KARAKTERISASI GENETIK ENTAMOEBA PADA BABI DI BALI.
Se m ina r N a siona l Sa ins da n Te k nologi (SEN AST EK -2 0 1 5 ), Kut a , Ba li, I N DON ESI A, 2 9 – 3 0 Ok t obe r 2 0 1 5 P-PN L-1 4 2
K ARAK T ERI SASI GEN ET I K EN TAM
T
OEBA
PADA BABI
ABI DI BALI
M.S. Anthara, K.K. Agust
Agustina dan M.R.K. Dewi
Fakultas Kedokteran Hew
ewan Universitas Udayana
Corresponding author: karang_dvm@yahoo.co.id
ka
PENDAHULUAN
E.suis England DQ286372
E. suis
E. suis UK FR686456
E.suis Denmark FR686456
Secara umum masyarakat pedesaan di Bali masih beternak babi
secara tradisional dengan melepaskan babinya dipekarangan rumah,
berbaur dengan manusia. Dampak dari buruknya sistem peternakan
babi yang dilakukan adalah munculnya permasalahan kesehatan pada
babi itu sendiri. Salah satu agen penyakit yang penting pada
peternakan babi adalah Entamoeba spp. Penyakit yang diakibatkan
oleh Entamoeba sangat merugikan, mereka menyerap sari-sari
makanan sehingga menimbulkan kerugian ekonomi akibat
pemborosan biaya produksi serta hambatan pertumbuhan hingga
kematian babi (Collins, 2002; Myer and Walker, 2003). Selain itu,
salah satu spesies Entamoeba yang terdapat pada babi yaitu E.
polecki merupakan agen zoonosis.
Metode diagnosis konvensional dengan pemeriksaan feses
secara mikroskopis untuk menentukan spesies Entameba sangat sulit
dilakukan dan sering tidak akurat. Deskripsi morfologi sering tidak
lengkap dan tidak jelas, yang menyebabkan keraguan untuk validasi
dalam menentukan perbandingan masing-masing spesies sehingga
hampir mustahil dilakukan dalam beberapa kasus. Secaa morfologis,
tidak terdapat banyak variasi yang bisa membedakan diantara Spesies
Entamoeba, hanya dengan ukuran kista, jumlah inti kista dan tampilan
bar chromatoidal (array kristal ribosom) menjadi criteria utama dalam
upaya identifikasi. Akibatnya, keragaman genetik yang signifikan telah
ditemukan untuk membedakan organism yang hampir sama secara
morfologis dan mungkin juga bahwa variasi morfologi tertentu tidak
menjamin perbedaan tingkat spesies (Clark and Diamond, 1997).
METODE PENELITIAN
Sebanyak 20 sampel berupa produk PCR Entamoeba yang berasal
dari feses babi setelah melalui proses amplifikasi menggunakan
primers Entam 1 (F) : (5’-GTT GAT CCT GCC AGT ATT ATA TG-3’)
dan Entam 2 (R) : (5’-CAC TAT TGG AGC TGG AAT TAC-3’)
(Sukprasert, et al. 2008). Sampel tersebut di Purifikasi selanjutnya
dilakukan Sequencing DNA. Data sequens DNA dianalisa
menggunakan Program Mega, selanjutnya dibandingkan dengan
publikasi DNA GeneBank.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil elektroforesis produk PCR Entamoeba
Setelah dilakukan sequencing terhadap 20 sampel dengan
kualitas band terbaik pada saat dilakukan elektrophoresis ditemukan
bahwa sebanyak delapan sampel teridentifikasi sebagai Entamoeba
suis dan empat sampel diidentifikasi sebagai Entamoeba poleckii
sedangka delapan sampel lainnya tidak terbaca dan terjadii
kontaminasi oleh agen lain.
E. histolytica
60 E. histolytica AB282658
99
93
KBT.17.07.15
KBT 170715
KBT.15.07.15
KBT 150715
KBT.16.07.15
KBT 160715
KBT.01.07.13
KBT 010713
KBT.04.07.15
KBT 040715
KBT.03.07.15
KBT 030715
23
30
KBT 020715
KBT.02.07.15
99
KBT 110715
KBT.11.07.15
E.gingivalis Brazil KF250433
99
E. gingivalis
E. gingivalis Tokyo D28490
99
E.gingivalis strain H57
99
E.coli Denmark FR686404
E. coli
E. coli Rwanda FR686442
88
E.chattoni USA AF149912
95
98
E. chattoni UK KJ149294
E. polecki
E.polecki Denmark FR686398
99
60
90
KBT 120715
KBT.12.07.15
60
KBT 010715
KBT 140715
KBT.14.07.15
E.polecki USA AF149913
97
E.polecki England EF110872
88
E. hartmanni FR686375
E. hartmanni
E. hartmanni AF149907
66
E. polecki
E. equi
E.equi DQ286371 USA
99
KBT 100715
KBT.10.07.15
KBT.01.07.15
96
E. chattoni
E.hartmanni Denmark FR686378
E. terrapinae
E.terrapinae USA AF149910
E. insolita
E.insolita USA AF149909
73
99
54
85
E.bovis Denmark FN666252
E. bovis
E.bovis Sweden FN666248
E. bovis Sweden FN666251
99
65
E.moshkovskii USA AF1449906
E. moshkovskii
E. moshkovskii Iraq KP722606
E.moshkovskii Cameroon KJ870231
E. ecuadoriensis
E.ecuadoriensis London DQ286373
77
E.dispar Cameroon KJ870219
E. dispar
E.dispar KP722600
96
E. dispar
E. dispar AB282661
E. dispar
E. histolytica JApan AB426549
E. histolytica
E. histolytica
E. histolytica Philipine GQ423748
99
E.histolytica Burkina Faso AB608092
E.histolytica X56991
E. histolytica
E. histolytica
E.nuttalli Cina AB749447
E.nuttalli Kanagawa AB720830
E. nuttalli
E. nuttalli Nepal AB282657
0.02
Pohon filogeny Entamoeba
Berdasarkan gambar pohon filogeni diatas dapat diketahui
bahwa E.suis yang teridentifikasi pada babi di Bali memiliki
kedekatan genetik dengan E.suis yang ditemukan di Denmark,
Inggris, UK dengan kedekatan genetik 0-0.075. Sedangkan
E.polecki yang ditemukan pada babi di Bali memiliki kedekatan
genetik dengan E.polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark
dan England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046.
KBT
010713
KBT
010715
KBT
020715
KBT
030715
KBT
040715
KBT
100715
KBT
110715
KBT
120715
KBT
140715
KBT
160715
KBT
150715
KBT
170715
E. gingivalis
0.090
0.319
0.136
0.094
0.092
0.340
0.173
0.324
0.306
0.090
0.090
0.090
E. bovis
E. dispar
0.198
0.202
0.366
0.384
0.245
0.249
0.198
0.202
0.197
0.200
0.357
0.391
0.272
0.274
0.338
0.378
0.343
0.359
0.198
0.202
0.198
0.202
0.198
0.202
E. hartmanni
0.250
0.503
0.275
0.250
0.250
0.511
0.326
0.466
0.438
0.250
0.250
0.250
E. histolytica
0.162
0.365
0.208
0.163
0.161
0.374
0.235
0.359
0.343
0.162
0.162
0.162
E. moshkovskii
0.199
0.374
0.246
0.199
0.197
0.375
0.276
0.356
0.356
0.199
0.199
0.199
E. nuttalli
E. polecki
E. suis
E. chattoni
0.203
0.291
0.000
0.291
0.381
0.046
0.303
0.047
0.250
0.339
0.043
0.339
0.203
0.292
0.004
0.291
0.201
0.291
0.000
0.291
0.387
0.051
0.320
0.071
0.275
0.330
0.075
0.337
0.374
0.027
0.297
0.047
0.356
0.010
0.291
0.035
0.203
0.291
0.000
0.291
0.203
0.291
0.000
0.291
0.203
0.291
0.000
0.291
E.
ecuadoriensis
0.198
0.394
0.244
0.198
0.196
0.401
0.270
0.387
0.381
0.198
0.198
0.198
E. coli
E. insolita
0.239
0.213
0.317
0.351
0.277
0.260
0.239
0.213
0.238
0.206
0.310
0.364
0.303
0.292
0.293
0.339
0.293
0.351
0.239
0.213
0.239
0.213
0.239
0.213
E. terrapinae
0.200
0.353
0.241
0.199
0.193
0.353
0.270
0.335
0.347
0.200
0.200
0.200
E. equi
0.159
0.362
0.204
0.155
0.157
0.369
0.233
0.350
0.332
0.159
0.159
0.159
SIMPULAN
Teridentifikasi dua jenis Entamoeba pada babi di Bali yaitu
E.suis dengan karekteristik genetik serupa dengan E.suis yang
ditemukan di Denmark, Inggris, UK dengan kedekatan genetik 00.075. E.polecki memiliki karakteristik yang serupa dengan genetik
dengan E. polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan
England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046
TERIMAKASIH
UCAPAN TERIMAKASI
dayana melalui Hibah Unggulan Program Studi
Terimakasih diucapkan kepada Universitas Udayana
yang telah mendanai penelitian ini dengan kontrak Nomor. 391-7/UN14.2/PNL.01.03.00/2015
K ARAK T ERI SASI GEN ET I K EN TAM
T
OEBA
PADA BABI
ABI DI BALI
M.S. Anthara, K.K. Agust
Agustina dan M.R.K. Dewi
Fakultas Kedokteran Hew
ewan Universitas Udayana
Corresponding author: karang_dvm@yahoo.co.id
ka
PENDAHULUAN
E.suis England DQ286372
E. suis
E. suis UK FR686456
E.suis Denmark FR686456
Secara umum masyarakat pedesaan di Bali masih beternak babi
secara tradisional dengan melepaskan babinya dipekarangan rumah,
berbaur dengan manusia. Dampak dari buruknya sistem peternakan
babi yang dilakukan adalah munculnya permasalahan kesehatan pada
babi itu sendiri. Salah satu agen penyakit yang penting pada
peternakan babi adalah Entamoeba spp. Penyakit yang diakibatkan
oleh Entamoeba sangat merugikan, mereka menyerap sari-sari
makanan sehingga menimbulkan kerugian ekonomi akibat
pemborosan biaya produksi serta hambatan pertumbuhan hingga
kematian babi (Collins, 2002; Myer and Walker, 2003). Selain itu,
salah satu spesies Entamoeba yang terdapat pada babi yaitu E.
polecki merupakan agen zoonosis.
Metode diagnosis konvensional dengan pemeriksaan feses
secara mikroskopis untuk menentukan spesies Entameba sangat sulit
dilakukan dan sering tidak akurat. Deskripsi morfologi sering tidak
lengkap dan tidak jelas, yang menyebabkan keraguan untuk validasi
dalam menentukan perbandingan masing-masing spesies sehingga
hampir mustahil dilakukan dalam beberapa kasus. Secaa morfologis,
tidak terdapat banyak variasi yang bisa membedakan diantara Spesies
Entamoeba, hanya dengan ukuran kista, jumlah inti kista dan tampilan
bar chromatoidal (array kristal ribosom) menjadi criteria utama dalam
upaya identifikasi. Akibatnya, keragaman genetik yang signifikan telah
ditemukan untuk membedakan organism yang hampir sama secara
morfologis dan mungkin juga bahwa variasi morfologi tertentu tidak
menjamin perbedaan tingkat spesies (Clark and Diamond, 1997).
METODE PENELITIAN
Sebanyak 20 sampel berupa produk PCR Entamoeba yang berasal
dari feses babi setelah melalui proses amplifikasi menggunakan
primers Entam 1 (F) : (5’-GTT GAT CCT GCC AGT ATT ATA TG-3’)
dan Entam 2 (R) : (5’-CAC TAT TGG AGC TGG AAT TAC-3’)
(Sukprasert, et al. 2008). Sampel tersebut di Purifikasi selanjutnya
dilakukan Sequencing DNA. Data sequens DNA dianalisa
menggunakan Program Mega, selanjutnya dibandingkan dengan
publikasi DNA GeneBank.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil elektroforesis produk PCR Entamoeba
Setelah dilakukan sequencing terhadap 20 sampel dengan
kualitas band terbaik pada saat dilakukan elektrophoresis ditemukan
bahwa sebanyak delapan sampel teridentifikasi sebagai Entamoeba
suis dan empat sampel diidentifikasi sebagai Entamoeba poleckii
sedangka delapan sampel lainnya tidak terbaca dan terjadii
kontaminasi oleh agen lain.
E. histolytica
60 E. histolytica AB282658
99
93
KBT.17.07.15
KBT 170715
KBT.15.07.15
KBT 150715
KBT.16.07.15
KBT 160715
KBT.01.07.13
KBT 010713
KBT.04.07.15
KBT 040715
KBT.03.07.15
KBT 030715
23
30
KBT 020715
KBT.02.07.15
99
KBT 110715
KBT.11.07.15
E.gingivalis Brazil KF250433
99
E. gingivalis
E. gingivalis Tokyo D28490
99
E.gingivalis strain H57
99
E.coli Denmark FR686404
E. coli
E. coli Rwanda FR686442
88
E.chattoni USA AF149912
95
98
E. chattoni UK KJ149294
E. polecki
E.polecki Denmark FR686398
99
60
90
KBT 120715
KBT.12.07.15
60
KBT 010715
KBT 140715
KBT.14.07.15
E.polecki USA AF149913
97
E.polecki England EF110872
88
E. hartmanni FR686375
E. hartmanni
E. hartmanni AF149907
66
E. polecki
E. equi
E.equi DQ286371 USA
99
KBT 100715
KBT.10.07.15
KBT.01.07.15
96
E. chattoni
E.hartmanni Denmark FR686378
E. terrapinae
E.terrapinae USA AF149910
E. insolita
E.insolita USA AF149909
73
99
54
85
E.bovis Denmark FN666252
E. bovis
E.bovis Sweden FN666248
E. bovis Sweden FN666251
99
65
E.moshkovskii USA AF1449906
E. moshkovskii
E. moshkovskii Iraq KP722606
E.moshkovskii Cameroon KJ870231
E. ecuadoriensis
E.ecuadoriensis London DQ286373
77
E.dispar Cameroon KJ870219
E. dispar
E.dispar KP722600
96
E. dispar
E. dispar AB282661
E. dispar
E. histolytica JApan AB426549
E. histolytica
E. histolytica
E. histolytica Philipine GQ423748
99
E.histolytica Burkina Faso AB608092
E.histolytica X56991
E. histolytica
E. histolytica
E.nuttalli Cina AB749447
E.nuttalli Kanagawa AB720830
E. nuttalli
E. nuttalli Nepal AB282657
0.02
Pohon filogeny Entamoeba
Berdasarkan gambar pohon filogeni diatas dapat diketahui
bahwa E.suis yang teridentifikasi pada babi di Bali memiliki
kedekatan genetik dengan E.suis yang ditemukan di Denmark,
Inggris, UK dengan kedekatan genetik 0-0.075. Sedangkan
E.polecki yang ditemukan pada babi di Bali memiliki kedekatan
genetik dengan E.polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark
dan England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046.
KBT
010713
KBT
010715
KBT
020715
KBT
030715
KBT
040715
KBT
100715
KBT
110715
KBT
120715
KBT
140715
KBT
160715
KBT
150715
KBT
170715
E. gingivalis
0.090
0.319
0.136
0.094
0.092
0.340
0.173
0.324
0.306
0.090
0.090
0.090
E. bovis
E. dispar
0.198
0.202
0.366
0.384
0.245
0.249
0.198
0.202
0.197
0.200
0.357
0.391
0.272
0.274
0.338
0.378
0.343
0.359
0.198
0.202
0.198
0.202
0.198
0.202
E. hartmanni
0.250
0.503
0.275
0.250
0.250
0.511
0.326
0.466
0.438
0.250
0.250
0.250
E. histolytica
0.162
0.365
0.208
0.163
0.161
0.374
0.235
0.359
0.343
0.162
0.162
0.162
E. moshkovskii
0.199
0.374
0.246
0.199
0.197
0.375
0.276
0.356
0.356
0.199
0.199
0.199
E. nuttalli
E. polecki
E. suis
E. chattoni
0.203
0.291
0.000
0.291
0.381
0.046
0.303
0.047
0.250
0.339
0.043
0.339
0.203
0.292
0.004
0.291
0.201
0.291
0.000
0.291
0.387
0.051
0.320
0.071
0.275
0.330
0.075
0.337
0.374
0.027
0.297
0.047
0.356
0.010
0.291
0.035
0.203
0.291
0.000
0.291
0.203
0.291
0.000
0.291
0.203
0.291
0.000
0.291
E.
ecuadoriensis
0.198
0.394
0.244
0.198
0.196
0.401
0.270
0.387
0.381
0.198
0.198
0.198
E. coli
E. insolita
0.239
0.213
0.317
0.351
0.277
0.260
0.239
0.213
0.238
0.206
0.310
0.364
0.303
0.292
0.293
0.339
0.293
0.351
0.239
0.213
0.239
0.213
0.239
0.213
E. terrapinae
0.200
0.353
0.241
0.199
0.193
0.353
0.270
0.335
0.347
0.200
0.200
0.200
E. equi
0.159
0.362
0.204
0.155
0.157
0.369
0.233
0.350
0.332
0.159
0.159
0.159
SIMPULAN
Teridentifikasi dua jenis Entamoeba pada babi di Bali yaitu
E.suis dengan karekteristik genetik serupa dengan E.suis yang
ditemukan di Denmark, Inggris, UK dengan kedekatan genetik 00.075. E.polecki memiliki karakteristik yang serupa dengan genetik
dengan E. polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan
England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046
TERIMAKASIH
UCAPAN TERIMAKASI
dayana melalui Hibah Unggulan Program Studi
Terimakasih diucapkan kepada Universitas Udayana
yang telah mendanai penelitian ini dengan kontrak Nomor. 391-7/UN14.2/PNL.01.03.00/2015