LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK (7)

Paraf Asisten

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK
Judul

: Penggunaan Software Kimia Chemsketch dalam Penggambaran
Struktur Molekul

Tujuan Percobaan : Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan keterampilan
menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan
software Chemsketch.
Pendahuluan
Unsur dan molekul merupakan pokok bahasan utama dalam ilmu kimia. Ilmu kimia
sangat erat kaitanya dengan struktur molekul. Pemodelan molekul

pada awal

perkembangannya disajikan dalam bentuk 3 dimensi untuk mepermudah pembelajaran. Alat
– alat yang digunakan juga masih menggunakan peralatan yang sederhana seperti bola – bola
dari plastisin dan sedotan plastik. Seiiring berkembangnya teknologi baik hardware maupun
software mengalami kemajuan dengan pesat. Hardware yang sekarang ini digunakan untuk

membuat molekul yaitu molymod yang terbuat dari plastik. Perkembangan software juga
sangat pesat, banyak software yang dapat digunakan baik berbayar ataupun yang dapat
diunduh secara gratis (freeware) dapat digunakan untuk membantu dalam menggambar
struktur molekul yang diinginkan. Applikasi ini mudah dipelajari karena sudah ada tutorial
untuk menggunakan applikasi ini.
Salah satu applikasi menggambar molekul yaitu Software ChemSketch ACD /
ChemSketch yang merupakan sebuah sotfware yang digunakan untuk melukis struktur kimia
meggunakan computer yang bersifat freeware. Chemsketch dapat digunakan untuk melukis
hampir semua struktur kimia termasuk organik, organometallics, polimer, dan struktur
Markush. ChemSketch dapat menggambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D seperti
software ChemOffice. Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat
mudah. Tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat
diperlukan hanya tinggal di klik (Urip, 2015).
Struktur kimia yang sederhana seperti struktur lewis dapat dibuat dengan mudah
dengan menggunakan applikasi Chemsketch. Cara untuk menggambar struktur Lewis yaitu:
1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch

2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows
3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik
pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.

4. Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi
5. Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit ->
Copy
6. Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.
7. Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis
kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi
8. Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya (Urip, 2015).
Kelebihan Software ChemSketch sangat mudah digunakan, penggunaannya hanya
dengan mengklik dan mendrag tool – tool yang tersedia untuk mengambar struktur yang
diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam
nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa phospor,
steroid, terpen, dan lain-lain. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik.
ACD / ChemSketch juga memungkinkan untuk memeriksa bentuk tautomer lainnya.
Pertimbangan bentuk tautomer sangat penting untuk memprediksi struktur (seperti sifat
fisikokimia, yaitu, pKa), dan interpretasi (yaitu, NMR, MS, dan analisis data lainnya)
(Anonim, 2014).
Alat
Laptop atau PC, dan aplikasi ACD Chemsketch.
Prosedur Kerja
Langkah awal untuk melakukan praktikum ini ialah menyaiapkan laptop yang telah

terinstall applikasi

ACD Chemsketch. Laptop dihidupkan, lalu software Chemsketch

dijalankan. Dibuat struktur molekul yang diinginkan sesuai dengan yang dicontohkan, dan
disalin kedalam hasil praktikum setelah selesai dilakukan.
Waktu yang dibutuhkan

07.00 – 07.30 WIB

: Memasuki ruang kuliah dan persiapan.

07.31 – 09.00 WIB : Penjelasan Chemsketch oleh asisten dan praktikan mulai membuat
struktur molekul menggunakan Chemsketch.
09.00 – 09.15 WIB

: Pengisian absen, praktikum selesai.

Hasil
No

.
1.a

Struktur

CH3

H3C
3
CH3

1.b
(CH 2)3Ph
F

F
CH3

(4,11-difluorododecyl)benzene

F

F

(CH 2)3Ph

1,3-difluoro-1-(3-phenylpropyl)cyclononane

CH2

1.c
H3C

H2C

CH3
N

N
N

H

N

1,3,7-trimethyl-2,6-dimethylidene-2,3,6,7tetrahydro-1H-purine

Keterangan
Untuk membuat struktur ini,
pertama – tama dibuat rantai lurus
dengan draw chains pada toolbar di
bagian atas dengan 9 atom C,
kemudian dtambahkan cabang pada
atom C ke 2, klik ikon polymer dan
masukkan indeksnya 3, kemudian
antara atom C2 sampai C7
kemudian di blok. Penamaan tidak
dapat diberikan karena struktur
mengandung polimer yang tidak di
dukung dalam versi applikasi ini.
Rantai lurus dibuat dengan 9 atom

C, kemudian ditambahkan 2 cabang
atom F pada atom C ke 2 dan ke 9,
pada atom C ke 9 ditambahkan
cabang senyawa (CH2)3Ph dengan
memasukkan senyawa pada ikon
‘abc’ pada bagian toolbar sebelah
kiri. Digabungkan terlebih dahulu
C1 dengan C9, kemudian di blok
dan di klik ikon clean structure
untuk menggabungkannya menjadi
ikatan siklik. Pemberian nama
senyawa
dilakukan
dengan
memblok senyawa kemudian klik
tombol Ctrl+Shift+I bersamaan
pada keyboard, bisa juga dengan
memilih Tools>Generate>Names
for structure.
Pertama – tama dibuat struktur

siklik 6, kemudaian ditambahkan
dan gabungkan struktur siklik 5,
ditambahkan cabang C pada C1, 2,3
pada siklik 6, dan C pada C1 siklik
5. Klik ikon N untuk mengganti
atom C pada C2, C4 rantai lingkar
6, dan C1, C3 pada siklik 5. Diganti
ikatan menjadi ikatan rangkap 2

2.
HO
O
OH

HO

O

O
O

OH
OH

O
O

3.

OH

H3C

+

NH2

CH3
N-methylethanaminium

4.
S CH3

Z
CH3

Cl

(2Z,4S)-4-chloropent-2-ene

5.

O
O

CH3

Li
O

CH3

{1-(methoxy-O)-2-[2-(methoxy-O)ethoxyO]ethane}(phenyl)lithium

pada cabang 1 dan 3, lalu ikatan
antara C2 dengan C3 dan C4
dengan C5 pada siklik5. Diberi
nama senyawa menggunakan cara
yang sama.
Dibuat struktur siklik 5 dan 6
berselang – seling, kemudian
ditambahkan cabang C pada ujung
rantai luar, 1 cabang pada siklik 5
yang dipinggir, 2 cabang pada siklik
6 tengah, dan 3 cabang pada siklik
6 ujung. Kemudian diberi cabang
lagi sebanyak 2 pada masing –
masing cabang, diganti semua
cabang dengan atom O, kemudian
salah satu ikatan pada cabang
diganti dengan ikatan rangkap 2
dengan
menggunakan
draw
normal.
Dibuat rantai dengan 4 atom C,
diganti atom C ke 2 dengan atom N.
Ditambahkan
muatan
dengan
menggunakan ikon + pada toolbar
bagian kiri, lalu di klik pada atom
N. Diberi nama senyawa.
Dibuat rantai dengan 5 atom C,
posisi ikatan antara C1 dengan C2
dibuat vertikal, ikatan antara C2
dengan C3 dibuat rangkap dua,
kemudian ditambah cabang Cl pada
atom C4, diganti ikatannya dengan
menggunakan down stereo bond,
kemudian di blok dan dipilih pada
Tools>Generate>Stereo
Descriptors. Diberi nama senyawa.
Pembuatan struktur ini dapat
dilakukan dengan 2 macam cara.
Pertama dengan cara manual yaitu
dengan menggambar 2 rantai siklik
5 yang digabungkan, kemudian
ditambahkan struktur benzena,
diganti atom C tengah yang
mengikat benzen dengan atom Li,
diganti pula atom yang terikat pada
Li dengan atom O, diberi cabang
metil pada 2 atom O, diganti ikatan
pada tiap O dengan Li dengan
ikatan koordinat. Cara kedua
dengan
menggunakan
clean
structure, pertama tama membuat

6.
Br CH3
H3C

CH3
+

CH3

7.

CH3

Br

8.
HO

O
NH

NH

O
H3C

N
H

O
N
H

rantai lurus dengan 9 atom C,
kemudian diganti atom C ke 2, 5
dan 8 dengan atom O. Buat struktur
benzena dengan cabang Li.
Dihubungkan masing – masing
atom
O
dengan
atom
Li
menggunakan ikatan coordinating
dengan garis putus – putus, di blok
kemudian klik clean structure.
Diberi nama senyawa.
Dibuat struktur siklik 6, kemudian
ditambahkan 2 cabang C pada atom
C1, satu cabang C pada atom C2, 4
dan 6. Diganti salah satu cabang
pada atom C1 dengan atom Br.
Untuk membuat garais seperti
ikatan yang terdelokalisasi, di blok
dari atom C2 sampai C5 kemudian
menggunakan Solid delocation
curve. Diganti tanda bintang
dengan tanda muatan positif.
Pertama – tama dibuat stuktur
benzena, kemudian ditambahkan 1
cabang metil. Di blok dari atom C2
sampai C5, lalu di klik ikon
Markush bond with shadow, diganti
metil yang muncul di tengah
dengan atom Br.
Menggambar peptida siklik pertama
digambar struktur tirosin, untuk
menggambarnya dapat langsung
dicari pada tabel radikal pada
toolbar bagian kanan paling atas,
diblok untuk merotasi secara
vertikal, dirotasi secara horizontal.
Ditambahkan struktur senyawa
alanin dan digabungkan dengan N
pada tirosin dengan atom C pada
alanin yang terikat pada atom O,
lalu ditambahkan struktur senyawa
triptopan dan digabungkan atom C
yang terikat pada atom O dengan
atom N pada alanin. Dihubungkan
atom C pada tirosin yang terikat
pada atom O dengan atom N yang
menjadi cabang pada senyawa
triptopan. Di blok semua kemudian
di klik ikon clean structure.
Penamaan tidak dapat diberikan
karena terdapat lebih dari 50 atom

dan lebih dari 3 siklik dalam
senyawa tersebut.
Pembahasan
Struktur molekul merupakan ikatan – ikatan yang tersusun atas unsur atau atom yang
membentuk molekul. Penggambaran struktur molekul dapat dilakukan dengan menggunakan
applikasi di jaman yang maju sekarang ini. Software yang bernama Chemsketch ini
merupakan applikasi yang dapat diunduh secara gratis (freeware) yang dibuat untuk
mempermudah penggambaran suatu molekul. Berbagai macam alat gelas juga terdapat di
dalam applikasi Chemsketch ini.
Praktikum kali ini akan mempelajari dan mengaplikasikan cara penggunaan applikasi
Chemsketch untuk menggambar struktur senyawa kimia. Struktur pertama yang dibuat yaitu
penggambaran struktur sederhana. Pembuatan struktur ini, pertama – tama dibuat rantai lurus
dengan draw chains pada toolbar di bagian atas dengan 9 atom C, kemudian ditambahkan
cabang pada atom C ke 2, penambahan cabang dapat dilakukan dengan mengklik ikon atom
C pada toolbar bagian kiri, lalu klik pada tempat atau atom yang ingin ditambahkan cabang,
lalu klik ikon polymer dan masukkan indeksnya 3, kemudian antara atom C2 sampai C7 di
blok sampai muncul tanda kurung siku. Penambahan cabang dapat menggunakan fungsi
draw continous, sedangkan untuk mengganti atom dapat menggunakan fungsi draw normal
setelah atau sebelum mengklik ikon atom yang akan dimasukkan. Penamaan pada struktur
ini tidak dapat diberikan karena struktur mengandung polimer yang tidak di dukung dalam
versi applikasi ini.
Struktur 1b pembuatannya diawali dengan membuat rantai lurus dengan 9 atom C,
kemudian ditambahkan 2 cabang atom F pada atom C ke 2 dan ke 9, pada atom C ke 9
ditambahkan cabang senyawa (CH2)3Ph dengan memasukkan senyawa pada ikon ‘abc’ pada
bagian toolbar sebelah kiri. Untuk menggabungkannya menjadi rantai lingkar seperti gambar
dibawahnya, digabungkan terlebih dahulu C1 dengan C9 dengan mengklik ikon C terlebih
dahulu, kemudian di blok dan di klik ikon clean structure. Pemberian nama senyawa
dilakukan dengan memblok senyawa kemudian klik tombol Ctrl+Shift+I bersamaan pada
keyboard. Atau bisa juga dengan memilih Tools>Generate>Names for structure. Rantai lurus
dengan nama

(4,11-difluorododecyl)benzene, sedangkan setelah menjadi rantai siklik

namanya menjadi1,3-difluoro-1-(3-phenylpropyl)cyclononane.
Pembuatan struktur molekul 1c pertama – tama dengan membuat struktur siklik 6
dengan menggunakan ikon sikloheksana pada toolbar bagian kanan, kemudaian ditambahkan
dan gabungkan struktur siklik 5, struktur siklik 5 dapat dibuat menggunakan ikon

siklopentana di bagian kanan, ditambahkan cabang C pada C1, 2, 3 pada siklik 6, dan pada
C1 siklik 5. Klik ikon N untuk mengganti atom C pada C2, C4 rantai lingkar 6, dan C1, C3
pada siklik 5. Ikatan diganti menjadi ikatan rangkap 2 pada cabang 1 dan 3, lalu ikatan antara
C2 dengan C3 dan C4 dengan C5 pada siklik 5 dengan mengklik ikatan dengan
menggunakan draw normal. Diberi nama senyawa menggunakan cara yang sama, lalu
muncul nama 1,3,7-trimethyl-2,6-dimethylidene-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine.
Struktur kedua merupakan struktur yang lebih kompleks. Struktur siklik 5 dan 6
dibuat berselang – seling, kemudian ditambahkan cabang C pada ujung rantai luar, 1 cabang
pada siklik 5 yang dipinggir, 2 cabang pada siklik 6 tengah, dan 3 cabang pada siklik 6 ujung.
Kemudian diberi cabang lagi sebanyak 2 pada masing – masing cabang, diganti semua
cabang metil dengan atom O, kemudian salah satu ikatan pada cabang diganti dengan ikatan
rangkap 2 dengan menggunakan draw normal. Senyawa ini tidak muncul penamaannya
karena senyawa yang dibuat terlalu kompleks.
Struktur ketiga denggan penambahan muatan pada atom yang awalnya dibuat rantai
dengan 4 atom C, kemudian diganti atom C2 dengan atom N. Muatan ditambahkan dengan
menggunakan ikon + pada toolbar bagian kiri, lalu di klik pada atom N. Penamaan senyawa
dilakukan dengan cara yang sama dan muncul N-methylethanaminium, awalan N
menunjukkan bahwa atom N yang mengandung muatan, sedangkan akhiran –ium
menunjukkan muatannya positif.
Struktur keempat dibuat untuk menentukan stereodeskriptornya, pertama – tama
dibuat rantai dengan 5 atom C, posisi ikatan antara C1 dengan C2 dibuat vertikal dengan
menggesernya menggunakan kursor, ikatan antara C2 dengan C3 dibuat rangkap dua,
kemudian ditambah cabang Cl pada atom C4, diganti ikatannya dengan menggunakan down
stereo bond, kemudian di blok dan dipilih pada Tools>Generate>Stereo Descriptors. Nama
senyawanya (2Z,4S)-4-chloropent-2-ene, Z menunjukkan letak atom yang sejajar dinamakan
cis, sedangkan S menunjukkan konfigurasi absolutenya yang berbalik arah jarum jam, S
disebut juga sinister.
Pembuatan struktur kelima ini dapat dilakukan dengan 2 macam cara. Cara pertama
dengan cara manual yaitu dengan menggambar 2 rantai siklik 5 yang digabungkan, kemudian
ditambahkan struktur benzena, diganti atom C tengah yang mengikat benzen dengan atom Li,
diganti pula atom yang terikat pada Li pada kedua siklopentana dengan atom O, kemudian
diberi cabang metil pada 2 atom O, diganti ikatan pada tiap O dengan Li dengan ikatan
koordinat menggunakan fungsi coordinating. Cara kedua dengan menggunakan clean
structure, pertama tama membuat rantai lurus dengan 9 atom C, kemudian diganti atom C ke

2, 5 dan 8 dengan atom O. Buat struktur benzena dengan cabang Li. Atom O dengan atom Li
dihubungkan masing – masing menggunakan ikatan coordinating dengan garis putus – putus,
di blok kemudian klik clean structure. Senyawa bernama {1-(methoxy-O)-2-[2-(methoxy-

O)ethoxy-O]ethane}(phenyl)lithium.
Struktur keenam pertama – tama dilakukan pembuatan struktur siklik 6, kemudian
ditambahkan 2 cabang C pada atom C1, satu cabang C pada atom C2, 4 dan 6. Diganti salah
satu cabang pada atom C1 dengan atom Br. Untuk membuat garais seperti ikatan yang
terdelokalisasi, di blok dari atom C2 sampai C5 kemudian menggunakan Solid delocation
curve. Tanda bintang diganti dengan tanda muatan positif. Penamaan tidak bisa diberikan
karena struktur mengandung fragmen yang tidak cocok dengan versi applikasi ini.
Pembuatan struktur ketujuh yaitu struktur ikatan markush, pertama – tama dilakukan
dengan membuat stuktur benzena, kemudian ditambahkan 1 cabang metil. Atom C2 sampai
C5 kemudian di blok, lalu di klik ikon Markush bond with shadow, diganti metil yang muncul
di tengah dengan atom Br. Penamaan tidak bisa dilakukan karena adanya ikatan Markush
yang mana tidak dapat mucul dalam applikasi versi ini.
Menggambar peptida siklik pertama digambar struktur tirosin, untuk menggambarnya
dapat langsung dicari pada tabel radikal yang ada pada toolbar bagian kanan paling atas,
diblok untuk memutar struktur dengan mengklik ikon flip left to right untuk merotasi secara
vertikal, kemudian ikon flip top to bottom untuk merotasi secara horizontal. Struktur senyawa
alanin ditambahkan dan digabungkan dengan N pada tirosin dengan atom C pada alanin yang
terikat pada atom O, lalu ditambahkan struktur senyawa triptopan dan digabungkan atom C
yang terikat pada atom O dengan atom N pada alanin. Atom C pada tirosin yang terikat pada
atom O dihubungkan dengan atom N yang menjadi cabang pada senyawa triptopan. Semua
di blok kemudian di klik ikon clean structure. Penamaan tidak dapat diberikan karena
terdapat lebih dari 50 atom dan lebih dari 3 rantai lingkar dalam senyawa tersebut.
Kesimpulan
Applikasi Chemsketch dapat digunakan untuk membuat berbagai macam struktur
molekul mulai dari yang sederhana sampai yang kompleks. Pembuatan ikatan rantai lingkar
dapat dilakukan dengan template ataupun menggunakan fungsi clean structure. Applikasi ini
mempermudah dalam proses menggambar struktur molekul. Senyawa juga dapat dinamai
dengan menggunakan perintah Tools>Generate>Names for structure atau bisa juga dengan
menekan tombol Ctrl+Shift+I secara bersamaan pada keyboard.

Referensi
Anonim. 2014. ChemSketch Software - Pengetahuan Ilmu Komputer . [serial online].
http://www.slideshare.net/asidagumara/chemsketch-software. [diakses 3 Maret 2016]
Urip. 2010. Menggambar Struktur Lewis Menggunakan ChemSketch. [serial online].
https://urip.wordpress.com/2010/11/05/menggambar-struktur-lewis-menggunakanchemsketch/. [diakses 3 Maret 2016].
Nama Praktikan
Ummu Salamah (141810301027)