Evaluasi Keragaman Genetik Kapulasan (Nephelium Ramboutan-Ake (Labill.) Leenh) Di Bogor, Jawa Barat Berdasarkan Marka Mikrosatelit

EVALUASI KERAGAMAN GENETIK KAPULASAN
(NEPHELIUM RAMBOUTAN-AKE (LABILL.) LEENH) DI
BOGOR, JAWA BARAT BERDASARKAN MARKA
MIKROSATELIT

AMELIA LOUISYANE PUHILI

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Evaluasi Keragaman
Genetik Kapulasan (Nephelium ramboutan-ake (Labill.) Leenh) di Bogor, Jawa
Barat Berdasarkan Marka Mikrosatelit” adalah benar karya saya dengan arahan
dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam

teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Februari 2015
Amelia Louisyane Puhili
NIM G34100102

ABSTRAK
AMELIA LOUISYANE PUHILI. Evaluasi Keragaman Genetik Kapulasan
(Nephelium ramboutan-ake (Labill.) Leenh) di Bogor, Jawa Barat Berdasarkan
Marka Mikrosatelit. Dibimbing oleh TATIK CHIKMAWATI dan NINA RATNA
DJUITA.
Kapulasan (Nephelium ramboutan-ake (Labill.) Leenh) merupakan
tanaman yang mirip dengan rambutan rapiah (Nephelium lappaceum) dengan
buah berbentuk bundar telur, cita rasa manis dan sedikit asam tetapi memiliki kulit
buah yang tebal. Keanekaragaman kapulasan di pulau Jawa khususnya di Bogor
belum diketahui sehingga perlu dilakukan evaluasi guna pengembangan jenis ini
di masa depan. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik
kapulasan di Bogor dengan marka mikrosatelit. Sejumlah 63 individu dari 10
populasi kapulasan diisolasi menggunakan metode CTAB lalu diamplifikasi

menggunakan primer LMLY6 (GA)9(CA)2(GA)4 dan LMLY12 (CT)11. Hasil
amplifikasi DNA divisualisasi dan disusun dalam matriks data biner lalu dianalisis
menggunakan software GenAlex. Hasil analisis menggunakan GenAlex menunjukkan
tingkat variasi genetik tertinggi ditemukan di Kecamatan Bogor Utara (He=0.313).
Variasi genetik dalam populasi (61%) lebih tinggi dibandingkan dengan antar
populasi (39%). Dendrogram kapulasan dikonstruksikan dengan metode Unweighted
Pair Group Method with Arithmatic Mean (UPGMA) pada software NTSYS-pc
ver 2.1. Nilai kesamaan seluruh sampel sebesar 52-100% dengan seluruh sampel
tersebar dalam kelompok yang tidak mengikuti asal populasinya, namun
pengelompokan kapulasan ditentukan oleh asal-usul individu kapulasan dalam
populasi.
Kata kunci : Bogor, keragaman genetik, Nephelium ramboutan-ake, mikrosatelit.

ABSTRACT
AMELIA LOUISYANE PUHILI. The Genetic Diversity of Kapulasan
(Nephelium ramboutan-ake (Labill.) Leenh) from Bogor, West Java, Based on
Microsatellite Marker. Supervised by TATIK CHIKMAWATI and NINA
RATNA DJUITA.
Kapulasan (Nephelium ramboutan-ake (Labill.) Leenh) fruit is highly
similar to rambutan rapiah (Nephelium lappaceum) fruit with ovate shape, sweet

and sour fresh taste, but it has thick rind. The diversity of kapulasan is little
informed including in Bogor. The objective of this study was to analyze the
genetic diversity of kapulasan from Bogor revealed by microsatellite marker. The
DNA of 63 individual from 10 populations of kapulasan was extracted using
CTAB method, and amplified using two primer sets, LMLY6 (GA)9(CA)2(GA)4
dan LMLY12 (CT)11. DNA amplification product was visualized and arranged in a
matrix of binary data then analyzed using software GenAlex . The results of the
analysis using GenAlex showed the highest genetic diversity was found in North
Bogor (He=0.313). The genetic diversity within population (61%) was higher than
that among populations (39%). A dendrogram was constructed using the
Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) which was

performed using NTSYS-pc ver 2.1. The similarity index ranged from 52 to 100%
that means there are close relationships among individuals. Cluster analyses
grouped some individuals originated from different locations in the same group.
The levels of heterozigosity within a population was determined by the history of
each individual in a population.
Key word: Bogor, genetic diversity, Nephelium ramboutan-ake, microsatellite

EVALUASI KERAGAMAN GENETIK KAPULASAN

(NEPHELIUM RAMBOUTAN-AKE (LABILL.) LEENH) DI
BOGOR, JAWA BARAT BERDASARKAN MARKA
MIKROSATELIT

AMELIA LOUISYANE PUHILI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus atas segala

berkat dan anugerah-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Judul
yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Febuari 2014 ini
ialah Evaluasi Keragaman Genetik Kapulasan (Nephelium ramboutan-ake
(Labill.) Leenh) di Bogor, Jawa Barat Berdasarkan Marka Mikrosatelit.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr Ir Tatik Chikmawati MSi dan
Nina Ratna Djuita SSi, MSi selaku pembimbing yang telah banyak membantu
dalam penulisan dan saran dalam penelitian. Ucapan terima kasih disampaikan
kepada Dr Kanthi Arum Widayati MSi selaku penguji ujian skripsi. Ucapan
terima kasih juga disampaikan kepada seluruh staf pengajar dan tata usaha
Departemen Biologi yang telah banyak membantu penulis selama menempuh
pendidikan di Departemen Biologi. Ungkapan terima kasih juga disampaikan
kepada bapak, mama, ibu, dan adik-adik serta keluarga besar atas segala doa dan
dukungan yang diberikan kepada penulis. Rasa terima kasih juga penulis
sampaikan kepada teman-teman Biologi angkatan 47 atas waktu yang telah dilalui
bersama, untuk setiap tawa dan masalah yang pernah tercipta, serta dukungannya.
Ungkapan terima kasih disampaikan kepada Yance Kotouki yang senantiasa
membantu dalam penelitian ini mulai dari eksplorasi hingga penyusunan skripsi.
Selain itu, kepada sahabat-sahabat saya antara lain Pratiwi Prima Tirta, Agatha
Devi Phina, Sarrah Raisa, Elly Widyas, Laurentia, Irene Rosaline, Christyne
Saragih, Agnes Nainggolan, Susi Merry Marini, Mega Tirza Koridama, Mariana

Ondikleuw, Nourish Griapon, Jeaneth Kaigere dan Hanny Yembise serta keluarga
besar IMAPA Bogor juga diucapkan terima kasih karena senantiasa membantu
dan memberi dukungan kepada penulis.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Februari 2015

Amelia Louisyane Puhili

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

x

PENDAHULUAN

1

Latar Belakang

1

Tujuan Penelitian

1

METODE

2

Bahan

2

Pengambilan Sampel

2

Isolasi DNA

2

Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Visualisasi Hasil PCR

3

Analisis Data

3

HASIL DAN PEMBAHASAN

4

Eksplorasi Kapulasan

4

Amplifikasi DNA Kapulasan

4

Keragaman Genetik Kapulasan

6

Analisis Kekerabatan Kapulasan

8

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan

Saran

9
9
10

DAFTAR PUSTAKA

10

LAMPIRAN

12

RIWAYAT HIDUP

15

DAFTAR TABEL
1 Sekuen primer mikrosatelit yang digunakan pada kapulasan

2

2 Lokasi eksplorasi dan jumlah tanaman yang ditemukan

4

3 Keragaman genetik kapulasan di sepuluh kecamatan di Kabupaten dan
Kotamadya Bogor

6

4 Hasil analisis variasi molekular (AMOVA)

8

DAFTAR GAMBAR
1 Hasil amplifikasi DNA genom kapulasan dibeberapa kecamatan di Bogor
dengan menggunakan Primer LMLY6 dan suhu annealing 46.3ºC pada
gel agarose 2.5%. M: Marker DNA 1000 bp; E: Bogor Utara; C: Ciomas.

5

2 Variasi hasil amplifikasi DNA genom kapulasan dibeberapa kecamatan di
Bogor dengan menggunakan primer LMLY12 dan suhu annealing 46ºC
pada gel agarose 2.5%. M: Marker DNA 1000 bp; A: Cileungsi; D:
Sukaraja; E: Bogor Utara; F: Babakan Madang; G: Bogor Barat; H:
Bogor Tengah. I: Cibinong

5

3 Dendrogram sampel kapulasan dari beberapa kecamatan di Bogor
berdasarkan kesamaan genetik yang dikonstruksikan berdasarkan
UPGMA pada program NTSYS-pc 2.02. A: Cileungsi; B: Bogor Selatan;
C: Ciomas; D: Sukaraja; E: Bogor Utara; F: Babakan Madang; G: Bogor
Barat; H: Bogor Tengah; I: Cibinong; J: Parung.

9

DAFTAR LAMPIRAN

1

Data biner seluruh sampel kapulasan Bogor

13

2

Matriks similarity seluruh sampel kapulasan Bogor

14

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Di daerah Jawa, tanaman kapulasan dikenal dengan nama rambutan babat,
rambutan ake, dan rambutan leci. Tanaman ini memiliki percabangan dan daun
mirip dengan rambutan tetapi ukuran daun kapulasan lebih kecil daripada daun
rambutan. Kapulasan memiliki kulit buah tebal dengan warna merah hingga
merah tua. Bentuk buah kapulasan juga mirip dengan buah rambutan yaitu bundar
telur dengan cita rasa manis dan sedikit asam namun tidak memiliki rambut.
Kapulasan memiliki banyak manfaat. Batang cukup keras sehingga sering
digunakan untuk pembuatan peralatan rumah tangga. Bijinya mengandung minyak
nabati yang dapat digunakan untuk pembuatan lilin dan sabun (BK-Kehati 2013).
Selain itu, bijinya dapat dimakan jika sebelumnya dipanggang dan rasanya seperti
kacang serta dapat dibuat menjadi bubuk dan dapat dimanfaatkan seperti bubuk
kakao. Buah kapulasan dapat dimakan langsung seperti pada rambutan, digunakan
sebagai bahan tambahan dalam es krim, puding, selai, sirup dan dicampur dalam
minuman seperti cocktails (Lim 2013).
Kapulasan tumbuh liar di hutan dengan ketinggian tempat antara
200-350 mdpl dan curah hujan 3000 mm per tahun. Kapulasan tersebar di India
(Assam), Burma (Myanmar), Semenanjung Malaysia, Singapura, Sumatera, Jawa,
Kalimantan, dan Filipina (Seibert 1992). Kapulasan dikatakan sebagai jenis
tanaman asli Jawa, Borneo, dan Filipina (Clyde et al. 2005). Kapulasan sekarang
ini sulit ditemukan di daerah Jawa karena tanaman ini sedikit berbuah sehingga
minat masyarakat terhadap kapulasan pun rendah. Kurangnya minat masyarakat
terhadap buah ini menyebabkan pohon kapulasan sering ditebang dan diganti
dengan jenis rambutan yang lebih diminati. Keanekaragaman kapulasan di Jawa
khususnya di Bogor belum diungkapkan sebelumnya. Akan tetapi mengingat
manfaatnya yang banyak dan potensinya yang besar untuk dikembangkan sebagai
buah alternatif maka informasi keanekaragaman genetik penting untuk dievaluasi.
Mikrosatelit sering disebut juga simple sequence repeats (SSRs) karena
pada mikrosatelit terdapat fragmen DNA yang mengandung sekuens di-nukleotida
sampai tetra-nukloetida yang berulang (Viruel dan Hormaza 2004). Mikrosatelit
merupakan penanda DNA yang sering digunakan untuk menggambarkan
keanekaragaman organisme pada tingkat spesies karena keberadaanya melimpah,
polimorfismenya tinggi, dan kodominan (Boer 2007). Marka mikrosatelit telah
berhasil digunakan untuk menggambarkan keragaman genetik pada tingkat
spesies, misalnya pada tanaman padi (Qian et al. 2001), sorgum (Brown et al.
1996), dan apel (Gianfranceschi et al. 1998). Oleh karena itu untuk mengevaluasi
keanekaragaman genetik kapulasan digunakan marka mikrosatelit.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik kapulasan di
Bogor, Jawa Barat dengan menggunakan marka mikrosatelit.

2

METODE

Bahan
Bahan tanaman yang digunakan berupa daun dari 63 pohon kapulasan yang
berasal dari Bogor. Bahan-bahan yang digunakan dalam proses isolasi DNA
berupa nitrogen cair, larutan lisis Cetyltrimethyl Ammonium Bromide (CTAB),
larutan β-mercaptoethanol, larutan Chloroform Isoamyl Alcohol (CIAA) 24:1,
larutan isopropanol, larutan etanol 70% dan absolut, larutan Natrium klorida
(NaCl) 5M, akuabides, dan air bebas nuklease. Bahan yang digunakan untuk PCR
berupa larutan Go Taq Green, buffer Tris-asetat-EDTA(TAE), DNA cetakan,
Bovin Serum Albumin (BSA), dan air bebas nuklease. Bahan yang digunakan
dalam proses elektroforesis DNA berupa gel agarose, buffer Tris-borate-EDTA
(TBE), Ethidium Bromida (EtBr), marker DNA, dan Primer LMLY6 dan
LMLY12 (Tabel 1).
Tabel 1 Sekuen primer mikrosatelit yang digunakan pada kapulasan
Primer
LMLY6
LMLY12

Forward
AAGGAATAAAGCTATCAATAA
A GAAGCTGTCTTAACACTCCAC

Reverse
GATCTCTATCTCATCAAACCT
ACAAACCTAGAAACCAAAAG

Pengambilan Sampel
Daun kapulasan diambil dari empat kecamatan di Kotamadya Bogor (Bogor
Barat, Bogor Utara, Bogor Selatan, dan Bogor Tengah) dan enam kecamatan di
Kabupaten Bogor (Cileungsi,Sukaraja, Babakan Madang, Ciomas, Parung, dan
Cibinong). Masing-masing individu diambil sebanyak empat hingga lima daun
dewasa. Daun tersebut dimasukkan ke dalam plastik klip dan ditambah silika gel
lalu ditutup dan disimpan dalam freezer -20ºC.
Isolasi DNA
Proses isolasi DNA mengikuti metode CTAB (Doyle & Doyle 1990)
dengan modifikasi. Daun kapulasan sebanyak 0.25 g digerus dengan bantuan
nitrogen cair pada mortar hingga halus seperti bubuk. Bubuk daun dimasukkan ke
dalam tabung 2 mL dan ditambahkan 500µL CTAB (ditambah β-mercaptoethanol
0.2% dari total volume CTAB). Larutan tersebut kemudian dicampur dengan
vorteks dan diinkubasi pada suhu 60ºC selama 30 menit pada WaterBath. Pada
menit kesepuluh, keduapuluh, dan ketigapuluh dalam WaterBath, larutan
dikeluarkan dan dicampur hingga rata. Untuk memisahkan larutan DNA dengan
kotoran lain ditambahkan 500µL CIAA lalu dicampur perlahan selama 5 menit,
kemudian disentrifuse pada kecepatan 4000 rpm selama 30 menit. Larutan bagian
atas diambil sebanyak 400µL dan dipindahkan ke tabung 1,5 ml yang baru.
Isopropanol ditambahkan sebanyak 800µL lalu dicampur perlahan, dan disimpan
pada freezer semalam. Larutan disentrifuse pada kecepatan 14000 rpm selama
20 menit. Hasil sentrifuse menghasilkan 2 fase yaitu supernatan dan pelet,
supernatan lalu dibuang dan pelet DNA ditambah dengan 500µL etanol 70%

3
dingin dan dicampur perlahan. Selanjutnya, pelet DNA disentrifuse pada
kecepatan 14000 rpm selama 5 menit dan supernatan dibuang kembali, lalu pelet
DNA dikeringanginkan. Pelet DNA yang telah kering diberi 200 µL akuabides
dan dicampur hingga tercampur rata kemudian didinginkan selama 5 menit di
freezer. Larutan NaCl 5 M sebanyak 10µL ditambahkan pada tabung berisi pelet
DNA, lalu dicampur dengan vorteks dan ditambahkan 73 µL etanol absolut
dingin, dicampur perlahan dan diinkubasi di freezer selama 10 menit. Tabung
tersebut lalu disentrifuse pada kecepatan 9000 rpm selama 15 menit dan
supernatan yang terbentuk diambil dan dipindahkan pada tabung 1.5 mL yang
baru, lalu ditambah 200 µL isopropanol dan dicampur perlahan dan diinkubasi
semalam. Hasil inkubasi tersebut disentrifuse pada kecepatan 14000 rpm selama
20 menit, lalu supernatan dibuang. Pelet DNA yang terbentuk dikeringanginkan.
Pelet DNA yang telah kering ditambah 500µL etanol 70% dan disentrifuse pada
kecepatan 14000 rpm selama 5 menit lalu supernatan dibuang dan pelet DNA
dikeringanginkan pada inkubator. Pelet DNA yang telah kering ditambah dengan
200 µL air bebas nuklease, dan disimpan dalam kulkas.
Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Visualisasi Hasil PCR
Metode amplifikasi PCR yang digunakan mengikuti metode yang dilakukan
oleh Sim et al. (2005) dengan menggunakan dua pasang primer yaitu LMLY 6
dan LMLY 12. Larutan untuk amplikasi DNA berisi 12.5 µL larutan master mix
Go Taq Green, primer forward dan reverse masing-masing sebanyak 2.5 µL, 2 µL
DNA cetakan, dan 25 µL air bebas nuklease. Proses amplifikasi dilakukan
sebanyak 35 siklus yang terdiri atas beberapa tahap yaitu denaturasi awal dengan
suhu 94ºC selama 35 detik, denaturasi dengan suhu 94ºC selama 5 menit,
annealing dengan suhu 46ºC untuk primer LMLY6 dan 46.3ºC untuk primer
LMLY12 selama 35 detik, elongasi dengan suhu 72ºC selama 10 menit, dan
disimpan pada suhu penyimpanan 15ºC. Hasil amplifikasi kemudian diperiksa
melalui elektroforesis horizontal menggunakan gel agarose 2.5% selama 100
menit. Hasil elektroforesis lalu divisualisasi dengan memakai lampu UV
kemudian difoto.
Analisis Data
Hasil visualisasi PCR diamati dengan melihat ada tidaknya pita yang
dianggap alel mikrosatelit pada aksesi kapulasan (Lampiran 1). Jika terdapat pita
maka diberi skor satu dan jika tidak ada pita diberi skor nol. Hasil skoring disusun
dalam bentuk matriks data biner kemudian dianalisis menggunakan software
GenAlex untuk menghasilkan nilai jumlah alel berbeda (Na), jumlah alel efektif
(Ne), indeks informasi Shannon (I), heterozigositas (He), persentase
polimorfisme (PLP) dan analisis variasi molekular (AMOVA). Sampel dari
Kecamatan Parung tidak ikut dianalisis karena hanya ditemukan satu sampel.
Nilai persentase polimorfisme dihitung dengan rumus sebagai berikut:
Ne =

I=

(

)

He = 2*p*q

4
dengan nilai q = ( –
) dan p = 1 – q menurut keseimbangan
Hardy-Weinberg (Peakall dan Smouse 2012). Dendrogram dikonstruksikan
dengan koefisien Jaccard dan metode Unweighted Pair Group Method with
Arithmatic Mean (UPGMA) dengan software NTSYS-pc ver 2.1 (Rohlf 2000).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Eksplorasi Kapulasan
Eksplorasi yang dilakukan di Kabupaten dan Kotamadya Bogor
menemukan tanaman kapulasan disepuluh kecamatan (Tabel 2). Pohon kapulasan
yang ditemukan dari seluruh lokasi berjumlah 63 pohon. Kecamatan dengan
jumlah pohon kapulasan terbanyak terdapat di Kecamatan Cileungsi sebanyak 13
sampel. Kecamatan dengan jumlah kapulasan paling sedikit terdapat di
Kecamatan Parung. Jumlah lokasi ditemukannya pohon kapulasan pada tiap
kecamatan bervariasi.
Tabel 2 Lokasi eksplorasi dan jumlah tanaman yang ditemukan
Kecamatan
Lokasi
Jumlah Sampel
Bogor Barat
Cibalagung
3
Gunung Batu
1
Curug Mekar
1
Bogor Selatan
Kebun Percobaan Cipaku
9
Bogor Tengah
Kelurahan Panaragan
1
Kebun Raya Bogor
3
Bogor Utara
Kelurahan Cimahpar
2
Makam Bodas
4
Babakan Madang
Cijayanti
11
Cibinong
Sukahati
1
Nanggewer
1
Cileungsi
Taman Buah Mekar Sari
13
Ciomas
Kelurahan Kota Batu
4
Parung
Desa Jabon Mekar
1
Sukaraja
Desa Cikeas
8
Total
63

Amplifikasi DNA Kapulasan
Semua tanaman kapulasan dari Bogor telah berhasil diamplifikasi dengan
primer LMLY6 dan LMLY12. Primer LMLY6 menghasilkan produk PCR berupa
dua pita DNA yang berukuran 140 bp dan 160 bp (Gambar 1). Pita dengan ukuran
160 bp teramplifikasi pada semua tanaman, sedangkan pita berukuran 140 bp
teramplifikasi pada beberapa tanaman. Dengan demikian, pita berukuran 140 bp
dikatakan sebagai pita yang menunjukkan variasi dalam primer LMLY6. Berbeda

5
dengan primer LMLY6, primer LMLY12 menghasilkan produk PCR berupa 2 – 7
pita DNA per individu kapulasan (Gambar 2). Pita-pita DNA yang dihasilkan oleh
primer LMLY12 berukuran 150 bp, 200 bp, 225 bp, 250 bp, 400 bp, 450 bp, dan
500 bp. Hasil PCR dari primer LMLY12 menunjukkan bahwa ada 2 pita yang
cenderung selalu teramplifikasi pada tiap tanaman yaitu pita berukuran 225 bp dan
450 bp

Gambar 1 Hasil amplifikasi DNA genom kapulasan dibeberapa kecamatan di
Bogor dengan menggunakan Primer LMLY6 dan suhu annealing
46.3ºC pada gel agarose 2.5%. M: Marker DNA 1000 bp; E: Bogor
Utara; C: Ciomas.
sedangkan pita-pita yang lain tidak. Dengan demikian, pita-pita selain pita
berukuran 225 bp dan 450 bp merupakan pita-pita yang menujukkan variasi bagi
primer LMLY12. Berdasarkan produk PCR kedua primer maka tingkat
polimorfisme yang lebih tinggi dihasilkan dari primer LMLY12.

Gambar 2 Variasi hasil amplifikasi DNA genom kapulasan dibeberapa kecamatan
di Bogor dengan menggunakan primer LMLY12 dan suhu annealing
46ºC pada gel agarose 2.5%. M: Marker DNA 1000 bp; A: Cileungsi;
D: Sukaraja; E: Bogor Utara; F: Babakan Madang; G: Bogor Barat; H:
Bogor Tengah. I: Cibinong
Keberhasilan amplifikasi DNA bergantung pada suhu annealing,
kemurnian DNA target, dan konsentrasi DNA target. Suhu annealing merupakan

6
suhu optimum penempelan primer pada titik potong DNA selama amplifikasi
berlangsung. Jika suhu annealing tidak tepat maka primer tidak akan menempel
pada fargmen DNA dan amplifikasi tidak akan berhasil. Menurut Sim et al.
(2005) suhu annealing primer LMLY6 dan LMLY12 adalah 50ºC - 53ºC. Namun,
setelah dilakukan optimasi primer menggunakan DNA sampel kapulasan Bogor
suhu annealing yang tepat untuk primer LMLY6 dan LMLY12 dalam
mengamplifikasi DNA kapulasan adalah 46.3ºC dan 46ºC. Kemurnian DNA dan
konsentrasi juga berpengaruh karena larutan Go Taq Green yang digunakan
bersifat sensitif. Jika DNA target tidak murni atau memiliki pengotor dalam
jumlah yang banyak maka larutan Go Taq Green tersebut tidak akan bereaksi
dengan baik dan keberhasilan amplifikasi juga menjadi rendah yang ditunjukkan
oleh pita yang terlihat tipis.
Keragaman Genetik Kapulasan
Hasil analisis keragaman genetik berdasarkan dua primer mikrosatelit
menunjukkan bahwa kapulasan di Kecamatan Bogor Utara memiliki nilai
heterozigositas, indeks informasi Shannon, dan persentase polimorfisme yang
tertinggi yaitu 0.313, 0.458, dan 77.78% (Tabel 3). Nilai heterozigositas, indeks
informasi Shannon, dan persentase polimorfisme yang terendah terdapat di
Kecamatan Ciomas dengan nilai 0.026, 0.044, dan 11.11%. Kecamatan Cileungsi
merupakan kecamatan dengan pohon kapulasan terbanyak yang ditemukan yaitu
13 pohon. Namun, nilai keragaman genetik kapulasan di Kecamatan Cileungsi
rendah (He = 0.102, I = 0.175, dan PLP = 55.56). Nilai tersebut lebih rendah dari
nilai heterozigositas dan persen polimorfisme di Kecamatan Bogor Utara dengan
jumlah pohon kapulasan yang ditemukan hanya enam. Kapulasan di Kecamatan
Babakan Madang juga mengalami hal serupa dengan kapulasan dari Kecamatan
Cileungsi yang memiliki ukuran populasi yang besar namun nilai keragaman
genetiknya rendah.
Tabel 3 Keragaman genetik kapulasan di sepuluh kecamatan di Kabupaten
danKotamadya Bogor
Populasi

N

Na

Ne

I

He

PLP

Bogor Barat
Bogor Selatan
Bogor Tengah
Bogor Utara
Babakan Mandang
Cibinong
Cileungsi
Ciomas
Sukaraja
Rata-rata

5
9
4
6
11
2
13
4
8

1.444
0.889
1.222
1.778
1.333
1.556
1.333
0.778
0.778

1.387
1.118
1.368
1.541
1.334
1.393
1.142
1.034
1.179

0.319
0.111
0.309
0.458
0.260
0.336
0.175
0.044
0.141

0.218
0.073
0.209
0.313
0.180
0.230
0.102
0.026
0.099

55.56%
22.22%
55.56%
77.78%
44.44%
55.56%
55.56%
11.11%
22.22%

6.889

1.235

1.277

0.239

0.161

44.44%

Ket: N= jumlah sampel; Na= jumlah alel berbeda; Ne= jumlah alel efektif; I= indeks informasi
Shannon; He= heterozigositas; PLP= persenpolimorfisme

7
Berbeda dengan Kecamatan Bogor Tengah dan Cibinong, kapulasan yang
ditemukan kurang dari lima pohon namun memiliki nilai heterozigositas dan
persen polimorfisme yang tinggi. Kapulasan yang ditemukan di Kecamatan
Ciomas juga kurang dari lima pohon namun nilai heterozigositas (0.026) dan
persen polimorfisme (11.11%) kapulasan dari Kecamatan Ciomas lebih rendah
dari kapulasan dari Kecamatan Bogor Tengah dan Cibinong.
Nilai rata-rata persen polimorfisme kapulasan Bogor sebesar 44.44%.
Suatu lokus dikatakan polimorfisme jika frekunsi alel yang muncul < 99% (Li dan
Graur 1991). Dengan demikian, seluruh lokus yang dihasilkan oleh kapulasan
Bogor adalah polimorfik. Evaluasi keragaman genetik menggunakan marka
mikrosatelit pada tanaman tahunan habitus pohon sudah banyak dilakukan.
Gianfranceschi et al. (1998) mengamati keragaman genetik apel yang berasal dari
Swiss Federal Research Staton, Swiss dan Philip Forsline at The National
Germplasm Repository for Apple and Grape, USA menghasilkan nilai rata-rata
heterozigositas sebesar 0.78, dan nilai tersebut tergolong sangat tinggi.
Azwin (2007) mengamati keragaman genetik gaharu di Desa Cangkurawok,
Bogor yang juga cukup tinggi nilai heterozigositas yaitu 0.245. Namun,
Hamrick (1992) menunjukkan bahwa tumbuhan berkayu di hutan tropis
menghasilkan nilai rata-rata heterozigositas yang tinggi sebesar 0.149. Jika
dibandingkan dengan penelitian-penelitian sebelumnya maka nilai rata-rata
heterozigositas kapulasan tergolong cukup tinggi sebesar 0.161.
Semakin tinggi nilai heterozigositas pada suatu populasi maka semakin
tinggi pula variasi genetik pada populasi tersebut (Ferguson 1980). Populasi
kapulasan di Kecamatan Bogor Utara merupakan populasi yang memiliki variasi
genetik tertinggi, sedangkan populasi kapulasan di Kecamatan Ciomas adalah
populasi dengan variasi genetik yang terendah. Menurut Nei (1987) salah satu
faktor yang mempengaruhi tingkat heterozigositas adalah ukuran populasi.
Ukuran populasi Kecamatan Bogor Utara digolongkan kecil dengan jumlah enam
individu. Namun, Kecamatan Cileungsi yang memiliki ukuran populasi terbesar
yakni 13 sampel memiliki nilai heterozigositas yang cukup rendah. Hal ini
berbeda dengan populasi Kecamatan Cibinong yang ukuran populasinya kecil
(dua pohon) tetapi memiliki nilai heterozigositas cukup besar yakni 0.230.
Rendahnya heterozigositas kapulasan dari Kecamatan Cileungsi disebabkan
karena seluruh sampel ditemukan pada satu lokasi yang sama yakni Taman Buah
Mekar Sari, tetapi di Kecamatan Bogor Utara dan Cibinong kapulasan yang
ditemukan berasal dari lokasi yang berbeda sehingga dapat menghasilkan
keragaman yang tinggi pula. Dengan demikian, asal usul individu penyusun
populasi juga sangat mempengaruhi tingkat keragaman genetik dalam populasi
tersebut. Selain ukuran populasi, faktor lain yang mempengaruhi nilai
heterozigositas adalah mutasi, sifat reproduksi dan rekombinan, perkawinan acak,
dan seleksi alam (Pai 1992). Selain itu, perbanyakan dengan cara vegetatif juga
dapat memengaruhi nilai heterozigositas. Hal ini terjadi pada kapulasan dari
Kecamatan Cileungsi yang ternyata merupakan tanaman kapulasan yang bibitnya
berasal dari kebun percobaan Cipaku yang diperbanyak dengan cara disambung
atau okulasi sehingga secara genetik sama.

8
Tabel 4 Hasil analisis variasi molekular (AMOVA)
Sumber
df
SS
MS
Est. Var.
8
33.256
4.157
0.503
Antar Populasi
53
42.486
0.802
0.802
Dalam Populasi
61
75.742
1.304
Total

%
39%
61%
100%

Ket: df= derajat bebas; SS= jumlah kuadrat; MS= kuadrat tengah

Hasil AMOVA menunjukkan bahwa variasi dalam populasi (61%) lebih
besar dibandingkan dengan variasi antar populasi (39%) (Tabel 3). Variasi dalam
populasi yang besar dapat terjadi akibat adanya kawin silang (Hamrick 1989).
Selain itu, sebaran tanaman yang luas dan populasi yang besar serta berdekatan
akan menghasilkan tanaman dengan variasi yang besar dalam populasi kapulasan
karena akan memudahkan terjadinya gene flow (Hartati et al. 2007).
Analisis Kekerabatan Kapulasan
Tingkat kesamaan dari ke-63 sampel kapulasan berkisar antara 0.52 – 1.00
(Lampiran 2). Pada tingkat kesamaan 68% seluruh sampel memisah dan
membentuk menjadi tiga kelompok utama. Kelompok pertama adalah kapulasan
dari Kecamatan Cibinong, Kecamatan Babakan Madang dan Ciomas, Kecamatan
Bogor Utara. Kelompok kedua adalah kapulasan dari Kecamatan Ciomas, Bogor
Selatan, Bogor Utara, Parung, Bogor Barat, Babakan Madang, Cileungsi, Bogor
Selatan, dan Bogor Tengah. Kelompok ketiga adalah kapulasan dari Kecamatan
Cileungsi, Babakan Madang, Bogor Utara, Bogor Barat, Bogor Selatan, Cibinong,
Sukaraja, dan Bogor Tengah.
Hasil analisis gerombol (Gambar3) menunjukkan bahwa individu kapulasan
tidak mengelompok dalam populasi asalnya tetapi tersebar secara acak kecuali
populasi dari Kecamatan Sukaraja. Kapulasan yang berasal dari Kecamatan
Sukaraja hampir seluruh sampelnya identik pada tingkat kesamaan 100%. Hal ini
dapat terjadi karena menurut keterangan warga seluruh kapulasan dari Sukaraja
berasal dari cangkokan tiga pohon kapulasan tertua di daerah tersebut. Kapulasan
B3 merupakan kapulasan yang berasal dari Kebun Percobaan Cipaku yang
dianggap tetua dari kapulasan yang ada di Taman Buah Mekar Sari Cileungsi. Hal
ini terlihat dari kapulasan B3 berada dalam satu kelompok dengan kapulasan dari
Kecamatan Cileungsi.
Kelompok kapulasan yang seluruh sampelnya menyebar adalah kapulasan
yang berasal dari Kebun Raya Bogor (KRB) dan Kecamatan Cibinong. Pada
tingkat kemiripan 100% kapulasan KRB berada pada kelompok yang berbeda. Hal
ini dapat terjadi karena KRB merupakan kebun koleksi yang mengoleksi seluruh
tanaman yang berasal dari tempat yang berbeda. Kapulasan Cibinong berada pada
kelompok yang berbeda karena ditemukan di lokasi yang berbeda dan berjarak
jauh. Demikian juga dengan kapulasan dari Kecamatan Bogor Barat seluruh
sampelnya hampir tersebar pada kelompok yang berbeda karena jarak
ditemukannya kapulasan yang satu dan lainnya berjauhan.

9

Gambar 3 Dendrogram sampel kapulasan dari beberapa kecamatan di Bogor
berdasarkan kesamaan genetik yang dikonstruksikan berdasarkan
UPGMA pada program NTSYS-pc 2.02. A: Cileungsi; B: Bogor
Selatan; C: Ciomas; D: Sukaraja; E: Bogor Utara; F: Babakan Madang;
G: Bogor Barat; H: Bogor Tengah; I: Cibinong; J: Parung.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan
Tanaman kapulasan dapat ditemukan di sepuluh kecamatan di Kabupaten
dan Kotamadya Bogor dan jumlah tanaman yang ditemukan sebanyak 63 pohon
kapulasan. Seluruh tanaman kapulasan berhasil diamplifikasi menggunakan
primer LMLY6 dan LMLY12 dengan suhu annealing masing-masing adalah
46.3ºC dan 46ºC. Primer LMLY6 berhasil mengamplifikasi DNA kapulasan
Bogor dan menghasilkan dua pita yang berukuran 140 bp dan 160 bp. Primer
LMLY12 juga berhasil mengamplifikasi DNA kapulasan Bogor dan

10
menghasilkan pita-pita DNA dengan ukuran 150 bp, 200 bp, 225 bp, 250 bp,
400 bp, 450 bp, dan 500 bp. Populasi kapulasan dengan variasi genetik yang
tinggi adalah populasi di Bogor Utara dengan nilai hetorozigositas (He) sebesar
0.313. Persentase variasi dalam populasi lebih tinggi dibandingkan dengan variasi
antar populasi yaitu 61%. Tingkat kesamaan genetik antara pohon kapulasan
sebesar 52 – 100% yang berarti tingkat kekerabatan sampel kapulasan cukup
dekat. Asal-usul individu yang menyusun satu populasi menentukan tingkat
heterozigositas populasi tersebut.
Saran
Tanaman kapulasan merupakan tanaman yang mampu beradaptasi terhadap
lingkungan. Namun, sekarang ini kapulasan merupakan tanaman yang dapat
dikatakan langka akibat kurangnya pengetahuan masyarakat tentang kegunaan
buah tersebut. Manfaat tanaman kapulasan telah diuraikan dalam tulisan ini
sehingga penulis menyarankan agar pemerintah Kabupaten dan Kotamadya Bogor
lebih sadar akan adanya tanaman kapulasan dan juga kelangkaan yang terjadi pada
tanaman ini. Budidaya tanaman ini sangat perlu dilakukan mengingat kelangkaan
yang terjadi pada buah ini. Pemerintah perlu bekerja sama dengan Taman Buah
Mekar Sari yang telah membudidayakan kapulasan. Namun, mengingat
keragaman kapulasan di Taman Buah Mekar Sari rendah maka kapulasan yang
ditanam di Taman Buah Mekar Sari perlu ditingkatkan jumlahnya.

DAFTAR PUSTAKA
Azwin.2007. Evaluasi Stabilitas Genetik Tanaman Gaharu (Aquilaria malaccensis
Lamk.) Hasil Kultur In Vitro [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
[BK-Kehati] Balai Kliring Keanekaragaman Hayati Indonesia. 2013. Tenggaring.
[Internet]. [diunduh pada 24 November 2013]. Tersedia pada:
http://www.bk.menlh.go.id/.
Boer D. 2007. Keragaman dan Struktur Genetik Populasi Jati Sulawesi Tenggara
Berdasarkan Marka Mikrosatelit [disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian
Bogor.
Brown SM, Hopkins MS, Mitchell SE, Senior ML, Wang TY, Duncan RR,
Gonzales-Candelas F, Kresovich S. 1996. Multiple methods for the
identification of polymorphic simple sequence repeats (SSRs) in sorghum
(Sorghum bicolor (L.) Moench).Theor Appl Genet. 93: 190r-198.
Clyde MM, Chew PC, Normah MN, Rao VR, Salma, I. 2005. Genetic diversity
of Nephelium ramboutan-ake Leenh. assessed using RAPD and ISSR markers.
Acta Hort. 665:171-182.
Doyle JJ, Doyle JL. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus.12:
13-15.
Ferguson A. 1980. Biochemical Systematics and Evolution. London (GB): The
Queens University of Belfast.

11
Gianfranceschi L, Seglias N, Tarchini R, Komjanc M, Gessler C. 1998. Simple
sequence repeats for the genetic analysis of apple. Theor Appl Genet. 96:
1069-1076.
Hamrick JL. 1989. Isozyme and the analysis of genetic structure in plant
population. Di dalam: ED Soltis dan Soltis PS, editor. Isozyme in Plant
Biology. Oregon (US): Dioscorides Press.
Hamrick JL, Godt MJW, and Sherman-Broyles SL. 1992. Factors influencing
levels of genetic diversity in woody plantspecies. New For. 6: 95–124.
Hartati D, Rimbawanto A, Taryono, Sulistyaningsih E, Widyatmoko AYPBC. 2007.
Pendugaan keragaman genetik di dalam dan antar provenan pulai (Alstonia
scholaris (L) R. Br.) menggunakan penanda RAPD. Jurnal Pemuliaan Tanaman
Hutan 2: 98-98.
Li M, Zheng X, Zhu Y, Wang X, Liang S, Li L, Wu X. Development and
characterization of SSR markers in Lychee (Litchi chinensis). Mol Ecol Notes.
6:1205-1207.
Li WH, Graur D. 1991. Fundamentals of Molecular Evolution. Massachusetts
(US): Sinaur Associates Inc.
Lim TK. 2013. Edible Medicinal and Non Medicinal Plants: Volume 6, Fruits.
Canberra (AU): Springer Netherlands.
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York (US): Columbia Press.
Pai AC. 1992. Dasar-Dasar Genetika. Jakarta (ID): Penerbit Erlangga.
Peakall R, Smouse PE. 2012. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population
genetic software for teaching and research. Bioinformatics 28: 2537-2539.
Qian W, Ge S, Hong DH. 2001. Genetic variation within and among populations
of a wild rice (Oryza granulate) from China detected by RAPD and ISSR
markers. Theor Appl Genet. 102: 440-449.
Rohlf FJ. 2000. NTSYS pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System
Version 2.1. New York (US): Applied Biostatistic Inc.
Seibert B. 1992. Nephelium L. Di dalam: Verheij EWM, Coronel RE, editor.
Plant Resourcesof South East Asia. Bogor (ID): Prosea Foundation.
Sim CC, Mahani MC, Choong YC, Salma I. 2005. Transferability of SSR markers
from lychee (Litchi chinensis Sonn.) to pulasan (Nephelium ramboutan-ake L.)
Fruits. 60:379-384.
Viruel MA, Hormaza JI.2004. Development, characterization and variability
analysis of microsatellites in lychee (Litchi chinensis Sonn., Sapindaceae).
Theor Appl Genet. 108: 896-902.

12

LAMPIRAN

13
Lampiran 1 Data biner seluruh sampel kapulasan Bogor
Kode Sampel
A1
A2
A3
A4
A5
A6
A7
A8
A9
A10
A11
A12
A13
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
C1
C2
C3
C4
D1
D2
D3
D4
D5
D6
D7
D8
E1
E2
E3
E4
E5
E6
F1
F2
F3
F4
F5
F6
F7
F8
F9
F10
F11
G1
G2
G3
G4
G5
H1
H2
H3
H4
I1
I2
J

Populasi
140 bp
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Cileungsi
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Bogor Selatan
0
Ciomas
0
Ciomas
0
Ciomas
0
Ciomas
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Sukaraja
0
Bogor Utara
0
Bogor Utara
0
Bogor Utara
0
Bogor Utara
1
Bogor Utara
0
Bogor Utara
1
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
0
Babakan Madang
1
Babakan Madang
0
Babakan Madang
1
Babakan Madang
0
Bogor Barat
0
Bogor Barat
0
Bogor Barat
0
Bogor Barat
0
Bogor Barat
0
Bogor Tengah
0
Bogor Tengah
0
Bogor Tengah
0
Bogor Tengah
0
Cibinong
0
Cibinong
1
Parung
0

150 bp
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
1
0
1
0
1
1

160 bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

200 bp
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
1
1
1
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
1
0
1
1
1
1
1
0
0
0
1
1
1
0
0
1
1
1
0
0
0
1
1

225 bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
1
1
0
1
1
1
1
1
0
0
1
1
1
1
0

250 bp
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
0
1
0
0
1
1
0
0
0
1
1
1
1
0
1
0
1
1
0
0
1

400 bp
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0

450 bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1

500 bp
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
1
0
1
1
1
0
1
1
1
1
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0

14
Lampran 2 Matriks similariti seluruh sampel kapulasan Bogor
A1
A2
A3
A4
A5
A6
A7
A8
A9
A10
A11
A12
A13
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
C1
C2
C3
C4
D1
D2
D3
D4
D5
D6
D7
D8
E1
E2
E3
E4
E5
E6
F1
F2
F3
F4
F5
F6
F7
F8
F9
F10
F11
G1
G2
G3
G4
G5
H1
H2
H3
H4
I1
I2
J

A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 A10 A11 A12 A13 B1 B2
B3 B4
B5
B6 B7
B8
B9
C1
C2
C3 C4
D1
D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 E1 E2 E3 E4 E5 E6 F1 F2 F3
F4
F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 G1 G2 G3 G4 G5
H1 H2 H3
H4 I1
I2
J
1,00
0,89 1,00
0,89 1,00 1,00
0,78 0,89 0,89 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 0,78 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 0,78 1,00 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 0,78 1,00 1,00 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 0,78 0,78 0,78 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00
1,00 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,78 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,78 1,00 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,78 1,00 1,00 1,00
0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00
0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,67 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,67 1,00 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,67 1,00 1,00 1,00
0,67 0,56 0,56 0,44 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,78 0,56 0,56 0,56 0,78 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,67 0,78 0,78 0,78 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,89 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,89 1,00 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,667 0,889 0,889 0,889 0,67 0,667 0,778 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00 1,00 0,89 0,89 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,667 0,889 0,889 0,889 0,67 0,667 0,778 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00 1,00 0,89 0,89 1,00 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,667 0,889 0,889 0,889 0,67 0,667 0,778 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00 1,00 0,89 0,89 1,00 1,00 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,556 0,778 0,778 0,778 0,56 0,556 0,667 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,89 0,56 0,56 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,556 0,778 0,778 0,778 0,56 0,556 0,667 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,89 0,56 0,56 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 1,00
0,67 0,78 0,78 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,556 0,778 0,778 0,778 0,56 0,556 0,667 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,67 0,56 0,56 0,56 0,33 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 1,00
0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,889 0,667 0,667 0,667 0,89 0,889 0,778 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00 0,56 0,89 0,89 0,89 0,89 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,44 1,00
0,67 0,56 0,56 0,67 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,67 0,44 0,44 0,44 0,67 0,67 0,44 0,78 0,78 0,78 0,56 0,44 0,44 0,56 0,56 0,44 0,44 0,44 0,33 0,56 0,56 0,67 1,00
0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00 0,56 0,89 0,89 0,89 0,89 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,44 1,00 0,67 1,00
0,56 0,44 0,44 0,56 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,56 0,33 0,33 0,33 0,56 0,56 0,33 0,67 0,67 0,67 0,44 0,33 0,33 0,44 0,44 0,33 0,33 0,33 0,22 0,44 0,67 0,56 0,89 0,56 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 0,78 1,00 1,00 1,00 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,67 0,56 0,67 0,44 1,00
0,89 1,00 1,00 0,89 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 0,78 1,00 1,00 1,00 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,67 0,56 0,67 0,44 1,00 1,00
0,78 0,67 0,67 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,44 0,44 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,67 0,78 0,67 0,78 0,56 0,67 0,67 1,00
0,89 0,78 0,78 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,78 0,67 0,78 0,67 0,67 0,78 0,78 0,89 1,00
0,78 0,67 0,67 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,44 0,44 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,67 0,78 0,67 0,78 0,56 0,67 0,67 1,00 0,89 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,89 0,56 0,89 0,44 0,78 0,78 0,89 0,78 0,89 1,00
0,67 0,56 0,56 0,67 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,78 0,56 0,56 0,56 0,78 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,78 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,67 0,56 0,67 0,44 0,56 0,56 0,89 0,78 0,89 0,78 1,00
0,56 0,67 0,67 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,44 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,56 0,56 0,56 0,56 0,33 0,33 0,78 0,44 0,44 0,44 0,44 0,78 0,78 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,67 0,67 0,89 0,33 0,44 0,33 0,56 0,67 0,67 0,56 0,67 0,56 0,44 0,67 1,00
0,78 0,89 0,89 1,00 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,78 0,67 0,67 0,67 0,44 0,78 0,78 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,67 0,67 0,89 0,56 0,67 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,89 0,78 0,67 0,67 0,78 1,00
0,67 0,78 0,78 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,67 0,56 0,56 0,56 0,33 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 1,00 0,44 0,56 0,44 0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,67 0,56 0,56 0,89 0,89 1,00
0,78 0,67 0,67 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,44 0,44 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,67 0,78 0,67 0,78 0,56 0,67 0,67 1,00 0,89 1,00 0,89 0,89 0,56 0,78 0,67 1,00
0,56 0,44 0,44 0,33 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,67 0,44 0,44 0,44 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,56 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,89 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,44 0,67 0,22 0,78 0,67 0,78 0,56 0,44 0,44 0,56 0,44 0,56 0,67 0,67 0,33 0,33 0,22 0,56 1,00
0,56 0,44 0,44 0,33 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,67 0,44 0,44 0,44 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,56 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,89 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,44 0,67 0,22 0,78 0,67 0,78 0,56 0,44 0,44 0,56 0,44 0,56 0,67 0,67 0,33 0,33 0,22 0,56 1,00 1,00
0,67 0,78 0,78 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,89 0,56 0,56 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,44 0,56 0,44 0,44 0,78 0,78 0,67 0,78 0,67 0,56 0,78 0,89 0,89 0,78 0,67 0,44 0,44 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 0,78 0,56 0,67 0,56 0,67 0,44 0,78 0,78 0,67 0,78 0,67 0,78 0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,78 1,00
1,00 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 1,00 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,67 0,78 0,78 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,67 0,67 0,67 0,78 0,67 0,78 0,56 0,89 0,89 0,78 0,89 0,78 0,89 0,67 0,56 0,78 0,67 0,78 0,56 0,56 0,67 0,89 1,00
0,89 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 1,00 0,78 0,78 0,78 1,00 1,00 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,89 0,56 0,89 0,44 0,78 0,78 0,89 0,78 0,89 1,00 0,78 0,44 0,67 0,56 0,89 0,67 0,67 0,56 0,78 0,89 1,00
0,78 0,67 0,67 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,44 0,44 0,56 0,56 0,56 0,67 0,44 0,44 0,78 0,44 0,78 0,33 0,67 0,67 0,78 0,67 0,78 0,89 0,67 0,33 0,56 0,44 0,78 0,56 0,56 0,44 0,67 0,78 0,89 1,00
0,78 0,89 0,89 0,78 0,89 0,89 0,89 0,89 0,89 0,67 0,89 0,89 0,89 0,67 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 1,00 0,67 0,67 0,67 0,67 1,00 1,00 0,89 0,89 1,00 1,00 1,00 0,89 0,89 0,67 0,56 0,44 0,56 0,33 0,89 0,89 0,56 0,67 0,56 0,67 0,67 0,78 0,78 0,67 0,56 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,67 0,56 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,78 0,78 0,78 0,78 0,89 0,89 1,00 1,00 0,89 0,89 0,89 0,78 0,78 0,56 0,67 0,56 0,67 0,44 0,78 0,78 0,44 0,56 0,44 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,44 0,67 0,67 0,78 0,78 0,67 0,56 0,44 0,89 1,00
0,67 0,78 0,78 0,67 0,78 0,78 0,78 0,78 0,78 0,56 0,78 0,78 0,78 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,44 0,44 0,89 0,56 0,56 0,56 0,56 0,89 0,89 0,78 0,78 0,89 0,89 0,89 0,78 1,00 0,56 0,44 0,56 0,44 0,44 0,78 0,78 0,44 0,56 0,44 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,44 0,67 0,67 0,78 0,78 0,67 0,56 0,44 0,89 0,78 1,00
0,56 0,44 0,44 0,56 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,44 0,56 0,33 0,33 0,33 0,56 0,56 0,56 0,67 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,56 0,56 0,44 0,44 0,67 0,56 0,67 0,56 0,78 0,44 0,44 0,56 0,67 0,56 0,44 0,67 0,78 0,56 0,67 0,56 0,56 0,56 0,67 0,67 0,56 0,44 0,33 0,56 0,67 0,44 1,00
0,67 0,56 0,56 0,44 0,56 0,56 0,56 0,56 0,56 0,78 0,56 0,56 0,56 0,78 0,78 0,67 0,67 0,67 0,67 0,89 0,89 0,67 0,78 0,78 0,78 1,00 0,67 0,67 0,78 0,78 0,67 0,67 0,67 0,56 0,56 0,33 0,89 0,56 0,89 0,44 0,56 0,56 0,67 0,56 0,67 0,78 0,78 0,44 0,44 0,33 0,67 0,89 0,89 0,56 0,78 0,67 0,78 0,67 0,67 0,78 0,56 0,67 1,00

15

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Cimahi pada tanggal 26 Juli 1992 dari ayah Rudolf
Louis Puhili dan Ibu R. Budhiasih (alm). Penulis merupakan putri pertama dan
satu-satunya dari tiga bersaudara. Tahun 2010 penulis lulus dari SMA Negeri 5
Angkasa Jayapura dan pada tahun yang sama penulis lulus dan masuk Institut
Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur Beasiswa Utusan Daerah (BUD) dan diterima
di Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah menjadi asisten praktikum
Biologi TPB pada tahun ajaran 2013/2014. Penulis juga pernah menjadi pengajar
mata kuliah Biologi untuk Study Club IMAPA Bogor. Penulis pernah menjabat
menjadi staf dan bendahara Divisi Pamabi Himabio. Selain Himabio, penulis
pernah juga menjabat menjadi bendahara dan staf Badan Pengawas Keuangan
Ikatan Mahasiswa (IMAPA) Bogor. Pada bulan Juli 2013 penulis melakukan
Praktikum Lapangan di Kebun Raya Bogor (LIPI) dengan judul Proses
Perbanyakan Tanaman Hias Di Sub Bidang Seleksi Dan Pembibitan, Pusat
Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Bogor (KRB), Bogor.
Penulis pernah mengikuti Olimpiade Sains dan Teknologi Nasional
di Jogjakarta pada tahun 2013. Penulis juga pernah mengikuti Seminar Nasional
Bioteknologi Universitas Gadjah Mada sebagai pemakalah oral pada tahun 2014.