Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
5 Solanum viarum
Terong hutan Ingroup
UPI
1 2
3 4
5
6 Solanum melongena
Terong ungu Ingroup
Ujung Berung 7
Nicotiana tabacum Tembakau
Ingroup Ujung Berung
8 Brugmansia suaveolens
Kecubung orange
Ingroup UPI
9 Brugmansia candida
Kecubung putih Ingroup UPI
10 Brunfelsia uniflora
Manacá Ingroup
UPI 11
Cestrum nocturnum
Kembang dayang
Ingroup UPI
12
Solanum pseudocapsicum
Leunca kuning Ingroup
UPI 13
Capsicum annum Cabai merah
Ingroup Genbank
14 Withania somnifera
Ashwagandha Ingroup
Genbank 15
Datura metel Kecubung ungu Ingroup
Cihideung 16
Petunia grandiflora Petunia
Ingroup Cihideung
17 Nicandra physalodes
Ciplukan keras Ingroup
UPI 18
Cestrum cultum
Kembang dayang
Ingroup Dago
19 Physalis peruviana
Ciplukan Ingroup
Dago 20
Solanum tuberosum Kentang
Ingroup Cimahi
21 Plantago major
Ki sendok Outgroup
UPI Dago 22
Allamanda cathartica Alamanda
Outgroup UPI
23 Ipomoea cairica
Bunga terompet Outgroup UPI
3.3 Lokasi Penelitian
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Pendidikan Biologi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung. Sikuensing hasil amplifikasi DNA daerah ITS dari sampel-sampel tumbuhan dilakukan di
Macrogen Inc., Seoul-Korea.
3.4 Alat dan Bahan
Fungsi alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini terdapat pada Tabel 3.2.
Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
Tabel 3.2
Alat-alat yang Digunakan dalam Penelitian
No Alat
Fungsi
1 Autoclave
Sterilisasi 2
Mikropipet Mengambil larutan
3 Tabung mikro
Tempat isolasi DNA dan penyimpanan DNA genom
4 Tabung PCR
Tempat penyimpanan amplikon 5
Lumpang dan alu Menghaluskan sampel
6 Vorteks
Menghomogenkan larutan 7
Timbangan digital Mengukur masa bahan
8 Spatula
Mengambil bahan 9
Penangas air dan shaker Shocking
saat isolasi DNA 10 Shaker
Mencampurkan larutan 11 Mesin sentrifugasi
Memisahkan fasa larutan 12 Freezer
Menyimpan sampel 13 Spektrofotometer
Mengukur konsentrasi DNA 14 Microwave
Memanaskan bahan 15 Mesin elektroforesis
Memisahkan sampel DNA 16 UV transluminator
Melihat hasil elektroforesis 17 Mesin PCR
Amplifikasi 18 Magnetic Stirrer with Hot Plate
Menghomogenkan larutan
Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian beserta fungsinya terdapat pada Tabel 3.3.
Tabel 3.3
Bahan-bahan yang Digunakan dalam Penelitian
No Bahan
Fungsi
1 Kit isolasi DNA tumbuhan
Isolasi DNA 2
Nitrogen cair Menghaluskan sampel
3 Buffer TAE
Penyangga untuk elektroforesis DNA 4
ddH
2
O Melarutkan bahan
5 RNAse
Mendegradasi molekul RNA 6
Agarose Media untuk mengelektroforesis DNA
7 DNA ledder
Penanda ukuran pita DNA 8
Loading dye Pemberat dan pewarna molekul DNA
9 EtBr
Pewarna DNA pada proses elektroforesis 10 Larutan TE
Melarutkan bahan 11 PCR master mix
Campuran bahan-bahan untuk amplifikasi 12 Primer ITS-5 dan ITS-4
Pembatas fragmen DNA target saat amplifikasi
13 Water-nuclease free Pengencer bahan-bahan amplifikasi
Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
Daftar alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian secara rinci terdapat dalam lampiran III.
3.5 Prosedur Kerja 3.5.1. Sampling
