total fitoperifiton di cekungan karst Cileungsi Kabupaten
Bogor Jawa Barat pada Februari-Maret 2015
Kelimpahan total perifiton pada penelitian ini berkisar 7483-20436 sel/cm²
(Gambar 5). Kelimpahan perifiton tertinggi berada di Stasiun 1 tengah, yaitu 20436
sel/cm² dan paling rendah di Stasiun 2 tengah, yaitu 7483 sel/cm². Kelimpahan
masing-masing jenis fitoperifiton yang ditemukan selama penelitian dapat dilihat
pada Lampiran 3. Selain fitoperifiton, terdapat organisme zooperifiton yang
ditemukan pada substrat yang berada pada kedua stasiun. Zooperifiton yang

11
ditemukan terdiri atas 3 genus, yaitu Brachionus, Monostyla, dan Vorticella.
Zooperifiton hanya berada di beberapa pengamatan dan memiliki jumlah yang
sedikit, sehingga tidak disertakan dalam mendeskripsikan struktur komunitas
perifiton di cekungan karst, Cileungsi. Total rata-rata kelimpahan zooperifiton
disajikan pada Lampiran 4.
Struktur komunitas fitoperifiton di perairan cekungan karst Cileungsi
Nilai indeks keanekaragaman, keseragaman, dan dominansi dapat digunakan
untuk mendeskripsikan komunitas perifiton di cekungan karst, Cileungsi. Struktur
komunitas perifiton selama pengamatan, dapat dilihat pada Tabel 3. Berdasarkan
Tabel 2, indeks dominansi di Stasiun 1 memiliki nilai dominansi yang lebih tinggi
dibandingkan Stasiun 2.
Tabel 3 Nilai indeks keanekaragaman (H’), keseragaman (E), dan dominansi (C)
fitoperifiton di cekungan karst Cileungsi pada Februari-Maret 2015
Indeks
Indeks Keanekaragaman (H')
Indeks Keseragaman (E)
Indeks Dominansi (C)

Stasiun
1P
0,29-1,80
0,18-0,72
0,25-0,40

1T
1,41-2,33
0,56-0,85
0,18-0,40

2P
1,19-1,94
0,50-0,84
0,19-0,25

2T
1,30-1,61
0,61-0,70
0,17-0,28

Hasil pengukuran kualitas fisika-kimia air
Kondisi kualitas fisika-kimia cekungan karst Cileungsi selama penelitian
memiliki karakteristik tertentu (Tabel 4). Stasiun 2 memiliki nilai kualitas air yang
tinggi dibandingkan Stasiun 1.
Tabel 4 Karakteristik fisika-kimia perairan cekungan karst Cileungsi Kabupaten
Bogor Jawa Barat
Parameter
Fisika
Kedalaman (m)
Kecerahan (cm)
Kekeruhan (NTU)
Suhu (oC)
DHL (µmhos/cm)
TSS (g/L)
TDS (mg/L)
Kimia
pH
DO (mg/L)
Alkalinitas (mg/L CaCO3)
Kesadahan (mg/L CaCO3)
Kesadahan Ca (mg/LCaCO3)
Nitrat (mg/L)
Nitrit (mg/L)
Ortofosfat (mg/L)
Silika (mg/L)

Stasiun
1P

1T

2P

2T

0,530 ± 0,045
53,330 ± 5,500
7,690 ± 5,470
26,630 ± 0,390
255,830 ± 420
0,007 ± 0,005
127,830 ± 20,950

2,000 ± 0,087
76,750 ± 16,100
10,130 ± 9,430
26,370 ± 0,450
253,500 ± 46,000
0,006 ± 0,004
126,65 ± 22,9

0,580 ± 0,060
58,500 ± 6,450
3,410 ± 1,300
25,320 ± 0,240
425,500± 19,8
0,005± 0,004
212,75± 9,600

2,400 ± 0,350
112,250 ± 2,630
3,650 ± 1,430
25,650 ± 0,240
427 ± 19,200
0,004 ± 0,003
213,250 ± 9,570

8,470 ± 0,060
5,730 ± 0,940
89,330 ± 69,040

8,330 ± 0,060
6,170 ± 0,730
84 ± 62,500

6,820 ± 0,150
7,660 ± 2,180
104 ± 20,700

6,930 ± 0,090
8,610 ± 0,720
106 ± 11,500

160,840 ± 48,560
138,980 ± 27,420
0,029 ± 0,010
0,001 ± 0,001
0,008 ± 0,004
0,154 ± 0,025

159,670 ± 55
131,170 ± 33,300
0,034 ± 0,020
0,006 ± 0,001
0,010 ± 0,007
0,166 ± 0,010

268,190± 43,5
258,830± 40
0,380 ± 0,140
0,003± 0,001
0,011± 0,009
0,151 ± 0,031

267,030 ± 52,300
259 ± 51,400
0,500 ± 0,230
0,003 ± 0,001
0,016 ± 0,010
0,146 ± 0,022

12
Pengelompokan stasiun berdasarkan kelimpahan fitoperifiton
Berdasarkan taraf kesamaan 75%, pengelompokan stasiun berdasarkan nilai
kelimpahan fitoplankton terbagi menjadi dua kelompok (Gambar 7). Kelompok I
terdiri atas Substasiun 1P dan 1T (90%), sedangkan kelompok II terdiri atas
Substasiun 2P dan 2T (93%).

Similaritas %

8,19

38,79

69,40

75%

100,00
1P

1T

2P

2T

Stasiun

Gambar 7 Pengelompokan habitat berdasarkan kelimpahan fitoperifiton
Pengelompokan stasiun berdasarkan kualitas air
Berdasarkan taraf kesamaan 75%, pengelompokan stasiun berdasarkan nilai
parameter fisika dan kimia terbagi menjadi dua kelompok (Gambar 8). Kelompok
I terdiri atas Substasiun 1P dan1T (84%), sedangkan kelompok II terdiri atas
substasiun 2P dan 2T (78%). Nilai kesamaan antara Stasiun 1 (kelompok 1) dengan
Stasiun 2 (kelompok 2) cukup rendah, yaitu (>12,71 %). Hal ini diduga Staisun 1
dan Stasiun 2 memiliki kondisi fisika kimia yang cenderung berbeda.

Similaritas (%)

12.71

41.81

70.90

75%

100.00
1a
1P

1b
1T

2a
2P

2b
2T

Stasiun

Gambar 8 Pengelompokan habitat berdasarkan kualitas fisika kimia perairan.

13
Parameter penciri di stasiun amatan perairan cekungan karst, Cileungsi
Biplot hasil analisis komponen utama kualitas air diilustrasikan pada
Gambar 9. Hasil biplot menunjukkan bahwa kelimpahan fitoperifiton sangat
dominan di Staisun 1. Stasiun 2 lebih dicirikan oleh parameter kualitas air baik
Stasiun 2 pinggir (2P) maupun tengah (2T). Nilai analisis komponen utama
disajikan pada Lampiran 5.
2,0

1T

1,5

Komponen kedua

1,0

Dinophyceae

Kecerahan

2T
Ortofosfat

Kekeruhan

0,5

Chlorophyceae

DO
Nitrat
0,0 DHL
TDS
Kesadahan Total

Suhu
pH
Bacillariophyceae
Cyanophyceae

Alkalinitas

-0,5

TSS
Euglenophyceae

2P

-1,0

1P

-1,5
-4

-3

-2

-1

0

1

2

3

4

Komponen pertama

Gambar 9 Hasil analisis komponen utama keterkaitan perifiton dengan parameter
Diversitas Alfa,
dan Gamma
fisikaBeta,
dan kimia
Diversitas alfa (α), beta ( ), dan gamma ( ) fitoperifiton
Diversitas α adalah jumlah kekayaan jenis perifiton pada masing-masing
stasiun amatan. Berikut merupakan nilai α secara berturut-turut pada Substasiun 1
dan 2, yaitu 22, 21, 17, dan 14 jenis. Perbandingan nilai tertinggi beta Jaccard dan
rich adalah Stasiun 1P dan 2T dengan nilai berturut-turut sebesar 0,43 dan 0,34
(Tabel 5). Nilai indeks cc dan rich terendah yaitu 0,13 dan 0,04 pada Substasiun
1P dan 1T. Secara lengkap nilai diversitas fitoperifiton disajikan pada Lampiran
6. Nilai diversitas merupakan jumlah total kekayaan jenis fitoperifiton yang
terdapat di cekungan karst Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Nilai
diversitas α dan diilustrasikan dalam bentuk grafik pada Gambar 10.
Tabel 5 Diversitas

fitoperifiton di perairan karst Cileungsi antar Substasiun
Substasiun

Diversitas
Βcc
-3
Βrich

1P dan 1T 1P dan 2P
0,1304
0,2917
0,0870
0,0833
0,0435
0,2083

1P dan 2T 1T dan 2P
0,4348
0,3333
0,0870
0,1667
0,3478
0,1667

1T dan 2T
0,4091
0,0909
0,3182

2P dan
2T
0,2547
0,0124
0,2422

14
30
25

Diversitas

20
15
10
5
0
α

α

α

α

γ

Notasi diversitas
α

α

α

α

γ

Gambar 10 Diversitas alfa (α) dan gamma ( ) perifiton di cekungan karst
Cileungsi
Pembahasan
Karst Cileungsi memiliki berbagai perairan yang berbentuk cekungan akibat
aktivitas penambangan kapur. Substrat pada cekungan karst Cileungsi berupa
batuan kapur. Struktur komunitas perifiton terbentuk pada substrat karena adanya
proses kolonisasi. Proses kolonisasi dipengaruhi oleh beberapa faktor, seperti tipe
substrat, ukuran substrat, dan rata-rata reproduksi perifiton (Acs dan Kiss 1993 in
Mihaljevic 2013).
Cekungan karst Cileungsi memiliki kelimpahan dan komposisi jenis
fitoperifiton yang didominasi oleh kelas Bacillariophyceae. Pada penelitian
Mattson et al. (1995) di perairan karst bagian Utara Florida, perifiton didominasi
oleh kelas Bacillariophyceae. Hal ini diduga bahwa Bacillariophyceae (Diatom)
merupakan jenis algae yang bersifat kosmopolitan, memiliki laju pertumbuhan
yang tinggi, memiliki toleransi yang tinggi, dan mampu beradaptasi terhadap
perubahan lingkungan (Retnani 2001). Menurut Reynolds (1986) faktor yang
mempengaruhi pertumbuhan Diatom adalah silika dan kalsium. Pada penelitian ini
didapatkan nilai silika cukup rendah pada kedua stasiun. Pemanfaatan silika
terlarut oleh perifiton akan menyebakan penurunan nilai silika menjadi sangat
rendah atau mencapai nilai deteksi limit (Pal dan Choudhury 2014).
Komposisi fitoperifiton yang ditemukan pada saat penelitian terdiri atas lima
kelas, yaitu Bacillariophyceae, Cyanophyceae, Chlorophyceae, Euglenophyceae,
dan Dinophyceae. Kelimpahan jenis fitoperifiton mulai dari terbesar sampai
terkecil secara berurutan, yaitu Navicula sp. (Bacillariophyceae), Rhizoclonium sp.
(Cholorophyceae), Oscillatoria sp. (Cyanophyceae), Peridinium sp.
(Dinophyceae), dan Euglena sp. (Euglenophyceae). Menurut Hynes (1972) kelas
Euglenophyceae mempunyai kelimpahan yang sangat kecil disebabkan organisme
tersebut biasanya mempunyai alat gerak flagella sehingga jarang ditemukan sebagai
perifiton.

15
Kelimpahan total fitoperifiton pada setiap stasiun memiliki perbedaan yang
cukup tinggi. Stasiun 1 memiliki kelimpahan tertinggi sebesar 19912-20436
sel/cm² dan paling rendah di Stasiun 2 sebesar 7483-8020 sel/cm². Faktor yang
mempengaruhi pertumbuhan perifiton adalah tipe perairan, cahaya, tipe substrat,
pH, alkalinitas, nitrogen, fosfor, carbon, suhu, dan ion terlarut dalam perairan
cekungan karst Cileungsi. Hal ini sesuai dengan pendapat Weitzel (1979).
Indeks dominansi di Stasiun 1 memiliki nilai yang lebih tinggi dibandingkan
pada Stasiun 2. Hal tersebut terjadi karena adanya genus yang memiliki kelimpahan
lebih besar dari genus lainnya, seperti Navicula sp. di Stasiun 1. Menurut Hynes
(1972) alga bentik yang sering ditemukan dalam jumlah besar adalah Synedra,
Nitzschia, Navicula, Diatoma, dan Surirella. Secara keseluruhan, nilai indeks
keseragaman yang didapat selama pengamatan termasuk cukup tinggi dan indeks
dominansi rendah. Hal ini menggambarkan keadaan jenis fitoperifiton yang
memiliki keseragaman populasi yang cukup tinggi dengan penyebaran individu tiap
jenis cukup merata sehingga tidak terdapat genus yang mendominasi.
Nilai indeks keanekaragaman fitoperifiton yang diperoleh menunjukkan
bahwa cekungan ini memiliki keanekaragaman jenis yang relatif rendah. Hal ini
digambarkan oleh nilai diversitas (α) yang relatif rendah. Diversitas (α) pada
Stasiun 1 lebih besar dibandingkan dengan Stasiun 2. Komunitas perifiton di
Stasiun 1 lebih beragam dibandingkan dengan Stasiun 2. Hal ini dikarenakan
Stasiun 1 memiliki umur yang lebih lama sekitar lima tahun dibandingkan Stasiun
2 yang baru terbentuk satu tahun lalu. Perairan yang lebih lama terbentuk dan
memiliki pengaruh lingkungan yang beragam, sehingga stasiun 1 memiliki
kekayaan jenis lebih tinggi dibandingkan dengan Stasiun 2. Thakur et al. (2013)
menyatakan bahwa keberadaan perifiton dapat sangat bervariasi di setiap perairan,
tergantung dari umur perairan, morfometri, dan faktor lokasional lainnya.
Nilai diversitas (α), turnover ( -3), dan diversitas gamma ( ) di perairan karst
Cileungsi relatif rendah. Hal tersebut menunjukkan bahwa kedua perairan tersebut
memiliki komposisi jenis perifiton yang tidak jauh berbeda, dan kecil kemungkinan
terjadi pergantian jenis (turnover). Hal ini ditunjukkan dengan nilai ( -3) atau
(turnover) yang rendah di kedua stasiun. Perbedaan diversitas total ( ) di cekungan
karst Cileungsi lebih ditentukan oleh komponen ( rich) atau nestedness
dibandingkan dengan -3 (turnover). Hal ini disebabkan stasiun yang memiliki
diversitas yang rendah tersusun atas stasiun yang memiliki diversitas yang tinggi.
Nilai parameter fisika-kimia pada Stasiun 1 cenderung kecil dibandingkan
dengan Stasiun 2. Nilai parameter tersebut tergambarkan pada biplot analisis
komponen utama. Hal ini diduga bahwa Stasiun 2 tidak memiliki tumbuhan air
seperti pada Stasiun 1, sehingga nutrien hanya dimanfaatkan oleh fitoperifiton.
Nilai kesamaan antara Stasiun 1 dan Stasiun 2 memiliki nilai yang rendah
diduga karakteristik lingkungan yang berbeda seperti adanya tumbuhan air yang
ditemukan pada Stasiun 1 tetapi tidak ditemukan pada Stasiun 2. Stasiun 1 memiliki
nilai yang rendah karena nutrien tidak hanya dimanfaatkan oleh perifiton tetapi
dimanfaatkan juga oleh tumbuhan air, berbeda dengan Stasiun 2 yang hanya
dimanfaatkan oleh perifiton. Pengelompokan habitat berdasarkan kelimpahan
fitoperifiton di Stasiun 1 memiliki tingkat kesamaan yang rendah dengan Stasiun 2.
Hal ini disebabkan fitoperifiton di Stasiun 1 memiliki jumlah kelimpahan dan
komposisi yang lebih tinggi dibandingkan dengan Stasiun 2.

16
Regresi berganda digunakan untuk mengetahui parameter kualitas air
cekungan karst yang berpengaruh terhadap kelimpahan fitoperifiton. Hasil regresi
linear berganda di Stasiun 1 menunjukkan kelimpahan fitoperifion dipengaruhi
secara oleh nitrat (X1) ortofosfat (X2), alkalinitas (X3), pH (X4), kekeruhan (X5),
dan nitrit (X6) (R2 = 99%). Persamaan regresi yang diperoleh adalah lnY= –
25,1665–24,9339 lnX1*–54,9339 lnX2*+0,2537 lnX3*–20,1379 lnX4*–0,2440
lnX5* +14,09 lnX6 (*: korelasi signifikan pada α=0,20). Analisis secara lengkap
disajikan pada Lampiran 8. Nilai alkalinitas yang tinggi akan berpengaruh terhadap
meningkatnya produktivitas perairan dan biasanya perairan alami memiliki nilai
alkalinitas berkisar 40 mg/L CaCO3 (Boyd 1988). Pada cekungan karst Cileungsi,
nilai alkalinitas berkisar pada 84–106 mg/L. Nilai pH di perairan dipengaruhi oleh
keseimbangan gas CO2 (bikarbonat) dan HCO3- (ion karbonat). Tingginya nilai
alkalinitas menyebabkan nilai pH akan bergeser kearah netral. Menurut Ray dan
Rao (1964) pH optimum untuk perkembangan diatom berkisar antara 8-9. Kondisi
perairan dengan pH netral sampai basa umumnya mampu mendukung kehidupan
alga biru serta keanekaragaman jenisnya (Suryono 2012).
Regresi berganda pada Stasiun 2 menunjukkan kelimpahan fitoperifion
dipengaruhi secara nyata oleh nitrat (X1) ortofosfat (X2), alkalinitas (X3), pH (X4),
kekeruhan (X5), dan nitrit (X6) (R2 = 99%). Persamaan regresi yang diperoleh
adalah lnY= –38,2822–2,4036 lnX1*–62,8929 lnX2*+2,3961 lnX3*+19,5932
lnX4*–1,1202 lnX5*–191,75 lnX6 (*: korelasi signifikan pada α=0,20). Analisis
secara lengkap disajikan pada Lampiran 7. Hasil tersebut didukung oleh pernyataan
Raeder et al. (2010), bahwa nutrien merupakan faktor yang mempengaruhi
pertumbuhan dan persebaran perifiton. Nutrien tersebut adalah nitrat, ortofosfat,
dan karbon (Weitzel 1979).
Faktor lain yang mempengaruhi pertumbuhan perifiton adalah tipe dan
ketersediaan substrat (Weitzel 1979). Menurut Hynes (1972) perifiton dalam
jumlah besar biasa di temukan pada objek atau substrat yang kokoh. Substrat yang
memiliki permukaan kasar serta sudut yang langsung terkena cahaya matahari
merupakan pengaruh utama terbentuknya struktur komunitas perifiton (Pryfogle et
al. 1979). Hasil regresi berganda didapatkan bahwa hubungan kualitas fisika-kimia
air dengan kelimpahan fitoperifiton pada Stasiun 1 dan Stasiun 2, memiliki korelasi
signifikan dengan nitrat, ortofosfat, alkalinitas, pH, dan kekeruhan.
Kawasan karst memiliki karakteristik khas dengan batuan yang memiliki
mineral tinggi. Kandungan mineral yang tinggi sangat berpengaruh terhadap
pertumbuhan mikroorganisme khususnya perifiton.
Dengan dilakukannya
penelitian ini, dapat diketahui bahwa kawasan karst memiliki potensi sebagai
habitat bagi berbagai mikroorganisme khususnya perifiton.

KESIMPULAN
Struktur komunitas perifiton di cekungan Karst Cileungsi Kabupaten Bogor
Jawa Barat terdiri atas kelas Bacillariophyceae (9 genera), Chlorophyceae (6
genera), Cyanophyceae (7 genera), Dinophyceae (1 genus), dan Euglenophyceae (1
genus), kemudian pada zooperifiton terdapat filum Rotifera (2 jenis), dan Protozoa
(1 jenis). Perbedaan diversitas total ( ) di cekungan karst Cileungsi lebih

17
ditentukan oleh komponen ( rich) atau nestedness dibandingkan dengan pergantian
spesies -3 (turnover). Pada Stasiun 1 dan Stasiun 2, kelimpahan fitoperifiton
dipengaruhi oleh parameter kualitas air, seperti nitrat, ortofosfat, alkalinitas, pH,
dan kekeruhan.

DAFTAR PUSTAKA
Apriadi T, Pratiwi NTM, Hariyadi S. 2014. Fitoremediasi limbah budidaya sidat
menggunakan filamentous algae (Spyrogyra ap.). Journal of Depik. 3(1): 4655.
Asaeda T, Son DH. 2000. Spatial structure and populations of a periphyton
community: a model and verification. Journal of Ecological Modelling. 133
(2000) 195-207.
[APHA; AWWA; WEF] American Public Health Association; American Water
Works Association; Water Environment Federation. 2005. Standard
Methods for the Examination of Water and Wastewater. 22nd ed. Rice EW,
Baird RB, Eaton AD, Clesceri LS, editor. Washington DC (US): APHA.
1360 p.
APHA. 1995. Standard methods. 19th Edition. American Public Health Association,
Washington, DC. Brower JE, JH Jar dan CN von Ende. 1990. Field and
Laboratory Methods for General Ecology. 3rd Edition. WMC Brown
Company Publisher, Dubuque, Iowa. 237p.
Boyd CE. 1988. Water Quality in Warmwater Fish Ponds. Fourth Printing.
Auburn University Agricultural Experiment Station. Alabama, USA. 359 p.
Brower JE, JH Jar, CN von Ende. 1990. Field and Laboratory Methods for
General Ecology. 3rd Edition. WMC Brown Company Publisher, Dubuque,
Iowa. 237p.
Fogg GE, Thake B. 1987. 3th Edition Algal Cultures and Phytoplankton Ecology.
The University of Winsconsin Press. 259p.
Hynes, H. B. N. 1972. The Ecology of Runing Water. University of Toronto
Press. Toronto.
Krebs CJ. 1972. Ecology: The Scientific Study of the Interactions that Determine
the Distribution and Abundance of Organisms. Harper & Row Publisher.
New York.
Krebs CJ. 1989. Ecology: The Experimental analysis of Distribution and
Abundance. Harper & Row Publisher. New York.
Krebs CJ.
1999.
Ecological Methodology.
Menlo Park, California:
Benjamins/Cummings.
Larned, ST, Santos SR. Light and Nutrient-Limited Periphyton in Low Order
Streams of Oahu, Hawaii. Hydrobiologia 432 (2000): 101-111.
Legendre P, Legendre L. 1983. Numerical Ecology. Amsterdam: Elsevier
Science BV.
Mason CF. 1991. Biology of Freshwater Pollution. Second Edition. Longman
Scientific and Technical, New York.

18
Mason CF. 1993. Biology of Freshwater Pollution. New York: Longman Scientific
and Technical.
Mattson RA, Epler JH, Hein MK. 1995. Descriptiom of benthic communities in
karst, spring-fed stream of North Central Florida. Journal of the Kansas
Entomological Society. 68 (2): 18-42 p.
Maulana YC.
2011.
Pengelolaan berkelanjutan kawasan karst Citatah
Rajamalanda. Region Volume (3): 2.
Mihaljevic M, Pfeiffer TZ, Stevic F, Spoljaric D. 2013. Periphytic algae
colonization driven by variable environmental components in a temperate
floodplain lake. Limnology Journal. 49 (2013): 179-190.
Mizuno T. 1979. Illustration of the freshwater plankton of Japan. Hoikusha
publishing Co., Ltd. Japan.
Muharram N. 2006. Struktur komunitas perifiton dan fitoplankton di bagian hulu
ciliwung, Jawa Barat. [Skripsi]. Departemen Manajemen Sumber Daya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Odum EP. 1971. Fundamental of ecology. 3rd Edition. W. B. Saunders Company,
Philadelphia. 574 p.
Odum PE. 1993. Dasar – Dasar Ekologi. Penerjemah. Samingan T. Gadjah Mada
University Press.
Pryfogle PA, Lowe RL. “Sampling and interpretation of epilithic lotic diatom
communities”, methods and measurements of periphyton communities: A
review, ASTM STP 690, RL Weitzel, Ed., American Society for Testing and
Materials, 1979, pp. 77-89.
Ray D, Rao NGS. 1973. Diversity of freshwater diatoms in reaction to some
physicochemical condition of water. Blachister Inc. Hal 35-65.
Reader U, Ruzicka J, Goos C. 2010. Characterization of the light attenuation by
periphyton in lakes of different trophic state. Journal of limnologica. 40 : 4046.
Retnani AD. 2001. Struktur komunitas plankton di perairan mangrove angke
kapuk, Jakarta Utara. [Skripsi]. Departemen Manajemen Sumber Daya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Reynolds CS. 1986. Experimental manipulations of the phytoplankton periodicity
in large limnetic enclosures in Blelham Tarn, English Lake District.
Hydrobiologia Journal. 1γ8: 4γ−64.
Ruttner F. 1974. Fundamental of Limnology. 3rd Ed. University of Toronto Press,
Toronto. 107 p.
Samodra. 2006. Pengelolaan sumberdaya air di kawasan karst. Puslit BiologiLIPI. 391 p.
Soenarto B. 2006. Pengelolaan sumberdaya air di kawasan karst. Puslit BiologiLIPI. 391 p.
Spoljar M, Stafa D, Ostojic A, Drazina T, Matonickin KR, Kralj BK, Primc B.
2011. Tufa deposition in a karst stream as an indicator of water quality (papuk
nature park, Croatioa). Journal of Ribarstvo. 69 (4) : 137-151.
Suryono T. 2012. Pengaruh unsur hara (N dan P) terhadap biomassa dan struktur
komunitas perifiton studi kasus sungai Ciliwung. [Tesis]. Sekolah pasca
sarjana, Institut Pertanian Bogor.
Surono. 2006. Pengelolaan sumberdaya air di kawasan karst. Puslit Biologi-LIPI.
391 p.

19
Thakur RK, Jindal R, Singh UB, Ahluwalia AS. 2013. Plankton diversity and water
quality assesment of three freshwater lakes of Mandi (Himachal Pradesh,
India) with special reference to planktonic indicators. Enviromental
Monitoring Assesment 185: 8355-8373.
Welch EB. 1980. Ecological effect of wastesater. Cambridge University Press.
New York. 337p.
Weitzel RL. 1979. Periphyton measurements and applications, “methods and
measurements of periphyton communities”: A review, ASTM STP 690, RL
Weitzel, Ed., American Society for Testing and Materials, 1979, pp. 3-33.
Wetzel RG. 2001. Limnology, Lake and River Ecosystem. 3rd. Academis Press.
New York.
Whittaker RH. 1972. Evolution and Measurement of Species Diversity. Taxon 21:
213–251.

20

LAMPIRAN
Lampiran 1 Dokumentasi lokasi penelitian cekungan Karst Kabupaten Bogor
Cileungsi Jawa Barat

Perairan karst Stasiun 1

Perairan karst Stasiun 2

Lampiran 2 Jenis-jenis perifiton selama pengamatan menggunakan mikroskop
triokuler Zeiss Primo Star yang dilengkapi perangkat lunak Axio
Vision Rel 4.8

Navicula sp.

Spirulina sp.

Rhizoclonium sp.

Oscillatoria sp.

Fragilaria sp.

Eunotia sp.

Cosmarium sp.

Closterium sp

Euglena sp.

Cymbella sp.

Amphora sp.

Frustulia sp.

21
Lampiran 3 Total rata-rata kelimpahan fitoperifiton (sel/cm2) di cekungan karst
Cileungsi Kabupaten Bogor Jawa Barat selama penelitian
Organisme

1P

1T

2P

2T

Ankistrodesmus sp.

146

178

4

34

Cosmarium sp.

166

130

8

17

Closterium sp.

30

147

21

0

407

568

36

8

Chlorophyceae

Scenedesmus sp.
Staurastrum sp.

95

122

0

0

3645

3760

1390

1629

2

0

24

0

142

190

338

391

Navicula sp.

9472,

9684

2873

1425

Cymbella sp.

716

826

92

30

Nitzschia sp.

386

520

1526

1830

Surirella sp.

0

4

0

0

Rhizoclonium sp.
Bacillariaphyceae
Synedra sp.
Fragilaria sp.

Eunotia sp.

0

0

113

105

Amphora sp.

158

134

25

5

Frustulia sp.

289

257

4

0

18

0

0

0

Cyanophyceae
Chroococcus sp.
Merismopedia sp.

326

324

0

0

2004

985

224

584

164

709

0

0

1392

1088

921

1108

Anabaena sp.

65

46

26

0

spirulina sp.

32

59

133

180

228

701

260

133

25

3

0

0

Oscillatoria sp.
Lyngbya sp.
Phormidium sp.

Dinophyceae
Peridinium sp.
Euglenophyceae
Euglena sp.

22
Lampiran 4 Total rata-rata kelimpahan zooperifiton (sel/cm2) di perairan Cekungan
Karst Cileungsi Kabupaten Bogor Jawa Barat selama penelitian
Organisme

1P

1T

2P

2T

Rotifera
Brachionus
Monostyla
Protozoa

30
18

17
0

160
0

134
19

Vorticella

464

19

0

0

Lampiran 5 Akar ciri dan korelasi parsial analisis komponen utama
Analisis nilai akar ciri matriks korelasi
Eigenvalue 5,8219 1,9607 1,7431 0,9932 0,7096 0,3173 0,2210 0,1405 0,0739 0,0161
Proportion 0,485 0,163 0,145 0,083 0,059 0,026
0,018 0,012 0,006 0,001
Cumulative 0,485 0,649 0,794 0,877 0,936 0,962
0,981 0,992 0,998 1,000

Variable
Perifiton
Nitrat
Ortofosfat
Alkalinitas
Nitrit
Kekeruhan
DHL
pH
Suhu
TSS
TDS
Kesadahan

PC1
-0,163
0,363
0,011
0,077
-0,008
-0,274
0,408
-0,387
-0,343
-0,156
0,408
0,369

Variable
PC8
Perifiton
-0,082
Nitrat
0,206
Ortofosfat -0,062
Alkalinitas 0,372
Nitrit
-0,028
Kekeruhan -0,064
DHL
-0,461
pH
-0,615
Suhu
0,030
TSS
0,055
TDS
-0,454
Kesadahan
0,055

PC2
PC3
-0,464
0,114
-0,009 -0,232
0,423
0,457
-0,474
0,451
-0,003
0,665
-0,024 -0,186
-0,056
0,029
-0,181
0,089
-0,266 -0,115
0,456 0,142
-0,055 0,029
-0,250 0,029
PC9
0,003
0,000
0,003
0,000
-0,002
0,002
0,703
-0,002
-0,005
-0,001
-0,711
0,004

PC4
-0,522
-0,203
0,398
0,331
-0,277
0,318
0,047
0,032
0,123
-0,468
0,047
-0,035

PC5
-0,271
0,131
-0,320
0,144
0,294
0,698
0,062
0,072
-0,085
0,351
0,061
0,264

PC6
PC7
-0,343 0,243
0,004
0,478
-0,301
0,320
-0,228 -0,307
0,419
0,363
-0,155
0,341
-0,228
0,023
0,208 -0,205
-0,359
0,306
-0,513 -0,323
-0,228
0,022
-0,034 -0,163

23
Lampiran 6 Diversitas

fitoperifiton di perairan karst Cileungsi antar Substasiun

Stasiun 1P dan 1T (α1 & αβ)

Stasiun 1P dan βP (α1 & αγ)

Stasiun 1P dan βT (α1 & α4)

_Jaccard
_γ
_richness

_Jaccard
_γ
_richness

_Jaccard
_γ
_richness

0,1304
0,0870
0,0435

A
B
C

20
2
1

0,2917
0,0833
0,2083

A
B
C

17
6
1

0,4348
0,0870
0,3478

A
B
C

13
9
1

Stasiun 1T dan βP (αβ &