Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura

KERAGAMAN GEN MIOSTATIN (GDF-8) PADA SAPI
MADURA

IQBAL IMANNULLOH

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012

ABSTRAK
IQBAL IMANNULLOH. Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura. Dibimbing oleh
ACHMAD FARAJALLAH dan RADEN RORO DYAH PERWITASARI.
Sapi madura merupakan salah satu sapi lokal Indonesia yang memiliki kemampuan
adaptasi terhadap iklim tropis di kepulauan Madura dan memiliki kualitas daging serta kulit yang
baik. Perkembangan dan diferensiasi massa otot rangka dikendalikan oleh gen miostatin atau
growth differentiation factor-8 (GDF-8). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman
gen miostatin (ekson 2 dan ekson 3) pada sapi madura dan dibandingkan dengan gen miostatin dari
genus Bos lainnya pada tingkat runutan nukleotida. Identifikasi varian gen miostatin dilakukan
terhadap 21 sampel DNA sapi madura dan perunutan nukleotida dilakukan terhadap amplikon

menggunakan metode sampel DNA pooling. Enam varian yang ditemukan pada ekson 2 yaitu
C1G (Leu), C41T (Ala), G239A (Arg), G266A (Arg), A268G (Thr), dan A331G (Met), sedangkan
pada ekson 3 yaitu G75A, G77A, T261C, C273T, A330C (Ile), dan T336C (Thr). Analisis varian
menunjukkan bahwa empat varian pada ekson 3 hanya terdapat pada sapi madura, satu bersifat
missense yaitu G77A (His -- Arg), tiga varian lainnya bersifat nonsense yaitu G75A (Glu), T261C
(Ala), dan C273T (Cys). Enam varian pada ekson 2 dan dua varian pada ekson 3 memiliki
kesamaan nukleotida basa pada genus Bos lainnya, yaitu C1G (48%), C41T (64%), G239A (88%),
G266A (92%), A268G (96%), A331G (92%), A330C (72,7%), dan T336C (36,4%). Varian yang
ditemukan pada sapi madura berbeda dengan varian yang menunjukkan fenomena double
muscling.
Kata kunci

: miostatin, ekson 2, ekson 3, varian, DNA pooling
ABSTRACT

IQBAL IMANNULLOH. Diversity of Myostatin Gene (GDF-8) on Madura Cattle. Supervised by
ACHMAD FARAJALLAH and RADEN RORO DYAH PERWITASARI.
Madura cattle is one of Indonesian local cows that have an ability to adapt the tropical
climate in Madura island and produce good quality meats and skins. Development and
differentiation of muscle mass are controlled by myostatin gene or growth differentiation factor-8

(GDF-8). This research aimed to estimate the diversity of myostatin gene (exon 2 and exon 3) in
madura cattle and compared it with myostatin gene from other Bos genus. The identification of
myostatin gene diversity was performed on 21 DNA samples from madura cattle and nucleotides
sequencing was conducted on the amplicon using DNA pooling sample methods. The six variants
of the exon 2 were C1G (Leu), C41T (Ala), G239A (Arg), G266A (Arg), A268G (Thr), and A331G
(Met), whereas on exon 3 was G75A, G77A, T261C, C273T, A330C (Ile), and T336C (Thr). The
variance analysis showed that there were four variants of exon 3 that only found in a madura
cattle, one variant has missense characteristic, that is G77A (His -- Arg), and the three other
variants have nonsense characteristic, that are G75A (Glu), T261C (Ala), and C273T (Cys). The
six variants of exon 2 and two variants of exon 3 had a nitrogen base similarity with the other Bos
genus, that are C1G (48%), C41T (64%), G239A (88%), G266A (92%), A268G (96%), A331G
(92%), A330C (72,7%), and T336C (36,4%). The variants found in madura cattle are different
from variants that showed the double muscling phenomena.
Keyword

: myostatin, exon 2, exon 3, variant, DNA pooling

KERAGAMAN GEN MIOSTATIN (GDF-8) PADA SAPI
MADURA

IQBAL IMANNULLOH

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains pada
Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2012

Judul Skripsi : Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura
Nama
: Iqbal Imannulloh
NRP
: G34070079

Menyetujui:

Pembimbing I

Pembimbing II

Dr. Ir. Achmad Farajallah, M. Si
NIP. 19650427 199002 1 002

Dr. Ir. R. R. Dyah Perwitasari, M. Sc.
NIP. 19660403 199003 2 001

Mengetahui:
Ketua Departemen Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Pertanian Bogor

Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena
NIP. 19641002 198903 1 002

Tanggal lulus:

PRAKATA
Alhamdulillahirobbil’alamin
Segala puji dan syukur Penulis ucapkan bagi Allah yang telah melimpahkan
nikmat, karunia, anugrah, dan rahmat-Nya sehingga karya ilmiah yang berjudul
Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura dapat terselesaikan sebagai salah
satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains di Departemen Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.
Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-basarnya kepada Bapak Dr. Ir.
Achmad Farajallah, M.Si dan Ibu Dr. Ir. R. R. Dyah Perwitasari, M.Sc selaku
pembimbing yang telah memberikan ilmu, pengarahan, dan bimbingannya sehingga
penelitian ini dapat terselesaikan. Serta kepada Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si selaku dosen
penguji yang turut memberikan kritik dan sarannya dalam laporan ini. Ucapan terima
kasih juga disampaikan kepada Kepala Bidang Pengembangan dan Usaha Peternakan,
Dinas Kelautan, Perikanan dan Peternakan Kab. Sampang Ir. Sri Wahyuni Yulianti yang
telah membantu dalam hal pengambilan sampel darah sapi madura serta kepada keluarga
tercinta, bapak, ibu, kakak, adik, dan feni shintarika atas segala doa yang tiada henti,
kasih sayang, dan dukungannya. Tidak lupa penulis ucapkan terima kasih kepada semua
keluarga besar zoologi (Mba Tini, Mba Ani, Pak Adi, Mba Kanthi, Mba Tetri, Kak Jazi,
Kak Uche, Mas Wildan, Pak Rizal, Mba Dea, I Made K, Raisa AS, Rindi, Bisri, Cahyo,
Chyntia, Nishe, Renny, dan Noe) yang telah berbagi ilmu dan segala dukungannya,

kepada sahabat seperjuangan (Remarchtito Ilkom44, Feri Bio44 dan Andra AGH44) atas
segala bantuan, nasehat, dan semangat yang selalu diberikan dalam penelitian ini, dan
kepada teman-teman Biologi angkatan 44, 45, dan 46 yang telah memberikan motivasi
kepada penulis.
Semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat dan menambah khasanah ilmu
pengetahuan kita semua. Saran dan kritik yang membangun sangat penulis harapkan agar
tulisan ini menjadi lebih baik.

Bogor, Januari 2012

Iqbal Imannulloh

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 31 Oktober 1988 dari Ayah Riyanto
dan Ibu Sumarni. Penulis merupakan anak kedua dari empat bersaudara.
Tahun 2007 penulis lulus dari SMA Negeri 51 Jakarta dan melanjutkan
pendidikan di Institut Petanian Bogor, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Departemen Biologi melalui jalur penerimaan Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).
Selama masa studi di IPB, penulis pernah mengikuti beberapa organisasi
kepanitiaan seperti Pesta Sains, Program Penghijauan Mahasiswa Biologi, Revolusi Sains

I dan II, dan Lomba Cepat Tepat Biologi. Penulis juga pernah mengikuti praktik lapangan
pada tahun 2010 dengan judul Peningkatan Kualitas Ternak Sapi Lokal dengan Semen
Beku (Frozen Semen) di Balai Inseminasi Buatan (BIB) Lembang Bandung.

DAFTAR ISI
Halaman

DAFTAR TABEL ..............................................................................................................ix
DAFTAR GAMBAR .........................................................................................................ix
DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................................ix
PENDAHULUAN
Latar Belakang.......................................................................................................... 1
Tujuan....................................................................................................................... 1
BAHAN DAN METODE
Lokasi dan Waktu ..................................................................................................... 1
Sampel DNA............................................................................................................. 2
Amplifikasi gen Miostatin ....................................................................................... 2
Elektroforesis dan Visualisasi DNA ......................................................................... 2
Perunutan Nukleotida gen Miostatin ........................................................................ 2
Analisis Runutan DNA............................................................................................. 2

HASIL
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA ............................................................. 2
Runutan gen Miostatin.............................................................................................. 3
Analisis Varian Nukleotida....................................................................................... 4
PEMBAHASAN ................................................................................................................. 4
SIMPULAN ........................................................................................................................ 6
SARAN............................................................................................................................... 6
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................................... 6
LAMPIRAN........................................................................................................................ 8

DAFTAR TABEL
Halaman
1 Resume hasil pensejajaran nukleotida ekson 2 dan ekson 3 yang berbeda terhadap beberapa ruas
nukleotida gen miostatin genus Bos...............................................................................................3

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1 Hasil amplifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE 6% dengan
pewarnaan sensitif perak...............................................................................................................3
2 Varian ekson 3 yang hanya terjadi pada sapi madura, (A) varian G75A dan G77A; (B) varian

T261C; dan (C) varian C273T.......................................................................................................3

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1 Posisi masing-masing pasangan primer pada peta gen miostatin (GDF8) genus Bos ....................9
2 Informasi runutan gen miostatin (GDF8) pada Bos indicus ...........................................................9
3 Beberapa spesies pembanding yang digunakan dalam proses pensejajaran gen miostatin (GDF8)
ekson 2 dan ekson 3 .....................................................................................................................11
4 Hasil pensejajaran ekson 2 gen miostatin (GDF8) sapi madura terhadap beberapa genus Bos....12
5 Hasil pensejajaran ekson 3 gen miostatin (GDF8) sapi madura terhadap beberapa genus Bos....15

ix

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Sapi merupakan salah satu hewan ternak
dari famili Bovidae. Sapi yang berkembang
saat ini berasal dari domestikasi Bos
Domestikasi
tersebut

primigenius.
menghasilkan dua jenis sapi, yaitu sapi tanpa
punuk (punggung bagian depan datar, B.
taurus) dan sapi berpunuk (punggung bagian
depan melengkung ke atas, B. indicus).
Persebaran B. taurus sebagian besar berada di
wilayah Eropa dan Afrika Barat sedangkan B.
indicus sebagian besar tersebar di wilayah
Asia bagian selatan dan Afrika.
Jenis sapi lain yang memiliki sejarah
berbeda dari keduanya adalah B. javanicus,
yang dikenal sebagai banteng. Banteng
mengalami domestikasi langsung menjadi sapi
bali (Nijman et al. 2003). Selain sapi bali, di
Indonesia bisa ditemukan beberapa sapi lokal
yang lain, misalnya sapi madura dan sapi
aceh. Uggla (2008) dan Mohamad et al.
(2009) melaporkan bahwa sapi aceh berasal
dari keturunan B. indicus, sedangkan sapi
madura merupakan hasil persilangan banteng

dan sapi berpunuk atau B. indicus. Firdhausi
(2010) menggunakan asal sampel yang lebih
terkontrol dengan cakupan asal sampel sekitar
setengah luasan madura, berdasarkan DNA
mitokondria melaporkan bahwa sapi madura
terbagi menjadi dua tipe, yaitu tipe I berasal
dari keturunan induk betina banteng dan tipe
II berasal dari keturunan induk betina sapi
berpunuk.
Dilihat dari morfologinya, sapi madura
memiliki kesamaan dengan sapi bali, yaitu
kulit berwarna kecoklatan dengan motif putih
pada bagian pantat dan kaki. Adaptasi yang
lama di daerah tropis kepulauan Madura
menyebabkan sapi madura memiliki beberapa
sifat unggul, yaitu tahan terhadap kondisi
panas, mampu hidup baik dalam kondisi
makanan terbatas, resisten terhadap parasit
serta memiliki kualitas daging dan kulit yang
baik (Payne dan Hodges 1997).
Miostatin atau growth differentiation
factor-8 (GDF-8) adalah protein yang
mengatur pertumbuhan otot rangka sebelum
dan setelah kelahiran. Protein tersebut
merupakan salah satu anggota superfamili
transforming growth factor-β (TGf-β) yang
mengontrol secara negatif pertumbuhan massa
otot, yaitu dengan cara menghambat aktifitas
miogenin. Inaktifasi miogenin mengakibatkan
mioblas tidak dapat berdiferensiasi menjadi
miotube yang akan berkembang menjadi serat
otot rangka (Thomas et al. 2000).

Miostatin disandikan oleh gen miostatin.
Pada sapi, gen miostatin terletak di kromosom
nomor 2. Gen tersebut terdiri atas satu
promotor, tiga ekson dan dua intron.
Fenomena double muscling atau muscular
hypertrophy yang terjadi pada sapi belgian
blue dan piedmontese merupakan efek yang
ditimbulkan dari mutasi gen miostatin
(Oldham et al. 2001). Mutasi gen miostatin
yang terjadi pada sapi belgian blue adalah
mutasi delesi 11 pb pada ekson 3 (McPherron
dan Lee 1997), sedangkan mutasi yang terjadi
pada sapi piedmontese adalah mutasi
substitusi transisi basa guanin (G) menjadi
basa adenin (A) pada ekson 3 yang mengubah
asam amino sistein (Cys) menjadi tirosin
(Tyr) (Kambadur et al. 1997). Beberapa
varian gen miostatin juga dilaporkan bisa
mengganggu aktifitas miogenin sehingga
jumlah serat otot rangka bertambah banyak
(hiperplasia) dan/atau ukurannya bertambah
besar (hipertropi).
Pertumbuhan otot rangka yang cepat pada
sapi yang mengalami hiperplasia dan/atau
hipertropi menyebabkan varian gen miostatin
mempunyai prospek ekonomi yang sangat
besar. Oleh karena itu, pencarian varian gen
miostatin pada berbagai jenis ternak, hewan
peliharaan
dan
hewan-hewan
lainnya
termasuk manusia banyak dilakukan (domba,
Johnson et al. 2005; anjing, Mosher et al.
2007; ikan, Ostbye et al.2001; dan manusia,
Schuelke et al. 2004). Beberapa mutan gen
miostatin juga dilaporkan mempengaruhi laju
pertumbuhan otot rangka pada kerbau Nellore
(Grisolia et al.2009) dan sapi Charolaise
(Dunner et al. 2002).
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
keragamangen miostatin (ekson 2 dan ekson
3) pada sapi madura yang dibandingkan
dengan beberapa anggota genus Bos lainnya.

BAHAN DAN METODE
Lokasi dan Waktu
Penelitian dilaksanakan mulai bulan
Januari
sampai September 2011 di
Laboratorium Bagian Fungsi Hayati dan
Perilaku Hewan, Departemen Biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam, Institut Pertanian Bogor (FMIPA IPB).

1

Sampel DNA
Sampel DNA yang digunakan merupakan
ekstrak
DNA
sapi
madura
koleksi
Laboratorium Bagian Fungsi Hayati dan
Perilaku Hewan Departemen Biologi IPB.
Sampel yang digunakan berjumlah 21 sampel
terdiri atas sapi jantan (13 sampel) maupun
sapi betina (8 sampel).
Amplifikasi gen Miostatin
Amplifikasi ruas gen miostatin dilakukan
secara in vitro menggunakan mesin ESCO
Swift Maxi Thermal Cycler. Amplifikasi ruas
ekson 2 gen miostatin menggunakan primer
forward AF80 (5’-GCTGTTATGAATGAAA
TGCTAC) dan primer reverse AF81 (5’TTTT
Pasangan
ATTGGGTACAGGGCTAC).
primer tersebut mengapit mulai dari
nukleotida 2188 hingga nukleotida 2870 (B.
taurus, No. akses AB076403), dengan ukuran
amplikon sekitar 683 pb. Posisi penempelan
primer tersebut berada pada bagian akhir
intron 1 dan bagian awal intron 2. Sedangkan
amplifikasi ekson 3 menggunakan primer
forward Luci 5 (5’-ATGTGACATAAGCAA
AATGATTAG) dan reverse Luci 6 (5’-CTTG
TGCTTAAGTGACTGTAG) yang mengapit
mulai dari nukleotida 4681 hingga nukleotida
5175 (B. indicus, No. akses AY794986),
dengan panjang amplikon sekitar 614 pb.
Pasangan primer tersebut menempel pada
bagian akhir intron 2 dan bagian awal
terminator gen miostatin (Lampiran 1).
Pereaksi PCR dengan volume 25 μl
terdiri atas sampel DNA 2,5 μl (10-100 ng),
DW steril 8 μl, masing-masing primer
(forward reverse) 1 μl, dan Kappa Taq
Readymix 12,5 μl. Reaksi amplifikasi PCR
dilakukan dengan kondisi untuk kedua ruas
ekson gen miostatin adalah tahap denaturasi
awal pada suhu 940C selama dua menit 30
detik; tahap kedua terdiri dari 30 siklus yang
masing-masing siklus terdiri dari denaturasi
pada suhu 940C selama 30 detik, penempelan
primer (annealing) pada suhu 550-560C
selama 45 detik dan pemanjangan nukleotida
(elongasi) 720C selama satu menit; tahap
terakhir yaitu pemanjangan nukleotida akhir
(post-elongasi) selama dua menit 30 detik.
Elektroforesis dan Visualisasi DNA
Elektroforesis amplikon gen miostatin
dilakukan dengan metode Polyacrilamide gel
Electrophoresis (PAGE) 6% dalam bufer 1x
TBE (10 mM Tris-HCl, 1 M asam borat, dan

EDTA 0,1 mM) yang dijalankan pada
tegangan 250 volt selama 30 menit.
Visualisasi pita DNA setelah elektroforesis
dilakukan dengan pewarnaan sensitif perak
(Byun et al. 2009).
PerunutanNukleotida gen Miostatin
Perunutan nukleotida dilakukan terhadap
amplikon ekson 2 dan ekson 3 yang
menunjukkan pita tunggal dan berpita tebal di
atas gel akrilamid. Untuk itu, amplikon
dimurnikan kemudian amplikon disatukan
(DNA pooling) dan dijadikan cetakan dalam
proses perunutan menggunakan primer yang
sama dengan amplifikasi awal. Proses
perunutan
(PCR
dan
elektroforesis)
menggunakan metode sequencing big dye
terminator yang dilakukan oleh Lembaga
Komersial jasa sequencing.
Analisis Runutan DNA
Hasil perunutan dari arah forward dan
reverse digabung menjadi satu ruas DNA
kemudian diedit berdasarkan kromatogram
yang dihasilkan oleh mesin elektroforesis
sequencing menggunakan program BioEdit
versi 6.0.7. Pengeditan runutan lebih lanjut
dilakukan
secara
manual
berdasarkan
penyandiannya menjadi polipeptida. Setelah
diedit, runutan nukleotida saling disejajarkan
dengan melibatkan beberapa runutan dari
genus Bos lainnya (Lampiran 3) menggunakan
ClustralW yang tertanam dalam MEGA versi
4.0.2 (Moleculer Evolutionary Genetics
Analysis).

HASIL
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA
Pada ekson 2, sampel yang berhasil
teramplifikasi dan terdeteksi dalam pewarnaan
sensitif perak sebanyak 11 sampel. (Gambar
1A). Hasil tersebut berupa pita tunggaldengan
ukuran amplikon sekitar 683 pb yang sesuai
dengan perkiraan desain primer. Beberapa
amplikon masih memunculkan pita-pita DNA
tambahan yang samar-samar diatas gel
poliakrilamid. Sedangkan pada ekson 3 yang
berhasil teramplifikasi dan terdeteksi dalam
pewarnaan sensitif perak sebanyak enam
sampel dengan ukuran amplikon sekitar 614
pb (Gambar 1B).

2

M

1

2

3

4

M 1

A

2

3

4

5

B

600

600

300
300
100

100

Gambar 1Hasil amplifikasi
plifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE 6% dengan
pewarnaan sensitif perak. Keterangan: M= marker 100 pb; 1, 2, 3, 4, 5= sampel sapi
madura.
pense
nukleotida ekson 2 dan ekson 3 yang berbeda terhadap
Tabel 1. Resume hasil pensejajaran
beberapa ruas
uas nukleotida gen miostatin genus Bos.

Spesies (No. Akses) /
Sampel
Sapi Madura
Bos taurus (AF320998)
Bos taurus (AB076403)
Bos indicus (FJ752678)
Bos indicus (EF438819)
Bos frontalis (FJ752684)
Bos frontalis (FJ752685)
Bos grunnies (JN642607)
Bos grunnies (EU372977)

1
C
C
C
G
G
G
G
C
G

Ekson 2
2 2
4 3 6
1 9 6
C G G
T G G
C G G
C G G
C G G
C A A
T A G
C G G
C A A

2
6
8
A
A
G
A
A
A
A
A
A

3
3
1
A
A
A
A
A
A
A
A
G

7
5
G
A
A
A
A
A
A
A
A

Ekson 3
2 2
7 6 7
7 1 3
G T C
A C T
A C T
A C T
A C T
A C T
A C T
A C T
A C T

3
3
0
A
A
A
C
A
A
A
A
A

3
3
6
T
C
C
T
C
T
C
C
C

Keterangan: Nomor posisi nukleotida dibaca secara vertikal di tiga baris pertama. Bagian yang di
cetak tebal menunjukkan substitusi
substitu transversi.

A

B

C

Gambar 2 Varian ekson 3 yang
yan hanya terjadi pada sapi madura, (A) varian G75A dan G77A; (B)
varian T261C;
C; dan (C) varian C273T.
Runutan gen Miostatin
Runutan amplikon dari arah
ara forward dan
reverse yang digabungg menjadi satu ruas
DNA untuk ekson 2 dan
n ekson 3 berturut-turut
berturut
yaitu sepanjang 683 nt dan 614 nt.
Pensejajaran dengan beberapa runutan gen
miostatin genus Bos pembanding
pemban
(Lampiran
3) menunjukkan bahwa panjang yang
sebenarnya untuk ekson
on 2 (Lampiran
(La
4) dan
ekson 3 (Lampiran 5) berturut
berturut-turut yaitu 374

nt (124 asam amino) dan 381 nt (127 asam
amino). Berdasarkan hasil pensejajaran kedua
ruas ekson tersebut menunjukka
ukkan bahwa
ekson 2 dan ekson 3 memiliki nukleoti
nukleotida yang
relatif stabil sebesar 98,4% dan ditemukan
masing-masing enam varian terdiri atas satu
substitusi transversi dan lima substitusi
transisi, dengan posisi berbeda dari tiap-tiap
varian (Tabel 1).

3

Analisis Varian Nukleotida
Pada ekson 2, satu dari enam titik varian
termasuk substitusi transversi. Varian tersebut
yaitu C1G yang menyandikan asam amino
leusin. Lima titik varian lainnya termasuk
substitusi transisi yaitu C41T (Ala), G239A
(Arg), G266A (Arg), A268G (Thr), dan
A331G (Met). Pada ekson 3, satu titik varian
termasuk substitusi tranversi A330C (Ile),
sedangkan lima varian lainnya yaitu G75A,
G77A, T261C, C273T, dan T336C (Tyr)
termasuk substitusi transisi.
Analisis lebih lanjut terhadap varian
tersebut menunjukkan bahwa empat dari 12
total varian merupakan varian yang hanya
terjadi pada sapi madura. Varian tersebut yaitu
G75A, G77A, T261C, dan C273T. Varian
G75A merupakan varian yang terjadi pada
posisi nukleotida 75 basa G terhadap basa A
(Gambar 2A). Varian tersebut bersifat
nonsense karena tetap sebagai asam glutamat.
Varian G77A terjadi pada posisi nukleotida 77
basa G terhadap basa A (Gambar 2A). Varian
ini bersifat missense karena menyebabkan
perubahan histidin menjadi arginin. Lebih
lanjut, varian T261C terjadi pada posisi
nukleotida 261 basa T terhadap basa C
(Gambar 2B). Varian ini tetap menyandikan
asam amino alanin. Kemudian varian C273T
terjadi pada posisi nukleotida 273 basa C
terhadap basa T yang tetap menyandikan
sistein (Gambar 2C).
Delapan varian lainnya merupakan varian
yang memiliki kesamaan basa nukleotida
terhadap beberapa genus Bos pembanding.
Varian C1G pada ekson 2 memiliki kesamaan
nukleotida basa C sebesar 48% terhadap
genus Bos pembanding, varian C41T memiliki
kesamaan nukleotida basa C sebesar 64%,
varian G239A memiliki kesamaan nukleotida
basa G sebesar 88%, varian G266A memiliki
kesamaan nukleotida basa G sebesar 92%,
varian A268G memiliki kesamaan nukleotida
basa A sebesar 96%, dan varian A331G
memiliki kesamaan nukleotida basa A sebesar
92%. Sedangkan dua varian yang terdapat
pada ekson 3 yaitu varian A330C memiliki
kesamaan nukleotida basa A sebesar 72,7%
dan varian T336C memiliki kesamaan
nukleotida basa T sebesar 36,4%. Kesamaan
nukleotida basa tersebut sebagian besar terjadi
pada Bos taurus dan Bos indicus pembanding.

PEMBAHASAN
Amplifikasi dan visualisasi untuk ekson 2
menghasilkan pita tunggal yang tebal dan

beberapa pita tambahan yang samar-samar
(Gambar 1A). Pita tambahan tersebut
merupakan pengotor yang terdeteksi dalam
gel poliakrilamid setelah pewarnaan perak dan
tidak sampai mengganggu runutan amplikon.
Hal ini didukung dengan puncak kromatogram
yang jelas dengan jarak/spasi antar puncak
yang sebagian besar sama (Gambar 2).
Pewarnaan sensitif perak yang digunakan
untuk mendeteksi pita-pita DNA dalam gel
poliakrilamid sangat sesuai dengan volume
dan konsentrasi sampel yang sangat kecil
yaitu 2 μl [10 ng] (Avise 1994). Hal tersebut
dikarenakan pewarnaan sensitif perak
merupakan metode dengan sensitifitas yang
sangat tinggi dan cepat dalam mendeteksi
pita-pita DNA yang sangat kecil dengan
konsentrasi berkisar 10 ng (Byun et al. 2009).
Hasil runutan dua amplikon dari arah
forward dan reverse dengan hasil pensejajaran
ruas gen miostatin ekson 2 dan ekson 3
menunjukkan adanya perbedaan panjang
nukleotida. Perbedaan yang terdapat pada
ekson 2 berasal dari bagian akhir intron 1
sepanjang 158 nt dan bagian awal intron 2
sepanjang 127 nt (Lampiran 1). Sedangkan
pada ekson 3, perbedaan berasal dari bagian
akhir intron 2 sepanjang 108 nt dan bagian
awal terminator sepanjang 125 nt (Lampiran
1). Pada bagian intron-intron tersebut tidak
dilakukan analisis lebih lanjut karena ruas
intron tidak berperan dalam proses
penyandian asam amino (translasi) dalam hal
ini ekspresi dari gen miostatin.
Analisis
runutan
gen
miostatin
menunjukkan bahwa ekson 2 dan ekson 3
masing-masing menghasilkan enam varian
berturut-turut yaitu C1G, C41T, G239A,
G266A, A268G, A331G,G75A, G77A, T261C,
C273T, A330C dan T336C. Varian tersebut
ditunjukkan oleh adanya dua puncak pada
kromatogram yang saling tumpang tindih.
Puncak kromatogram pada varian ekson 3,
bukanlah sebagai pengotor namun lebih
mengarah kepada varian (Gambar 2). Namun
lain halnya dengan beberapa puncak yang
terdapat pada ekson 2 selain enam puncak
yang menunjukkan varian ekson 2.
Banyaknya puncak pada latar belakang
kromatogram (tidak dilampirkan) diakibatkan
pengotor yang terbawa saat amplifikasi
sampel. Hal ini mengakibatkan runutan ekson
2 diverifikasi lebih lanjut terhadap runutan
amplikon dari arah primer forward dan
reverse untuk memastikan keakuratan runutan
tersebut.
Adanya dua puncak pada kromatogram
merupakan sebuah data kualitatif yang

4

diharapkan, karena menunjukkan adanya
varian pada ekson 2 dan ekson 3. Puncakpuncak tersebut merupakan hasil dari
pembacaan mesin perunutan PCR dan
elektroforesis terhadap sampel yang dijadikan
dalam satu tabung (DNA pooling) yang sesuai
dengan masing-masing ekson. Teknik DNA
pooling yang digunakan dalam penelitian ini
merupakan teknik yang dapat mendeteksi
varian pada suatu lokus namun varian tersebut
tidak dapat diketahui terjadi pada sampel yang
mana. Ini karena sampel-sampel tersebut
dijadikan dalam satu tabung (pooling)
sehingga teknik ini sangat hemat sebagai
penanda molekuler dan proses screening pada
sampel dapat terjadi secara cepat dan banyak
sampel. Secara umum, teknik DNA pooling
untuk perunutan merupakan teknik dalam
mendeteksi delesi, insersi dan substitusi
nukleotida (dikenal sebagai Single Nucleotide
Polymorphisms - SNPs).
Hasil perunutan amplikon ekson 2
(Lampiran 4) dan ekson 3 (Lampiran 5)
menunjukkan bahwa tidak ditemukan adanya
varian
yang
menyebabkan
terjadinya
pertambahan massa dan jumlah serat otot
rangka (dikenal double muscling atau
muscular hypertrophy). McPherron dan Lee
(1997) melaporkan adanya delesi 11 pb pada
ekson 3 diantara nukleotida 821-831 dikenal
dengan nt821(del11), mengakibatkan stop
kodon menjadi tidak dikenali sehingga protein
miostatin
tidak
dapat
diekspresikan.
Sedangkan Grobet et al. (1998) melaporkan
beberapa varian yang menyebabkan double
muscling terjadi pada ekson 2 yaitu delesi
tujuh pb dan digantikan dengan insersi 10 pb
pada posisi nukleotida ke-419 dikenal sebagai
nt419(del7-ins10), transisi basa C menjadi
basa T pada posisi nukleotida ke-610
(Q204X), dan transversi basa G menjadi basa
T pada posisi nukleotida ke-676 (E226X);
serta substitusi transisi basa G menjadi basa A
pada posisi nukleotida ke-938 (C313Y)
menyebabkan asam amino sistein (Cys)
berubah menjadi treonin (Thr). Varian yang
tidak menyebabkan double muscling juga
telah dilaporkan oleh Dunner et al. (2002)
pada ekson 2 yaitu substitusi transisi basa G
menjadi basa A pada posisi nukleotida ke-544
(D182) yang mengakibatkan perubahan asam
aspartat (Asp) menjadi asparagin (Asn) dan
substitusi transisi basa G menjadi basa A pada
posisi nukleotida ke-387 dikenal dengan
nt387(G-A).
Regulasi miostatin secara umum diawali
dengan pembentukan dan ekspresi sebagai
premiostatin yang belum aktif. Miostatin

menjadi aktif pada saat pasca-translasi dan
kemudian berikatan dengan follistatin.
Kompleks miostatin dan follistatin ini akan
membentuk situs aktif jika berikatan dengan
activin reseptor IIB di jaringan otot. Reseptor
tersebut akan memberikan sinyal kerja ke
protein yang mengatur pengendalian otot
(miogenin), sehingga perkembangan jaringan
otot menjadi normal. Mutasi pada gen
miostatin menyebabkan perubahan jumlah
(hiperplasia) dan/atau ukuran serat otot
(hipertropi) maupun perubahan ikatan situs
aktif
dengan
activin
IIB
sehingga
menyebabkan fenomena double muscling
(McNally 2004).
Pada penelitian ini, amplifikasi dan
perunutan gen miostatin menunjukkan bahwa
empat varian pada ekson 3 hanya terdapat
pada sapi madura, yaitu G75A, G77A, T261C,
dan C273T (Tabel 1). Meskipun varian
berbeda
berdasarkan
basa
tersebut
nukleotidanya, telaah lebih lanjut berdasarkan
asam amino yang disandikan ternyata tiga
varian, yaitu G75A, T261C, dan C273T
memiliki asam amino yang sama dengan
genus Bos pembanding berturut-turut yaitu
asam glutamat (Glu), alanin (Ala), dan sistein
(Cys). Sedangkan pada varian G77A memiliki
perbedaan asam amino karena terjadi
perubahan dari histidin (His) menjadi arginin
(Arg). Arginin (Arg) dan histidin (His)
merupakan asam amino yang bersifat basa dan
mempunyai gugus amino pada rantai
sampingnya yang bermuatan positif serta
bersifat hidofilik. Adanya kesamaan asam
amino pada tiga varian ekson 3dikarenakan
posisi nukleotida basa pada tiga varian
tersebut terjadi pada basa ketiga (Lampiran 5)
sehingga asam amino yang disandikannya
tetap. Sedangkan posisi nukleotida basa pada
varian G77A terjadi pada basa kedua sehingga
terjadi perbedaan asam amino yang
disandikan. Asam amino yang berubah tidak
hanya terjadi pada perubahan nukleotida basa
di posisi kedua setiap kodonnya namun juga
dapat terjadi pada basa kesatu seperti pada
varian C1G, A268G dan A330C (Lampiran 4).
Selain kesamaan berdasarkan nukleotida
basa, lima varian ekson 2 juga memiliki
kesamaan berdasarkan sifat asam amino
terhadap genus Bos pembandingnya. Varian
C1G, C41T, dan A331G berturut-turut
menyandikan asam amino leusin (Leu), alanin
(Ala), dan metionin (Met). Sedangkan genus
Bos pembandingnya menyandikan asam
amino valin (Val). Keempat asam amino
tersebut merupakan asam amino dengan rantai
samping nonpolar dan bersifat hidrofobik.

5

Dua varian lainnya (G239A dan G266A)
menyandikan asam amino arginin (Arg)
sedangkan genus Bos pembandingnya
menyandikan lisin (Lys). Kedua asam amino
tersebut termasuk asam amino yang bersifat
basa, gugus amino pada rantai sampingnya
bermuatan positif dan bersifat hidrofilik.
Kesamaan nukleotida basa dan sifat asam
amino yang disandikannya terhadap beberapa
genus Bos pembanding sebagian besar terjadi
pada Bos taurus dan Bos indicus.

SIMPULAN
Perunutan (PCR dan elektroforesis)gen
miostatin pada sapi madura dengan teknik
sampel DNA pooling menunjukkan bahwa
ekson 2 dan ekson 3 masing-masing memiliki
enam varian. Empat varian pada ekson 3
(G75A, G77A, T261C, dan C273T) hanya
ditemukan pada sapi madura. Asam amino
pada varian G77A mengalami perubahan dari
histidin (His) menjadi arginin (Arg). Varian
yang ditemukan berbeda dengan varian yang
menyebabkan fenomena double muscling.

SARAN
Varian G77A pada ekson 3 gen miostatin
dapat digunakan sebagai penanda genetik
terhadap pertumbuhan rata-rata massa otot
rangka dan kualitas karkas.

DAFTAR PUSTAKA
Avise JC. 1994. Molecular Markers, Natural
History and Evolution. New York:
Chapman & Hall.
Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH.
2009. An effective method for silverstaining DNA in large numbers of
polyacrylamide gels. Analytical
Biochemistry 385: 174 – 175.
Dunner S, Miranda ME, Amigues Y, Caon J,
Georges M, Hanset R, Williams J,
Menissier F. 2002. Haplotype
diversity of the myostatin gene
among beef cattle breeds. Genetics
Selection Evolution 35: 103 – 108.
Firdhausi NF. 2010. Asal Usul Sapi Madura
Berdasarkan
Penanda
DNA
Mitokondria. [Tesis] Bogor: Fakultas
Pascasarjana,
Institut
Pertanian
Bogor.

Grisolia AB, D’Angelo GT, Porto Neto LR,
Siqueira F, Garcia JF. 2009.
Myostatin (GDF8) single nucleotide
polymorphisms in Nellore cattle.
Genetic and Molecular Research 8:
822 – 830.
Grobet L, Poncelet D, Royo LJ, Brouwers B,
Pirottin D, Michaux C, Ménissier F,
Zanotti M, Dunner S, Georges M.
1998. Molecular definition of an
allelic series of mutations disrupting
the myostatin function and causing
double
muscling
in
cattle.
Mammalian Genome 9: 210 – 213.
Johnson PL, McEwan JC, Dodds KG, Purchas
RW, Blair HT. 2005. A directed
search in the region of GDF8 for
quantitative trait loci affecting
carcass traits in Texel sheep. Journal
of Animal Science 83: 1988 – 2000.
Kambadur R, Sharma M, Smith TPL, Bass JJ.
1997. Mutations in myostatin
(GDF8) in Double-Muscled Belgian
Blue and Piedmontese Cattle.
Genome Research. 7: 910 – 915.
McNally EM. 2004. Powerful genesmyostatin regulation of human
muscle mass. The New England
Journal of Medicine 350: 2642 –
2644.
McPherron AC, Lee SJ. 1997. Double
muscling in cattle due to mutations in
the myostatin gene. Proceedings of
the National Academy of Sciences.
USA 94: 12457 – 12461.
Mosher DS, Quignon P, Bustamante CD,
Sutter NB, Mellersh CS,Parker HG,
Ostrander EA. 2007. A mutation in
the myostatin gene increases muscle
mass
and
enhances
racing
performance in heterozygote dogs.
PLoS Genetics 3: 0779 – 0786.
Mohamad K, Olsson M, Tol HTA van, Mikko
S, Vlamings BH, Andersson G,
Martinez HR, Purwantara B, Paling
RW, Colenbrander B, Lenstra JA.
2009. On the origin of Indonesian
cattle. PLoS ONE 4:1 – 5.
Nijman IJ, Otsen M, Verkaar ELC, Ruitjer C
de, Hanekamp E, Ochieng JW,
Shamshad S, Rege JEO, Hanotte O,
Barwegen MW, Sulawati T, Lenstra
JA. 2003. Hybridization of banteng
(Bos javanicus) and zebu (Bos
indicus) revealed by mitochondrial
DNA, satellite DNA, AFLP and
microsatellites. Heredity 90: 10 – 16.

6

Oldham JM, Martyn JAK, Sharma M,
Jeanplong F, Kambadur R, Bass JJ.
2001. Moleculer expression of
myostatin and MyoD is greater in
double-muscled
than
normalmuscled cattle fetuses. American
Journalof Physiology - Regulatory,
Integrative
and
Comparative
Physiology 280: R1488 – R1493.
Ostbye TK, Galloway TF, Nielsen C,
Gabestad I, Bardal T, Andersen O.
2001. The two myostatin genes of
Atlantic salmon (salmo salar) are
expressed in a variety of tissues.
European Journal of Biochemistry
268: 5249 – 5257.
Payne WJA, Hodges J. 1997. Tropical Cattle:
Origins, Breed, and Breeding
Policies. Oxford: Blackwell Science
Ltd.

Schuelke M, Wagner KR, Stolz LE, Hübner
C, Riebel T, Kömen W, Braun T,
Tobin JF, Lee SJ. 2004. Myostatin
mutation associated with gross
muscle hypertrophy in a child. The
New England Journal of Medicine
350: 2682 – 2688.
Thomas M, Langley B, Berry C, Sharma M,
Kirk S, Bass J, Kambadur R. 2000.
Myostatin, a negative regulator of
muscle
growth,
function
by
inhibiting myoblast proliferation.
Journal Biochemistry 275: 40235 –
40243.
Uggla CM. 2008. Investigating genetic
variability within specific indigenous
Indonesian cattle breeds [Disertasi].
Swedish University of Agricultural
Sciences.

7

LAMPIRAN

8

Lampiran 1. Posisi masing-masing pasangan primer pada peta gen miostatin (GDF8) genus Bos.
Pasangan primer forward AF80 dan reverse AF81 terhadap Bos taurus (No. akses
AB076403). Sedangkan pasangan primer forward Luci 5 dan reverse Luci 6 terhadap
Bos indicus (No. akses AY794986)

Luci 5F
nt ke-4681

AF 80F
nt ke-2188

Promotor Ekson 1 Intron 1 Ekson 2 Intron 2 Ekson 3 Terminator
AF 81R
nt ke-2870

Luci 6R
nt ke-5175

Lampiran 2. Informasi runutan gen miostatin (GDF8) pada Bos indicus
LOCUS
AY794986
6686 bp
DNA
linear
MAM 24-JAN-2007
DEFINITION Bos indicus myostatin gene, complete cds.
ACCESSION
AY794986
VERSION
AY794986.1 GI:55740411
KEYWORDS
.
SOURCE
Bos indicus (Bos taurus indicus)
ORGANISM Bos indicus
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;
Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.
REFERENCE
1 (bases 1 to 6686)
AUTHORS
Tantia,M.S., Vijh,R.K., Kumar,S.T., Mishra,B. and Reecy,J.M.
TITLE
Comparative analysis of GDF 8 (myostatin) in Bos indicus and Bos
taurus
JOURNAL
DNA Seq. 17 (4), 311-313 (2006)
PUBMED
17312952
REFERENCE
2 (bases 1 to 6686)
AUTHORS
Tantia,M.S., Mishra,B., Bharani Kumar,S.T. and Vijh,R.K.
TITLE
Direct Submission
JOURNAL
Submitted (26-OCT-2004) NATP, NBAGR, P B No. 129, Karnal, Haryana
132001, India
FEATURES
Location/Qualifiers
source
1..6686
/organism="Bos indicus"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:9915"
mRNA
join(5158)
/product="myostatin"
CDS
join(134..506,2371..2744,4778..5158)
/note="similar to the product of GenBank Accession Number
AB076403"
/codon_start=1
/product="myostatin"
/protein_id="AAV63982.1"
/db_xref="GI:55740412"
/translation="MQKLQISVYIYLFMLIVAGPVDLNENSEQKENVEKEGLCNACLW
RENTTSSRLEAIKIQILSKLRLETAPNISKDAIRQLLPKAPPLLELIDQFDVQRDASS
DGSLEDDDYHARTETVITMPTESDLLTQVEGKPKCCFFKFSSKIQYNKLVKAQLWIYL
RPVKTPATVFVQILRLIKPMKDGTRYTGIRSLKLDMNPGTGIWQSIDVKTVLQNWLKQ
PESNLGIEIKALDENGHDLAVTFPEPGEDGLTPFLEVKVTDTPKRSRRDFGLDCDEHS
TESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGECEFVFLQKYPHTHLVHQANPRG
SAGPCCTPTKMSPINMLYFNGEGQIIYGKIPAMVVDRCGCS"
ORIGIN
1 agattcactg gtgtggcaag ttgtctctca gactgggcag gcattaacgt ttggcttggc
61 gttactcaaa agcaaaagaa aagtaaaagg aagaagtaag aacaagggaa aagattgtat
121 tgattttaaa accatgcaaa aactgcaaat ctctgtttat atttacctat ttatgctgat
181 tgttgctggc ccagtggatc tgaatgagaa cagcgagcag aaggaaaatg tggaaaaaga
241 ggggctgtgt aatgcatgtt tgtggaggga aaacactaca tcctcaagac tagaagccat
301 aaaaatccaa atcctcagta aacttcgcct ggaaacagct cctaacatca gcaaagatgc
361 tatcagacaa cttttgccca aggctcctcc actcctggag ctgattgatc agttcgatgt
421 ccagagagat gccagcagtg acggctcctt ggaagacgat gactaccacg ccaggacgga
481 aacggtcatt accatgccca cggagtgtga gtagtcctgc tggtgcagag caacgactct
541 gctgactgct gttctagtgt tcatgagaaa ccgatctatt ttcaggctct tttaacaagc
601 tgctggcttg tatgtaagga ggaggggaaa gagctttttt caagatttca tgagaaatag
661 accaatgaga ctgaaagctg ctactttatt tgtttcctta gagagctaaa aagctaaaaa

9

721
781
841
901
961
1021
1081
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681
1741
1801
1861
1921
1981
2041
2101
2161
2221
2281
2341
2401
2461
2521
2581
2641
2701
2761
2821
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
3421
3481
3541
3601
3661
3721
3781
3841
3901
3961
4021
4081
4141
4201
4261
4321
4381
4441
4501
4561
4621
4681
4741
4801
4861
4921
4981
5041
5101

tcaaaaatga
tgtttatgtt
tgtgaaaaat
ataacagggt
agaggttgaa
ctatttctca
tggaaaggat
taaacacagc
tttaattgag
ttgagagtac
tattttattc
aaagataata
ggagacaggc
gatcttgctt
ctgctttttc
tgctatcaga
aaggcaagaa
tttctaagtt
gtttttttat
tattttctgc
tcaggcctgg
aactactcag
tctaatcatc
gtccacagtt
aaagattctg
tatgaatgaa
aattaaaaaa
ttagtaactt
ccaaatgttg
aactgtggat
gactcatcaa
acatgaaccc
ggctcaaaca
atgatcttgc
aataacatgc
aataactacc
cctgtactca
ttgactttgc
gaattctttg
tataaataaa
ttcccccaga
actctacaag
ttcaggttta
ttgttttata
gtaaaattaa
tactgttctt
agaaaataat
agtttagagc
aattttttaa
ttatacttgc
atgatatcta
aaaattttcc
aaaatgatgt
agtgtaggat
gtgacgtgac
acttttccat
attagcaaat
aatatcattg
cctatatact
gtactgggtg
agtgaatgga
accatattta
tgctcctttc
atctattatg
aagatctgac
atcaagccta
taagcaaaat
gggatctatt
aacagacaca
agaatctcga
gattattgca
tttgcaaaag
cccctgctgt
acaaatcata

aatgcttgca
ttcacagctt
ttacatcaaa
gttgtttttt
gcctatttgg
tagggttttt
aaaagaatat
ataatgaaaa
tagattatgg
ctggtctgca
ctcataggag
tgtttcatat
acctcaacag
tatacagggc
ttattaagta
taatcctgga
attgctaagt
ttgaaacagc
ttttttcctt
taattcccga
gggaagggtt
attcccaaag
atcattttaa
ctctggaaag
aaaagctgta
atgctacata
tgttcataga
tttttcttat
cttctttaaa
atatctgagg
acccatgaaa
aggcactggt
acctgaatcc
tgtaaccttc
taaaaacctt
agtttcctgt
ataaaagtag
atgaggattt
gaattgagaa
aacatgaagt
agagtgacca
ttataattaa
tatactatta
gactattgat
aaatttcagg
taacaggagt
gccttatata
tactcactct
tgtgaccata
aagctttata
aatgtaaagt
aggtgatcaa
tattttgtat
aaaaaagaat
agaggtctta
ataaaaggaa
tgtagtttaa
tatcttcttc
taccactatc
gcaactattg
ggatgaatca
atcaataagc
tcttctcttc
tgtcaggcat
cacaggggaa
gtgtaaatga
gattagtttt
attaactctt
ccaaaaagat
tgctgtcgtt
cctaaaagat
tatcctcata
actcctacaa
tatgggaaga

tagcattcat
aatgctacca
tttcctaatt
tttttttttt
gcgtttgctg
atgttcttca
tcttaataaa
atcatgagct
cttacaaagt
catatctagg
ggagaactat
atttctgttg
agaaggcatg
tctacccact
actagtttat
atagatttgc
gcttctgctt
ttgaatacaa
taaaaggctg
ggctcagtta
ccttcctcca
aattctaagt
aatttcatcc
gaagtaggct
ataaaagctg
tttttccatt
ttgatatgga
tcatttatag
tttagctcta
cctgtcaaga
gacggtacaa
atttggcaga
aacttaggca
ccagaaccag
gttatgtgtt
gcttataagc
gtgtcccatt
aaaagaaaaa
tgaaatataa
cttcacagtg
atttgttaaa
aataaaatgc
aatatactat
gcactgatgt
ctagttaact
taacttaggt
ttataaaaat
tctggcttat
ccttttattt
gtttttaaat
aaatcatacc
tttttcttta
aatcttaaat
gtgttctttt
agtattatta
aaatgtctca
atatctgaat
tgagtctgtg
ttcatccctc
tgtttcggtg
gtatacctat
aggaagacat
cccctctccc
tcagatactc
tccctatggc
aaattcctta
ctttctttaa
ctttcctttc
ctaggagaga
accctctaac
ataaggccaa
cccatcttgt
agatgtctcc
ttccagccat

gttatatagt
aggtaaagga
gcatttggtt
cattaataaa
aacacttaga
cagagtatct
cttaatgtat
aatcagcaga
tccacttata
aggcacatgc
tacctatatg
cagtcagttc
accagaaaga
ttaaactgga
aaggcaacaa
cttacttata
acaatgacag
catctaagtt
tcccagcgtc
gttgctcact
gactgattgg
ggatgttctt
acttttcatt
gctcataaca
taataactgt
ttaaaagact
ggtgttcgtt
ctgatcttct
agatacaata
ctcctgcgac
ggtatactgg
gcattgatgt
ttgaaatcaa
gagaagatgg
tattcataat
cagacaaagt
tcacatccta
aagttatacc
aatgctttcc
gattctagta
attcttttgc
ttttacttat
atttaagatc
atatgtggat
tgtactactt
aatgtcaact
taataaaaaa
ctatgcttgt
ccatttattg
ggtcttattt
taaatgaaaa
aatatactac
accaataatt
ttctaggtag
aacagatgat
aattcatgaa
ggaaacactt
cctctctctc
taccttcctt
ttaatatcca
ccctccagga
aagctagcct
tttactgtca
aaacggagga
tactgtagac
atgctgtgcc
taatgagtcc
catacagact
ttttgggctt
tgtggatttt
ttactgctct
gcaccaagca
aattaatatg
ggtagtagat

ttagtatgac
ttgggagaca
gcctgaaata
agagaaagga
atgacttctg
aattttgaaa
tagtaagagc
aaattctaag
ccctgaccat
ttaataacct
tagtacctat
aaacctatac
gttttgtgcc
ctcaaaacag
ataaatttcc
aacaatcttg
cctggcccta
ttggtgctaa
ctaacataac
gtgtcttgtc
tacagctgct
ccacagtgtc
ccttaataga
gctgaaaaaa
tatacttgat
aaatatgcac
catttttcat
aacgcaagtg
caataaacta
agtgtttgtg
aatccgatct
gaagacagtg
agctttagat
actggtaagt
gtgaatgaat
caccttaccc
tgaaacactc
atggtcctta
attgatgtgc
ctcacccaac
ttaataaagc
agaaattaac
tctcatgata
tactttgtga
agctattttc
aatttaatat
ccattttaaa
atttacttct
atataattta
gtagtgaata
catattcttt
ataaaatgtt
accaggtcta
cattttaatg
taataagatg
aagattggta
tttagtgaaa
ttggagttag
tttcccatta
agtttccctg
gtcatcagac
tgtccctctt
tccatcagta
aaacaagaat
ttttgagcca
ttttaaaaag
ttgaggtagg
ccttttttag
gattgtgatg
gaagcttttg
ggagaatgtg
aaccccagag
ctatatttta
cgctgtgggt

aactataaca
gtatcagcaa
tgcatttaaa
agaaatctgt
ttattcaaaa
gctattagag
aataaggaag
aaataaacat
ggtactattg
tctaaaatat
gttgtttctg
tcaaggaaag
atgtgtctgc
tttcaaaata
tttaagactg
agaaaacaaa
aagacaatgt
ttacctgcta
agatgcacta
cccaggtaat
cagtaagtgt
tcttgttctc
attttcctta
catataccta
attttgctgt
acattattcc
aaaaatgatc
gaaggaaaac
gtaaaggccc
caaatcctga
ctgaaacttg
ttgcagaact
gagaatggcc
gattactgaa
agtagtgaaa
cagtggtagc
tcttgatact
agtttttagg
tacatgatta
aacacatttt
agaaaaatga
tagatatatg
aatatgttcc
attacccctg
tgaactgtct
aaagtcaaac
atctagtata
gttttcaaaa
caacaaaaga
tcatatctaa
aagacattat
attgactccc
ttttggtttt
atcaaagttg
aattcctcag
caggaggagg
gaataaaggg
tctttccaac
catctgtgca
aataagacca
atatttggcc
ctttcccccc
ttttcagagc
aaacaagaca
taaaggaaga
aaatgtgaca
agagtgtttt
aagtcaaggt
aacactccac
gatgggattg
aatttgtatt
gttcagccgg
atggcgaagg
gttcatgagg

10

5161
5221
5281
5341
5401
5461
5521
5581
5641
5701
5761
5821
5881
5941
6001
6061
6121
6181
6241
6301
6361
6421
6481
6541
6601
6661

tctatatttg
ctgtgaaatt
gctacagtat
acaaatcgta
ccatttatgt
tctggtgaat
acagaaaaat
acatccttaa
caaaataggg
ttaacagttt
atcaagcaaa
actcctccct
tacattcaat
cattttggtc
aaataatgga
ttatataata
gtatattttt
aggacataaa
aaactccata
attagcattc
ttactgtcat
ataccaaaat
aaattgttaa
attttgtaaa
ttcttacatc
aaagacaaca

gttcatagct
atgtaccaca
atgagctaaa
taataaaacg
tcaaatatat
taaaggagta
ctatatgtag
acacttgaat
atggcacacc
ttgccaatgg
aaacgttcag
atgggcaatg
tctgtagcat
aaaatttcaa
aatgactgat
tgtatacaat
acagtaagga
agcaaaagct
tgctaatggt
acttatggat
tgtattcaaa
gatttaactc
ttttatttta
tcaggatttt
caatgtgtag
gtttcatgtt

tcctaaaaca
ggctataagc
aagagagaat
ttttatgatt
cacaacacat
tgctttaaaa
tattggtaaa
ttatattgta
gtacgcaagt
tgctaataca
gaaagtaata
gatgttctat
acttggagaa
aattatagcc
tctatcaata
attgttttgt
catttcaaat
tatattttgg
tagatggtta
tcatgatggc
tctcaacgtt
tattatctga
taatttgata
gttaatcaaa
aaacaattta
ataatg

tggaaggtct
ctagagtatg
atatgctatg
tccagagttt
gcaggtgaat
tctatttctt
atgcagtatt
tgatagcata
taccattcct
ataggctgaa
agtttctcct
aaagaaagaa
gctgcattga
tgcctttgca
ttgtataaaa
aaataaatgt
taagtattaa
agcaaattag
tattacaatc
tgtataatgt
ccattatttt
aatcagaata
atgaatatat
taaattgtac
agttatatta

tcccctcaac
ctacagtcac
gttggcattt
ttgaactagg
gaaagcaatt
tacagtttca
gttatatacc
cttggtaaga
atactgattg
tggctgatgt
ttcttcaggt
aactcatttt
aaaggcagtc
atactgcagc
agattttgaa
ctcctttttt
ggcacaaaga
ttgattaaat
attttatatt
gaatgtgaaa
aatacttata
ataaactgat
ttctgcatat
ttatgattaa
aagtgttttc

aattttgaaa
ttaagcacaa
aaccatcaaa
agatcaaatt
ctccttgtct
cttaatattt
attatttgaa
tgagattcca
atacagtaca
tatcaggttt
gcattttcac
cctagaggtc
aaaaagtatt
ttttaggatg
atagttgcat
atttactttg
catgtcatgt
agtggtctta
tttttacatt
tttcaatggt
aatattaagc
gatatcttac
atttactact
gtgaaattat
accttttttg

Lampiran 3. Beberapa spesies pembanding yang digunakan dalam proses pensejajaran gen
miostatin (GDF8) ekson 2 dan ekson 3
No. Akses
No.
Spesies
Jenis
Keterangan
01. Bos javanicus
Madura Cattle
ekson 2
02. Bos javanicus
Madura Cattle
ekson 3
03. Bos taurus
Japanese Black Cattle
AB076403
ekson 2 &ekson 3
04. Bos taurus
Japanese Black Cattle
AB232690
ekson 2
05. Bos taurus
Taurus Cattle
AF019761
ekson 2
06. Bos taurus
Taurus Cattle
AF320998
ekson 2 & ekson 3
07. Bos taurus
Korea native Cattle
AY160688
ekson 2 & ekson 3
08. Bos indicus
Indicus Cattle
AY794986
ekson 2 & ekson 3
09. Bos frontalis
Gayal (Gaur)
EF432555
ekson 3
Leiqiong & Menggu Cattle
EF438805
ekson 2 & ekson 3
10. Bos indicus
11. Bos indicus
Leiqiong & Menggu Cattle
EF438814
ekson 2 & ekson 3
12. Bos taurus
Leiqiong & Menggu Cattle
EF467383
ekson 2 & ekson 3
13. Bos taurus
Leiqiong & Menggu Cattle
EF467392
ekson 2 &ekson 3
Domestic Yak
EU372977
ekson 2 & ekson 3
14. Bos grunniens
15. Bos grunniens
Domestic Yak
EU926669
ekson 3
16. Bos grunniens
Domestic Yak
EU926670
ekson 2 &ekson 3
17. Bos taurus
Taurus Cattle
FJ752671
ekson 2 &ekson 3
18. Bos taurus
Taurus Cattle
FJ752672
ekson 2 & ekson 3
19. Bos indicus
Indicus Cattle
FJ752675
ekson 2 &ekson3
20. Bos indicus
Indicus Cattle
FJ752676
ekson 2 & ekson 3
21. Bos indicus
Indicus Cattle
FJ752679
ekson 2 & ekson 3
Domestic Yak
FJ752681
ekson 2
22. Bos grunniens
23. Bos grunniens
Domestic Yak
FJ752682
ekson 3
24. Bos frontalis
Gayal (Gaur)
FJ752684
ekson 2 &ekson 3
25. Bos frontalis
Gayal (Gaur)
FJ752685
ekson 2 &ekson 3
Chinese Bohai
GQ184147
ekson 2 &ekson 3
26. Bos taurus
Black&Japanese Black Cattle
TianzhuWhite Yak
JN642603
ekson 2
27. Bos grunniens
28. Bos grunniens
TianzhuWhite Yak
JN642604
ekson 2
29. Bos grunniens
TianzhuWhite Yak
JN642607
ekson 3
30. Bos grunniens
Domestic Yak
SEG_AF399711S
ekson 2
31. Bos grunniens
Domestic Yak
SEG_AY787760S
ekson 2

11

Lampiran 4. Hasil pensejajaran ekson 2 gen miostatin (GDF8) sapi madura terhadap beberapa genus Bos (Nomor merujuk pada nama spesies yang ada di lampiran 3).
Baris pertama,kedua, dan ketiga menunjukkan nomor posisi nukleotida yang dibaca secara vertikal

01.
03.
04.
05.
06.
07.
08.
10.
11.
12.
13.
14.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
22.
24.
25.
26.
27.
28.
30.
31.

123
CTG
...
...
...
...
...
...
G..
G..
G..
G..
G..
...
G..
G..
G..
G..
G..
G..
G..
G..
...
...
...
...
...

456
ATC
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

789
TTC
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

111
012
TAA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

111
345
CGC
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

111
678
AAG
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

122
901
TGG
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

222
234
AAG
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

222
567
GAA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

223
890
AAC
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

333
123
CCA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

333
456
AAT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

333
789
GTT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

444
012
GCT
...
...
...
.T.
.T.
...
...
...
...
.T.
...
...
...
.T.
.T.
.T.
...
...
...
.T.
...
...
.T.
.T.
...

444
345
TCT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

444
678
TTA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

455
901
AAT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

555
234
TTA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

555
567
GCT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

556
890
CTA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

666
123
AGA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

666
456
TAC
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

666
789
AAT
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

777
012
ACA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

777
345
ATA
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...

777
678
AAC
...
...
...
...
...
...
...