B1J009040 10 1.
32
Lampiran 1. Peta Lokasi Pengambilan Sampel
1
Kampung Larangan,
Desa Sepatnunggal
Kampung Kutangsa,
Desa Bener
2
U
3
Kampung Gintung,
Desa Bener
4
Cijalu
2
Kampung Lempeng,
Desa Jenang
5
Kampung Selis,
Desa Jenang
6
Kampung Mulyadadi,
Desa Mulyadadi
7
Kampung Mulyasari,
Desa Mulyadadi
8
Kampung Rawalo,
Desa Pahonjean
9
10
Kampung Mbale Kambang,
Desa Pahonjean
11
Muara di Kampung cilanggir,
Kecamatan Wanareja
Keterangan: 1-11 = nomor stasiun pengambilan sampel
= batas daerah hulu, tengah dan hilir
S
33
Lampiran 2. Kunci Determinasi Ikan Ordo Siluriformes menurut Hasanuddin Saanin (1984)
1. Pterygoplichthys pardalis (Kottelat et al. 1993)
Loricariidae adalah ikan berkumis yang berasal dari Amerika Selatan dan mempunyai badan
yang tertutup oleh kulit yang mengeras dan mulutnya berbentuk seperti cakram.
Kunci ke genus:
1b. 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung ............................
Pterygoplichthys
Kunci ke spesies:
Memiliki 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung.
2. Glyptothorax platypogon (Kottelat et al. 1993)
1b.
Sirip punggung mempunyai satu duri
.............
3b.
Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip
2
punggung.....................................................................................................
5
7a.
Kedua lubang hidung...................................................................................
8
8a.
Kedua lubang hidung dipisahkan oleh sungut pendek: 11-16 jari-jari
sirip.................................................................................................
sisoridae
Kunci ke genus:
1a.
Organ perekat terbentuk dari lipatan kulit memanjang pada dada di
antara sirip-sirip dada, berukuran kecil, panjang standar maksimum
150mm .........................................................................................
Glyptothorax
Kunci ke spesies:
Panjang total mencapai 150mm. Lebar badan 5,0-5,5 kali lebih pendek
dari panjang standar. Panjang batang ekor kira-kira dua kali lebarnya.
Badan berwarna biru kehitaman ketika hidup, dengan sebuah garis
terang sepanjang punggungnya. Badan tertutup oleh butir-butir sangat
kecil.
34
3. Channa striata (Kottelat et al. 1993)
2b.
Sirip punggung memanjang
3
3a.
Mempunyai mulut yang dapat disembulkan, mulut subterminal, sirip
perut didada, badan memanjang, tulang-tulang insang depan tidak
berduri, tutup insang bersisik ..............................................................
Perciformes
Kunci ke genus:
1b.
Pola pewarnaan berbeda-beda, 11-16 jari-jari sirip dubur
..
.
2
Kunci ke spesies:
Memiliki panjang total tubuh antara 14 cm sampai dengan 17 cm.
Bentuk kepala besar agak gepeng, tubuh bulat gilig memanjang, mulut
besar, dan bersungut. Sisi atas tubuh dari kepala hingga ekor berwarna
gelap atau hitam kecoklatan. Sisi bawah tubuh berwarna putih. Sirip
punggung memanjang dan sirip ekor membulat di ujungnya. Sirip
punggung lebih panjang dari sirip dubur.
4. Hemibagrus nemurus (Kottelat et al. 1993)
1a.
Sirip punggung (jika ada) tidak berduri ........................................................
2
1b.
Sirip punggung mempunyai satu duri ..........................................................
3
3b.
Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung
5b.
Sirip dubur pendek, 8-26 jari-jari ............................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ................
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter .....................
.
5
Bagridae
Kunci ke genus:
1b.
Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur.............................
2a.
Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada
kepala...........................................................................................
Kunci ke spesies:
Hemibagrus
2
35
Memiliki 11-16 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 570 mm.
Berwarna coklat gelap dengan pita tipis memanjang yang jelas berawal dari tutup
insang hingga pangkal sirip ekor. Panjang pangkal sirip lemak sama dengan panjang
pangkal sirip dubur. Sungut hidung mencapai mata, sungut rahang atas memanjang
hampir mencapai sirip dubur. Lebar badan lima kali lebih pendek dari panjang
standar. Bagian atas kepala kasar, terdapat garis gelap memanjang di tengah dan
biasanya terdapat sebuah titik hitam di ujung dirip lemak.
5. Mystus gulio (Kottelat et al. 1993)
1a. Sirip punggung (jika ada) tidak berduri ......................................................
2
1b. Sirip punggung mempunyai satu duri ........................................................
3
3b. Bentuk
sirip
ekor
tidak
meruncing,
tidak
bersatu
dengan
sirip
punggung....................................................................................................
5
5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ..............................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ...........
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter..........................
Bagridae
Kunci ke genus:
1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur...........................
2
2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada
kepala..........................................................................................................
Mystus
Kunci ke spesies:
Memiliki 14-15 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 450 mm.
Dibedakan dari Mystus lainnya oleh sirip lemak yang pangkalnya lebih pendek daripada
pangkal sirip dubur.
6. Mystus micracanthus (Kottelat et al. 1993)
1a. Sirip punggung (jika ada) tidak berduri .........................................................
2
1b. Sirip punggung mempunyai satu duri ...........................................................
3
36
3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung
..
5
5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ....................................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut..................
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter............................
Bagridae
Kunci ke genus:
1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur.............................
2
2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada kepala
..
Mystus
Kunci ke spesies:
Memiliki 11-12 jari-jari sirip dubur dan panjang standar dapat mencapai 145 mm. Sirip
lemak jauh lebih panjang daripada sirip punggung dan hampir berambung dengan sirip
punggung. Dahi jauh dari pangkal tonjolan di belakang kepala. Sungut-sungutnya sangat
panjang dengan sungut rahang atas memanjang melampaui ujung sirip ekor. Tubuh
berwarna coklat. Batang ekor mempunyai bercak segitiga berwarna gelap, bagian
belakang atas celah insang berwarna gelap.
37
Lampiran 3. Kunci Determinasi Ikan Ordo Cypriniforformes menurut Hasanuddin Saanin
(1984)
7. Nemacheilus crysolaimos (Kottelat et al. 1993)
1b.
Tidak
ada
duri
di
bawah
bervariasi
2b.
Tidak
ada
posisi
mulut
dan
sungut
.......................................................
celah
insang
dikembangkan
3a.
mata,
ke
dua,
bibir
tidak
2
dapat
..........................................................
3
Sedikitnya terdapat enam sungut (kecuali Ellopostoma yang mempunyai
mulut sangat kecil yang dapat dijulurkan), mulut inferior, dan lebarnya 78 kali lebih kecil dari lebar kepala, penampilannya menyolok dan
mempunyai dua sungut
..
Balitoridae
Kunci ke genus:
1b.
Bagian belakang sirip perut tidak bersatu, sirip dada mempunyai 1-2 jarijari sederhana dan 11-17/2 jari-jari bercabang
.
.
4
4a.
Sebuah jari-jari sederhana di bagian depan sirip dada .
5
5b.
Sirip punggung mempunyai 6 161 / 2 jari-jari bercabang
6b.
Sirip punggung mempunyai 6-101/2 jari-jari bercabang, lebar mulut 2-3
..
6
kali lebih pendek dari lebar kepala dan tidak dapat dijulurkan,
mempunyai 3-4 pasang sungut ........................................................
7b.
Satu
sungut
mulut
8b.
rahang
bawah
pada
masing-masing
7
sudut
.............................................................
8
Perut datar, badan pipih datar, sirip-sirip memanjang ke sisi badan, 8-10
jari-jari bercabang pada sirip perut
.
10
10b. Pinggiran lubang hidung berbentuk seperti katup, tidak berkembang
menjadi sungut
..
11
38
11b. Tidak ada sungut pada bibir, sungut hidung dan sungut rahang bawah
mencapai mata, sirip ekor bercagak mencolok (kecuali pada
Nemacheilus
120mm
olivaceus),
ukuran
badannya
dapat
mencapai
...........................................................................
12
12a. Sirip ekor tidak berwarna atau dengan barisan vertical bintik-bintik
kecil.........................................................................................
Nemacheilus
Kunci ke spesies:
Memiliki panjang standar 50 mm. Tidak ada sisik lancip pada batang ekor
yang panjangnya 1,1-1,5 kali lebarnya. Mata 18-26 kali lebih pendek dari
panjang standar. Mempunyai 18-19 pita warna tippis gelap yang tidak
teratur.
39
Lampiran 4. Data Perolehan Sampel Ikan Ordo Siluriformes di Sungai Cijalu
Jumlah Individu per Spesies Ikan (ekor)
Lokasi
Stasiun
1
2
Hulu
3
4
5
6
Tengah
7
8
9
Hilir
10
11
Jumlah ikan tiap spesies
Pterygoplichthys
pardalis
Hemibagrus
nemurus
3
1
1
5
1
1
Keterangan :
Stasiun 1 : Kampung Larangan Desa Sepat Nunggal
Stasiun 2 : Kampung Kutangsa Desa Bener
Stasiun 3 : Kampung Gintung Desa Bener
Stasiun 4 : Kampung Lempeng Desa Jenang
Stasiun 5 : Kampung Selis Desa Jenang
Stasiun 6 : Kampung Mulyadadi Desa Mulyadadi
Glyptothorax
platypogon
Channa
striata
Mystus gulio
Mystus
micracanthus
3
3
6
1
68
3
85
4
4
1
1
1
11
5
25
12
9
8
9
68
2
1
4
5
12
Jumlah
ikan tiap
stasiun
7
3
6
5
69
11
25
17
10
14
14
182
Stasiun 7 : Kampung Mulyasari Desa Mulyadadi
Stasiun 8 : Kampung Rawalo Desa Pahonjean
Stasiun 9 : Kampung Mbale Kambang Desa Pahonjean
Stasiun 10 : Kampung Mbale Kambang Desa Pahonjean
Stasiun 11 : Muara di Kampung Cilanggir Kecamatan Wanareja
40
Lampiran 5. Hasil Pengukuran Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes yang Tertangkap di Sungai Cijalu (Ingroup) dan Ikan Nemacheilus chrysolaimos
(outgroup)
NO
KARAKTER MORFOLOGI
1
Bentuk tubuh
INGROUP
OUTGROUP
A
B
C
D
E
F
G
kombinasi
kombinasi
kombinasi
picak
kombinasi
kombinasi
kombinasi
2
Letak mata
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
3
Posisi mulut
inferior
subterminal
subterminal
subterminal
subterminal
ubterminal
terminal
4
Sisik
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
5
Garis rusuk
tidak ada
ada
Ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
6
Sungut
4 pasang
4 pasang
4 pasang
1 pasang
Bentuk sungut
sembulan kulit
Pecut
pecut
pecut
8
Memiliki ciri khusus
tidak ada
4 pasang
sembulan
kulit
Ada
4 pasang
7
1 pasang
sembulan
kulit
ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
9
Sirip lemak
ada
ada
Ada
Ada
Ada
ada
tidak ada
10
Bentuk sirip ekor
sabit
bercagak
Bercagak
membulat
Bercagak
bercagak
bercagak
11
Jari-jari sirip punggung
10-13
10-13
6-9
6-9
6-9
6-9
10-13
12
Jari-jari sirip dubur
Panjang kepala : panjang total tubuh
¼
11-16
lebih
pendek
¼
11-16
lebih
panjang
1/5
lebih panjang
14
11-16
sama
panjang
¼
4-10
Panjang sirip lemak : panjang sirip dubur
11-16
sama
panjang
¼
11-16
13
4-10
lebih
pendek
1/7
15
Tinggi tubuh : panjang total tubuh
1/5
1/5
1/7
¼
1/5
¼
1/7
16
Panjang total tubuh : lebar tubuh
5x
5x
7x
5x
5x
5x
7x
17
Tinggi sirip punggung : panjang total tubuh
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 15
1:4
18
Panjang sirip dada : panjang total tubuh
1:6
1:9
1:6
1 : 10
1:9
1 : 10
1:6
19
Panjang sirip perut : panjang total tubuh
1:7
1:8
1:8
1:7
1:8
1:8
1:7
20
Panjang sirip dubur : panjang total tubuh
1:7
1:6
1:7
1:6
1 : 19
1:6
1:7
pecut
lebih panjang
1/7
41
Keterangan :
A : Pterygoplichthys pardalis
B : Hemibagrus nemurus
C : Glyptothorax platypogon
D : Channa striata
E : Mystus gulio
F : Mystus micracanthus
G : Nemacheilus chrysolaimos
42
Lampiran 6. Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes dalam Bentuk Nexus Files
#Nexus
begin taxa;
dimensions ntax=7;
taxlabels
Hyposarkus.pardalis Hemibagrus.nemurus Glyptothorax.platypogon
Channa.striata
Mystus.gulio
Mystus.micracanthus
Nemacheillus.chrysolaimos;
end;
begin characters;
dimensions nchar=20;
format symbols="0123";
statelabel
1 kombinasi-picak [bentuk tubuh kombinasi=0 picak=1]
2 letak mata [letak mata 2 sisi=0 letak mata 1 sisi=1]
3 posisi mulut [terminal=0 subterminal=1 inferior=2]
4 tidak-memiliki sisik [sisik memiliki=0 tidak memiliki=1]
5 garis rusuk [ada garis rusuk=0 tidak ada garis rusuk=1]
6 1pasang 4pasang [jumlah sungut 1pasang=0 4pasang=1]
7 bentuk sungut [sungut bentuk pecut=0 sembulan kulit=1]
8 memiliki ciri khusus [ada=0 tidak ada=1]
9 sirip lemak [sirip lemak tidak ada=0 ada=1]
10 bercagak membulat sabit [bentuk sirip ekor bercagak=0
membulat=1 sabit=2]
11 banyak sedikit [jari-jari sirip punggung banyak(10-13)=0 sedang(69)=1]
12 sedikit banyak [jari-jari sirip dubur sedikit (4-10)=0 banyak(1116)=1]
13 panjang sama panjang lebih pendek [panjang sirip lemak dari sirip
dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]
14 panjang sama panjang lebih pendek [panjang kepala dari sirip
dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]
15 pendek sedang tinggi [tinggi tubuh dibandingkan dengan panjang
tubuh total pendek(1/4)=0 sedang(1/5)=1 panjang(1/7=2)]
16 panjang total tubuh [panjang total tubuh 7x lebar tubuh=0 5x lebar
tubuh=1]
17 pendek sedang tinggi [perbandingan tinggi sirip punggung dan
panjang total tubuh pendek(1:4)=0 sedang(1:10)=1 tinggi(1:15)=2]
18 pendek sedang tinggi [perbandingan panjang sirip dada dan
panjang total tubuh pendek(1:6)=0 sedang(1:9)=1 tinggi(1:10)=2]
19 pendek sedang [perbandingan panjang sirip perut dan panjang total
tubuh pendek(1:7)=0 sedang(1:8)=1]
20 sedang pendek panjang [perbandingan panjang sirip dubur dan
panjang total tubuh sedang(1:7)=0 pendek(1:6)=1 panjang(1:19)=2];
43
matrix
Hyposarkus.pardalis 00211010120020111000
Hemibagrus.nemurus 00110101100111111111
Glyptothorax.platypogon 00110110101111201010
Channa.striata 10111111111101011201
Mystus.gulio 00111101101121111112
Mystus.micracanthus 00111101101121111112
Nemacheillus.chrysolaimos 00000000000000200000;
end;
begin paup;
log file=skripsiLucky.log replace; [perintah untuk mencatat semua
proses dalam file log]
set autoclose=yes warnreset=no increase=auto notifybeep=yes;
[perintah supaya proses tidak terhenti karena interface]
set outroot=monophyl; [opsi rooting outgroup mono- poly- para-]
outgroup Nemacheillus.chrysolaimos;
set criterion=parsimony; [opsi kriteria rekonstruksi]
hsearch addseq=random;
bootstrap nreps=1000;
bandb addseq=simple;
describe all/ tcompress=Yes plot=phylogram; [menampilkan pohon
mp]
savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJ.tre; [save
pohon mp]
describetrees 1/plot=both apolist=yes chglist=yes homoplasy=yes
mprsets=yes fvalue=yes;
contree /strict=yes majrule=yes le50 grpfreq=yes; [pohon konsensus]
savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJcon.tre; [save
pohon konsensus]
bootstrap [heuristic] nreps=1000; [menambahkan bootstrap]
savetrees
brlens=yes
append=yes
savebootp=nodelabels
maxdecimals=0 file=skripsiLuckyNJboot.tre;
log stop;
end;
44
Lampiran 7. Hasil Analisis Menggunakan Program PAUP (Phylogenetic Analysis Using
Parsimony)
PAUP*
Version 4.0b10 for 32-bit Microsoft Windows
Mon Mar 24 08:35:47 2014
-----------------------------NOTICE----------------------------This is a beta-test version. Please report any crashes,
apparent calculation errors, or other anomalous results.
There are no restrictions on publication of results obtained
with this version, but you should check the WWW site
frequently for bug announcements and/or updated versions.
See the README file on the distribution media for details.
---------------------------------------------------------------Outgroup status changed:
1 taxon transferred to outgroup
Total number of taxa now in outgroup = 1
Number of ingroup taxa = 6
Heuristic search settings:
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 1664014149
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
Heuristic search completed
Total number of rearrangements tried = 216
Score of best tree(s) found = 34
Number of trees retained = 3
Time used = 0.44 sec
Tree-island profile:
45
First
Last
First Times
Island
Size tree
tree
Score replicate hit
---------------------------------------------------------------------1
3
1
3
34
1
10
Bootstrap method with heuristic search:
Number of bootstrap replicates = 1000
Starting seed = 1276783239
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 319727770
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
1000 bootstrap replicates completed
Time used = 1.29 sec
Bootstrap 50% majority-rule consensus tree
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
|
/------------------------------------------------ Hyposarkus.parda(2)
|
|
|
|
/------------------- Hemibagrus.nemur(3)
|
|
|
\--------+
/---51----+
/---------- Mystus.gulio(6)
|
|
\---80---+
|
/---50---+
\---------- Mystus.micracant(7)
|
|
|
\---70----+
\----------------------------- Channa.striata(5)
|
\-------------------------------------- Glyptothorax.pla(4)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence (bootstrap
support values):
46
1234567
Freq
%
-----------------------.....** 799.76 80.0%
..***** 697.91 69.8%
..*..** 506.64 50.7%
..*.*** 500.61 50.1%
..**.** 290.97 29.1%
....*** 262.26 26.2%
.**.*** 257.57 25.8%
.*..*** 97.01 9.7%
..**... 81.83 8.2%
.*..*.. 68.17 6.8%
...**** 53.79 5.4%
12 groups at (relative) frequency less than 5% not shown
Branch-and-bound search settings:
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Initial upper bound: unknown (compute heuristically)
Addition sequence: simple
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
Branch-and-bound search completed:
Score of best tree found = 34
Number of trees retained = 3
Time used = 0.00 sec
Tree description:
Unrooted tree(s) rooted using outgroup method
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
47
Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN)
Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/--------------------- Nemacheillus.chr
| /------------- Hyposarkus.parda
| |
/--- Hemibagrus.nemur
\---12
/-----------10
/------------------- Channa.striata
|
|
\------9 / Mystus.gulio
\--------------11
\-----8 Mystus.micracant
\------- Glyptothorax.pla
Tree number 2 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/--------------------------- Nemacheillus.chr
| /----------- Hyposarkus.parda
| |
/-------- Hemibagrus.nemur
\-----12
/---9
/ Mystus.gulio
|
/---------10 \-------8 Mystus.micracant
\-----------------11
\----------------------- Channa.striata
\----------- Glyptothorax.pla
Tree number 3 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/------------------------- Nemacheillus.chr
| /------------ Hyposarkus.parda
48
| |
/---- Hemibagrus.nemur
\----12
/------9
/ Mystus.gulio
|
/----------10
\-----------8 Mystus.micracant
\---------------------11
\--------------- Glyptothorax.pla
\---------------- Channa.striata
3
trees
appended
to
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJ.tre"
file
"E:\SKRIPSI
Tree description:
Unrooted tree(s) rooted using outgroup method
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN)
Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)
Possible character-state assignments to internal nodes:
11111111112
Taxon/Node
12345678901234567890
-------------------------------------8
00111101101121111112
9
00111101101101111111
1 1
2
10
00110101100101111111
1 11
2
11
00110100100101101010
1 1 1 21
2
12
00010000100000101000
1 1 1 21
2
2
13
00 000000 00 0 00 0
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
49
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
f value = 28
f-ratio = 0.2258
(multistate unordered and stepmatrix characters excluded from f-value
calculations)
/--------------------- Nemacheillus.chr
| /------------- Hyposarkus.parda
| |
/--- Hemibagrus.nemur
\---12
/-----------10
/------------------- Channa.striata
|
|
\------9 / Mystus.gulio
\--------------11
\-----8 Mystus.micracant
\------- Glyptothorax.pla
/------------------------------------------------------------ Nemacheillus.chr
|
/-------------------------------------------------- Hyposarkus.parda
|
|
/------------------------------ Hemibagrus.nemur
\--------12
/--------10
/-------------------- Channa.striata
|
|
\---------9
/---------- Mystus.gulio
\--------11
\---------8---------- Mystus.micracant
\---------------------------------------- Glyptothorax.pla
Character change lists:
Character CI Steps
Changes
---------------------------------------------------------------1
1.000
1
node_9 0 ==> 1 Channa.striata
3
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_12 1 --> 2 Hyposarkus.parda
4
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
5
0.500
1
node_12 0 ==> 1 Hyposarkus.parda
1
node_10 0 ==> 1 node_9
6
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
7
0.333
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_11 1 --> 0 node_10
1
node_9 0 --> 1 Channa.striata
8
1.000
1
node_11 0 ==> 1 node_10
9
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
10
1.000
1
node_12 0 ==> 2 Hyposarkus.parda
1
node_9 0 ==> 1 Channa.striata
11
0.500
1
node_12 0 --> 1 node_11
1
node_10 1 --> 0 Hemibagrus.nemur
12
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
13
0.500
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_12 1 --> 2 Hyposarkus.parda
1
node_10 1 --> 0 node_9
1
node_9 0 --> 2 node_8
14
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
15
0.667
1 Nemacheillus.chr 2 --> 1 node_12
1
node_9 1 ==> 0 Channa.striata
50
16
17
18
19
20
1
0.500
1
1.000
1.000
1
0.500
1
1.000
1
node_11 1 --> 2 Glyptothorax.pla
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
node_11 1 --> 0 Glyptothorax.pla
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
1
node_11 0 ==> 1 node_10
node_9 1 ==> 2 Channa.striata
1
node_12 0 ==> 1 node_11
node_9 1 ==> 0 Channa.striata
1
node_11 0 ==> 1 node_10
node_9 1 ==> 2 node_8
Apomorphy lists:
Branch
Character Steps CI Change
---------------------------------------------------------------------Nemacheillus.chr --> node_12
3
1 1.000 0 --> 1
4
1 1.000 0 ==> 1
7
1 0.333 0 --> 1
9
1 1.000 0 ==> 1
13
1 0.500 0 --> 1
15
1 0.667 2 --> 1
16
1 0.500 0 --> 1
17
1 1.000 0 ==> 1
node_12 --> Hyposarkus.parda 3
1 1.000 1 --> 2
5
1 0.500 0 ==> 1
10
1 1.000 0 ==> 2
13
1 0.500 1 --> 2
node_12 --> node_11
6
1 1.000 0 ==> 1
11
1 0.500 0 --> 1
12
1 1.000 0 ==> 1
14
1 1.000 0 ==> 1
19
1 0.500 0 ==> 1
node_11 --> node_10
7
1 0.333 1 --> 0
8
1 1.000 0 ==> 1
18
1 1.000 0 ==> 1
20
1 1.000 0 ==> 1
node_10 --> Hemibagrus.nemur 11
1 0.500 1 --> 0
node_10 --> node_9
5
1 0.500 0 ==> 1
13
1 0.500 1 --> 0
node_9 --> Channa.striata 1
1 1.000 0 ==> 1
7
1 0.333 0 --> 1
10
1 1.000 0 ==> 1
15
1 0.667 1 ==> 0
18
1 1.000 1 ==> 2
19
1 0.500 1 ==> 0
node_9 --> node_8
13
1 0.500 0 --> 2
20
1 1.000 1 ==> 2
node_11 --> Glyptothorax.pla 15
1 0.667 1 --> 2
16
1 0.500 1 --> 0
51
Pairwise homoplasy matrix
1 2 3 4 5 6 7
1 Nemacheillus.chr 2 Hyposarkus.parda 0 3 Hemibagrus.nemur 4 2 4 Glyptothorax.pla 2 0 0 5 Channa.striata 4 6 0 2 6 Mystus.gulio
2 2 0 0 0 7 Mystus.micracant 2 2 0 0 0 0 Strict consensus of 3 trees:
/------------------------------------------------------------ Nemacheillus.chr
|
/--------------------------------------------- Hyposarkus.parda
|
|
/------------------------------ Hemibagrus.nemur
\--------------+
+------------------------------ Glyptothorax.pla
\--------------+------------------------------ Channa.striata
|
/--------------- Mystus.gulio
\--------------+--------------- Mystus.micracant
50% Majority-rule consensus of 3 trees
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
/------------------------------------------------ Hyposarkus.parda(2)
|
|
/------------------- Hemibagrus.nemur(3)
\--------+
/---67----+
/---------- Mystus.gulio(6)
|
/---67---+
\--100---+---------- Mystus.micracant(7)
\---100---+
\----------------------------- Channa.striata(5)
\-------------------------------------- Glyptothorax.pla(4)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence:
1234567
Freq
%
-----------------------..*****
3 100.0%
.....**
3 100.0%
..*.***
2 66.7%
..*..**
2 66.7%
....***
1 33.3%
..**.**
1 33.3%
3 trees appended to file "E:\SKRIPSI
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJcon.tre"
Bootstrap method with heuristic search:
Number of bootstrap replicates = 1000
Starting seed = 1837078974
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
52
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 919231666
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
1000 bootstrap replicates completed
Time used = 1.27 sec
Bootstrap 50% majority-rule consensus tree
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
/------------------------------------------- Hyposarkus.parda(2)
|
|
/----------------------------- Hemibagrus.nemur(3)
\-------------+
+----------------------------- Glyptothorax.pla(4)
\-----69------+----------------------------- Channa.striata(5)
|
/-------------- Mystus.gulio(6)
\------78------+-------------- Mystus.micracant(7)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence (bootstrap
support values):
1234567
Freq
%
-----------------------.....** 776.70 77.7%
..***** 688.47 68.8%
..*..** 499.93 50.0%
..*.*** 472.58 47.3%
..**.** 287.99 28.8%
.**.*** 270.61 27.1%
....*** 254.94 25.5%
.*..*** 115.21 11.5%
.*..*.. 90.63 9.1%
..**... 83.80 8.4%
...**** 53.66 5.4%
12 groups at (relative) frequency less than 5% not shown
53
0 trees appended to file "E:\SKRIPSI
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJboot.tre"
Lampiran 1. Peta Lokasi Pengambilan Sampel
1
Kampung Larangan,
Desa Sepatnunggal
Kampung Kutangsa,
Desa Bener
2
U
3
Kampung Gintung,
Desa Bener
4
Cijalu
2
Kampung Lempeng,
Desa Jenang
5
Kampung Selis,
Desa Jenang
6
Kampung Mulyadadi,
Desa Mulyadadi
7
Kampung Mulyasari,
Desa Mulyadadi
8
Kampung Rawalo,
Desa Pahonjean
9
10
Kampung Mbale Kambang,
Desa Pahonjean
11
Muara di Kampung cilanggir,
Kecamatan Wanareja
Keterangan: 1-11 = nomor stasiun pengambilan sampel
= batas daerah hulu, tengah dan hilir
S
33
Lampiran 2. Kunci Determinasi Ikan Ordo Siluriformes menurut Hasanuddin Saanin (1984)
1. Pterygoplichthys pardalis (Kottelat et al. 1993)
Loricariidae adalah ikan berkumis yang berasal dari Amerika Selatan dan mempunyai badan
yang tertutup oleh kulit yang mengeras dan mulutnya berbentuk seperti cakram.
Kunci ke genus:
1b. 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung ............................
Pterygoplichthys
Kunci ke spesies:
Memiliki 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung.
2. Glyptothorax platypogon (Kottelat et al. 1993)
1b.
Sirip punggung mempunyai satu duri
.............
3b.
Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip
2
punggung.....................................................................................................
5
7a.
Kedua lubang hidung...................................................................................
8
8a.
Kedua lubang hidung dipisahkan oleh sungut pendek: 11-16 jari-jari
sirip.................................................................................................
sisoridae
Kunci ke genus:
1a.
Organ perekat terbentuk dari lipatan kulit memanjang pada dada di
antara sirip-sirip dada, berukuran kecil, panjang standar maksimum
150mm .........................................................................................
Glyptothorax
Kunci ke spesies:
Panjang total mencapai 150mm. Lebar badan 5,0-5,5 kali lebih pendek
dari panjang standar. Panjang batang ekor kira-kira dua kali lebarnya.
Badan berwarna biru kehitaman ketika hidup, dengan sebuah garis
terang sepanjang punggungnya. Badan tertutup oleh butir-butir sangat
kecil.
34
3. Channa striata (Kottelat et al. 1993)
2b.
Sirip punggung memanjang
3
3a.
Mempunyai mulut yang dapat disembulkan, mulut subterminal, sirip
perut didada, badan memanjang, tulang-tulang insang depan tidak
berduri, tutup insang bersisik ..............................................................
Perciformes
Kunci ke genus:
1b.
Pola pewarnaan berbeda-beda, 11-16 jari-jari sirip dubur
..
.
2
Kunci ke spesies:
Memiliki panjang total tubuh antara 14 cm sampai dengan 17 cm.
Bentuk kepala besar agak gepeng, tubuh bulat gilig memanjang, mulut
besar, dan bersungut. Sisi atas tubuh dari kepala hingga ekor berwarna
gelap atau hitam kecoklatan. Sisi bawah tubuh berwarna putih. Sirip
punggung memanjang dan sirip ekor membulat di ujungnya. Sirip
punggung lebih panjang dari sirip dubur.
4. Hemibagrus nemurus (Kottelat et al. 1993)
1a.
Sirip punggung (jika ada) tidak berduri ........................................................
2
1b.
Sirip punggung mempunyai satu duri ..........................................................
3
3b.
Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung
5b.
Sirip dubur pendek, 8-26 jari-jari ............................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ................
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter .....................
.
5
Bagridae
Kunci ke genus:
1b.
Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur.............................
2a.
Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada
kepala...........................................................................................
Kunci ke spesies:
Hemibagrus
2
35
Memiliki 11-16 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 570 mm.
Berwarna coklat gelap dengan pita tipis memanjang yang jelas berawal dari tutup
insang hingga pangkal sirip ekor. Panjang pangkal sirip lemak sama dengan panjang
pangkal sirip dubur. Sungut hidung mencapai mata, sungut rahang atas memanjang
hampir mencapai sirip dubur. Lebar badan lima kali lebih pendek dari panjang
standar. Bagian atas kepala kasar, terdapat garis gelap memanjang di tengah dan
biasanya terdapat sebuah titik hitam di ujung dirip lemak.
5. Mystus gulio (Kottelat et al. 1993)
1a. Sirip punggung (jika ada) tidak berduri ......................................................
2
1b. Sirip punggung mempunyai satu duri ........................................................
3
3b. Bentuk
sirip
ekor
tidak
meruncing,
tidak
bersatu
dengan
sirip
punggung....................................................................................................
5
5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ..............................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ...........
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter..........................
Bagridae
Kunci ke genus:
1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur...........................
2
2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada
kepala..........................................................................................................
Mystus
Kunci ke spesies:
Memiliki 14-15 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 450 mm.
Dibedakan dari Mystus lainnya oleh sirip lemak yang pangkalnya lebih pendek daripada
pangkal sirip dubur.
6. Mystus micracanthus (Kottelat et al. 1993)
1a. Sirip punggung (jika ada) tidak berduri .........................................................
2
1b. Sirip punggung mempunyai satu duri ...........................................................
3
36
3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung
..
5
5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ....................................................................
7
7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut..................
9
9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter............................
Bagridae
Kunci ke genus:
1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur.............................
2
2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada kepala
..
Mystus
Kunci ke spesies:
Memiliki 11-12 jari-jari sirip dubur dan panjang standar dapat mencapai 145 mm. Sirip
lemak jauh lebih panjang daripada sirip punggung dan hampir berambung dengan sirip
punggung. Dahi jauh dari pangkal tonjolan di belakang kepala. Sungut-sungutnya sangat
panjang dengan sungut rahang atas memanjang melampaui ujung sirip ekor. Tubuh
berwarna coklat. Batang ekor mempunyai bercak segitiga berwarna gelap, bagian
belakang atas celah insang berwarna gelap.
37
Lampiran 3. Kunci Determinasi Ikan Ordo Cypriniforformes menurut Hasanuddin Saanin
(1984)
7. Nemacheilus crysolaimos (Kottelat et al. 1993)
1b.
Tidak
ada
duri
di
bawah
bervariasi
2b.
Tidak
ada
posisi
mulut
dan
sungut
.......................................................
celah
insang
dikembangkan
3a.
mata,
ke
dua,
bibir
tidak
2
dapat
..........................................................
3
Sedikitnya terdapat enam sungut (kecuali Ellopostoma yang mempunyai
mulut sangat kecil yang dapat dijulurkan), mulut inferior, dan lebarnya 78 kali lebih kecil dari lebar kepala, penampilannya menyolok dan
mempunyai dua sungut
..
Balitoridae
Kunci ke genus:
1b.
Bagian belakang sirip perut tidak bersatu, sirip dada mempunyai 1-2 jarijari sederhana dan 11-17/2 jari-jari bercabang
.
.
4
4a.
Sebuah jari-jari sederhana di bagian depan sirip dada .
5
5b.
Sirip punggung mempunyai 6 161 / 2 jari-jari bercabang
6b.
Sirip punggung mempunyai 6-101/2 jari-jari bercabang, lebar mulut 2-3
..
6
kali lebih pendek dari lebar kepala dan tidak dapat dijulurkan,
mempunyai 3-4 pasang sungut ........................................................
7b.
Satu
sungut
mulut
8b.
rahang
bawah
pada
masing-masing
7
sudut
.............................................................
8
Perut datar, badan pipih datar, sirip-sirip memanjang ke sisi badan, 8-10
jari-jari bercabang pada sirip perut
.
10
10b. Pinggiran lubang hidung berbentuk seperti katup, tidak berkembang
menjadi sungut
..
11
38
11b. Tidak ada sungut pada bibir, sungut hidung dan sungut rahang bawah
mencapai mata, sirip ekor bercagak mencolok (kecuali pada
Nemacheilus
120mm
olivaceus),
ukuran
badannya
dapat
mencapai
...........................................................................
12
12a. Sirip ekor tidak berwarna atau dengan barisan vertical bintik-bintik
kecil.........................................................................................
Nemacheilus
Kunci ke spesies:
Memiliki panjang standar 50 mm. Tidak ada sisik lancip pada batang ekor
yang panjangnya 1,1-1,5 kali lebarnya. Mata 18-26 kali lebih pendek dari
panjang standar. Mempunyai 18-19 pita warna tippis gelap yang tidak
teratur.
39
Lampiran 4. Data Perolehan Sampel Ikan Ordo Siluriformes di Sungai Cijalu
Jumlah Individu per Spesies Ikan (ekor)
Lokasi
Stasiun
1
2
Hulu
3
4
5
6
Tengah
7
8
9
Hilir
10
11
Jumlah ikan tiap spesies
Pterygoplichthys
pardalis
Hemibagrus
nemurus
3
1
1
5
1
1
Keterangan :
Stasiun 1 : Kampung Larangan Desa Sepat Nunggal
Stasiun 2 : Kampung Kutangsa Desa Bener
Stasiun 3 : Kampung Gintung Desa Bener
Stasiun 4 : Kampung Lempeng Desa Jenang
Stasiun 5 : Kampung Selis Desa Jenang
Stasiun 6 : Kampung Mulyadadi Desa Mulyadadi
Glyptothorax
platypogon
Channa
striata
Mystus gulio
Mystus
micracanthus
3
3
6
1
68
3
85
4
4
1
1
1
11
5
25
12
9
8
9
68
2
1
4
5
12
Jumlah
ikan tiap
stasiun
7
3
6
5
69
11
25
17
10
14
14
182
Stasiun 7 : Kampung Mulyasari Desa Mulyadadi
Stasiun 8 : Kampung Rawalo Desa Pahonjean
Stasiun 9 : Kampung Mbale Kambang Desa Pahonjean
Stasiun 10 : Kampung Mbale Kambang Desa Pahonjean
Stasiun 11 : Muara di Kampung Cilanggir Kecamatan Wanareja
40
Lampiran 5. Hasil Pengukuran Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes yang Tertangkap di Sungai Cijalu (Ingroup) dan Ikan Nemacheilus chrysolaimos
(outgroup)
NO
KARAKTER MORFOLOGI
1
Bentuk tubuh
INGROUP
OUTGROUP
A
B
C
D
E
F
G
kombinasi
kombinasi
kombinasi
picak
kombinasi
kombinasi
kombinasi
2
Letak mata
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
2 sisi
3
Posisi mulut
inferior
subterminal
subterminal
subterminal
subterminal
ubterminal
terminal
4
Sisik
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
5
Garis rusuk
tidak ada
ada
Ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
6
Sungut
4 pasang
4 pasang
4 pasang
1 pasang
Bentuk sungut
sembulan kulit
Pecut
pecut
pecut
8
Memiliki ciri khusus
tidak ada
4 pasang
sembulan
kulit
Ada
4 pasang
7
1 pasang
sembulan
kulit
ada
tidak ada
tidak ada
tidak ada
ada
9
Sirip lemak
ada
ada
Ada
Ada
Ada
ada
tidak ada
10
Bentuk sirip ekor
sabit
bercagak
Bercagak
membulat
Bercagak
bercagak
bercagak
11
Jari-jari sirip punggung
10-13
10-13
6-9
6-9
6-9
6-9
10-13
12
Jari-jari sirip dubur
Panjang kepala : panjang total tubuh
¼
11-16
lebih
pendek
¼
11-16
lebih
panjang
1/5
lebih panjang
14
11-16
sama
panjang
¼
4-10
Panjang sirip lemak : panjang sirip dubur
11-16
sama
panjang
¼
11-16
13
4-10
lebih
pendek
1/7
15
Tinggi tubuh : panjang total tubuh
1/5
1/5
1/7
¼
1/5
¼
1/7
16
Panjang total tubuh : lebar tubuh
5x
5x
7x
5x
5x
5x
7x
17
Tinggi sirip punggung : panjang total tubuh
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 10
1 : 15
1:4
18
Panjang sirip dada : panjang total tubuh
1:6
1:9
1:6
1 : 10
1:9
1 : 10
1:6
19
Panjang sirip perut : panjang total tubuh
1:7
1:8
1:8
1:7
1:8
1:8
1:7
20
Panjang sirip dubur : panjang total tubuh
1:7
1:6
1:7
1:6
1 : 19
1:6
1:7
pecut
lebih panjang
1/7
41
Keterangan :
A : Pterygoplichthys pardalis
B : Hemibagrus nemurus
C : Glyptothorax platypogon
D : Channa striata
E : Mystus gulio
F : Mystus micracanthus
G : Nemacheilus chrysolaimos
42
Lampiran 6. Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes dalam Bentuk Nexus Files
#Nexus
begin taxa;
dimensions ntax=7;
taxlabels
Hyposarkus.pardalis Hemibagrus.nemurus Glyptothorax.platypogon
Channa.striata
Mystus.gulio
Mystus.micracanthus
Nemacheillus.chrysolaimos;
end;
begin characters;
dimensions nchar=20;
format symbols="0123";
statelabel
1 kombinasi-picak [bentuk tubuh kombinasi=0 picak=1]
2 letak mata [letak mata 2 sisi=0 letak mata 1 sisi=1]
3 posisi mulut [terminal=0 subterminal=1 inferior=2]
4 tidak-memiliki sisik [sisik memiliki=0 tidak memiliki=1]
5 garis rusuk [ada garis rusuk=0 tidak ada garis rusuk=1]
6 1pasang 4pasang [jumlah sungut 1pasang=0 4pasang=1]
7 bentuk sungut [sungut bentuk pecut=0 sembulan kulit=1]
8 memiliki ciri khusus [ada=0 tidak ada=1]
9 sirip lemak [sirip lemak tidak ada=0 ada=1]
10 bercagak membulat sabit [bentuk sirip ekor bercagak=0
membulat=1 sabit=2]
11 banyak sedikit [jari-jari sirip punggung banyak(10-13)=0 sedang(69)=1]
12 sedikit banyak [jari-jari sirip dubur sedikit (4-10)=0 banyak(1116)=1]
13 panjang sama panjang lebih pendek [panjang sirip lemak dari sirip
dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]
14 panjang sama panjang lebih pendek [panjang kepala dari sirip
dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]
15 pendek sedang tinggi [tinggi tubuh dibandingkan dengan panjang
tubuh total pendek(1/4)=0 sedang(1/5)=1 panjang(1/7=2)]
16 panjang total tubuh [panjang total tubuh 7x lebar tubuh=0 5x lebar
tubuh=1]
17 pendek sedang tinggi [perbandingan tinggi sirip punggung dan
panjang total tubuh pendek(1:4)=0 sedang(1:10)=1 tinggi(1:15)=2]
18 pendek sedang tinggi [perbandingan panjang sirip dada dan
panjang total tubuh pendek(1:6)=0 sedang(1:9)=1 tinggi(1:10)=2]
19 pendek sedang [perbandingan panjang sirip perut dan panjang total
tubuh pendek(1:7)=0 sedang(1:8)=1]
20 sedang pendek panjang [perbandingan panjang sirip dubur dan
panjang total tubuh sedang(1:7)=0 pendek(1:6)=1 panjang(1:19)=2];
43
matrix
Hyposarkus.pardalis 00211010120020111000
Hemibagrus.nemurus 00110101100111111111
Glyptothorax.platypogon 00110110101111201010
Channa.striata 10111111111101011201
Mystus.gulio 00111101101121111112
Mystus.micracanthus 00111101101121111112
Nemacheillus.chrysolaimos 00000000000000200000;
end;
begin paup;
log file=skripsiLucky.log replace; [perintah untuk mencatat semua
proses dalam file log]
set autoclose=yes warnreset=no increase=auto notifybeep=yes;
[perintah supaya proses tidak terhenti karena interface]
set outroot=monophyl; [opsi rooting outgroup mono- poly- para-]
outgroup Nemacheillus.chrysolaimos;
set criterion=parsimony; [opsi kriteria rekonstruksi]
hsearch addseq=random;
bootstrap nreps=1000;
bandb addseq=simple;
describe all/ tcompress=Yes plot=phylogram; [menampilkan pohon
mp]
savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJ.tre; [save
pohon mp]
describetrees 1/plot=both apolist=yes chglist=yes homoplasy=yes
mprsets=yes fvalue=yes;
contree /strict=yes majrule=yes le50 grpfreq=yes; [pohon konsensus]
savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJcon.tre; [save
pohon konsensus]
bootstrap [heuristic] nreps=1000; [menambahkan bootstrap]
savetrees
brlens=yes
append=yes
savebootp=nodelabels
maxdecimals=0 file=skripsiLuckyNJboot.tre;
log stop;
end;
44
Lampiran 7. Hasil Analisis Menggunakan Program PAUP (Phylogenetic Analysis Using
Parsimony)
PAUP*
Version 4.0b10 for 32-bit Microsoft Windows
Mon Mar 24 08:35:47 2014
-----------------------------NOTICE----------------------------This is a beta-test version. Please report any crashes,
apparent calculation errors, or other anomalous results.
There are no restrictions on publication of results obtained
with this version, but you should check the WWW site
frequently for bug announcements and/or updated versions.
See the README file on the distribution media for details.
---------------------------------------------------------------Outgroup status changed:
1 taxon transferred to outgroup
Total number of taxa now in outgroup = 1
Number of ingroup taxa = 6
Heuristic search settings:
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 1664014149
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
Heuristic search completed
Total number of rearrangements tried = 216
Score of best tree(s) found = 34
Number of trees retained = 3
Time used = 0.44 sec
Tree-island profile:
45
First
Last
First Times
Island
Size tree
tree
Score replicate hit
---------------------------------------------------------------------1
3
1
3
34
1
10
Bootstrap method with heuristic search:
Number of bootstrap replicates = 1000
Starting seed = 1276783239
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 319727770
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
1000 bootstrap replicates completed
Time used = 1.29 sec
Bootstrap 50% majority-rule consensus tree
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
|
/------------------------------------------------ Hyposarkus.parda(2)
|
|
|
|
/------------------- Hemibagrus.nemur(3)
|
|
|
\--------+
/---51----+
/---------- Mystus.gulio(6)
|
|
\---80---+
|
/---50---+
\---------- Mystus.micracant(7)
|
|
|
\---70----+
\----------------------------- Channa.striata(5)
|
\-------------------------------------- Glyptothorax.pla(4)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence (bootstrap
support values):
46
1234567
Freq
%
-----------------------.....** 799.76 80.0%
..***** 697.91 69.8%
..*..** 506.64 50.7%
..*.*** 500.61 50.1%
..**.** 290.97 29.1%
....*** 262.26 26.2%
.**.*** 257.57 25.8%
.*..*** 97.01 9.7%
..**... 81.83 8.2%
.*..*.. 68.17 6.8%
...**** 53.79 5.4%
12 groups at (relative) frequency less than 5% not shown
Branch-and-bound search settings:
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Initial upper bound: unknown (compute heuristically)
Addition sequence: simple
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
Branch-and-bound search completed:
Score of best tree found = 34
Number of trees retained = 3
Time used = 0.00 sec
Tree description:
Unrooted tree(s) rooted using outgroup method
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
47
Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN)
Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/--------------------- Nemacheillus.chr
| /------------- Hyposarkus.parda
| |
/--- Hemibagrus.nemur
\---12
/-----------10
/------------------- Channa.striata
|
|
\------9 / Mystus.gulio
\--------------11
\-----8 Mystus.micracant
\------- Glyptothorax.pla
Tree number 2 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/--------------------------- Nemacheillus.chr
| /----------- Hyposarkus.parda
| |
/-------- Hemibagrus.nemur
\-----12
/---9
/ Mystus.gulio
|
/---------10 \-------8 Mystus.micracant
\-----------------11
\----------------------- Channa.striata
\----------- Glyptothorax.pla
Tree number 3 (rooted using user-specified outgroup)
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
/------------------------- Nemacheillus.chr
| /------------ Hyposarkus.parda
48
| |
/---- Hemibagrus.nemur
\----12
/------9
/ Mystus.gulio
|
/----------10
\-----------8 Mystus.micracant
\---------------------11
\--------------- Glyptothorax.pla
\---------------- Channa.striata
3
trees
appended
to
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJ.tre"
file
"E:\SKRIPSI
Tree description:
Unrooted tree(s) rooted using outgroup method
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN)
Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)
Possible character-state assignments to internal nodes:
11111111112
Taxon/Node
12345678901234567890
-------------------------------------8
00111101101121111112
9
00111101101101111111
1 1
2
10
00110101100101111111
1 11
2
11
00110100100101101010
1 1 1 21
2
12
00010000100000101000
1 1 1 21
2
2
13
00 000000 00 0 00 0
Tree length = 34
Consistency index (CI) = 0.7353
Homoplasy index (HI) = 0.2647
CI excluding uninformative characters = 0.6538
HI excluding uninformative characters = 0.3462
Retention index (RI) = 0.5714
49
Rescaled consistency index (RC) = 0.4202
f value = 28
f-ratio = 0.2258
(multistate unordered and stepmatrix characters excluded from f-value
calculations)
/--------------------- Nemacheillus.chr
| /------------- Hyposarkus.parda
| |
/--- Hemibagrus.nemur
\---12
/-----------10
/------------------- Channa.striata
|
|
\------9 / Mystus.gulio
\--------------11
\-----8 Mystus.micracant
\------- Glyptothorax.pla
/------------------------------------------------------------ Nemacheillus.chr
|
/-------------------------------------------------- Hyposarkus.parda
|
|
/------------------------------ Hemibagrus.nemur
\--------12
/--------10
/-------------------- Channa.striata
|
|
\---------9
/---------- Mystus.gulio
\--------11
\---------8---------- Mystus.micracant
\---------------------------------------- Glyptothorax.pla
Character change lists:
Character CI Steps
Changes
---------------------------------------------------------------1
1.000
1
node_9 0 ==> 1 Channa.striata
3
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_12 1 --> 2 Hyposarkus.parda
4
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
5
0.500
1
node_12 0 ==> 1 Hyposarkus.parda
1
node_10 0 ==> 1 node_9
6
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
7
0.333
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_11 1 --> 0 node_10
1
node_9 0 --> 1 Channa.striata
8
1.000
1
node_11 0 ==> 1 node_10
9
1.000
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
10
1.000
1
node_12 0 ==> 2 Hyposarkus.parda
1
node_9 0 ==> 1 Channa.striata
11
0.500
1
node_12 0 --> 1 node_11
1
node_10 1 --> 0 Hemibagrus.nemur
12
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
13
0.500
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
1
node_12 1 --> 2 Hyposarkus.parda
1
node_10 1 --> 0 node_9
1
node_9 0 --> 2 node_8
14
1.000
1
node_12 0 ==> 1 node_11
15
0.667
1 Nemacheillus.chr 2 --> 1 node_12
1
node_9 1 ==> 0 Channa.striata
50
16
17
18
19
20
1
0.500
1
1.000
1.000
1
0.500
1
1.000
1
node_11 1 --> 2 Glyptothorax.pla
1 Nemacheillus.chr 0 --> 1 node_12
node_11 1 --> 0 Glyptothorax.pla
1 Nemacheillus.chr 0 ==> 1 node_12
1
node_11 0 ==> 1 node_10
node_9 1 ==> 2 Channa.striata
1
node_12 0 ==> 1 node_11
node_9 1 ==> 0 Channa.striata
1
node_11 0 ==> 1 node_10
node_9 1 ==> 2 node_8
Apomorphy lists:
Branch
Character Steps CI Change
---------------------------------------------------------------------Nemacheillus.chr --> node_12
3
1 1.000 0 --> 1
4
1 1.000 0 ==> 1
7
1 0.333 0 --> 1
9
1 1.000 0 ==> 1
13
1 0.500 0 --> 1
15
1 0.667 2 --> 1
16
1 0.500 0 --> 1
17
1 1.000 0 ==> 1
node_12 --> Hyposarkus.parda 3
1 1.000 1 --> 2
5
1 0.500 0 ==> 1
10
1 1.000 0 ==> 2
13
1 0.500 1 --> 2
node_12 --> node_11
6
1 1.000 0 ==> 1
11
1 0.500 0 --> 1
12
1 1.000 0 ==> 1
14
1 1.000 0 ==> 1
19
1 0.500 0 ==> 1
node_11 --> node_10
7
1 0.333 1 --> 0
8
1 1.000 0 ==> 1
18
1 1.000 0 ==> 1
20
1 1.000 0 ==> 1
node_10 --> Hemibagrus.nemur 11
1 0.500 1 --> 0
node_10 --> node_9
5
1 0.500 0 ==> 1
13
1 0.500 1 --> 0
node_9 --> Channa.striata 1
1 1.000 0 ==> 1
7
1 0.333 0 --> 1
10
1 1.000 0 ==> 1
15
1 0.667 1 ==> 0
18
1 1.000 1 ==> 2
19
1 0.500 1 ==> 0
node_9 --> node_8
13
1 0.500 0 --> 2
20
1 1.000 1 ==> 2
node_11 --> Glyptothorax.pla 15
1 0.667 1 --> 2
16
1 0.500 1 --> 0
51
Pairwise homoplasy matrix
1 2 3 4 5 6 7
1 Nemacheillus.chr 2 Hyposarkus.parda 0 3 Hemibagrus.nemur 4 2 4 Glyptothorax.pla 2 0 0 5 Channa.striata 4 6 0 2 6 Mystus.gulio
2 2 0 0 0 7 Mystus.micracant 2 2 0 0 0 0 Strict consensus of 3 trees:
/------------------------------------------------------------ Nemacheillus.chr
|
/--------------------------------------------- Hyposarkus.parda
|
|
/------------------------------ Hemibagrus.nemur
\--------------+
+------------------------------ Glyptothorax.pla
\--------------+------------------------------ Channa.striata
|
/--------------- Mystus.gulio
\--------------+--------------- Mystus.micracant
50% Majority-rule consensus of 3 trees
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
/------------------------------------------------ Hyposarkus.parda(2)
|
|
/------------------- Hemibagrus.nemur(3)
\--------+
/---67----+
/---------- Mystus.gulio(6)
|
/---67---+
\--100---+---------- Mystus.micracant(7)
\---100---+
\----------------------------- Channa.striata(5)
\-------------------------------------- Glyptothorax.pla(4)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence:
1234567
Freq
%
-----------------------..*****
3 100.0%
.....**
3 100.0%
..*.***
2 66.7%
..*..**
2 66.7%
....***
1 33.3%
..**.**
1 33.3%
3 trees appended to file "E:\SKRIPSI
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJcon.tre"
Bootstrap method with heuristic search:
Number of bootstrap replicates = 1000
Starting seed = 1837078974
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
52
Of 20 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
1 character is constant
6 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 13
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 10
Starting seed = 919231666
Number of trees held at each step during stepwise addition = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR)
Steepest descent option not in effect
Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
Topological constraints not enforced
Trees are unrooted
1000 bootstrap replicates completed
Time used = 1.27 sec
Bootstrap 50% majority-rule consensus tree
/--------------------------------------------------------- Nemacheillus.chr(1)
|
/------------------------------------------- Hyposarkus.parda(2)
|
|
/----------------------------- Hemibagrus.nemur(3)
\-------------+
+----------------------------- Glyptothorax.pla(4)
\-----69------+----------------------------- Channa.striata(5)
|
/-------------- Mystus.gulio(6)
\------78------+-------------- Mystus.micracant(7)
Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence (bootstrap
support values):
1234567
Freq
%
-----------------------.....** 776.70 77.7%
..***** 688.47 68.8%
..*..** 499.93 50.0%
..*.*** 472.58 47.3%
..**.** 287.99 28.8%
.**.*** 270.61 27.1%
....*** 254.94 25.5%
.*..*** 115.21 11.5%
.*..*.. 90.63 9.1%
..**... 83.80 8.4%
...**** 53.66 5.4%
12 groups at (relative) frequency less than 5% not shown
53
0 trees appended to file "E:\SKRIPSI
LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJboot.tre"