KARAKTERISTIK GEN BoLA DRB3.2 SAPI TARO.

Seminar Nasional Sains dan Teknologi (SENASTEK-2015), Kuta, Bali, INDONESIA, 29 – 30 Oktober 2015 P-PNL 159

KARAKTERISTIK GEN BoLA DRB3.2 SAPI TARO
I G. Soma dan I N. Wandia
Fakultas Kedokteran Hewan,Universitas Udayana JL PB Sudirman Denpasar-Bali
Corresponding author: gdsoma@yahoo.com

Pendahuluan
 BoLA DRB3.2 merupakan gen MHC klas II lokus DR-β3, exon 2.
 Penyandi receptor binding site molekul MHC Klas II pada sapi.
Tempat inisiasi respon imun (Sharifzadeh dan Doosti, 2011).
 Sangat polimorfik (Nassiry dkk., 2008).
 Berhubungan dengan ketahanan dan kerentanan terhadap
penyakit (Dietz dkk,. 1997; Alizadeh dkk., 2003)
 SAPI TARO
 Plasma nutfah Indonesia, hanya ada di Bali (Desa Taro Gianyar)
 Sapi “sakral” bagi masyarakat Bali umumnya dan Taro khususnya
 Populasi terus menurun, Inbreeding tinggi, Terancam punah
 Perlu dilestarikan
 Mengungkap potensi ketahanan maupun kerentanan terhadap
penyakit merupakan salah satu usaha mendasar dalam pelestarian

sapi Taro
 Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap karakteristik gen penyandi
unit β1receptor binding site molekul MHC klas II pada sapi putih Taro.

• Persentase komposisi nukelotida penyusunnya T: 19,5%;
C: 24,5%; A:21,9%; G 34,1%
• Ditemukan 3 titik variabel dengan single nucleotida polimorphysm
(SNP) yakni nukleotida nomor 37C/A, 87A/G dan 88G/C.
• Transalasi nukleotida dimulai dari 18 sampai 284
• Translasi menghasilkan 89 asam amino.
• Ditemukan substitusi pada asam amino nomor 7T/K dan 24R/A.
Tabel 1. Jarak Genetik Sapi Taro
[
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]

[8]
[9]

1

2

3

4

5

6

7

8

9]

0,000
0,000 0,000
0,007 0,007 0,007
0,000 0,000 0,000 0,007
0,000 0,000 0,000 0,007 0,000
0,000 0,000 0,000 0,007 0,000 0,000
0,003 0,003 0,003 0,010 0,003 0,003 0,003
0,000 0,000 0,000 0,007 0,000 0,000 0,000 0,003

[1]DRB3_DQ089666,[2]1_DRBF,[3]2_DRBF,[4]4_DRBF,[5]5_DRBF,[6]6_DRBF,[7]7_DRB F,[8]9_DRBF [9]10_DRBF

Pohon Pylogeni sapi Taro: Terbagi menjadi 2 kelompok

Metode Penelitian
DRB3 Bos Taurus kode akses DQ089666
 15 sampel darah sapi putih Taro masing-masing sebayak 5 ml.
1_DRBF
2_DRBF
TM

 Ekstraksi dan Isolasi DNA menggunakan PureLink Genomic Mini
5_DRBF
6_DRBF
Kit dari Invitrogen.
7_DRBF
10_DRBF
 DNA target diamplifikasi menggunakan menggunakan primer foward
9_DRBF
4_DRBF
(F) : 5´-ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCC-3´ dan revers (R): 5´0,0005
TTTAAATTCGCGCTCACCTCGCCGCT-3´(Van Eijk dkk., 1992).
 Reaksi PCR volume akhir 25 µL sbb: 2,5 µL 10x PCRbuffer, 3 µL
MgCL2 (25 mM), 0,5 µL 10x dNTP (2mM), 0,5 µL masing-masing Kesimpulan
primer (10 µM), 0.16 µL 5 unit/ µL Taq DNA polimerase, 2 µL
• Gen BoLA DRB3.2 sapi Taro 302 bp : 267 bp exon 2,
templeteDNA, dan 15,84 µL air deionase.
17 bp intron 5’, 18 bp intron 3’.
 PCR: Applied Biosystems 2720 Thermal Cycler. pra-PCR;
• Translals asam amino dari 18 – 284, diperoleh 89 AA
o

o
denaturasi 94 C 5 menit, PCR (30 siklus); denaturasi 94 C 1
• Ditemukan 3 titk variabel dg SNP 37C/A, 87A/G dan 88G/C.
menit, annealing 56o C 55 detik, elongasi 72o C 1 menit. Post PCR
• Ditemukan 3 alel gen BoLA DRB3.2 sapi Taro
72o C 5 menit.
• Hasil Isolasi DNA dan produk PCR di elektroforesis dengan gel Ucapan Terima Kasih
agarose 1,5%, 50 Volt, selama 30 menit. Fragmen DNA dimunculkan
Kami mengucapkan terimakasih kepada Rektor UNUD dan
dengan ethidium bromida diamati dengan bantuan sinar UV. Produk
Ketua LPPM UNUD yang telah membiayai penelitian ini dengan
PCR kemudian di sekuen. Hasil sekuen dianalisis menggunakan
dana PNBP DIPA 2015 dengan kontrak penelitian nomor 391MEGA5
10.UN14.2/PNL.01.03.00/2015.
Hasil dan Pembahasan
• DNA produk PCR 302 bp, terdiri atas 267 bp exon 2, 17 bp intron 5’
dan 18 bp intron 3’.
• Diperoleh 3 alel gen BoLA DRB3.2 sapi putih Taro dg sekuen seperti
berikut:

2_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTACGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG
GTGCGGTACCTGGACAGATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT
ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA
GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA
GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA
4_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTACGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG
GTGCGGTACCTGGACGCATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT
ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA
GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA
GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA
9_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTAAGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG
GTGCGGTACCTGGACAGATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT
ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA
GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA
GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA

Daftar Pustaka

Alizadeh, Z., Karrow, N., Mallard, B.A. 2003. Biological Effect of Varying Peptide
Binding Affinity to the BoLA-DRB3*2703 Allele. Genet. Sel. Evol. 35.(Suppl.1).S53S65
Amills, M., Ramiya, V., Norimine, J., Lewin, H.A. 1998. The Major Histocompatibility
Complex in Ruminant. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 17(1),108-120.
Behl, J.D., Verma, N.K., Tyagi, N., Mishra, P., Behl, R., Joshi, B.K. 2012. The major
Histocmptability Complex in Bovine: Review. Veterinary Science,Volume
2012.Article ID 87270. 12 pages.International Scholarly Network. [Cited 2014
Sept. 8].
Chakraborty, D., Singh, A., Tantia, M.S., Verma, A., Chakravarty, A.K.,(2015). Genetic
Polymorphism of BoLA DRB3.2 Locus in Sahiwa Cattle. Animal Science Reporter.
Vol.9 Issue 1, January 2015.
De, S., Singh, R.,K., Brahma, B. 2011. Allelic Diversity of Major Histocompatibility
Complex Class II DRB Gene in Indian Cattle and Buffalo. Risearch Article.
Molecular Biology International, Vol. 2011, Artcle ID 120176, 7 page doi :
10.4061/2011/120176
Dietz, A. B., Cohen, N. D., Timms, L., dan Kehrli, M. E., JR. 1997. Bovine Limphocyte
Antigen Class II as Risk Factors for High Somatic Cell Counts in Milk of Lactating
Dairy Cows. J. Dairy Sci. 80:406-412.[cited 2011 Des.18]. Available from URL:
http://ddr.nal.usda.gov/bitstream/10113/40527/1/IND20702402.pdf.