SIMULASI DOCKING MOLEKULER SENYAWA TRITERPENOID ALAM TERHADAP NF-B.
ABSTRAK
Obat tradisional telah banyak digunakan di masyarakat untuk mengobati
penyakit-penyakit kronis, diantaranya sebagai antiinflamasi kronik bahkan akut,
termasuk kanker. Nuklir faktor kappa betta (NF- B) merupakan suatu faktor
transkripsi yang menjadi regulator utama alam peradangan, transformasi sel dan
kelangsungan hidup sel tumor, proliferasi, invasi, angiogenesis, dan metastasis.
Dengan demikian, agen yang dapat menghambat NF-kB pada jalur aktivasinya
memiliki potensi sebagai obat antiinflamasi danuntuk mencegah serta mengobati
kanker. Dalam penelitian ini akan dilakukan simulasi docking molekuler untuk
mempelajari interaksi senyawa asam-senyawa triterpenoid alam terhadap NF-kB.
Senyawa yang digunakan yaitu celastrol, orbiculin D, orbiculin F, orbiculi H,
orbiculi I, aminoguanidine, saucerneol D, sacerneol E, saucernetin dan
Kamebakaurin. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa celastrol
memiliki afinitas ikatan terbaik terhadap NF-kB dengan nilai energi bebas -7.57
kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi sebesar 2.5x10-6 µM.
Kata kunci : triterpenoid, docking, NF- B.
i
ABSTRACT
Traditional medicine has been widely used in society to treat chronic
diseases, such as acute and even chronic inflammatory, including cancer. Nuclear
factor kappa betta (NF- B) is a transcription factor that becomes a major natural
regulator of inflammation, cell transformation and tumor cell survival,
proliferation, invasion, angiogenesis, and metastasis. Thus, agents that can inhibit
NF-kB activation in the pathway have potential as anti-inflammatory drugs and to
prevent and treat cancer. In this study will be carried out molecular docking
simulations to study the interaction of acidic compounds of natural triterpenoid
compounds on NF-kB. The compounds are used, that are celastrol, orbiculin D,
orbiculin F, H orbiculi, orbiculi I, aminoguanidine, saucerneol D, E sacerneol,
saucernetin and Kamebakaurin. These results indicate that the compound of
celastrol has the best binding affinity of NF-kB by the free energy of -7.57 kcal /
mol and the inhibition constant value of 2.5x10-6 M.
Keywords : Triterpenoid, docking, NF- B.
ii
Obat tradisional telah banyak digunakan di masyarakat untuk mengobati
penyakit-penyakit kronis, diantaranya sebagai antiinflamasi kronik bahkan akut,
termasuk kanker. Nuklir faktor kappa betta (NF- B) merupakan suatu faktor
transkripsi yang menjadi regulator utama alam peradangan, transformasi sel dan
kelangsungan hidup sel tumor, proliferasi, invasi, angiogenesis, dan metastasis.
Dengan demikian, agen yang dapat menghambat NF-kB pada jalur aktivasinya
memiliki potensi sebagai obat antiinflamasi danuntuk mencegah serta mengobati
kanker. Dalam penelitian ini akan dilakukan simulasi docking molekuler untuk
mempelajari interaksi senyawa asam-senyawa triterpenoid alam terhadap NF-kB.
Senyawa yang digunakan yaitu celastrol, orbiculin D, orbiculin F, orbiculi H,
orbiculi I, aminoguanidine, saucerneol D, sacerneol E, saucernetin dan
Kamebakaurin. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa celastrol
memiliki afinitas ikatan terbaik terhadap NF-kB dengan nilai energi bebas -7.57
kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi sebesar 2.5x10-6 µM.
Kata kunci : triterpenoid, docking, NF- B.
i
ABSTRACT
Traditional medicine has been widely used in society to treat chronic
diseases, such as acute and even chronic inflammatory, including cancer. Nuclear
factor kappa betta (NF- B) is a transcription factor that becomes a major natural
regulator of inflammation, cell transformation and tumor cell survival,
proliferation, invasion, angiogenesis, and metastasis. Thus, agents that can inhibit
NF-kB activation in the pathway have potential as anti-inflammatory drugs and to
prevent and treat cancer. In this study will be carried out molecular docking
simulations to study the interaction of acidic compounds of natural triterpenoid
compounds on NF-kB. The compounds are used, that are celastrol, orbiculin D,
orbiculin F, H orbiculi, orbiculi I, aminoguanidine, saucerneol D, E sacerneol,
saucernetin and Kamebakaurin. These results indicate that the compound of
celastrol has the best binding affinity of NF-kB by the free energy of -7.57 kcal /
mol and the inhibition constant value of 2.5x10-6 M.
Keywords : Triterpenoid, docking, NF- B.
ii